조심2009중0264 (2010.12.21)

아파트를 신축・분양함에 있어서 시공사에게 일괄 도급을 주어 아파트를 건설하는 경우에는 시공사의 작업진행률에 의하여 수입금액을 계상하는 것임

건설 등의 계약기간이 1년 이상인 건설 등에 해당하고, 아파트를 신축・분양함에 있어서 시공사에게 일괄 도급을 주어 아파트를 건설하는 경우에 시공사의 작업진행률에 의하여 수입금액을 계상한 당초 처분 적법함

법인세법 제40조 및 법인세법시행령 제69조

2011구합3310 법인세부과처분취소

1. 주식회사 AAA 2. 정BB 3. 이CC

동안양세무서장

2013. 12. 5.

2014. 1. 16.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

"피고가 원고 주식회사 AAA(이하원고 회사'라 한다)에 대하여 한 별지 1 목록 부과내역 란 기재 각 법인세 부과처분 및 소득세(원천분) 부과처분 중 정당한 세액 란 기재 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다. 피고가 2011. 3. 1. 원고 회사에 대하여 한 별지 2 목록 부과내역 란 기재 각 소득세(원천분) 부과처분 중 정당한 세액 란 기재 금액을 초과하는 부분은 각 무효임을 확인한다. 피고가 2009. 8. 27. 원고 정BB에 대하여 한 별지 3 목록 기재 각 세금의 부과처분 및 원고 이CC에 대하여 한 별지 4 목록 기재 각 세금의 부과처분을 모두 취소한다.",이유

1. 처분의 경위

가. 원고 회사는 부동산 매매업, 주택건설업 등을 목적으로 하여 2002. 5. 2. 설립된 내국법인이고, 원고 정BB는 원고 회사의 대표이사이자 2003. 5. 17.부터 2008. 11.경 까지 원고 회사 발행주식 60,000주 중 23,400주(39%) 소유하고 있는 주주이며, 원고 이CC는 원고 정BB의 처이자 원고 회사의 감사로서 같은 기간 동안 원고 회사의 주식 15,200주(25.33%)를 소유하고 있는 주주이다.

" 나. 원고 회사는 2005. 12. 7. OO시 OO동 1767-32 외 128필지 지상에 1,335세대 규모의 DDD아파트 건축 및 분양사업(이하이 사건 사업'이라 하고, 위 아파트를이 사건 아파트'라 한다)을 승인받았고, EE산업개발 주식회사(이하EE산업개발'이라 한다)을 시공사로 하여 2008. 3. 27. 이 사건 아파트를 준공하였다.", 다. 원고 회사는 피고에게, 이 사건 사업의 시행사인 원고 회사가 시공사인 EE산업개발로부터 수취한 세금계산서 등 청구된 공사대금을 기준으로 산정한 각 사업연도에 EE산업개발에게 지급한 공사대금을 총공사비누적발생액에 포함시키는 방법으로 산정한 이 사건 사업의 작업진행률에 따라 원고 회사의 분양손익을 계산하여 2006년 및 2007년 귀속 각 법인세액을 신고 ・ 납부하였다.

" 라. 중부지방국세청장은 2008. 4. 24.부터 2008. 7. 18.까지 원고 회사에 대한 세무조사를 실시한 후 피고에게 과세자료를 통보하였고, 피고는 위 과세자료에 따라 2008. 11. 1. ① 원고 회사가 EE산업개발에게 이 사건 아파트 신축공사를 일괄도급 하였으므로,EE산업개발의 공사비 발생액'을 기준으로 작업진행률을 산출하여야 함에도EE산업개발이 청구한 공사대금'을 기준으로 작업진행률을 산출하고 이에 따라 원고 회사의 분양손익을 계산하였다 는 이유로, 원고 회사가 신고한 이 사건 아파트 신축공사로 인한 2006년 및 2007년 귀속 각 법인세를 인정하지 않고, EE산업개발의 작업진행률을 적용하여 시공사의 공사비 누적액을 산정하고, 여기에 시행사인 원고 회사에게 별도로 발생한 공사비를 합한 금액을 기준으로 원고 회사의 분양손익을 재계산하여, 원고 회사의 2006 사업연도 귀속 법인세를 OOOO원으로 2007 사업연도 귀속 법인세를 OOOO원으로, 2007 사업연도 귀속 법인세 가산세를 OOOO원으로 각 경정 ・ 고지하고(이하종전 법인세 부과처분'이라 한다), ② 원고 회사가 이 사건 사업을 진행하는 과정에서 토지매도인 등에게 아래 표 비고 란 기재와 같이 지급한 금원 등이 각각 이자소득, 사업소득, 기타소득에 해당하여 소득세 원천징수 대상임에도 원천징수하지 아니하였음을 이유로 아래 표 부과내역 란 기재와 같이 2003년 내지 2007년 귀속 소득세(원천분)를 부과・고지하였다(이하종전 소득세 부과처분'이라 한다).", <표> 판결문 4쪽 참조

" 마. 한편, 피고는 원고 회사가 종전 법인세 및 소득세 부과처분에 따른 세금을 납부 하지 않자 2008. 12. 26. 원고 정BB는 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호 나목의과점주주 중 1인으로서 법인의 경영을 사실상 지배하는 자'로서, 원고 이CC는 같은 호 다목의나목에 규정하는 자의 배우자'로서 각 제2차 납세의무자에 해당한다고 보아 원고 정BB, 이CC(이하원고 정BB 등'이라 한다)를 제2차 납세의무자로 지정하여 원고 정BB 등 소유의 각 지분 범위 내에서 법인세 및 기타소득세 등의 납부통지를 하였다가, 원고 정BB 등이 2009. 3. 23. 제기한 이의신청에 따라 이미 압류한 원고 회사 소유의 부동산 등으로 충당이 가능한 금액을 차감하고 원고 정BB 등의 지분에 해당되는 금액을 재계산하여 2009. 8. 27. 원고 정BB에게 OOOO원을, 원고 이CC에게 OOOO원을 각 납부통지 하였다(이하종전 제2차 부과처분'이라 한다).", " 바. 원고 회사는 종전 법인세 및 소득세 부과처분에 불복하여 2008. 12. 30.에, 원고 정BB 등은 종전 제2차 부과처분에 불복하여 2009. 12. 9.에 각 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 위 각 심판청구를 병합 심리하여 2010. 12. 21. 원고 회사의 작업진행률에 관한 주장 및 원고 이CC가 과점주주가 아니라는 주장은 각 배척하고, 종전 소득세 부과처분에 관하여당초 피고가 징취한 확인서 등에 의하면 관련 금액이 원천징수대상(이자소득 ・ 사업소득 ・ 기타소득)임을 원고 회사 대표이사(원고 정BB)가 확인하였으나, 원고 회사가 각 건별로 이에 대한 항변자료를 제출한 반면 피고는 그에 대한 답변자료를 제시하지 못하고 있는 상황인바, 다수인이 관련된 쟁점에서 피고가 입증자료를 제출하지 아니하여 구체적인 사실 관계를 확정할 수 없는 이상 더 이상 심리를 진행하기 곤란하며, 특히 OO단지(2005년 내지 2007년 귀속 기타소득세와 관련)의 경우 원고 회사의 주장을 인용할 경우 관련자 13인에 대한 양도소득세 과세문제가 남게 되어 더욱 그러하고, 아울러 원고 정BB가 스스로 당초 원천징수대상 소득임을 인정하는 내용의 확인서를 제출한 이상, 주장 중에 일부가 타당한 측면이 있다 하여 처분 자체를 취소할 수도 없는 만큼, 종전 소득세 부과처분은 원고 회사가 제출하는 증빙을 기반으로 하여 객관적인 사실관계를 피고가 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 바람직한 것으로 판단된다'는 이유로 허FF 등 30인에게 지급한 금액의 합계인 OOOO원이 각각 원천징수대상 이자소득, 사업소득, 기타소득인지 여부를 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하라 는 취지로 원고들의 심사청구를 일부 인용하는 결정을 하였다.",사. 피고는 2011. 1. 5. 직권으로 원고 회사가 박GG에게 지급한 OOOO원을 박GG에 대한 종합소득세에 반영하였음을 이유로 위 금액을 과세표준에서 제외하여 종전 소득세 부과처분 중 2005년 귀속 기타소득세를 OOOO원으로 감액경정하고 이를 고지하였다

"아. 중부지방국세청장은 조세심판원의 결정에 따라 2011. 1. 12.부터 2011. 2. 10.까지 원고 회사에 대한 부분재조사를 실시하여 ① 종전 소득세 부과처분 중 이자소득세액으로 확정한 부분에 대하여는 당초 조사와 같고, ② 당초 조사에서 원천징수 대상 사업소득으로 분류한 문HH에게 지급한 부동산중개용역비 OOOO원은 부동산중개업자 사업소득에 해당하여 원천징수 대상 사업소득이 아닌 것으로 판단되며, 조II 외 3인에게 지급한 OOOO원(조II OOOO원 + 고JJ OOOO원 + 황KK OOOO원 + 김LL OOOO원)은 사업소득이 아닌 기타소득에 해당하여 원천징수 대상 기타소득세를 증액 경정하고, ③ 최MM에게 지급한 OOOO원(조사 복명서상OOOO원'으로 기재되어 있으나, 이는 오기로 보인다)은 정상적인 토지 매매대금으로써 원천징수 대상 기타소득에 해당하지 않고 양도소득세 과세 대상임을 확인한 후 위 재조사결과를 피고에게 통보하였다.", 자. 피고는 위 재조사결과 통보에 따라 2011. 2. 24. 종전 소득세 부과처분 중 2003년 내지 2006년 귀속 사업소득세 OOOO원을 전액 감액하고, 2011. 3. 1. 원고 회사에 대하여 2003년 귀속 기타소득세 OOOO원을, 2004년 귀속 기타소득세 OOOO원을, 2005년 귀속 기타소득세 OOOO원을, 2006년 귀속 기타소득세 OOOO원을 각 증액경정하고 이를 고지하였다. 이에 따라 원고 회사에 대한 기타소득세는 2003년 귀속 OOOO원(OOOO원 + OOOO원), 2004년 귀속 OOOO원(OOOO원 + OOOO원), 2005년 귀속 OOOO원(OOOO원 + OOOO원), 2006년 귀속 OOOO원(OOOO원 + OOOO원)이 되었다.

차. 한편, 피고는 2012. 10. 25. 원고 회사가 2005. 12. 22. 김NN에게 지급한 OOOO원을 지급 즉시 회수하였음을 이유로 위 금액을 과세표준에서 제외하여 종전 소득세 부과처분 중 2005년 귀속 기타소득세를 OOOO원으로 감액경정하고 이를 고지하였다.

카. 피고는 2012. 10. 18. 선고된 대법원 2010두12347 전원합의체 판결의 취지에 따라 2012. 11. 29. 종전 법인세 부과처분 중 2007 사업연도 귀속 법인세 가산세 OOOO원의 부과처분을 취소한 후, 과세예고통지절차를 거쳐 2013. 1. 7. 2007 사업연도 귀속 법인세 가산세 OOOO원을 재부과 하였다.

" 타. 한편 원고 회사는 이 사건 사업을 진행하던 중 자금이 부족하자 2004. 2. 6. 김PP로부터 OOOO원을 지급받았고, 약정 투자배당금을 지급하기 어렵게 되자 2007. 3.경 김PP에게 약정 투자배당금에 대하여 OO시 OO구 OO동 288-29 소재 OOO아파트 상가동 제1층 5, 7, 8호(이하이 사건 상가'라 한다)의 소유권을 이전하였는데, 피고는 원고 회사가 김PP에게 발행한 세금계산서 및 계산서 6매 합계액 OOOO원에서 위 원금 OOOO원을 공제한 나머지 OOOO원을 김PP의 이자소득으로 판단하여 이를 과세표준에 산입하였다가, 원고가 이 사건 소송에서 이 사건 상가의 매매가액은 분양 당시인 2003. 9. 9. 분양대금 합계 OOOO원이므로 위 원금 OOOO원을 공제한 나머지 OOOO원을 이자소득으로 보아야 한다고 주장하자, 이 법원의 감정인 박QQ에 대한 감정촉탁결과(이하법원감정'이라 하고, 그 감정인을법원감정인'이라 한다) 에 따라 산정된 이 사건 상가의 소유권이전일인 2007. 3. 14. 당시의 위 상가의 시가 합계 OOOO원에서 위 원금 OOOO원을 공제한 나머지 OOOO원을 김PP에 대한 이자소득으로 재산정하고, 2013. 10. 14. 원고 회사에 대한 2007년 귀속 이자소득세를 OOOO원으로 감액경정한 후 이를 고지하였다(위와 같은 감액경정 및 증액 경정 등으로 인하여 원고 회사에 대한 종전 법인세 및 소득세 부과처분은 최종적으로 별지 1, 2 목록 각 부과내역 란 기재와 같이 변경되었는바, 이하 위와 같이 최종적으로 감액 및 증액경정된 종전 법인세 부과처분을이 사건 법인세 부과처분

종전 소득세 부과처분을이 사건 소득세 부과처분'이라 한다).", " 파. 한편 위와 같은 종전 법인세 및 소득세 부과처분 중 일부 세액 감액 등에 따라, 피고는 2013. 11. 5. 및 같은 달 8. 원고 정BB 등의 제2차 납세의무 체납액 변동내역을 통보하였다(위 통보로 인하여 원고 정BB 등에 대한 종전 제2차 부과처분은 최종 적으로 별지 3, 4 목록 각 기재와 같이 변경되었는바, 이하 위와 같이 최종적으로 변경된 종전 제2차 부과처분을이 사건 제2차 부과처분'이라 한다).",[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 9, 22 내지 26, 28, 29호증의 각 기재, 이 법원의 법원감정인에 대한 감정촉탁결과, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

(1) 이 사건 법인세 부과처분에 대하여

" (가) 구 법인세법 시행령 제69조 제1항(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은용역'에 관한 예약매출의 경우에만 적용되고 부동산을 포함하여 상품 또는 제품의 판매로서의 예약매출에는 적용되지 아니하므로, 아파트 분양사업에 따른 손익의 귀속시기는자산'의 양도로 인한 손익귀속시기에 관한 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호에 따라 그 대금을 청산한 날(대금 청산 이전에 소유권이전 등기를 한 경우에는 그 이전등기일) 또는 같은 조 제2항을 유추하여 판매 또는 양도한 아파트(자산)의 인도일로 보아야 한다.", (나) 가사 구 법인세법 시행령 제69조를 적용한다 하더라도, 시공사인 EE산업개발의 작업진행률과 시행사인 원고 회사의 작업진행률은 분명히 구분되어야 할 것인데, 시공사인 EE산업개발의 작업진행률에 따라 원고 회사의 손익을 계산한 것은 ① 납세의무자가 아닌 다른 사업자의 작업진행률을 근거로 한 것으로서 명시적인 근거규정이 없고, ② 아파트 분양사업에 있어 시공사의 비용은 공정 예정표에 따라 공사 진행전 과정에 걸쳐 점진적인 증가추세를 보이는 것이 일반적이고 작업진행률 역시 이러한 추세를 반영한 것인 반면, 시행사의 비용은 토지구입비, 각종 설계비 및 인허가비용이 소요되는 분양사업 초기와 건축물 취득 및 보존등기비용이 소요되는 분양사업 말기에 집중적으로 투입되고 공사 진행 중에는 상대적으로 투입비용이 적으므로, 시공사의 작업진행률을 기준으로 시행사의 손익을 인식하는 것은 기간손익의 왜곡을 가져오며, ③ 원고 회사의 실제 비용 발생 여부와 무관하게 EE산업개발의 작업진행률 변경에 따라 원고 회사의 익금을 조정하고 그에 대응하여 손금까지 조정한 것은 당해 사업연도에 발생한 비용을 손금에 산입하고 그에 대응하는 수익을 의제적으로 인식하도록 하는 관련 법인세법령의 취지에 반하는 것이고, ④ EE산업개발의 작업진행률은 EE산업개발이 공사에 투입한 원가를 알아야 정확한 산정이 가능한데, 이는 영업비밀에 해당하여 일반에게 공개가 되지 않으므로, EE산업개발의 작업진행률을 정확히 파악할 수 없는 원고 회사에게 이를 근거로 하여 법인세를 부과한 것은 납세의무자가 준수하기를 기대할 수 없는 방법으로 손익을 인식한 것으로서 부당하다.

(다) 원고 회사가 EE산업개발의 작업진행률을 정확히 산정할 수 없는 이상 원고 회사에게 EE산업개발의 작업진행률을 기준으로 이 사건 사업의 손익귀속시기를 결정하도록 기대하는 것은 불가능하므로, 설령 시공사의 작업진행률에 따라 이 사건 사업의 손익을 귀속하도록 하는 것이 정당하다 하더라도 원고 회사에게는 납세의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있다. 원고 회사가 EE산업개발의 작업진행률이 아닌 원고 회사의 작업진행률에 근거하여 이 사건 사업의 손익을 인식한 것은 기술적이고 난해한 손익의 귀속시기 결정이라는 문제에 대한 세법 해석상의 의의로 인한 견해 대립에서 비롯된 것이므로, 피고는 이와 같이 정당한 사유가 있는 원고 회사에 대하여 가산세를 부과할 수논 없다.

(2) 이 사건 소득세 부과처분에 대하여

(가) 피고는 2008. 11. 1. 원고 회사에게 2003년 귀속 기타소득세(원천분)로 OOOO원을, 2004년 귀속 기타소득세(원천분)로 OOOO원을 각 부과고지 하였다가, 조세심판원이 객관적인 사실관계를 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 결정을 하자 2011. 3. 1. 2003년 귀속 기타소득세(원천분)로 당초 부과된 세액보다 OOOO원을 증액한 OOOO원을, 2004년 귀속 기타소득세(원천분)로 당초 부과된 세액보다 OOOO원을 증액한 OOOO원을 각 경정고지 하였는바, 2003년 및 2004년 귀속 각 기타소득세 부과처분 중 위 각 증액 부분은 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조 제2항을 위반하여 위법하다.

"(나) 원고 회사가 이 사건 사업을 위하여 토지를 매수하는 과정에서 매도인들인 김RR, 송SS, 안TT, 윤UU, 고VV, 김WW, 심XX, 이YY, 임ZZ, 장☆☆ 등 10명(이하김RR 등'이라 한다)에게 추가로 지급한 금원은 그들의 매매대금 증액요구 및 제세공과금 부담요구에 따라 지급한 것으로서, 지급 명목에 관계없이 그 실질이 토지 매매대금이므로 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제127조 제1항 소정의 원천징수대상 소득에 해당하지 않음에도, 피고는 이를 기타소득으로 보아 2005년 내지 2007년 귀속 각 기타소득세 부과처분을 하였는바, 이는 실질과세원칙에 위반하여 위법하다.", (다) ① 원고 회사가 허FF에게 지급한 금원 및 김PP에게 양도한 이 사건 상가는 그 실질이 배당소득임에도 불구하고 피고는 이를 이자소득으로 보아 2004년 내지 2007년 귀속 각 이자소득세 부과처분을 하였으므로 이는 위법하고, ② 가사 그렇지 않다 하더라도, 위 상가는 2003. 9. 9. 평당 분양가 OOOO원에 분양되어 그 매매가액의 합계는 OOOO원이고, 김PP가 원고 회사로부터 원금을 초과하여 지급받은 이자소득은 OOOO원(위 매매가액 합계 OOOO원 - 원금 OOOO원)이어서 원고 회사가 원천징수하여야 할 금액은 OOOO원(OOOO원 x 25%)이 되므로, 2007년 귀속 이자소득세 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

(3) 이 사건 제2차 부과처분에 대하여

① 원고 회사에 대한 조세부과가 모두 위법한 이상 이에 기초하여 이루어진 이 사건 제2차 부과처분도 모두 위법하고, ② 가사 원고 회사에 대한 조세부과는 적법하다 하더라도 보유 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하거나 원고 회사의 경영에 관여한 바 없는 원고 이CC는 구 국세기본법 제39조 제1항 제2호 다목 소정의 제2차 납세의무자에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 제2차 부과처분 중 원고 이CC에 대한 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 법인세 부과처분에 대하여

(가) 구 법인세법 시행령 제68조 적용 여부

살피건대, 앞서 본 인정사실에 의하면 이 사건 사업은 아파트 분양사업자인 원고 회사가 수분양자로부터 미리 청약을 받고 장기간(1년 이상)에 걸쳐 아파트를 건설하여 분양하는 것으로서 구 법인세법 시행령 제69조 제1항의 예약매출에 해당하고, 위 규정의 예약매출l이 반드시 용역에 관한 것에 한한다고 볼 만한 이유가 없으므로, 이 사건 사업에 위 규정이 아니라 구 법인세법 시행령 제68조가 적용되어야 한다는 원고 회사의 주장은 이유 없다.

(나) 시공사의 작업진행률을 적용하여 시행사의 과세표준 및 세액을 계산한 것이 위법한지 여부

1) 구 법인세법 시행령 제69조 제2항 및 구 법인세법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제34조는, 건설 착수일부터 인도일까지의 기간이 1년 이상인 경우 그 기간 동안의 손익의 귀속과 관련하여 당해 사업연도 말까지 발생한 총 공사비 누적액을 총 공사예정비로 나누어 산출한 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하고, 총 공사예정비는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 당해 사업연도 말까지의 변동 상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 하도록 규정하고 있다.

한편, 건설업회계처리준칙 제3조 제3호는 대차대조표일 현재로 발생된 공사원가와 발생이 예상되는 공사원가의 합계금액을 공사예정원가로 규정하고 있고, 구 주택법 제24조(2005. 12. 23. 법률 제7757호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 및 같은 법 시행령 (2006. 2. 24. 대통령령 제19356호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조에 의하면, 감리자는 시공자가 설계도서에 맞게 시공하였는지 여부, 시공계획 ・ 예정 공정표 및 시 공도면 등을 검토 ・ 확인 등을 사업주체인 시행사에게 보고하도록 규정하고 있다.

" 2) 위와 같은 관계법령의 규정 내용 및 을 제8, 9, 22호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 법인세법 시행령이 1998. 12. 31. 전문개정되기 전에는 장기도급계약에 관하여 건설 또는 제조에 관하여 계약기간이 1년 이상인 장기도급계약을 체결한 경우, 그 목적물의 건설 또는 제조의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 손익은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 당해 사업연도의 익금과 손금에 각 각 산입한다. 다만, 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업 연도의 익금과 손금에 각각 산입한다 고만 규정되어 있었으나{구 법인세법 시행령 (1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제7호}, 시행령이 전문개정 되어 구 법인세법 시행령 제69조로 건설과 제조 외에 예약매출을 포함한 기타용역을 1년 이상의 기간으로 제공하는 경우에도 건설이나 제조의 경우와 마찬 가지로 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도, 즉 작업진행률에 따라 손금과 익금의 귀속사업연도를 정하도록 규정하게 된 점, ② 아파트 분양사업자가 장기간에 걸쳐 아파트를 건설하여 분양하는 것은 기업회계 상 예약매출에 해당되는데, 위 시행령 제69조가 제정되기 전에도 예약매출에 대하여는 법인세법상 그 귀속시기를 명확히 규정한 바 없다 할 것이어서 기업회계기준의 공사진행기준에 의하여 손익을 분배하고 그 귀속을 정할 수도 있다 할 것이고, 또한 그렇게 한다 하여 법인세법상의 손익확정주의에 반한다고 할 수 없으며, 한편 위 기업회계기준상의 공사진행기준(공사진행률)이라 함은 당해 각 사업연도 투입원가가 전체예정원가(토지대금과 아파트건설도급금액의 합계액)에서 차지하는 비율을 가리키는 것이다{대법원 1992. 10. 23. 선고 92누2936, 2943(병합) 판결 참조} 라고 해석된 점, ③ 건설업회계처리준칙 제4조 제1항, 제5조 제1항은 도급공사 및 예약매출의 수익인식은 진행기준을 적용하되, 공사진행률은 공사예정원가에 대한 실제공사비의 발생비율로 하도록 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제69조 제2항 및 구 법인세법 시행규칙 제34조 제1항은작업진행률'을 목적물의 건설 등을 완료한 정도로 보고, 당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액을 총 공사예정비로 나누어 작업진행률을 산정하도록 규정하고 있는데, 시행사라 하여 위 각 규정과 다르게 도급약정에 따라 시공사에 대한 지급의무가 확정된 금액만을 포함하여작업진행률'을 산정할 수 있다고 해석할 수는 없는 점, ④ 피고가 총공사비 누적액을 계산할 때 작업 진행률에 따라 계산한 시공사 총공사비뿐만 아니라 시행사인 원고 회사가 별도로 지출 한 총공사비도 포함하였으므로, 시행사의 작업진행률과 시공사의 작업진행률이 일치하지 않는다는 점만으로 이 사건 법인세 부과처분이 위법하다고 볼 수 없는 점, ⑤ 원고 회사는 공사 원가에 대한 정보가 시공사의 영업비밀에 해당하여 시행사로서는 이를 사전에 파악하는 것이 사실상 불가능하다고 주장하나, 작업진행률을 계산할 때 필요한총공사예정비'는 도급금액에 기초하여 산정가능하고,당해 사업연도 말까지 발생한 총 공사비누적액'은, 원고 회사가 감리자를 통해 시공사의 작업진행률을 보고받거나 공사 도급 약정을 체결할 때 세무신고에 필요한 범위 내에서 작업진행률을 통지하도록 하는 조항을 둘 수 있다는 점에서 합리적으로 산정하는 것이 가능할 뿐만 아니라, 원고 회사가 작성한2007년도 법인세 처리방안 검토' 문건(을 제9호증)에 의하면 원고 회사는 2007년 귀속 법인세와 관련하여 시공사인 EE산업개발이 계산한 이 사건 아파트의 작업진행률을 이미 알고 있었던 것으로 보이는 점, ⑥ 구 주택법 제24조 및 같은 법 시행령 제27조에 의하면, 감리자는 시공자가 설계도서에 맞게 시공하였는지 여부, 시공 계획 ・ 예정공정표 및 시공도면 등의 검토 ・ 확인 등을 사업주체인 시행사에 보고하여야 하므로, 시행사는 시공사의 작업진행률 등을 알 수 있는 위치에 있는 점, ⑦ 원고 회사의 주장과 같이 EE산업개발의 도급공사비 누적액 중 도급약정에 따라 당해 사업연도에 지급의무가 확정된 금액만총공사비누적액'에 반영한다면, 당사자 간 약정에 따라, 건설 등의 계약기간이 1년 이상인 경우 목적물의 건설을 완료한 정도에 따라 수익과 비용을 산입하도록 한 법인세법의 취지를 왜곡할 수도 있다는 점 등을 종합적으로 고려하면, 이 사건에서 EE산업개발의 작업진행률을 기준으로 시공사공사비를 계산하고 여기에 시행사인 원고 회사가 별도로 지출한 공사비를 합하여총공사비누적액'을 산정하고, 여기에 총공사예정비를 나누어 작업진행률을 산정한 다음 이를 기초로 계산한 수익과 비용을 기준으로 법인세를 부과하는 것은 적법하다.", 따라서 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

(다) 가산세 관련 주장에 대한 판단

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 납세자의 고의 ・ 과실은 고려되지 아니하고, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조).

2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위와 같이 작업진행률 계산방식이 관계법령상 명백하고 시공사의 작업진행률도 시행사인 원고 회사가 합리적으로 파악하는 것이 가능한 만큼, 납세의무자인 원고 회사에게 법인세 과세표준을 과소신고하고 법인세 납부를 불성실한 데 대하여 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵고, 증인 염◎◎의 증언과 이 법원의 EE산업개발에 대한 사실조회결과만으로는 이를 뒤집기 어려우므로, 원고 회사의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(2) 이 사건 소득세 부과처분에 관하여

(가) 2003년 및 2004년 귀속 소득세 부과처분 중 각 증액부분의 위법 여부

1) 국세기본법 제79조 제2항은 과세처분에 불복하는 심판청구에 대한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다고 규정하고 있는데, 이러한 불이익변경금지는 심판결정의 주문 내용이 심판청구 대상인 과세처분보다 청구인에게 불이익한 경우에 적용되고, 과세관청이 심판결정의 이유에서 밝혀진 내용에 근거하여 탈루 또는 오류가 있는 과세표준이나 세액을 경정결정하는 경우에는 적용되지 아니한다(대법원 2007. 11. 16. 선고 2005두10675 판결 참조).

2) 살피건대, 피고는 조세심판원의 재조사결정에 따라 재조사를 한 결과 과세표준이나 세액의 계산에 있어 탈루 또는 오류가 있어 이를 경정하고자 2003년 및 2004년 귀속 소득세 부과처분을 한 것이어서 피고가 위 각 처분을 하는 데 있어 국세기본법 제79조 제2항은 적용되지 않으므로, 원고 회사의 위 주장은 이유 없다.

(나) 김RR 등에게 지급한 금원의 실질이 매매대금이라는 주장에 대한 판단

1) 인정사실

" 가) 김RR는 2004. 1. 14. 원고 회사에게 그 소유의 OO시 OO동 1767-49 토지를 OOOO원에 매도하되, 계약금 OOOO원은 계약 당일, 잔금 OOOO원은 2004. 5. 10. 각 지급받기로 약정하고, 같은 날 위 계약금 OOOO원을 지급받았다. 그런데 김RR는 2004. 8. 16. 원고 회사에게 원고 회사가 위 매매계약에 따른 잔금 지급이행의무를 이행하지 아니하였다는 이유로 위 매매계약을 해지하고, 기지급된 계약금은 자선에게 귀속되었다는 뜻을 통지하였고, 이는 그 무렵 원고 회사에게 도달하였다. 그 후 김RR는 2005. 8. 26. 원고 회사와 사이에위 매매계약에 따라 소유권을 이전함에 있어 계약서상 잔금에 대하여 약정 잔금 지급일인 2004. 5. 10.로부터 실제 잔금지급일인 2005. 9. 15.까지 잔금 OOOO원의 연 20%의 연체이자 OOOO원, 양도소득세 OOOO원을 매수인인 원고 회사가 부담하고, 위 양도소득세와 연체이자 및 농지보상금 합계 OOOO원은 잔금지급일까지 지급하며, 김RR는 원고 회사가 토지 잔금과 농지보상을 포함한 합계 OOOO원(토지 잔금 OOOO원 + 양도소득세 등 합계 OOOO원)을 지급함과 동시에 소유권이전의무를 이행한다'는 내용의 확약을 하고, 2005. 9. 14. 원고 회사와 사이에 위 매매계약에 대하여 매매대금을 OOOO원으로 하되, 그 중 계약금 OOOO원은 2004. 1. 14. 기지급 받았고, 나머지 잔금 OOOO원은 계약 당일 지급받기로 하는 내용의 변경 계약을 체결하였으며, 2005. 9. 15. 원고 회사로부터 위 잔금 OOOO원을 지급받았고, 그와 별도로 위 양도소득세 등 합계 OOOO원을 지급 받았다.", 나) 송SS은 2004. 1. 13. 원고 회사에게 그 소유의 OO시 OO동 1767-45, 1767-24 토지를 OOOO원에 매도하되, 계약금 OOOO원은 계약완료 시에, 잔금 OOOO원은 2004. 5. 31. 각 지급받기로 약정하고, 같은 날 위 계약금 OOOO원을 지급받았다. 그런데 송SS은 2004. 8. 16. 원고 회사에게 원고 회사가 위 매매계약에 따른 잔금 지급이행의무를 이행하지 아니하였다는 이유로 위 매매계약을 해지하고, 기지급된 계약금은 자신에게 귀속되었다는 뜻을 통지하였고, 이는 그 무렵 원고 회사에게 도달하였다. 그 후 송SS은 2005. 9. 14. 원고 회사와 사이에 위 토지에 관하여 매매대금을 OOOO원으로 하되, 이를 같은 날 지급받기로 하는 내용의 매매계약을 다시 체결하고, 2005. 9. 15. 원고 회사로부터 위 OOOO원을 지급받았다.

다) 안TT은 2005. 1. 21. 원고 회사에게 그 소유의 OO시 OO동 1767-37, 1767-38 토지를 OOOO원에 매도하되, 계약금 OOOO원은 계약 당일, 중도금 OOOO원은 2005. 2. 20., 잔금 OOOO원은 2005. 3. 25. 각 지급받기로 약정하고, 같은 날 위 계약금 OOOO원을 지급받았다. 그 후 안TT은 2005. 8. 26. 위 토지에 관하여 매매대금을 합계 OOOO원(토지대금 OOOO원 + 양도세 OOOO원)으로 하되, 2005. 9. 30.까지 위 매매대금이 지급되지 않을 경우 확약서의 모든 내용을 무효화하기로 하는 내용의 확약을 하고, 2005. 9. 15. 위 OOOO원을 지급받았다.

" 라) 윤UU은 2003. 12. 24. 원고 회사에게 그 소유의 OO시 OO동 267 토지 등 4필지 토지를 OOOO원에 매도하되, 계약금 OOOO원은 계약 당일, 잔금은 이 사건 사업 승인 후 1개월 이내에 각 지급받기로 약정하고, 같은 날 위 계약금 OOOO원을 지급받았다. 그런데 윤UU은 2004. 8. 16. 원고 회사에게 원고 회사가 위 매매계약에 따른 잔금 지급이행의무를 이행하지 아니하였다는 이유로 위 매매계약을 해지하고, 기지급된 계약금은 자신에게 귀속되었다는 뜻을 통지하였고, 이는 그 무렵 원고 회사에게 도달하였다. 그 후 윤UU은 2005. 12. 15. 원고 회사와 사이에 위 매매계약에 대하여 매매목적물에 위 4필지 토지 외에 같은 동 268 토지 등 2필지 토지를 추가하고, 매매대금을 OOOO원으로 하며, 기지급 받은 계약금 OOOO원은 윤UU에게 귀속한다는 내용의 변경계약을 체결하는 한편, 같은 날 별도로매매대상 물건은 위 6필지 토지이고 매매금액은 OOOO원으로 하며 2005. 11. 4. 이전 에 원고 회사는 윤UU에게 소송포기합의금 OOOO원, 농지보상금 OOOO원, 지체이자 OOOO원, 양도세 OOOO원을 지급하기로 한다'는 내용의 확약을 하고, 원고 회사로부터 OOOO원(매매대금 OOOO원 + 소송포기합의금 OOOO원 + 농지 보상금 OOOO원 + 지체이자 OOOO원 + 양도세 OOOO원)을 지급 받았다.", " 마) 고VV은 2005. 2. 24. 원고 회사에게 그 소유의 OO시 OO동 1774 토지를 OOOO원에 매도하되, 계약금 OOOO원은 계약 당일, 잔금 OOOO원은 2005. 5. 31. 각 지급받기로 약정하였다. 그 후 고VV은 2005. 8. 16. 경 원고 회사를 상대로원고 회사와의 위 매매계약 당시 제세공과금은 매수인인 원고 회사가 부담하기로 약정하였으므로, 원고 회사는 제세공과금 합계 OOOO원을 지급할 의무가 있다'고 주장하며 소송을 제기하였는데(1심 : 춘천지방법원 원주지원 2005가합1311호, 항소심 : 서울고등법원 2006나40715호), 위 소송 계속 중이던 2006. 11 9. 원고 회사와 사이에고VV은 위 소송을 취하하고, 원고 회사는 위 사건과 관련하여 공탁한 OOOO원 외에 OOOO원을 고VV에게 합의금조로 지급한다'는 내용의 합의를 하였고 그 무렵 원고 회사로부터 위 OOOO원을 지급받았다.",바) 김WW은 2003. 10. 22. 원고 회사에게 그 소유의 OO시 OO동 1433-11 토지 등 3필지 토지를 OOOO원에 매도하되, 계약금 OOOO원은 전 필지 계약완료 후 15일 이내에, 잔금 OOOO원은 계약금 지급일로부터 3개월 이내에 각 지급받기로 약정하고, 2003. 12. 16. OOOO원을 지급받았다. 그런데 김WW은 2004. 8. 16. 원고 회사에게 원고 회사가 위 매매계약에 따른 잔금 지급이행의무를 이행하지 아니하였다는 이유로 위 매매계약을 해지하고, 기지급된 계약금은 자신에게 귀속되었다는 뜻을 통지하였고, 이는 그 무렵 원고 회사에게 도달하였다. 그 후 김WW은 2006. 3. 31. 원고 회사와 사이에 위 매매계약에 대하여 매매대금을 OOOO원으로 하되, 그 중 계약금 OOOO원은 2003. 12. 16. 기지급 받았고, 나머지 잔금 OOOO원은 계약 당일 지급받기로 하는 내용의 변경계약을 체결하고, 같은 날 위 잔금 OOOO원을 지급 받았다.

사) 심XX은 2003. 12. 5. 원고 회사에게 그 소유의 OO시 OO동 1767-36 토지 등 3필지 토지를 OOOO원에 매도하되, 계약금 OOOO원은 계약완료시에, 잔금은 이 사건 사업 승인 후 1개월 이내에 각 지급받기로 약정하고, 2004. 2. 6. 위 계약금 OOOO원을 지급 받았다. 그런데 심XX은 2004. 8. 16. 원고 회사에게 원고 회사가 위 매매계약에 따른 잔금 지급이행의무를 이행하지 아니하였다는 이유로 위 매매계약을 해지하고, 기지급된 계약금은 자신에게 귀속되었다는 뜻을 통지하였고, 이는 그 무렵 원고 회사에게 도달하였다. 그 후 심XX은 2006. 2. 21. 원고 회사와 사이에 위 매매계약에 대하여 매매대금을 OOOO원으로 하되, 그 중 계약금 OOOO원은 기지급금으로 대체하고, 잔금으로 OOOO원을 지급받으며, 2006. 2. 23.까지 잔금을 지급하지 않을 경우 계약을 무효로 하는 내용의 변경계약을 체결하고, 같은 날 원고 회사로부터 위 변경계약의 내용과 달리 변경된 매매대금 전액인 OOOO원을 지급 받았다.

" 아) 이YY은 2007. 8. 29. 원고 회사에게 그 소유의 OO시 OO동 1767-103, 115 토지 및 1767-25, 1767-82, 1767-103 지상 지장물 일체를 OOOO원(토지 OOOO원 + 건물 OOOO원 + 보상비 OOOO원)에 매도하되, 이를 계약 체결일로부터 일주일 이내에 지급받기로 약정하고, 그 무렵 원고 회사와 사이에 별도로위 매매대상 물건에 대한 총 매매금액은 OOOO원으로 하고, 원고 회사는 이YY에게 영업권 보상 및 기존에 제기된 고소사건 등을 취하함에 따라 OOOO원을 지급한다'는 내용의 확약을 하였으며, 같은 달 31. 위 OOOO원을 지급받았다.", " 자) 임ZZ는 2007. 4. 13. 원고 회사에게 그 소유의 OO시 OO동 1767-82 토지를 OOOO원에 매도하되, 이를 2007. 4. 18. 지급받기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였는데, 위 매매계약 제5조 제1항에 따르면매도인은 매매물건에 부속하는 수목 등 부속물 일체를 양도하여야 한다'고 규정되어 있다. 한편, 임ZZ는 같은 날 원고 회사와 사이에 위 매매계약과 별도로매매대상 물건은 위 토지로 하고, 원고 회사는 2007. 4. 이전에 임ZZ에게 합의보상금조로 OOOO원을 지급한다'는 내용의 확약을 하고, 같은 달 17. 위 OOOO원을 지급 받았다.", " 차) 장☆☆은 2003. 12. 5. 원고 회사에게 그 소유의 OO시 OO동 1139-11 토지 등 4필지 토지를 OOOO원에 매도하되 계약금 OOOO원은 전 필지 계약완료시에 잔금은 이 사건 사업 승인 후 1개월 이내에 각 지급받기로 약정하고, 2004. 1. 15. 계약금 명목으로 OOOO원을 지급받았다. 그런데 장☆☆은 2004. 8. 16. 원고 회사에게 원고 회사가 위 매매계약에 따른 잔금 지급이행의무를 이행하지 아니하였다는 이유로 위 매매계약을 해지하고, 기지급된 계약금은 자선에게 귀속되었다는 뜻을 통지하였고, 이는 그 무렵 원고 회사에게 도달하였다. 그 후 장☆☆은 2005. 5. 31. 원고 회사와 사이에원고 회사는 장☆☆에게 농사를 짓지 못한데 대한 보상금 OOOO원, 2004년분 재산세 OOOO원을 지급하고, 위 4필지 토지가 투기지역으로 지정된 이후의 양도소득세는 원고 회사가 부담한다'는 내용의 확약을 하였고, 2006년경 원고 회사를 상대로위 확약에 따른 보상금 OOOO원, 2004년분 재산세 OOOO원 및 양도소득세 증가액 OOOO원 합계 OOOO원을 지급하라'고 주장하며 약정금 청구소송을 제기하였는데(춘천지방법원 원주지원 2006가합353), 위 소송 계속 중이던 2007. 1. 12.원고 회사는 장☆☆에게 OOOO원을 지급하라'는 내용의 조정이 성립되었고, 원고 회사는 위 조정에 따라 장☆☆에게 OOOO원을 지급하였다.",[인정근거] 갑 제8, 11, 12, 13, 15 내지 21, 24 내지 28호증, 을 제3호증의14, 제6호증의1, 제10, 11, 12, 15 내지 21호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 판단

가) 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 그것이 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 한 과세관청으로서는 납세의무자가 선택한 법률 관계를 존중하여야 한다(대법원 2009. 4. 9. 선고 2007두26629 판결 등 참조).

나) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면 원고 회사가 지급한 1.라항 표에 기재된 관련 쟁점금액의 성격은 다음과 같다 할 것이므로 이를 기타소득으로 보아 한 피고의 2005년 내지 2007년 귀속 기타소득세 부과처분은 적법하고, 이와 달리 위 각 금원이 실질적으로 토지 등 매매대금에 해당한다는 원고 회사의 주장은 이유 없다.

① 2005. 9. 15. 김RR에게 지급한 양도세 등 합계 OOOO원 중 OOOO원 부분은 종전 매매계약에 기한 잔금지급의무 불이행에 따른 지연이자로 보는 것이 타당하다.

② 종전 매매계약에 따라 계약금 명목으로 지급하였다가 새로운 계약에서 그 금액을 공제하지 아니하고 2중으로 송SS에게 지급한 OOOO원, 안TT에게 지급한 OOOO원, 김WW에게 지급한 OOOO원(종전 매매계약에 따라 지급한 계약금 OOOO원 - 변경 계약상 계약금에 갈음하기로 약정한 OOOO원), 심XX에게 지급한 OOOO원은 각각 구 소득세법 제21조 제1항 제10호의 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 위약금 또는 배상금으로 보는 것이 타당하다.

③ 윤UU에게, ㉮ 종전 매매계약에 따라 계약금 명목으로 지급한 OOOO원은 구 소득세법 제21조 제1항 제10호의 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 위약금 또는 배상금으로, ㉯ 2005. 12. 15. 지급한 OOOO원 중 OOOO원(소송포기 합의금 OOOO원 + 지체이자 OOOO원) 부분은 소송포기에 따른 합의금 및 종전 매매계약에 기한 잔금지급의무 불이행에 따른 지연이자로 보는 것이 타당하다.

④ 2006. 11. 9.경 고VV에게 지급한 OOOO원은 소 취하에 따른 합의금으로 보는 것이 타당하다.

⑤ 이YY에게 지급한 OOOO원 중 OOOO원 부분은 영업권 보상금 및 고소사건 등의 취하에 따른 합의금으로 보는 것이 타당하다.

⑥ 임ZZ에게 지급한 OOOO원 중 OOOO원 부분은 합의보상금으로 보는 것이 타당하다.

⑦ 장☆☆에게 지급한 OOOO원은 별도의 확약에 따라 원고 회사가 부담하기로 한 영농보상금, 재산세 및 양도소득세 등 약정금으로 보는 것이 타당하다.

(다) 허FF, 김PP 관련 이자소득세 주장에 대한 판단

1) 인정사실

" 가) 원고 회사는 이 사건 사업을 진행하던 중 자금이 부족하자 2004. 2. 6. 허FF과 사이에, 허FF과 김PP는 각 OOOO원씩 출자한 합계 OOOO원을 원고 회사에 투자하고, 원고 회사는 이에 대한 투자배당금으로 합계 OOOO원(투자금액 OOOO원 포함)을 상환하되, 2004. 5. 31. OOOO원을, 2004. 12. 31. 및 2005. 6. 30.(약정서에는 31. 로 기재되어 있으나 이는 오기로 보인다) 각 OOOO원씩을 지급하기로 약정하였다(이하이 사건 약정'이라 한다).", 나) 당시 원고 회사는 이 사건 약정 기일에 투자배당금을 지급하지 못할 경우 그 변제에 갈음하여 허FF 및 김PP에게 원고 회사가 신축 중이던 OO시 OO구 OO동 288-29 소재 OOO아파트 상가동 제1층 1호 내지 6호에 관한 모든 권리를 이전하기로 약정하였고, 같은 날 허FF에게 위 상가에 관한 분양계약서를 작성 ・ 교부해 주었다.

다) 그런데 이후 원고 회사는 허FF 및 김PP에게 이 사건 약정에 따른 투자배당금을 지급하지 못하게 되자, 허FF과 사이에서는 OOOO원을 지급함으로써 위 약정상의 의무를 이행한 것으로 하기로 합의하였고, 그에 따라 2004. 8. 10.경부터 2006. 7. 6.경까지 허FF에게 합계 OOOO원을 지급하였다.

" 라) 한편 김PP는 원고 회사를 상대로 이 사건 약정에 기하여 위 나)항 기재 상가의 각 1/2 지분에 관한 소유권이전등기 청구소송을 제기하였고, 2007. 1. 16. 항소심 법원은원고 회사는 김PP로부터 김PP에게 투자배당금으로 지급한 OOOO원을 반환받음과 동시에 김PP에게 위 상가 중 각 1/2 지분에 관하여 2005. 9. 28. 대물변제를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하라'는 판결을 선고 하였으며(서울고등법원 2006나41770호) 위 판결은 그 무렵 확정되었다.", 마) 김PP는 위 판결에 따라 원고 회사에 OOOO원을 지급하고 2007. 3. 14. 위 6개 상가의 각 1/2 지분에 관하여 소유권이전등기를 경료하였다가, 그 무렵 원고 회사와 사이에 이 사건 상가는 김PP의 소유로 하고, 나머지 상가(1호 내지 4호, 6호)는 원고 회사의 소유로 하기로 하는 내용의 공유물분할협의를 하고, 그에 따라 김PP 명의의 위 나머지 상가 중 각 1/2 지분에 관하여 원고 회사 앞으로 소유권이전등기를 경료하는 한편 김PP 앞으로 이 사건 상가에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

바) 피고는 원고 회사가 허FF에게 지급한 OOOO원 중 원금 OOOO원을 제외한 나머지 OOOO원을, 검PP의 이 사건 상가 소유권이전등기 경료일인 2007. 3.경을 기준으로 하여 법원감정에 따라 산정된 위 상가의 시가 합계액 OOOO원에서 원금 OOOO원을 제외한 나머지 OOOO원을 각 이자소득으로 보고, 원고 회사에게 그에 대한 2004년 내지 2007년 귀속 소득세(원천분)를 부과하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제29, 30호증, 을 제6, 26, 27, 28호증의 각 기재, 이 법원의 법원감정인에 대한 감정촉탁결과, 변론 전체의 취지

2) 원고 회사가 허FF에게 지급한 OOOO원 및 김PP에게 양도한 이 사건 상가의 실질이 배당소득인지 여부

살피건대, 앞서 본 인정사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 약정에 따르면 허FF과 김PP는 각 OOOO원씩 합계 OOOO원을 원고 회사에 투자하고, 원고 회사는 이에 대한 투자배당금으로 2004. 5. 31. OOOO원 2004. 12. 31. 및 2005. 6. 30. 각 OOOO원씩 합계 OOOO원(투자금액 OOOO원 포함)을 지급하기로 약정하여 그 사용기간이 정해져 있는 점, 이 사건 약정상 허FF과 김PP는 원고 회사에 OOOO원을 투자하여 OOOO원의 이득을 얻게 될 뿐, 이 사건 사업이 실패할 경우 투자자로서 입을 수 있는 손실에 관하여 아무런 약정이 없는 점 등에 비추어 보면, 허FF과 김PP가 원고 회사로부터 지급받은 금원 내지 이 사건 상가는 그 실질이 배당소득이 아니라 이자소득이라고 봄이 타당하므로, 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 이 사건 상가 이전에 따른 이자소득액

가) 구 소득세법 제24조 제2항은 거주자가 금전 외의 것을 수입하는 때에 그 거래 당시의 가액에 의하여 그 수입금액을 계산하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제51조 제5항 제2호는 제조업자・생산업자 또는 판매업자가 아닌 자로부터 물품을 인도받은 때에는 그 가액을 정상가액에 의하도록 규정하고 있는바, 위 각 규정 소정의 거래 당시의 가액이나 정상가액이라 함은 다 같이 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격, 즉 시가를 뜻하는 것이나, 그 시가를 산정하기 어려운 경우에는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로, 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있는 것이고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여 달라진다고 볼 수 없다(대법원 1997. 9. 9. 선고 96누17110 판결 등 참조)

나) 살피건대, 앞서 본 인정사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 법원감정은 관련규정에 따라 적정하게 감정이 이루어진 것으로 보여 그에 따라 산정된 이 사건 상가의 2007. 3. 14. 기준 평가액 OOOO원을 소유권이전등기 경료일 무렵의 이 사건 상가의 시가로 볼 수 있고, 원고 회사가 주장하는 바와 같이 이 사건 상가의 분양가액을 기준으로 하여 그 시가를 산정할 것은 아니므로, 위 평가액에서 김PP가 원고 회사에게 대여한 대여원금 OOOO원을 뺀 나머지 OOOO원을 김PP의 이자소득으로 보아 한 피고의 2006년 귀속 이자소득세(원천분) 부과처분은 적법하다.

(3) 이 사건 제2차 부과처분에 대하여

(가) 먼저 앞서 본 바와 같이 원고 회사에 대한 이 사건 법인세 및 소득세 부과처분이 모두 적법한 이상 위 각 부과처분이 위법함을 전제로 그에 기초하여 이루어진 이 사건 제2차 부과처분이 위법하다는 원고 정BB 등의 주장은 이유 없다.

(나) 다음으로 원고 이CC의 주장에 관하여 본다.

구 국세기본법 제39조 제1항 제2호 가목 및 나목은 법인의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부한 국세 등에 충당하여도 부족한 경우 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 지는 자로서 ① 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 과점주주 중 명예회장 ・ 회장 ・ 사장 기타 그 명칭에 불구하고 법인의 경영을 사실상 지배하는 자와 ② 그의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다) 및 그와 생계를 같이하는 직계존비속을 규정하고 있고, 같은 조 제2항에 의하면 과점주주 라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제20조 제5호는 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다)를 법 제39조 제2항에서 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자 에 해당하는 것으로 규정하고 있다.

그런데 앞서 본 인정사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 제2차 부과처분의 근거가 된 원고 법인의 국세 납세의무 성립일인 2008. 11. 1. 현재 원고 회사의 발행주식총수 중 원고 정BB는 39%, 원고 정BB의 처인 원고 이CC는 25.33%를 각 소유하고 있는 사실, 원고 정BB는 2005. 12. 2.경부터 현재까지 원고회사의 대표이사로서 원고 회사를 운영하여 오고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 원고 정BB 등은 위 국세의 납세의무 성립일 현재 그들의 소유주식의 합계가 원고 회사의 발행주식총수의 100분의 50을 초과하는 자들로서 구 국세기본법 제39조 제2항의 과점주주에 해당하고, 원고 정BB는 원고 회사의 경영을 사실상 지배하는 자로서 같은 조 제1항 제2호 가목에 해당하므로, 원고 이CC는 보유주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하였는지 여부 및 원고 법인의 경영에 관여하였는지 여부와 관계없이 원고 정BB의 처로서 같은 호 나목에 따라 제2차 납세의무를 진다고 봄이 타당하다.

따라서 원고 이CC의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.