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제목
예금보험기금 등으로부터 자금을 차입하여 독자적으로 사업을 수행하는 경우에는 법인세법상 비수익사업에 해당하지 않음
요지
법인세법상 비수익사업은 예금보험기금을 통하여 보험제도를 관리・운영하는 예금보험공사이고, 예금보험공사 결정에 따라 기금으로부터 자금을 차입하여 독자적으로 사업을 수행하고 있는 원고의 경우에는 비수익사업으로 볼 수 없음
관련법령
법인세법 제3조 (과세소득의 범위)
법인세법 시행령 제2조 (수익사업의 범위)
사건
2014구합63671 법인세부과처분취소
원고
주식회사 ○○앤씨
피고
○○세무서장
변론종결
2016. 5. 11.
판결선고
2016. 6. 29.
주문
1. 이 사건 소 중 피고가 2012. 8. 14. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 과세표준 136,332,442,441원 및 세액 34,683,810,075원(가산세 포함)에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.
2. 피고가 2012. 9. 3. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 77,080,623,750원(가산세 포함)의 부과처분 중 42,396,813,677원을 초과하는 부분을 취소한다.
3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
4. 소송비용 중 3/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
청 구 취 지
피고가 원고에 대하여, 2012. 9. 3. 한 2008 사업연도 법인세 21,310,361,230원(가산세포함)의 부과처분 및 2009 사업연도 법인세 77,080,623,750원(가산세 포함)의 부과처분, 2012. 8. 14. 한 2009 사업연도 법인세 과세표준 136,332,442,441원 및 세액 34,683,810,075원(가산세 포함)에 대한 경정거부처분을 모두 취소한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1999. 12. 27. 구 예금자보호법(2000. 1. 21. 법률 제6173호로 개정되기전의 것) 제36조의3을 근거로 부실금융기관의 정리 업무를 수행하기 위해 예금○○공사가 전액을 출자하여 설립된 법인으로서, 설립 당시 상호는 '주식회사 정리○○공사'였으나 2009. 11. 10. 현재의 명칭으로 상호를 변경하였다.
나. 원고는 2009. 3. 경 2008 사업연도 법인세 과세표준을 0원, 세액을 0원으로, 2010. 3.경 2009 사업연도 법인세 과세표준을 42,656,444,067원, 세액을 9,362,417,694원으로 각 신고・납부하였다.
다. 국세청은 2010. 9.경 원고에 대한 세무조사를 실시하여 매도가능증권 평가손익 세무조정 오류 등을 반영한 835,561,000,000원을 익금산입하고, 상환할증금224,828,000,000원을 손금산입하여야 한다는 과세자료를 피고에게 통보하였고, 이에 따라 피고는 2010. 10. 5. 원고에게 2008 사업연도 법인세 과세표준을 44,487,249,388원,세액을 14,042,548,862원(가산세 포함)으로, 2009 사업연도 법인세 과세표준을 303,364,480,429원, 세액을 75,686,737,153원(가산세 포함)으로 각 경정・고지하였다(이하 '1차 증액경정처분'이라 한다).
라. 원고는 2010. 12. 30. 피고에게 지연이자비용 손금산입, 수익 이중계상에 따른 오류 정정 등을 주장하면서 위 2008, 2009 사업연도 법인세 전액에 대한 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2011. 4. 20. 원고의 주장 중 일부만을 인용하여 2008 사업연도 법인세를 3,347,038,766원으로, 2009 사업연도 법인세를 75,528,938,594원으로 각 감액하였다(이하에서는 위 1차 증액경정처분에 따른 세액에서 위와 같이 감액된 부분을 제외한 나머지 세액의 부과처분을 '1차 증액경정처분'이라 한다).
마. 이후 원고는 2012. 6. 21. 피고에게 매도가능증권평가이익 오류 등을 이유로 2009 사업연도 법인세 과세표준 136,332,442,441원 및 세액 34,683,810,075원(가산세포함)에 대한 감액경정 및 위 세액의 환급을 청구(이하 '이 사건 감액경정청구'라 한다)하였으나, 피고는 2012. 8. 14. 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 경정거부처분'이라 한다).
바. 한편, 원고는 주식회사 ○○은행, 주식회사 △○동남은행 및 △△종합금융 주식회사 (이하 '○○은행 등'이라 한다)로부터 ○○은행 등이 금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률(이하 '자산공사법'이라 한다) 제38조에 따라 한국자산관리공사(1999. 12. 31. 법률 제6073호로 변경되기 전의 명칭은 '성업공사'이고, 이하 변경 전후를 구분하지 않고 '자산공사'라 한다)에 설치된 부실채권정리기금(이하 '부실채권기금'이라 한다)에 출연한 금액 합계 84,760,000,000원을 인수(유가증권으로 계상, 이하 '이 사건 출연금'이라 한다)하였고, 부실채권기금으로부터 아래와 같이 2008년 합계 145,075,628,000원, 2009년 합계 15,720,025,000원을 각 지급받았다(이하 포괄하여 '이 사건 분배금'이라 한다).
사. 피고는 이 사건 분배금을 원고의 각 사업연도 소득금액 계산시 익금에 산입하여 2012. 9. 3. 원고에게 2008 사업연도 법인세 과세표준을 59,394,847,490원, 세액을 21,290,181,802원(가산세 포함)으로, 2009 사업연도 법인세 과세표준을 307,907,193,508원, 세액을 77,080,623,752원(가산세 포함)으로 각 경정・고지하였다(이하 '2차 증액경정처분'이라 한다).
아. 원고는 2011. 6. 2. 조세심판원에 1차 증액경정처분의 취소를 구하는 심판청구를 하여 현재 계속 중이고, 2012. 11. 16. 이 사건 경정거부처분의 취소를 구하는 심판청구를, 2012. 12. 20. 2차 증액경정처분의 취소를 구하는 심판청구를 각 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 4. 24. 및 같은 해 9. 22. 이 사건 경정거부처분 및 2차 증액경정처분에 대한 원고의 청구를 각 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 4, 25 내지 30호증, 을 제1, 2호증(2014구합63671호, 가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 갑 제4 내지 6호증, 을 제7 내지 10호증(2014구합75117호, 가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고의 주장
가. 1차 증액경정처분에 대하여1)
1) 예금보험기금(이하 '예보기금'이라 한다) 및 예금보험기금채권상환기금(이하 '상환기금'이라 한다)을 통한 부실금융기관 구조조정 업무로 인한 수익은 위 기금의 관리・운용 주체에 불과한 원고가 아닌 위 각 기금의 수익이고, 이는 법인세법 제3조 제3항, 동법 시행령 제2조 제1항 단서 제8호 가목이 정한 비과세사업으로 인한 수익으로서 2003 사업연도부터 비과세수익에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 1차 증액 경정처분은 위법하다.
2) 위 수익이 과세대상에 해당한다고 하더라도 2002. 12. 26.까지 발생한 원고의 예금○○공사로부터의 차입금에 대한 이자 및 지연배상금 합계 2,102,788,003,635원에 대하여 매년 6%의 지연이자가 발생하고, 이에 따라 2004 ~ 2009 사업연도에 매년 126,167,280,218원이 손금으로 계상되어야 하는바, 이 경우 2008, 2009 사업연도에는 원고에게 법인세가 전혀 부과될 수 없으므로, 1차 증액경정처분은 위법하다.
나. 2차 증액경정처분에 의해 증액된 부분에 대하여
"1) 주위적으로, 부실채권기금은 세법상 법인에 해당하지 않고,부실채권의 정리'라는 사업을 공동으로 영위하는 '공동사업' 또는 자산공사가 금융기관 등으로부터 신탁받아 운용하는 '신탁재산'에 해당한다. 따라서 이 사건 분배금은 공동사업 또는 신탁재산에서 발생한 소득으로서 원고가 이를 지급받은 2008, 2009 사업연도가 아니라 부실채권기금에 수익이 발생한 '2007 사업연도 이전'에 원고에게 귀속된 것으로 보아야 하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 2차 증액경정처분은 위법하다.",2) 예비적으로, 이 사건 분배금의 손익귀속시기가 이를 실제로 지급받은 2008 및 2009 사업연도가 되어야 한다고 하더라도, 2008 사업연도 분배금 중 84,760,000,000원은 원고가 부실채권기금에 출연한 원금을 반환받은 것이므로, 피고의 2차 증액경정처분 중 위 금액에 대한 부분은 위법하다.
다. 이 사건 경정거부처분에 대하여
원고의 2009 사업연도 재무제표에 영업외수익으로 반영된 매도가능증권평가이익에 관한 '전기오류수정이익'은 오류로 잘못 계상된 것임이 명백하고, 원고는 국세기본법 제45조의2 제1항이 정한 요건을 갖추어 이 사건 감액경정청구를 하였음에도, 원고가 제출한 자료의 내용이 불확실하다는 이유로 이루어진 피고의 이 사건 경정거부처분은 위법하다.
3. 관계 법령
별지 기재와 같다.
4. 이 사건 경정거부처분에 대한 취소 청구 부분의 적법 여부
가. 피고의 본안전 항변
원고는 1차 증액경정처분과 2차 증액경정처분에 따른 2009 사업연도의 최종 법인세액 전부에 대하여 이 법원 2014구합75117호로 취소를 구하고 있고, 원고가 2012. 6. 21.자 경정청구에서 감액을 구하고 있는 세액은 위 사건에서 취소를 구하고 있는 법인세액에 모두 포함되어 있다. 따라서 원고의 2012. 6. 21.자 경정청구는 이미 1차 증액경정처분에 대한 심판청구가 제기되어 있어 별도의 경정청구권이 인정될 수 없는 상황에서 이루어진 위법한 경정청구이고, 이 사건 경정거부처분의 취소를 구하는 소(이 법원 2014구합75117호)는 1, 2차 증액경정처분에 대한 취소소송(이 법원 2014구합63671호)과 중복소송에 해당하므로 이 부분 소는 부적법하다.
나. 판단
1) 납세의무자가 조세부과처분 자체의 위법을 다투는 소송과 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제1호에 따라 원처분의 과세액 감액경정청구를 하였다가 그 거부처분의 위법을 다투는 소송은 그 소송물을 달리하는 것일 뿐 아니라 위 감액경정청구 규정의 문언내용과 감액경정청구제도의 취지 등에 비추어 보면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세의무자는 그 후 이루어진 과세관청의 증액경정처분에 대해서도 경정 후의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과하는 경우에는 그 증액경정처분에 대한 불복청구기간이 경과하였는지 여부와 상관없이 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 감액경정청구를 할 수 있다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두10792 판결 등 참조).
한편, 국세기본법상 심판청구에 대한 재결이 있는 경우 동일한 처분에 대하여 다시 심판청구를 제기할 수 없으나(국세기본법 제55조 제9항), 위와 같이 조세부과처분의 취소소송과 경정거부처분의 취소소송은 그 소송물을 달리하는 점에 비추어 보면, 조세부과처분의 위법을 다투는 조세심판에서 납세의무자가 주장한 위법사유와 감액경정청구거부처분에 대하여 주장하는 위법사유가 서로 다르고, 따라서 조세부과처분의 위법을 다투는 조세심판절차에서 후자의 위법사유가 심리・판단된 적이 없다면 그와 같은 사유를 들어 과세관청에 감액경정청구를 하는 것이 허용되지 않는다고 볼 수 없고, 또한 그 거부처분에 대한 불복청구가 원조세부과처분을 다투는 조세심판 또는 취소소송에 대한 중복청구라고 볼 수도 없다.
2) 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제4호증, 갑 제29호증의 1 내지 3(2014구합63671호), 갑 제4 내지 6호증(2014구합75117호, 가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 1, 2차 증액경정처분에 대한 심판청구 및 그에 대한 취소소송(이 법원 2014구합63671호)에서 주장하는 위법사유와 이 사건 감액 경정청구 및 그에 대한 거부처분 취소소송(2014구합75117호)에서 주장하는 위법사유가 서로 다르고, 1, 2차 증액경정처분의 취소를 구한 심판절차에서 이 사건 경정거부처분의 위법사유를 심리・판단하였다고 할 수도 없으므로, 이 사건 감액경정청구가 위법하다거나 이 사건 경정거부처분의 취소를 구하는 소(이 법원 2014구합75117호)가 1, 2차 증액경정처분에 대한 취소소송(이 법원 2014구합63671호)과 중복소송에 해당한다고 할 수 없다.
3) 다만, 과세처분취소송에서의 소송물은 과세관청의 처분에 의하여 인정된 전체로서의 과세표준 및 세액의 객관적 존부라 할 것이고, 납세자가 감액경정청구 거부처분에 대한 취소소송을 제기한 후 증액경정처분이 이루어져서 그 증액경정처분에 대하여도 취소소송을 제기한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 동일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단의 저촉을 피하기 위하여 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하는 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다(대법원 2005. 10. 14. 선고 2004두8972 판결 등 참조). 따라서, 원고가 1, 2차 증액경정처분에 대한 취소소송 (이 법원 2014구합63671호)에서 위 각 처분에 따른 과세표준 및 세액 전부에 대한 취소를 구하면서 이 사건 경정거부처분의 위법사유를 2차 증액경정처분의 위법사유로 함께 주장하고 있는 이상, 원고가 주장하는 이 사건 감액경정청구 사유는 2차 증액경정처분 중 2009 사업연도 법인세부과처분에 대한 공격・방어방법의 하나로서 판단하면 족하고, 더 나아가 이 사건 경정거부처분에 대하여 별도로 그 취소를 구할 이익이나 필요는 없다고 할 것이므로 이 부분 소는 부적법하다.
5. 1차 증액경정처분 관련 원고의 주장에 대한 판단
가. 인정사실
1) 원고는 2003. 4. 14. 예금○○공사에 원화차입금의 만기연장 및 차입조건의 변경과 함께 기발생 이자 및 지연배상금의 면제를 신청하였는데, 당시 원고의 원화차입금 현황, 차입조건의 주요 변경신청내용, 기발생 이자 및 지연배상금 내역은 각각 아래와 같다.
각 계정별 원화차입금 현황(표 생략)
차입조건의 주요 변경신청내용(표 생략)
기발생 이자 및 지연배상금 내역(표 생략)
* 은행 및 인보험 계정의 차입금이자는 2002. 12. 26.까지 발생한 금액이며, 지연배상금은2002. 12. 27. ~ 2003. 5. 7.까지 발생한 금액임. 종금계정의 지연배상금은 2001. 1. 2.부터 2001. 9. 19.까지 발생한 금액임.
2) 예금○○공사(예금○○위원회)는 2003. 5. 7. 원고의 위 신청에 대하여 검토한 후 대출금의 만기연장 및 위와 같은 대출조건의 변경을 의결하였으나, 기발생 이자 및 지연배상금의 면제 신청에 대하여는 '현재 세금 등의 문제점은 없는 것으로 검토되었으나 원고의 영업기한 만료에 따른 해산 시점에서 손실액이 확정되면 일괄적인 조치방안을 강구함이 타당하다고 판단되므로 결정을 보류하여야 한다'는 취지의 검토 의견에 따라 별도의 의결을 하지 않았다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제31 내지 36호증(2014구합63671호)의 각 기재, 변론 전체의 취지
나. 판단
1) 원고의 사업이 비과세대상사업에 해당하는지 여부
가) 이와 관련하여 원고는 먼저, 원고의 부실금융기관 구조조정 업무로 인한 수익은 예보기금 및 상환기금의 관리・운용 주체에 불과한 원고가 아닌 위 각 기금의 수익이라고 주장하는바, 원고가 예금자보호법 제36조의5에 따라 예금 등 채권의 지급, 대출 등 채권의 회수, 그 밖에 부실금융회사의 정리업무를 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 업무로서 금융위원회가 승인한 업무를 수행하고, 예금○○공사에 설치된 예보기금 및 상환기금이 위 법 제24조 제3항 제2호, 제26조의3 제2항 제2호에 따라 원고에게 지원된 사실은 인정된다. 그러나, 예금자보호법의 관련 규정 등에 비추어 볼 때 위 각 기금을 관리・운용하는 것은 예금○○공사이고(위 법 제19조 제1항 제1, 2호), 원고의 업무범위에 위 각 기금의 관리・운용 자체가 포함된다고 볼 수 없으며, 원고는 예금○○공사에 의한 위 각 기금의 관리・운용의 일환으로서 위 공사로부터 그 일부를 지원받아 업무를 수행하는 것으로 봄이 상당하다.
나) 또한, 원고는 각 사업수행 주체가 법률에 의하여 설립되었고, 사업수행의 재원인 각 기금이 법률에 근거하여 설치되었으며, 각 사업수행 주체는 각 기금에 대하여 구분계리를 하고 있다는 점에서 원고에 의하여 수행되는 부실금융기관정리사업 역시 자산공사에 의하여 수행되는 부실채권 및 부실자산 인수・정리사업(법인세법 시행령 제2조 제1항 제8호 라목)이나 예금○○공사에 의하여 수행되는 예금보험사업(위 시행령 제2조 제1항 제8호 가목)의 경우와 마찬가지로 비과세수익사업에 해당한다고 주장한다. 그러나, 관련 법률의 규정 및 갑 제49, 50호증, 을 제3호증(2014구합63671호, 가지 번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 수행하는 부실금융기관정리사업이 위 각 공사에 의하여 수행되는 비과세대상사업과 마찬가지로 위 시행령 제2조 제1항 제8호 가목 소정의 비과세사업에 해당한다고 볼 수 없다.
(1) 자산공사의 경우 자산공사법 제6조, 예금○○공사의 경우 예금자보호법 제3조에 의하여 직접 설치된 기관인 반면, 원고의 경우 예금자보호법 제38조의3 제1항에 따라 예금○○공사가 예금자 등의 보호 및 금융제도의 안정성 유지를 위하여 필요하다고 인정하는 경우 금융위원회의 승인을 받아 설립 여부를 결정할 수 있는 기관이라는 점에서 차이가 있고, 자산공사에 의하여 수행되는 부실채권 및 부실자산 인수・정리사업이나 예금○○공사에 의하여 수행되는 예금보험사업의 경우 위 각 공사가 그 내부에 설치된 부실채권기금 또는 예보기금 및 상환기금의 관리・운용 주체로서 이를 통해 직접 사업을 수행하는 것인 반면, 원고는 예금○○공사와는 별도로 설립된 법인으로서 예금○○공사의 결정에 따라 예보기금 및 상환기금으로부터 자금을 차입하여 독자적으로 사업을 수행한다는 점에서 이를 동일하게 볼 수 없다.
(2) 위 각 공사의 경우 관련 법률의 규정(자산공사법 제43조 제2항, 예금자보호법 제24조의3 제1항)에 의하여 각 공사의 고유회계와 부실채권기금 또는 예보기금 및 상환기금의 회계를 구분하여 처리하여야 하는 반면, 원고의 경우 이에 관한 별도의 법률 규정이 없고, 다만 원고의 회계 규정에 따라 내부적으로만 예보기금과 상환기금회계를 구분하여 처리하고 있을 뿐, 외부적으로는 각 기금의 회계를 구분하지 않고 통합된 하나의 재무제표만을 작성하여 공시하고 있다.
(3) 한편 원고는, 원고가 수행하는 부실금융기관 구조조정 업무로 인한 수익은 모두 예보기금 및 상환기금에 귀속되고, 원고 자체에 귀속되는 수익은 없다고 주장하나, 위 인정사실에서 본 바와 같이 원고는 예금○○공사에 대하여 위 각 기금으로부터의 차입금에 대한 이자 및 지연배상금을 부담하고 있었고, 원고는 스스로 위 이자 및 지연배상금에 대해 발생한 지연이자를 손금에 산입하여야 한다는 주장도 하고 있는바, 그렇다면 결과적으로 위 각 기금에 귀속되는 수익에는 원고가 수행하는 부실금융기관 구조조정 업무로 인한 수익뿐만 아니라 원고가 약정에 따라 지급하는 차입금에 대한 이자 및 지연배상금이 포함되는 것이므로, 원고의 수익이 곧바로 그 자체로서 위 각 기금의 수익으로 귀속된다고 볼 수도 없다.
(4) 예금○○공사는 예금자보호법 제38조에 따라 부보금융회사 또는 그 부보금융회사를 「금융지주회사법」에 따른 자회사 등으로 두는 금융지주회사에 자금지원을 할 수 있고, 그 재원 역시 예보기금 및 상환기금인데(위 법 제24조 제3항 제2호, 제26조의3 제3항 제2호), 원고의 주장과 같이 위 각 기금을 재원으로 수행되는 부실금융기관정리사업이 모두 비과세대상사업에 해당한다고 해석할 경우, 위와 같은 지원을 받아 채무정리 업무 등을 수행하는 부보금융회사 또는 이를 자회사 등으로 두는 금융지주회사의 업무도 비과세대상에 해당한다고 보게 되어 그 범위가 지나치게 확대될 수 있다.
(5) 법인세법 시행령이 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되면서 예보기금 및 상환기금을 통한 예금보험제도운영사업 및 부실채권기금을 통한 부실채권 인수・정리사업을 비과세대상사업으로 규정하였고, 그와 같은 개정취지가 공적자금이 투입되는 예금보험사업과 부실채권정리사업을 수익사업에서 제외함으로써 정부지원금이 자산수증익으로 과세되지 않도록 하는데 있음은 원고의 주장과 같으나, 위 시행령 개정이전에는 위 각 사업 모두 과세대상사업에 해당하였고, 부실채권 인수・정리사업의 경우2008 사업연도부터 다시 비과세대상사업에서 제외되었는바, 원고가 수행하는 사업이 결과적으로 예금보험제도운영사업과 관련이 있다고 하더라도 이를 과세대상사업에 포함시킬 것인지 여부 및 그 범위 등은 입법정책의 문제일 뿐, 이를 필연적으로 비과세 대상사업으로 보아야 한다고 할 수는 없다.
(6) 원고가 들고 있는 국세청의 질의회신 또한 부실채권기금을 이를 관리・운용하는 자산공사와 별개의 법인으로 보아야 한다거나 상호금융예금자보호기금을 관리・운용함에 있어 동 기금을 통해 예금보험제도를 운영하는 과정에서 발생하는 수입은 법인세법 시행령 제2조 제1항 제8호 나목에서 규정하는 비과세대상사업에 해당한다는 것으로서, 법령에 의하여 설치된 기금은 이를 관리・운용하는 주체와 별도로 수익사업의 주체가 되고, 해당 기금을 통한 특정사업이 위 시행령에서 정한 비과세대상사업에 해당한다는 것에 불과하므로, 위와 같은 회신내용이 원고가 수행하는 사업이 비과세대상사업에 해당하는지 여부와 직접적인 관련이 있다고 볼 수 없다.
다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2) 지연이자의 손금산입 주장에 대한 판단
가) 원고는, 예금○○공사가 원고의 기발생 이자 및 지연배상금에 대한 면제신청을 받아들이지 않음으로써 원고에게 그에 대한 지연이자를 지급하라는 의사표시를 한 것이고, 이에 따라 2004 ~ 2009 사업연도에 위 기발생 이자 및 지연배상금 합계2,102,788,003,635원에 대하여 매년 6%의 비율에 의한 지연이자가 발생하므로, 그에 상당하는 126,167,280,218원이 매 사업연도의 손금으로 계상되어야 한다고 주장한다.
나) 그러나, 원고가 주장하는 지연이자, 즉 위 기발생 이자 및 지연배상금 채무의 이행지체로 인한 지연손해금의 지급채무는 기한의 정함이 없는 채권으로서 채권자가 이를 청구한 때에 그 이행기가 도래한다고 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 예금○○공사가 원고의 기발생 이자 및 지연배상금에 대한 면제신청에 대하여 별도의 결의를 하지 않았다는 사정만으로 위 공사가 원고에게 위 지연손해금을 지급하라는 명확한 의사표시를 하였다고 볼 수는 없고, 달리 위 공사가 그 지급을 청구하였음을 인정할 만한 자료가 없으므로, 위 지연손해금 지급채무의 이행기가 도래하였다고 할 수 없다. 따라서, 원고의 2004 ~ 2009 사업연도에 원고가 주장하는 바와 같은 지연손해금의 지급채무가 확정되었다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다(설령 원고의 주장과 같이 예금○○공사가 원고의 면제신청에 대해 승인결의를 하지 않음으로써 그 지급청구를 한 것으로 볼 수 있다고 하더라도, 기발생 이자의 경우 민법 제163조 제1호에 따라 3년의 소멸시효가, 지연배상금의 경우 상법 제64조에 따라 5년의 소멸시효가 각 적용된다고 할 것인데, 원고가 2003. 4. 14. 기발생 이자 및 지연배상금에 대한 면제신청을 함으로써 위 채무를 승인하여 소멸시효가 중단되었다고 하더라도, 그 때부터 다시 위 3년 및 5년의 소멸시효가 진행되고, 이후에도 예금○○공사가 원고에게 그 지급을 청구하였음을 인정할 자료가 없는 이상 위 이자지급채무의 경우 2006. 4. 14.에, 지연배상금지급채무의 경우 2008. 4. 14.에 각각 소멸시효가 완성되어 소멸하였다고 할 것이므로, 역시 위 이자 및 지연배상금에 대해 발생한 지연손해금을 손금에 산입하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다. 이에 대하여 원고는, 1999년부터 2015년 10월까지 매년 차입금채무의 일부씩을 변제하였고, 이는 원고와 예금○○공사간의 약정에 따라 차입금채무의 원리금 및 지연배상금에 충당되었으므로 위 이자 및 지연배상금채무는 매년 시효가 중단되었다고 주장하나, 원고가 제출한 갑 제53호증(차입 및 상환현황)의 기재에 의하더라도 상환기금으로부터의 은행, 보험 및 종금계정 차입금에 대하여는 2001년부터 2010년까지 원금만을 상환하였을 뿐 이자 및 지연배상금에 대한 변제내역은 나타나 있지 않고, 달리 위 기간 동안 원고가 상환한 금액이 매년 위 이자 및 지연배상금에 충당되었음을 인정할 자료가 없으므로 위 주장도 받아들이지 아니한다).
3) 따라서 1차 증액경정처분과 관련된 원고의 주장은 모두 이유 없다.
6. 2차 증액경정처분 관련 원고의 주장에 대한 판단
가. 인정사실
1) 부실채권기금은 구 금융기관부실자산등의효율적처리및성업공사의설립에관한법률(1997. 8. 22. 법률 제5371호로 제정되어 1998. 1. 13. 법률 제5505호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 자산공사법'이라 한다)에 근거하여 1997. 11. 24. 설치되었고, 위 기금은 금융기관의 출연금, 자산공사로부터의 전입금, 부실채권정리기금채권의 발행으로 조성한 자금 등의 재원으로 조성되는데 1997년부터 2008년까지의 금융기관 및 정부 출연금은 아래와 같다.(표 생략)
2) 구 자산공사법 부칙 제2조 제3항은 부실채권기금의 운용기간이 종료된 후 기금의 잔여재산을 출연 금융기관에 반환할 것을 규정하고 있었는데, 위 조항이 2007. 12. 21. 아래와 같이 개정되어 운용기간 종료일 전에도 기금의 잔여재산을 반환할 수 있는 근거가 마련되었다.
● 구 자산공사법 부칙
제2조(기금의 운용기간 등)
제3항, 제1항의 규정에 의한 기금의 운영기간이 종료된 후 채권 및 차입금의 원리금 상환과 인수 자산의 정리 등이 완료된 때에는 기금의 잔여재산을 제39조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 출연비율 등을 감안한 처리기준에 따라 당해 기관에 반환하여야 한다.
부칙 제2조(기금의 운용기간 등)
제5항 기금은 제4항의 규정에 따른 운용기간이 종료되는 날까지 채권 및 차입금의 원리금 상환과 인수자산의 정리 등을 완료하여야 하며, 운용기간 종료 후 3개월 이내에 잔여재산을 (중략) 출연비율 등을 감안한 처리기준에 따라 출연 등을 한 자에게 반환하여야 한다. 다만, 재정경제부장관이 「공적자금상환기금법」 제7조 제1항에 따라 기금의 자산과 부채를 실사한 결과 운용기간 종료일에 잔여재산이 있을 것이 확실하고 그 금액을 추정할 수 있는 경우에는 추정된 잔여재산의 일부를 운용기간 종료 전에 반환할 수 있다.
3) 위 개정된 부칙 조항에 따라 부실채권기금은 운용기간 종료일 전인 2008년과 2009년에 출연 금융기관들에게 분배금을 지급하였고, 원고는 이 사건 분배금을 지급받았다.
4) 한편, 부실채권기금은 2008 사업연도에 160,011,789,804원, 2009 사업연도에 64,100,147,848원을 법인세로 각 납부하였다(2000년부터 2002년까지는 소득이 없거나 과세표준이 0원이어서 법인세를 납부하지 않았고, 2003년부터 2007년까지는 비과세 기간이었다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 을 제9호증(2014구합63671호)의 각 기재, 변론 전체의 취지
나. 판단
1) 원고는 주위적으로, 부실채권기금이 세법상 법인에 해당하지 않으므로 이 사건 분배금은 위 기금에 수익이 발생한 2007 사업연도 이전에 원고에게 바로 귀속된다고 주장하는 반면, 피고는 부실채권기금은 세법상 '법인으로 보는 단체'에 해당하므로 이 사건 분배금은 위 기금이 원고에게 이를 지급한 각 사업연도에 원고에게 귀속된다고 주장하는바, 먼저 부실채권기금의 법적 성격에 관하여 본다.
가) 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다)은 제13조 제1항에서 '법인격이 없는 사단・재단 기타 단체 중 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다'고 규정하고, 제1호에서 '주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단・재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것', 제2호에서 '공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것'을 각 규정하고 있으며, 위와 같은 단체들은 법인세법상 '비영리내국법인'에 해당한다(법인세법 제1조 제2호 다목). 다음과 같은 사정들을 종합해보면, 부실채권기금은 구 국세기본법 제13조 제1항 제2호 소정의 '공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단'으로서 '법인으로 보는 단체'에 해당한다고 봄이 상당하다.
(1) 먼저, 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는지 여부에 대하여 보건대, 부실채권기금은 금융기관이 보유하고 있는 부실채권 등의 효율적인 정리를 위해 설치되었고(구 자산공사법 제38조), 기금은 ○○은행 등과 같은 금융기관의 출연금뿐만 아니라 자산공사가 발행한 부실채권정리기금채권으로 조성한 자금, 한국은행으로부터의 차입금 등의 재원으로 조성되며(위 법 제39조 제1항), 금융기관의 부실채권 및 부실징후기업의 자구계획대상자산의 인수 등에 사용된다(위 법 제41조 제2항 제1호). 또한, 부실채권기금과 같이 국가재정법의 적용을 받는 기금은 기금의 설치목적과 공익에 맞게 기금을 관리・운용하여야 하고(국가재정법 제62조), 공익을 위하여 특히 인수할 필요가 있다고 인정되는 부실자산이나 이해관계인이 많아 정리의 효과가 큰 부실자산을 우선적으로 인수할 수 있다(구 자산공사법 시행령 제6조 제1항 제1, 2호). 한편, 기금의 부담으로 발행한 부실채권정리기금채권의 경우 정부가 원리금 상환을 보증하고(구 자산공사법 제40조 제4항), 한국은행으로부터 차입한 자금에 대해서는 기금이 한국은행법의 규정에 따른 정부대행기관으로 지정되는 등(위 법 제39조 제3항, 40조 제1항), 자산공사가 아니라 기금이 그 재원에 대해 책임을 부담하고, 부실채권기금과 자산공사의 회계는 구분되며(위 법 제43조 제2항), 자산공사는 기금에 관한 결산서, 대차대조표, 손익계산서를 작성하고, 기금운용계획안을 회계연도 개시 90일 전까지 국회에 제출하여 기금운용에 관해 국회의 통제를 받도록 되어 있다(위 법 제66 내지 68조).
위와 같은 부실채권기금의 설치 목적, 재원 조달의 방법, 기금의 용도 제한,공익적 필요에 따른 부실자산의 우선 인수, 기금의 관리・운용 방법 등을 종합해보면, 부실채권기금의 목적은 단순히 금융기관의 부실채권 등의 정리를 도와 금융기관의 유동성과 건전성을 제고하는 데에만 있는 것이 아니라 그러한 유동성과 건전성을 확보하지 못할 경우 금융기관 이용자를 포함한 대다수의 국민들에게 발생할 수 있는 피해를 사전에 방지하고자 하는 공익적 목적이 더 크다고 할 것이다. 따라서 부실채권기금은 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 경우에 해당한다.
(2) 다음으로 부실채권기금이 재단으로서의 실질을 갖추고 있는지 여부에 관하여 본다.
'재단으로서 등기되지 아니한 것'이란 일정한 비영리적 목적을 위하여 결합된 재산의 집단으로서 출연자 기타 특정의 개인으로부터 독립하여 통일적인 관리기구를 갖추고 있으나 등기되지 아니하여 법인격이 부여되지 않은 것을 말한다. 앞서 본 바와 같이 부실채권기금은 일정한 방법으로 출연되거나 조성한 자금으로 이루어진 재산의 집단이고, 자산공사와 구분되어 회계처리가 이루어지며, 기금이 발행한 부실채권정리기금과 한국은행으로부터의 차입금에 대하여 자산공사와 독립적으로 채무를 부담하는 등 자산공사와는 별도의 단체로 운영된다. 또한 부실채권기금은 구 자산공사법에 근거하여 설치되었고, 위 법 제38조 내지 제43조에서 기금의 설립 목적, 조성 방법, 기금의 관리・운용 방법, 회계 및 집행기관 등을 규정하고 있으므로, 재단으로서의 실질을 갖추기 위하여 단체의 목적이나 조직, 업무 집행 등을 정한 별도의 정관이 필요하다고 볼 수 없다. 따라서 부실채권기금은 재단으로서의 실질을 갖추었다고 할 것이다.
(3) 부실채권기금이 '수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것'에 해당하는지 여부에 관하여 보면, 위와 같이 부실채권기금이 재단의 실질을 가지고 있는 이상 재단은 출연된 재산으로 구성되는 것이고, 그 재산의 출연자를 구성원이라고 할 수는 없으므로, 성질상 수익을 구성원에게 분배하는 문제는 발생하지 아니한다. 한편, 금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률(2007. 12. 21. 법률 제8698호로 개정된 것) 부칙 제2조 제5항은 부실채권기금의 운용기간 종료 후 출연자에게 잔여재산을 반환하여야 한다고 규정하고 있으나, 이는 재단의 해산 후 잔여재산의 귀속에 관하여 정하고 있는 것으로서 이를 구성원에 대한 수익 분배에 관한 규정이라고 볼 수 없다.
○ 부실채권기금은 한국은행으로부터 차입한 금원에 대해서 한국은행법의 규정에 따른 정부대행기관으로 지정된 것으로 보는데(구 자산공사법 제39조 제3항), 여기서 '정부대행기관'이라 함은 생산・구매・판매 또는 배급에 있어서 정부를 위하여 공공의 사업 또는 기능을 수행하는 법인으로서 정부가 지정한 법인을 말한다[구 한국은행법(1997. 12. 31. 법률 제5491호로 개정되기 전의 것) 제85조].
○ 부실채권기금과 같이 법령에 의하여 설치된 기금을 법인세법상 법인으로 보는 단체 중의 하나로 전제하고, 그 기금에 대해서는 고유목적사업준비금의 손금산입을 허용하고 있다[법인세법 제29조 제1항, 같은 법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정된 것) 제56조 제1항 제3호].
○ 구 법인세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제8호 라.목은 부실채권기금이 비영리내국법인임을 전제로 '부실채권기금을 통한 부실채권 인수 및 정리와 관련된 사업'을 과세대상이 되는 수익사업의 범위에서 제외하고 있다.
○ 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정된 것) 제34조 제1항, 같은 법 시행령 제61조 제2항 제19호는 금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 성업공사의 설립에 관한 법률에 의한 성업공사(부실채권정리기금에 한한다)가 대손충당금을 손금으로 계상한 경우 일정 비율에 해당하는 금액의 범위에서 이를 손금산입한다는 취지로 규정하고 있는데, 앞서 본 바와 같이 자산공사와 부실채권기금의 회계는 분리하여 이루어지므로 위 규정은 부실채권기금의 회계처리에 있어서 의미가 있고, 손금산입은 법인세 과세표준 계산의 전제로 이루어지기 때문에 위 규정 역시 부실채권기금의 법인세 납부를 전제로 한 것이라고 할 수 있다.
나) 따라서 부실채권기금은 세법상 법인격이 인정되고, 이 사건 분배금은 원고가 이를 실제로 지급받은 2008 사업연도 및 2009 사업연도에 원고에게 귀속된다고 할 것이므로 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2) 다음으로 원고는, 원고가 지급받은 2008 사업연도 분배금 중 84,760,000,000원은 출연 원금에 해당하므로 이를 익금에 산입하여 법인세를 부과한 부분은 위법하다고 주장한다. 그러나, 위 인정사실 및 앞서 든 증거들, 을 제8호증(2014구합63671호)의 기재에 구 자산공사법의 규정 및 그 해석을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 점들에 비추어 보면, 구 자산공사법 및 개정 자산공사법이 부칙 제2조에서 기금의 운영기간 종료 전후에 기금의 잔여재산을 출연비율 등을 감안한 처리기준에 따라 당해 기관에 반환하는 것은 출자자에 대한 원금 또는 수익의 반환이라기보다는 출연자에 대한 잔여재산의 분배라고 봄이 타당하고, 제출된 증거만으로는 원고가 ○○은행 등으로부터 이 사건 출연금을 인수할 당시 지급한 가액 및 그에 대한 세무처리 내역을 확인할 수 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.
가)\u3000 구 자산공사법 제39조 제1항은 기금 조성의 재원의 하나로 '금융기관의 출연금'을 규정하고 있는바, 이와 달리 공사의 자본금은 금융기관 및 정부의 '출자금'으로 구성되는 것으로 규정하고 있는 점(위 법 제9조), '출연'이란 '자기의 의사에 따라 돈을 내거나 의무를 부담함으로써 재산상의 손실을 입고 남의 재산을 증가시키는 일'을 의미하는 점 등에 비추어 보면, 부실채권기금에 대한 금융기관의 출연금은 금융기관이 그 반환을 예정하지 않고 금품을 내어 놓는 것을 의미하는 것으로 해석될 뿐 원금의 반환을 예정한 출자로는 해석되지 아니한다.
다) 2007 사업연도 및 2008 사업연도에 공적자금의 출연원금이 우선 반환된 것은 2003년 공적자금 출연시 부실채권기금에 잉여가 발생할 경우 공적자금의 출연원금에 우선하여 상환토록 한 '공적자금상환기금출연금의 정산에 관한 약정'에 의한 것으로 보이고, 이외에 금융기관의 출연원금을 우선 상환토록 하는 별도의 약정이 있었음을 인정할 자료는 없다.
마) 한편, 갑 제20 내지 22호증(2014구합63671호, 각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면 ○○은행의 경우에는 원고가 위 은행의 부실채권기금에 대한 출연금을 인수할 당시 그 장부가액인 78,880,000,000원을 지급한 것으로 보이나, 이외에 주식회사 동남은행 및 경남종합금융 주식회사의 경우 갑 제17, 18호증(2014구합63671호)의 각 기재만으로는 원고가 그 출연금을 인수할 당시 장부가액 상당을 지급하였다고 보기에 부족하고, 달리 이를 확인할 수 있는 자료가 없다. 또한, 부실채권기금은 2012. 11. 22.까지 운용된 후 2013년에 청산되었는데, 2007년부터 2012년까지 정부 및 금융기관 등의 출연기관에 잔여재산을 반환하였고, 금융기관에 대해서는 2008년부터 2012년까지 합계 15,228억 원을 반환하였는바, 원고가 그 주장과 같이 세무상 이 사건 출연금을 인수투자유가증권 계정으로 분류하고 2009 사업연도까지 손금산입을 유보해왔다고 하더라도, 그 이후 2012 사업연도까지 부실채권기금으로부터 추가로 지급받은 분배금 내역 및 이 사건 출연금의 손금산입 여부가 확인되지 않는 이상, 원고가 지급받은 2008 사업연도 분배금 중 84,760,000,000원이 원금의 반환으로서 위 사업연도의 손금에 산입되어야 한다고 볼 수 없다. 뿐만 아니라 기금을 출연한 금융기관이 부실채권기금의 청산시 잔여재산을 분배받을 수 있는 권리는 원금 및 이자가 따로 정하여진 것이 아니어서 청산시 남은 잔여재산이 확정되어야 구체적인 금액이 특정되는 것이므로 청산전 잔여재산의 일부를 미리 반환받았다고 하더라도 그 권리가 가분적으로 소멸한다고 볼 수는 없고, 부실채권기금의 청산시 비로소 그 권리가 모두 소멸한다고 해석함이 상당하다.
이는 금융기관으로부터 그 권리를 인수한 원고에 대한 관계에서도 마찬가지라 할 것이다. 따라서 잔여재산의 청산으로 잔여재산 분배청구권이 소멸하는 당해 사업연도에 금융기관이 출연한 금원 또는 그 권리를 인수한 대금 상당액을 손금에 산입할 수 있음은 별론으로 하고, 청산전 일부 잔여재산을 미리 반환받았다고 하여 출연한 금원 또는 그 권리를 인수한 대금의 범위 내에서 수익이 발생하지 않았다거나 잔여재산 분배청구권의 일부가 소멸되었음을 전제로 분배받은 금원 상당액을 손금에 산입할 것은 아니다.
3) 한편 원고는, 이 사건 분배금은 법인세법 시행령 제2조 제1항 제8호 가목에서 정한 '예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원・채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업'에서 발생한 소득으로서 비과세대상 소득에 해당하므로, 이를 2008, 2009 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 부과한 2차 증액경정처분은 위법하는 주장도 하고 있으나, 위 5. 나.의 1)에서 살펴본 바와 같이 원고가 예보기금 및 상환기금으로부터 자금을 지원받아 수행하는 부실금융기관정리사업이 위 시행령 규정에 따른 비과세사업에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.
4) 원고의 이 사건 감액경정청구 사유에 대한 판단
가) 이 사건 감액경정청구 사유의 입증책임
과세관청이 과세처분을 한 후 납세의무자가 그 과세처분의 적법 여부를 다투는 경우 원칙적으로 처분을 행한 과세관청이 확정된 과세표준과 세액의 정당성을 뒷받침할 자료를 제출할 책임이 있는 반면, 신고납세방식의 조세에 있어 납세의무자가 신고한 과세표준과 세액이 잘못되었음을 이유로 신고한 과세표준과 세액을 감액 경정하여 줄 것을 과세관청에게 청구하는 경우에는 납세의무자에 의하여 행하여진 당초의 과세표준과 세액의 신고가 잘못된 것임을 뒷받침할 자료를 제출할 책임은 감액경정청구를 하는 납세의무자에게 있다고 보는 것이 타당하다. 다만, 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사・확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적・절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결, 대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조).
위와 같은 법리에 비추어 볼 때, 이 사건의 경우 원고가 회계처리의 오류를 이유로 감액경정청구를 하였음에도 과세관청에서 이를 거부하고 결과적으로 원고가 당초 신고한 과세표준 및 세액을 포함하여 이를 증액하는 경정처분을 하였고, 이에 대하여 원고가 그 적법 여부를 다투면서 위법사유의 하나로서 감액경정청구 사유를 주장하고 있으므로, 납세의무자인 원고가 당초 신고한 과세표준 및 세액에 오류가 있다는 사정을 일응 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 밝힌 경우에는 과세관청인 피고가 해당사유가 경정청구 사유가 되지 못한다는 사정을 입증하지 않는 한, 그 감액경정청구 사유가 존재한다고 봄이 상당하다.
나) 이 사건 감액경정청구 사유의 인정 여부
원고는, 2009 사업연도 재무제표에 대한 외부감사 업무를 수행한 ○○회계법인 소속 공인회계사가 '이연법인세가 차감된 2006 사업연도 말 현재의 매도가능증권평가손익'을 '이연법인세가 차감되기 전의 2006 사업연도 말 현재의 매도가능증권평가손익'으로 오인하여 이를 기초로 2007 및 2008 사업연도의 매도가능증권평가손익을 재계산한 후 그에 따른 차액인 137,648,449,477원을 2009 사업연도 재무제표에 전기오류수정이익으로 반영하였고, 이러한 전기오류수정이익은 세무조정 과정에서 익금불산입으로 처리되었어야 함에도 원고의 세무대리인이 이를 누락한 채 위 금액을 원고의 2009 사업연도 법인세 과세표준에 포함하여 법인세를 신고하였는바, 위와 같은 오류를 수정하여 원고의 2009 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 재계산할 경우 과세표준은 136,332,442,441원, 세액은 34,683,810,075원이 각 감액되어야 한다고 주장한다.
살피건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거들, 갑 제3, 7 내지 20호증(2014구합75117호, 가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 (1) 원고의 2011 사업연도 재무제표에 대한 외부감사 업무를 수행한 △○회계법인에서는 2009 사업연도 전기오류수정이익 부분에 '재무제표의 신뢰성을 심각하게 손상하는 회계처리 오류'가 있었다고 하면서 그 이후의 재무제표를 재작성하였고, 이후 원고의 의뢰에 따라 2006 사업연도부터 2011 사업연도까지 각 사업연도말에 계상하였어야 할 정확한 매도가능증권평가손익을 재계산하고 이에 따른 각 사업연도별 법인세 과세표준 변동액 및 수정신고/경정청구 필요 여부를 검토한 △△회계법인은 원고의 2009 사업연도에 대한 회계처리 및 세무처리의 오류 발생 과정을 설명하고, 위와 같은 재계산 절차 및 그에 따른 각 사업연도별 법인세 과대/과소 신고금액의 산출내역을 기재한 2015. 9. 2.자 검토서를 이 법원에 제출하였는바, 이는 독립적・전문적으로 회계업무를 수행하는 외부감사인 또는 회계법인이 원고가 업무수행 과정에서 비치・기장한 계정별 원장, 개별 증권의 취득・처분 등 변동내역, 종목별 취득원가 및 기말 단가 등의 자료를 토대로 하여 작성・제출한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 판단되고, 이를 배척할 만한 객관적인 자료는 발견되지 않는 점, (2) 원고는 위와 같은 △△회계법인의 검토결과에 따라 2012. 6. 21. 이 사건 감액경정청구를 하였을 뿐만 아니라, 수정신고가 필요하다고 나온 2007, 2008, 2010 사업연도에 대하여는 피고에게 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서를 제출한 후 해당 세액을 추가납부한 점, (3) 당초 원고의 2009 사업연도 재무제표에 대한 외부감사 업무를 수행한 ○○회계법인 소속 공인회계사인 박BB는, "당시 매도가능증권 계정의 감사 실무는 위 법인 소속의 최AA 회계사가 담당하였는데, 2007 사업연도부터 매도가능증권평가손익이 잘못 계산되었다고 하면서 장부상 금액과 재계산한 금액간의 차액인 137,648,449,477원을 전기오류수정이익으로 2009 사업연도의 손익에 반영하도록 하였고, 이러한 내용이 반영된 재무제표에 대한 적정의견 감사보고서가 발행되었다. 이후 2014. 12.경 원고의 통지에 따라 최AA 회계사가 위 감사 업무 수행 당시 작성한 감사조서 등 관련 자료를 확인해 본 결과, 최AA 회계사가 2006 사업연도 재무제표에 대한 감사보고서의 주석 부분에 기재된 위 사업연도 말 현재의 매도가능증권평가이익이 이연법인세 차감 전의 매도가능증권평가이익인 것으로 오인하여 잘못된 금액을 기준으로 2009 사업연도의 기초 매도가능증권평가이익을 재계산하였음을 알게 되었다.
따라서 ○○회계법인의 권고에 따라 원고가 2009 사업연도 재무제표에 계상한 전기오류수정이익은 잘못된 것이다"라는 내용의 확인서를 작성하여 제출한 점, (4) 원고가 주장하는 매도가능증권의 회계처리 및 세무처리 방식은 기업회계기준 및 법인세법의 관련 규정에 부합하는 것으로 보이고, 달리 위와 같은 오류가 발생한 사업연도 이전 또는 이후의 처리 방식에 어떠한 문제가 있었음을 인정할 자료는 없는 점 등에 비추어 보면, 원고의 2009 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 그 주장과 같은 오류가 있었다는 점이 일응 인정되고, 피고가 주장하는 사정 및 제출된 증거만으로는 원고가 주장하는 회계처리의 오류가 감액경정청구 사유가 되지 못한다는 점을 인정하기에 부족하므로, 이 사건 감액경정청구는 그 사유가 존재한다고 봄이 타당하다.
다) 따라서, 원고의 이 사건 감액경정청구 사유를 반영하여 원고에 대한 법인세액을 감액하여야 할 것인바, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면 이 경우 감액경정하여야 할 과세표준 및 세액은 2009 사업연도 법인세 과세표준 136,332,442,441원 및 세액 34,683,810,075원(가산세 포함)인 사실이 인정된다. 그러므로 피고의 원고에 대한 2009 사업연도 법인세 부과처분(2차 증액경정처분) 중 42,396,813,677원(= 77,080,623,752원 - 34,683,810,075원)을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
7. 결론
이 사건 소 중 이 사건 경정거부처분에 대한 취소 청구 부분은 부적법하므로 각하하고, 피고의 원고에 대한 2012. 9. 3.자 법인세부과처분(2차 증액경정처분)에 대한 취소청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하며, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.