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수원지방법원 2018. 01. 17. 선고 2015구합71069 판결
지은거래 중 일부 정상거래 인정되어 전부를 자료상으로 볼 수 없음[일부패소]
전심사건번호

조심-2013-중부청-3968 (2015.09.23)

제목

지은거래 중 일부 정상거래 인정되어 전부를 자료상으로 볼 수 없음

요지

일부 지은 거래규모로 보아 가공거래 인정되나 형사사건의 무죄인정과 사업규모 및 형태로 보아 가공거래로 단정할 수 없으며 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액으로 정당세액을 산출하여야 하나 그렇지 않은 경우 과세처분 전부를 취소할 수 밖에 없다

관련법령
사건

2015구합71069 부가가치세등부과처분취소

원고

주식회사 AAA

피고

zz세무서장

변론종결

2017. 12. 13.

판결선고

2018. 1. 17.

주문

1. 피고가 원고에 대하여 한

가. 2013. 6. 1.자

1) 2011년 제1기분 부가가치세 본세(649,896,772원), 납부불성실 가산세(136,798,772원), 과소신고 가산세(259,958,708원) 및 세금계산서 미발급ㆍ가공ㆍ위장ㆍ자료상 가산세(447,240,834원) 합계 1,493,895,080원1) 부과처분,

2) 2011년 제2기분 부가가치세 본세(572,287,455원), 납부불성실 가산세(95,142,586원), 과소신고 가산세(228,905,542원) 및 세금계산서 미발급ㆍ가공ㆍ위장ㆍ자료상 가산세(1,595,182,963원2)) 합계 2,491,518,540원 부과처분,

3) 2012년 제1기분 부가가치세 본세(134,614,274원), 납부불성실 가산세(15,226,468원), 과소신고 가산세(53,845,709원) 및 세금계산서 미발급ㆍ가공ㆍ위장ㆍ자료상 가산세(1,772,886,047원) 합계 1,976,572,490원 부과처분,

나. 2013. 11. 1.자 2012년 제2기분 부가가치세 세금계산서 지연발급ㆍ수취ㆍ부실기재가산세(2,208,631,890원3)) 부과처분,

다. 2014. 7. 15.자 2013년 제1기분 부가가치세 세금계산서 미발급ㆍ가공ㆍ위장ㆍ자료상 가산세(755,014,300원) 부과처분,

라. 2013. 6. 3.자 2011년 사업연도 법인세 본세(86,028,477원), 납부불성실 가산세

(9,013,732원), 과소신고 가산세(28,145,923원) 및 지출증명서류 허위수취 가산세(260,270,150원) 합계 383,458,280원 부과처분,

마. 2013. 5. 1.자 소득자를 원고의 대표자 조AA 한 2011년 귀속 551,307,383원의 소득금액변동통지를 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항 및 피고가 원고에 대하여 한 2013. 6. 1.자 2010년 제2기분 부가가치세 본세(10,710,000원), 납부불성실 가산세(2,666,790원) 및 세금계산서 미발급ㆍ가공ㆍ위장ㆍ자료상 가산세(6,462,000원) 합계 19,838,790원 부과처분을 취소한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

원고는 조AA을 대표자로 하여 2010. 8. 9. 설립된 지은(granule) 도매업 등을 영위하는 법인 사업자로, 2010년 제2기분부터 2013년 제1기분까지 부가가치세 및 2011사업연도 법인세를 법정신고기한 내에 신고하여 이를 납부하거나 환급받았다.

나. 이 사건 과세처분

1) 부가가치세 과세처분

가) 2010년 제2기분(이하 '2010년 제2기 부가가치세 부과처분'이라 한다)피고는 별지 세금계산서내역표 2010년 제2기분 기재와 같이 원고가 발급한 매출세금계산서 합계액 108,000,000원, 발급받은 매입세금계산서 합계액 215,100,000원이 원고가 지은 등을 공급하거나 공급받지 아니하고 가공 매출ㆍ매입세금계산서를 발급하거나 발급받은 경우로서 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항 제2, 3호에 해당한다고 보아, 2013. 6. 1. 원고에 대하여 ①위 가공 매출ㆍ매입 부인에 따라 경정된 부가가치세 본세 10,710,000원, ② 이에 대한 국세기본법상 납부불성실 가산세 2,666,790원, ③ 위 가공 매출ㆍ매입세금계산서에 대한 부가가치세법상 세금계산서 가공 가산세 6,462,000원을 경정하여 합계 19,838,790원을 고지하였다.

나) 2011년 제1기분(이하 '2011년 제1기 부가가치세 부과처분'이라 한다)

피고는 별지 세금계산서내역표 2011년 제1기분 기재와 같이 원고가 발급한 매출세금계산서 합계액 7,931,590,000원, 발급받은 매입세금계산서 합계액 8,567,859,430원이 원고가 지은 등을 공급하거나 공급받지 아니하고 가공 매출ㆍ매입세금계산서를 발급하거나 발급받은 경우로서 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항 제2, 3호에 해당하고, 별지 매출ㆍ매입누락내역표 2011년 제1기분 기재 매출액 중 5,862,592,727원을 누락하였다고 보아, 2013.6. 1. 원고에 대하여 ① 위 가공 매출ㆍ매입 부인 및 위 매출 누락분 산입에 따라 경정된 부가가치세 본세 649,896,772원, ② 이에 대한 국세기본법상 납부불성실 가산세136,798,772원 및 부당과소ㆍ초과환급신고 가산세 259,958,708원, ③ 위 가공 매출ㆍ매입세금계산서 및 위 매출 누락분에 대한 부가가치세법상 세금계산서 미발급ㆍ가공 가산세 447,240,834원을 경정하여 합계 1,493,895,080원을 고지하였다.

다) 2011년 제2기분(이하 '2011년 제2기 부가가치세 부과처분'이라 한다)

피고는 별지 세금계산서내역표 2011년 제2기분 기재와 같이 원고가 발급한 매출세금계산서 합계액 37,018,254,620원, 발급받은 매입세금계산서 합계액36,271,836,045원이 원고가 지은 등을 공급하거나 공급받지 아니하고 가공 매출ㆍ매입세금계산서를 발급하거나 발급받은 경우로서 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항 제2, 3호에 해당하고, 별지 매출ㆍ매입누락내역표 2011년 제2기분 기재 매출액 중 6,469,057,179원을 누락하였다고 보아, 2013.6. 1. 원고에 대하여 ① 위 가공 매출ㆍ매입 부인 및 위 매출 누락분 산입에 따라 경정된 부가가치세 본세 572,287,455원, ② 위 부가가치세에 대한 국세기본법상 납부불성실 가산세 95,142,586원 및 부당과소ㆍ초과환급신고 가산세 228,905,542원, ③ 위 가공매출ㆍ매입세금계산서 및 위 매출 누락분에 대한 부가가치세법상 세금계산서 미발급ㆍ가공 가산세 1,595,182,963원을 경정하여 합계 2,491,518,540원을 고지하였다.

라) 2012년 제1기분(이하 '2012년 제1기 부가가치세 부과처분'이라 한다)

피고는 별지 세금계산서내역표 2012년 제1기분 기재와 같이 원고가 발급한 매출세금계산서 합계액 43,601,691,458원, 발급받은 매입세금계산서 합계액43,666,808,400원이 원고가 지은 등을 공급하거나 공급받지 아니하고 가공 매출ㆍ매입세금계산서를 발급하거나 발급받은 경우로서 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항 제2, 3호에 해당하고, 별지 매출ㆍ매입누락내역표 2012년 제1기분 기재 매출액 중 1,426,373,732원을 누락하였다고 보아, 2013.6. 1. 원고에 대하여 ① 위 가공 매출ㆍ매입 부인 및 위 매출 누락분 산입에 따라 경정된 부가가치세 본세 134,614,274원, ② 위 부가가치세에 대한 국세기본법상 납부불성실 가산세 15,226,468원 및 부당과소ㆍ초과환급신고 가산세 53,845,709원, ③ 위 가공매출ㆍ매입세금계산서 및 위 매출 누락분에 대한 부가가치세법상 세금계산서 미발급ㆍ가공 가산세 1,772,886,047원을 경정하여 합계 1,976,572,490원을 고지하였다.

마) 2012년 제2기분(이하 '2012년 제2기 부가가치세 부과처분'이라 한다)

피고는 별지 세금계산서내역표 2012년 제2기분 기재와 같이 원고가 발급한 매출세금계산서 합계액 55,857,294,666원, 발급받은 매입세금계산서 합계액54,574,300,000원이 원고가 지은 등을 공급하거나 공급받지 아니하고 가공 매출ㆍ매입세금계산서를 발급하거나 발급받은 경우로서 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항 제2, 3호에 해당한다고 보아, 2013. 11. 1.원고에 대하여 위 가공 매출ㆍ매입세금계산서에 대한 부가가치세법상 세금계산서 가공가산세 2,208,631,890원을 경정ㆍ고지하였다.

바) 2013년 제1기분(이하 '2013년 제1기 부가가치세 부과처분'이라 한다)

피고는 별지 세금계산서내역표 2013년 제1기분 기재와 같이 원고가 발급한 매출세금계산서 합계액 19,038,116,174원, 발급받은 매입세금계산서 합계액18,712,600,000원이 원고가 지은 등을 공급하거나 공급받지 아니하고 가공 매출ㆍ매입세금계산서를 발급하거나 발급받은 경우로서 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 편의상 위 각 구 부가가치세법을 통틀어 '구 부가가치세법'이라고만 한다) 제22조 제3항 제2, 3호에 해당한다고 보아, 2014. 7. 15. 원고에 대하여 위 가공 매출ㆍ매입세금계산서에 대한 부가가치세법상 세금계산서 가공가산세 755,014,300원을 경정ㆍ고지하였다.

2) 법인세 등 과세처분

피고는 2011 사업연도에 관하여 위 1)의 나), 다) 기재와 같이 원고가 지은 등을

공급하거나 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 발급받고, 별지 매출ㆍ매입누락표 2011년분 기재와 같이 원고가 지은 등 매출ㆍ매입을 누락하였다고 보아 2013. 6. 3. 원고에 대하여 ① 위 가공 매출ㆍ매입 및 위 매출ㆍ매입 누락분에 대한 익금ㆍ손금 조정에 따라 경정된 법인세 본세 86,028,477원, ② 이에 대한 국세기본법상 납부불성실가산세 9,013,732원 및 부당과소신고 가산세 28,145,923원, ③ 위 매입 누락분에 대한법인세법상 지출증명서류 가산세 260,270,150원 합계 383,458,280원을 경정ㆍ고지하고

(이하 '2011 사업연도 법인세 부과처분'이라 한다), 2013. 5. 1. 원고에 대하여 위 매출누락분 중 551,307,383원을 원고의 대표자 조AA에 대한 상여로 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다(이하 '2011 사업연도 귀속 소득금액변동통지'라 한다).

다. 불복절차 경유

원고는 이 사건 과세처분에 관하여 다음과 같이 불복절차를 경유하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 6 내지 10호증, 갑 제2호증의 1 내지 3, 을제1호증의 1 내지 5, 을 제2, 3호증, 을 제24호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

가) 별지 세금계산서내역표 기재 매출ㆍ매입 거래내역(이하 그 거래내역이 기재된 세금계산서를 '이 사건 세금계산서'라 한다)은 원고가 실제로 지은 등을 공급하거나공급받고 세금계산서를 발급하거나 발급받은 경우로서 실제거래에 해당한다.

나) 별지 매출ㆍ매입누락내역표 기재 매출ㆍ매입 거래내역(이하 그 거래내역을 '이 사건 매출ㆍ매입'이라 한다)은 원고의 매출ㆍ매입에 해당하지 아니한다.

2) 피고의 주장

가) 주위적으로, 이 사건 세금계산서 거래내역은 가공거래에 해당하고, 예비적으로, 설령 실물거래가 있었다고 하더라도 이는 명의위장거래에 해당한다.

나) 이 사건 매출ㆍ매입은 원고의 실무를 담당한 김AA가 작성한 자금일보 등에 근거한 것으로 원고의 매출ㆍ매입에 해당한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제10, 11, 12, 39, 88, 91, 92호증,갑 제13호증의 1, 2, 을 제4, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 이를 인정할 수 있다.

1) 원고는 2010. 8. 9. 설립된 법인사업자로 대표자 사내이사인 조AA이 그 지분 100%를 소유하고 있고, 조AA 명의 부동산을 담보로 25억 원 상당을 대출받아 자본금 등 운영자금을 조달한 바 있다.

2) 원고 사업장 소재지는 설립 당시에는 oo시 oo구 oo동 ooo 샤르망오피스텔 oo호였다가 2011. 4.경 oo시 oo구 oo동 ooo-1 oo파크 ooo호로이전하였다. 또한 원고는 2012. 4. 14. 주식회사 BBB으로부터 oo시 oo읍 oo리 oo-39 소재 제조공장을 임차한다는 내용의 임대차계약을 체결하고 위 제조공장 소재지에 관하여 2012. 4. 20. 지점 등기를 마쳤다. 한편 원고는 2011. 8. 9. 264,000원 상당의 계량저울을, 2011. 12. 15. 29,700,000원 상당의 성분분석기를 각 취득하였다.

3) 원고의 직원으로는 대표자 사내이사인 조AA, 등기되지 아니한 '이사' 직함으로 원고 실무를 총괄하는 김AA, 김AA의 동생인 김BB, 양AA, 이AA 등이 있는바, 조AA은 지은 관련 사업 이력이 없는 반면, 김AA는 2008. 12. 10.부터 2010.11. 30.까지 지은 도매업을 영위하는 한국CC 주식회사의 대표이사로서 이를 운영하였고, 김BB는 2009. 12. 18.부터 2011. 3. 31.까지 역시 지은 도매업을 영위하는 주식회사 한국DD의 대표이사였으며, 양AA은 주식회사 EEE의 대표이사였고, 이AA은 한국CC 주식회사의 직원이었다.

라. 판단

1) 이 사건 세금계산서 거래내역이 가공 또는 명의위장에 해당하는지 여부[위 가.1) 가) 주장 및 위 가. 2) 가) 주장에 관한 판단]

가) 관련법리

과세요건사실에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것(주위적 처분사유)이라거나 명의위장(예비적 처분사유)의 것이라는 점에 대한 입증책임은 피고에게 있다 할 것이고, 다만 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 납세의무자는 반대사실 등을 입증할 필요가 있다(대법원 1987. 3. 24. 선고 85누515 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2009두5022 판결 등 참조).

나) 2010년 제2기부터 2011년 제2기까지 과세기간 부분에 관한 판단

(1) 위 과세기간 중 이 사건 세금계산서 상 매출처 및 매입처는 아래 표 '매출처'란 및 '매입처'란 기재와 같은바(앞의 1. 처분의 경위 및 별지 세금계산서내역표), 과세관청은 아래 표 '근거'란 기재와 같이 위 각 매출처 및 매입처별로 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 근거를 제시하였다(을 제4, 5, 9, 14 내지 17, 23, 27 내지 30호증, 을 제21호증의 1, 2).

(2) 위 (1) 기재와 같이 과세관청이 제시한 수불부의 오류나 수불부 등 기초장부의 부존재, 전자세금계산서 발행 IP의 동일성, 거래명세표 상 '인수자'와 거래명의자의 불일치, 원고 매입처의 가공매입 등과 아울러, 위 다. 기재 인정사실 및 변론 전체

의 취지에 의하여 알 수 있는 사정, 즉 ㉠ 이 사건 세금계산서에 의하면 원고는 위 과세기간 동안 수백억 원에 달하는 지은 매출ㆍ매입거래를 하였다는 것이나, 원고는 위 과세기간 말까지 지은 거래에 있어 핵심적인 거래조건에 해당하는 중량과 순도를 측정할 도구조차 제대로 갖추지 아니하고 있었던 데다, 원고의 대표자인 조AA은 지은 관련 사업 이력도 없었는바, 원고가 그 설립 직후인 위 과세기간 동안 위와 같이 거액규모의 지은 매출ㆍ매입거래를 수행할 능력이 있었는지 의심스러운 점, ㉡ 위 각 매출처 및 매입처별 거래내역(을 제23호증, 을 제24호증의 2)을 살펴보면, 거래이행보증도 없이 매출거래에 따른 대금 지급이 매입거래에 따른 대금 지급에 앞서 단시간 내에 발생하거나 계근 및 대금 지급에 앞서 세금계산서가 발급되기도 하는 등 이례적인 거래의 흐름이 다수 확인되는 점, ㉢ 주식회사 EEE의 대표이사는 원고의 직원인 양AA이었고, 원고의 대표자 조AA 스스로의 진술(을 제5호증)에 의하더라도 주식회사 EEE는 이른바 페이퍼 컴퍼니라는 것으로, 주식회사 EEE가 주식회사 FFF에, 주식회사 FFF이 원고에게, 원고가 다시 주식회사 EEE에 매출하는 형태의 비정상적인 자전거래 외관을 취하기도 한 점, ㉣ 원고가 위 과세기간에 관하여 위 각 매출처 및 매입처별 거래내역을 뒷받침하는 객관적ㆍ실질적 자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 보면, 2010년 제2기부터 2011년 제2기까지 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것임을 인정할 수 있다.

(3) 결국 이 부분에 관한 피고의 주위적 처분사유를 인정할 수 있다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다) 2012년 제1기 과세기간 부분에 관한 판단

(1) 위 과세기간 중 이 사건 세금계산서 상 매출처 및 매입처는 아래 표 '매출처'란 및 '매입처'란 기재와 같은바(앞의 1. 처분의 경위 및 별지 세금계산서내역표), 과세관청은 아래 표 '근거'란 기재와 같이 위 각 매출처 및 매입처별로 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 근거를 제시하였다(을 제4, 5호증).

(2) 위 (1) 기재와 같이 과세관청이 제시한 전자세금계산서 발행 IP의 동일성, 원고 매입처의 가공매입 등과 아울러, 위 다. 기재 인정사실, 을 제12호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 사정, 즉 위 각 매출처 및 매입처별 거래내역을 살펴보면, 매출거래에 따른 대금 지급이 매입거래에 따른 대금 지급에 앞서 단시간 내에 발생하거나 계근 및 대금 지급에 앞서 세금계산서가 발급되기도 하는 등 이례적인 거래의 흐름이 다수 확인되는 점, 원고의 대표자 조AA 스스로의 진술에 의하더라도 주식회사 EEE는 이른바 페이퍼 컴퍼니라는 것인 점, 위 각 매출처 중 RRR, 주식회사 GGG, 위 각 매입처 중 주식회사 HHH, JJJ 주식회사, 주식회사 KKK, 주식회사 QQQ, 주식회사 EEE의 경우 위 나)에서 본 바와 같이 2011년 과세기간에 관하여 그 거래내역이 가공임을 인정할 수 있는 점,위 과세기간 중 원고 지점 소재지로 등기된 제조공장의 임대인인 주식회사 BBB이 2012. 6. 30. 직권폐업된 점 등에 비추어 보면, 2012년 제1기 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서 역시 사실과 다른 허위의 것이거나 명의위장의 것에 해당하는 것은 아닌지 의심이 든다.

(3) 그러나 갑 제83, 84, 126 내지 129호증의 각 기재 내지 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래 사정에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거에 의한 위 (2)의 사정만으로는 2012년 제1기 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서 전부가 사실과 다른 허위의 것이라거나 명의위장의 것임이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 입증이 되었다고 보기 어렵다.

㉠ 원고는 2012. 2. 29. WWW 주식회사와 지은 공급거래 계약을 체결하면서 구체적인 거래조건을 약정하였는바, 원고의 WWW 주식회사에 대한 매출거래는 일응 위 약정 거래조건에 따라 이루어진 것으로 보인다.

㉡ 원고는 위 과세기간 중 WWW 주식회사에 대한 일부 매출거래, JJJ 주식회사, 주식회사 KKK, 주식회사 QQQ에 대한 일부 매입거래 현장이 촬영된 CCTV 영상을 제시하였다.

㉢ 원고는 위 과세기간 중 지은의 중량과 순도를 측정할 수 있는 도구를 사무실에 갖추고 있었다.

㉣ 과세관청이 위 과세기간 중 RRR에 대한 매출거래, 주식회사 TTT에 대한 매입거래가 가공거래에 해당한다고 판단한 근거를 찾아볼 수 없다.

또한 과세관청이 주식회사 GGG에 대한 매출거래, 주식회사 HHH에 대한 매입거래가 가공거래에 해당한다고 판단한 근거는 2011년 과세기간에 관한 것으로, 2012년 제1기 과세기간과는 직접적인 관련이 없다.

㉤ 원고에 대하여 허위 매출세금계산서를 발급하였다는 공소사실 등으로 기소된 주식회사 TTT의 운영자에 대한 형사사건에서 위 공소사실에 관하여는 위 매출세금계산서가 허위임을 단정할 수 없다는 이유로 무죄가 인정되었다.

㉥ 원고에게는 매출거래에 해당하는 위 각 매출처의 매입거래에 대하여 과세관청이 그것이 가공임을 전제로 과세처분을 하거나 그러한 과세처분이 확정된 바 없다. 또한 위 각 매입처에 대한 과세처분 일부에 대하여 당해 매입처가 이의한 바 없다

거나 이의가 받아들여지지 아니하여 확정되었다는 사정은 그 과세처분의 구체적인 내역을 확인할 수 없는 이상 원고의 매입거래 가공 여부를 가늠할 수 있는 정황에 해당한다고 보기 어렵다.

(4) 결국 이 부분에 관한 피고의 주위적ㆍ예비적 처분사유를 인정할 수 없다.

원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

라) 2012년 제2기부터 2013년 제1기까지 과세기간 부분에 관한 판단

(1) 위 과세기간 중 이 사건 세금계산서 상 매출처 및 매입처는 아래 표 '매출

처'란 및 '매입처'란 기재와 같은바(앞의 1. 처분의 경위 및 별지 세금계산서내역표), 과세관청은 아래 표 '근거'란 기재와 같이 위 각 매출처 및 매입처별로 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 근거를 제시하였다(을 제6, 7, 25호증).

(2) 위 (1) 기재와 같이 과세관청이 제시한 사정과 아울러, 위 다. 기재 인정사실, 을 제22호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 사정, 즉 위 각 매출처 및 매입처별 거래내역을 살펴보면, 매출거래에 따른 대금 지급이 매입거래에 따른 대금 지급에 앞서 단시간 내에 발생하거나 계근 및 대금 지급에 앞서 세금계산서가발급되기도 하는 등 이례적인 거래의 흐름이 다수 확인되는 점, 주식회사 YYY가 부가가치세 부과처분에 대한 취소를 구한 의정부지방법원 2015구합1415 사건에서 위 과세기간 동안 주식회사 YYY의 원고에 대한 매출거래가 허위라는 취지의 판결이 선고되어 확정된 점 등에 비추어 보면, 2012년 제2기부터 2013년 제1기까지 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서 역시 사실과 다른 허위의 것이거나 명의위장의 것에 해당하는 것은 아닌지 의심이 든다.

(3) 그러나 갑 제14, 21, 25, 27, 28, 30, 31, 38, 39, 81 내지 84, 99 내지 107,109 내지 123, 130 내지 137호증, 갑 제19호증의 3, 갑 제22호증의 1 내지 3, 갑 제24호증의 1, 2, 갑 제26호증의 1, 2, 갑 제32호증의 1, 2, 갑 제33호증의 1, 2, 갑 제34호증의 1, 2, 갑 제35호증의 1, 2, 갑 제97호증의 1, 2의 각 기재 내지 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래 사정에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거에 의한 위 (2)의 사정만으로는 2012년 제2기부터 2013년 제1기까지 과세기간에 관한 이 사건세금계산서 전부가 사실과 다른 허위의 것이라거나 명의위장의 것임이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 입증이 되었다고 보기 어렵다.

㉠ 원고는 2012. 2. 29. WWW 주식회사와 지은 공급거래 계약을 체결하면서 구체적인 거래조건을 약정하였는바, 원고의 WWW 주식회사에 대한 매출거래는 일응 위 약정 거래조건에 따라 이루어진 것으로 보인다.

㉡ 원고는 위 과세기간 중 WWW 주식회사에 대한 일부 매출거래, 주식회사 YYY, 주식회사 KKK, 주식회사 TTT에 대한 일부 매입거래 현장이 촬영된 CCTV 영상과 아울러, 구체적인 계량증명내역, 입고내역, 계근내역, 운송내역 등을 뒷받침하는 자료도 제시하였다.

㉢ 원고는 매출거래에 있어 원고가 가공ㆍ제조하여 공급하였다고 주장하는 은판(silver plate) 제조를 위한 장치 제작을 2012. 6.경 발주하고, 위 장치 수리를 2012. 9.경 발주하는 등, 위 과세기간 중 실제로 은판 제조 장치를 가동하였던 것으로 보이는 정황이 있다. 또한 원고는 위 과세기간 중 지은의 중량과 순도를 측정할 수 있는 도구를 사무실에 갖추고 있었다.

㉣ 원고에 대하여 허위 매출세금계산서를 발급하였다는 공소사실 등으로 기소된 주식회사 YYY, 주식회사 TTT의 운영자들에 대한 형사사건에서 위 공소사실에 관하여는 위 매출세금계산서가 허위임을 단정할 수 없다는 이유로 무죄가 인정되었다. 한편 주식회사 YYY에 대한 위 의정부지방법원 2015구합1415 사건의 판결문에 주식회사 YYY의 원고에 대한 매출거래가 허위라는 취지의 이유기재가 있기는 하나, 정작 위 사건에서 주식회사 YYY에 대한 부가가치세 과세처분의 적법 여부를 가르게 되는 주된 쟁점은 주식회사 YYY의 매입거래의 가공여부에 따른 매입세액 불공제 여부였고, 원고에 대한 매출거래의 가공 여부는 매입거래의 가공 여부 판단을 위한 간접적인 정황에 불과하였으며, 더욱이 위 사건에서는 주식회사 YYY의 원고에 대한 매출거래가 실제거래로 인정될 경우 그 매출을 과세표준에서 차감할 수 없게 되어 주식회사 YYY에 불리한 과세처분이 이루어지게될 우려가 있었다.

㉤ 원고에게는 매출거래에 해당하는 www 주식회사의 매입거래에 대하여 과세관청이 그것이 가공임을 전제로 과세처분을 한 바 없다. 또한 위 각 매입처에 대한 과세처분 일부에 대하여 당해 매입처가 이의한 바 없다거나 이의가 받아 들여지지 아니하여 확정되었다는 사정은 그 과세처분의 구체적인 내역을 확인할 수 없는 이상 원고의 매입거래 가공 여부를 가늠할 수 있는 정황에 해당한다고 보기 어렵다.

(4) 결국 이 부분에 관한 피고의 주위적ㆍ예비적 처분사유를 인정할 수 없다.

원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

2) 이 사건 매출ㆍ매입이 원고의 매출ㆍ매입에 해당하는지 여부[위 가. 1) 나) 주장 및 위 가. 2) 나) 주장에 관한 판단]

가) 2011년 제1기부터 2011년 제2기까지 과세기간 부분

과세관청은 위 과세기간 중 이 사건 매출ㆍ매입 내역을 자금일보(갑 제55호증의 1 내지 5), 임가공 및 재고현황(갑 제56호증의 1 내지 7) 등을 기초로 하여 별지 매출ㆍ매입누락내역표 기재와 같이 매출ㆍ매입을 적출하였고, 피고는 이를 과세자료로 삼아 원고에 대하여 2011년 제1기 부가가치세 부과처분, 2011년 제2기 부가가치세 부과처분, 2011 사업연도 법인세 부과처분, 2011 사업연도 귀속 소득금액변동통지를 하였다.

그러나 위 다. 기재 인정사실에 갑 제55호증의 1 내지 5, 갑 제56호증의 1 내지 7, 갑 제59, 60, 61, 88, 91, 92호증, 을 제5, 11호증, 을 제34호증의 1 내지 3의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래 사정에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거만으로는 위 과세기간 중 이 사건 매출ㆍ매입을 모두 원고의 매출ㆍ매입으로 귀속시키기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 위 과세기간에 관한 원고의 이부분 주장은 이유 있다.

(1) 위 과세자료에 해당하는 자금일보(갑 제55호증의 1 내지 5), 임가공 및 재고현황(갑 제56호증의 1 내지 7)이 원고 사업장에서 발견되었던 것으로 보이기는 하나, 그 작성경위가 구체적으로 밝혀진 바 없고, 범칙자 심문조서(갑 제59 내지 61호증,을 제5, 11호증)에 기재된 조AA이나 김AA의 진술 내용만으로는 위 과세자료 작성주체가 원고라거나 그것이 원고에게 귀속되는 자료임을 인정하기 어렵다.

(2) 특히 위 과세자료 중 자금일보의 경우 월별 매입매출내역에 이어 일별자금일보, 일별 입금 및 출금 내역 순으로 내용이 이어지고 있는데, 위 일별 자금일보에는 원고 뿐만 아니라 'ZZZ'(일응 김AA가 대표하여 운영하였던 한국CC 주식회사를 지칭하는 것으로 보인다), '한국DD'(일응 김BB가 대표하였던 '주식회사 한국DD'를 지칭하는 것으로 보인다), 'XXX'(일응 '주식회사 XXX'를 지칭하는 것으로 보인다), 'EEE'(일응 '주식회사 EEE'를 지칭하는 것으로 보인다)의 것도 함께 기재되어 있음에도, 월별 매입매출내역이나 일별 입금 및 출금 내역에는 위 각 사업자별 내역이 구분되어 있지 아니하다. 그럼에도 과세관청은 위 각 사업자별 내역을 따로 구분하지 아니하고 일괄하여 이를 원고에 대한 과세자료로 삼은 것으로 보인다.

(3) 위 과세자료의 작성주체는 일응 김AA 또는 김AA 측인 것으로 보이는바, 위 과세자료에 함께 기재된 한국CC 주식회사, 주식회사 한국DD, 주식회사 EEE의 경우 모두 김AA가 실질적으로 운영하는 사업체들이었던 것으로 보이는 점, 김AA가 '이사'라는 직함으로 원고의 실무를 총괄하였던 점, 원고가 사업장소재지를 폐업한 주식회사 한국DD의 기존 소재지와 동일한 주소로 이전하기도 한점, 원고의 대표자 조AA이 주식회사 한국DD의 지분을 일부 보유한 점 등에 비추어 볼 때 원고가 한국CC 주식회사, 주식회사 한국DD, 주식회사 EEE 등 김AA 운영 사업자들과 밀접한 관계가 있다거나 김AA가 실제로 위 과세자료 내역과 같은 무자료 매출ㆍ매입 거래를 하였을 가능성을 배제할 수는 없다.

그러나 원고의 경우 조AA의 재산으로 그 운영자금이 조달되었고 달리 조AA이 아닌 김AA가 원고의 실제 운영자라고 볼 객관적인 자료가 없는 점, 조AA 스스로 그 대표자로서 김AA가 형사사건으로 구속된 이후에 원고를 운영하였던 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고 역시 김AA가 운영한 것으로 보이는 위 다른 사업자들과 마찬가지로 김AA가 실제 운영하는 사업자라거나 사실상 단일한 하나의 사업자에 해당한다고 보기는 어려우므로, 위 과세자료의 작성주체가 김AA라고 하더라도 거기에 기재된 무자료 매출ㆍ매입 전부를 원고에게 귀속시킬 수는 없다.

(4) 위 과세자료에 의하면, 이 사건 매출ㆍ매입의 주요 매출처와 매입처는 VVV이고, 심지어 같은 날 매입처와 매출처가 모두 VVV인 경우도 있다는 것이다. 그러나 원고와 같은 사업자에게 있어 실제 그 매출처와 매입처가 동일한 경우는 극히 드물다고 할 것이고, 피고가 위와 같이 매출처와 매입처가 동일한 거래가 어떠한 재화나 용역에 관한 것인지 그 내용을 따로 구체적으로 제시한 바도 없는 이상, 위와같이 주요 매출처와 매입처가 동일한 거래가 실제로 있었다고 보기 어렵다. 또한 위1)의 나)에서 본 바와 같이, 위 과세기간 동안 원고가 이 사건 매출ㆍ매입 내역에 상응하는 정도 규모의 매출ㆍ매입거래를 수행할 능력이 있었는지도 의문이다.

(5) 주식회사 FFF을 운영하는 임AA는 원고에 대한 매출 누락을 인정한다는 취지의 2013. 1. 24.자, 2013. 1. 28.자 각 확인서를 작성하여 과세관청에 제출하였고, 피고는 위 각 확인서를 증거로 제출한 바 있다(을 제34호증의 1 내지 3). 그러나 위 각 확인서에 첨부된 매출누락 내역, 임가공입출고 내역은 별지 매입ㆍ매출누락내역표에 기재된 원고의 주식회사 FFF에 대한 매입 내역과 구체적일 일자, 중량, 단가, 금액 등에 있어 전혀 부합하지 아니하여, 이 사건과 관련된 부분에 있어 위 확인서의 취지가 무엇인지 알기 어렵다.

나) 2012년 제1기 과세기간 부분

"과세관청은 위 과세기간 중 이 사건 매출ㆍ매입 내역을 자금일보(갑 제55호증의 6 내지 16)를 기초로 하여 별지 매출ㆍ매입누락내역표 기재와 같이 적출하였고, 피고는 이를 과세자료로 삼아 원고에 대하여 2012년 제1기 부가가치세 부과처분을 하였는바, 위 자금일보 일부에 관하여 원고의 자금일보라는 취지로 그 표제가 기재되어 있는 점, 위 자금일보에 관하여 결재자 란에 김AA가 '이사'라는 직함 하에 서명한 점,위 자금일보 상 매입ㆍ매출 내역 구분란에 기재된 'A'의 경우 세금계산서 거래에, 'B'의 경우 무자료 거래에 각 해당함을 원고의 대표자 조AA 스스로 확인한 바 있고, 위 자금일보에 첨부된 계좌거래내역도 모두 원고 명의 계좌에 대한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 위 자금일보에 의하여 위 과세기간 중 이 사건 매출ㆍ매입은 원고의 매출ㆍ매입으로 귀속된다고 봄이 타당하다. 위 과세기간에 관한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.",라. 소결론

과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나,그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없는바(대법원 1995. 4. 28.선고 94누13527 판결 참조), 이하에서는 위 법리에 비추어 이 사건 과세처분의 취소여부에 관하여 본다.

1) 부가가치세 과세처분

가) 2010년 제2기 부가가치세 부과처분

피고가 2010년 제2기 부가가치세 부과처분을 함에 있어 위 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서 거래내역이 가공거래에 해당한다고 본 것은 정당하다. 결국 2010년 제2기 부가가치세 부과처분은 적법하다.

나) 2011년 제1기 부가가치세 부과처분

피고가 2011년 제1기 부가가치세 부과처분을 함에 있어 위 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서 거래내역이 가공거래에 해당한다고 본 것은 정당하나, 위 과세기간에 관한 이 사건 매출ㆍ매입이 원고의 매출ㆍ매입에 해당하여 원고에게 귀속된다고 본 것은 위법하다.

위 부과처분 중 ① 가공 매출ㆍ매입 부인 및 무자료 매출 누락분 산입에 따라 경정된 부가가치세 본세 부분 및 ② 이에 대한 국세기본법상 각 가산세 부분은, 무자료 매출 누락분 산입을 인정할 수 없는 이상 정당한 세액이라고 볼 수 없는바, 이 사건 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 그 전부를 취소할 수밖에 없다.

위 부과처분 중 ③ 가공 매출ㆍ매입세금계산서 및 무자료 매출 누락분에 대한 부가가치세법상 세금계산서 미발급ㆍ가공 가산세 부분도, 무자료 매출 누락분 산입을 인정할 수 없는 이상 정당한 세액이라고 볼 수 없는바, 이 사건 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 역시 그 전부를 취소할 수밖에 없다.

다) 2011년 제2기 부가가치세 부과처분

피고가 2011년 제2기 부가가치세 부과처분을 함에 있어 위 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서 거래내역이 가공거래에 해당한다고 본 것은 정당하나, 위 과세기간에 관한 이 사건 매출ㆍ매입이 원고의 매출ㆍ매입에 해당하여 원고에게 귀속된다고 본 것은 위법하다.

위 부과처분 중 ① 가공 매출ㆍ매입 부인 및 무자료 매출 누락분 산입에 따라 경정된 부가가치세 본세 부분 및 ② 이에 대한 국세기본법상 각 가산세 부분은, 무자료 매출 누락분 산입을 인정할 수 없는 이상 정당한 세액이라고 볼 수 없는바, 이 사건 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 그 전부를 취소할 수밖에 없다.

위 부과처분 중 ③ 가공 매출ㆍ매입세금계산서 및 무자료 매출 누락분에 대한 부가가치세법상 세금계산서 미발급ㆍ가공 가산세 부분도, 무자료 매출 누락분 산입을 인정할 수 없는 이상 정당한 세액이라고 볼 수 없는바, 이 사건 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 역시 그 전부를 취소할 수밖에 없다.

라) 2012년 제1기 부가가치세 부과처분

피고가 2012년 제1기 부가가치세 부과처분을 함에 있어 위 과세기간에 관한 이 사건 매출ㆍ매입이 원고의 매출ㆍ매입에 해당하여 원고에게 귀속된다고 본 것은 정당하나, 위 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서 거래내역이 가공거래 또는 명의위장거래에 해당한다고 본 것은 위법하다.

위 부과처분 중 ① 가공 매출ㆍ매입 부인 및 무자료 매출 누락분 산입에 따라 경정된 부가가치세 본세 부분 및 ② 이에 대한 국세기본법상 각 가산세 부분은, 위 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서 거래내역 상 매출ㆍ매입이 가공 또는 명의위장임을 인정할 수 없는 이상 정당한 세액이라고 볼 수 없는바, 이 사건 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 그 전부를 취소할 수밖에 없다.

위 부과처분 중 ③ 가공 매출ㆍ매입세금계산서 및 무자료 매출 누락분에 대한 부가가치세법상 세금계산서 미발급ㆍ가공 가산세 부분도, 위 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서 거래내역 상 매출ㆍ매입이 가공 또는 명의위장임을 인정할 수 없는 이상 정당한 세액이라고 볼 수 없는바, 이 사건 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 역시 그 전부를 취소할 수밖에없다.

마) 2012년 제2기 부가가치세 부과처분

피고가 2012년 제2기 부가가치세 부과처분을 함에 있어 위 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서 거래내역이 가공거래 또는 명의위장거래에 해당한다고 본 것은 위법하므로 위 부과처분 전부를 취소하여야 한다.

바) 2013년 제1기 부가가치세 부과처분

피고가 2013년 제1기 부가가치세 부과처분을 함에 있어 위 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서 거래내역이 가공거래 또는 명의위장거래에 해당한다고 본 것은 위법하므로 위 부과처분 전부를 취소하여야 한다.

2) 2011 사업연도 법인세 부과처분

피고가 2011 사업연도 법인세 부과처분을 함에 있어 위 과세기간에 관한 이 사건 세금계산서 거래내역이 가공거래에 해당한다고 본 것은 정당하나, 위 과세기간에 관한 이 사건 매출ㆍ매입이 원고의 매출ㆍ매입에 해당하여 원고에게 귀속된다고 본 것

은 위법하다.

위 부과처분 중 ① 가공 매출ㆍ매입 및 매출ㆍ매입 누락분에 대한 익금ㆍ손금 가산에 따라 경정된 법인세 본세 부분 및 ② 이에 대한 국세기본법상 각 가산세 부분은, 무자료 매출ㆍ매입 누락분 산입에 따른 익금ㆍ손금 가산을 인정할 수 없는 이상 정당한 세액이라고 볼 수 없는바, 이 사건 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 그 전부를 취소할 수밖에 없다.

위 부과처분 중 ③ 매입 누락분에 대한 법인세법상 지출증명서류 가산세 부분은 무자료 매입 누락분 산입을 인정할 수 없으므로 그 전부를 취소하여야 한다.

3) 2011 사업연도 귀속 소득금액변동통지

피고가 2011 사업연도 법인세 부과처분을 함에 있어 위 과세기간에 관한 이 사건 매출ㆍ매입이 원고의 매출ㆍ매입에 해당하여 원고에게 귀속된다고 본 것은 위법하므로, 위 소득금액변동통지 전부를 취소하여야 한다.

3. 결 론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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