지정지역안의 토지는 실지거래가액으로 양도차익을 산정함

재정경제부 공고 자료에 의하면 원고의 양도 주택지역은 지정지역으로 고시된 주택에 해당하므로 실지거래가액으로 양도차익을 산정한 처분은 정당함

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1.원고의 청구를 기각한다.

2.소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2009. 8. 17. 원고에 대하여 한 2006년도 귀속 양도소득세 5,774,400원의 부과 처분을 취소한다.

1. 처분의경위

다음의 각 사실들은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증 내지 갑 제5호증, 갑 제9호증, 갑 제10호증, 을 제1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지 를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 1998. 7. 20.부터 보유하던 ○○시 ○○구 ○○읍 ○○리 385 ◇◇아파트 102동 305호(전용면적 59.990㎡, 이하 '이 사건 제1주택'이라 한다)를 2006. 12. 29.에 조AA에게 130,000,000 원에 양도하였으나 피고에게 양도소득세 신고를 하지 아니하였고, 원고는 위 아파트의 양도 당시에 2005. 6. 24.에 취득한 △△시 △△구 △△읍 △△리 422 ☆☆아파트 101동 611호(이하 '이 사건 제2주택'이라 한다)를 보유하고 있었다.

나. 이에 피고는 원고에게 이 사건 제2주택의 양도와 관련하여 양도소득세 기한 후 신 고를 안내하였으나, 원고가 양도소득세 신고를 하지 아니하자, 피고는 2009. 8. 17. 원고에 대하여 구 소득세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제104조의2 제2항에 따라 원고의 이 사건 제1주택이 지정지역에 소재함을 이유로 양도가액을 실지거래 가액으로 결정하여 이 사건 제1주택의 양도가액을 130,000,000원, 취득가액을 91,447,738원으로 각 인정하여 산정한 2006년도 귀속 양도소득세 5,774,400원의 부과처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 대전지방국세청장에 대한 이의신청을 거쳐 2009. 9. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2009. 12. 18. 원고의 청구를 기각하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

원고는다음과같은사유로이사건처분이위법하다고주장한다.

(1) 이 사건 제1주택은 구 소득세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제104조의2 제2항의 '지정지역'에 해당하지 아니하므로, 기준시가에 의하여 양도소득 세를 산정하여야 함에도 피고가 실지거래가액으로 양도소득세를 산정한 것은 위법하다.

(2) 원고는 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제 99조 소정의 신축주택 취득기간 내에 이 사건 제1주택을 취득하였다가 양도하였으므로 양도소득세를 감면되어야 함에도 피고가 위 규정을 적용하지 아니한 것은 위법하다.

(3) 이 사건 제2주택은 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제99조의4 제1항의 농어촌주택에 해당하여 소득세법의 1세대 1주택 규정이 적용되어 양도소득세 비과세대상임에도 위 규정을 적용하지 아니한 이 사건 처분은 위법 하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫번째주장에대한판단

(가) 구 소득세법(2009. 3. 18. 법률 제9485호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1항은 양도가액의 산정은 양도 당시의 실지거래가액에 따르도록 하면서, 제2항에서는 일정한 경우에는 그 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하도록 하면서도 그 예외로 지정지역 내에 소재하는 부동산의 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도가액을 산정하도록 규정하고 있고, 구 소득세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제104조의2 제1항은 재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등 하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다고 규정하고 있다.

(나) 이 사건에서 살피건대, 을 제2호증의 1,2의 각 기재에 의하면 이 사건 제 1주택이 소재한 ○○시 ○○구는 2003. 7. 19. 재정경제부 공고 제2003-63호로 구 소득세법 제104조의2 제1항에 의한 지정지역으로 지정・공고된 후 2008. 11. 7. 기획재정부 공고 제2008-104호로 지정지역에서 해제된 사실을 인정할 수 있으므로 이 사건 제1주택 양도 당시에 이 사건 제1주택이 소재한 지역은 지정지역에 해당하였음이 명백하다. 따라서 이 사건 제1주택 양도당시 지정지역에 해당하지 아니하였음을 전제로 기준시가에 의하여 양도소득세를 산정하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

(다) 이에 대하여 원고는 토지거래허가구역은 읍, 면, 동 단위로 지정되므로 소득세법상의 지정지역 또한 읍, 면, 동 단위로 지정되어야 하고, 포괄적으로 ○○시를 지정지역으로 지정한 것은 위법하다는 취지로 주장하나, 토지거래허가구역과 이 사건의 지 정구역의 지정은 이를 규율하는 법률, 그 입법목적 등이 상이하므로 이 사건 제1주택의 지정지역 해당여부를 다투는 이 사건에서 토지거래허가구역의 지정은 관련이 없을 뿐만 아니라, 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제 168조의3 제9항, 제10항은 지정지역은 특별시・광역시・도 또는 시・군・구의 행정구역을 단위로 지정하나, 토지거래허가구역에 대하여는 당해 지역만을 지정지역으로 지정할 수 있으며, 행정구역 중 일부 지역에 대하여는 당해 지역의 부동산가격동향 및 지역특성 등을 감안하여 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 당해 지정지역에서 제외할 수 있다고 규정하여 읍, 면, 동 등의 행정구역의 세부단위 별로 지정지역을 운영할 수 있는 여지를 만들어 두고 있으나, 이와 같이 읍, 면, 동 단위로 지정지역을 지정할 것인지는 행정청의 재량에 속하는 사항이고, 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 제1주택이 소재한 ○○시 ○○구 ○○읍 ○○리가 지정지역에서 제외되었음을 인정할 증거가 없다.

(2) 두번째주장에대한판단

(가) 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제99조는 제1항 제2호는 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하여 일정한 경우 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세를 감면하고 있고, 신축주택취득기간은 1998. 5. 22.부터 1999. 6. 30. 까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998. 5. 22.부터 1999. 12. 31.까지의 기간)으로 규정 하고 있다.

(나) 이 사건에서 살피건대 을 제3호증의 1. 2의 각 기재에 의하면 원고는 1995. 12. 1. ◇◇종합개발 주식회사와 이 사건 제1주택에 관하여 분양금액 54,854,000원 의 분양계약을 체결하고 같은 날 계약금 8,200,000원을 납부한 사실을 인정할 수 있으므 로, 비록 원고가 이 사건 제1주택에 관하여 소유권이전등기를 마친 시기가 신축주택취득 기간인 1998. 7. 20.이라고 하더라도 구 조세제한특례제한법 제99조 제1항 제2호가 규정하는 신축주택취득기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하여야 한다 는 요건에 해당하지 아니하므로 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

(3) 세번째주장에대한판단

(가) 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제99조의4에 의하면 대통령령이 정하는 1세대가 2003년 8월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간 중에 일정한 요건을 갖춘 1개의 주택(농어촌주택)을 취득하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 소득세법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용한다고 규정하여 위 조항 소정의 요건을 갖춘 농어촌주택 취득자에 대하여는 소득세법상의 1세대 1주택의 양도에 해당하는 것으로 하여 비과세규정을 적용하고 있다. 다만, 제99조의4 제1항 제1호 다목에서는 소득세법 제104조의2 제1항에 의한 지정지역에 소재 하는 주택에 대하여는 농어촌주택에서 제외하는 것으로 규정하고 있다.

(나) 이 사건에서 살피건대, 을 제2호증의2, 을 제4호증의 각 기재에 의하면 이 사건 제2주택이 소재한 △△시 △△구 △△읍 △△리는 2003. 2. 27. 재정경제부 공고 제 2003-9호로 지정지역으로 지정・공고된 후 2008. 1. 30. 재정경제부 공고 2008-26호로 지정지역에서 해제된 사실을 인정할 수 있는바, 원고가 이 사건 제2주택을 취득한 2005. 6. 24. 당시에는 위 지역이 소득세법 제104조의2 제1항에서 정한 지정지역에 해당되었으므로 이 사건 제2주택은 농어촌주택에 해당하지 아니함이 명백하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(다) 이에 대하여 원고는 토지거래허가구역은 읍, 면, 동 단위로 지정되므로 소득세법상의 지정지역 또한 읍, 면, 동 단위로 지정되어야 하고, 포괄적으로 △△시를 지정지역으로 지정한 것은 위법하다는 취지로 주장하나, 이는 위 '(1)'항에서 본 바와 같이 이유 없으므로 받아들이지 아니한다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.