2. 항소제기 이후의 소송비용은 원고가 부담한다.

선택적으로, 피고가 2008. 4. 7. 원고에 대하여 한 양도소득세 697,644,000원의 부과 처분 중 151,278,000원을 초과하는 부분을 취소한다는 판결, 또는 피고가 2008. 4. 7. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정거부처분을 취소한다는 판결을 구한다(원고는 당심에서 2008. 4. 7.자 양도소득세 경정거부처분의 취소청구를 선택적으로 추가하였다).

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2008. 4. 7. 원고에 대하여 한 양도소득세 697,644,000원의 부과처분 중 151,278,000원을 초과하는 부분을 취소한다.

가. 원고는 1974. 12. 31. 서울 서초구 AA동 766 외 3필지 AA아파트 53동 403호 (이하 '이 사건 기존주택'이라고 한다)의 소유권을 취득하였다.

나. 원고는 1998. 5. 25. 용인시 수지읍 BB동 155 CC마을엘지빌리지 1차 109동 601호(전용면적 192.62㎡ 이하 '이 사건 신축주택'이라고 한다)를 분양받아 계약금을 납부한 다음, 2001. 4. 25. 이 사건 신축주택에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2007. 9. 3. 이 사건 신축주택을 보유한 상태에서 이 사건 기존주택을 1,550,000,000원에 양도하였는데, 당시 이 사건 신축주택의 기준시가(2007. 4. 30. 고 시)는 712,000,000원이었다.

라. 원고는 2007. 11. 30. 피고에게 이 사건 기존주택에 대한 양도소득세 151,278,000원(이 사건 신축주택을 보유주택 수에 포함시키지 않고 계산한 세액)을 예정신고하였다가, 2008. 1. 14. 다시 피고에게 양도소득세 697,644,310원(이 사건 신축주택을 보유주택 수에 포함시켜 계산한 세액)으로 수정신고하였다.

마. 그 후 원고는 2008. 2. 12. 피고에게 원고에 대한 양도소득세 697,644,310원을 당초 예정신고된 내용대로 151,278,000원으로 경정하여 달라는 내용의 경정청구를 하였고, 이에 피고는 위 양도 당시의 이 사건 신축주택의 기준시가(712,000,000원)가 600,000,000원을 초과하므로 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 '현행 조세특례법'이라고 한다) 제99조 제1항 단서, 제2항, 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항 제3호에 의하여 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당한다고 보아 이 사건 기존주택의 양도가 소득세법 제89조 제1항 제3호 소정의 1세대 1주택의 양도에 해당하지 않는다고 보고, 2008. 4. 7. 원고에게 수정신고된 내용대로 2007년 귀속 양도소득세 287,560,850원(=수정신고에 따른 결정세액 697,644,310원 - 기납부세액 410,083,460원)을 납부하도록 고지(이하 '이 사건 납부고지'라고 한다)함으로써 원고의 경정청구를 거부하는 내용의 이 사건 경정거부 처분을 하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2008. 6. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2008. 11. 7. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 부과처분의 취소청구 부분에 대한 피고의 본 안전 항변에 관한 판단 가. 피고의 주장

원고는 피고가 2008. 4. 7. 원고에 대하여 양도소득세 697.644.310원의 부과처분을 하였음을 전제로 그 중 151,278,000원을 초과하는 부분(이하 '이 사건 부과처분'이라고 한다)의 취소를 구하고 있으나, 이 사건 기존주택의 양도에 따른 양도소득세에 관하여 한 원고의 수정신고에 대하여 피고는 이를 그대로 받아들여 따로 경정결정을 하지 않았으므로, 원고의 양도소득세 채무는 위 수정신고로써 확정되고, 위 양도소득세 채무에 대한 피고의 부과처분은 따로 존재하지 않는다고 할 것이어서, 결국 원고의 이 부분 소는 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소송요건을 갖추지 못하여 부적법하다.

나. 판단

(1) 양도소득세는 신고납부방식의 국세인데, 지방세와 달리 신고납부방식의 국세는 납세의무자가 과세관청에 대하여 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 것으로 그 신고는 항고소송의 대상이 되는 처분이라 할 수 없을 뿐 아니라, 달리 과세관청의 부과처분이 존재하지도 않는다고 할 것이고(대법원 2009. 1. 15. 선고 2008두19529 판결 참조), 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고만 하고 세액을 납부하지 않아 과세관청이 신고한 사항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지한 것은 확정된 조세의 징수를 위한 정수처분일 뿐 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수는 없다고 할 것이다(대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두8180 판결 참조).

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고가 2008. 1. 14. 자진하여 이 사건 기존주택의 양도에 따른 양도소득세 697,644,310원을 수정신고한데 대하여 피고가 이를 받아들여 따로 경정결정을 하지 않았으므로 원고의 양도소득세 채무는 위 수정신고로써 확정되고, 위 양도소득세 채무에 대한 피고의 부과처분이 별도로 존재하지 않는다고 할 것이며, 피고가 2008. 4. 7. 원고에게 한 이 사건 납부고지는 위 수정신고로써 확정된 조세의 정수를 위한 정수처분일 뿐 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수 없다고 할 것이다.

(3) 따라서, 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 이 부분 소는 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소송요건을 갖추지 못하여 부적법하다고 할 것이므로, 피고의 위 본 안전 항변은 이유 있다.

3. 이사건소중경정거부처분의취소청구부분에대한판단가. 피고의본 안전항변에대한판단

(1) 피고의주장

원고가 당심에서 선택적으로 추가한 2008. 4. 7.자 이 사건 경정거부처분의 취소청구의 소송물은 제1심의 소송물과는 전혀 다른 별개의 청구로서 청구 기초의 동일성이 없을 뿐만 아니라, 국세기본법 제56조 제3항의 규정에 의하여 전심절차인 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 2008. 11. 7.로부터 그 제소기간인 90일이 도과하였으므로, 원고의 이 부분 소는 부적법하다.

(2) 판단

(가) 행정소송의 계속 중에 청구를 변경함에 있어서 원고가 청구원인사실을 그대로 유지하면서 청구취지만을 변경하였다면 동일한 청구원인사실을 기초로 청구취지만을 변경한 것에 불과하므로 이를 가리켜 청구 기초의 변경이 있다고 할 수는 없는 것이고(대법원 1992. 11. 24. 선고 91누11971 판결, 대법원 2001. 11. 13. 선고 99두2017 판결 등 참조), 행정소송의 계속 중에 청구를 변경한 경우에는 변경된 새로운 청구도 특단의 사정이 없는 한 전심절차 및 제소기간 등의 소송요건을 구비하여야 하며, 변경된 새로운 청구에 대한 제소기간의 준수 여부는 원칙적으로 소의 변경이 있는 때를 기준으로 하여야 하지만(대법원 1984. 2. 28. 선고 83누638 판결, 대법원 2004. 12. 10. 선고 2003두12257 판결 등 참조), 변경된 새로운 청구가 변경 전 청구와 소송물이 실질적으로 동일하거나 아니면 밀접한 관계가 있어 변경 전 청구에 이미 변경된 새로운 청구까지 포함되어 있다고 볼 수 있는 등 특별한 사정이 있는 때에는 변경 전 청구에 대한 전심절차를 거침으로 인하여 변경된 새로운 청구도 전심절차를 거쳤다고 보아야 하 고, 변경된 새로운 청구에 대한 제소기간의 준수 여부 역시 변경 전 청구의 제소시를 기준으로 결정하여야 한다.

(나) 이 사건에 관하여 보건대 원고는 당심에서 종전의 청구원인사실을 그대로 유지하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 종전의 청구취지에 이 사건 경정거부처분의 취소청구를 선택적으로 추가하여 청구취지만을 변경하는 것으로 소 변경 신청을 하였는바, 이러한 원고의 소 변경 신청은 청구의 기초에 변경이 없는 경우에 해당하므로 이를 허용하여야 할 것이다.

나아가, 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제56조 제2항, 제3항에 의하면, 세법에 따른 처분으로서 위법한 처분에 대한 행정소송은 같은 법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없고, 위와 같은 행정소송은 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 하는바, 앞서 인정한 사실관계에 의하면, 원고는 처분성이 결여된 이 사건 부과처분을 대상으로 조세심판원에 심판청구를 하여 2008. 11. 7. 기각결정을 받은 후 그로부터 90일 이내인 2009. 2. 6. 제1섬 법원에 그 취소를 구하는 소를 제기하였다가, 조세심판원의 위 기각결정의 통지를 받은 날부터 90일이 지난 후인 2010. 5. 13. 당심에서 비로소 청구취지ㆍ항소취지 및 청구원인 변경 신청서를 제출하면서 이 사건 경정거부처분에 대한 취소를 선택적으로 추가하여 구한 사실을 알 수 있으나, 한편, 기록에 의하면, 원고가 소장의 청구취지에 처분성이 결여된 이 사건 부과처분을 소송의 대상으로 삼고 있기는 하지만, 제1심의 변론종결 후인 2009. 8. 25. 변론재개 신청과 함께 소송의 대상을 이 사건 부과처분에서 이 사건 경정거부처분으로 변경하는 내용의 청구취지 변경 신청서를 제출하였을 뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 당심에서 종전의 청구원인사실을 그대로 유지하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하 는 종전의 청구취지에 이 사건 처분의 취소청구를 선택적으로 추가하여 청구취지만을 변경하였고, 이 사건 부과처분에 대한 조세심판원의 결정에도 이 사건 경정거부처분에 대한 실질적인 심리ㆍ판단이 있는데다가 제1심 판결은 그 이유 중에서 이 사건 부과처분 및 이 사건 경정거부처분 모두에 대하여 처분성 유무를 판단하였으므로, 이는 변경된 새로운 청구가 변경 전 청구와 소송물이 실질적으로 동일하거나 아니면 밀접한 관계가 있어 변경 전 청구에 이미 변경된 새로운 청구까지 포함되어 있다고 볼 수 있는 경우에 해당한다고 할 것이어서, 원고가 이 사건 부과처분에 대한 심판청구 및 소 제기로 인하여 이 사건 경정거부처분에 대한 행정심판을 거치고 적법한 제소기간 내에 소를 제기하였다고 보아야 할 것이다. 따라서, 피고의 위 본 안전 항변은 이유 없다.

나. 이 사건 경정거부처분의 적법 여부

(1) 원고의 주장

(가) 원고는 이 사건 신축주택을 분양받을 당시 IMF 외환위기 이후 미분양 아파트의 해소 등 부동산 시장의 활성화를 위하여 조세특례제한법(1998. 12. 28. 법률 제 5584호로 개정되어 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례법'이라고 한다) 제99조 등을 신설되어 신축주택을 취득한 자에 대하여 양도소득세를 감면하여 주고 신축주택을 소유주택으로 보지 않는 등 혜택을 부여함에 따라 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라고 한다)제89조 제3호에서 정한 고급주택에 해당하지 않는 이 사건 신축주택을 취득하였던 것인데, 피고가 이 사건 신축주택의 취득 당시나 양도 당시가 아닌 이 사건 기존주택의 양도 당시를 기준으로 이 사건 신축주택을 양도소득세의 과세특례에서 제외되는 고가주택에 해당한다고 판단한 다음, 이를 근거로 원고의 경정청구를 거부한 것은 조세특례제한법의 입법취지에 반할 뿐만 아니라 원고의 정당한 신뢰와 예측가능성을 현저히 벗어나 법적 안정성 내지 공평성을 심각하게 침해한 것으로서 과세요건명확주의에 반하여 위법하다. 그리고 이 사건과 같이 선축주택이 실제로는 양도되지 않은 경우 그 실지거래가액을 산정할 수 있는 기준을 따로 정하고 있는 법령상의 규정이 없는 점에 비추어 보더라도, 신축주택의 취득 당시를 기준으로 고급주택의 해당 여부를 판단하겠다는 것이 입법자의 의도였다고 보아야 한다.

(나) 피고는 이 사건 신축주택이 실제로 양도된 것은 아니므로 실지거래가액을 알 수 없다는 이유로 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것, 이하 '현행 소득세법'이라고 한다) 제114조 제7항 같은 법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제 20618호로 개정되기 전의 것, 이하 '현행 소득세법 시행령'이라고 한다) 제176조의2 제 1항의 규정에 따라 이 사건 신축주택의 기준시가를 기준으로 하여 이 사건 신축주택이 고가주택에 해당한다고 판단하였으나, 위 규정들은 당해 자산의 양도를 전제로 양도소득금액을 산정함에 있어 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없을 경우 기준시가에 의하여 추계조사하여 결정할 수 있다는 취지에 불과한 것이지 이 사건 신축주택처럼 양도하지도 않은 보유재산의 양도가액을 산정하는 근거규정이 될 수 없고, 또한 현행 소득세법 시행령 제176조의2에는 현행 소득세법 제114조 제7항에 관한 구체적인 규정 이 없으므로, 피고가 위와 같은 규정들을 근거로 이 사건 신축주택의 기준시가를 기준 으로 고가주택 여부를 판단한 것은 엄격해석의 원칙에 반하여 납세자에게 불리한 유추 해석이나 확장해석으로서 조세법률주의 또는 과세요건명확주의에 반하여 위법하다.

(다) 부동산에 대한 양도소득세의 과세기준은 2007. 1. 1. 이후부터 모든 자산에 대하여 실지거래가액에 의하게 되었고, 소득세법 제100조 제1항에 의하면, 양도소득세의 과세대상인 양도차익을 계산함에 있어서는 양도가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다는 동일기준의 원칙이 적용된다고 할 것인바, 피고가 이 사건 신축주택의 취득가액을 실지거래가액으로 산정할 수밖에 없는 이상 보유중인 이 사건 신축주택의 고가주택 여부를 판단함에 있어서도 실지거래가액으로 산정하여야 하므로, 피고가 이 사건 신축주택의 고가주택 여부를 판단함에 있어 기준시가를 적용한 것은 동일기준의 원칙에 반하여 위법하다.

(라) 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 1. 1.부터 시 행된 것, 이하 '개정 조세특례법'이라고 한다) 부칙 제29조 제1항에 의하면, 원고가 이 사건 신축주택을 양도하였다면 개정 조세특례법 시행 전 구 조세특례법 제99조 제1항 에 따라 이 사건 신축주택 분양계약 당시의 고급주택 기준이 적용되어 중과세율을 적용받지 않았을 것임에도, 이 사건 기존주택을 양도하였다는 이유로 중과세율을 적용받는 것은 조세평등의 원칙에 반하고, 또한 원고와 같이 신축주택과 일반주택을 보유한 사람들이 일반주택을 매도하여 동일한 양도차익을 얻게 되는 경우에도, 그 양도시점의 보유중인 신축주택의 기준시가에 따라 납부하여야 할 양도소득세가 달라지는 것은 조세평등의 원칙에 반하여 위법하다.

(마) 피고가 이 사건 경정거부처분에 적용한 것처럼 일반주택의 양도시점에 보유 중인 신축주택의 가격이 상승함에 따라 기준시가가 올라가 고가주택에 해당한다는 이유로 1세대 2주택에 해당한다고 한다면, 일반주택 양도 이후에 부동산 가격이 하락하여 보유중인 신축주택의 가격이 하락함에 따라 기준시가가 내려가 고가주택에 해당하지 않게 되는 경우에는 원고와 같이 일반주택과 신축주택을 보유하다가 일반주택을 양도한 사람은 그 양도시점에 따라 1세대 2주택 여부가 달라지는 부당한 결과를 가져오게 되므로, 이 사건 경정거부처분은 양도차익이 실현되지 않은 보유중인 신축주택에 대한 과세로서 투기목적 없는 원고의 재산권을 부당하게 침해하는 것이어서 위법하다.

(바) 정부에서 구 조세특례법 제99조를 신설하여 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례제도를 도입하면서 각종 언론 보도를 통하여 신축주택의 취득가액을 기준으로 고급주택 여부를 판단하게 될 것이라는 공적 견해표명을 함에 따라 원고는 이 사건 신축주택을 취득하였고, 또한 정부에서 신축주택과 일반주택을 보유한 거주자가 일반주택을 2007. 12. 31.까지 양도하는 경우에 한하여 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 않는다는 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 '현행 조세특례법'이라고 한다) 제99조 제2항을 신설함으로써 일반주택을 위 기간 내에 양도하는 경우 신축주택의 취득가액을 기준으로 고급주택 여부를 판단하게 될 것 이라는 공적 견해표명을 함에 따라 원고는 위 기간 전인 2007. 9. 3. 이 사건 기존주택 을 양도하였던 것인바 이 사건 경정거부처분은 이러한 규정들과 각종 언론보도를 통 한 정부의 공적 견해표명을 믿은 원고의 신뢰를 침해하는 것으로서 신의칙 또는 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다.

(사) 원고가 이 사건 신축주택을 분양받을 당시 피고가 기준시가를 적용할 수 있는 근거규정으로 들고 있는 현행 소득세법 제114조 제7항이 존재하지도 않았다가, 그 후 비로소 위 규정이 신설되었으므로, 이는 신뢰보호의 원칙에 반하는 부진정소급입법에 해당하는바, 위 조항을 근거로 한 이 사건 경정거부처분은 위법하다.

(아) 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 경우에 있어서도 헌법상의 실질적인 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수 없고, 기준시가에 의한 양도차익에 기초하여 산정한 세액이 그 실지양도차익의 범위를 넘는 경우에는 과세장해사유에 해당하는 바, 이 사건과 같이 이 사건 신축주택을 양도하지 않아 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가와 실지거래가액에 의한 각 양도차익의 비교가 불가능하여 과세 장해사유에 해당한다고 할 것이므로, 양도하지 않은 이 사건 신축주택에 기준시가를 적용한 이 사건 경정거부처분은 위법하다.

(2) 관계법령

별지 기재와 같다.

(3) 판단

(가) 첫번째주장에대한판단

1) 구 조세특례법 제99조 제1항 제2호, 제2항은, 거주자가 1998. 5. 22.부터 1999. 6. 30.까지의 '신축주택취득기간' 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하여 신축주택을 취득한 경우에는 1세대 1주택에 대하여 양도소득세 비과세를 규정한 구 소득세법 제89조 제3호를 적용함에 있어 위 신축주택은 원칙적으로 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하되, 다만 당해 신축주택이 1세대 1주택의 양도소득세 비과세대상에서 제외되는 '고급주택(거주용 건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 소득세법 시행령이 정하는 기준을 초과하는 것)'에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있었고, 그 후 2003. 1. 1. 시행된 개정 조세특례법 제99조 제1항 제2호, 제2항도 마찬가지로 신축주택취득기간 중에 신축주택을 취득한 경우에는 소득 세법상 1세대 1주택 규정을 적용함에 있어 그 신축주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다는 원칙을 유지하면서, 다만 1세대 1주택의 양도소득세 비과세대상에서 제외되는 '고가주택(가액이 소득세법 시행령이 정하는 기준을 초과하는 것)'에 대해서 는 그 적용범위에서 제외한다고 규정한 이래 이 사건 경정거부처분 당시의 현행 조세특례법에도 동일하게 규정하고 있으며, 한편, 개정 조세특례법 부칙 제1조, 제2조 제2항은 양도소득세의 개정규정은 개정 조세특례법 시행일인 2003. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하고, 같은 부칙 제29조 제1항은 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치로서, 개정 조세특례법 시행 전 구 조세특례법 제99조 제1항의 규정에 의하여 주택건설사업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 신축주택을 개정 조세특례법 시행 이후 양도하는 경우 양도소득세의 감면에 관하여는 개정 규정에 불구하고 종전 규정을 적용하되, 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 '고급주택' 기준을 적용하도록 규정하고 있었다.

2) 그런데 소득세법 시행령(1999. 9. 18. 대통령령 제16556호로 개정되기 전의 것) 제156조 제2호는 고급주택의 하나로 '전용면적이 165㎡ 이상이고 그 양도가액이 5억 원을 초과하는 공동주택'을 규정하고 있었고, 그 후 1999. 9. 18. 개정된 소득세법 시행령(2002. 10. 1. 대통령령 제17751호로 개정되기 전의 것) 제156조 제2호는 고급주택의 하나로 '전용면적이 165㎡ 이상이고 양도 당시의 실지거래가액이 6억 원을 초과 하는 공동주택'을 규정하고 있었으며, 2002. 10. 1. 개정된 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조 제2호는 고급주택의 하나로 '전용면적이 149㎡ 이상이고 양도 당시의 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 공동주택'을 규정하고 있었고, 그 후 2002. 12. 30. 개정된 소득세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제156조 제1항은 고가주택을 '주택 및 이에 부수되는 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 6억 원을 초과하는 것'으로 규정한 이래 이 사건 경정거부처분 당시의 현행 소득세법 시행령에도 동일하게 규정하고 있어, 1999. 9. 18. 이후부터의 소득세법 시행령은 '고급주택' 또는 '고가주택'인지 여부를 판단하는 기준이 되는 가액을 '양도 당시의 실지거래가액'으로 규정하고 있다.

3) 한편, 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하고, 또한 개정 조세특례법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석할 것은 아닌바(대법원 1995. 8. 22. 선고 95누825 판결, 대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결, 대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 등 참조), 개정 조세특례법 부칙 제29조 제1항은 구 조세특례법 제99조 제1항 소정의 양도소득세 감면대상인 신축주택이 아닌 다른 주택을 개정 조세특례법 시행 이후 양도하는 경우까지 포함하는 것으로 보기는 어렵다고 할 것이므로, 원고가 구 조세특례법 제 99조 제1항 소정의 양도소득세 감면대상인 이 사건 신축주택이 아닌 다른 주택인 이 사건 기존주택을 개정 조세특례법 시행 이후에 양도한 이 사건에 있어서는 개정 조세특례법 부칙 제29조 제1항이 적용될 수 없어 현행 소득세법 시행령 제156조 제1항 소정의 고가주택 기준인 '주택 및 이에 부수되는 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 6억 원을 초과하는 것'이라는 기준이 적용되어야 할 것이다.

4) 이 사건에 관하여 보건대, 위에서 본 바와 같이 1999. 9. 18. 이후부터 이 사건 경정거부처분 당시까지의 소득세법 시행령 모두가 고급주택 또는 고가주택 여부를 판단하는 기준이 되는 가액을 명문으로 '양도 당시의 실지거래가액'이라고 규정하고 있는 점, 위에서 본 바와 같이 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하므로, 이 사건 기존주택의 양도에 따른 양도소득세를 산정함에 있어 그 감면요건인 1세대 1주택 양도소득세 비과세대상에 해당하는지 여부는 이 사건 기존주택의 양도시기를 기준으로 판단하여야 함이 명백한 점, 이 사건 기존주택의 양도에 따른 양도소득세를 산정함에 있어 전혀 별개의 주택인 이 사건 신축주택의 취득시기나 양도시기를 기준으로 해야 할 아무런 법적 근거가 없을 뿐만 아니라, 다른 주택인 이 사건 신축주택의 취득시기를 기준으로 양도소득세를 산정하는 것은 양도차익을 과세대상으로 하는 양도소득세의 본질에 반하는 것으로 보이고, 양도하지 않은 이 사건 신축주택의 양도시기는 특정할 수도 없는 점 등을 종합하면, 피고가 이 사건 신축주택의 취득시기나 양도시기가 아닌 이 사건 기존주택의 양도시기를 기준으로 이 사건 신축주택을 양도소득세의 과세특례에서 제외되는 고가주택에 해당한다고 판단한 다음 원고의 경정청구를 거부한 것이 조세특례제한법의 입법취지에 반한다거나 원고의 정당한 신뢰와 예측가능성을 현저히 벗어나 법적 안정성 내지 공평성을 심각하게 침해한 것으로서 과세요건명확주의에 반하여 위법하다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(나) 두번째주장에대한판단

살피건대, 현행 조세특례법 제99조 제l항, 제2항, 현행 소득세법 제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제156조 제1항은 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에서 제외되는 고가주택의 가액기준으로 양도 당시의 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 것만을 규정하고 있었으므로, 이 사건과 같이 신축주택을 보유하고 있는 상태에서 일반주택을 먼저 양도할 경우에는 신축주택은 아직 양도된 것이 아니어서 그 실지거래가액을 확인할 수 없게 되는데, 현행 소득세법 제114조, 같은 법 시행령 제176조의2의 입법취지와, 현행 조세특례제한법 제99조 제1항, 제4항, 같은 법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항이 신축주택의 취득자가 그 취득일로부터 5년 이후에 당해 신축주택을 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득에서 차감하도록 규정하면서 전체 과세대상 양도소득금액에서 차감되는 5년간 발생한 양도소득금액을 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 취득 당시의 기준시가를 뺀 금액과 양도 당시의 기준시가에서 취득 당시의 기준시가를 뺀 금액의 비율에 따라 산정하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건과 같이 이 사건 신축주택의 양도 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우 현행 소득세법 제114조 제7항, 같은 법 시행령 제176조의2 제1항 및 제3항의 규정을 적용하여 이 사건 기존주택의 양도 당시의 이 사건 신축주택의 기준시가를 기준으로 고가주택에 해당하는지 여부를 해석하는 것이 타당하다고 보이고, 현행 소득세법 제114조 제7항은 개정되기 전의 종전 소득세법 (2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제114조 제5항과 그 내용이 동일하므로 현행 소득세법 제114조 제7항을 적용함에 있어 종전 소득세법 제114조 제5항에 관한 구체적인 기준을 규정하고 있는 현행 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 및 제3항이 함께 적용된다고 해석한다고 하여 부당하다고 볼 수 없으므로, 위와 같은 규정들을 근거로 하여 피고가 이 사건 신축주택의 기준시가를 기준으로 고가주택 여부를 판단한 것이 엄격해석의 원칙에 반한 납세자에게 불리한 유추해석이나 확장해석으로서 조세법률주의 또는 과세요건명확주의에 반한다고 볼 수 없다 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(다) 세번째주장에대한판단

살피건대, 현행 소득세법 제100조 제1항은 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다는 내용의 동일기준의 원칙을 규정하고 있는바, 같은 법 제100조 제1항이 규정하는 동일기준의 원칙은 양도소득세의 과세대상인 양도차익을 산정함에 있어서 적용되는 원칙이므로, 이 사건과 같이 피고가 이 사건 기존주택의 양도소득세를 산정함에 있어 그 감면요건인 1세대 1주택 양도소득세 비과세대상 여부의 확인을 위하여 기준시가를 기준으로 이 사건 신축주택의 고가주택 여부를 판단하는 경우에도 위 원칙이 그대로 적용된다고 볼 수 없다 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(라) 네번째주장에대한판단

1) 헌법 제11조 제1항의 평등의 원칙이 세법 영역에서 구현된 것이 조세평등주의로서, 이는 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고 합리적인 이유 없이는 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 않는다는 원칙이다. 다만 합리적인 이유가 있는 경우에는 납세자 간의 차별취급도 예외적으로 허용된다고 할 것인데, 세법의 내용을 어떻게 정할 것인가에 관하여는 입법자에게 광범위한 형성의 자유가 인정되며, 오늘날 조세입법자는 재정수입의 확보라는 목적 이외에 국민경제적, 재정정책적, 사회정책적 목적달성을 위하여 여러 가지 관점을 고려할 수 있기 때문이다(헌법재판소 2006. 3. 30. 선고 2003헌가11 전원재판부 결정 참조).

2) 이 사건에 관하여 보건대, 설령 원고가 이 사건 기존주택 대신에 이 사건 신축주택을 양도함으로써 개정 조세특례법 부칙 제29조 제1항에 따라 그 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 '고급주택' 기준인 종전 소득세법 시행령(1999. 9. 18. 대통령령 제16556호로 개정되기 전의 것) 제156조 제2호에 의한 '전용면적이 165㎡ 이상이고 그 양도가액이 5억 원을 초과하는 공동주택'이라는 기준을 적용한다고 하더라도, 위 종전 소득세법 시행령 제156조 제2호는 고급주택 여부를 판단하는 기준이 되는 가액을 명문으로 그 취득가액이 아난 '그 양도가액'으로 규정하고 있고, 위에서 본 바와 같이 1999. 9. 18. 이후부터 이 사건 경정거부처분 당시까지의 소득세법 시행령 모두가 고급주택 또는 고가주택 여부를 판단하는 기준이 되는 가액을 명문으로 '양도 당시의 실지거래가액'이라고 규정하고 있으며, 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 신축 주택의 취득시점에서 저가인 그 취득가액에 의하여 종전의 고급주택 기준에 해당하는지 여부를 판단하여 당연히 가중된 세율을 적용받지 않는 것이 아니라, 이 사건 신축 주택의 양도시점에서 새로운 실지양도가액에 의하여 종전의 고급주택 기준에 해당하는지 여부를 판단하는 것이므로, 원고가 이 사건 신축주택을 양도한 경우에도 이 사건 신축주택의 양도시점의 실지양도가액이 종전의 고급주택 기준에 해당하는 때에는 이 사건 기존주택을 양도한 경우와 마찬가지로 가중된 세율을 적용받을 수 있다고 할 것이어서, 이 사건 기존주택의 양도에 있어 개정 조세특례법 부칙 제29조 제1항을 적용하지 않고 이 사건 신축주택에 대하여 현행 소득세법 시행령 제156조 제1항 소정의 고가주택 기준을 적용하였다고 하여 곧바로 조세평등의 원칙에 반한다고 볼 수 없고, 또한 설령 원고와 같이 신축주택과 일반주택을 보유한 사람들이 일반주택을 양도하여 통일한 양도차익을 얻게 되는 경우에 그 양도시점에 보유중인 신축주택의 기준시가에 따라 납부하여야 할 양도소득세가 달라진다고 하더라도, 1세대 2주택 중 1주택을 양도함에 있어서 양도소득세의 감면요건인 1세대 1주택 양도소득세 비과세대상 여부에 관하여는 당해 규정의 입법목적이나 정책적, 기술적 판단에 따라 입법자에게 광범위한 입법형성 재량이 부여되어 있다고 보이는 점, 일반주택을 양도하여 동일한 양도차익을 얻게 되는 경우에도 그 양도시점에 보유중인 신축주택이 고급주택 기준에 해당하는지 여부에 따라 납부하여야 할 양도소득세를 달리한다고 하여도 이는 위와 같은 입법자의 광범위한 입법형성 재량에 따른 것으로서 현저히 불합리하다고 보이지 않는 점 등에 비추어 볼 때 이를 합리적 이유 없는 차별이라고 보기 어려워 조세평등의 원칙에 반한다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(마) 다섯번째주장에대한판단

1) 국가는 자신의 재정수요를 충족하고 소득의 재분배, 자원의 적정배분, 경기의 조정 등 여러 가지 목적을 위하여 조세를 부과, 징수 할 필요가 있고, 이와 관련하여 헌법 제38조는 '모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다'고 규정하고 있어서, 국가에 의한 조세의 부과, 정수는 국민의 납세의무에 기초한 것으로서 원칙적으로 재산권의 침해가 되지 않으나, 한편 헌법 제59조가 '조세의 종목과 세율은 법률로 정한다', 헌법 제23조 제1항은 '모든 국민의 재산권은 보장된다. 그 내용과 한계는 법률로 정한다'고 각 규정함으로써 조세법률주의를 선언함과 동시에 국민의 재산권을 보장하고 있으므로, 위와 같은 조세의 부과, 징수에 관한 법률조항이 조세법률주의에 위반되고, 이로 인한 자의적인 과세처분권의 행사에 의하여 납세의무자의 사유재산권이 중대한 제한을 받게 되는 경우에는 예외적으로 재산권의 침해가 될 수 있다.

2) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 피고가 이 사건 신축주택의 취득시기나 양도시기가 아닌 이 사건 기존주택의 양도시기를 기준으로 이 사건 신축주택을 양도소득세의 과세특례에서 제외되는 고가주택에 해당한다고 판단한 다음 원고의 경정청구를 거부한 것이 조세특례제한법의 입법취지에 반한다거나 과세요건 명확주의에 반한다고 볼 수 없고, 또한 앞서 본 바와 같이 피고가 이 사건 신축주택의 기준시가를 기준으로 고가주택 여부를 판단한 것이 납세자에게 불리한 유추해석이나 확장해석으로 서 조세법률주의 또는 과세요건명확주의에 반한다고도 볼 수 없다 할 것이며, 위와 같은 법령해석에 따라 이 사건 기존주택에 대한 양도소득세를 산정함에 있어 가중된 세율이 적용되더라도 이는 실제로 발생한 이 사건 기존 주택의 양도소득의 범위 내에서 부과되어 지는 것일 뿐 이 사건 신축주택에 대한 과세라고 볼 수 없어 양도소득세의 수득세로서의 본질을 침해하지 않으므로, 이를 합리적 이유 없이 국민의 재산권을 과도하게 제한하는 것으로 보기는 어렵다고 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(바) 여섯 번째 주장에 대한 판단

1) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 바, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다. 한편, 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단함에 있어서는, 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고, 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 하고, 그 개인의 귀책사유라 함은 행정청의 견해표명의 하자가 상대방 등 관계자의 사실은폐나 기타 사위의 방법에 의한 신청행위 등 부정행위에 기인한 것이거나 그러한 부정행위가 없더라도 하자가 있음을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 경우 등을 의미한다고 해석함이 상당하고, 귀책사유의 유무는 상대방과 그로부터 신청행위를 위임받은 수임인 등 관계자 모두를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2008. 1. 17. 선고 2006두10931 판결).

2) 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 정부에서 구 조세특례법 제99조를 신설하여 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례제도를 도입하면서 각종 언론 보도를 통하여 이 사건 신축주택의 취득가액을 기준으로 고급주택 여부를 판단하게 될 것이라는 공적 견해표명을 하였다는 취지로 주장하지만, 갑 제3호증의 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없고, 또한, 설령 원고가 양도소득세의 감면 혜택을 유지하기 위하여 현행 조세특례법 제99조 제2항에 따라 2007. 12. 31. 이전에 이 사건 신축주택 외의 이 사건 기존주택을 양도하였다고 하더라도, 정부가 위 규정을 통하여 일반주택을 2007. 12. 31. 이전에 양도하는 경우 신축주택의 취득가액을 기준으로 고급주택 여부를 판단하게 될 것이라는 공적 견해표명을 하였다고 보기 어려우므로, 이 사건 경정거부처분은 이러한 규정들과 각종 언론보도를 통한 정부의 공적 견해표명을 믿은 원고의 신뢰를 침해하는 것으로서 신의칙 또는 신뢰보호원칙에 반한다고 볼 수 없다 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(사) 일곱번째주장에대한판단

1) 헌법 제13조 제2항은 "모든 국민은 소급입법에 의하여 재산권을 박탈당하지 아니한다"고 규정하고 있으므로, 새로운 입법으로 과거에 소급하여 과세하거나 또는 납세의무가 존재하는 경우에도 소급하여 중과세하도록 하는 것은 위 헌법조항에 위반된다고 할 것이고(헌법재판소 2002. 2. 28. 선고 99헌바4 전원재판부 결정 참조), 넓은 의미의 소급입법은, 신법이 이미 종료된 사실관계에 작용하는지 아니면 현재 진행 중인 사실관계에 작용하는지에 따라 일응 진정 소급입법과 부진정 소급입법으로 구분되고, 전자는 헌법적으로 허용되지 않는 것이 원칙이며 특단의 사정이 있는 경우에만 예외적으로 허용될 수 있는 반면, 후자는 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 된다고 할 것이다(헌법재판소 1998. 11. 26. 선고 97헌바58 전원재판부 결정 참조).

2) 이 사건에 관하여 보건대, 현행 소득세법 제114조 제7항은 1999. 12. 28. 법률 제6051호로 소득세법이 개정되면서 제114조 제5항으로 신설된 조항으로서, 비록 원고가 이 사건 신축주택을 분양받을 당시인 1998. 5. 25.에는 존재하지 않았다고 하더라도, 원고가 이 사건 신축주택에 관하여 소유권이전등기를 마치기 전에는 이마 존재하였을 뿐만 아니라, 이 사건 기존주택에 대한 양도소득이 발생한 양도시점에도 이미 존재하고 있었던 점, 양도소득세가 자산의 양도로 인하여 발생하는 양도소득을 과세대상으로 하는 소득세의 일종으로서 자산의 양도가 이루어져야 과세요건이 충족되는 점, 현행 소득세법 제114조 제7항은 이마 발생한 과거의 양도소득에 소급하여 적용되는 것이 아니라고 할 것인 점, 또한 현행 소득세법 제114조 제7항은 이미 과거에 시작하였으나 아직 완성되지 아니하고 진행과정에 있는 사실관계 내지 법률관계를 대상으로 하는 부진정 소급입법의 한 경우로서 이미 종료된 과거에 소급하여 과세하는 진정 소급입법이라고 할 수는 없는 점 등을 종합하면, 현행 소득세법 제114조 제7항은 원고의 재산권을 박탈하는 소급입법에 해당한다고 볼 수 없고, 나아가 이를 근거한 이 사건 경정거부처분 역시 소급과세금지원칙에 반한다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(아) 여덟 번째 주장에 대한 판단

1) 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 경우에 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 기준시가에 의하여 산정한 양도차익이 실지양도가액을 넘을 수 없는 것이나, 기준시가에 의하여 산정한 양도차익이 실지양도가액을 넘는다는 과세장해사유는 납세의무자가 입증하여야 한다(대법원 2001. 9. 7. 선고 2001두4047 판결 참조).

2) 이 사건에 관하여 보건대, 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 경우에 있어서 기준시가에 의하여 산정한 양도차익이 실지양도가액을 넘는 경우에는 과세장해사유라고 할 것이나, 이 사건에 있어서는 피고가 기준시가에 의하여 이 사건 기존주택의 양도차익을 산정하는 경우가 아니라 이 사건 기존주택의 양도소득세를 산정함에 있어 그 감면요건인 1세대 1주택 양도소득세 비과세대상 여부의 확인을 위하여 기준시가를 기준으로 이 사건 신축주태의 고가주택 여부를 판단한 경우로서 사안을 달리한다고 할 것이므로, 위와 같은 과세장해사유가 있다고 볼 수 없다 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(자) 소결론

따라서, 이 사건 경정거부처분은 적법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 원고의 일부 선택적 청구를 각하한 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고, 당심에서 추가된 선택적 청구는 이유 없으므로, 원고의 항소 및 당심에서의 선택적 청구를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.