심사부가2013-0194(2014.03.24)

매출누락에 대한 종합소득세가 판결에 의하여 감액된 경우 관련 부가가치세를 경정청구할 수 있음

명의도용에 의한 세금계산서 발행 사실이 인정되어 종합소득세 부과처분을 취소하는 판결에 따라, 부가가치세 부과처분의 근거가 된 거래 또는 행위가 판결에 의하여 존재하지 않는 것으로 확정되었으므로 이는 국세기본법의 후발적 경정사유에 해당함

국세기본법 제45조의 2경정 등의 청구

2014구합57362 부가가치세부과처분취소

AAA

서초세무서장

2014. 6. 13.

2014. 8. 22.

1. 피고가 2013. 8. 14. 원고에 대하여 한 부가가치세 과세표준 및 세액의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 4. 4. 서울 OOO에서 'BBBB'라는 상호로 운수서비스업을 개업하여 영위하다가 2004. 12. 31. 폐업신고하였다.

나. 피고는 세금계산서 전산대사자료 일람표에 근거하여 원고가 2004년 2기 OOO원, 2005년 1기 OOO원, 2005년 2기 OOO원의 매출세금계산서(이하 '쟁점세금계산서'라 한다)를 신고 누락한 것을 확인하였는데, 그 내역은 아래<표> 기재와 같다.

다. 피고는 원고에 대하여 2009. 12. 1. 2004년 2기분 부가가치세 OOO원, 2005년 1기분 부가가치세 OOO을, 2009. 12. 15. 2005년 2기분 부가가치세 OOO원을 각 경정・고지하였다(이하 '이 사건 부가가치세 부과처분'이라 한다).

라. 피고는 남양주세무서장에게 위 과세자료를 통보하였고, 남양주세무서장은 위 과세자료에 근거하여 원고의 소득금액을 추계한 다음 2010. 5. 11. 원고에 대하여 2004년 귀속 종합소득세 OOO원, 2005년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 종합소득세 부과처분'이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2010. 6. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2010. 9. 13. 이 사건 부가가치세 부과처분에 대한 심판청구를 각하하고, 이 사건 종합소득세 부과처분에 대한 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

바. 1) 원고는 2010. 10. 1. 서울행정법원 2010구합37919호로 주위적으로는 이 사건 부가가치세 및 종합소득세 부과처분의 무효확인을 구하고, 예비적으로는 이 사건 부가가치세 및 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다. 위 법원은 2011. 12. 16. 주위적 청구를 기각하고, 예비적 청구 중 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소청구 부분은 원고가 이 사건 부가가치세 부과처분을 알게 된 날로부터 90일이 경과한 후에 심판청구를 제기하였으므로 적법한 전심절차를 거치지 않아 부적법하다는 이유로 각하하였으며, 예비적 청구 중 이 사건 종합소득세 부과처분의 취소 청구 부분은 기각하였다.

2) 원고는 이에 불복하여 서울고등법원 2012누3059호로 항소하였다. 위 법원은 2012. 12. 6. '원고의 직원인 CCC이 실제 거래 없이 BBBB의 명의를 도용하여 DD물산 주식회사(이하 'DD물산'이라 한다) 및 DD산업에 대한 세금계산서를 발행하고 그에 대한 대가로 세금계산서상의 금액 중 일부를 EEE(DD물산 및 DD산업의 대표자) 및 FFF(DD물산 및 DD산업의 직원)로부터 지급받은 것으로 보이므로, DD물산 및 DD산업에 대한 매출세금계산서상의 금액 합계 OOO원은 원고의 수입금액으로 산정할 수 없는바, DD물산 및 DD산업에 대한 매출금액 285,200,000원을 원고의 수입금액에서 공제하여 정당한 종합소득세액을 산정하면 OOO원이 된다'라고 판단하여 이 사건 종합소득세 부과처분 중 2004년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분을 취소하고, 원고의 나머지 항소를 기각하는 판결을 선고하였다.

3) 남양주세무서장은 이에 불복하여 대법원 2013두949호로 상고하였으나, 2013. 5. 9. 상고가 기각됨에 따라 위 판결은 그대로 확정되었다.

사. 원고는 위 소송에서 DD물산 및 DD산업에 대한 매출세금계산서상의 금액이 원고의 수입금액으로 산정될 수 없다고 인정되었다는 이유로 2013. 6. 25. 피고에게 2004년 2기분 부가가치세 OOO원의 부과처분 중 DD물산 및 DD산업에 대한 매출금액에 관한 부분의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2013. 8. 14. 위 부가가치세 부과처분에 대한 취소청구 부분이 부적법하여 각하되었다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

아. 원고는 이에 불복하여 2013. 10. 31. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 2014. 3. 24. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

국세기본법 제45조의2 제2항 제1호는 후발적 경정청구 사유의 하나로 '최초의 신고・결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때'를 규정하고 있다. 그런데 당해 부과처분에 대한 취소소송에서 과세관청이 패소하여 확정된 경우에는 경정청구가 없더라도 부과처분이 취소될 것이기 때문에 위 규정에서의 판결을 당해 부과처분에 대한 조세행정소송에서의 판결만을 의미한다고 제한적으로 해석하는 것은 후발적 경정청구 제도를 무의미하게 만드는 것일 뿐만 아니라 실질과세의 원칙에도 반하고, 국민의 재산권을 침해하는 것이다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 국세기본법 제45조의2 제2항은 '과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다'라고 규정하면서, 그 제1호에서 '최초의 신고・결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때'를 규정하고 있다. 이처럼 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 '거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때'는 최초의 신고・결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결, 대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두10023 판결, 대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조).

2) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 피고는 원고가 2004년 2기에 DD물산 및 DD산업에 대하여 합계 OOO원의 매출액 등이 발생하였음에도 이에 대한 매출세금계산서 신고를 누락하였다는 이유로 2004년 2기분 부가가치세 OOO원을 경정・고지하였고, 남양주세무서장은 피고로부터 통보받은 위 과세자료를 근거로 하여 원고의 소득금액을 추계한 후 2004년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정・고지하였는데, 이후 원고가 제기한 사건의 항소심 법원은 원고의 직원인 CCC이 실제 거래 없이 BBBB의 명의를 도용하여 DD물산 및 DD산업에 대한 세금계산서를 발행한 사실을 인정하고, 이를 이유로 DD물산 및 DD산업에 대한 매출세금계산서상의 금액을 원고의 소득금액으로 산정할 수 없다고 하여 2004년 귀속 종합소득세 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였으며, 위 판결은 그대로 확정되었다. 이에 의하면 피고의 2004년 2기분 부가가치세 부과처분의 근거가 된 거래 또는 행위인 원고의 DD물산 및 DD산업에 대한 매출은 위 판결에 의하여 존재하지 않는 것으로 확정되었다고 할 것이므로, 원고가 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 따라 위 판결이 확정된 때로부터 2개월 이내에 2004년 2기분 부가가치세 부과처분 중 DD물산 및 DD산업에 대한 매출금액에 관한 부분의 환급을 구하는 경정청구를 한 것은 적법하다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.