법인세 신고 당시의 사실관계를 바탕으로 그 손금귀속시기만을 달리 본 과세권자의 손금귀속방법이 위법하다는 이유로 어느 과세기간의 부과처분을 취소한 확정판결은, 그 다음 과세기간의 법인세와 관련하여 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 , 제5호 , 같은 법 시행령 제25조의2 에 정한 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다고 한 사례

법인세 신고 당시의 사실관계를 바탕으로 그 손금귀속시기만을 달리 본 과세권자의 손금귀속방법이 위법하다는 이유로 어느 과세기간의 부과처분을 취소한 확정판결은, 그 다음 과세기간의 법인세와 관련하여 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 , 제5호 , 같은 법 시행령 제25조의2 에 정한 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다고 한 사례.

국세기본법 제45조의2 제2항 , 국세기본법 시행령 제25조의2

주식회사 대교 (소송대리인 법무법인 바른 담당변호사 강훈외 2인)

금천세무서장

서울고법 2006. 5. 18. 선고 2004누21342 판결

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고의 법인세 신고 당시의 사실관계를 바탕으로 이 사건 지급수수료 손금귀속시기만을 한 달씩 늦춘 피고의 손금귀속방법이 위법하다고 판단하여 1992 내지 1995 사업연도의 법인세 부과처분을 취소한 이 사건 확정판결이 1996 사업연도 귀속 지급수수료에 대하여 국세기본법(이하 ‘법’이라고만 한다) 제45조의2 제2항 제1호 , 제5호 소정의 후발적 경정청구사유에 해당하고, 위탁수수료 역시 이 사건 지급수수료와 그 성격이 동일하여 1996 사업연도 손금으로 산입되어야 하므로, 원고의 지급수수료 및 위탁수수료에 대한 1996 사업연도 법인세 경정청구를 거부한 피고의 처분은 위법하다고 판단하였다.

2. 그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

법 제45조의2 제2항 은 “과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 제2항 각 호의 1 에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항 에서 규정하는 기간에 불구하고, 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다”고 규정하면서, 그 제1호 에서 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를, 그 제5호 에서 ‘ 제1호 내지 제4호 와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과 후에 발생한 때’를 각 규정하고 있다. 그리고 법 시행령(이하 ‘시행령’이라고 한다) 제25조의2 는 ‘대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 후에 발생한 때’로서 그 제1호 에서 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때’를, 그 제2호 에서 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 취소된 때’를, 그 제3호 에서 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 때’를, 그 제4호 에서 ‘기타 제1호 내지 제3호 에 준하는 사유에 해당하는 때’를 각 규정하고 있다.

그런데 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’라 함은 ‘거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 의미하므로( 대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결 참조), 원고의 법인세 신고 당시의 사실관계를 바탕으로 그 손금귀속시기만을 달리 본 피고의 손금귀속방법이 위법하다고 판단하여 부과처분을 취소한 이 사건 확정판결은 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 판결에 포함되지 않는다고 봄이 상당하다.

그리고 법 제45조의2 제2항 제5호 및 시행령 제25조의2 제1호 내지 제4호 의 각 규정 내용에 비추어 볼 때, 위와 같이 그 손금귀속시기만을 한 달씩 늦춘 피고의 손금귀속방법이 위법하다고 판단하여 1992 내지 1995 사업연도의 법인세 부과처분을 취소한 이 사건 확정판결은 1996 사업연도 법인세에 대한 관계에서 법 제45조의2 제2항 제5호 , 시행령 제25조의2 제1호 내지 제4호 소정의 후발적 경정청구사유에도 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.

그런데도 원심은 이 사건 확정판결이 법 제45조의2 제2항 제1호 , 제5호 소정의 후발적 경정청구사유에 해당한다고 판단하였으니, 원심판결에는 법 제45조의2 제2항 소정의 후발적 경정청구사유에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.