서울행정법원 2014. 06. 11. 선고 2013구단25293 판결

가. 원고는 1985. 5. 22.경 경기 OO군 OO면 OO리 OOO 임야 OOO㎡, 같은 리OOO 전 OO㎡, 같은 리 OOO 답 OOO㎡(이하 통틀어 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하였다가 2012. 2. 10. 국가(관리청 환경부)에 양도하였다. 나. 이 사건 토지는 1999. 9. 30. '한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률'(이하 '한강수계법'이라 한다)이 정한 '수변구역'으로 지정되었고, 양평군수는 이 사건 토지 일대에 관한 '오염총량관리계획'을 수립하여 2009. 11. 2. 환경부장관의 승인을받았다.다. 원고는 2012. 3. 21. 피고에게 아래 표의 신고내역처럼 산출한 양도소득세 OOO을 신고하고 그 무렵 납부하였다. 그런데 피고는 신고내역 중 ①장기보유 특별공제 OOO원과 ② 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호 규정에 의한 세액 감면 OOO원을 배제하여 산출한 총 결정세액 OOO원 중 기납부액을 공제하고, 가산세를 합산한 OOO원을 2012. 12. 5. 원고에게 경정, 고지(이하 '이사건 처분'이라 한다)하였다. 가. 원고는 1985. 5. 22.경 경기 OO군 OO면 OO리 OOO 임야 OOO㎡, 같은 리OOO 전 OO㎡, 같은 리 OOO 답 OOO㎡(이하 통틀어 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하였다가 2012. 2. 10. 국가(관리청 환경부)에 양도하였다. 나. 이 사건 토지는 1999. 9. 30. '한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률'(이하 '한강수계법'이라 한다)이 정한 '수변구역'으로 지정되었고, 양평군수는 이 사건 토지 일대에 관한 '오염총량관리계획'을 수립하여 2009. 11. 2. 환경부장관의 승인을 받았다.다. 원고는 2012. 3. 21. 피고에게 아래 표의 신고내역처럼 산출한 양도소득세 OOO원을 신고하고 그 무렵 납부하였다. 그런데 피고는 신고내역 중 ①장기보유 특별공제 OOO원과 ② 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호 규정에 의한 세액 감면OOO원을 배제하여 산출한 총 결정세액 OOO원 중 기납부액을공제하고, 가산세를 합산한 OOO원을 2012. 12. 5. 원고에게 경정, 고지(이하 '이사건 처분'이라 한다)하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 4, 5, 8호증, 을 1호증의 각 기재, 이 법원의 양평군에 대한 사실조회결과

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 장기보유 특별공제 주장

원고는 1985년 이 사건 토지에 관하여 건축허가 등에 아무런 제한이 없어 주말농 장용으로 취득하였다. 그런데 이 사건 토지는 1999년 팔당호 등 한강수계상수원의 수질관리 특별대책의 일환으로 수변구역으로 지정・ｵ고시되고, 2009. 11.경 양평군의 오염총량관리계획이 승인된 후 토지의 형질변경마저 금지되었다. 따라서 이 사건 토지는 소득세법 시행령 제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) 제1항 제1호의 '토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'에 해당하고, 또한 같은 조 제3항 제3호 "공익 사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 '공익사업법'이라 한다) 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지"에 해당한다. 그러므로 이 사건 토지를 '비사업용 토지'에 해당한다고 보아 장기보유 특별공제를 배제한 피고의 처분은 위법하다.

2) 세액 감면 주장

앞서 본 대로 양평군수는 2009. 11.경 이 사건 토지 일대에 관하여 오염총량관리 계획을 수립하여 환경부장관의 승인을 받았다. 이는 한강수계법 제13조 제2항에 의해 같은 조의 '수질개선사업계획'으로 간주되며, 같은 법 제14조 2항에 의해 위 수질개선 사업계획에 대한 환경부장관의 승인이 있으면 공익사업법 규정에 따른 사업인정 및 고시가 있는 것으로 간주된다.

따라서 원고가 이 사건 토지를 환경부에 양도한 것은 조세특례제한법 제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) 제1항 제1호의 '공익사업법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도'한 경우에 해당한다. 그럼에도 같은 조에 규정한 세액 감면을 배제한 피고의 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 장기보유 특별공제 주장에 대한 판단

소득세법 제95조 제1항, 제2항에 의하면, 일정한 자산을 3년 이상 보유한 후 양도한 경우 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하여 양도소득금액을 산정하도록 하면서, 같은 법 제104조의3에 따른 '비사업용 토지'는 장기보유 특별공제의 대상에서 제외하고 있다. 같은 법 제104조의3 제1항은 비사업용 토지로서 '논, 밭 및 과수원으로서 소유자가 그 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지'(제1호 가목)와 '임야'(제2호) 등을 규정하고, 다만, 임야의 경우 '관계 법령에 따라 지정된 산림유전자원보호림 등 공익용 임야'(제2호 가목)나 '임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야'(제2호 나목) 등을 예외적으로 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제104조의3 제2항은 "제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우"에는 일정한 요건에 따라 그 토지를 다시 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있고, 이러한 위임을 받아 같은 법 시행령 제168조의14는 부득이한 사유로 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준으로 '토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간'(같은 조 제1항 제1호), '공익사업법 등에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지'(같은 조 제3항 제3호) 등을 규정하고 있다.

이러한 관련 법령의 규정을 체계적으로 해석해 보면, '소유자가 그 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 않는 농지'와 '임야'는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하여 장기보유 특별공제의 대상에서 제외되고, 다만, 법률에 따른 사용 금지 등 부득이한 사유가 있어 그로 인하여 위와 같은 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 다시 이를 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 볼 수 있다.

이 사건을 돌이켜 살피건대, 앞서 든 증거와 을 3호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합해 보면, 원고는 이 사건 토지를 주말농장용으로 구입하였으나, 그 지목이 각각'전', '답', '임야'인 이 사건 토지의 소재지에 거주하지 아니한 사실이 인정되고, 한편, 이 사건 토지의 실제 현황이 지목으로 표시된 '전', '답', '임야'와 달리 이용되고 있었다고 볼 만한 아무런 자료가 없다. 그렇다면 이 사건 토지는 앞서 본 소득세법 제104조의3 제1항이 정한 '소유자가 그 소재지에 거주하지 아니하는 농지'와 '임야'에 해당하여 원칙적으로 '비사업용 토지'라 할 것인데, 나아가 같은 조 제2항이 정한 '부득이한 사유로 인하여 위 비사용 토지에 해당하는 경우'에 포섭될 수 있는지 여부를 보건대, 원고가 1985년 이 사건 토지를 취득한 후 수변구역으로 지정된 1999년경이나 앞서 본 오염총량관리계획이 승인된 2009년까지도 이 사건 토지 소재지에 거주한 사실이 전혀 없는 점에 비추어 보면, 원고가 주장하는 소득세법 시행령 제168조의14 소정의 사유 즉, '토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 경우'나 '공익사업법 등에 따라 협의매수 또는 수용된 경우'라는 사유로 인하여 소득세법 제1항 소정의 비사업용 토지에 해당되었다고 볼 수없다(부연하면 원고가 원래 이 사건 토지를 취득할 때부터 그 소재지에 거주하면서 자기가 경작하고 있었는데, 국가가 이를 수변구역으로 지정하고 오염총량관리계획을 시행하는 바람에 부득이하게 이 사건 토지를 떠나 경작하지 못하게 되었다면 예외적으로 비사업용 토지가 아니라고 볼 수 있으나, 원고는 그러한 사례로 인정되지 않는다는 뜻이다).

2) 조세특례제한법상 세액 감면 주장에 대한 판단

조세특례제한법 제77조 제1항 제1호는 '공익사업법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득'에 대하여 일정한 요건에 따라 세액을 감면하도록 규정하고 있는바, 이 규정의 취지는 공익사업이 원활하게 수행될 수 있도록 지원함과 아울러 토지 소유자의 입장에서는 협의매수에 응하지 않더라도 결국에는 자신의 토지가 공익사업용으로 수용되는 불이익을 감수할 수밖에 없다는 점을 감안하여 양도소득세 부담을 완화해 준다는 차원에서, 공익 증진과 과세공평의 조화를 꾀하려는 것으로 해석된다(서울고등법원 2011. 4. 14. 선고 2010누34592 판결 참조).

한편, 한강수계법 제7조는 "국가는 한강수계 중 수변구역 등 상수원의 수질을 보전하기 위해 필요한 지역의 토지에 대하여 소유자가 국가에 토지 등을 매도하려는 경우 이를 매수할 수 있다."라고 규정하고, 같은 법 제14조는 "수질개선사업의 시행자는 필요한 토지 등을 수용하거나 사용할 수 있다"(제1항), "수질개선사업계획에 대한 환경부 장관의 승인이 있으면 공익사업법에 따른 사업인정 및 그 고시가 있는 것으로 본다" (제2항), "제1항에 따른 토지 등의 수용에 관한 재결의 관할 토지수용위원회는 중앙토지수용위원회로 한다"(제4항), "제1항에 따른 수용이나 사용에 관하여 이 법에 특별한규정이 없으면 공익사업법을 준용한다"(제5항)라고 규정하고 있다. 위 관련 법령의 규정에 비추어 이 사건을 살피건대, 원고는 한강수계법 제7조의 규정에 따라 국가와 사이에 사법상 매매의 방식으로 이 사건 토지를 양도한 것이고, 따라서 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호가 예정하고 있는 강제적인 수용 등의 경우에 해당한다고 볼 수 없다.

원고가 주장하는 한강수계법 제14조는 그 법률 조항을 체계적으로 해석해 보면, 수질개선사업의 시행자가 그 사업 시행에 필요한 토지를 강제적으로 수용 또는 사용하려 할 경우 그 사업계획에 대한 환경부장관의 승인이 있으면 공익사업법에 따른 사업인정 및 고시가 있는 것으로 간주하고, 그 관할 토지수용위원회를 명확히 지정하며, 강제성을 띠는 수용이나 사용에 관하여 포괄적 준용규정을 마련함으로써, 그 사업절차를 간소화하는 한편 근거 규정을 명확히 하려는 취지로 해석된다. 따라서 위와 같이 수질개 선사업 시행을 위해 예외적으로 강제성을 띠는 수용절차 등을 진행할 때 적용되는 같은 법 제14조 제2항의 규정은 이 사건과 같이 원고와 국가 사이에 사법상 매매계약이 체결된 때에는 적용되지 아니한다고 볼 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

결국 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 주문과 같이 판결한다.

참조조문

-소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호

-조세특례제한법

-조세특례제한법 제77조 제1항 제1호

-한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률

-한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률 제7조