양도소득을 계산시 장기보유공제의 범위

양도당시 토지에 타인 또는 본인의 건물이 있었다고 보면 장기보유공제요건은 갖춘 것임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 피고가 1991. 6. 16 원고에 대하여 한 1991년도 수시분 양도소득세 76,602,894원 및 방위세 15,518,500원의 부과처분 가운데 양도소득세 2,694,089원 및 방위세 545,913원을 넘어서는 부분을 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용은 20분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의, 각 부담으로 한다.

1. 이건 과세처분의 경위

성립에 각 다툼이 없는 갑제1호중(납세고지서), 갑제2호중(심사결정서), 갑제3호중의 2(심판결정서), 을제1호중의 1, 2, 을제2, 3호중(양도소득세결정결의서 및 정정결의서, 조사내용), 을제6호증(자산양도차익예정신고 및 자진납부계산서)의 각 기재에 변론의 전취지를 합쳐보면 원고는 ㅇㅇ ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ의 1 대지 798.7㎡로 합병되기 전 ㅇㅇ ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ, ㅇㅇ의 1, ㅇㅇ, ㅇㅇ, ㅇㅇ의 1, 2, 3, 4, ㅇㅇ의 10등 9필지(아래, 이건 대지라고만 한다)를 1974. 10. 6. 취득하였는데 그때 그 지상에 1939. 1. 23.에 신축한 건물이 있었으나 1988. 2. 7 화재로 인하여 소실되고 나서 1989. 8. 28 대지를 양도하고 양도소득세 자진납부신고를 하면서 소득세법 제23조 제2항 제2호 (나)목에 따라 양도차익의 30/100상당의 장기보유특별공제를 하여 세액을 계산한 사실, 이에 피고는 원고가 이건 토지를 양도할 당시 나대지의 상태에 있었으므로 소득세법시행령 제46조의 3에 따라 소득세법 제23조 제2항 제2호에 정한 장기보유특별공제를 할 수 없다고 하여 1991. 5. 16. 가산세액을 합하여 세액을 별지 당초결정 기재와 같이 양도소득세 120,830,838원, 방위세 24,364,088원으로 확정하여 원고가 납부한 예정신고납부한 양도소득세 44,227,944원, 방위세 8,845,588원을 공제하고 청구취지 기재와 같이 양도소득세 및 방위세(다만 당초 양도소득세액이 76,604,940원, 방위세액이 15,518,910원이었으나 계산상 착오가 있어서 청구취지 기재와 같이 경정하였다)를 부과, 고지한 사실을 인정할 수 있다.

2. 이건 처분의 적법성에 관한 판단

가. 주 장

원고는 이건 대지 및 건물을 취득하고 10년이 경과하고 나서 양도하였고 그 대지상에 건물도 함께 매수하여 사용하고 있다가 1988년무렵 화재로 일부 소실되었으나 원고소유의 건물이 완전히 없어지지도 아니하였을 뿐더러 다른 사람소유의 건물도 있었으므로 먼저 원고는 이건 대지 및 그 지상 건물을 10년이상 소유하고 있다가 화재로 소실되었으므로 장기보유특별공제를 받을 수 있다고 하겠고, 나아가 그 지상에 있던 원고소유의 건물도 완전히 소실되지도 아니하였을 뿐더러 다른 사람소유의 건물이 있었으므로 나대지에 해당하지 아니한다고 할 것이니 장기보유특별공제를 하여야 하는데도 하지아니한 위법이 있다고 주장한다.

나. 판단

(1) 먼저 관계법규를 살펴보면 소득세법(1990. 12. 31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 것, 아래 구 소득세법이라 한다) 제23조 제2항 제2호는 제1항에 규정한 자산(대통령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 다음 각 목의 구분에 따라 계산한 금액(아래, 장기보유특별공제액이라 한다)으로 하고, 그 나목에서 당해 자산의 보유기간이 10년이상인 것, 양도차익의 30/100이라고 규정하고, 구 소득세법시행령(1989. 8. 1. 개정되어 1990. 12. 31. 개정되기 전의 것) 제46조의 3은 법 제23조 제2항 제2호에서 대통령이 정하는 토지라 함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물(재무부령이 정하는 무허가건축물을 제외한다)이 없는 토지와 ……토지를 말한다고 규정하고 있다. 건축물이 없는 나대지의 경우에는 장기보유특별공제대상에서 제외하는 이유는 장기보유특별공제는 부동산의 장기보유를 유도하기 위한 것인데 건축물이 없는 나대지상태로 장기보유하도록 하는 것은 국토의 효율적 이용을 저해하게 되므로 이와 같은 경우에는 장기보유특별공제를 허용하지 아니하는데 있다고 할 것이다(대법원 1992. 6. 26. 선고 92누4291판결 참조). 이러한 입법취지에서나 나대지라는 법문의 표현에 비추어 보면 먼저 토지 및 그 지상 건물을 10년이상 보유하고 있다가 소유자의 의사와 아무런 관계없이 난 화재로 건물이 소실되었다고 하여도 장기보유특별공제의 요건을 구비하고 난 다음에는 그대로 특별공제를 인정하여야 하지 않는가하는 의문이 없지 아니하고, 그 대지상에 대지소유자의 건물이 아니더라도 타인소유의 건축물이 있더라도 나대지는 아니라고 할 것이다(앞선 대법원판결참조)

(2) 성립에 각 다툼이 없는 갑제5호증, 갑제15호증의 1 내지 7(각 건축물관리대장등본), 갑제6호증(화재증명원), 갑제7호증의 1, 2(사업자등록증), 갑제11호증의 1, 2, 3(인증증서원본, 계약서, 인증문), 갑제12호증(사실증명원), 갑제13, 14호증(각 등기부등본), 갑제17호증(폐쇄등기부등본), 공성부분에 다툼이 없고 사문서부분은 변론의 전취지에 의하여 진정성립이 인정되는 갑제16호증(부동산매매계약서)에 각 기재, 증인 양ㅇㅇ, 유ㅇㅇ의 증언, 그리고 이 법원의 ㅇㅇ시에 대한 사실조회결과에 변론의 전취지를 합쳐보면 원고소유인 이건 대지상에 목조 2층건물 1동 연면적 410.70㎡를 소유하고 있었으나 1988. 2. 7. 화재로 2층은 소실되었지만 1층은 그대로 남아 있었고, 그외에도 그 지상에 타인소유인 목조건물 3동과 벽돌스라브 2층건물 1동이 있었으며 원고가 이건 대지를 5억1천만원에 매도하면서 그 지상에 있던 건물은 지은지 오래된데다가 화재까지 당하여 대금을 결정하지 아니한 사실, 한편 원고는 1981. 2. 5부터 이건 대지 가운데 ㅇㅇ ㅇ구 ㅇㅇ 2동 ㅇㅇ에 사업장소재지로 하여 ㅇㅇ중기라는 상호로 중기대여업을 하다가 화재를 당하고 난 뒤에도 그곳에서 사업을 하다가 이건 대지를 양도하고 나서 1989. 9. 7. 사업장을 ㅇㅇ ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ1동 ㅇㅇ의 8 ㅇㅇ전자상가 2층 2호로 이전하였고 그 무렵 이건 대지를 매수한 유ㅇㅇ과 이ㅇㅇ가 지상건물을 철거한 사실을 인정할 수 있고 이에 반하는 증거없다.

(3) 위 인정사실에 의하면 원고가 양도한 이건 대지는 양도당시에 원고소유 및 타인소유의 지상건물이 있어 나대지라고 할 수 없으므로 위 법에 정한 장기보유특별공제의 요건을 구비하였다고 할 것이므로 원고의 주장은 이유있고 따라서 그 부분에 관한 피고의 이건 처분은 위법하다고 할 것이다.

다. 정당한 세액

위 법조의 규정에 따라 장기보유특별공제로 양도차익의 100/30을 공제하여 세액을 계산하면 별지 정당한 세액기재와 같이 양도소득세가 46,922,033원, 방위세가 9,391,501원이 되고 앞서 본 바와 같이 원고가 납부한 양도소득세 44,227,944원, 방위세 8,845,588원을 공제하면 원고가 납부하여야 할 세액은 양도소득세가 2,694,089원, 방위세가 545,913원이 된다(다만 원고의 위 건물취득가액을 공제하여야 할 것 아닌가하는 의문이 있으나 원고는 위 건물을 대지를 이용할 목적으로 건물을 함께 매수한 것이 아니고 대지 및 건물을 각기의 가치를 가진 채로 매수하였으므로 이건 대지의 양도가액에서 건물의 취득가액을 공제하지 아니한다).

3. 결 론

그렇다면 피고의 이건 처분 가운데 양도소득세 2,694,089원 및 방위세 545,913원을 넘어서는 부분은 위법하다고 할 것이므로 원고의 이건 청구는 그 범위내에서 이유있어 인용하기로 하고 그 나머지의 청구는 이유없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1993. 5. 12.