사업인정고시가 없는 사업시행자에게 토지를 양도한 경우에도 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 대상 및 비사업용토지 제외 사유에 해당함

사업시행자가 공익사업에 필요한 토지 전부를 협의매수 방식으로 취득함으로써 별도의 사업인정을 받지 아니하고 공익사업을 수행하는 경우에는 보상계획 공고일 또는 그와 같은 공고를 생략한 경우에는 토지소유자에게 보상계획을 통지한 날을 사업인정고시일로 보아 이를 기준으로 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면여부 및 비사업용토지여부를 판단함이 상당함

2013구합2909 경정청구불채택 취소

윤AA

서대전세무서장

2014. 5. 29.

2014. 6. 19.

1. 원고의 2012. 11. 14.자 및 2012. 12. 31.자 각 경정청구에 대하여 피고가 각각 2013. 1. 10.자 및 2013. 2. 6.자로 한 각 거부처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

1. 기초 사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 이를 인정할 수 있다.

가. 원고의 부여군에 대한 토지 양도(매각)

⑴ 원고는 1996. 8. 20. 상속재산 협의분할을 원인으로 ① 충남 ○○군 ○○읍 ○○리 732-4 전 228㎡, ② 같은 리 732-5 전 228㎡, ③ 같은 리 732-6 전 916㎡ 등 3필지 토지(이하 위 토지를 모두 합하여 '이 사건 토지들'이라 한다)의 소유권을 취득하였다.

이 사건 토지들은 지목은 밭(田)으로 되어 있으나 국토의 계획 및 이용에 관한

법률에 따른 도시지역의 제1종 일반주거지역에 해당하고, 원고가 이 사건 토지들에서거주하고 있거나 이를 자경(自耕)하고 있지는 않다.

⑵ 한편, 이 사건 토지들은 ○○군청 바로 뒷편(서쪽편)에 있는 토지들인바, ○○군은 이 사건 토지들을 포함한 주변의 토지를 매입하여 주차장으로 조성・사용함으로

써 ○○군청 청사의 주차난을 해소하고자 하는 계획을 수립하여 추진하였다.

즉, ○○군은 우선 2012. 2. 21. 매입 대상 토지의 소유자인 원고와 소외 이BB

으로부터 토지매각 의사를 확인받은 다음(개인이 아닌 지방자치단체가 국고 지원을 받지 않고 자체 비용으로 이와 같은 사업을 추진할 경우 예산편성 등의 문제와 재산취득과정에서 군의회 심의 또는 의결을 거쳐야 하는 까닭에, 많은 경우에서 이와 같은 사전 매도의사확인 절차를 거치게 된다)

2012. 6. 7.자로 위 토지소유자들에게 부지매입계획을 통보하면서 "전문 감정평기관 2개소의 감정평가액 평균액을 매입금액으로 정할 예정"이라는 점을 밝히고 그에 필요한감정평가기관 선정에 관한 협의(구체적으로는 원고 등에 대하여 전문 감정평가기관 추천에 관한의사표명을 요청하였다)를 거치는 한편 「○○군 공유재산 관리조례」제5조 등이 정하는 바에 따라 2012. 6. 14.경 ○○군의회에 「군청주변 주차장부지 조성사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)」에 관한 심의를 요청하여 인가(의안가결)를 받았다.

⑶ 이에 따라 ○○군은 2012. 6. 26. 원고로부터 이 사건 토지들을 감정평가액인

합계 ○○○원에 협의매수하고 당일자로 그에 따른 소유권이전등기를 마쳤다(다만,

2012. 6. 27.자 ○○군의 「부동산 매매계약 안내」에 의하면 ○○군은 원고에게 매매계약체결기간을 2012. 6. 27.부터 2012. 7. 12.까지로 통지하고 있으며, 갑 제5호증의 기재에 비추어 위 매매에 따른 대금청산은 2012. 6. 28.자로 이루어진 것으로 보인다).

나. 위 토지 양도에 대한 양도소득세 신고・납부와 경정청구 등

⑴ 원고는 2012. 8. 30. 이 사건 토지들의 양도로 인한 양도소득세의 신고(양도가액은 위 매매가액인 ○○○원이고, 취득가액은 ○○○원, 납부할 세액은 ○○○원이라는 취지의 신고)를 하고, 위 세액 ○○○원을 전액 납부하였다.

위 이러한 양도소득세의 신고와 납부는 보유 재산(비자경 농지인 부동산)의 매각에 따른 통상적인 양도소득세 신고・납부로서 그 세액의 산출과정에서 별다른 양도소득세감면이나 공제를 적용하지 아니한 것이었다.

⑵ 이후 원고는 두 차례에 걸쳐 피고에 대하여 위 양도소득세의 감면을 요청하는

취지의 경정청구를 하였다.

즉, 원고는 2012. 11. 14.에는 "이 사건 토지들의 매각(양도)은 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 '공익사업법'이라 한다)에 따른 공익사업용 토지의 양도이므로 조세특례제한법에 따른 양도소득세 감면이 이루어져야 한다"는 취지로 경정청구를 하였고, 2012. 12. 31.에는 "공익사업법에 따라 협의매수되는 토지로서 사업인정고시일부터 일정 기간 이전에 취득한 토지에 대하여는 장기보유 특별공제를 적용하여야 한다"는 취지로 재차 경정청구를 하였다.

⑶ 위와 같은 원고의 경정청구에 대하여 피고는 2013. 1. 11. 및 2013. 2. 4. 「이

사건 토지들이 사업인정고시일이 없고, 공익사업법에 정한 절차 및 방법을 거치지 않고 계약 당사자 간의 쌍방합의에 의하여 양도되었으며, 이 사건 토지들은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역 안의 토지이므로 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1호의2에 해당하여 비사업용토지에 해당한다」는 이유로 원고의 위 양도소득세경정청구를 거부하는 내용의 거부처분(이하 위 2건의 거부처분을 '이 사건 처분'이라 통칭한다)을 하였다.

[ ※ 참고적으로, 원고의 위와 같은 2건의 경정청구는 모두 이 사건 토지들의 매각 내지 부여군의 취득이 공익사업법의 적용을 받아 협의매수가 불가능할 경우에는 ○○군에 의한 토지수용도 가능한 공익사업용 토지의 양도에 해당하는 것을 전제로 하는 것이고, 피고는 이 사건 토지들의 매매(양도)가 여기에 해당하지 않음을 전제로 하는 것이다. 만약 원고의 주장이 받아들여질 경우에는 원고가 납부한 양도소득세액 ○○○원에서 공익사업법 등에 따른 조세감면시 부과되는 농어촌특별세를 공제한 나머지 금액인 ○○○원 가량을 환급하여 주어야 하는 것으로 보인다. ]

⑷ 이 사건 처분에 대하여 원고는 2013. 2. 14. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 제기하였으나, 2013. 8. 8. 기각결정을 받았다.

2. 이 사건 처분의 적법성에 대한 판단

가. 관계 법령

이 사건에서 원고가 주장하는 사항 혹은 그와 관련하여 이 사건 처분의 당부를 판

가름함에 있어 관련이 있는 법령의 규정 내용은 별지 「관계 법령」기재와 같은데, 이를 요약하자면(즉 요지를 적시하자면) 다음 두 가지라고 할 수 있다.

첫째, 공익사업법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자

에게 양도함으로써 발생하는 소득과 관련하여서는 양도소득세의 20%에 상당하는 세액을 감면한다.

둘째, 공익사업법에 따라 협의매수되는 토지로서 그 취득일이 사업인정고시일부터

5년 이전인 토지의 경우 양도차익 중 일정비율에 의한 금액(장기보유 특별공제액)을 공제한 나머지만을 양도소득금액으로 본다.

요컨대, 5년 이상 보유하고 있던 토지에 대한 매각소득과 관련하여서는 '장기보유 특별공제액'을 소득금액에서 차감하고 나머지만을 소득금액으로 보아서 이를 토대로 세액을 산정하여야 한다.

나. 당사자의 주장 및 이 사건의 쟁점

⑴ 이 사건에서 원고는 자신의 토지 양도가 공익사업에 필요한 토지를 그 사업 시

행자에게 양도한 경우에 해당함을 전제로 세액 감면과 양도소득 공제를 주장한다.

⑵ 이에 대하여 피고는, 위 관계 법령 등에서 세액 감면 내지 양도소득 공제를 인정하는 것은 당해 양도의 강제성 내지 불가피성 등을 감안한 데 따른 것이므로 기본적으로 사업인정고시의 존재를 전제로만 위와 같은 세액 감면 등이 허용되는 것이라고 주장한다.

즉, 피고는 조세특례법 제77조 제1항 제1호 및 소득세법 시행령 제168조의14 제3항은 사업인정을 전제로 한 강제성 및 불가피성을 수반한 양도소득이 발생한 경우에만 적용되어야 하는데 이 사건의 경우 사업인정이 없고, 이 사건 토지 거래가 계약 당사자 간의 대등한 입장에서 계약이 체결되었으므로 장기보유 특별공제를 받을 수 없다고 주장한다.

⑶ 그러므로, 이 사건에서는 원고가 ○○군에게 이 사건 토지들을 양도한 것이 공

익사업에 필요한 토지를 그 시행자에게 양도한 경우에 해당하는지 여부와 그러한 경우에 해당하기 위하여 필수적으로 사업인정고시가 필요한지 여부 및 그렇지 않을 경우 위와 같은 과세처분이나 행정처분 등에 있어서의 기준시점인 사업인정고시일은 대체 언제로 보아야 하는지 등이 쟁점이 된다고 할 것이다.

다. 이 법원의 판단

⑴ 이 사건 양도가 공익사업법상 토지양도에 해당하는지

- 이에 해당하기 위하여 반드시 '사업인정고시'가 있어야 하는지 여부 -

㈎ 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론

하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23.선고 2008두7830 판결 등 참조)임은 피고가 지적하는 바와 같다.

㈏ 그러나 공익사업법은 "공익사업에 필요한 토지 등을 협의 또는 수용에 의하여 취득하거나 사용함에 따른 손실의 보상에 관한 사항을 규정함으로써 공익사업의 효율적인 수행을 통하여 공공복리의 증진과 재산권의 적정한 보호를 도모하는 것을 목적으로 한다"고 규정(제1조)하면서, 그 법이 적용되는 공익사업 즉 그 법에 따라 토지 등을 취득하거나 사용할 수 있는 공익사업의 하나로 "국가나 지방자치단체가 설치하는 청사・공장・연구소・시험소・보건시설・문화시설・공원・수목원・광장・운동장・시장・묘지・화장장・도축장 또는 그 밖의 공공용시설에 관한 사업"을 규정(제4조 제3호)하고 있는바, 당해 토지의 취득 내지 사용하는 것이 위와 같은 사업에 해당하는지 여부와 같은 실질(實質)에 따라 위 공익사업법의 적용 여부가 판가름 되는 것이지 사업인정고시와 같은 중간절차적 인자(因子)의 존부와

같은 외형(外形)을 기준으로 그 법률 적용 여부를 결정할 것은 아니라고 할 것이다.

㈐ 돌이켜 이 사건에 관하여 살피건대, 이 사건 사업은 지방자치단체인 ○○군이

이 사건 토지들과 인근의 다른 토지를 함께 취득하여 공공용 시설인 공용 주차장을 설치하는 내용의 사업으로서 ○○군은 기본적으로 '○○군 공유재산 관리조례'가 정하는바에 따라 그 취득절차를 진행하였던 바, 이는 전형적으로 위 공익사업법 제4조 제3호소정의 지방자치단체가 설치하는 공공용 시설에 관한 사업의 하나라고 할 것이다.

○○군은 이 사건 토지를 취득하면서 앞서 본 바와 같이 '2개의 전문감정평가법인이 제출하는 감정평가 평균액을 이 사건 토지의 매입금액으로 정할 예정이다'라고

밝히면서 토지소유자인 원고에 대하여 그 중 1개의 감정평가기관 선정에 관한 의견을제출하여 줄 것을 요청하였던바 이러한 보상액의 산정 방식은 바로 공익사업법이 상정하고 있는 대표적인 가액 산정방식(제68조 참조)이기도 하다.

또한, ○○군수는 양도소득세 신고용으로 발행한 「토지 협의매수 확인서(갑 제5

호증)」를 통하여 "사업인가일：2012. 6. 14.(공유재산 관리계획 의안가결일)"이라는 점과 그러한 협의매수의 근거법령이 "공유재산 및 물품관리법 제10조, 공익사업법 제4조"라는 점을 명시적으로 밝히기도 하였던 바, 이러한 사정 역시나 본건에서 명시적인 사업인정고시라는 행위가 이루어진 것은 아니라도 그 실질은 지방자치단체가 공공용시설을 설치하기 위한 사업을 시행하기 위하여 이 사건 토지들을 취득한 경우로서 여기에는 공익사업법이 적용된다는 점을 드러내주는 것이라고 보아야 한다.

㈑ 시각을 달리하여, 이 사건에서 문제되는 조세특례제한법상의 양도소득세 감면이나 소득세법상의 특별공제 제도 존치목적이라는 측면에서 이 사건을 살펴보더라도

이 사건 토지들의 매각은 공익사업법 소정의 토지 양도로서 세액감면 또는 장기보유특별공제의 대상이 된다고 보아야 할 것이다.

즉, 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호에서 공익사업용 토지 양도와 관련하여 양도소득세를 감면하는 것이나 소득세법 등에서 공익사업용 토지양도 시 일정기간의 장기보유자에 대하여 조세부담을 완화시켜 주는 것은 공히 공익사업의 원활한 수행지원 및 공익사업용으로 수용되거나 그에 준하는 형태로 소유권을 양도하는 경우라는 점을 감안한 세부담 완화 차원의 제도라고 할 것이다. 특히 소득세법은 개인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 토지에 대한 투기수요를 억제할 목적으로, 비사업용 토지에 대하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자경하지 아니하는 농지나 도시지역에 편입된 농지 등을 비사업용 토지로 보아 장기보유 특별공제를 적용하지 않고 중과세하게 하였는데(대법원 2012. 10. 25. 선고 2010두17281 판결 참조), 공익사업으로 인하여 부득이하게 비사업용토지를 양도한 경우에도 그와 같은 중과세를 그대로 유지하는 것은 그 제도의 기본취지와 맞지 않는 불합리한 조치가 된다. 이에 소득세법은 이러한 경우에는 다시 장기보유 특별공제를 허용하는 원칙으로 복귀시키고 있다고 할 것이다. 이러한 공익사업용 토지 양도에 관한 세액감면 내지 장기보유 특별공제 제도의 취지에 비추어 보더라도 당해 토지의 양도가 실체적인 측면에서 공익사업용 토지의 양도에 해당하는가를 기준으로 그 감면・공제 허용 여부를 결정하여야 할 것이지,그 토지의 취득과정에서 사업인정고시가 있었는가 또는 협의취득에 의하여서만 토지취득이 완료됨에 따라 별도의 사업인정 내지 그에 관한 고시가 존재하였는가 여부 등을 기준으로 감면・공제 적용을 결정할 일은 아니다.

㈒ 한편, 공익사업법상의 사업인정이란 "공익사업을 토지 등을 수용하거나 사용할

사업으로 결정하는 것"을 의미하고(공익사업법 제2조 제7호), 사업시행자는 공익사업의수행을 위하여 필요하면 공익사업법에서 정하는 바에 따라 토지 등을 수용하거나 사용할 수 있는데(제19조 제1항), 이때에는 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 하며(제20조 제1항), 국토교통부장관은 위와 같은 사업인정을 하였을 때에는 지체 없이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시・도지사에게 통지하고 사업시행자의 성명이나 명칭, 사업의 종류, 사업지역 및 수용하거나 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 하는 것(제22조 제1항)인바, 결국 사업시행자와 토지소유자에 대한 관계에 있어서 법률상의 사업인정고시라 함은 당해 공익사업용 토지의 수용 내지 사용에 관한 사항이 대내외적으로 명확하게 통지・확정되는 행위의 하나를 가리킨다고 할 것이다.

문제는 공익사업을 시행하는 모든 경우에 사업인정고시가 필요한 것이 아니라는 데에 있다. 즉, 당해 공익사업의 대상 토지 전부를 협의매수하여 공익사업법이 정하는 수용 등의 절차를 거칠 필요가 없을 경우에는 사업시행자는 국토교통부자관의 사업인정을 받을 필요가 없는 것이고, 이러한 경우에는 그 후속조치라고 할 수 있는 '사업인정고시'라는 행위도 존재할 수 없다. 그런데 이와 같이 협의취득의 방식을 통하여 공익사업 대상 토지를 확보하는 절차에서 위 수용에서의 사업인정고시에 대응하는 절차로 공익사업법이 규정한 것이 바로 제14조 내지 제18조의 규정들이고 특히 사업인정고시일이라는 개념에 대응하는 것은 법 제15조에서 규정하는 보상계획 공고일(공고를생략한 경우에는 토지소유자에게 보상계획을 통지한 날)이라고 할 것이다.

따라서 이 사건에서와 같이 사업시행자가 공익사업에 필요한 토지 전부를 협의매수 방식으로 취득함으로써 국토교통부장관으로부터 별도의 사업인정을 받지 아니

하고 공익사업을 수행하는 경우에는 보상계획 공고일 또는 그와 같은 공고를 생략한 경우에는 토지소유자에게 보상계획을 통지한 날을 사업인정고시일로 보아 이를 기준으로 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면여부 및 비사업용 토지여부를 판단함이 상당하다고 할 것이다.

⑵ 이 사건 처분의 적법성에 관하여

㈎ 먼저, 조세특례제한법이 정한 세액 감면 주장에 관하여 본다.

조세특례제한법 제77조 제1항 제1호는 공익사업법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2012년 12월 31일 이전에 양도한 경우에는 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있는데, 이는 위에서 본 바와 같이 관계 법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자뿐만 아니라 공익사업법이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 당해 공공사업의 시행자에게 토지 등이 매수된 자라 하더라도 위와 같은 경우에는 양도소득세가 감면된다는 취지의 규정이라고 보아야 한다.

이 사건에 관하여 보건대, 원고가 공익사업법에 의하여 토지 등을 수용할 수있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용된 자에 해당되지는 않지만, 이사건 사업은 공익사업법 제2조 제2호, 제4조 제2호 또는 제3호에서 규정하고 있는 공익사업에 해당하고 ○○군은 이 사건 사업을 직접 시행하고 있어 사업시행자로 볼 수있다. 또한, 앞서 본 것처럼 이 사건 토지들은 ○○군에 공익사업법상 협의취득 되었다고 볼 수 있고 이 사건 토지들은 이 사건 사업에 필요한 주차장 부지로서 사업시행자인 ○○군에 제공된 점을 고려하면 부여군이 이 사건 사업에 관하여 사업인정을 받았는지와 상관없이 원고는 공익사업법이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산 등을 당해공공사업의 시행자에게 매도한 자에 해당한다.

㈏ 다음으로 장기보유 특별공제 주장에 관하여 본다.

소득세법 제95조 제1항, 제2항, 제104조의3 제1항, 제2항, 동법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 등의 규정과 위에서 본 법리를 종합하여 보면, 소유자가 그 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 않는 농지는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하여 장기보유 특별공제의 대상에서 제외되고, 다만 법률에 따른 부득이한 사유가 있어 그로 인하여 위와 같은 비사업용 토지에 해당하는 경우 즉 공익사업법 등에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지에 대하여는 다시 이를 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아서 장기보유 특별공제를 인정하여 소득금액을 산출하여야 한다.

이 사건에 관하여 살피건대, 이 사건 토지들은 앞서 본 소득세법 제104조의3제1항이 정한 '소유자가 그 소재지에 거주하지 아니하는 농지'에 해당하여 원칙적으로'비사업용 토지'라 할 것이나, 앞서 본 바와 같이 원고는 1996. 8. 20. 이 사건 토지들의 소유권을 취득한 이래 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호에서 정한 5년 이상의 기간 동안 보유하다가 공익사업을 위한 사업용 부지로 ○○군에게 양도하였으므로 이 사건 토지들에 대한 양도소득을 산출함에 있어서는 위 법조 소정의 장기보유 특별공제를 인정하여야 할 것이다.

㈐ 따라서 이 사건 토지들의 협의취득은 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호및 소득세법 시행령 제168조의14 제3항에 의하여 양도소득세가 감면되거나 특별공제를 인정하여 양도소득을 산출하여야 하는 경우라 할 것이므로, 이를 지적하는 원고의

주장은 모두 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 각 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.