조심-2016-부산청-0805 (2016.05.30)

명의대여자 명의로 발급된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당함

명의대여자 명의로 발급된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고 허위의 세금계산서에 해당한다는 사실을 알지 못한 데 과실이 없었다고 인정하기 부족하며, 부당과소신고가산세 처분은 위법함

부가가치세법 제39조공제하지 아니하는 매입세액

2016구합22606 부가가치세등부과처분취소

주식회사 ○○스틸

△△△세무서장

2017.08.18.

2017.10.20.

1. 피고가 2015. 10. 1. 원고에 대하여 한, 2012년 제1기분 부가가치세 960,271,200원의 부과처분 중 799,116,666원을 초과하는 부분, 2012년 제2기분 부가가치세 946,149,100원의 부과처분 중 796,260,134원을 초과하는 부분 및 2013년 제1기분 부가가치세 259,086,930원의 부과처분 중 215,523,387원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 10. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 부가가치세 및 법인세 부과처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 6. 30.경부터 부산 강서구 ××로 ○○번길에서 고철 도매업 등을 영위하고 있는 회사이다.

나. 원고는 부가가치세 과세기간인 2012년 제1기부터 2013년 제1기까지 사이에 '△△스틸'(대표자 이◇◇, 이하 '쟁점거래처'라 한다)로부터 공급가액 합계 11,375,669,660원(이하 '쟁점거래액'이라 한다) 상당의 고철을 매입하고, 쟁점거래처로부터 위 쟁점거래액에 해당하는 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 발급받아 2012년 제1, 2기분 및 2013년 제1기분 부가가치세 신고 시 이를 매입세액으로 공제하였다.

다. 피고는 쟁점거래처에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점거래처의 실질 대표자가 이◇◇이 아닌 김□□으로 판단하고 이◇◇과 김□□을 조세범처벌법위반 혐의 등으로 고발하는 한편, 위 조사 결과에 따라 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 이 사건 세금계산서가 실제 공급자가 아닌 이◇◇ 명의로 발급된 허위의 세금계산서로 판단하고 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 공제하지 아니하는 것으로 하여 2015. 10. 1. 아래 표기재와 같이 원고에게 부가가치세 및 법인세를 각 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

순번

사업연도

세목

가공거래액(원)

세액(원)

1

2012년 제1기

부가가치세

4,927,252,450

960,271,200(가산세 500,809,363 포함)

2

2012년 제2기

〃

4,996,298,860

946,149,100(가산세 446,519,228 포함)

3

2013년 제1기

〃

1,452,118,350

259,086,938(가산세 113,875,121 포함)

4

2012년

법인세

-

218,317,960

5

2013년

〃

-

31,946,600

합계

11,375,669,660

2,415,771,790

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 11. 24. 이의신청을 하였으나 기각되었고, 이에 2016. 2. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 5. 30. 위 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 64, 66호증, 을 제1 내지 5, 8호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 쟁점거래처로부터 실제로 고철을 매입하여 공급받은 이상, 세금계산서의 필수적 기재사항이 아닌 대표자의 명의를 사실과 다르게 기재하였다고 하더라도 이 사건 세금계산서가 사실과 다른, 즉 허위의 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 쟁점거래처의 사업자등록증 및 사업용 통장, 이◇◇의 신분증과 명함, 자동차등록증 등을 모두 확인하였고, 쟁점거래처로부터 전자세금계산서도 발급받았으며, 쟁점거래처의 사업장도 방문하기도 하였는바, 원고는 쟁점거래처의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다. 따라서 이 사건 세금계산서상의 매입세액은 모두 공제되어야 한다.

3) 원고에게는 이 사건 세금계산서상의 매입세액이 공제되어야 할 정당한 사유가 있으므로 가산세가 부과되어서는 아니 되고, 특히 원고가 사기나 기타 부정한 행위(이하 '부정행위'라 한다)로 부가가치세를 과소신고 하였다고 볼 수 없으므로, 부당과소신고가산세(40%)는 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고의 대표이사 박◎◎은 1997.경부터 부산 강서구 ××로 ○○번길 158(××동)에서 '☆☆고철'이라는 상호로 고철 도매업을 영위하다가 2004. 6. 30.경 폐업하고, 같은 날 동일한 장소에서 고철 도매업 등을 사업목적으로 하여 원고를 설립하였다.

2) 김□□은 쟁점거래처의 실제 운영자로서, 이◇◇ 명의로 쟁점거래처를 운영하면서 박AA과 함께 무자료로 구입하는 고철에 대하여 폭탄업체인 'BBB'과 'CCC'를 설립하여 폭탄업체 명의의 세입계산서를 발급받아 매입공제를 받는 방법으로 부가가치세를 포탈하였다는 범죄사실과, 2011. 10. 25.경부터 2012. 3. 15.경까지 박AA과 함께 '♡♡스틸'이라는 상호로 고철매매업체를 운영하면서 재화나 용역의 공급 없이 김DD 명의로 허위 세금계산서를 발급하거나 수취하고, 거래 상대방으로부터 공급가액의 10%에 해당하는 금액을 수수료로 지급받아 분배하기로 공모하여 원고 등에게 이 사건 세금계산서를 포함한 허위의 세금계산서를 발급하였다는 범죄사실로 기소되어[부산지방법원 2013고합670, 756(병합), 844(병합)] 2014. 4. 25. 징역 5년 및 벌금 2,200,000,000원을 선고받았고, 이에 김□□이 사실오인 및 양형부당을 이유로 항소(부산고등법원 2014노321)하였으나, 부산고등법원은 양형부당 주장만 받아 들여 원심판결을 파기하고 김□□에게 징역 4년 및 벌금 1,400,000,000원을 선고하였고, 2014. 10. 23. 위 판결은 그대로 확정되었다.

3) 쟁점거래처는 2011. 12. 26.경 신규로 개업하였고, 쟁점거래처의 사업자등록증에 의하면 '부산 사상구 ××로193번길 ××(××동)'(이하 '학장동 사업장'이라 한다)이 사업장소재지로 기재되어 있으나, 실제로 쟁점거래처가 고철 도・소매업을 영위하기 위하여 사용하였던 장소는 '부산 강서구 ××동 ×××'(이하 '대저마당'이라 한다)이다.

4) 원고는 쟁점거래처와 고철 매매를 하기 이전에도 김□□이 실제로 운영하던 '♡♡스틸'(대표자 김DD)과 2011. 10. 28.경부터 2012. 3. 15.경 '♡♡스틸'이 폐업할 무렵까지 고철 거래를 하였는데, 2013. 3. 9.경 위 '♡♡스틸'과의 거래경위에 대하여 조사를 받으면서 "♡♡스틸의 사업장소재지와 하차장(대저마당과 동일)이 다른 이유를 ♡♡스틸 관리책임자 김□□에게 물어본 결과, 대표자 김DD은 김□□과 잘 아는 선・후배관계이자 이웃이고, 하차장은 김□□의 하차장을 사용한다고 하였다. 김□□이 원고의 사무실로 찾아와 거래를 하고 싶다는 의사를 밝혀 평소 강서구 일대에서는 김□□하면 주위에서 중상인으로서는 고철수집능력이 있다는 소문이 있었다."라는 내용의 확인서를 제출하기도 하였다.

5) 원고의 대표이사 박◎◎은 '쟁점거래처로부터 고철을 공급받은 사실이 없음에도11,375,669,660원 상당의 고철을 공급받은 것처럼 거짓으로 기재한 매입처별세금계산서합계표를 제출하고, 위와 같이 고철을 공급받았음에도 매입세금계산서를 발급받지 아니하였으며, 거짓으로 기재한 매입처별세금계산서를 제출하여 부가가치세 매입세액공제를 받아 부가가치세 1,137,566,966원을 포탈하였다'는 혐의사실로 고발(부산지방검찰청 2015년 형제87641호)되었으나, 부산지방검찰청은 '김□□이 이◇◇의 명의를 빌려 실제 △△스틸을 운영하였던 사정을 원고가 알았을 것이라는 점을 뒷받침할 입증자료가 없다'라는 이유로 혐의없음(증거불충분) 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제13 내지 18, 28 내지 33, 54, 59, 63, 64호증, 을 제3, 4, 5, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단 - 허위의 세금계산서 해당 여부

가) 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조),

명의상의 거래상대방이 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못한 때에는 알지 못하였음에 과실이 없는 경우에 한하여 매입세액을 공제할 수 있는 것이므로, 공급받는 자가 그와 같은 사정을 잘 알고 있으면서 사실과 다르 게 기재된 세금계산서를 교부받은 경우에는 이를 근거로 공급받는 자의 매출세액에서 그 매입세액을 공제할 수는 없다(대법원 1990. 4. 27. 선고 90누73 판결, 대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두43077 판결 등 참조)

나) 위 관련 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 김□□이 이◇◇의 명의를 차용하여 쟁점거래처의 대표자로 등록한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 갑 제7, 64호증, 을 제8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 세금계산서의 '상호'란에는 쟁점거래처의 상호가, '성명'란에는 김□□ 대신 명의대여자인 이◇◇의 성명이 각각 기재된 사실이 인정되므로, 이 사건 세금계산서는 필요적 기재사항인 '공급하는 사업자의 성명'이 다르게 적힌 세금계산서에 해당하고, 나아가 부가가치세법 시행령 제75조 제2호의 '세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우'에 해당한다고 보기도 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단 - 원고의 선의・무과실 여부

가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받은 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결, 대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 등 참조).

나) 위 관련 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 인정된 각 증거들 및 을 제7, 9, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로 이 사건 세금계산서가 명의대여자인 이◇◇ 명의로 발급된 허위의 세금계산서에 해당한다는 사실을 원고가 알지 못하였다거나, 알지 못한 데 과실이 없었다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 쟁점거래처는 학장동 사업장을 사업장소재지로 등록하였으나, 실제 영업은 대저마당에서 이루어졌고, 쟁점거래처가 구입한 고철 등도 모두 대저마당으로 운반되었으며, 쟁점거래처의 실제 운영자인 김□□은 위 대저마당에 컨테이너 사무실을 두고 있었던 것으로 보이는바, 설령 원고가 쟁점거래처의 학장동 사업장을 확인하였다고 하더라도 상당한 기간 고철 도・소매업에 종사하였던 원고로서는 위 학장동 사업장이 정상적인 사업장으로서의 모습을 갖추지 못하였다고 판단할 수 있었다.

② 나아가 원고가 작성한 확인서(갑 제63호증)의 기재에 의하면, 원고는 김□□이 쟁점거래처를 운영하기 이전에 실제로 운영하였던 '♡♡스틸'과 고철 거래를 하면서도 위 '♡♡스틸'의 사업장소재지와 실제 사업장(대저마당)이 상이한 사실을 알고 있었던 것으로 보이는바, 위 '♡♡스틸'이 폐업한 이후 쟁점거래처와 고철 거래를 시작하면서 등록된 사업장소재지가 아닌 대저마당에서 실제 사업이 이루어지고 있음을 알게 된 이상(갑 제34, 35호증), 원고로서는 쟁점거래처의 실제 운영자가 누구인지에 대하여 특히 주의를 기울일 필요가 있었을 뿐만 아니라, 쟁점거래처의 운영자가 이◇◇이 아닌 김□□이라는 점을 충분히 인지하고 있었다고 봄이 상당하다.

③ 원고는 이◇◇과 김□□이 원고의 사무실로 직접 찾아와서 고철 거래를 제안하였다고 진술하거나(갑 제34호증), 이◇◇과 직접 연락을 하면서 쟁점거래처와 고철 거래를 하였다는 취지로 진술하였으나(갑 제35호증), ㉠ 이◇◇은 "원고와 전화를 한 적이 한 번도 없다. 김□□이 잠수를 탄 2013. 2.경 이후에 김□□에 대하여 서로 알아보기 위해 전화를 한 것 밖에는 없다. 원고와 거래를 시작한 사람은 김□□이었고, 원고도 김□□이 실사장이라는 것을 알고 있을 것이다"라고 진술한 점, ㉡ 쟁점거래처의 실제 운영자인 김□□도 "이◇◇은 단순히 명의만 빌려주고 개인 일을 하였다. 고철운영 및 영업에 관여한 것은 전혀 없다. ♡♡스틸을 운영하면서도 명의상 대표자인 김DD을 원고의 대표인 박◎◎에게 인사를 시킨 적이 있다. 국세청에서 서로 얼굴도 모르는 대표들 간의 거래는 인정하지 않고, 국세청 조사를 받을 땐 명함을 주고 받았는지, 서로 통화를 하였는지, 얼굴을 서로 아는지 등도 확인을 한다. 원고의 대표 박◎◎이 김DD의 얼굴을 한번 보자고 해서 데리고 간 것이다. 박◎◎도 김□□이 실소유자라는 것을 알고 있었다"라는 취지로 진술한 점, ㉢ 원고는 김□□과 동일한 고철 거래를 하면서 ♡♡스틸 명의의 세금계산서를 발급받기도 하고, △△스틸 명의의 세금계산서를 발급받기도 한 점 등에 비추어 보면, 원고는 쟁점거래처의 실제 운영자가 김□□이라는 사실을 알고 있었을 것으로 봄이 상당하다.

④ 사업자등록증은 단순한 사업사실의 등록을 증명하는 증서에 불과하고, 그에 의하여 사업을 할 수 있는 자격이나 요건을 갖추었음을 인정하는 것은 아니므로(대법원 2005. 7. 15. 선고 2003도6934 판결 등 참조), 사업자등록증을 확인하였다거나 공급명의자의 계좌로 대금을 송금하였다는 사정만으로는 쟁점거래처의 실제 운영자가 누구인지에 대한 주의의무를 다하였다고 보기 어렵다.

⑤ 원고는 2013. 2.경 쟁점거래처에 선급금 명목으로 지급한 고철 매매대금 1억 원을 편취당하였다는 혐의사실로 쟁점거래처의 대표자인 이◇◇과 김□□을 함께 고소하면서 위 1억 원을 지급하게 된 경위에 대하여 '김□□이 자신의 휴대전화에 저장된 상고철 사진을 원고에게 보여 주었고, 위 상고철 사진이 실제 사진일 것이라 굳게 믿고 1억 원을 지급하였다'라는 취지로 주장하였는바(갑 제52호증), ㉠ 원고의 주장과 같이 쟁점거래처의 실제 대표자가 이◇◇이라고 알고 있었다면, 이◇◇에 대한 아무런 확인절차 없이 김□□이 보여준 휴대전화 저장사진만 보고 1억 원에 달하는 선급금을 송금한다는 것은 일반적인 상식에 비추어 쉽게 납득하기 어려울 뿐만 아니라, ㉡ 김□□은 '쟁점거래처를 돈이 있는 상태에서 운영한 것이 아니기 때문에 중장비 할부대금 등 한달 평균 지출이 약 5,000만 원 정도 소요되었는데, 그 당시 원고의 대표이사 박◎◎으로부터 1억 원을 지원받아 쟁점거래처의 운영자금을 사용하였다. 박◎◎이 김□□을 찾아와서 고철을 계속할 것 같으면 원고에게 고철을 납품해주면 안되겠냐고 제안을 했다. 박◎◎이 1억 원을 지원해줄테니 먼저 1억 원에 대해 공증을 하고 한 달에 고철을 천오백톤 이상 꾸준하게 납품하라고 하여 쟁점거래처를 운영하게 되었다'라고 진술(을 제4호증의2, 제9호증)한 점에 비추어 보면, 원고는 김□□이 쟁점거래처의 실질 운영자임을 전제로 김□□에게 고철 매매대금 1억 원을 지급한 것으로 보인다.

⑥ 원고는 이 사건 거래가 이루어지기 직전인 2011. 12. 26.경 설립되어, 원고와 고철 거래를 한 적이 없는 이◇◇이 대표자로 되어 있는 쟁점거래처와 비교적 단기간에 걸쳐 110억 원 이상의 고철 거래를 하였는바, 원고는 쟁점거래처와 고철 거래를 하기 이전부터 김□□이 실제로 운영하는 ♡♡스틸과 고철 거래를 계속 하였던 점, 쟁점거래처가 등록된 사업장소재지가 아닌 김□□이 개인적으로 사용・관리하는 대저마당을 이용하여 고철 매매업을 영위한다는 사정을 알고 있었던 점, 위 ⑤항 기재와 같이 원고가 김□□에게 선급금으로 고철 매매대금 1억 원을 지급한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고는 쟁점거래처의 실질 운영자가 김□□이라는 사정을 알고 있었으므로 위와 같이 쟁점거래처와 단기간에 거액의 고철 매매를 한 것으로 보인다.

3) 세 번째 주장에 대한 판단 - 각 가산세 부과처분의 적법 여부

가) 부당과소신고가산세 부분

(1) 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3 제2항 제1호에서 정한 '부정행위로 부가가치세 등의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우'에 해당한다고 하기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고・납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결, 대법원 2015. 12. 23. 선고 2015두50122 판결 등 참조).

(2) 위 관련 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정된 각 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 김□□으로부터 이 사건 세금계산서상의 매입세액에 상응하는 고철을 실제로 공급을 받았고, 부가가치세를 포함하여 고철 대금을 지급한 것으로 보이는 점, ② 쟁점거래처는 이 사건 세금계산서에 따른 매출을 정상적으로 신고한 것으로 보이고, 설령 쟁점거래처가 매출세액을 납부하지 않았다고 하더라도 원고는 쟁점거래처가 정상적으로 매출세액을 신고・납부할 것으로 믿고 매매대금에 세입세액을 더한 금액을 지급한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고에게 '사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고・납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식'까지 있었다고 인정하기 부족하고, 달리 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분 중 부당과소신고가산세 부분은 위법하다.

(3) 나아가 그 취소의 범위와 관련하여, 부당과소신고가산세 부과처분은 일반

과소신고가산세 부과처분과는 독립한 별개의 과세처분이 아니라 동일한 세목의 가산세부과처분으로서 그 세율만을 가중한 것에 불과하므로, 법원이 심리한 결과 부당과소신고가산세의 부과요건이 충족되지 아니하더라도 일반과소신고가산세의 부과요건이 충족된 경우라면 법원으로서는 일반과소신고가산세액을 초과하는 부분만을 취소하여야 하고(대법원 2016. 7. 14. 선고 2016두35335 판결 등 참조), 구 국세기본법 제47조의3 제1항에서는 '납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다고 규정하고 있는바, 이에 비추어 보면 이 사건 처분의 부당과소신고가산세 부과처분 중 일반과소신고가산세에 해당하는 부분은 적법하다고 할 것이고, 따라서 이 사건 처분의 부당과소신고가산세 부과처분 중 2012년 제1기분 일반과소신고가산세 53,718,178원(= 2012년 제1기 과소신고세액 537,181,780원 × 10%), 2012년 제2기분 일반과소신고가산세 49,962,988원(= 2012년 제2기 과소신고세액 499,926,886원 × 10%), 2013년 제1기분 일반과소신고가산세 14,521,183원(= 2013년 제1기 과소신고세액 145,211,835원 × 10%)을 초과하는 부분에 한하여 취소되어야 한다.

결국 취소되어야 할 부당과소신고가산세는 ① 2012년 제1기분 161,154,534원(= 부당과소신고가산세 214,872,712원 - 일반과소신고과산세 53,718,178원), ② 2012년 제2기분 149,888,966원(= 부당과소신고가산세 199,851,954원 - 일반과소신고과산세 49,962,988원), ③ 2013년 제1기분 43,563,551원(= 부당과소신고가산세 58,084,734원 - 일반과소신고과산세 14,521,183원)이 된다.

나) 기타 가산세 부분

(1) 국세기본법 제48조 제1항에서는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 않는다고 규정하고 있는바, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 이를 과할 수 없는 것이고(대법원 1996. 2. 9. 선고 95누3596판결 등 참조), 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하며, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).

(2) 위 관련 법리에 비추어 살피건대, 원고에 대하여 가산세를 면제할 만한 특별한 사정이 있다고 인정할 만한 증거가 없을 뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점에 대하여 알지 못하였다거나 알지 못한 데에 과실이 없다고 볼 수 없는 이상 원고에게 이 사건 처분 중 부당과소신고가산세를 제외한 나머지 각 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4) 소결론

따라서 2012년 제1기분 부가가치세 960,271,200원의 부과처분 중 799,166,666원(= 960,271,200원 - 161,154,534원)을 초과하는 부분, 2012년 제2기분 부가가치세 946,149,100원의 부과처분 중 796,260,134원(= 946,149,100원 - 149,888,966원)을 초과하는 부분 및 2013년 제1기분 부가가치세 259,086,938원의 부과처분 중 215,523,387원(= 259,086,938원 - 43,563,551원)을 초과하는 부분은 각 취소되어야 하고, 나머지 부가가치세 부과처분 및 법인세 부과처분은 모두 적법하므로, 이 사건 처분은 위와 같이 취소되어야 하는 부분의 범위 내에서 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.