서울행정법원-2014-구단-15101(2015. 07. 30)

장기보유특별공제의 대상이 되는 비사업용토지의 범위

실제 사업용도로 사용되고 있다거나 공공기관으로부터 인허가를 받은 정황만으로 장기보유특별공제의 적용대상이 되는 사업용토지라고 볼 수 없으며, 지방세 부과사실만으로 신뢰보호원칙이 적용된다고도 볼 수 없음

2015누55938 양도소득세부과처분취소

나AA

서대문세무서장

국승

2016. 10. 20.

2016. 11. 17.

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한

다.

피고가 2013. 8. 5. 원고에게 한 2010년 귀속 양도소득세 158,555,160원의 부과처분

중 157,464,301원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 99%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2013. 8. 5. 원고에게 한 2010년 귀속 양도소득세 158,555,160원의 부과처분 중 100,764,940원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 2. 26. ○○○○ 4,753㎡(이하 '이사건 토지'라 한다)를 취득하고 2001. 12. 12.경 그 지상에 LPG가스 충전소 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하여 이를 운영하여 오다가, 2010. 10. 15. ○○제과 주식회사에게 이 사건 토지와 이 사건 건물을 양도하였다(이하 '이 사건 양도'라 한다).

나. 원고는 2010. 12. 31. 피고에게 이 사건 토지 전체가 사업용 토지에 해당함을 전제로 소득세법상 장기보유 특별공제 조항을 적용하여 양도소득 과세표준 예정신고를

하였다.

다. 피고는 2013. 8. 5. 원고에게, "이 사건 토지 중 이 사건 건물의 바닥면적 308.1㎡의 7배인 2,156.7㎡는 사업용 토지이나, 이를 초과한 2,596.3㎡ 부분(이하 이 사건 토지 중 위 2,596.3㎡ 부분을 '이 사건 쟁점 토지'라 한다)은 비사업용 토지에 해당한다."는 전제 하에, 이 사건 쟁점 토지에 대하여 소득세법상 장기보유 특별공제 조항의 적용을 배제하여 산정한 양도소득세 158,555,160원(= 총결정세액 992,213,513원 - 기납부세액 833,658,345원, 10원 미만 버림)을 경정‧고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2013. 11. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 청구

는 2014. 7. 29. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 25, 26호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 2000. 7. 13. 고양시장으로부터 이 사건 토지에 대하여 허가부지 면적

4,635㎡, 건축면적 232.5㎡, 저장능력 20톤(부탄)으로 LPG가스 충전소 사업허가를 받아 이를 운영하였다. LPG가스 충전소는 위험물 시설로 안전거리가 유지되어야 하는바, 안전거리를 유지하기 위하여 필요한 최소한의 면적이 위 허가받은 면적이다. 또한 고양시 일산동구청에서도 2002년부터 2012년까지 이 사건 토지에 대한 재산세를 부과함에 있어 이 사건 토지 전체 면적을 이 사건 건물의 사업부지로 보고 이 사건 건물과 별도합산과세대상으로 보아 과세하였다. 그러므로 이 사건 양도 당시 이 사건 쟁점 토지를 비롯한 이 사건 토지 전체가 사업용 토지로서 재산세 별도합산과세대상이었음이 명백하므로, 이 사건 쟁점 토지도 소득세법상 장기보유 특별공제 대상에 해당하며, 피고가 3년이 지나 경정처분을 하였다고 해서 달라질 것이 아니다.

2) 이 사건 쟁점 토지는 LPG가스 충전소로서 주위의 안전을 위하여 가스충전소 기술기준에 의한 안전거리 내에 있는 토지로서, 구 소득세법(2010. 5. 31. 법률 제10337호) 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호) 제168조의14 제3항 제5호 및 구 소득세법 시행규칙(2010. 4. 30. 기획재정부령 제154호) 제83조의5 제4항 제1호의 '공장의 가동에 따른 소음・분진・악취 등으로 인하여 생활환경의 오염 피해가 발생되는 지역 안의 토지로서 그 토지소유자의 요구에 따라 취득한 공장용 부속토지의 인접토지'에 해당하므로 비사업용 토지가 아니다.

3) 피고는 이 사건 처분 당시 이 사건 건물의 바닥면적을 308.1㎡로 보고 그 7배인 2,156.7㎡를 사업용 토지로 보았으나, 이 사건 건물의 바닥면적은 310.5㎡이므로 그 7배인 2,173.5㎡가 사업용 토지에 해당한다. 그러므로 이 사건 처분은 위 면적에 따라 산정한 양도소득세를 초과하여 위법하다.

4) 원고는 2010. 12. 31. 양도소득 과세표준 예정신고를 할 당시 일산동구청으로부터 이 사건 토지 전체가 사업용으로 재산세가 부과되고 있다는 자료를 받아 이를 토대로 양도소득세를 성실하게 신고하고 납부한 것이므로, 이 사건 처분 중 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 부분은 위법하다. 또한 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 건물의 바닥면적이 310.5㎡이므로, 이 사건 처분 중 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 부분은 위 면적에 따라 산정한 각 가산세를 초과하여 위법하다.

특히 납부불성실가산세의 경우 납세고지서에 납부불성실가산세의 미납일수를 특정하지 않고 가산세 계산에 반드시 필요한 구체적인 미납일수 및 가산세 대상금액의 산출내역도 누락하였으므로, 이는 위법한 과세처분에 해당한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 토지 전체가 재산세 별도합산과세대상으로서 사업용 토지인지 여부

가) 구 소득세법(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 에서는 양도소득금액을 산정함에 있어서 장기보유 특별공제액을 공제하도록 정하고 있으며, 비사업용 토지는 장기보유 특별공제의 대상에서 제외된다(제95조 제1, 2항, 제104조 제1항 제8호). 그리고 구 소득세법상 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 지방세법상 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지는 비사업용 토지의 범위에서 제외되므로(제104조의3 제1항 제4호 나목), 결국 지방세법상 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지는 사업용 토지에 해당하게 되어 소득세법상 장기보유 특별공제의 적용을 받는다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이

확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도

부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).

갑 제5, 12 내지 14호증의 각 기재, 이 법원의 고양시 일산동구청장에 대한 2015. 12. 8., 2016. 5. 30.자 각 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 쟁점 토지를 포함한 이 사건 토지 전체가 재산세 별도합산과세대상으로서 비사업용 토지에서 제외되는 사업용 토지라고 볼 수는 없고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기에 부족하다.

⑴ 고양시 일산동구청장은 2006년부터 2010년까지 이 사건 토지 전체를 재산세 별도합산과세대상으로 보고 이에 따른 재산세를 원고에게 부과하였는데 이는 착오로 인한 것으로, 2013년경 이 사건 쟁점 토지 부분을 종합합산과세대상으로, 이 사건 토지 중 나머지 부분을 별도합산과세대상으로 보아 이에 대한 2008년부터 2010년까지의 재산세를 원고로부터 추징하였다.

⑵ 고양시 일산동구청장이 이 사건 토지 전체를 재산세 별도합산과세대상으로 본 것은 명백히 착오로 인한 것인데, 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제191조 제2항에 의하면 시장・군수는 착오 등으로 이미 부과한 세액을 변경할 사유가 발생할 때에는 수시로 부과징수할 수 있으므로, 고양시 일산동구청장이 정당한 판단에 의하여 이 사건 쟁점 토지만을 재산세 종합합산과세대상으로 다시 판단한 것을 위법하다고 볼 수도 없다.

⑶ 피고는 이 사건 쟁점토지가 재산세 별도합산대상이라고 견해 표명을 한 사실이 없고, 고양시 일산동구청장과 피고는 별개의 행정청이므로 고양시 일산동구청장의 재산세 부과처분을 피고가 한 것으로도 볼 수 없어, 이 사건 처분 전에 이 사건 토지에 관한 피고의 어떠한 공적 견해 표명이 존재하였다고 할 수 없어 신뢰보호의 원칙이 문제될 여지도 없다.

⑷ 이 사건 건물의 건축물대장, 건축허가서 및 사용승인서의 내용에 비추어 볼 때 이 사건 건물의 건축법상 용도는 위험물 저장 및 처리시설로서, 구 건축법(2011.4. 14. 법률 제10599호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 위험물 저장 및 처리시설과 공장은 별개의 용도로 규정되어 있는바(제2조 제2항 제17, 19호 참조), 이 사건 건물을 건축법상 공장으로 보아 이 사건 쟁점 토지가 구 소득세법 시행규칙(2011. 3. 28. 기획재정부령 제195호로 개정되기 전의 것) 제83조의5 제4항 제1호의 공장용 부속토지의 인접토지에 해당한다고 볼 수 없고, 달리 이 사건 토지가 그 인근에 공장이 있고 그 가동에 따라 생활환경의 오염피해가 발생되는 지역 안의 토지라고 볼 자료도 없다.

⑸ 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 다목은 "토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것은 비사업용 토지에서 제외한다."고 규정하고 있고, 이에 따라 구 소득세법 시행령(2010. 12. 29. 대통령령 제22560호로 개정되기 전의 것) 제168조의11 제1항은 비사업용토지에서 제외되는 토지의 범위를 구체적으로 열거하고 있는데, 이 사건 토지와 같은 LPG가스 충전소의 사업부지는 비사업용토지에서 제외되는 토지의 하나로 규정되어 있지 않다.

⑹ 이 사건 토지가 사실상 LPG가스 충전소의 사업부지로 사용되었으며, 관련 법령이 정하는 바에 따라 충전설비 등과의 안전거리 이내에 위치하고 있다거나 일반인으로서는 사업부지와 소득세법상 사업용 토지의 개념을 구분하여 알기 어렵다는 사정만으로는, 조세법률주의의 원칙상 이 사건 쟁점 토지를 비롯한 이 사건 토지 전체가소득세법상 비사업용 토지에서 제외되어 사업용 토지에 해당한다고 해석할 수는 없다.

나) 그러므로 이 사건 토지 중 원고에 대한 양도소득세 과세기준일 당시 원고가 소유한 이 사건 건물의 부속토지에 해당하는 면적만이 사업용 토지로서 재산세 별도합산과세대상이 되고(구 지방세법 제182조 제1항 제2호), 이 사건 토지 중 나머지 면적은 비사업용 토지로서 재산세 종합합산과세대상으로 보아야 한다.

2) 이 사건 토지 중 비사업용 토지 면적의 특정

가) 구 지방세법 제182조 제1항 제2호, 구 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조의2 제1항 제2호, 제2항에 의하면 도시지역 외의 용도지역의 경우 건축물의 부속토지 중 건축물의 바닥면적에 7배를 곱하여 산정한 면적 범위 안의 토지는 재산세 별도합산과세대상에 해당하여 비사업용 토지에서 제외된다.

살피건대 갑 제5, 11, 15, 27호증의 각 기재 내지 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실 내지 사정이 인정된다.

⑴ 구 건축법 제2조 제1항 제2호는 "건축물이란 토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가의 공작물에 설치하는 사무소・공연장・점포・차고・창고, 그 밖에 대통령령으로 정하는 것을 말한다."고 규정하고 있고, 구 건축법 시행령 제119조 제1항 제3호 본문이 "바닥면적: 건축물의 각 층 또는 그 일부로써 벽, 기둥, 그 밖에 이와 비슷한 구획의 중심선으로 둘러싸인 부분의 수평투영면적으로 한다."고 규정하고 있으며, 지방세법은 건축물의 부속토지와 같이 경제활동에 제공되고 있는 토지에 대하여 조세정책상 낮은 세율을 적용하고자 이러한 토지를 별도합산과세대상으로 정하였는바, 구 지방세법 시행령 제131조의2 제1항 제2호에서 규정한 건축물의 바닥면적은 각 층의 바닥면적 중 가장 넓은 것으로 보아야 한다(대법원 2015. 6. 24. 선고 2012두7073 판결 참조).

⑵ 이 사건 토지 지상의 이 사건 건물은 가동, 나동, 다동으로 구성되어 있는

데, 가동에는 사무실과 숙소가 위치한 2층짜리 건물과 세차장이 있고, 나동에는 가스주입대가 있으며, 다동에는 가스탱크가 있다. 이 사건 건물의 건축물대장상 가동의 면적은 1층 사무실 110.1㎡, 2층 숙소 112.5㎡, 세차장 78㎡이고, 나동의 면적은 가스주입대 78㎡이며, 다동의 면적은 가스탱크 42㎡이다.

⑶ 가동의 사무실・숙소 건물과 세차장은 인접하여 나란히 축조되었는데, 그 크기와 용도, 색깔이 상이하여 외관상으로도 별개의 건축물로 보이며, 건축도면상으로도 사무실・숙소 건물과 세차장 사이에 간격이 존재하여 독립된 두 건축물로 설계된 것으로 보인다. 또한 가동 중 세차장은 2006. 6. 21. 증축된 것으로, 세차장 증축 전부터 가동은 1층의 사무실 면적보다 2층 숙소의 면적이 2.4㎡ 더 넓게 축조되어 있었다.

그러므로 가동 중 사무실・숙소 건물과 세차장은 별개의 건물에 해당하므로, 바닥면적은 각 건물별로 산정되어야 한다.

⑷ 피고는 가동 2층 숙소 중 1층 사무실의 면적보다 2.4㎡ 넓은 부분은 현관 윗부분으로, 이는 건축물의 노대에 해당하여 구 건축법 시행령 제119조 제1항 제3호 나목에 의하여 계산한 값이 바닥면적에 산입되어야 한다고 주장하나, 가동 2층의 평면도상 숙소의 수평투영면적 112.5㎡는 위 현관 윗부분의 면적을 제외한 값임이 명백하므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

⑸ 한편 건축물대장상 이 사건 토지는 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2013. 5. 22. 법률 제11798호로 개정되기 전의 것)상 관리지역으로 분류되어 있어, 도시지역에 해당하지 않는다.

나) 그러므로 건축법상 이 사건 건물의 바닥면적은 310.5㎡2)[= 가동 190.5㎡(= 2층 숙소 112.5㎡ + 세차장 78㎡) + 나동 78㎡ + 다동 42㎡]이고, 위 바닥면적에 도시지역 외의 용도지역에 관한 적용배율인 7배를 곱하여 산정한 면적이 2,173.5㎡임은 계산상 명백한바, 이 사건 토지 중 2,173.5㎡가 구 지방세법상 건축물의 부속토지로서 사업용 토지에 해당하고, 나머지 2,579.5㎡(= 4,753㎡ - 2,173.5㎡)는 비사업용 토지에 해당한다.

3) 가산세 부분에 관한 판단

가) 원고는 이 사건 토지 전체가 별도합산과세대상이라는 일산동구청장의 통지를 신뢰하여 양도소득세를 신고・납부한 것이므로 원고에게 가산세를 부과하는 것은 위법하다는 취지로 다툰다.

살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지・착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44391 판결 등 참조). 원고는양도가액 중 장기보유 특별공제액의 공제를 잘못하여, 양도소득과세표준의 기초가 되는 양도소득금액을 제대로 산정하지 못한 채 양도소득 과세표준 예정신고를 하고 이에 따른 양도소득세를 납부한 것으로서 이는 법령의 부지・착오에 해당하고, 위 법리에 비추어 가산세를 면제받을 수 있는 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없다. 그러므로 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

나) 또한 원고는 고지서에 납부불성실가산세의 미납일수, 가산세 대상금액의 산출내역이 누락되었으므로 이 사건 처분 중 납부불성실가산세 부분은 위법하다는 취지로 주장한다.

살피건대, 갑 제26호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 처분에 관한 납세고지서에는 과세표준, 세율, 산출세액 기타 필요한 사항이 모두 기재되어 있는 사실이 인정되고, '가산세 산출근거 부분' 중 '납부불성실가산세' 부분에는 '대상금액

122,826,784', '세율 0.03000%', '세액 33,641,982'이 명시되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의하면 간단한 계산에 의하여 미납일수는 913일임이 명백하므로 이를 특별히 명시하지 않았다고 하여 가산세 산출근거를 표시하지 않은 것으로 볼 수 없다.

그리고 납부불성실가산세의 산출 근거가 되는 '대상금액'은 원고가 당초 신고・납부한

금액 중에서 과소납부한 금액을 의미하므로 그 산출근거를 별도로 밝히지 않았다고 하여 위법하다고 할 수는 없다. 따라서 원고의 주장 역시 이유 없다.

다) 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분은 이 사건 토지 중 비사업용 토지에 해당하는 면적을 잘못 산정하여 이루어진 것이므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분 역시 올바른 면적에 따라 산정한 가산세를 초과하는 범위 내에서 위법하다. 그러므로 이 부분을 지적하는 원고의 주장은, 이 사건 처분 중 비사업용 토지 면적을 잘못 산정

함으로 인한 과소신고가산세 및 납부불성실가산세의 범위 내에서 이유 있다.

4) 정당한 세액의 산출

이 사건 토지 중 이 사건 건물의 바닥면적 310.5㎡의 7배인 2,173.5㎡ 부분을 사업용 토지로 보고, 이를 초과하는 2,579.5㎡ 부분을 비사업용 토지로 보아 위 2,579.5㎡에 대하여 소득세법상 장기보유 특별공제 조항의 적용을 배제하여 원고의 양도소득세를 산정하면, 아래 표와 같이 991,122,646원이 되고, 위 금액에서 기납부세액 833,658,345원을 공제하면 정당한 차감고지세액은 157,464,301원이 되므로, 위 정당한 차감고지세액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결 중 이와 일부 결론을 달리한 원고 패소 부분은 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 이를 취소하고, 위 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 인용하며, 원고의 나머지 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.