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판시사항
[1] 구 법인세법시행규칙 제18조 제3항 각 호 중 어느 하나에 해당하면 구 법인세법 제18조의3 제1항 제1호 소정의 비업무용 부동산에 해당하는지 여부(적극)
[2] 예고등기가 경료된 것이 구 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제4호 소정의 '법원에 의하여 사용이 금지된 것'에 해당하는지 여부(소극)
[3] '정당한 사유'의 존재가 법인세법상 비업무용 부동산 해당 여부를 좌우하는 예외 사유가 되는지 여부(소극) 및 비업무용 부동산의 예외사유를 규정한 구 법인세법시행규칙 제18조 제4항이 예시적 규정인지 여부(소극)
[4] 구 법인세법시행령 제43조의2 제1항과 같은법시행규칙 제18조 제3항 제4호가 구 법인세법 제18조 제1항 제1호의 위임범위를 벗어난 규정인지 여부(소극)
[5] 법인 소유의 임야를 5년간 비업무용 부동산으로 보아 손금불산입하여 법인세를 부과한 사실이 없다는 것만으로 비과세관행이 성립되었다고 볼 수 없다고 한 사례
[6] 법인이 그 소유의 임야를 비업무용 부동산으로 보아 그 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 신고·납부하지 않은 데 정당한 사유가 있다고 본 사례
판결요지
[1] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조의3은 법인이 비업무용 부동산을 소유하는 것을 법인의 차입금에 대한 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 조건의 하나로 규정하면서 그 비업무용 부동산의 범위를 시행령에서 정하도록 위임하고, 그 위임을 받은 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제43조의2는 비업무용 부동산의 범위에 관한 일반적인 기준을 제시하는 한편 그 구체적인 내용을 재무부령(총리령)에서 정하도록 다시 위임하고, 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조 제3항은 같은법시행령의 규정의 위임에 따라 비업무용 부동산에 해당하는 경우를 개별적으로 열거하고 있는 것으로서 결국 어떤 부동산이 같은법시행규칙 제18조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하면 그것은 바로 같은 법 제18조의3이 정하는 것에 해당한다고 보아야 한다.
[2] 예고등기는 등기말소소송이 제기된 사실을 경고하는 목적을 가질 뿐 그 부동산에 대한 처분을 금지하는 효력까지 생기는 것은 아니라고 할 것인바, 위 예고등기가 경료됨으로써 그 부동산을 처분하는 것에 사실상 지장을 받는 상태가 된다 하여도 이를 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조 제4항 제4호 소정의 '법원에 의하여 사용이 금지된 것'에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이고, 소유권이전등기말소청구의 소에서 청구기각판결이 선고된 것을 소유권확정판결로 볼 수도 없다.
[3] 구 지방세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항, 제3항의 각 규정에서 정당한 사유 없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우를 비업무용 토지로 규정함으로써 '정당한 사유'를 비업무용 토지의 일반적 예외사유로 규정하고 있는 것과는 달리, 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조 제3항은 법인의 비업무용 부동산을 개별적으로 열거하고 그 예외사유에 대하여도 제4항에서 열거하고 있으므로, 위 제3항 각 호의 1에 해당한다면 제4항의 예외사유가 없는 한 그 부동산은 비업무용 부동산으로 볼 수밖에 없고 정당한 사유의 존재는 법인세법상의 비업무용 부동산 해당 여부를 좌우하는 예외사유로 되지 아니한다 할 것이고, 그 규정의 성격상 같은법시행규칙 제18조 제4항을 예시적 규정으로 볼 수도 없다.
[4] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조의3 제1항 제1호에서는 업무의 범위를 제한하고 있지 아니함에도 같은법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제43조의2 제1항이나 같은법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제4호에서는 업무의 범위를 제한하여 '주된 사업' 또는 '주업'에 한정하고 있기는 하나, 법인으로 하여금 비업무용 부동산의 취득은 물론 보유도 규제하여 종국적으로는 비업무용 부동산의 처분을 유도하고자 하는 법의 입법 취지, 법이 하위법규에 위임하여 규율하여야 할 대상이 지극히 다양하고 수시로 변화하는 기업활동 및 부동산 거래에 관한 것으로서 그 위임의 범위를 구체적이고 명확하게 특정하기는 매우 어려운 점 등에 비추어 보면, 같은법시행령 제43조의2 제1항 제4호가 규정하고 있는 '법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산'이나, 임업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하고 있는 임야를 비업무용 부동산으로 규정한 같은법시행규칙 제18조 제3항 제4호의 규정은 같은 법 제18조의3 제1항 제1호의 '당해 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산'을 구체화한 데에 지나지 않는 것으로 모법의 위임범위를 벗어난 규정이라 볼 수 없다.
[5] 법인 소유의 임야를 5년간 비업무용 부동산으로 보아 손금불산입하여 법인세를 부과한 사실이 없다는 것만으로 비과세관행이 성립되었다고 볼 수 없다고 한 사례.
[6] 법인이 그 소유의 임야를 비업무용 부동산으로 보아 그 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 신고·납부하지 않은 데 정당한 사유가 있다고 본 사례.
참조조문
[1] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조의3 (현행 제27조 참조), 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제43조의2 (현행 제49조 참조), 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 (현행 제26조 참조)/[2] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조의3 (현행 제27조 참조), 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제43조의2 제1항 , 제3항 (현행 제49조 제1항 , 제2항 참조), 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조 제4항 제4호 (현행 제26조 제5항 제14호 참조)/[3] 구 법인세법(1998. 12. 22. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조의3 (현행 제27조 참조), 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제43조의2 (현행 제49조 참조), 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 , 제4항 (현행 제26조 참조), 구 지방세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항 , 제3항 [4] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조의3 제1항 제1호 (현행 제27조 제1호 참조), 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제43조의2 제1항 (현행 제49조 제1항 제1호 참조), 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조 제4항 제4호 (현행 제26조 제5항 제14호 참조)/[5] 국세기본법 제15조 , 제18조 제3항 , 구 법인세법(1998. 12. 22. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조의3 (현행 제27조 참조), 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제43조의2 제1항 (현행 제49조 제1항 제1호 참조), 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조 제4항 제4호 (현행 제26조 제5항 제14호 참조)/[6] 국세기본법 제2조 제4호 , 구 법인세법(1998. 12. 22. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제41조 (현행 제76조 참조)
참조판례
[1] , 대법원 1997. 7. 8. 선고 96누3821 판결(공1997하, 2417) 대법원 1999. 5. 25. 선고 98두1482 판결(공1999하, 1299) 대법원 1999. 7. 9. 선고 97누7219 판결(공1999하, 1655) /[2], 대법원 1966. 3. 22. 선고 65다2616, 1617 판결 1994. 9. 13. 선고 94다21740 판결(공1994하, 2644) 대법원 1998. 9. 22. 선고 98다2631 판결(공1998하, 2545) /[3], 대법원 1993. 11. 26. 선고 93누13469 판결(공1994상, 222) 대법원 1998. 3. 13. 선고 97누2641 판결(공1998상, l089) 대법원 1999. 7. 9. 선고 97누7219 판결(공1999하, 1655) /[4], 대법원 1994. 12. 27. 선고 94누7638 판결(공1995상, 719) 대법원 1998. 1. 23. 선고 96누16834 판결(공1998상, 627) /[6], 대법원 1997. 8. 22. 선고 96누15404 판결(공1997하, 2944)
원고
성창기업 주식회사 (소송대리인 변호사 김백영)
피고
서부산세무서장
주문
1. 피고가 1996. 12. 16. 원고에게 한 1993년 귀속 법인세 금 343,120,330원, 1994년 귀속 법인세 금 459,829,290원, 1995년 귀속 법인세 230,219,420원 및 농어촌특별세 금 11,856,870원의 부과처분 중 1993년 귀속 법인세 금 229,187,680원, 1994년 귀속 법인세 금 331,757,120원, 1995년 귀속 법인세 금 186,463,610원, 농어촌특별세 금 8,098,340원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 3분하여 그 2는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
청구취지
피고가 1996. 12. 16. 원고에게 한 1993년 귀속 법인세 금 343,120,330원, 1994년 귀속 법인세 금 459,829,290원, 1995년 귀속 법인세 230,219,420원 및 농어촌특별세 금 11,856,870원의 부과처분을 취소한다.
이유
1. 이 사건 과세처분의 경위
다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 3, 갑 제2호증, 을 제1호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론의 전취지를 더하여 인정할 수 있다.
가. 원고는 합판 제조, 판매 등을 사업목적으로 하는 법인으로서 1986. 9. 22. 산업합리화 대상 기업으로 지정되어 반도목재 주식회사와 성창임원개발 주식회사(이하 '성창임원'이라 한다)를 1987. 3. 31. 및 1988. 1. 30. 각 흡수합병하였는데, 성창임원이 소유하고 있던 별지목록 기재 각 임야(이 사건 '임야'라 한다)가 위 합병으로 인하여 원고의 소유로 되었다.
나. 피고는 이 사건 임야를 법인세법 제18조의3 제1항 제1호에 규정된 비업무용 부동산으로 보아 이와 관련된 차입금의 지급이자 등을 각 사업연도의 필요경비에서 손금불산입하여 1996. 12. 16. 1993년 귀속 법인세 금 343,120,330원, 1994년 귀속 법인세 금 459,829,290원, 1995년 귀속 법인세 230,219,420원 및 농어촌특별세 금 11,856,870원의 각 부과처분(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다)을 하였다.
다. 원고의 사업연도는 10. 1.부터 다음해 9. 30.까지이다.
2. 이 사건 과세처분의 적법 여부
가. 당사자의 주장
피고가 위 과세처분 사유와 관계 법령의 규정을 들어 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같이 주장한다.
첫째, 이 사건 임야는 앞서 본 바와 같이 성창임원이 임업경영상 취득한 것을 산업합리화계획에 의하여 원고가 취득한 것으로서 이 사건 임야가 원고의 업무와 관련이 없는 부동산도 아니고, 원고가 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하고 있는 것도 아니므로 이는 법인세법(이하 '법'이라 한다) 제18조의3 제1항, 제2항 소정의 비업무용 부동산이 아니다.
둘째, 그렇지 않다고 하더라도 이 사건 임야는 법인세법시행규칙(이하 '규칙'이라 한다) 제18조 제4항 제4호에 해당한다.
셋째, 그렇지 않다고 하더라도 이 사건 임야는 규칙 제18조 제4항 제8호에 해당한다.
넷째, 규칙 제18조 제4항은 예시적 규정으로 볼 것이므로 이에 해당하지 아니하더라도 정당한 사유가 있는 경우는 비업무용 부동산에서 제외되는 것으로 볼 것이고, 원고가 이 사건 임야를 보유하고 있는 것은 소유권을 둘러싼 쟁송과 이에 따른 예고등기 등으로 사실상 처분이 불가능한 상태에 있어 이를 처분하지 못하였기 때문으로서 이 사건 임야를 보유하고 있는 데에 정당한 사유가 있으므로 비업무용 부동산으로 보아 손금불산입하여서는 아니 된다.
다섯째, 법인세법시행령(이하 '영'이라 한다) 제43조의2 제1항 제4호 및 규칙 제18조 제3항 제4호는 법의 위임범위를 초과하여 무효이다.
여섯째, 정부의 산업합리화지정에 따른 합병에 의하여 임업을 주업으로 하던 성창임원이 보유하던 이 사건 임야를, 임업을 주업으로 하지 않는 법인인 원고가 보유하게 됨으로써 주업이 아닌 것으로 되었을 뿐인데 이를 형식적인 법규정상 비업무용 부동산에 해당한다고 하여 손금불산입하여 법인세를 부과하는 것은 과세권의 남용이며, 피고가 수년간 비업무용 부동산에 해당하지 아니한다고 하다가 소급하여 비업무용 부동산으로 보아 과세하는 것은 신의칙에 위배된다.
일곱째, 원고는 이 사건 임야가 비업무용 부동산에서 제외되는 것으로 믿고 관련 차입금의 지급이자를 손금불산입하지 아니한 것으로 이는 원고에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우이므로 가산세 부과는 위법하다.
나. 관계 법령
법 제18조의3 [지급이자의 손금불산입] ① 다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것
(제2호 이하 생략)
② 대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 보유하는 경우에 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.
(제1, 2호 생략)
3. 임야·농경지·목장용 부동산 등으로서 대통령령이 정하는 용도에 사용하는 부동산(제1항 제1호의 규정을 적용받는 부동산의 부분을 제외한다)[1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정된 규정]
[1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 규정] 임야·농경지·목장용 부동산 기타 대통령령이 정하는 용도에 사용되는 부동산
영 제43조의2 [지급이자의 손금불산입] ① 법 제18조의3 제1항 제1호에서 '대통령령이 정하는 것'이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산(이하 '비업무용 부동산 등'이라 한다)을 말한다.
1. 부동산 취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산
2. 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산
3. 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산
4. 법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산
5. 업무에 적합한 시설을 갖추지 못하였거나 업무와의 관련 정도가 적은 부동산
③ 제1항의 규정에 의한 비업무용 부동산 등의 판정기준에 관하여는 재무부령(총리령)으로 정한다.
⑤ 법 제18조의3 제2항에서 "대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인"이라 함은 차입금이 자기자본의 2배를 초과하는 법인을 말한다.
⑪ 법 제18조의3 제2항 제3호에서 '대통령령이 정하는 용도에 사용하는 부동산'이라 함은 제5항의 규정에 의한 법인이 보유하는 임야·농경지·목장용 부동산·연수원 또는 휴양소용 부동산 기타 재무부령이 정하는 부동산을 말한다(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 규정).
[1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정된 규정) 법 제18조의3 제2항 제3호에서 '대통령령이 정하는 용도에 사용하는 부동산'이라 함은 제5항의 규정에 의한 법인이 보유하는 임야·농경지·목장용 부동산·연수원 또는 휴양소용 부동산 등으로서 총리령이 정하는 부동산을 말한다.
규칙 제18조 [지급이자의 손금불산입] ③ 영 제43조의2 제1항 및 동조 제3항에서 '비업무용 부동산 등'이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다
(제1, 2, 3호 생략)
4. 임야·조림용 묘포장. 다만, 다음의 부동산을 제외한다.
가. 임업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 산림법에 의한 보전임지 안에 있는 임야로서 영림계획인가를 받아 시업중인 임야(도시계획구역 안의 임야인 경우에는 도시계획구역에 편입된 날부터 1년이 경과되지 아니한 것에 한한다)
나. 임업을 주업으로 하는 법인이 산림법에 의한 보전임지 안에 영림계획인가를 받아 조림을 하기 위하여 소유하는 묘포장용 토지 중 당해 영림계획상의 조림 면적의 100분의 1에 해당하는 면적 이내의 토지로서 그 지목이 전·답 또는 임야인 것(도시계획구역 안의 전·답 또는 임야인 경우에는 도시계획구역에 편입된 날부터 1년이 경과되지 아니한 것에 한한다)
④ 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용 부동산으로 보지 아니한다.
(제1호 내지 제3호 생략)
4. 당해 부동산 취득 후 소유권에 관한 소송이 계속중인 부동산으로서 법원에 의하여 사용이 금지된 것과 그 부동산에 대한 소유권확정판결일로부터 2년이 경과되지 아니한 것
(제5, 6, 7호 생략)
8. 조세감면규제법 제46조 제2항, 제59조(동조 제10호를 제외한다) 또는 제67조의3 제1항의 적용을 받는 부동산(1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 것)
다. 원고의 첫째 주장에 대한 판단
법 제18조의3은 법인이 비업무용 부동산을 소유하는 것을 법인의 차입금에 대한 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 조건의 하나로 규정하면서 그 비업무용 부동산의 범위를 시행령에서 정하도록 위임하고, 그 위임을 받은 영 제43조의2는 비업무용 부동산의 범위에 관한 일반적인 기준을 제시하는 한편 그 구체적인 내용을 재무부령(총리령)에서 정하도록 다시 위임하고, 규칙 제18조 제3항은 영의 규정의 위임에 따라 비업무용 부동산에 해당하는 경우를 개별적으로 열거하고 있는 것으로서 결국 어떤 부동산이 규칙 제18조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하면 그것은 바로 법 제18조의3이 정하는 것에 해당한다고 보아야 할 것인바, 이 사건 임야는 규칙 제18조 제3항 제4호에서 규정하고 있는 '임야'에 해당하는 이상 이는 법 제18조의3 제1항 제1호 소정의 비업무용 부동산에 해당한다고 볼 수밖에 없다 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
라. 원고의 둘째 주장에 대한 판단
(1) 갑 제2호증, 갑 제8호증의 1, 2, 3, 갑 제9호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론의 전 취지를 더하여 보면, 이 사건 임야의 전 소유자인 소외 구태은은 이 사건 임야에 관한 성창임원 명의의 소유권이전등기가 원인무효임을 전제로 원고 및 이 사건 임야에 대한 근저당권자 및 지상권자인 주식회사 한국상업은행, 주식회사 한일은행(이하 '한일은행'이라 한다) 등을 상대로 부산지방법원 89가합14943호 및 89가합14949호로 위 소유권이전등기, 근저당권 및 지상권설정등기 등의 말소를 구하는 소를 제기하여 1991. 8. 21. 한일은행에 대하여는 승소판결을 그 외의 청구에 대하여는 청구기각 판결을 선고받아, 그 시경 한일은행에 대한 판결은 확정되고, 나머지 판결에 대하여는 위 구태은이 부산고등법원에 항소하였으나 1993. 12. 3. 위 법원 91나12219 판결 및 91나12226 판결로 각 항소기각되었고, 이에 위 구태은이 상고하였으나 1994. 3. 8. 대법원 94다5281 판결 및 94다5298 판결로 각 상고기각된 사실, 위 구태은이 위와 같이 부산지방법원에 위 소유권이전등기, 지상권 및 근저당권설정등기 말소청구의 소를 제기하였을 때 위 법원은 1989. 7. 7. 직권으로 이 사건 임야에 대하여 위 소유권이전등기, 근저당권 및 지상권설정등기의 말소예고등기를 촉탁하여 그 시경 이 사건 임야에 그 예고등기가 경료된 사실은 인정된다.
(2) 그러나 예고등기는 등기말소소송이 제기된 사실을 경고하는 목적을 가질 뿐 그 부동산에 대한 처분을 금지하는 효력까지 생기는 것은 아니라고 할 것인바(대법원 1966. 3. 22. 선고 65다2616, 1617 판결, 1994. 9. 13. 선고 94다21740 판결 등 참조), 위 예고등기가 경료됨으로써 그 부동산을 처분하는 것에 사실상 지장을 받는 상태가 된다 하여도 이를 규칙 제18조 제4항 제4호 소정의 '법원에 의하여 사용이 금지된 것'에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이고, 소유권이전등기말소청구의 소에서 청구기각판결이 선고된 것을 소유권확정판결로 볼 수도 없다 하겠으므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
마. 원고의 셋째 주장에 대한 판단
구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되기 전의 것) 제46조 제2항은 "산업합리화 대상으로 지정된 산업 또는 기업이 합리화 기준에 따라 다음 각 호의 1에 정하는 방법으로 자산을 양도한 경우에는 그 양도차익에 대한 법인세 및 특별부가세와 양도소득세를 면제하고, 제1호의 방법으로 양도한 경우에는 그 자산의 양수에 따른 취득세 및 등록세를 또한 면제한다."고 규정하고, 제1호로 '다른 지정산업 또는 기업에 양도하는 경우'를, 제2호로 '대통령령이 정하는 금융기관과 협의하여 한국산업은행법에 의하여 설립된 성업공사 또는 한국토지개발공사법에 의하여 설립된 한국토지개발공사에 양도하거나 위탁하여 양도하는 경우'를, 제3호로 '지정산업 또는 기업이 금융기관에 대한 채무를 상환하기 위하여 대물변제하는 경우' 등을 들고 있고, 같은 법 제59조는 개발사업시행자에 대한 양도소득세의 면제를, 제67조의3 제1항은 학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세 면제에 대하여 규정하고 있는바, 이 사건 임야가 위 규정 어디에도 해당하지 않음은 명백하므로(위 법 제46조 제2항은 산업합리화 대상으로 지정된 산업 또는 기업이 자산을 양도한 경우의 법인세 등의 면제를 규정하고 있는 것일 뿐 이 사건과 같이 보유하고 있는 데 대한 규정이 아니다) 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
바. 원고의 넷째 주장에 대한 판단
지방세법시행령 제84조의4 제1항, 제3항의 각 규정에서 정당한 사유 없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우를 비업무용 토지로 규정함으로써 '정당한 사유'를 비업무용 토지의 일반적 예외사유로 규정하고 있는 것과는 달리, 법인세법시행규칙 제18조 제3항은 법인의 비업무용 부동산을 개별적으로 열거하고 그 예외사유에 대하여도 제4항에서 열거하고 있으므로, 위 제3항 각 호의 1에 해당한다면 제4항의 예외사유가 없는 한 그 부동산은 비업무용 부동산으로 볼 수밖에 없고 정당한 사유의 존재는 법인세법상의 비업무용 부동산 해당 여부를 좌우하는 예외사유로 되지 아니한다 할 것이고(대법원 1993. 11. 26. 선고 93누13469 판결, 1998. 3. 13. 선고 97누2641 판결 등 참조), 그 규정의 성격상 규칙 제18조 제4항을 예시적 규정으로 볼 수도 없다 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
사. 원고의 다섯째 주장에 대한 판단
앞서 본 바와 같이 영 제43조의2 제1항은 법 제18조의3 제1항 제1호에서 위임받은 '당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산'으로서 비업무용 부동산으로 다루어져야 할 부동산으로 '법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산'을 들고 있고, 규칙 제18조 제3항 제4호는 영 제43조의2 제1항, 제3항에서 위임받은 비업무용 부동산으로 '임야·조림용 묘포장'을 원칙적으로 비업무용 부동산으로 규정한 다음 다만, 임업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 임야에 한하여서만 비업무용 부동산에서 제외하고 있다.
살피건대, 법에서는 업무의 범위를 제한하고 있지 아니함에도 위 영이나 규칙에서는 업무의 범위를 제한하여 '주된 사업' 또는 '주업'에 한정하고 있기는 하나, 법인으로 하여금 비업무용 부동산의 취득은 물론 보유도 규제하여 종국적으로는 비업무용 부동산의 처분을 유도하고자 하는 법의 입법 취지, 법이 하위법규에 위임하여 규율하여야 할 대상이 지극히 다양하고 수시로 변화하는 기업활동 및 부동산 거래에 관한 것으로서 그 위임의 범위를 구체적이고 명확하게 특정하기는 매우 어려운 점 등에 비추어 보면 영 제43조의2 제1항 제4호가 규정하고 있는 '법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산'이나, 임업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하고 있는 임야를 비업무용 부동산으로 규정한 규칙 제18조 제3항 제4호의 규정은 법 제18조의3 제1항 제1호의 '당해 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산'을 구체화한 데에 지나지 않는 것으로 모법의 위임범위를 벗어난 규정이라 볼 수는 없다 할 것이므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
아. 원고의 여섯째 주장에 대한 판단
(2) 한편, 국세기본법 제15조, 제18조 제3항의 규정이 정하는 신의칙 내지 비과세 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재하였을 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요한다고 할 것인바, 피고는 합병에 의하여 원고가 이 사건 임야의 소유자가 된 1988년부터 1992년까지는 이 사건 임야를 비업무용 부동산으로 보아 손금불산입하여 법인세를 부과한 사실이 없음은 피고가 자백하고 있으나, 피고가 과세할 수 있음을 알면서도 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시되었음을 인정할 만한 이무런 증거를 찾아볼 수 없으므로 신의칙에 어긋난다는 원고의 주장도 이유 없다.
자. 원고의 일곱째 주장에 대한 판단
(1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 할 것이다(대법원 1997. 8. 22. 선고 96누15404 판결 참조).
(2) 앞서 든 증거에 의하면, 원고는 이 사건 임야에 관련된 차입금의 지급이자 등을 각 사업연도의 필요경비에 손금산입하여 1993년, 1994년, 1995년도 법인세를 자진신고, 납부하였고, 피고도 그 때마다 실지조사를 하였으나 이를 지적하여 경정처분을 한 바가 없었는데 이 사건 부과처분일에 이르러서야 비로소 이 사건 임야가 비업무용 부동산에 해당하여 지급이자의 손금불산입 대상이 된다는 이유로 이 사건 처분을 하였던 사실을 인정할 수 있고, 거기에다가 1992년까지는 이에 대한 과세처분을 하지도 아니하였던 점, 앞서 본 바와 같이 이 사건 임야가 국가의 산업합리화 정책에 따라 성창임원을 합병함으로써 원고의 소유로 된 것이지 원고가 별도의 법률행위 등을 통하여 취득한 부동산은 아닌 점, 이 사건 임야의 전 소유자인 소외 구태은이 위와 같이 원고 등을 상대로 이 사건 임야에 대한 소유권이전등기말소청구의 소를 제기하여 소송계류 중이었을 뿐 아니라 예고등기가 경료되면 사실상 거래를 제한하는 효과가 있으므로 이 사건 임야가 규칙 제18조 제4항 제4호 소정의 비업무용 부동산 제외사유에 해당하는 것으로 해석될 여지가 있었던 점 등을 종합하여 보면, 원고에게 이 사건 임야를 비업무용 부동산으로 보아 법인세 신고·납부시 그 지급이자를 손금불산입할 것을 기대하는 것은 무리라 할 것이고, 따라서 원고가 이에 대한 신고·납부의무를 해태한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
(3) 나아가 가산세를 공제한 정당한 세액을 산정하면 [별지] 세액계산서와 같이 1993년도 법인세는 금 229,187,680원, 1994년도 법인세는 금 331,757,120원, 1995년도 법인세는 금 186,463,610원, 농어촌특별세는 금 8,098,340원이 된다.
3. 결 론
그렇다면 피고의 이 사건 부과처분 중 위 인정 세액을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것인바, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.