대전지방법원-2017-구단-100453(2018.01.31)

공익사업에 필요한 토지(도로)를 공익사업자로 의제된 민간건설업자인 사업시행자에게 양도한 경우의 감면적용과 비사업용토지 여부

민간건설업자에게 양도한 토지 중 도로의 도시계획시설사업은 관계 법률에 따라 인가를 받아 공익목적으로 시행하는 사업으로 토지보상법이 적용되는 공익사업에 해당 토지보상법에서 정한 '협의에 의한 취득 또는 수용' 절차를 거치지 않은 양도는비사업용토지의 예외 규정에 해당하지 않음

조세특례제한법 제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도세 감면)

2018누10468 양도소득세경정거부처분취소

×××

○○세무서장

2018. 1. 30.

2019. 2. 28.

2019. 4. 4.

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.

피고가 2016. 6. 10. 원고에 대하여 한 2015년도 귀속 양도소득세 ○○○○원의 경정기각처분 중 ○○○원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 2/3는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2016. 6. 10. 원고에 대하여 한 2015년도 귀속 양도소득세 ○○○○원 중 ○○○원을 초과하는 부분에 대한 경정기각처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015. 11. 30. 아래에서 볼 가가아파트 건설 사업의 시행자인 소외 회사에게 원고 소유의 ○○시 ○○동 ○○ 임야을 000,000,000원에 매도하였다.

나. ○○시장은 2015. 10. 30. '소외 회사가 ○○시 ○○동 00필지에 시행 예정인 ○○시 ○○동 가가아파트 신축공사에 관한 주택건설사업계획(이하 '이사건 사업계획'이라 한다)이 승인되었기에 구 주택법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 전부개정되기 전의 것) 제16조 제8항의 규정에 따라 이를 고시한다'라는 주택건설사업계획 승인 고시(이하 '이 사건 사업계획 승인 고시'라 한다)를 하였다.

다. ○○시장은 이 사건 사업계획 승인 고시에서, ○○ 공동주택용지 기반시설 조성을 위한 도시계획시설(도로) 사업(이하 '이 사건 도시계획시설사업'이라 한다)과관련하여 '다른 법률의 의제사항'으로 '도시관리계획 결정(지구단위계획), 도시계획시설도시계획시설 사업 시행자지정 및 실시계획인가'를, '국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 고시사항'으로 '도시관리계획 결정(지구단위계획) 및 지형도면 고시에 관한 사항, 도시계획시설사업 시행자지정에 관한 사항, 도시계획시설사업 실시계획인가에 관한 사항'을 열거하였다. 이에 따라 ○○시장은 이 사건 사업계획 승인 고시에 원고의 양도 토지 전 체 중 아래 표 기재와 같이 도시계획시설에 편입되는 토지 합계 00.0㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 비롯한 일대의 토지들을 기반시설인 도로로 지정하는 취지의 지구단위계획에 관한 도시관리계획 결정(변경) 조서와, 소외 회사를 위 도로에 관한 도시계획시설(도로) 사업에 관한 사업시행자로 지정하고, 사업주체는 도로를 신설하여 관리청인 ○○시에 무상귀속한다는 내용 등으로 이 사건 도시계획시설사업에 관한 실시계획을 인가하였다는 사항을 함께 고시하였다. 나아가 위 고시에서는 이 사건 토지 등 위 도로에 사용될 토지에 관하여 '수용 또는 사용할 토지조서 및 소유권 이외의 권리 명세서'도 작성되어 함께 고시되었다.

라. 원고는 2015. 12. 16. 양도 토지 전체의 양도로 인한 2015년 귀속 양도소득세

000,000,000원을 신고.납부하였다.

마. 원고는 2016. 4. 20. 피고에게 양도 토지 전체가 구 조세특례제한법(2015. 8. 28. 법률 제13498호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제77조에서 정한 공익사업용 토지에 해당되므로 장기보유특별공제 및 현금보상에 따른 15%의 감면을 적용받아야 한다는 이유로, 양도소득세 00,000,000원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

바. 그러나 피고는 2016. 6. 10. 이 사건 토지의 매수인인 소외 회사는 민간건설업자로서 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호가 규정한 공익사업의 사업시행자에 해당하지 아니하여 감면대상이 아니고, 같은 이유로 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호를 적용할 수 없어 이 사건 토지가 비사업용토지에 해당한다는 이유로 원고의 경정청구를 기각하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2016. 11. 15. 조세심판원에, 양도 토지 전체 중 이 사건 토지에 대한 양도차익에 장기보유특별공제를 적용하여 산정된 산출세액에 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면(15%)을 적용한 세액으로 양도소득세 00,000,000원의 환급을 구하는 심판청구를 하였으나 2017. 1. 2. 기각되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6호증, 을 제1, 3호증(가지번호 있는 것은가지번호를 포함한다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

○○시장은 소외 회사를 이 사건 도시계획시설사업의 사업시행자로 지정하였고, 사업시행을 위하여 이 사건 토지 등에 관한 수용 또는 사용할 토지조서 및 소유권 이외의 권리 명세서까지 작성하였으며, 나아가 이와 같은 내용이 포함된 이 사건 도시계획시설사업의 실시계획을 인가.고시하였다. 따라서 이 사건 토지는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 '토지보상법'이라 한다)이 정한 공익사업에 해당하는 도시계획시설(도로)의 신설을 위한 것이다. 그렇다면 원고는 구 조세특례제한법 제77조에 따른 공익사업에 필요한 토지로 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는 이 사건 토지를 공익사업의 시행자에게 양도한 것이므로, 양도소득세를 산정함에 있어 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액이 공제되어야 하고, 나아가 구 조세특례제한법 제77조가 규정한 감면규정이 적용되어야 한다. 그러므로 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

[별지] 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법상의 세액 감면 주장에 대한 판단

가) 이 사건의 주요 쟁점

구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호는, 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2015. 12. 31. 이전에 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의15에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 살피건대, 2015. 10. 30. 이 사건 사업계획 승인 고시와 함께 이루어진 도시계획시설사업 시행자지정 및 실시계획인가 고시에 따라 소외 회사가 이 사건 도시계획시설사업의 시행자로 지정되었고, 원고는 2015. 11. 30. 소외 회사에게 이 사건 도시계획시설사업지역 내에 속한 이 사건 토지를 그 도로 부지로 양도한 사실은 앞서 인정한 바와 같다. 따라서 이 사건에서의 주요 쟁점은 결국 원고의 이 사건토지 양도행위가 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 '토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도'한 경우에 해당되는지 여부이다.

나) '토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지' 및 '공익사업시행자' 해당 여부

토지보상법 제1조는 그 목적에 관하여 '이 법은 공익사업에 필요한 토지 등을 협의 또는 수용에 의하여 취득하거나 사용함에 따른 손실의 보상에 관한 사항을 규정함으로써 공익사업의 효율적인 수행을 통하여 공공복리의 증진과 재산권의 적정한 보호를 도모하는 것을 목적으로 한다'고 규정하고 있다. 그리고 토지보상법 제2조 제2호, 4조 제2호는 '공익사업'을 '관계 법률에 따라 인가를 받아 공익을 목적으로 시행하는 도로에 관한 사업' 등으로, 같은 법 제2조 제3호는 '사업시행자'를 '공익사업을 수행하는 자'라고 각 정의하고 있다. 나아가 토지보상법은 제19조 제1항에서 '사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요하면 이 법에서 정하는 바에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다'고 하여 공익사업시행자의 토지수용권을 인정하되, 제20조 제1항에서 '사업시행자는 제19조에 따라 토지등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다'라고 규정하고 있다.그런데 이 사건 토지는 이 사건 도시계획시설사업에 따라 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 '국토계획법'이라 한다) 제2조 제6호 가목, 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령(2018. 11. 13. 대통령령 제29284호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국토계획법 시행령'이라 한다) 제2조 제1항 제1호가 규정한 '기반시설'인 '도로' 중 일부로써, 이 사건 사업계획 승인 고시와 함께 이루어진 ○○시장의 도시계획시설사업 실시계획인가 고시(의제)의 내용과 같이 이 사건 도시계획시설사업의 대상이 되었음은 분명하다.

위와 같은 관계 법규의 내용과 사정들, 그리고 위 거시 증거들에 의하여 인정할 수 있는 아래의 사정들을 종합해보면, 이 사건 도시계획시설사업은 토지보상법 제2조 제2호, 제4조 제2호 소정의 '관계 법률에 따라 인가를 받아 공익을 목적으로 시행하는 도로에 관한 사업'으로 토지보상법이 적용되는 공익사업에 해당하고, 소외 회사는 이 사건 도시계획시설사업의 사업시행자로 지정됨으로써 토지보상법 제2조 제3호 소정의 '공익사업을 수행하는 자'인 '사업시행자'의 지위에 있다고 인정된다(이와 같이 이 사건 도시계획시설사업이 토지보상법상의 공익사업에 해당하고, 소외 회사가 그 사업시행자에 해당한다고 보는 이상, 나아가 소외 회사가 토지보상법의 개별 규정에 따라 이 사건 토지에 대한 구체적인 수용 권한을 실제 취득.행사하였는지 여부는 결론에 영향을 미치지 못한다고 판단된다).

① 이 사건 도시계획시설사업은 소외 회사가 ○○ 공동주택단지의 주변을 둘러싸는 '도로'를 신설하는 것이다. 비록 이 사건 도시계획시설사업 내용상 공동주택용지 내에 도로를 개설하는 것이 일부 포함되어 있어 공동주택을 위한 기반시설을 조성하기 위한 목적을 함께 갖고 있기는 하지만, 그 주된 내용은 해당 주택단지의 주민들 이외에 다수의 공중이 이용하는 공공시설인 도로를 신설하는 것이다.

② ○○시장은 앞서 인정한 바와 같이 이 사건 사업계획 승인 고시를 하면서 '수용 또는 사용할 토지조서 및 소유권 이외의 권리 명세서'까지 작성하여 함께 고시하였는바, 이는 이 사건 토지를 포함한 이 사건 도시계획시설사업 대상 토지에 관하여 토지보상법에 따른 협의취득 또는 수용 절차가 적용될 수 있음을 전제로 한 것으로 볼수밖에 없다.

③ ○○시장은 이 사건 사업계획 승인의 대상이 된 공동주택용지가 아닌, '도로' 로 사용될 부지에 대하여만 이 사건 도시계획시설사업의 대상으로 편입하였다. 소외회사는 이 사건 토지 등 도로에 편입된 토지에 관하여는 공동주택용지로 사용할 수 없고 오직 공익목적의 도로 부지로써 이 사건 도시계획시설사업을 진행해야 한다. 심지어 이 사건 도시계획시설사업(도로) 사업시행자 지정(또는 지정의제)과 그 실시계획인가를 받지 않으면 소외 회사로서는 이 사건 사업계획 승인에 따른 공동주택건설사업을 하면서도 그에 필수적 기반시설인 이 사건 도시계획시설사업과 같은 내용의 도로 개설을 할 수도 없다.

④ 소외 회사의 경우 이 사건 도시계획시설사업에 관하여 별도로 사업시행자 지정 및 실시계획 인가 신청을 할 수 있었고, 이 사건 사업계획 승인에 앞선 관련기관(부서) 협의사항을 고려해보면 만일 소외 회사가 이 사건 도시계획시설사업의 시행자지정과 실시계획인가 신청을 하였을 경우, 특별한 사정이 없는 한 그 지정과 인가를 받아 국토계획법 제86조, 제95조, 제96조에 근거하여 토지수용법이 정한 절차에 따라 이 사건 토지 등 도로에 편입될 부지를 협의취득하거나 수용할 수 있는 지위를 취득할 수있었을 것으로 보인다. 그런데 앞서 본 바와 같이 명시적으로 '국토계획법상 기반시설로 인가된 도시계획시설(도로)'에 관한 '사업시행자로 지정' 받은 소외 회사가 '해당 도로 부지'를 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지로써 양수한 것인지 여부에 따라 그 도로 부지의 매매에 관하여 구 조세특례제한법 제77조에 의한 양도소득세 감면 여부가 문제된 이 사건에서(이 점에서 '주택법에 따라 사업계획승인을 받은 사업시행자인 민간주택개발사업자'가 공동주택부지를 개발함에 있어 토지보상법에 따라 '해당 공동주택부지'를 '수용할 권한'이 있는지 여부 또는 '해당 공동주택부지의 매매'에 관하여 구 조세특례제한법 제77조에 따른 양도소득세 감면이 가능한지 여부가 문제된 경우와 다르다), 단지 소외 회사가 별도의 신청 절차를 거치지 않은 채 이 사건 사업계획승인 고시를 통해 이 사건 도시계획시설사업의 사업시행자 지위를 받았다는 사정만으로 별도의 신청에 의한 경우와 다르게 취급할만한 사정은 엿보이지 않는다.

⑤ 뒤에서 보는 바와 같이, 구 조세특례제한법 제77조 제2항은 공익사업의 시행자로 지정되기 전의 사업자에게 공익사업에 필요한 토지를 양도한 경우에도 이후 해당 사업자가 공익사업의 시행자 지정을 받으면 일정한 요건 하에 동일하게 그 토지에 관한 양도소득세를 감면받을 수 있도록 규정하고 있다. 그렇다면 '공익사업에 필요한 토지'를 '공익사업을 시행할 사업자'에게 양도하였다는 요건을 갖춘 이상, 양도 당시에 토지보상법에 따른 구체적인 수용권한이 실제 있느냐 여부는 문제되지 않는다고 봄이 상당하다.

⑥ 원고가 소외 회사에게 양도 토지 전체를 매도하는 과정에서 이 사건 토지만 특정하여 도로로 편입될 것임을 전제로 매도한 것인지 여부를 확인할 수 있는 객관적인 증거는 없으나, 이 사건 도시계획시설사업에 관한 사업시행자 지정 및 실시계획인가의 경위, 이 사건 토지의 현황과 이 사건 사업계획 대상인 공동주택부지와의 관계등을 고려할 때, 이 사건 토지는 소외 회사에게 소유권이전등기가 마쳐질 당시 위 공동주택부지가 아니라 이 사건 도시계획시설사업의 대상 부지로 편입된 상태에 있어 궁극적으로 수용될 위험이 상존하였다고 볼 수 있으므로, 이 사건 토지에 관하여만 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호에 따라 양도소득세를 감면한다 하더라도 그것이 다른 공동주택부지에 관한 양도소득세 부과처분과 견주어 조세평등주의에 위반된다고 단정할 수는 없다.

다) 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호 소정의 '양도' 해당 여부

피고는 이 사건 토지의 양도가 수용 또는 협의매수에 의한 것이 아니어서 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호에서 규정한 '양도'에 해당되지 않는다고 주장한다.

구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호에서는 '토지의 양도'라고만 규정하고 있을 뿐 '수용 또는 협의매수에 의한 취득'이라고 한정하고 있지 않다. 또한 위 규정의취지는 공익사업이 원활하게 수행될 수 있도록 지원함과 아울러 토지소유자의 입장에서는 협의매수에 응하지 않더라도 결국에는 자신의 토지가 공익사업으로 수용되는 불이익을 감수할 수밖에 없다는 점을 감안하여 양도소득세 부담을 완화해 준다는 차원에서, 공익 증진과 과세 공평의 조화를 꾀하려는 것이라고 볼 수 있다. 나아가 구 조세특례제한법 제77조 제2항은 거주자가 공익사업의 시행자로 지정되기 전으로 토지보상법에 따라 협의매수 또는 수용절차를 진행할 수 없는 사업자에게 공익사업에 필요한 토지 등을 양도한 경우에까지도 일정 요건을 갖추면 마찬가지로 같은 구 조세특례제한법 제77조 제1항에 따른 양도소득세의 감면을 받을 수 있도록 규정하고 있기도 하다. 이러한 구 조세특례제한법 규정의 문언 및 취지에 비추어, 이 사건 토지가 이 사건 도시계획시설사업의 사업부지에 속하면서 실시계획인가 고시가 이루어진 후 이 사건 도시계획시설사업의 시행자인 소외 회사에게 양도가 된 이상, 사법상 매매계약의 형식을 취하였다고 하더라도 위 규정의 '양도'에 해당된다고 볼 수 있어 그에 따른 양도소득세 감면이 적용되어야 할 것이다. 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

라) 소결론

따라서 원고는 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호가 규정한대로 공익사업에 필요한 토지를 공익사업의 시행자에게 양도하였다고 할 것이므로 이 사건 토지의 양도에 관하여 세액 감면(8,889,136원)이 적용되어야 한다. 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분 중 구 조세특례제한법상의 세액 감면에 관한 부분(2015년도 귀속 양도소득세 00,000,000원 중 00,000,000원을 초과하는 부분)은 위법하다.

2) 구 소득세법상 장기보유 특별공제액 공제 주장에 대한 판단

가) 관련 법리

구 소득세법 제95조 제1항, 제2항에 의하면, 일정한 자산을 3년 이상 보유한 후양도한 경우 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하여 양도소득금액을 산정하도록 하면서, 같은 법 제104조의3에 따른 '비사업용 토지'는 장기보유 특별공제의 대상에서 제외하고 있다. 같은 법 제104조의3 제1항은 '비사업용 토지'로 '임야'(제2호) 등을 규정하면서, 다만, 임야의 경우 '관계 법령에 따라 지정된 산림유전자원보호림 등 공익용 임야'(제2호 가목)나 '임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야'(제2호 나목) 등을예외적으로 비사업용 토지에 해당되지 않는 것으로 규정하고 있다.

나아가 구 소득세법 제104조의3 제2항은 '제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우'에는 일정한 요건에 따라 그 토지를 다시 '비사업용 토지'로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호는 '토지보상법 등에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지' 등을 규정하고 있다.

이러한 관련 법령의 규정을 체계적으로 해석해 보면, 임야는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하여 장기보유 특별공제의 대상에서 제외되나, 법률에 따른 부득이한사유가 있어 그로 인하여 위와 같은 비사업용 토지에 해당하는 경우, 즉 '토지보상법

등에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지'에 대하여는 다시 이를 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아서 장기보유 특별공제를 인정하여 소득금액을 산출하여야 한다.

나) 판단

위 법리에 비추어 이 사건 토지의 양도에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들에 변론전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 토지는 '임야'에 해당하고 구 소득세법 제104조의3 제1항 가목 내지 다목에서 규정한 예외사유에도 해당되지 않아 원칙적으로 '비사업용 토지'라 할 것인 점, ② 원고가 이 사건 토지를 소외 회사에게 양도한 것이 앞서 본 것처럼 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 양도한 경우에는 해당한다 하더라도, 실제 소외 회사와 이 사건 토지에 관하여 사법상 매매계약을 체결하였을 뿐 토지보상법 제3, 4장에서 규정한 바에 따라 '협의에 의한 취득 또는 수용' 절차를 거치지는 않은 점, ③ 토지보상법에 따른 공공용지의 협의취득을 원인으로 한 소유권이전등기를 함에 있어서는 그 등기원인을 '공공용지의 협의취득'으로 기재하나, 이 사건 토지의 양도에 있어서는 그 등기원인이 '매매'로기재되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 토지의 양도가 원고가 주장하는 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호에서 규정하고 있는 사유, 즉 '협의매수 또는 수용된 경우'에 해당한다고 할 수 없으므로, '비사업용 토지'로 보지 않는 예외적인 경우 라고 인정할 수 없다.

따라서 이 사건 토지의 양도에 관하여 장기보유 특별공제액을 공제하지 않은 이 사건 처분은 적법하므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하여야 한다. 그런데 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 일부를 취소하고 이 사건처분 중 일부를 취소하며, 원고의 나머지 항소는 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.