조심2014서1280 (2014.09.17)

독립적으로 제공한 택지조성공사용역은 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설의 부수용역이라고 볼 수 없음

국민주택 건설용역이 포함되지 않은 택지조성공사만 수행하고 주된 용역인 국민주택 건설공사는 다른 시공사들이 수행한 경우 택지조성공사 용역은 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설의 부수용역이라고 볼 수 없음

조세특례제한법 제106조부가가치세의 면제 등

2014구합74855 부가가치세부과처분취소

AA건설 주식회사

성동세무서장

2015.06.26

2015.07.24

1. 피고가 2013. 11. 11. 원고에 대하여 한 별지 1 부과처분표의 '원 세액' 부분 기재 각 과세처분 중 '가산세'란 기재 각 과세처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 6/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 11. 11. 원고에 대하여 한 부가가치세 2008년 2기분 OOO원, 2009년 1기분 OOO원, 2009년 2기분 OOO원, 2010년 1기분 OOO원, 2010년 2기분 OOO원, 2011년 2기분 OOO원(각 가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 토목건축공사업을 영위하는 법인으로, 2007. 4. 11. 소외 주식회사 BB건설과 함께 OO시 CC공사('OO시 CC공사 설립 및 운영에 관한 조례'에 따라 OO시가 자본금 전액을 출자하여 설립한 지방공기업으로서 이하 'CC공사'라 한다)가 전자공고한DD지구(이하 '이 사건 사업지구'라 한다) 도시개발사업 단지조성공사(토공사, 우수공사, 오수공사, 상수도공사, 포장공사, 구조물공사, 문화재 시굴조사 등으로, 이하 '이 사건 공사'라 한다)의 시공자로 선정되어 2007. 4. 11. CC공사와 사이에 공사도급계약(이하 '이 사건 공사도급계약'이라 한다)을 체결하였다.

나. 이 사건 사업지구 중 CC공사가 유상으로 공급하는 주택건설용지에는 주택법 제2조 제3호에서 정한 '국민주택의 건설을 위하여 공급되는 부분이 포함되어 있는데, 당초 이 사건 계약에서는 우수공사비, 오수공사비, 상수도공사비, 포장공사비, 구조물공사비, 문화재 시굴조사비는 전부가 부가가치세 과세대상인 것으로 하고, 토공사와 그 부대공사비는 조세특례제한법 제106조에 따라 직접공사비에 전체 공사면적에서 국민주택 부지면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되고 나머지만 부가가치세의 과세대상인 것으로 하였다. 그러나, OO시는 CC공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 한 사업지구 내에서 국민주택규모의 국민주택과 그 초과규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 '전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급 면적에서 국민주택건설용지 면적이 차지하는 비율에 상응하는 부가가치세'는 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 9. 3.경 CC공사에게 위와 같은 결론에 따라 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 국민주택 건설사업과 관련하여서는 시공사와의 설계변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라고 지시하였다.

"다. 피고는 위와 같은 OO시의 지침에 따라 2007. 12. 21. 총 택지개발공사비에 이 사건 사업지구의 유상공급부지면적에서 국민주택부지면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되고 나머지만 부가가치세의 과세대상인 것으로 변경계약(이하 '이 사건 변경계약'이라 한다)을 체결하였다.",라. 원고는 이 사건 변경계약에 따라 과세부분에 대해서는 세금계산서를, 면세부분에 대해서는 계산서를 각 발행하고, 그에 따라 부가가치세를 신고・납부하였다.

마. 서울지방국세청장은 CC공사에 대하여 법인정기조사를 실시한 결과 원고가 CC공사에 공급한 택지조성공사용역은 아파트 건설용역이 아닌 택지조성만을 위하여 CC공사로부터 별도로 도급받아 수행한 것으로서 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없으므로 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에 해당하지 아니한다고 보고 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다.

바. 이에 따라 피고는 원고가 이 사건 공사와 관련하여 CC공사에 교부한 계산서 금액을 부가가치세 과세분 공급대가로 보고 2013. 11. 11. 원고에게 별지 1 부과처분표의 '당초 경정' 부분 기재와 같이 부가가치세를 경정・고지하였다.

사. 원고는 이에 불복하여 2014. 2. 10. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 피고는 심판이 진행중이던 2014. 2. 25. 2008년 2기분을 제외한 나머지 부분에 관하여 원고의 당초 부가가치세 신고・납부시 면세분 매입세액으로 매출세액에서 불공제하였던 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 합계 OOO원을 감액경정하였고, 조세심판원이 2014. 9. 17. '피고가 감액경정에서 제외하였던 2008년 2기분 부가가치세의 면세분 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 원고의 나머지 청구는 기각한다'고 결정함에 따라, 2014. 9. 29. 2008년 2기분 부가가치세에 대하여 감액경정을 하였다(별지 1 부과처분표의 '1차 감액' 부분 참조).

아. 피고는 이 사건 소가 제기된 후 1차 감액 과정에서의 오류를 발견하고 2015. 3. 30. 2차 감액경정을 하였다(별지 1 부과처분표의 '2차 감액' 부분 참조, 이하 2차 감액에 따라 최종적으로 경정된 부가가치세 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10, 12, 13, 16 내지 18호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 이 사건 처분 중 본세 부분에 대하여

1) 주위적으로, 이 사건 공사, 즉 택지 조성 공사용역은 주택이 건설되기 위하여 필수적으로 수반되어야 하는 용역으로서, 주택 건설용역의 일부를 이루고 있는 것이므로 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호가 정한 용역에 해당한다. 설령 이 사건 공사가 국민주택 건설용역 자체가 아니라고 하더라도, 통상적으로 국민주택 건설용역에 부수하여 공급되는 용역에 해당하므로, 위 규정 및 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제3항에 따라 부가가치세가 면제되어야 한다. 또한, 원고는 국세청의 공적 견해표명과 OO시 및 그 산하 공기업인 CC공사의 견해를 신뢰하고 CC공사의 요구에 따라 과세부분과 면세부분을 나누어 각각 세금계산서 및 계산서를 발행한 후 그에 따라 부가가치세를 신고・납부한 것이므로, 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다.

2) 예비적으로, 피고는 원고가 수행한 공사용역 전체가 과세대상임을 전제로 이 사건 처분을 하였으나, 적어도 원고가 수행한 이 사건 공사의 공급대가 중 전체 공사면적에서 국민주택 건설용지 면적이 차지하는 비율에 해당하는 부분에 대하여는 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되어야 한다.

나. 이 사건 처분 중 가산세 부분에 대하여

설령 이 사건 처분 중 본세 부분의 전부 또는 일부가 적법하다고 하더라도, 원고는 OO시의 지침을 받은 CC공사의 일방적인 요구에 따라 이 사건 변경계약을 체결하고 면세부분에 해당하는 부가가치세를 징수하지 못한 것으로서, 원고에게 의무이행의 기대가능성이 없어 그 의무해태에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 본세 부분에 대한 판단

1) 이 사건 공사가 국민주택 건설용역에 해당하는지 여부

가) 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호는 대통령령으로 정하는 국민주택과 그 주택의 건설용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제106조 제4항은 '대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역'이란 '주택법에 따른 국민주택 규모 이하의 주택', '건설산업기본법, 전기공사업법, 소방법, 정보통신공사업법, 주택법, 하수도법, 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 국민주택 규모 이하의 주택의 건설용역'을 말한다고 규정하고 있으므로, 위 규정에 의해 부가가치세가 면제되는 것은 국민주택 그 자체의 공급과 그 국민주택의 건설에 있어 필수적인 건설용역이나 전기공사용역, 소방용역 등의 관련 건설용역의 공급이다(대법원 1992. 2. 11. 선고 91누7040 판결 등 참조).

나) 위와 같은 법리를 토대로 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 공사가 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 의하여 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에 해당한다고 볼 수 없다.

① 이 사건 공사는 도시개발법에 근거하여 시행되는 도시개발사업의 단지조성공사로서 이 사건 사업지구 전반에 대한 토공사, 우수공사, 오수공사, 상수도공사, 포장공사, 구조물공사, 문화재 시굴조사 등이 포함되고, OO시의 개발계획 및 실시계획에 의하면, 이 사건 사업지구는 주택건설용지(단독주택용지, 공동주택용지, 근린생활시설용지)와 공공시설용지(도로, 주차장, 광장, 공원, 녹지, 학교, 공공청사, 체육시설, 교육시설, 사회복지시설, 자족시설, 종교시설 등)로 구성되는바, 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 공사와 같은 단지조성공사 단계에서는 국민주택단지의 안과 밖의 구분도 있을 수 없는 상태라는 것인데, 원고의 주장과 같이 주택 건설에 필요하고 수반된다는 이유로 이러한 공사 단계에서부터 국민주택 건설용역에 모두 포함된다고 볼 경우, 위와 같이 주택건설용지 외부에서 이루어지는 공공시설의 건설 공사를 포함하여 면세의 범위가 무분별하게 확대될 위험이 있다.

② 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2012. 3. 15. 선고 2011두14524 판결 등 참조), 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제2호에서 부가가치세의 면제대상을 '국민주택 건설을 위한 용역'이나 '국민주택 건설과 관련된 용역'이 아닌 '국민주택의 건설용역'으로 규정하고 있는 이상 이는 국민주택 자체의 건설용역만을 의미한다고 보아야 하고, 이 사건 공사와 같이 국민주택 등의 건설에 앞서 독자적으로 진행된 단지 전체에 대한 기반시설 공사까지 이에 포함되는 것으로 볼 수는 없다.

③ 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 입법취지가 국민주택의 수요자인 서민들에게 보다 저렴한 가격으로 주택을 공급받을 수 있도록 지원하는데 있다고 하더라도, 이는 국민주택 자체의 건설용역에 대하여 부가가치세를 면제하는 방법을 통해서도 상당부분 달성될 수 있는 것이고, 입법자가 그 적용범위를 무조건 확대하여 국민주택의 건설과 관련 있는 모든 용역에 대해 부가가치세를 면제하고자 하는 의도에서 위와 같은 규정을 입법하였다고 볼 수도 없다.

④ 또한, 일단 법령에 정한 요건사실이 충족되면 일률적으로 그 법령을 적용하여야 하는 것이 원칙이고, 구체적인 사안에서 그 입법목적과의 배치 여부를 따져 그 적용 여부를 결정할 수는 없는 것이므로(대법원 2007. 8. 23. 선고 2005두13162 판결, 대법원 1999. 3. 26. 선고 98두1673 판결 등 참조), 이 사건 공사비가 이 사건 사업지구 내 주택조성원가의 택지조성 총공사비 중 조성비에 포함되어 주택 분양가격 산정에 반영되었고, 이에 따라 국민주택구매자를 포함한 이 사건 사업지구 내 주택의 수요자가 그 비용을 지불하였다는 사정만으로 이 사건 공사를 국민주택 건설용역에 포함시켜 부가가치세가 면제되어야 한다고 볼 수는 없다.

2) 이 사건 공사가 국민주택 건설용역에 부수하는 용역으로서 부가가치세 면제대상에 해당하는지 여부

가) 구 부가가치세법 제1조 제4항은 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 규정하고, 같은 법 제12조 제3항에서는 '부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다'고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제3조 제1, 2호에서는 '주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역'으로 '당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역', '거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역'을 규정하고 있다.

나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것이므로, 구 부가가치세법 제12조 제3항의 규정에 따라 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급으로서 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 것의 범위는 부가가치세가 면세되는 주된 재화 또는 용역을 공급하면서 그에 필수적으로 부수되는 어느 재화 또는 용역을 공급하는 사업자 자신의 거래로만 국한하여야 하고(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결, 대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두4849 판결 등 참조), 이는 조세특례제한법으로 면세되는 재화 또는 용역에 대하여도 마찬가지다.

다) 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합해 보면, 원고는 이 사건 사업지구에서 국민주택 건설용역이 포함되지 않은 이 사건 공사만을 수행하였을 뿐 국민주택 건설공사는 수행하지 않았고, 다른 시공사들이 그 건설공사를 수행한 것으로 보이는바, 따라서 설령 이 사건 공사를 국민주택 건설에 필수적으로 부수되는 용역으로 보더라도, 국민주택 건설공사라는 주된 용역의 공급자가 아닌 원고가 독립적으로 CC공사에게 제공한 이 사건 공사는 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 의해 부가가치세가 면제되는 부수용역이라고 볼 수 없다.

3) 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 반하는지 여부

가) 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없으며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하였는데, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되는 경우에는 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용될 수 있으나(대법원 2006. 4. 27. 선고 2003두7620 판결 등), 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 신뢰보호의 원칙을 적용할 수 없고{대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두5203 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두19447, 2007두19454(병합) 판결 참조}, 과세관청이 구체적인 사안에 대하여 어떤 견해를 표명한 경우에도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조). 또한, 행정상 법률관계에 있어서 특정의 사항에 대해 신뢰보호의 원칙상 처분청이 그와 배치되는 조치를 할 수 없다고 할 수 있을 정도의 행정관행이 성립되었다고 하려면 상당한 기간에 걸쳐 그 사항에 대해 동일한 처분을 하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 처분청이 그 사항에 관해 다른 내용의 처분을 할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그러한 처분을 하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 한다 할 것이므로, 단순히 착오로 어떠한 처분을 계속한 경우는 이에 해당되지 않는다 할 것이고, 따라서 처분청이 추후 오류를 발견하여 합리적인 방법으로 변경하는 것은 위 원칙에 위배되지 않는다(대법원 1993. 6. 11. 선고 92누14021 판결 참조).

나) 위와 같은 법리를 토대로 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들에 변론

전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들, 즉 ① OO시와 CC공사는 과세관청이 아니므로, OO시나 그 지시를 받은 CC공사가 원고에게 자체적으로 판단한 국민주택건설용지 비율에 따라 부가가치세 면세율을 정하도록 요구한 것만으로는 이를 과세처분에 있어서 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명이라고 할 수 없는 점, ② 원고는 이 사건 처분이 국세청의 공적 견해표명[부가가치세과-5035(2008. 12. 29.), 부가1265. 1-1366(1983. 7. 9.)]에 대한 원고의 신뢰를 침해한다고 주장하고, 국세청이 위 질의회신에서 '건설산업기본법 등에 의하여 등록한 자가 국민주택 택지조성을 위한 건설용역을 제공하는 경우에는 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임', '조세감면규제법 시행령 제58조에 규정하는 자가 공급하는 국민주택 건설용역에는 국민주택 택지조성을 위한 건설용역과 국민주택에 부수되는 부대시설인 도로포장, 상수도, 조경, 어린이놀이터, 운동시설, 울타리(담장) 등의 설치에 대한 건설용역이 포함되는 것임'이라고 답변한 사실은 인정되나, 위 질의회신은 원고의 질의에 대한 답변이 아닐 뿐만 아니라 단순한 상담 내용에 불과하여 이를 원고에 대한 과세관청의 공식적인 견해표명이라고 보기 어렵고, 구체적인 사실관계가 불명확하여 이 사건 공사에도 동일하게 적용된다고 단정할 수 없으며, 위 질의회신이 예규로서 대외적으로 공표되었다 하더라도 이는 불특정의 납세자를 상대로 일반적으로 공표한 세법 해석에 관한 견해 표명에 불과하여 신뢰보호 원칙의 적용에 요구되는 과세관청의 공적 견해표명에 해당된다고 보기 어려운 점, ③ 위 2008. 12. 29.자 질의회신의 경우 원고가 CC공사와 사이에 공사도급계약을 체결한 2007. 4. 11. 뿐만 아니라, 이 사건 변경계약을 체결한 2007. 12. 21.로부터도 약 1년이 경과한 이후에 이루어진 것이고, 원고가 이 사건 공사를 함에 있어 위와 같은 국세청의 질의회신 내용을 알고 있었다거나 이를 바탕으로 부가가치세가 감면될 것으로 신뢰하여 이 사건 공사를 하였다고 볼 증거도 없는 점, ④ 피고도 서울지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받기 전까지는 원고가 이 사건 공사대금 중 일부를 제외하고 부가가치세를 신고하였다는 사실을 인지하지 못했던 것으로 보일 뿐 달리 피고가 원고에게 위 신고의 정당성에 대해 어떠한 신뢰를 부여했다고 볼 만한 사정도 없는 점, ⑤ 이외에 달리 신뢰보호의 원칙상 피고가 이 사건 처분과 같은 조치를 할 수 없다고 할 수 있을 정도로 이 사건 공사와 같은 도시개발사업 단지조성공사에 대한 비과세관행이 존재한다고 볼 자료도 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 처분에 신뢰보호원칙을 위반한 위법이 있다고 볼 수 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

4) 소결

따라서, 이 사건 본세 부과 처분은 적법하고, 이에 대한 원고의 주장은 모두 이유 없다.(위와 같이 원고가 수행한 이 사건 공사 전체가 국민주택 건설용역에 해당하지 아니하여 부가가치세 부과 대상에 해당한다고 보는 이상, 이 사건 공사 중 일부에 대하여 부가가치세가 면제되어야 한다는 취지의 원고의 예비적 주장 또한 이유 없으므로, 이에 대하여는 더 나아가 판단하지 아니한다).

나. 가산세 부분에 대한 판단

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 않는 것이나, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2006두11750 판결, 대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 등 참조).

2) 살피건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거, 갑 제14, 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉, ① 이 사건 사업지구 전체 면적(OOO㎡) 중 주택건설용지는 OOO㎡이고, 이 중 국민주택 건설용지는 OOO㎡로 원고와 BB건설이 수행한 이 사건 공사에는 국민주택 건설용지에 해당하는 부분에 대한 택지조성공사가 포함되어 있는 것으로 보이고, 이 사건 공사는 국민주택 건설용역에 선행하는 기반시설공사로서 그 비용 또한 국민주택 공급가격에 포함되었으며, 이 사건 변경계약에서 뿐만 아니라 당초 이 사건 공사도급계약에서도 토공사와 그 부대공사비는 구 조세특례제한법 제106조에 따라 직접공사비에 전체 공사면적에서 국민주택 부지면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되는 것으로 계약을 체결하였다는 점에서 이 사건 공사를 국민주택 건설용역에 필수적이거나 부수하여 제공하는 것이라고 오인할 만한 객관적인 사정이 존재하였다고 볼 여지가 있는 점, ② 원고는 OO시의 지침을 받은 CC공사로부터 2007. 12. 10. '개선된 국민주택건설용역 부가세 산정방법에 의거 천왕지구 도시개발사업 단지조성공사의 계약 변경을 시행할 예정이니 관련서류를 작성・제출하라'는 내용의 지시부를 받은 뒤 그로부터 약 10일 만에 CC공사에서 작성해온 내용대로 이 사건 변경계약을 체결한 것으로 보이는 점, ③ 피고는 OO시의 CC공사에 대한 지침에 첨부된 보고서(갑 제6호증)상으로도 국세청은 '시설녹지, 공원, 도로 등이 국민주택의 부대시설 건설용역에 해당되는지 여부는 사실판단에 따른다'는 유보적인 입장을 취하고 있었으므로, 원고는 이 사건 공사의 부가가치세 면제 여부에 대해 좀 더 신중한 판단을 할 수 있었다고 주장하나, 위 지침 및 보고서는 OO시가 CC공사에 보낸 내부 문서로서 원고가 이 사건 변경계약 체결 및 관련 부가가치세 신고・납부 당시 위와 같은 국세청의 검토 내용을 알았다고 볼 증거가 없고, CC공사가 상급기관인 OO시의 지침을 받아 이 사건 변경계약의 체결을 요구함에 있어서는 과세관청을 포함한 관련 기관의 검토를 거쳐 적법하게 법령을 해석한 결과에 따른 것이라고 신뢰하였을 것으로 보이며, 원고는 OO시 소속 공기업인 CC공사로부터 이 사건 공사를 공동으로 도급받아 진행하는 중소건설업체로서 CC공사의 요구를 거절하거나 계약 내용에 대해 이의를 제기하기는 어려웠을 것으로 보이는 점, ④ 원고는 단순히 CC공사로부터 부가가치세를 징수하여 이를 그대로 납부하는 지위에 있으므로 이 사건 공사에 대한 부가가치세의 납부여부에 따라 별도의 이익을 얻는 것이 아니고, 따라서 원고에게 이 부분 세금 신고나 납부를 해태할 의도가 있었다고 보기 어려운 점, ⑤ 원고는 2007. 4. 11. 이 사건 공사도급계약 체결 후 주식회사 BB건설과 함께 공사를 진행하여 2011년 말경 이 사건 공사를 완료한 것으로 보이고, 과세관청은 당초 OO시가 CC공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 후 CC공사에 지침을 전달하는 과정에서 OO시와의 협의를 통하여 해당 내용을 인지하고 있었을 것임에도 이 사건 공사의 준공 이후 CC공사에 대한 조사결과를 토대로 2013. 11.에 이 사건 처분을 하였는바, 원고가 이 사건 공사 초기에 납부한 부가가치세에 대하여는 이미 부과제척기간이 완성되는 등 오랜 시간이 경과한 상태에서 이 사건 변경계약의 내용에 따라 부가가치세를 납부하지 아니한 기간 전부에 대하여 고율의 납부불성실가산세 등을 부과하는 것은 지나치게 가혹한 점 등을 고려해 보면, 원고의 이 사건 공사 관련 부가가치세 신고・납부에 있어 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 별지 1 부과처분표의 '원 세액' 부분 기재 각 과세처분 중 '가산세'란 기재 각 과세처분은 위법하여 취소되어야 한다.

5. 결론

원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 부분은 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.