조심2012구1995 (2014.10.22)

원고는 비영리법인으로 이사장이 횡령 당시 이사장과 원고의 의사가 동일시 되었다고 보기 힘들고 그 회수를 전제하지 않은 것으로 보기 어려움

비영리법인인 원고의 이사장이 횡령 당시 원고를 사실상 지배한다고 보기는 어렵고 이사장과 원고의 의사는 동일하지 않으며 그 회수를 전제하지 않은 것으로 보기는 어려워 이사장의 횡령금액을 사외유출된 것으로 보아 소득금액 변동통지한 처분은 위법함

법인세법 제67조 소득처분

국세기본법 제26조의 2 국세부과의 제척기간

2015구합20253 소득금액변동통지등 취소

○○○○단지관리공단

○○○○국세청장

○○○세무서장

2015. 12. 23.

2016. 2. 5.

1. 피고 ○○○○국세청장에 대한 소 중 2007년도 소득금액 246,071,380원의 변동통지 중 209,568,550원을 초과하는 부분, 2008년 소득금액 604,536,360원의 변동통지 중 570,652,510원을 초과하는 부분 및 피고 ○○○세무서장에 대한 소 중 2003년 제2기 부가가치세 107,177,760원의 부과처분 중 105,998,130원을 초과하는 부분, 2005년 제1기 부가가치세 42,893,530원의 부과처분 중 20,237,130원을 초과하는 부분, 2005년 제2기 부가가치세 37,415,520원의 부과처분 중 6,552,720원을 초과하는 부분에 대한 각 취소 청구부분을 각하한다.

2. 피고 ○○○○국세청장이 2011. 12. 5. 원고에게 한 별지 1 [표] '2015. 6. 1.자 경정'란 기재 각 소득금액변동통지 처분을 취소한다.

3. 피고 ○○○세무서장이 2011. 12. 1. 원고에게 한 별지 2 [표] '2015. 6. 1.자 경정'란 기재 2001년 제2기부터 2005년 제2기까지의 각 부가가치세 부과처분을 취소한다.

4. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고 ○○○○국세청장이 2011. 12. 5. 원고에게 한 별지 1 [표] '당초처분'란 기재 각 소득금액변동통지 처분을 취소한다. 피고 ○○○세무서장이 2011. 12. 1. 원고에게 한 별지 2 [표] '당초처분'란 기재 2001년 제2기부터 2005년 제2기까지의 각 부가가치세 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 당사자 관계

원고는 1981. 1. 27. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제31조에 의하여 ○○○○산업단지의 유지관리, 입주 기업의 근대화 사업 촉진 및 발전을 목적으로 설립된 비영리법인이고, 함○○은 1992. 3. 30.부터 2009. 8. 24.까지 원고 이사장으로 근무한 사람이다.

나. 함○○에 대한 형사판결

1) 함○○은 원고의 이사장으로 재직하면서 저지른 특정경제범죄가중처벌등에 관한법률위반(횡령, 배임)죄로 2011. 4. 26. 기소되어(대구지방법원 서부지원 2011고합64호) 2011. 9. 29. 징역 4년의 유죄 판결을 선고받았는데, 이 사건 관련 범죄사실은다음과 같다.

1. 유연탄 운송비 허위・과다계상을 통한 횡령

가. ○○○○ 주식회사 등에 대한 허위 유연탄 운송비 지급을 통한 방법 2001. 1.경부터 2005. 8.경까지 슬러지 운송업체인 AAA 주식회사 외 3개 업체가 실제로 원고의 유연탄을 운송한 사실이 없는데도, 유연탄을 운송한 것처럼 지출결의서 등을 작성

하여 원고의 자금 1,558,617,265원을 횡령

나. 주식회사 BB(CCC 주식회사의 전신)에 대한 유연탄 운송비 과다계상을 통한 방법

2001. 11.경부터 2004. 8.경까지 주식회사 BB가 실제 운송한 유연탄보다 더 많은 유연탄을 운송한 것처럼 지출결의서 등을 작성하여 원고의 자금 344,758,902원을 횡령

다. 주식회사 DDD에 대한 유연탄 운송비 과다계상을 통한 방법

2001. 11.경부터 2008. 11.경까지 주식회사 DDD가 실제 운송한 유연탄보다 더 많은 유연탄을 운송한 것처럼 지출결의서 등을 작성하여 원고의 자금 2,400,703,939원을 횡령(이하 위 가. 내지 다.항 기재 범죄사실로 함○○이 횡령한 운송비를 '이 사건가공운송비'라 한다)

2. 원고 소유 골프회원권 판매대금 횡령

2007. 3. 16. 원고 소유 골프회원권을 매각한 대금 중 66,330,000원을 횡령(이하 '이 사건 골프회원권 판매대금'이라 한다)

3. 원고 소유 화물차 저가 매도를 통한 배임

2003. 9.경부터 2008. 12.경까지 임무에 위배하여 원고 소유의 화물차 21대를 주식회사 수도를 포함한 4개 업체에 701,501,903원 싸게 매도하여, 위 업체에 동액 상당의 이익을 얻게 하고 원고에게 동액 상당의 손해를 가함(이하 이로 인한 원고의 손해를 '이 사건 배임액'이라 한다)

2) 그 항소심인 대구고등법원 2011노479 사건에서 법원은 2012. 4. 19. 검사의 공소장변경에 따라 위 범죄사실 제1의 다.항 기재 금원을 2,323,278,591원으로 변경하면서 함○○의 사실오인, 법리오해 주장은 받아들이지 않고 함○○에게 징역 3년을 선고하였는데, 그 상고심인 대법원 2012도5220 사건에서 대법원은 2012. 8. 30. 이 사건배임액이 701,501,903원이라는 점에 대한 심리가 부족하다는 이유로 원심판결을파기・환송하였다. 그 환송심인 대구고등법원 2012노524 사건에서 법원은 2012. 11. 19. 이 사건 배임액을 액수 미상의 이익으로 고친 후 함○○에게 징역 2년 6월을 선고하였고, 이에 대한 함○○의 상고는 2013. 2. 14. 대법원 2012도14675호로 기각되어 위 환송심 판결은 같은 날 확정되었다.

다. 이 사건 각 처분의 경위

1) 피고 ○○○○국세청장은 2011. 4. 25.부터 2011. 11. 30.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시하고, 대구지방법원 서부지원 2011고합64호 판결에 따라 이 사건 가공운송비, 골프회원권 판매대금, 이 사건 배임액 관련 부당행위계산부인액 등을 확인한 후 피고 ○○○세무서장에게 이에 따라 각 사업연도별 법인세 및 각 과세기간별 부가가치세를 경정할 것을 통지하였다.

2) 피고 ○○○세무서장은 위 세무조사결과에 따라 원고에게 이 사건 가공운송비를손금불산입, 이 사건 골프회원권 판매대금을 익금산입 하는 등으로 법인세를 경정하고, 관련 매입세액을 불공제하는 것으로 부가가치세를 경정하기로 하여 2011. 12. 1. 별지 2 [표] '당초 처분'란 기재와 같이 2001 사업연도부터 2010 사업연도까지의 각 법인세 및 2001년 제2기부터 2008년 제2기까지의 각 부가가치세를 각 경정・고지하였고, 피고 ○○○○국세청장은 2011. 12. 5. 이 사건 가공운송비 및 골프회원권 판매대금을 대표자에 대한 상여로 소득처분하기로 하여 원고에게 별지 1 [표] '당초 처분'란 기재와 같이 2001 사업연도부터 2008 사업연도까지의 각 소득금액 변동통지를하였다.

3) 원고는 2011. 12. 1.자 각 법인세 및 각 부가가치세 부과처분, 2011. 12. 5.자 각 소득금액 변동통지에 대하여 처분청을 피고 ○○○세무서장으로 하여, 2012. 1. 31. 피고 ○○○○국세청장에게 이의신청을 하였으나 2012. 3. 21. 기각되었고, 2012. 4. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2014. 10. 22. 대구고등법원 2012노524호 판결 확정 결과에 따라 이 사건 배임액 관련 부당행위계산부인은 위법하다고 판단하고, 원고의 나머지 청구는 기각하였다(이하 위 이의절차, 조세심판절차를 통틀어 '이 사건 전심절차'라 한다).

4) 위 결정에 따라 피고 ○○○세무서장은 2014. 11. 6. 별지 2 [표] '2014. 11. 6.자 경정'란 기재와 같이 2011. 12. 1.자 각 법인세 및 각 부가가치세 부과처분 중 관련 부분을 경정하였다.

5) 피고들은 2015. 6. 1. 대구지방법원 서부지원 2011고합64호 판결 이후2,323,278,591원으로 변경・확정된 위 범죄사실 제1의 다.항 기재 손해액을 반영하여,피고 ○○○○국세청장은 별지 1 [표] '2015. 6. 1.자 경정'란 기재와 같이 2011. 12.

5.자 각 소득금액 변동통지 중 관련 부분을 경정하였고, 피고 ○○○세무서장은 별지 2 [표] '2015. 6. 1.자 경정'란 기재와 같이 2011. 12. 1.자 각 법인세 및 각 부가가치세 부과처분 중 관련 부분을 경정하였다(이하 피고 ○○○○국세청장의 2011. 12. 5.자 각 소득금액 변동통지 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 '이 사건 각 소득금액 변동통지'라 하고, 피고 ○○○세무서장의 2011. 12. 1.자 2001년 제2기부터 2005년 제2기까지의 각 부가가치세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 '이 사건 각 부가가치세 부과처분'이라 한다).

인정근거갑 제1, 2호증, 갑 제4 내지 10, 12호증, 을 제1 내지 24호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 감액된 세액에 대한 취소청구의 적법 여부

원고가 취소를 구하는 피고 ○○○○국세청장의 2007년도 소득금액 246,071,380원의변동통지 중 209,568,550원을 초과하는 부분, 2008년 소득금액 604,536,360원의변동통지 중 570,652,510원을 초과하는 부분 및 피고 ○○○세무서장에 대한 소 중 2003년 제2기 부가가치세 107,177,760원의 부과처분 중 105,998,130원을 초과하는 부분, 2005년 제1기 부가가치세 42,893,530원의 부과처분 중 20,237,130원을 초과하는 부분, 2005년 제2기 부가가치세 37,415,520원의 부과처분 중 6,552,720원을 초과하는 부분에 대해서는 앞서 본 바와 같이 이미 감액 경정이 이루어졌으므로, 이 부분에 대한 취소청구는 이미 소멸한 부분에 대한 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 본안전 항변에 관한 판단

가. 피고 ○○○○국세청장의 주장

피고 ○○○○국세청장은 이 사건 각 소득금액 변동통지에 대한 행정심판 피청구인적격은 피고 ○○○○국세청장에게 있고, 피고 ○○○세무서장은 피청구인적격이 없는데도, 이 사건 전심절차는 피고 ○○○세무서장을 피청구인으로 하여 이루어졌고,원고가 이 사건 소 제기 전에 피고 ○○○○국세청장을 피청구인으로 하여 별도로행정심판을 거친 바 없으므로, 이 사건 소 중 이 사건 각 소득금액 변동통지의 취소를 구하는 부분은 적법한 전심절차를 거치지 않고 제기된 것이어서 부적법하다고 주장한다.

나. 판단

이 사건 각 소득금액 변동통지의 처분청이 피고 ○○○○국세청장인데도, 원고가 피청구인을 피고 ○○○세무서장으로 하여 이 사건 각 소득금액 변동통지에 대하여 이의 신청 및 심판청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

그러나 행정심판전치주의는 행정행위의 특수성, 전문성 등에 비추어 행정청으로 하여금 그 스스로의 재고, 시정의 기회를 부여함에 그 뜻이 있는 만큼, 법률에 특별한규정이 없는 이상 그 필요를 넘어 국민에게 지나치게 엄격한 절차를 요구할 것은 아니고(대법원 1986. 9. 9. 선고 86누254 판결, 대법원 1996. 7. 30. 선고 95누6328 판결등 참조), 전심절차가 단계별로 되어 있는 경우 일정한 요건이 흠결된 채로 전단계의 전심절차를 거친 잘못이 있다고 하더라도 불복기간의 도과와 같이 보정이 불가능한흠결이 존재하는 등의 특별한 사정이 없는 한 후속하는 전심절차에서 그 요건의 흠결이 제대로 보정되었다면 그와 같은 잘못은 치유되어 적법한 전심절차를 거친 것으로 볼 수 있는데(대법원 1986. 9. 9. 선고 85누528 판결 참조), 이러한 법리는 필수적행정심판 전치주의가 적용되는 사건에 있어 피청구인을 잘못 지정하는 등의 일정한요건이 보정되지 아니한 채 전심절차를 거쳤다가 행정소송을 제기한 이후에 그 흠결이 보정된 경우에도 마찬가지로 적용할 수 있다.

위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정들, 즉 ① 원고가 이 사건 각 소득 금액 변동통지에 대하여 피고 ○○○세무서장을 피청구인으로 하여 이 사건 전심절차를 거쳤으나, 피고 ○○○세무서장은 피고 ○○○○국세청장의 산하 행정청인 점,② 피고 ○○○세무서장도 이 사건 각 소득금액 변동통지의 처분사유가 된 함○○의 이 사건 가공운송비 횡령 등을 사유로 이 사건 각 부가가치세 부과처분, 법인세 부과처분을 하여 이 사건 전심절차에서 함께 심리되었으므로 피고 ○○○세무서장이 이사건 각 소득금액 변동통지에 대하여 실질적으로 주장하고 증명하는 데 아무런 장애가 없었던 점, ③ 피고 ○○○세무서장은 이 사건 전심절차에서 이 사건 각 소득금액변동통지의 처분청에 관하여 아무런 이의를 제기하지 않았고, 피고 ○○○○국세청장 및 조세심판원 역시 이의신청 심사 및 조세심판 사건 심리를 하면서 처분청 지정 잘못을 간과한 채 절차를 진행한 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 전심절차를 거쳐 제소기간내에 피고 ○○○세무서장을 상대로 이 사건 각 소득금액 변동통지의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 소송 계속 중 피고 ○○○○국세청장으로 피고 경정을 한 이상 적법한 전심절차를 거쳤다고 볼 수 있다. 피고 ○○○○국세청장의 위 주장은 이유없다.

4. 이 사건 각 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 각 소득금액 변동통지

원고는 비영리법인으로 이사장에 불과한 함○○은 원고를 실질적으로 지배하는 경영자 지위에 있던 자가 아니고, 단지 원고를 대표하여 회원총회 및 이사회에 의해 결의된 사항의 집행업무를 관리・감독하는 지위에 있던 자에 불과하였으므로 함○○의 의사가 원고의 의사와 동일하다고 보기 어려운 점, 함○○의 횡령 행위로 인하여 원고 및회원 업체들이 막대한 재산상 손실을 입게 되어 함○○과 원고의 경제적 이해관계가 일치한다고 보기도 어려운 점, 원고는 2009. 8. 24. 함○○을 해임하고 2010. 9. 10.검찰에 고소하였으며, 횡령금에 대한 손해배상 청구소송을 제기하여 그 집행을 완료한점 등을 종합하면, 함○○이 횡령한 금원이 사외유출되었다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 있는 이 사건 각 소득금액 변동통지는 위법하다.

2) 이 사건 각 부과가치세 부과처분

원고가 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제를 받기는 하였으나, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 국가의조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 없었으므로, 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의 2 제1항제1호에 따른 부가가치세 부과제척기간 10년을 적용할 수 없다. 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 각 부과제척기간의 기산일로부터 5년이 경과한 2011. 12. 1. 이루어졌으므로 무효이다.

나. 관계 법령

별지 3 관계 법령 기재와 같다.

다. 이 사건 각 소득금액 변동통지의 적법 여부

1) 인정사실

앞서 본 각 증거, 갑 제3호증, 갑 제11호증 갑 제13 내지 28호증, 을 제25 내지 36호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 각 사실을 인정할 수 있다.

가) 원고의 운영 및 조직

(1) 원고는 1981. 1. 27. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제31조에 따라설립되어, 설립인가 행정청인 ○○광역시로부터 ○○○○산업단지 관리업무를 위탁받았다. 원고는 120여개 입주업체들의 회비와 사용료로 운영되고, 주요 기반시설로입주기업에게 제공되는 증기와 전기를 생산하는 증기생산량 시간당 665톤 규모의보일러 4기, 73,100kw의 발전설비를 갖춘 열병합발전소와 공단에서 배출되는 폐수처리를 위해 일일 105,000㎥ 폐수처리가 가능한 공동폐수처리장을 보유하고 있으며, 조직은 발전본부, 수질본부, 관리본부로 구성되어 있다.

(2) ○○○○산업단지에 입주지정을 받은 자는 자동으로 원고의 회원이 되고, 원고에 대하여 공동시설 이용 등에 관한 균등한 권리를 가지며 1개의 의결권, 선거권 및 피선거권을 가진다. 원고의 회원은 공단운영 경비, 관리비 및 공동시설의 이용료 등 분담금을 부담할 의무가 있다(원고 정관 제9조 내지 제12조).

(3) 원고는 비상임임원과 상임임원으로 분리하여 임원을 둔다. 비상임임원은 이사장1인, 부이사장 1인, 이사 및 감사로 이루어져 있고, 입주업체의 대표자 또는 임원 중 총회에서 선출되며, 상임임원은 입주업체 대표가 아닌 자 중 이사장의 제청으로 이사회에서 선출하되 주무관청의 승인을 받아 취임한다(정관 제17, 18조). 이사장은 공단을 대표하여 공단의 업무를 통할하고, 공단의 업무에 관한 사항은 이사회에서 심의・ 의결한다(정관 제21조). 상임이사, 상임감사를 제외하고는 원고의 임원은 명예직으로 보수가 지급되지 않고, 다만 예산의 범위 내에서 실비를 지급할 수 있다(정관 제26조).

나) 함○○의 지위 및 횡령 경위

(1) 함○○은 1992. 3. 30. 원고 이사장으로 취임한 이래 2009. 8. 24.까지 계속 이사장으로 재직하였는데, 1991년도의 낙동강 페놀방출사건 이후 폐기물에 의한 환경오염이 사회적 문제로 부각되면서 ○○공단의 폐기물처리장 관련 업무의 통제를 위하여 1993년경 감사실을 ○○공단 이사장의 직속부서로 두고 감사실에서 폐기물 처리업무를 담당하도록 하였다. 김○○는 그 무렵부터 2009. 9.경까지 감사계장으로서 함○○의 지시를 받아 유연탄, 애쉬 및 슬러지 운송, 공단 소속 화물차량 관리 운영, 공단소속 화물차의 기사 관리감독 업무 등을 담당하면서 유연탄 및 폐기물 운송업체를선정하고 운송계약의 체결, 운송단가 협상, 화물차의 구입, 매각, 화물차의 배치, 기사들 관리 감독 등의 일을 하였다.

(2) 함○○은 2001. 1.경부터 2008. 12.경까지 김○○에게 슬러지 운송업체인 ○○○○ 등 4개 업체가 유연탄을 운송하지 않았는데도 운송한 것처럼 기재한 지출결의서, 주식회사 수도, 주식회사 삼우사 등이 운송한 유연탄을 과다 계상한 품의서 및 지출 결의서 등을 작성하게 하고, 발전본부장, 기획경리부장 등에게 이를 결재하도록 하여 자금을 조성한 뒤 이를 임의로 인출하여 개인적인 용도에 소비하였고, 2007. 3. 16. 이 사건 골프회원권 판매대금을 본인의 차량구입비 등으로 사용하였다.

다) 원고의 조치

(1) ○○참여연대 사무처장 등은 2009. 8. 24. 함○○을 횡령 등의 혐의로 고발하였다. 원고는 같은 날 함○○을 이사장직에서 해임하고, 2010. 9. ○○지방검찰청 서부지청에 고소하였으며 이후 함○○에 대한 형사 재판 절차가 진행되었다.

(2) 원고는 다음과 같이 함○○의 횡령금 회수를 위한 채권보전절차 및 손해배상청구 소송 등을 진행하여, 관련 형사・민사 판결에서 확정된 손해액을 모두 배상받았다.

� 2010. 11. 15. 대구지방법원 2010카단10851 부동산가압류 결정으로 함○○에대한 손해배상채권을 청구채권으로 하여, 함○○ 소유의 부동산 가압류.

�� 2011. 9. 29. 형사 제1심 판결 선고 후, 2011. 10. 4. 이 사건 가공운송비, 골프회원권 판매대금 등을 회계상 미수금으로 계상하고, 2011. 11. 3. 함○○에게 위 판결에서 인정된 원고의 손해액을 배상하라는 내용의 내용증명 우편 발송.

�� 2012. 4. 19. 형사 항소심 판결 선고 후, 2012. 5. 2. 및 2012. 5. 3. 함○○에대하여 위 판결에서 인정된 원고의 손해액에 대한 손해배상청구소송을 제기하여, 2013. 1. 30. 이 사건 골프회원권 판매대금에 대한 손해배상청구 승소 판결을 받고 (대구지방법원 서부지원 2012가단12829 판결, 함○○의 항소는 2013. 12. 4. 대구지방법원 2013나2755호로 기각되었고, 상고는 2014. 4. 10. 대법원 2014다1195호로 기각되어, 2014. 4. 14. 확정), 이 사건 가공운송비 등에 대한 손해배상을 청구하여 2014. 1. 28. 승소 판결을 받음

(대구지방법원 2012가합4712, 4729, 함○○의 항소는 2015. 2. 3. 대구고등법원 2014나1080, 1097로 기각되어 2015. 2. 24. 확정).

�� 위 각 판결을 집행권원으로 하여, 함○○ 소유의 부동산에 대하여 2014. 2. 10.경부터 2014. 3. 27.까지 각 부동산 강제경매절차개시결정(대구지방법원 서부지원 2014타경1260, 대구지방법원 2014타경2570, 2014타경2553)을 받았고, 2015. 3.경까지 위 각 판결에서 인정된 손해배상금을 모두 수령하여 집행 완료.

2) 판단

가) 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한사정이 없는 한 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당한다고 할 것인바, 여기서 그 유용 당시부터 회수를 전제하지 않은 것으로 볼 수 없는 특별한 사정에 대하여는 횡령의 주체인 대표이사 등의 법인 내에서의 실질적인 지위 및 법인에 대한 지배 정도, 횡령행위에 이르게된 경위 및 횡령 이후의 법인의 조치 등을 통하여 그 대표이사 등의 의사를 법인의의사와 동일시하거나 대표이사 등과 법인의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어려운 경우인지 여부 등 제반 사정을 종합하여 개별적・구체적으로 판단하여야 하며, 이러한 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 한다(대법원 2008. 11. 13. 선고 2007두23323 판결 참조). 한편 법인의 피용자의 지위에 있는 자가 법인의 업무와는 무관하게 개인적 이익을 위해 법인의 자금을 횡령하는 등 불법행위를 함으로써 법인이 그 자에 대하여 그로 인한 손해배상채권 등을 취득하는 경우에는 그금원 상당액이 곧바로 사외유출된 것으로 볼 수는 없고(대법원 1989. 3. 28. 선고 87누880 판결 참조), 해당 법인이나 그 실질적 경영자 등의 사전 또는 사후의 묵인,채권회수포기 등 법인이 그에 대한 손해배상채권을 회수하지 않겠다는 의사를 객관적으로 나타낸 것으로 볼 수 있는 등의 사정이 있는 경우에만 사외유출로 보아 이를 그 자에 대한 상여로서 소득처분할 수 있으며, 대표이사의 직위에 있는 자라 하더라도 그 실질상 피용자의 지위에 있는 경우에는 이와 마찬가지로 보아야 한다(대법원 2004. 4. 9. 선고 2002두9254 판결 참조).

나) 함○○이 1992. 3. 30.부터 2009. 8. 24.까지 약 17년간 원고의 이사장으로 근무하였고, 이 사건 가공운송비에 대한 횡령은 2001. 1.경부터 2008. 12.경까지 장기간에 걸쳐 반복적으로 이루어진 사실, 함○○은 위와 같이 횡령한 금원 중 일부를 원고입주업체 및 임원들에 대한 판공비로 사용한 사실은 앞서 본 바와 같고, 앞서 든 증거에 의하면, 2005.경 이미 함○○에 대하여 횡령 혐의로 검찰 수사가 이루어진 바 있음에도 함○○이 원고 이사장 직위를 유지하였으며, 함○○이 퇴직한 때로부터 1년여가 지난 뒤에야 원고가 함○○을 고소한 사실이 인정되기는 한다.

그러나 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정을 모두 종합하여 보면, 이 사건 가공운송비 등이 함○○의 횡령 당시 곧바로 회수를 전제로 하지 않은 것으로서 횡령금 상당액의 자산이 사외유출되었다고 보기는 어렵다.

① 함○○이 이사장으로 재직한 기간 동안 정관상 연임 제한이 없기는 하였으나, 이사장은 총회에서 선출되고 임기가 3년이며, 이사장이라고 하더라도 다른 회원들과 마찬가지로 1개의 의결권, 선거권, 피선거권을 가지는 것에 불과하다. 주식회사의 실질적인 사주, 경영자가 법인에 대하여 가질 수 있는 지배권과 비교하면, 함○○의 원고에대한 지배력의 정도가 함○○의 의사를 원고의 의사와 동일시 할 수 있는 정도라고볼 수는 없다. 원고가 비영리법인으로서 설립인가권자인 ○○광역시로부터 감독을 받는 점에서도 영리법인인 주식회사 등의 경우와 차이가 있다.

② 원고의 열병합발전소는 섬유염색업체에 필요한 증기와 전기를 공동 생산하여 입주업체들에게 공급하기 위한 것으로, 함○○이 그 연료가 되는 유연탄의 운송비 등을허위・과다 계상하여 지급받고 그 차액을 횡령하면, 원고의 회원 업체들은 증가된 가격으로 증기와 전기를 공급받게 되므로 원고와 함○○의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것은 아니다.

③ 함○○이 이 사건 가공운송비 등을 횡령하였다고 하더라도 원고는 함○○에 대하여 그로 인한 손해배상채권을 가지고, 그 손해배상채권은 새로 선출된 이사장 등이 원고의 이익을 정당하게 행사할 수 있을 정도로 손해배상채권의 존재를 알 때까지 단기소멸시효 기간도 진행하지 않는다. 함○○은 일정한 임기가 있고 다음 총회에서 선출되어야만 그 직이유지되는 점을 고려하면, 원고의 함○○에 대한 손해배상채권은피용자에 대하여 가지는 손해배상채권과 실질이 동일하다.

④ 원고는 함○○이 이 사건 가공운송비 등을 횡령한 사실이 드러난 후 이사장에서해임하고 새로운 이사장을 선임하였으며, 함○○에 대한 내부 조사과정을 거쳐 2010. 9. 함○○을 검찰에 고소하는 한편, 그 무렵 함○○의 재산에 대한 손해배상채권 보전조치를 하였으며, 형사판결 진행 경과에 따라 손해배상금 회수를 위한 민사소송을진행하여 함○○의 횡령금을 모두 회수하였다. 원고의 함○○에 대한 해임조치 및고소가 다소 늦었다고 하더라도, 원고가 함○○의 횡령 내역을 조사하고 확인하는데 일정한 시간이 소요되었을 것이므로 그러한 사정만으로 원고가 함○○의 횡령행위를 묵인하였다거나, 손해배상채권의 회수를 포기하였다고 볼 수 없다. 원고가 함○○에 대한 형사재판절차에서 처벌불원의 의사표시를 한 것은 손해배상채권을 행사하는 중에 한 것으로 별개의 문제이다.

함○○이 이 사건 가공운송비 등을 횡령하였다고 하더라도 사외유출 된 것이 아니라는 원고의 주장은 이유 있고, 이 사건 각 소득금액 변동통지는 위법하다.

라. 이 사건 각 부가가치세 부과처분의 적법여부

구 국세기본법 제26조의2 제1항은 제3호에서 상속세・증여세 이외의 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 '당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간'으로 규정하는 한편, 제1호에서 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받는 경우'에는 '당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간'으로 하도록 규정하고 있는바, 납세자가 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 '사기 기타 부정한 행위로써국세를 포탈하거나 환급・공제받은 경우'에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하거나 또는 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고・납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결 참조).

앞서 본 각 증거에 의하면, 함○○은 ○○○○ 주식회사, 주식회사 BB 및 주식회사 DDD 등 업체로부터 이 사건 가공운송비를 허위로 기재한 세금계산서를 발급받으면서, 위 업체들이 과세관청에 납세하여야 하는 부가가치세 명목으로 이 사건 가공운송비의 10%에 해당하는 금액을 지급한 사실, 이에 따라 피고 ○○○세무서장은 이 사건 가공운송비 전액에서 위 업체들에게 부가가치세 명목으로 지급된 금액을 제외한 나머지금원을 매입세액에서 불공제하고, 이 사건 각 부가가치세 부과처분을 한 사실을 인정할 수 있다 (이에 반하는 을 제37호증의 일부 기재는, 원고와 ○○○○ 주식회사 사이의 가공운송비 세금계산서 수수는 황보○○가 아닌 천○○이 주로 하여 황보○○가직접 가공운송비의 10%를 받지 않았을 수도 있는 점, 함○○에 대한 형사판결(갑 제12호증) 결과 및 피고의 과세처분과도 배치되는 점에 비추어 신빙성이 없다).

위 인정사실에 의하면 함○○은 이 사건 가공운송비를 횡령할 목적으로 운송 업체들로부터 허위의 세금계산서를 발급받고 피고 ○○○세무서장으로부터 관련 매입세액을공제받았으나, 운송 업체들이 과세관청에 허위의 세금계산서 관련 매출세액을 지급할 것을 전제로 운송 업체들에게 이 사건 가공운송비에 대한 부가가치세 상당액을 지급 하였으므로, 원고에게 운송 업체들이 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액전부를 신고・납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 보기

어렵다. 결국 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 별지 2 [표] '기산일'란 기재 각 부과

제척기간의 기산일로부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2011. 12. 1. 이루어졌으

므로 무효이고, 무효인 이 사건 각 부가가치세 부과처분에 대하여 무효 확인을 구하는

취지로서 그 취소를 구하는 것도 허용되므로, 이 사건 각 부가가치세 부과처분의 취소

를 구하는 원고의 주장은 이유 있다.

5. 결 론

그렇다면 피고 ○○○○국세청장에 대한 소 중 2007년도 소득금액 246,071,380원의 변동통지 중 209,568,550원을 초과하는 부분, 2008년 소득금액 604,536,360원의변동통지 중 570,652,510원을 초과하는 부분 및 피고 ○○○세무서장에 대한 소 중 2003년 제2기 부가가치세 107,177,760원의 부과처분 중 105,998,130원을 초과하는 부분, 2005년 제1기 부가가치세 42,893,530원의 부과처분 중 20,237,130원을 초과하는 부분, 2005년 제2기 부가가치세 37,415,520원의 부과처분 중 6,552,720원을 초과하는 부분에 대한 각 취소 청구부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

■ 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것)

제67조(소득처분)

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제

69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속

자 등에게 상여・배당・기타 사외유출・사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

■ 구 법인세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것)

제106조(소득처분)

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내

국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여

배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는

대표자(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조제4항의 규정에

의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의

100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에

는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수

의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해

법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대

표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이

내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거

주자 또는 「소득세법」 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는

경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

■ 국세기본법

제56조(다른 법률과의 관계)

① 제55조에 규정된 처분에 대해서는 「행정심판법」의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 심사청구 또

는 심판청구에 관하여는 「행정심판법」 제15조, 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조, 제36조

제1항, 제39조, 제40조, 제42조 및 제51조를 준용하며, 이 경우 위원회 는 국세심사위원회 , 조세

심판관회의 또는 조세심판관합동회의 로 본다.

② 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 「행정소송법」 제18조제1항 본문, 제2항 및 제3

항에도 불구하고 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할

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수 없다.

③ 제2항에 따른 행정소송은 「행정소송법」 제20조에도 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결

정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 제65조제2항 또는 제81조에 따른 결

정기간에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부

터 행정소송을 제기할 수 있다.

④ 제55조제5항제3호의 심사청구를 거친 경우에는 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구를 거친 것으

로 보고 제2항을 준용한다.

⑤ 제3항의 기간은 불변기간으로 한다.

제61조(청구기간)

① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제

기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제

기하여야 한다. 다만, 제66조제6항 후단에 따른 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는

결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 심사청구를 할 수 있다.

제63조(청구서의 보정)

① 국세청장은 심사청구의 내용이나 절차가 이 법 또는 세법에 적합하지 아니하나 보정할 수 있다고 인

정되면 20일 이내의 기간을 정하여 보정할 것을 요구할 수 있다. 다만, 보정할 사항이 경미한 경우

에는 직권으로 보정할 수 있다.

② 제1항의 요구를 받은 심사청구인은 국세청에 출석하여 보정할 사항을 구술하고 그 구술 내용을 국세

청 소속 공무원이 기록한 서면에 날인함으로써 보정할 수 있다.

③ 제1항의 보정기간은 제61조에 규정된 심사청구기간에 산입하지 아니한다.

제68조(청구기간)

① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제

기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조제2항을 준용한다.

제81조(심사청구에 관한 규정의 준용)

심판청구에 관하여는 제61조 제3항, 제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 중 심사청구와 심판청구를 같

은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 '20일 이내의 기

간'은 '상당한 기간'으로 본다.

■ 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것)

제26조의2 (국세부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지

를 위하여 체결한 조약(이하 조세조약 이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에

는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받는 경우에는 당해 국세를 부

과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수

있는 날부터 7년간

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3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간