실지거래가액으로 예정신고 하였으나 기준시가로 경정청구 할 수 있는지 여부

원고가 투기지역내에 소재하는 부동산을 취득 후, 1년이내에 공익사업용으로 양도하고, 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 예정신고 하였더라도 이 사건 부동산의 양도차익은 기준시가에 의하여 산정할 수 있는 경우에 해당하기에 양도소득세 경정청구거부처분을 취소함.

소득세법 제96조 양도가액

국세기본법 제45조의 2 경정등의 청구

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2005. 9. 14. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정신청거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 12. 15. 원고의 어머니로부터 그녀가 1970. 5. 25.경 취득한 ○○시 ○○동 479-5 임야 5,388㎡를 증여받았다.

나. ○○시장은 2003. 11. 24. '국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 '국토계획법'이라고만 한다.)' 규정에 근거하여 ○○시고시 제2003-43호로 기존의 완충녹지와 수도시설을 일부 감소 및 폐지하고, 위 ○○동 479-5 임야 일대 1,500㎡를 도시계획시설(공원지역)로 지정하는 내용의 도시관리계획결정(변경)을 고시하고, 2004. 4. 29. 원고에게 위 부동산 중 공원부지에 편입되는 1,049㎡(위 편입 부분은 2004. 8. 10. 분할되어 479-9 지번이 부여됨. 이하 '이 사건 부동산'이라 한다)의 보상계획을 통지하였다.

다. 원고는 2004. 12. 2. 이 사건 부동산을 '공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 '공익사업법'이라고만 한다.)에 따라 ○○시에 277,985,000원에 협의 매도하였다.

라. 한편, 이 사건 부동산을 포함한 일대가 2004. 5. 29. 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것. 이하 같다.) 제96조 제1항 제6호의2에 의하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 지역(이하 '지정지역'이라 한다.)으로 지정됨에 따라, 원고는 2005. 2. 28. 위 협의매도에 따른 양도차익을 실지거래가액으로 산정하여 피고에게 양도소득세 예정신고를 하면서 양도소득세 111,375,372원을 납부하였다.

마. 그런데 조세특례제한법이 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되면서 같은 법 제85조로 지정지역 내의 공익사업용 부동산에 대하여는 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2, 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에도 불구하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 있는 양도소득세 과세특례규정이 신설되었다.

이에 따라 원고는 2005. 7. 20. 국세기본법 제45조의 2 제1항에 의하여 피고에게 예정신고상의 과세표준 및 세액을 기준시가에 의하여 산정된 과세표준 116,375,827원, 세액 27,175,768원으로 경정하여 줄 것을 청구(이하 '이 사건 경정청구'라 한다.)하였다.

바. 그러나 피고는 2005. 9. 14. 소득세법 시행령 제162조 제1항 제5호 및 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것. 이하 같다.) 제85조 등의 규정에 의하여 당초 신고내용이 정당하다는 이유로 위 경정신청을 기각(이하 '이 사건처분'이라 한다.)하였다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증, 갑 제5, 6호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 제1심 법원의 ○○시에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 피고의 주장

원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 양도하였고, 이 사건 부동산의 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하여 양도소득 과세표준신고를 하였으며, 아울러 이 사건 부동산은 지정지역 내에 소재하는 부동산에 해당하므로, 이 사건 부동산의 양도차익은 구 소득세법 제96조 제1항 제4호, 제6호, 제6호의2 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 따라 실지거래가액에 의하여 산정하여야 한다.

한편, 지정지역 내에 소재하는 부동산을 공익사업용으로 양도하는 경우 구 조세특례제한법 제85조의 규정에 따라 기준시가에 의하여 과세할 수 있으나, 원고는 이 사건 토지가 공원지역으로 지정된 2003. 11. 24. 이후에 이 사건 토지를 취득하였을 뿐만 아니라, 사업인정 고시일로 볼 수 있는 2004. 4. 29.로부터 소급하여 2년이 되는 날인 2002. 4. 29. 이후에 이 사건 부동산을 취득하였으므로 구 조세특례제한법 제85조 소정의 과세특례 대상에 해당하지 않는다. 또한, 구 조세특례제한법 제85조 단서는 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 실지거래가액으로 양도소득세를 산정하도록 규정하고 있는데, 원고가 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득과세표준 예정신고를 한 다음 확정신고기한까지 다른 신고를 하지 않은 이상, 이 사건 부동산의 양도차익의 산정은 위 단서의 규정에 따라 실지거래가액에 의하여야 한다.

따라서 이 사건 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제1항 소정의 경정청구사유에 해당하지 않는다.

(2) 원고의 주장

원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 양도하였으나, 이는 공익사업법에 따른 양도이므로 구 소득세법 제96조 제1항 제4호가 적용될 여지는 없다. 그런데 원고는 이 사건 부동산이 지정지역에 해당하여 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 따라 실지거래가액을 기준으로 과세표준 및 세액을 예정신고한 것으로 이후 이 사건 부동산의 경우 구 조세특례제한법 제85조의 과세특례규정에 따라 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 있다는 사실을 알게 되어 이 사건 경정청구를 한 것이다.

따라서 원고가 국세기본법 제45조의2 제1항의 요건을 갖추어 경정청구기한 내에 이 사건 경정청구를 한 이상 피고는 그에 따라 경정결정을 하여야 할 의무가 있음에도, 이를 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

국세기본법 제45조의2 (경정등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

제94조 (양도소득의 범위)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구속물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

제96조 (양도가액)

① 제94조 제1항 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

6의2. 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산 가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

④ 제1항 제4호의 규정을 적용함에 있어서 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다) 등 부득이한 사유로 취득후 1년 이내에 양도하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 기준시가에 의할 수 있다.

제97조 (양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

소득세법 시행령 제162조의2 (양도가액)

④ 법 제96조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 상속에 의하여 취득한 부동산을 취득 후 1년 이내에 양도하는 경우 또는 공익사업물위한토지등의취득및손실보상에관한법률 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다) 등 부득이한 사유로 인하여 취득후 1년 이내에 양도하는 경우로서 부동산의 취득 또는 양도의 경위와 그 이용실태 등에 비추어 단기예매차익을 목적으로 거래한 것이 아니라고 인정되는 때에는 제176조의2 제5항의 규정에 의한 자문을 거쳐 기준시가에 의할 수 있다.

제176조의2 (추계결정 및 경정)

⑤ 국세청장은 주소지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 양도소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 필요하다고 인정하는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 부동산의 감정·평가에 관한 학식과 경험이 풍부한 자에게 자문하여 그 결정 또는 경정에 공정성을 기하게 할 수 있다.

조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)

제85조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)

거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조제1항제6호의2의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

부칙 제12조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례)

제85조의 개정규정은 이 법 시행 후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.

조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것)

제79조의2 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)

①법 제85조 제5호에서 "그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날"이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

〔별표 7〕 기준시가 과세기준일(79조의2 관련)

1. 「수도권신공항건설촉진법」 제3조의 규정에 의하여 예정지역을 지정한 날

2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제91조의 규정에 의하여 실시계획을 인가한 날

3. 「신항안건설촉진법」 제5조의 규정에 의하여 예정지역을 지정한 날

4. 「고속철도건설촉진법」 제5조의 규정에 의하여 고속철도건설예정지역을 지정한 날

5. 「공공철도건설촉진법」 제2조의4의 규정에 의하여 공공철도건설사업 예정지역을 지정한 날

6. 「국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법」 제7조의 규정에 의하여 예정지를 지정한 날

7. 「소하천정비법」 제4조의 규정에 의하여 소하천예정지를 지정한 날

8. 「유통단지개발촉진법」 제6조의 규정에 의하여 유통단지를 지정한 날

9. 「도시 및 주거환경정비법」 제4조의 규정에 의하여 정비구역을 지정한 날

10. 「도시교통정비촉진법」 제3조의 규정에 의하여 도시교통정비지역을 지정한 날

11. 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」 제3조의 규정에 의하여 경제자유구역을 지정한 날

12. 「온천법」 제3조의 규정에 의하여 온천원보호지구를 지정한 날

13. 「자연공원법」 제6조의 규정에 의하여 자연공원을 지정한 날

14. 「도시개발법」 제9조의 규정에 도시개발구역을 지정하거나 개발계획을 수립한 날

15. 「주택법」 제16조의 규정에 의하여 사업계획을 승인한 날

16. 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」 제7조의 규정에 의하여 도시관리계획을 결정한 날

17. 「자연환경보전법」 제42조의 규정에 의하여 자연환경보전·이용 시설 설치에 관한 계획을 수립한 날

18. 「수도법」 제4조의 규정에 의하여 수도정비기본계획을 수립한 날

19. 「화물유통촉진법」 제3조의 규정에 의하여 기본계획을 수립한 날

20. 「사회간접자본시설에 대한 민간투자법」 제7조의 규정에 의하여 민간투자사업기본계획물 수립한 날

21. 「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」 제20조의 규정에 의하여 실시계획을 승인한 날

22. 「항만법」 제10조의 규정에 의하여 실시계획을 수립한 날

23. 「전원개발촉진법」 제5조의 규정에 의하여 실시계획을 승인한 날

24. 「농어촌도로정비법」 제6조의 규정에 의하여 도로기본계획을 승인한 날

25. 「하수도법」 제6조의 규정에 의하여 하수종말처리시설 설치를 인가한 날

26. 제1호 내지 제25호 외의 법률에 의한 경우에는 제1호 내지 제25호의 법률에서 규정한 날과 유사한 경우로서 예정지역, 실시계획 인가, 기본계획 수립 등을 한 날

다. 판단

국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다.

이 사건에서, 원고가 이 사건 부동산의 양도에 따른 과세표준 및 세액을 기준시가에 의하여 산정하여 신고할 수 있는 경우에는, 당초 예정신고한 과세표준 및 세액은 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에 해당하여 원고는 그 경정을 청구할 수 있다고 할 것이므로, 이하에서는 이 사건 부동산의 양도차익의 산정기준에 관하여 살펴본다.

(1) 먼저, 원고가 2003. 12. 15. 이 사건 부동산을 취득한 후 1년 이내인 2004. 12. 2. ○○시에 이를 양도한 사실은 앞서 본 바와 같다.

그러나 구 소득세법 제96조 제4항은 제1항 제4호의 규정을 적용함에 있어 공익사업법에 의한 협의매수 등 부득이한 사유로 취득 후 1년 이내에 양도하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 기준시가에 의할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조의2 제4항은 부동산의 취득 또는 양도의 경위와 그 이용실태 등에 비추어 단기매매차익을 목적으로 거래한 것이 아니라고 인정되는 때에는 제176조의2 제5항의 규정에 의한 자문을 거쳐 기준시가에 의할 수 있다고 규정하고 있는바, 앞서 인정한 바와 같이 원고는 이 사건 부동산을 그의 어머니로부터 증여받은 점, 원고는 공익사업법에 의하여 이 사건 부동산을 1년 이내에 양도한 점, 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 별다른 개발행위를 한 것으로 보이지 아니하고 ○○시가 이 사건 부동산 일대에서 건설한 부산동어린이공원은 1,500㎡ 정도의 소규모 공원에 불과한 점 등 이 사건 부동산의 취득 및 양도 경위와 그 이용실태 등을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 부동산을 단기매매차익을 목적으로 거래한 것이 아니라고 판단되므로, 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도차익은 기준시가에 의하여 산정할 수 있다.

따라서 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 양도함에 따라 구 소득세법 제96조 제1항 제4호, 제97조 제1항 제1호 가,목 단서의 규정에 의하여 실지거래가액을 기준으로 그 양도차익을 산정하여야 한다는 피고의 주장은 이유 없다.

(2) 앞서 인정한 바와 같이 원고는 이 사건 부동산이 지정지역에 해당됨을 이유로 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 따라 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 신고한 것이므로, 이와 달리 원고가 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의 규정에 의하여 실지거래가액을 기준으로 산정한 양도차익을 신고하였음을 전제로 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도차익은 당초 원고가 신고한 내용대로 실지거래가액에 의하여야 한다는 피고의 주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2, 제97조 제1항 제1호 가,목 단서의 규정에 의하면, 지정지역 내의 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산을 양도하는 경우 실지거래가액에 의하여 그 양도차익을 산정하여야 하나, 지정지역 내의 부동산을 공익사업법 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도하는 경우에는 구 조세특례제한법 제85조의 과세특례규정에 따라 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 있다. 위 규정의 입법취지는 지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례를 인정함으로써 공익사업용 부동산에 대하여 납세자의 조세부담을 경감하여 공익목적을 달성하기 위한 부동산의 수용 등에 용이하게 하려는 데에 있다고 할 것이다. 다만, 위 규정은 그 단서에서 구 소득세법 제96조 제1항 제6호, 제97조 제1항 제1호 가,목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그 신고한 대로 양도차익을 산정하도록 규정하고 있는데, 이는 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 아니하도록 보완하기 위한 규정으로 해석함이 상당하다.

그런데 구 조세특례제한법 제85조의 시행일인 2005. 1. 1. 이후 이 사건 부동산에 대한 양도소득과세표준 확정신고기한인 2005. 5. 31.이 도래함으로써 이 사건 양도에 대하여도 위 과세특례규정이 적용될 수 있게 되었으므로, 이 사건 부동산이 양도소득세 과세특례 대상에 해당하는 경우에는 원고로서는 양도소득 과세표준 확정신고기한까지 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 신고할 수 있었음에도 이를 하지 않은 것이 되어, 원고가 당초 예정신고한 과세표준 및 세액은 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에 해당한다고 보아야 할 것이다. 그리고 구 조세제한특례법 제85조 단서의 문언 및 그 취지에 비추어 볼 때 이 사건과 같이 위 과세특례규정이 적용될 수 있음을 알지 못한 채 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2, 제97조 제1항 제1호 가,목 단서의 규정에 따라 실지거래가액에 의하여 양도차익 신고를 한 경우에는 위 단서의 적용이 배제된다고 봄이 상당하다.

나아가 이 사건 부동산이 구 조세제한특례법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례대상에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 구 조세특례제한법 제85조는 거주자가 지정지역 내의 부동산을 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 공익사업법에 의하여 당해 사업시행자에게 양도하는 경우에 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하고 있으며, 그 제1 내지 제5호에서 택지개발촉진법에 의한 택지개발예정지구 지정일, '산업입지 및 개발에 관한 법률'에 의한 광역개발권역 지정일, 주한미군의 기지이전과 관련하여 공익사업법에 의한 보상계획공고일, 그 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 · 지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날을 규정하고 있다. 위 규정의 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제79조의2 제1항은 '그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날'이라 함은 〔별표 7〕의 기준시가 과세기준일을 말하고, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 공익사업법의 규정에 의한 보상계획 공고일이라고 규정하고 있으며, 〔별표 7〕은 제1호 내지 제25호에서 국토계획법 제91조에 규정에 의한 실시계획인가일을 비롯하여 25개의 법률에 의한 기준일을 열거하고, 마지막으로 제26호에서 '제1호 내지 제25호 외의 법률에 의한 경우에는 제1호 내지 제25호의 법률에서 규정한 날과 유사한 경우로서 예정지역지정, 실시계획인가, 기본계획수립 등을 한 날'을 기준시가 과세기준일로 추가하여 열거하고 있다.

이 사건의 경우, 원고는 ○○시장의 국토계획법에 따른 도시관리계획결정에 의하여 공원지역으로 지정된 이 사건 부동산을 공익사업법에 의하여 ○○시장에게 협의매도하였으므로, 그 기준시가 과세기준일은 일응 구 조세제한특례법 시행령 〔별표 7〕 제2호 '국토계획법 제91조의 규정에 의하여 실시계획을 인가한 날'이 될 것이나, 이 법원의 ○○시장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하면 ○○시장은 위 도시관리계획결정에 대하여 실시계획의 인가를 받지 않은 사실을 인정할 수 있으므로, 구 조세특례제한법 시행령 〔별표 7〕 제2호는 적용될 여지가 없다. 다만, 위 도시관리계획결정 고시일을 〔별표 7〕 제26호 소정의 예정지역 지정일로 볼 수 있는지 여부가 문제되는데, 국토계획법상의 도시관리계획결정 고시일을 〔별표 7〕 제26호 소정의 예정지역 지정일로 본다면, 국토계획법에 의한 사업시행의 경우 〔별표 7〕 제2호 및 제26호가 모두 적용되어 기준시가 과세기준일이 여러 번 발생하는 문제가 생겨 조세법률주의에 반할 우려가 있을 뿐만 아니라 법문에도 부합하지 않는다.

결국, 이 사건 부동산은 기준시가 과세기준일이 없는 경우에 해당하므로 구 조세특례제한법 시행령 제79조의2의 규정에 따라 공익사업법의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 기준시가 과세기준일로 보아야 할 것인바, 원고가 이 사건 부동산을 취득한 날은 ○○시장이 보상계획을 공고한 2004. 4. 29. 및 이 사건 부동산의 지정지역 지정일인 2004. 5. 29. 이전인 2003. 12. 15.인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 부동산은 구 조세특례제한법 제85조 소정의 양도소득세 과세특례 대상에 해당하여 기준시가에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있다고 할 것이다(피고는, 보상계획을 공고한 2004. 4. 29.이 사업인정 고시일로 의제됨을 전제로 원고가 위 공고일로부터 소급하여 2년이 되는 날인 2002. 4. 29. 이후에 이 사건 부동산을 취득하여 구 조세특례제한법 제85조 소정의 과세특례 대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 국토계획법 제96조 제2항에 의하면 실시계획을 인가 · 고시한 날이 사업인정 고시일로 의제될 뿐만 아니라 앞서 본 바와 같이 이 사건 부동산에 대한 도시계획시설사업에 대하여 실시계획의 인가가 없었던 이상 사업인정 고시일 자체가 존재할 수 없으므로, 위 주장은 이유 없다.).

그러므로 원고가 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도차익을 신고함에 있어 실지거래가액에 의하여 산정한 양도차익을 신고한 것은 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에서 정한 경정청구사유에 해당하므로, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각한다.

[대법원2008두3067 (2008.04.24)]

1. 상고를 기각한다.

2. 상고비용은 피가 부담한다.

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 이유에 관한 주장은 상고심절차에관한특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.