대구지방법원 2015구합20253 (2016.2.5)

조심2012구1995 (2014.10.22)

원고는 비영리법인으로 이사장의 지배력이 일반법인과 다르고 이사장과 원고의 의사와 동일하다고 보기 어려움

(1심 판결과 같음) 비영리법인인 원고의 이사장이 횡령 당시 원고를 사실상 지배한다고 보기는 어렵고 이사장과 원고의 의사는 동일하지 않으며 그 회수를 전제하지 않은 것으로 보기는 어려워 이사장의 횡령금액을 사외유출된 것으로 보아 소득금액 변동통지한 처분은 위법함

법인세법 제67조 소득처분

국세기본법 제26조의2 국세부과의 제척기간

2016누4615 소득금액변동통지등 취소

대구○○○○단지관리공단

1. ○○지방국세청장

2. ○○○세무서장

○○지방법원 2016.2.5. 선고 2015구합20253 판결

2016. 10. 14.

2016. 11. 11.

1. 피고들의 원고에 대한 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 피고들이 부담한다.

1. 청구취지

피고 ○○지방국세청장이 2011. 12. 5. 원고에게 한 별지 1 [표] '당초처분'란 기재각 소득금액변동통지 처분을 취소한다. 피고 ○○○세무서장이 2011. 12. 1. 원고에게한 별지 2 [표] '당초처분'란 기재 2001년 제2기부터 2005년 제2기까지의 각 부가가치세 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결 중 피고들 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

1. 처분의 경위

가. 당사자 관계

원고는 1981. 1. 27. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(구 공업배치 및 공장 설립에 관한 법률, 이하 '산업집적활성화법'이라 한다) 제31조에 의하여 ○○○○ 산업단지의 유지관리, 입주 기업의 근대화 사업 촉진 및 발전을 목적으로 설립된 비영리 법인이고, 함○○은 1992. 3. 30.부터 2009. 8. 24.까지 원고의 이사장으로 근무한사람이다.

나. 함○○에 대한 형사판결

1) 함○○은 원고의 이사장으로 재직하면서 저지른 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)죄 등으로 2011. 4. 26. 기소되어 2011. 9. 29. 징역 4년의 유죄 판결(○○지방법원 ○○지원 2011고합64호)을 선고받았는데, 이 사건과 관련된 범죄사실의 주된 요지는 아래와 같다.

1. 유연탄 운송비 허위・과다계상을 통한 횡령

가. △△△ 주식회사 등에 대한 허위 유연탄 운송비 지급을 통한 방법

2001. 1.경부터 2005. 8.경까지 슬러지 운송업체인 △△△ 주식회사 외 3개 업체가 실제로 원고의 유연탄을 운송한 사실이 없는데도, 유연탄을 운송한 것처럼 지출결의서 등을 작성하여 원고의 자금 1,558,617,265원을 횡령

나. 주식회사 □□(○○테크 주식회사의 전신)에 대한 유연탄 운송비 과다계상을 통한 방법

2001. 11.경부터 2004. 8.경까지 주식회사 □□가 실제 운송한 유연탄보다 더 많은 유연탄을 운송한 것처럼 지출결의서 등을 작성하여 원고의 자금 344,758,902원을 횡령

다. 주식회사 AAA에 대한 유연탄 운송비 과다계상을 통한 방법

2001. 11.경부터 2008. 11.경까지 주식회사 AAA가 실제 운송한 유연탄보다 더 많은 유연탄을 운송한 것처럼 지출결의서 등을 작성하여 원고의 자금 2,400,703,939원을 횡령(이하 위 가.내지 다.항 기재 범죄사실로 함○○이 횡령한 운송비를 '이 사건 가공운송비'라 한다)

2. 원고 소유 골프회원권 판매대금 횡령

2007. 3. 16. 원고 소유 골프회원권을 매각한 대금 중 66,330,000원을 횡령(이하 '이 사건 골프회원권 판매대금'이라 한다)

3. 원고 소유 화물차 저가 매도를 통한 배임

2003. 9.경부터 2008. 12.경까지 임무에 위배하여 원고 소유의 화물차 21대를 주식회사 □□를 포함한 4개 업체에 701,501,903원 싸게 매도하여, 위 업체에 동액상당의 이익을 얻게 하고 원고에게 동액 상당의 손해를 가함(이하 이로 인한 원고의 손해를 '이 사건 배임액'이라 한다)

2) 그 항소심인 ○○고등법원 ○○○노○○ 사건에서 법원은 2012. 4. 19. 검사의공소장변경에 따라 위 범죄사실 제1의 다.항 기재 금원을 2,323,278,591원으로 변경하면서 함○○의 사실오인, 법리오해 주장은 받아들이지 않고 함○○에게 징역 3년을 선고하였는데, 그 상고심인 대법원 ○○○도○○ 사건에서 대법원은 2012. 8. 30.이 사건 배임액이 701,501,903원이라는 점에 대한 심리가 부족하다는 이유로 원심판결을 파기・환송하였다. 그 환송심인 ○○고등법원 ○○○노○○ 사건에서 법원은 2012.11. 19. 이 사건 배임액을 액수 미상의 이익으로 고친 후 함○○에게 징역 2년6월을 선고하였고, 이에 대한 함○○의 상고는 2013. 2. 14. 대법원 ○○○도○○호로

기각되어 위 환송심 판결은 같은 날 확정되었다.

다. 이 사건 각 처분의 경위

1) 피고 ○○지방국세청장은 2011. 4. 25.부터 2011. 11. 30.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시하고, ○○지방법원 ○○지원 ○○○고합○○호 판결에 따라 이 사건 가공운송비, 골프회원권 판매대금, 이 사건 배임액 관련 부당행위계산부인액 등을 확인한 후 피고 ○○○세무서장에게 이에 따라 각 사업연도별 법인세 및 각 과세기간별 부가가치세를 경정할 것을 통지하였다.

2) 피고 ○○○세무서장은 위 세무조사결과에 따라 원고에게 이 사건 가공운송비를손금불산입, 이 사건 골프회원권 판매대금을 익금산입 하는 등으로 법인세를 경정하고, 관련 매입세액을 불공제하는 것으로 부가가치세를 경정하기로 하여 2011. 12. 1. 별지 2 [표] '당초 처분'란 기재와 같이 2001 사업연도부터 2010 사업연도까지의 각 법인세 및 2001년 제2기부터 2008년 제2기까지의 각 부가가치세를 각 경정・고지 하였고, 피고 ○○지방국세청장은 2011. 12. 5. 이 사건 가공운송비 및 골프회원권판매대금을 대표자에 대한 상여로 소득처분하기로 하여 원고에게 별지 1 [표] '당초 처분'란 기재와 같이 2001 사업연도부터 2008 사업연도까지의 각 소득금액 변동통지를 하였다.

3) 원고는 2011. 12. 1.자 각 법인세 및 각 부가가치세 부과처분, 2011. 12. 5.자각 소득금액 변동통지에 대하여 처분청을 피고 ○○○세무서장으로 하여, 2012. 1. 31. 피고 ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 위 피고는 2012. 3. 19. 이의신청을 기각하였다. 이에 원고는 2012. 4. 24. 조세심판원에 처분청을 피고 ○○○세무서장으로 하여 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2014. 10. 22. ○○고등법원 ○○○노○○호 판결 확정 결과에 따라 이 사건 배임액 관련 부당행위계산부인은 위법하다고 판단하고, 원고의 나머지 청구를 기각하였다(이하 위 이의절차, 조세심판절차를 통틀어 '이 사건 전심절차'라 한다).

4) 위 결정에 따라 피고 ○○○세무서장은 2014. 11. 6. 별지 2 [표] '2014. 11. 6.자 경정'란 기재와 같이 2011. 12. 1.자 각 법인세 및 각 부가가치세 부과처분 중관련 부분을 경정하였다.

5) 피고들은 이 사건 소송이 계속 중이던 2015. 6. 1. ○○지방법원 ○○지원 ○○○고합○○호 판결 이후 2,323,278,591원으로 변경・확정된 위 범죄사실 제1의 다.항기재 손해액을 반영하여, 피고 ○○지방국세청장은 별지 1 [표] '2015. 6. 1.자경정'란 기재와 같이 2011. 12. 5.자 각 소득금액 변동통지 중 관련 부분을 경정하였고, 피고 ○○○세무서장은 별지 2 [표] '2015. 6. 1.자 경정'란 기재와 같이 2011. 12. 1.자 각 법인세 및 각 부가가치세 부과처분 중 관련 부분을 경정하였다(이하 피고

○○지방국세청장의 2011. 12. 5.자 각 소득금액 변동통지 중 위와 같이 감액되고남은 부분을 '이 사건 각 소득금액 변동통지'라 하고, 피고 ○○○세무서장의 2011. 12. 1.자 2001년 제2기부터 2005년 제2기까지의 각 부가가치세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 '이 사건 각 부가가치세 부과처분'이라 한다).

[인정근거] 갑 제1, 2, 4 내지 10, 12, 15, 16호증(각 가지번호 포함, 이하 같다),

을 제1 내지 24호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 감액된 세액에 대한 취소청구의 적법 여부

원고의 피고 ○○지방국세청장에 대한 소 중 2007년도 소득금액 246,071,380원의 변동통지 중 209,568,550원을 초과하는 부분, 2008년 소득금액 604,536,360원의 변동통지 중 570,652,510원을 초과하는 부분 및 원고의 피고 ○○○세무서장에 대한 소 중 2003년 제2기 부가가치세 107,177,760원의 부과처분 중 105,998,130원을 초과하는 부분, 2005년 제1기 부가가치세 42,893,530원의 부과처분 중 20,237,130원을 초과하는 부분, 2005년 제2기 부가가치세 37,415,520원의 부과처분 중 6,552,720원을 초과하는 부분에 대해서는 앞서 본 바와 같이 이미 2014. 11. 6. 또는 2015. 6. 1. 감액 경정이 이루어졌으므로, 이 부분에 대한 취소청구는 이미 소멸한 부분에 대한 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 본안 전 항변에 관한 판단

가. 피고 ○○지방국세청장의 주장 요지

이 사건 각 소득금액 변동통지에 대한 행정심판 피청구인적격은 피고 ○○지방국세청장에게 있고, 피고 ○○○세무서장은 피청구인적격이 없는데도, 이 사건 전심절차는 피고 ○○○세무서장을 피청구인으로 하여 이루어졌다. 또한, 원고는 이 사건 소 제기 전에 피고 ○○지방국세청장을 피청구인으로 하여 별도로 행정심판을 거친 바 없고, 행정심판에서는 피청구인경정이 허용되지도 않으므로 이 사건 소 중 이 사건 각 소득금액 변동통지의 취소를 구하는 부분은 적법한 전심절차를 거치지 않고 제기된 것이어서 부적법하다.

나. 판단

1) 이 사건 각 소득금액 변동통지의 처분청이 피고 ○○지방국세청장임에도 불구하고, 원고가 피청구인 또는 처분청을 피고 ○○○세무서장으로 하여 이 사건 각 소득금액 변동통지에 대하여 이의신청 및 심판청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

2) 그러나 행정심판전치주의는 행정행위의 특수성, 전문성 등에 비추어 행정청으로하여금 그 스스로의 재고, 시정의 기회를 부여함에 그 뜻이 있는 만큼, 법률에 특별한 규정이 없는 이상 그 필요를 넘어 국민에게 지나치게 엄격한 절차를 요구할 것은 아니고(대법원 1986. 9. 9. 선고 86누254 판결, 대법원 1996. 7. 30. 선고 95누6328 판결 등 참조), 위법・부당한 행정처분으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자로부터 그처분의 취소나 변경을 구하는 서면이 제출되었을 때에는 그 표제와 제출기관의 여하를

불문하고, 이를 행정소송법 제18조 소정의 행정심판청구로 보아야 한다(대법원 1995. 9. 5. 선고 94누16250 판결 등 참조). 또한, 전심절차가 단계별로 되어 있는 경우일정한 요건이 흠결된 채로 전단계의 전심절차를 거친 잘못이 있다고 하더라도 불복 기간의 도과와 같이 보정이 불가능한 흠결이 존재하는 등의 특별한 사정이 없는 한후속하는 전심절차에서 그 요건의 흠결이 제대로 보정되었다면 그와 같은 잘못은 치유되어 적법한 전심절차를 거친 것으로 볼 수 있는데(대법원 1986. 9. 9. 선고 85누528 판결 참조), 이러한 법리는 필수적 행정심판 전치주의가 적용되는 사건에 있어 피청구인을 잘못 지정하는 등의 일정한 요건이 보정되지 아니한 채 전심절차를 거쳤다가행정소송을 제기한 이후에 그 흠결이 보정된 경우에도 마찬가지로 적용할 수 있다.

3) 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정들, 즉 ① 원고가 이 사건 각소득금액 변동통지에 대하여 피고 ○○○세무서장을 피청구인으로 하여 이 사건 전심절차를 거쳤으나, 피고 ○○○세무서장은 피고 ○○지방국세청장의 산하 행정청인 점,② 피고 ○○○세무서장도 이 사건 각 소득금액 변동통지의 처분사유가 된 함○○의 이 사건 가공운송비 횡령 등을 사유로 이 사건 각 부가가치세 부과처분, 법인세 부과처분을 하여 이 사건 전심절차에서 함께 심리되었으므로 피고 ○○○세무서장이 이사건 각 소득금액 변동통지에 대하여 실질적으로 주장하고 증명하는 데 커다란 장애가없었을 것인 점, ③ 피고 ○○○세무서장은 이 사건 전심절차에서 이 사건 각 소득금액 변동통지의 처분청에 관하여 아무런 이의를 제기하지 않았고, 피고 ○○지방국세청장 및 조세심판원 역시 이의신청 심사 및 조세심판 사건 심리를 하면서 처분청 지정잘못을 간과한 채 절차를 진행한 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 전심절차를 거쳐제소기간 내에 피고 ○○○세무서장을 상대로 이 사건 각 소득금액 변동통지의 취소를구하는 소를 제기하였고, 제1심 법원에서 소송이 계속되던 중 피고 ○○지방국세청장으로 피고 경정을 한 이상 적법한 전심절차를 거쳤다고 볼 수 있다.

따라서 피고 ○○지방국세청장의 위 주장은 받아들일 수 없다.

4. 이 사건 각 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 각 소득금액 변동통지

함○○은 비영리법인의 이사장에 불과하여 원고를 실질적으로 지배하는 경영자 지위에 있던 자가 아니고, 단지 원고를 대표하여 총회 및 이사회에 의해 결의된 사항의 집행업무를 관리・감독하는 지위에 있던 사람에 불과하였으므로 함○○의 의사가 원고의 의사와 동일하다고 보기 어려운 점, 함○○의 횡령 행위로 인하여 원고 및 회원업체들이 막대한 재산상 손실을 입게 되어 함○○과 원고의 경제적 이해관계가 일치한다고 보기도 어려운 점, 원고는 2009. 8. 24. 함○○을 해임하고 2010. 9. 10. 검찰에 고소하였으며, 함○○을 상대로 횡령금에 대한 손해배상 청구소송을 제기하여 그 집행을 완료한 점 등을 종합하면, 함○○이 횡령한 금원이 사외유출 되었다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 있는 이 사건 각 소득금액 변동통지는 위법하다.

2) 이 사건 각 부과가치세 부과처분

원고가 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제를 받기는 하였으나, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 국가의조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 없었으므로, 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호에 따른 부가가치세 부과제척기간 10년을 적용할 수 없다. 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 각 부과제척기간의 기산일로부터 5년이 경과한 2011. 12. 1. 이루어졌으므로 무효이다.

나. 관계 법령

별지 3 관계 법령 기재와 같다.

다. 이 사건 각 소득금액 변동통지의 적법 여부

1) 인정사실

가) 원고의 운영 및 조직

(1) 원고는 산업집적활성화법 제30조, 제31조에 의하여 1980년경 설립인가 행정청인 ○○광역시장으로부터 ○○○○산업단지 관리기관으로 설립인가를 받았고, 1981. 1. 27. 설립되어 ○○광역시장로부터 ○○○○산업단지 관리업무를 위탁받았다.

원고는 120여개 입주업체들의 회비와 사용료로 운영되고, 주요 기반시설로 입주기업에게 제공되는 증기와 전기를 생산하는 증기생산량 시간당 665톤 규모의 보일러 4기, 73,100kw의 발전설비를 갖춘 열병합발전소와 공단에서 배출되는 폐수처리를 위해 일일 105,000㎥ 폐수처리가 가능한 공동폐수처리장을 보유하고 있으며, 조직은 발전본부 (열병합발전소 업무), 수질본부(폐수처리장 업무), 관리본부(기타 공단관리 업무)로 구성되어 있다.

(2) ○○○○산업단지에 입주지정을 받은 자는 자동으로 원고의 회원이 되고,원고에 대하여 공동시설 이용 등에 관한 균등한 권리를 가지며 1개의 의결권, 선거권 및 피선거권을 가진다. 원고의 회원은 공단운영 경비, 관리비 및 공동시설의 이용료 등 분담금을 부담할 의무가 있다(정관 제9조 내지 제12조).

(3) 원고는 비상임임원과 상임임원으로 분리하여 임원을 둔다. 비상임임원은 이사장1인, 부이사장 1인, 이사 및 감사로 이루어져 있고, 입주업체의 대표자 또는 임원 중 업종별 회원 수, 공동이용시설 분담금 등을 감안하여 총회에서 선출되며, 상임임원은 상임이사, 상임감사, 전문경영인으로 이루어져 있고, 입주업체 대표가 아닌 자 중이사장의 제청으로 이사회에서 선출하되 주무관청의 승인을 받아 취임한다(정관 제17조, 제18조). 이사장은 공단을 대표하여 공단의 업무를 통할하고, 공단의 업무에 관한사항은 이사회에서 심의・의결한다(정관 제21조). 상임이사, 상임감사를 제외하고는 원고의 임원은 명예직으로 보수가 지급되지 않고, 다만 예산의 범위 내에서 실비를지급할 수 있다(정관 제26조). 이사장을 비롯한 원고의 조직은 아래 조직도와 같다.

[조 직 도]

(4) 원고는 의사결정기관인 총회와 이사회, 집행기관으로는 이사장, 부이사장, 상임 감사, 전무이사 등을 두고 있고, 총회 의결사항으로 정관의 변경, 사업연도의 사업계획 및 수지예산의 편성 또는 변경, 결산의 승인 등이 있고, 이사회 의결사항으로총회에 제출할 의안, 규정 및 규약의 제정・변경 또는 개폐, 기채 및 차입에 관한사항 등이 있다.

나) 원고와 ○○광역시장의 관계

(1) 원고는 산업단지의 관리권자인 ○○광역시장로부터 산업집적활성법 제31조 제1항, 제30조 제2항 제3호에 의하여 산업단지관리업무를 위탁받았고, 산업집적활성화법 제31조 제4항, 제5항에 따라 ○○광역시장의 승인을 받지 아니하고는 산업단지의 재산을 양도하거나 담보로 제공할 수 없으며, 설립목적 외의 사업을 하는 경우 설립인가가취소되는 등의 제한을 받고 있다.

(2) 나아가 원고는 2001. 2. 1. ○○광역시장으로부터 공업단지 내의 재산, 시설 등을 양수하면서 ○○광역시장과 양도・양수협약(이하 '양도협약'이라 한다)을 체결하였고, 위 양도협약에 의하면, 원고는 ○○광역시장으로부터 업무에 관하여 승인, 명령・

지시 및 감사를 받거나 ○○광역시장에게 보고를 해야 하는데 그 내용은 아래와 같다.

제8조(승인) 원고는 다음사항에 대하여 대구광역시장의 승인을 받아야 한다.

① 법인의 정관변경

② 법인의 이사장 및 상임임원 선임

③ 관리공단 소유재산의 매각 또는 담보제공

④ 산업단지 내의 도로, 폐수처리장, 가로등, 녹지 기타 공동시설 중 국가 또는지방자치단체가 유지・관리하여야 하는 시설이 아닌 공동시설의 설치・유지 및보수를 위한 공동부담금 징수 및 부과 방법

⑤~⑦ 삭제

⑧ 산업단지 관리 시행계획을 작성하여 매년도 개시 10일 전까지 승인요청

가. 용지, 공장시설의 설치, 분양, 임대계획

나. 공동폐수처리시설, 열병합발전소, 공업용수시설 등 지원시설 설치 및 변경 등 지원사업 시행계획

다. 생산수출 및 그 사용계획

라. 관리비 수입 및 그 사용계획

마. 기본계획 및 기타 관리업무 시행을 위하여 필요한 사항

⑨ 삭제

제9조(명령・지시) ○○광역시장은 지도감독을 위하여 위탁업무 및 산업단지관리 전반에 대한 개선명령이나 지시를 할 수 있다.

① 관리업무 전반에 대한 개선명령

② 위법, 부당한 총회 또는 이사회 의결사항은 그 의결의 취소

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 설립허가 또는 임원의 취임승인을 취소

가. 설립목적 이외의 사업을 영위한 경우

나. 설립허가의 조건에 반한 경우

다. 공익을 해하는 행위를 한 경우

라. 설립목적 달성이 불가능한 경우

마. 공업배치 및 공장설립에 관한 법률과 상공부 산하단체 설립 관리지침에 의하여 발한 명령에 위반한 경우

③ 연도별 사업계획 및 수지예산(사업연도 개시 후 2월 내)

④ 매사업연도의 수지결산(사업연도 종료 후 2월 내)

⑤ 주요업무 보고 및 사업실적(상하반기 종료 후 1월 내)

⑥ 매년도 정기감사(다음연도 1월 20일까지) 및 수시감사(7일 이내) 실적보고

⑦ 송무에 관할 제반사항(고발, 민사소송 등) 보고

⑧ 감사는 다음 각 호의 사고가 발생하였거나 발생할 우려가 있을 때에는 그 경위 및 내용

가. 형사책임에 관련된 보고

나. 감봉 이상의 징계에 해당하는 사고

다. 50만 원 이상의 변상책임에 해당하는 사고

라. 50만 원 이상의 현금, 유가증권, 기타의 망실 또는 훼손

⑨ 공장등록 현황보고

바. 제2항의 의결취소명령에 불응한 경우

사. 정당한 사유 없이 6월 동안 계속하여 업무를 정지한 경우

아. 정책상 존립의 필요가 없다고 인정되는 경우

자. 임원간의 분쟁으로 정상적인 업무집행이 불가능한 경우

④ 위탁사무의 처리가 위법・부당하다고 인정될 때에는 그 처분을 취소하거나 정지

제10조(보고) 원고는 다음 사항에 관하여 ○○광역시장에게 보고하여야 한다.

① 총회의결사항

② 산업단지현황

가. 산업단지 입주현황

나. 입주계약체결 및 해지상황

다. 입주기업체 가동 상황

라. 입주기업체의 생산수출입 및 고용에 관한 사항

마. 기타 시장이 필요하다고 인정하는 산업단지 관리사항

가. 등록현황

나. 공장등록 변경현황

다. 분기별 공장등록 변동현황

라. 위 "가" 내지 "다"호는 관할구청장에게 보고하여야 한다.

⑩ 공장용지 및 공장 기타 시설의 매각가격, 임대가격 및 그 납부방법

⑪ 공동시설의 운영규약 등 규정의 제정 또는 개정

(개별업체 배출기준 상한제 및 고농도배출업소 전처리시설 의무화)

제11조(감사 및 조치) ○○광역시장은 필요하다고 인정할 때에는 관리업무 전반에 관하여 감사 또는조치를 할 수 있다.

① 위탁사무의 처리결과에 대하여 매년 1회 이상

② 감사결과 위법, 부당한 사항의 시정조치 또는 인사조치 요구

(3) 이에 따라 원고는 함○○이 이사장으로 재직하던 1992. 3. 30.부터 2009. 8. 24.까지의 기간 중에도 ○○광역시장에게 1999. 4. 19. 제19기 정기총회 개최결과를 보고하고, 2001. 1. 19. 정관 일부개정안의 승인을 신청하였으며, 2001. 2. 13. 원고의상임임원 선임승인신청을 하는 등 ○○광역시장으로부터 관련 업무에 관하여 승인,명령・지시 및 감사를 받거나 ○○광역시장에게 관련 업무를 보고해 왔다.

다) 함○○의 지위 및 횡령 경위

(1) 함○○은 1992. 3. 30. 원고 이사장으로 취임한 이래 2009. 8. 24.까지 계속 이사장으로 재직하였는데, 1991년도의 낙동강 페놀방출사건 이후 폐기물에 의한 환경오염이 사회적 문제로 부각되면서 염색공단의 폐기물처리장 관련 업무의 통제를 위하여 1993년경 감사실을 염색공단 이사장의 직속부서로 두고 감사실에서 폐기물 처리업무를 담당하도록 하였다. 김○○는 그 무렵부터 2009. 9.경까지 감사계장으로서 함○○의 지시를 받아 유연탄, 애쉬 및 슬러지 운송, 공단 소속 화물차량 관리 운영, 공단소속 화물차의 기사 관리감독 업무 등을 담당하면서 유연탄 및 폐기물 운송업체를 선정하고 운송계약의 체결, 운송단가 협상, 화물차의 구입, 매각, 화물차의 배치, 기사들 관리 감독 등의 일을 하였다.

(2) 함○○은 2001. 1.경부터 2008. 12.경까지 김○○에게 슬러지 운송업체인 △△△ 등 4개 업체가 유연탄을 운송하지 않았는데도 운송한 것처럼 기재한 지출결의서, 주식회사 □□, 주식회사 AAA 등이 운송한 유연탄을 과다 계상한 품의서 및 지출결의서 등을 작성하게 하고, 발전본부장, 기획경리부장 등에게 이를 결재하도록 하여 자금을조성한 뒤 이를 임의로 인출하여 개인적인 용도에 소비하였고, 2007. 3. 16. 이 사건 골프회원권 판매대금을 본인의 차량구입비 등으로 사용하였다.

라) 원고의 조치

(1) ○○참여연대 사무처장 등은 2009. 8. 24. 함○○을 횡령 등의 혐의로 고발하였다. 원고는 같은 날 함○○을 이사장직에서 해임하고, 2010. 9.경 ○○지방검찰청○○지청에 고소하였으며, 이후 함○○에 대한 형사 재판 절차가 진행되었다.

(2) 원고는 다음과 같이 함○○의 횡령금 회수를 위한 채권보전절차 및 손해배상청구 소송 등을 진행하여, 관련 형사・민사 판결에서 확정된 손해액을 모두 배상받았다.

○ 2010. 11. 15. ○○지방법원 2010카단10851 부동산가압류 결정으로 함○○에대한 손해배상채권을 청구채권으로 하여, 함○○ 소유의 부동산 가압류.

○ 2011. 9. 29. 형사 제1심 판결 선고 후, 2011. 10. 4. 이 사건 가공운송비,골프회원권 판매대금 등을 회계상 미수금으로 계상하고, 2011. 11. 3. 함○○에게 위 판결에서 인정된 원고의 손해액을 배상하라는 내용의 내용증명 우편 발송.

○ 2012. 4. 19. 형사 항소심 판결 선고 후, 2012. 5. 2. 및 2012. 5. 3. 함○○에 대하여 위 판결에서 인정된 원고의 손해액에 대한 손해배상청구소송을 제기하여, 2013. 1. 30. 이 사건 골프회원권 판매대금에 대한 손해배상청구 승소 판결을 받고(○○지방법원 ○○지원 2012가단○○○ 판결, 함○○의 항소는 2013. 12. 4. ○○지방법원 2013나○○○호로 기각되었고, 상고는 2014. 4. 10. 대법원 2014다○○○호로 기각되어, 2014. 4. 14. 확정), 이 사건 가공운송비 등에 대한 손해배상을청구하여 2014. 1. 28. 승소 판결을 받음 (○○지방법원 2012가합○○○,○○○, 함○○의 항소는 2015. 2. 3. ○○고등법원 2014나○○○,○○○로 기각되어 2015. 2. 24. 확정).

○ 위 각 판결을 집행권원으로 하여, 함○○ 소유의 부동산에 대하여 2014. 2. 10.부터 2014. 3. 27.까지 각 부동산 강제경매절차개시결정(○○지방법원 ○○지원 2014타경○○○, ○○지방법원 2014타경○○○, 2014타경○○○)을 받았고, 2015. 3.경까지 위 각 판결에서 인정된 손해배상금을 모두 수령하여 집행 완료.

[인정근거] 앞서 든 각 증거, 갑 제3, 11, 13 내지 49호증, 을 제25 내지 36호증의각 기재 및 변론 전체의 취지

2) 판단

가) 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한사정이 없는 한 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당한다고 할 것인바, 여기서 그 유용 당시부터 회수를 전제하지 않은 것으로 볼 수 없는 특별한 사정에 대하여는 횡령의 주체인 대표이사 등의 법인 내에서의 실질적인 지위 및 법인에 대한 지배 정도, 횡령행위에 이르게 된 경위 및 횡령 이후의 법인의 조치 등을 통하여 그 대표이사 등의 의사를 법인의 의사와 동일시하거나 대표이사 등과 법인의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로보기 어려운 경우인지 여부 등 제반 사정을 종합하여 개별적・구체적으로 판단하여야 하며, 이러한 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 한다(대법원 2008. 11. 13. 선고 2007두23323 판결 참조). 한편 법인의 피용자의 지위에 있는 자가 법인의업무와는 무관하게 개인적 이익을 위해 법인의 자금을 횡령하는 등 불법행위를 함으로써 법인이 그 자에 대하여 그로 인한 손해배상채권 등을 취득하는 경우에는 그 금원 상당액이 곧바로 사외유출된 것으로 볼 수는 없고(대법원 1989. 3. 28. 선고 87누880 판결 참조), 해당 법인이나 그 실질적 경영자 등의 사전 또는 사후의 묵인, 채권회수포기 등 법인이 그에 대한 손해배상채권을 회수하지 않겠다는 의사를 객관적으로 나타낸 것으로 볼 수 있는 등의 사정이 있는 경우에만 사외유출로 보아 이를 그 자에 대한 상여로서 소득처분할 수 있으며, 대표이사의 직위에 있는 자라 하더라도 그 실질상피용자의 지위에 있는 경우에는 이와 마찬가지로 보아야 한다(대법원 2004. 4. 9.선고 2002두9254 판결 참조).

나) 함○○이 1992. 3. 30.부터 2009. 8. 24.까지 약 17년간 원고의 이사장으로 근무하였고, 이 사건 가공운송비에 대한 횡령은 2001. 1.경부터 2008. 12.경까지 장기간에 걸쳐 반복적으로 이루어진 사실, 함○○은 위와 같이 횡령한 금원 중 일부를 원고입주업체 및 임원들에 대한 판공비로 사용한 사실은 앞서 본 바와 같고, 앞서 든 각 증거에 의하면, 2005.경 이미 함○○에 대하여 횡령 혐의로 검찰 수사가 이루어진 바 있음에도 함○○이 원고 이사장 직위를 유지하였으며, 원고는 함○○이 퇴직한 때로부터 1년여가 지난 뒤에야 함○○을 고소한 사실을 인정할 수는 있다.

그러나 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 각 사정, 즉 함○○이 이사장 으로서 원고 내에서의 누렸던 실질적인 지위 및 원고에 대한 지배 정도, 횡령행위에 이르게 된 경위 및 횡령 이후에 원고의 조치 등을 종합하여 보면, 이사장으로서 함○○의 의사를 원고의 의사와 동일시하거나 함○○과 원고의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보이지 않는다. 따라서 이 사건 가공운송비 등이 함○○의 횡령 당시 곧바로 회수를 전제로 하지 않은 것으로서 횡령금 상당액의 자산이 사외유출이 되었다고 보기는 어렵다.

① 원고의 주된 의사결정은 총회와 이사회에서 이루어지고, 이사장은 결의된 사항을 집행하는 집행기관을 관리ㆍ감독할 직무를 부여 받았을 뿐이다. 비록 이사장이 원고를 대표하거나 원고의 업무를 통할하고 있으나, 다른 회원들과 마찬가지로 1개의 의결권, 선거권, 피선거권을 가지는 것에 불과하다. 또한, 이사장은 비상임임원으로서 보수를 지급받지 않고 입주업체의 대표자 또는 임원 중 선출되는 데 반하여, 상임위원은 보수를 지급받고 그 선임에 주무관청의 승인이 필요한 점 등에 비추어 이사장이 상임위원보다 원고에 대한 더 강한 지배력을 행사한다고 단정하기 어렵고, 적어도 주식회사의 실질적인 사주, 경영자가 법인에 대하여 가질 수 있는 지배권과 비교하면 함○○의원고에 대한 지배력의 정도가 현저히 낮다고 보인다.

② 원고의 열병합발전소는 섬유염색업체에 필요한 증기와 전기를 공동 생산하여 입주업체들에게 공급하기 위한 것으로, 함○○이 그 연료가 되는 유연탄의 운송비 등을허위・과다 계상하여 지급받고 그 차액을 횡령하면, 원고의 회원 업체들은 증가된가격으로 증기와 전기를 공급받게 되므로 원고와 함○○의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것은 아니다. 설령, 피고의 주장처럼 함○○이 횡령한 돈 중 일부를 원고의입주업체 및 임원들에 대한 판공비로 사용하였더라도 이는 횡령액의 일부에 불과할 뿐아니라 이를 두고 원고의 직원들 또는 입주원체 임원들의 개인적 이익이 아닌 입주업체의 이익을 위한 것이라고 볼 수 없으며, 횡령에 따라 원고에 손해를 끼친 반사적 효과로 원고의 소득이 감소하거나 없어져서 원고가 법인세를 부담하지 않은 것을 두고원고에게 이익이 되었다고 볼 수는 없다.

③ 함○○이 이 사건 가공운송비 등을 횡령하였다고 하더라도 원고는 함○○에 대하여 그로 인한 손해배상채권을 가지게 되었고, 그 손해배상채권은 새로 선출된 이사장 등이 원고의 이익을 정당하게 행사할 수 있을 정도로 손해배상채권의 존재를 알 때까지 단기소멸시효 기간도 진행하지 않는다. 함○○은 일정한 임기가 있고 다음 총회에서 선출되어야만 그 직이유지되는 점을 고려하면, 원고의 함○○에 대한 손해배상채권은 원고가 피용자에 대하여 가지는 손해배상채권과 유사하다.

④ 원고는 함○○이 이 사건 가공운송비 등을 횡령한 사실이 드러난 후 그를 이사장직에서 해임하고 새로운 이사장을 선임하였으며, 함○○에 대한 내부 조사과정을 거쳐 2010. 9.경 함○○을 검찰에 고소하는 한편, 그 무렵 함○○의 재산에 대한 손해배상채권 보전조치를 하였고, 형사판결 진행 경과에 따라 손해배상금 회수를 위한 민사소송을 진행하여 함○○의 횡령금을 모두 회수하였다. 원고의 함○○에 대한 해임조치 및 고소가 다소 늦었다고 하더라도, 원고가 함○○의 횡령 내역을 조사하고 확인하는데 일정한 시간이 소요되었을 것이고, 이미 시민단체에서 2009. 8. 24. 함○○을 고발하여 수사가 개시되었으며, ○○지방검찰청이 2010. 3. 29. 함○○의 소재불명으로기소중지결정을 한 점 등을 감안하면, 다소 지연된 해임조치 및 고소만으로 원고가함○○의 횡령행위를 묵인하였다거나, 손해배상채권의 행사를 포기하였다고 볼 수없다. 원고가 함○○에 대한 형사재판절차에서 처벌불원의 의사표시를 한 것은 손해 배상채권을 행사하는 중에 한 것으로 별개의 문제이다.

⑤ 원고는 산업집적활성화법 및 양도협약에 따라 정관변경, 이사장 및 상임위원 선임, 관리공단 소유재산의 매각 또는 담보제공 등에 대하여 ○○광역시장의 승인을 받아야 하고, ○○광역시장은 원고에 대하여 관리업무 전반에 대한 개선명령을 하거나 위법, 부당한 총회 또는 이사회 의결의 취소 및 일정한 경우에는 원고의 설립허가 또는 임원의 취임승인을 취소할 수도 있다. 또한, 원고는 ○○광역시장에게 총회 의결사항,산업단지현황, 연도별 사업계획 및 수지예산, 매사업연도의 수지결산을 비롯하여 형사책임과 관련된 사고, 50만 원 이상의 현금 사고에 대해서도 보고하여야 한다. 이처럼 ○○광역시장이 원고의 업무에 대하여 가지는 승인사항, 보고사항 및 명령・지시사항은 매우 구체적이고 광범위할 뿐만 아니라 일정한 경우 원고의 설립허가 또는 이사장 취임승인도 취소할 수 있을 만큼 실질적으로 강력하다. 이에 따라 함○○의 원고 내에서 이사장으로서 지위를 주식회사에서 대표이사를 비롯한 실질적 사주나 경영자의지위와 유사하다고는 도저히 볼 수는 없다.

다) 따라서 함○○이 이 사건 가공운송비 등을 횡령하였다고 하더라도 사외유출된 것이 아니라는 원고의 주장은 이유 있고, 따라서 이 사건 각 소득금액 변동통지는 위법하다.

라. 이 사건 각 부가가치세 부과처분의 적법여부

1) 관련 법리

구 국세기본법 제26조의2 제1항은 제3호에서 상속세・증여세 이외의 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 '당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간'으로 규정하는 한편, 제1호에서 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받는경우'에는 '당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간'으로 하도록 규정하고있다. 납세자가 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 '사기 기타 부정한행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받은 경우'에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 매출 세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하거나 또는 세금 계산서상의 매출세액 전부를 신고・납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결 참조).

2) 판단

가) 앞서 본 각 증거에 의하면, 함○○은 △△△ 주식회사, 주식회사 □□ 및 주식회사 AAA 등을 비롯한 업체들로부터 이 사건 가공운송비를 허위로 기재한 세금계산서를 발급받으면서, 위 업체들이 과세관청에 납부하여야 하는 부가가치세 명목으로이 사건 가공운송비의 10%에 해당하는 금액을 지급한 사실, 이에 따라 피고 ○○○세무서장은 이 사건 가공운송비 전액에서 위 업체들에게 부가가치세 명목으로 지급된금액을 제외한 나머지 금원을 매입세액에서 불공제하고, 이 사건 각 부가가치세 부과처분을 한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 함○○은 이 사건 가공운송비를 횡령할 목적으로 운송업체들로부터 허위의 세금계산서를 발급받고 피고 ○○○세무서장으로부터 관련 매입세액을공제받았으나, 운송 업체들이 과세관청에 허위의 세금계산서 관련 매출세액을 지급할 것을 전제로 운송 업체들에게 이 사건 가공운송비에 대한 부가가치세 상당액을 지급 하였으므로, 원고에게 운송 업체들이 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고・납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고보기 어렵다. 결국 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 별지 2 [표] '기산일'란 기재 각 부과제척기간의 기산일로부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2011. 12. 1.이루어졌으므로 무효이고, 무효인 이 사건 각 부가가치세 부과처분에 대하여 무효확인을 구하는 취지로서 그 취소를 구하는 것도 허용되므로, 이 사건 각 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 원고의 주장은 이유 있다.

나) 이에 대하여 피고는 조세수입의 감소를 가져올 것이라는 인식은 납세자 본인, 즉 원고를 기준으로 판단해야 하는데, 원고는 가공의 매입세금계산서를 수취한 것에 그치지 않고, 가공의 매입세금계산서로 원고가 정당하게 납부하여야 할 부가가치세까지매입세액으로 공제받았으며, 이는 부가가치세법 제39조 제1항 제1호가 정하는 사실과 다른 매입세금계산서로서 그 매입세액이 공제되지 않으므로 조세수입의 감소에 대한 인식이 있었다고 주장한다. 앞서 본 법리에 비추어 살피건대, 설령 원고가 가공의세금계산서의 매입세액을 공제받았다고 하더라도, 원고에게 그러한 인식 이외에 허위의 세금계산서를 발급한 운송 업체들이 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하거나 또는 세금계산서상의 매출세액 전부를신고・납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었음을 인정할증거가 없는 이상 이를 두고 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 '사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받은 경우'라고 보기 어렵다.따라서 피고의 주장을 받아들일 수 없다.

5. 결 론

그렇다면, 원고의 피고 ○○지방국세청장에 대한 소 중 2007년 소득금액 246,071,380원의 변동통지 중 209,568,550원을 초과하는 부분, 2008년 소득금액 604,536,360원의 변동통지 중 570,652,510원을 초과하는 부분 및 피고 ○○○세무서장에 대한 소 중 2003년 제2기 부가가치세 107,177,760원의 부과처분 중 105,998,130원을 초과하는부분, 2005년 제1기 부가가치세 42,893,530원의 부과처분 중 20,237,130원을 초과하는 부분, 2005년 제2기 부가가치세 37,415,520원의 부과처분 중 6,552,720원을 초과하는 부분에 대한 각 취소 청구부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 있으므로 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 피고들의 원고에 대한 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.