서울행정법원-2014-구합-67352 (2015.09.03)

감심-9014-0194 (2014.06.19)

회생계획 인가결정에 따라 출자전환으로 취득한 주식의 시가와의 차액을 대손세액공제대상으로 볼 수 없음

신주발행을 수반하는 회생계획에 대한 인가결정이 이루어지는 경우 시가 초과 부분만이 아니라 출자전환이 이루어지는 장부상의 주식가액 전액에 대하여 채무소멸의 효과가 발생함

구 부가가치세법 제17조2대손세액공제

2015누60657 부가가치세부과처분취소

주식회사 호반****(변경 전 상호 : 주식회사 *****)

AA세무서장

2018. 10. 31.

2018. 12. 5.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 201X. X. X. 원고에 대하여 한 2010년 제X기 부가가치세 000원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

1. 제1심 판결의 인용 등

이 법원의 판결 이유는 제1심 판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하는 것 외에는 제1심 판결의 이유(그 별지를 포함하되, '4. 결론' 부분은 제외) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 수정하는 부분

○ 2쪽 본문 아래에서 3~4행의 "나머지"부터 같은 쪽 본문 아래에서 2행의 "감자되었다"까지를 다음과 같이 고친다.

나머지 이 사건 회생채권은 회생계획 인가결정일의 다음 날 채권의 장부가액과 1주당 액면가(발행가액) 5,000원에 발행 주식 수를 곱한 값이 일치하는 비율로 발행된 신주로 출자전환되었으며, 이 사건 출자전환으로 발행된 신주(이하 '출자전환주식'이라 한다)는 그 다음 날 700:1의 비율에 의한 주식 병합을 통해 감자되었다

○ 4쪽 아래에서 6행 "이 사건 소 는"을 "이 사건 소는"으로 고친다.

○ 5쪽 3행 "결국" 다음에 "피고의 위 본안 전 항변은 받아들일 수 없다."를 추가한다.

○ 5쪽 아래에서 10행의 "부가가치세법"을 "구 부가가치세법"으로 고친다.

○ 5쪽 아래에서 5행을 삭제한다.

○ 5쪽 아래에서 4행부터 9쪽 아래에서 3행까지의 "다. 판단" 부분을 다음과 같이 고친다.

다. 판단

1) 대손세액 공제 제도의 취지와 내용 및 관련 조항의 해석

부가가치세법상 사업자는 재화 또는 용역(이하 '재화 등'이라 한다)을 공급하는 때에 거래상대방으로부터 부가가치세를 거래징수하고(구 부가가치세법 제15조) 거래징수한 부가가치세를 매출세액으로 납부하되, 그 거래징수한 세액(매출세액)에서 자신이 재화 등을 공급받을 때에 징수당한 부가가치세(매입세액)를 공제한 차액을 납부함으로써 거래 단계에서 창출한 부가가치에 해당하는 부분에 대해서만 부가가치세를 부담하게 된다(이른바 '전단계 세액공제방식'). 전단계 세액공제방식을 채택하고 있는 우리나라의 부가가치세는 소득세・법인세와 달리 실질적인 소득이 아닌 형식적인 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 비용 공제의 개념이 없고, 사업자의 손익 여부와 무관하게 부과된다(헌법재판소 2011. 2. 24. 선고 2009헌바11 결정 참조).

부가가치세 납세의무자는 재화 등을 공급받는 자가 아니라 공급하는 자이고(구 부가가치세법 제2조 제1항 제1호), 재화 등의 공급자는 실제 대가를 지급받는 시점이 아닌 재화 등의 공급시기가 속한 과세기간에 대한 신고・납부기한 내에 부가가치세를 신고・납부하여야 하므로, 사업자가 재화 등을 외상으로 공급한 후 거래상대방의 부도 또는 파산 등의 사유로 대가를 지급받지 못한 경우 사업자는 재화 등의 공급가액뿐만 아니라 국가에 납부한 부가가치세액까지 경제적 손실을 입게 된다. 구 부가가치세법 제17조의2에서는 이러한 경우 사업자의 자금부담을 완화하고자 하는 목적에서, 사업자가 상대방으로부터 지급받지 못한 부가가치세 상당액, 즉 대손세액을 추후 납부해야 할 매출세액에서 차감하여 주는 대손세액 공제 제도를 규정하고 있는바(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두13855 판결 참조), 이는 실질적 소득이 아닌 형식적 거래의 외형에 대하여 과세한다는 부가가치세의 과세 원칙에 대한 예외로서 조세경감 혜택을 인정한 것으로 볼 수 있다(헌법재판소 2011. 12. 29. 선고 2011헌바33 결정 참조).

이러한 대손세액 공제 제도의 입법 취지는 그 연혁에서도 알 수 있는바, 1976. 12. 22. 법률 제2934호로 제정된 부가가치세법은 대손세액 공제 규정을 두고 있지 않다가 1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정된 부가가치세법에서 제17조의2로 대손세액 공제규정이 신설되면서 1994. 1. 1. 이후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 대손세액 공제를 적용받을 수 있게 되었다. 신설된 대손세액 공제 제도와 관련하여 1993. 12. 31.대통령령 제14081호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2는 파산, 강제집행, 사망・ 실종선고, 회사정리계획 인가의 결정을 대손세액 공제 사유로 규정하고 있다가 1996. 7. 1. 대통령령 제15103호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2는 상법상의 소멸시효가 완성된 경우와 수표 또는 어음의 부도발생일로부터 6월이 경과한 경우를 대손세액 공제 사유로 추가하였다. 이후 부가가치세법령은 상당 기간 대손세액 공제사유를 법인세법 등의 대손금 인정 사유와는 별도로 규정하고 있다가, 2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2 제1항에서 "법 제17조의2 제1항에서 '파산・강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유'라 함은 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제62조 제1항의 규정에 따라 대손금으로 인정되는 사유를 말한다."라고 규정하여 법인세법 등의 대손금 인정 사유와 일치하게 개정된 이후 현행 부가가치세법 시행령 제87조 제1항에 이르기까지 같은 방식으로 대손세액 공제범위를 규정하고 있는데, 위 대통령령 제19330호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2 제1항의 개정 이유는 재화 또는 용역을 공급받은 자의 파산 등으로 인하여 그 외상매출금 등을 회수하지 못하는 경우에 매출세액에서 차감하여 주는 대손세액 공제의 범위를 확대하여 법인세법 및 소득세법상 대손금의 인정범위와 일치시킴으로써 영세한 자영사업자의 자금부담을 완화할 수 있도록 하여 영세자영업자의 경영여건 개선을 지원하기 위한 것이다.

그런데 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조). 또한 부가가치세가 거래세의 성격을 가진다는 점에 비추어 볼 때, 법인의 소득에 대한 과세를 규율하는 법인세법에서조차 대손금으로 인정하지 않은 사유를 부가가치세에 있어서 대손세액 공제 사유로 해석하는 것은 특별한 사정이 없는 한 허용되어서는 안 될 것이다.

2) 이 사건 회생채권 중 이 사건 공제액 해당 금액이 이 사건 매입처 회사들의 대손세액에 해당하는지 여부

가) 구 부가가치세법 제17조의2 제1항은 '사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급을 받는 자의 파산・강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 그 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 대손세액(= 대손금액 × 110분의 10)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다.'라고 규정하고 있고, 같은 조 제6항은 '대손세액 공제의 범위 및 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.'라고 규정하고 있으며, 그 위임을 받은 구 부가가치세법 시행령(2013. 7. 1. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법 시행령'이라 한다) 제63조의2 제1항은 "법 제17조의2 제1항 본문에서 '파산・강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유'란 법인세법 시행령 제19조의2 제1항에 따라 대손금으로 인정되는 사유를 말한다."라고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호는 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 하나로 '채무자 회생 및 파산에 관한 법률(이하 '채무자회생법'이라 한다)에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권'을 들고 있다. 한편, 구 부가가치세법 제17조의2 제3항은 '제1항을 적용할 때 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 대손세액의 전부 또는 일부를 제17조에 따라 매입세액으로 공제받은 경우로서 공급자의 대손이 그 공급을 받은 사업자가 폐업하기 전에 확정되는 경우에는 관련 대손세액에 해당하는 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매입세액에서 뺀다.'라고 규정하고 있는데, 피고는 이 규정에 근거하여 이 사건

처분을 하였다.

나) 위와 같은 대손세액 공제 제도의 취지와 내용 및 관련 규정에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 회생채권 중 이 사건 공제액 해당 부분이 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호가 대손금으로 정하고 있는 '회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권'에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 회생채권 중 이 사건 공제액 해당 부분이 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호가 규정한 대손금에 해당하여 구 부가가치세법 시행령 제63조의2 제1항에 따라 이 사건 매입처 회사들의 대손세액에 해당한다는 전제 하에 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

① 출자전환은 채무의 일부 또는 전부를 변제하기 위하여 채무자가 채권자에게 지분증권(주식)을 발행하는 채권・채무조정의 한 유형으로 결과적으로 타인자본을 자기자본으로 전환하는 자본구조의 변경을 통하여 부채를 조정하는 것이다. 이와 같이 신주발행 방식의 출자전환으로 기존 채권의 변제에 갈음하기로 한 경우에 채권자와 채무자 사이에 출자전환으로 인하여 소멸되는 기존채권의 가액에 관한 약정 내지 합의가 있으면 그에 따르고, 그에 관한 합의가 없는 때에는, 특별한 사정이 없는 한, 신주발행의 효력발생일을 기준으로 신주의 가액을 평가하여 그 평가액 상당의 기존채권이 변제된 것으로 봄이 타당하다(대법원 2008. 7. 24. 선고 2008다18376 판결 참조). 그런데 회생계획안의 경우 회생채권자 조의 3분의 2 이상의 동의, 회생담보권자 조의 4분의 3 또는 5분의 4 이상의 동의라는 가결요건(채무자회생법 제237조)을 득하여 법원의 인가를 받아야 하고, 회생계획안이 인가된 이상 이해관계인들은 그 회생계획에 따라야 하므로, 회생계획에 기재된 사항에 대하여 이해관계인들 사이에 합의가 존재하는 것으로 보아야 한다. 따라서 회생회사의 경우 출자전환으로 소멸되는 기존채권의 가액에 관한 합의가 회생계획상 존재하고 있으므로 회생계획에서 정하고 있는 바에 따라 주채무가 소멸하게 된다.

법인세법 시행령 제72조 제2항 제4의2호는 자산의 취득가액에 관하여 '채무의 출자전환에 따라 취득한 주식'의 경우 원칙적으로 취득 당시 시가에 의하고, 다만 채무자회생법에 따라 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 회생계획인가의 결정을 받은 법인이 채무를 출자전환하는 경우에는 출자전환된 채권의 장부가액을 주식의 취득가액으로 하도록 규정하여, 출자전환 시점에서 회생회사의 채무면제익이 과세되지 않도록 배려하고 있는데, 위 조항을 오로지 채무면제익을 배제하기 위한 조항이라고만 보기는 어렵고, 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호가 대손금으로 정하고 있는 '회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권'에 해당하는지 여부의 판단과 이러한 판단을 기초로 하여 부가가치세법상 대손세액 공제사유 해당 여부를 판단하는 데 있어서도 원칙적으로 적용된다고 할 것이다.

이 사건의 경우, 이 사건 회생계획의 회생계획안(갑 제2호증)에서 '회생채권의 원금 및 개시전 이자의 1.XXXX %는 현금으로 변제하고, 나머지는 출자전환한다. 출자전환은 신규로 발행하는 주식의 효력발생일에 당해 회생채권의 변제에 갈음한다.'라고 정하고 있는 이상, 현금변제가 된 부분을 제외한 나머지 이 사건 회생채권은 출자전환으로 변제에 갈음하여 소멸하고, 이때 취득하게 되는 주식의 취득가액은 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4의2호에 따라 출자전환된 채권의 장부가액으로 보아야 하므로, 출자전환된 이 사건 회생채권 중 일부인 이 사건 공제액 해당 부분을 이 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호가 대손금으로 정하고 있는 '회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권'에 해당한다고 할 수는 없다.

② 앞서 본 바와 같이 출자전환에 있어서 기존 채권의 변제 범위는 원칙적으로 출자전환주식의 효력발생일 기준 신주의 가액을 기초로 산정하여야 할 것이고, 출자전환주식의 효력이 발생한 시점 이후의 감자는 출자전환을 통하여 이미 주주가 된 회생회사의 채권자들과 회생회사 사이의 자본거래에 불과하므로 원칙적으로 그보다 앞선 출자전환주식의 취득가액에 대한 평가에 어떠한 영향을 미친다고 볼 수 없다(피고가 언급한 대법원 2009. 11. 12. 선고 2009다47739 판결 등은 회생채권인 주채무가 출자전환으로 소멸된 경우 보증인의 보증채무가 위 출자전환을 통한 변제에 의해 소멸하는 범위에 관한 것으로서 회생채권자와 보증인 사이에서 회생채권자를 보다 두텁게 보호할 필요가 있는 사안에 관한 것이어서, 이 사건에 직접 적용된다고 보기 어렵다).

③ 만약 이 사건 매입처 회사들이 대손세액 공제를 받을 수 있고, 그에 따라 피고가 원고에 대하여 해당 세액만큼을 매입세액에서 제외함으로써 회생절차가 개시된 이후 회생계획인가결정이 속하는 과세기간을 대상으로 한 부가가치세 부과처분을 할 수 있다고 본다면, 부가가치세 납부의무가 없는 다른 회생채권자들과 달리 이 사건 매입처 회사들은 회생계획에 따라 다른 회생채권자들과 동일비율로 회생채권이 출자전환되어 변제가 되었음에도 추가로 대손세액 공제를 통하여 부가가치세 납세분을 환급받게 되고, 그 결과 피고에게는 공익채권*에 해당하는 위 대손세액 공제분 부가가치세액 상당의 조세채권이 발생하며, 회생회사는 그 조세채무를 부담하게 되는바, 그로 인하여 채무자회생법의 목적인 회생회사의 효율적인 회생을 도모하는 데 곤란을 초래하게 될 뿐만 아니라 나머지 회생채권자들의 채권은 결국 같은 회생채권자의 부가가치세 대손세액 공제분보다 후순위채권이 되는 결과가 되어 회생채권자 사이에서 예상하지 못한 불합리한 차별이 발생하게 된다. 이러한 사정까지 고려하여 보면, 앞서 본 바와 같이 실질적 소득이 아닌 형식적 거래의 외형에 대하여 부과한다는 부가가치세의 과세 원칙에 대한 예외로서 조세경감 혜택이라 할 수 있는 대손세액 공제를 이 사건과 같은 사안의 경우까지 그 범위를 확장하여 적용할 필요성이 크다고 보기 어렵다.

* 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 제179조

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 청구권은 공익채권으로 한다.

9. 다음 각목의 조세로서 회생절차개시 당시 아직 납부기한이 도래하지 아니한 것

나. 부가가치세ㆍ개별소비세ㆍ주세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세

④ 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상법'이라 한다) 제421조, 제423조 제1, 2항의 규정에 의하면, 신주발행의 경우 신주인수인은 납입기일에 그 인수한 주식에 대한 인수가액의 전액을 납입할 의무가 있고, 만약 신주인수인이 납입기일에 납입 또는 현물출자의 이행을 하지 아니하면 그 권리를 잃으며, 신주발행의 효력은 발행예정주식 중 납입기일에 납입이 이루어진 주식에 한하여 발생한다. 이러한 신주발행의 법률관계에 비추어 보면, 채무의 출자전환으로 주식을 발행하는 경우에는 출자전환되는 채무 전부가 주식에 대한 인수가액으로 납입된 것으로 인정되어야만 발행예정주식 전부에 대하여 신주발행의 효력이 발생하는 것이므로, 그 결과로서 나타나는 경제적 측면에서의 효과를 이유로 출자전환되는 채무 중 발행 주식 시가초과 부분만을 따로 떼어내어 주식에 대한 납입금으로서의 실질을 부인할 수는 없다(대법원 2012. 11. 22. 선고 2010두17564 전원합의체 판결 참조).

⑤ 피고는, 대법원 2018. 6. 28. 선고 2017두68295 판결 및 대법원 2018. 7. 11. 선고 2016두65565 판결의 법리가 이 사건에도 적용되어야 하므로, 이 사건 회생채권 중 이 사건 공제액 해당 부분은 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호에서 대손금으로 정한 '회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권'에 해당하고, 그에 상응하는 금액을 원고의 2010년 제2기 부가가치세 매입세액에서 제외해서 한 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다. 그러나 피고가 들고 있는 위 대법원 판례들은 이 사건과 달리 출자전환주식을 전부 무상으로 소각하기로 정한 예외적인 경우로서, 그와 같은 경우에는 종전 채권자가 주주로서의 권리를 행사할 여지가 없고, 출자전환된 주식이 다른 대가 없이 그대로 소각될 것이 확실하다고 볼 수 있는 반면, 이 사건과 같이 출자전환 후 일정한 비율의 주식병합을 통한 일부 감자를 하는 경우에는 종전 채권자가 주주의 지위를 유지하게 되어 장래에 주식 가치가 상승할 경우 그 이익을 얻을 수 있게 되고, 출자전환된 주식이 다른 대가 없이 그대로 소각되거나 그 가치가 0원으로 떨어질 것이 확실하다고 볼 수 없으므로, 출자전환의 전제가 된 이 사건 회생채권이 회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정되었다고 보기는 어렵다. 이러한 사정에다가 앞서 본 바와 같이 대손세액 공제 제도는 실질적 소득이 아닌 형식적 거래의 외형에 대하여 부과한다는 부가가치세의 과세 원칙에 대한 예외로서 조세경감 혜택을 인정한 것인 점까지 고려하면, 이 사건과 같은 사안까지 예외적으로 대손세액 공제를 인정할 필요성이 크다고 보기 어려우므로, 위 대법원 판례들을 이 사건에 원용하기는 적절하지 않다.

3) 대손세액 공제 범위 산정의 적법 여부(가정적 판단)

가) 설령 피고의 주장과 같이 출자전환으로 발행된 주식의 실제 가치를 기준으로 대손 여부를 판단해야 해서 이 사건의 경우 대손세액 공제가 가능하다고 보더라도, 그럴 경우에는 대손세액 공제의 범위를 산정함에 있어 출자전환으로 발행된 주식의 가치평가가 문제된다. 회생채무자가 채무자회생법에 따라 기업인수절차를 추진하면서 자본감소절차나 신주발행절차의 혼선 등을 방지하기 위한 기술적인 목적으로, 구 주식에 대한 대규모의 자본감소, 회생채권자 등에 대한 출자전환, 신주인수대금을 예납한 인수인에 대한 대규모의 신주발행 등을 단기간의 간격을 두고 실행하는 내용의 회생계획안을 제출하여 그것이 가결・인가되고 그 내용이 공고된 경우, 회생계획에 따른 회생채무자의 재무구조와 발행주식 수의 변동은 이미 공개되어 이용 가능한 확실한 정보라고 할 것이므로, 비록 출자전환주식의 효력발생일 당시에는 아직 회생계획에 따른 유상증자가 실시되지 아니한 상태라고 하더라도, 출자전환주식의 시가는 특별한 사정이 없는 한 곧 대규모의 유상증자가 실시되리라는 사정을 반영하여 형성된다고 봄이 타당하다.

따라서 출자전환주식에 대한 정상적인 거래의 실례를 증명하기 곤란하여 순자산가치법 등에 의하여 출자전환주식의 시가를 산정하는 경우에는, 출자전환주식의 효력발생일 당시 아직 유상증자가 실시되지 아니하여 대차대조표에 반영되지 아니하였다는 형식적인 이유로 그 회계처리에 따른 회생채무자의 재무구조와 발행주식 수만을 반영하여 주당 순자산가치 등을 평가하는 방식은 타당하지 않고, 출자전환 후 회생계획에 따라 곧이어 실시될 유상증자에 따른 재무구조 변동과 발행주식 수 증가 등을 아울러 고려하여 출자전환주식의 주당 순자산가치 등을 평가하여야 할 것이다(대법원 2010. 3. 25. 선고 2009다85830 판결 등 참조). 이는 이 사건과 같이 회생계획이 회생채권자 등에대한 출자전환 후 출자전환주식의 병합에 의한 자본감소, 신주인수대금을 예납한 인수인에 대한 신주발행을 단기간의 간격을 두고 실행하는 것을 내용으로 하고 있는 경우에도 마찬가지이다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2014다25054 판결 참조).

또한 앞서 본 바와 같이 대손세액 공제 제도는 부가가치세 납세자의 경제적 손실을 방지하기 위한 예외적인 제도이므로 대손세액 공제를 신청하여 부가가치세를 환급받기 위해서는 공급자인 납세자에게 대손세액이 있다는 점에 대한 주장ㆍ증명책임이 있다고 봄이 타당하나, 과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 다른 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 증명책임이 있다고 할 것이므로(대법원 1981. 5. 26. 선고 80누521 판결 등 참조), 이 사건과 같이 과세관청이 '재화 등을 공급받은 사업자가 이미 매입세액으로 공제받은 액수에 대하여 추후 대손이 확정되어 그 대손세액 상당액을 대손이 확정된 날이 속하는 해당 사업자의 과세기간의 매입세액에서 제외시킨 후 이에 따라 부가가치세 부과처분을 한다'라고 주장하면서 부과처분을 한 경우에는, 그 처분의 적법성의 전제가 되는 대손세액 공제사유의 존재 및 공제 범위에 관한 증명책임은 과세관청인 피고가 부담한다 할 것이다.

나) 위와 같은 법리와 갑 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이 사건에 관하여 살펴본다. 이 사건 회생계획에 따라 2010. 11. 28. 주식병합이 이루어진 후 이 사건 매입처 회사들이 보유한 출자전환주식은 액면가 5,000원의 원고 주식 합계 XXX주로 감소되었고, 2011. 11. 29. 액면가와 동일한 주당 5,000원의 비율로 유상증자가 이루어졌다. 만약 이 사건 매입처 회사들이 취득한 출자전환주식의 실거래 가격을 구할 수 없다면, 위 대법원 판례들에서 판시한 바와 같이 출자전환 이후 곧 이어 이루어진 유상증자에 따른 재무구조 변동과 발행주식 수 증가 등을 아울려 고려하여 출자전환주식의 주당 순자산가치 등을 평가하여 출자전환으로 취득한 주식의 시가를 구하여야 할 것이나, 피고는 이러한 출자전환주식에 대한 시가 평가과정을 생략한 채 단순히 주식병합 후 이 사건 매입처 회사들이 보유하게 된 주식 수 합계 XXX주에 액면가 5,000원을 곱한 금액인 합계 0,000,000원을 출자전환주식의 시가로 보아 출자전환된 이 사건 회생채권의 장부가액에서 위 0,000,000원을 차감한 나머지 금액 전부를 기초로 하여 대손세액 공제 액수를 산정하였고, 달리 피고나 이 사건 매입처 회사들이 적법한 방식으로 출자전환주식의 순자산가치 등을 평가했다고 볼 증거가 없다. 따라서 이러한 점에 비추어 보더라도 이 사건 대손세액 공제는 위법하다.

4) 소결론

따라서 이 사건 공제액을 원고에 대한 매입세액에서 제외하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 받아들여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.