서울행정법원 2015. 01. 09. 선고 2014구합60498 판결

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전심사건번호

제목

요지

전심사건번호

2012서3629 (2014.03.09)

제목

실지거래가액인 취득가액에 대하여는 과세관청이 이를 입증하여야 함

요지

양도가액에 대하여는 실지거래가액으로 하면서 취득가액에 대하여는 그 증빙의 미비 등으로 실지거래가액을 확인할 수 없다고 신고한 경우에도 원칙적으로 실지거래가액인 취득가액에 대하여는 과세관청이 이를 입증하여야 하고, 이를 입증하지 못하는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계결정할 수밖에 없음

사건

2014구합60498 양도소득세부과처분취소

원고

강○○

피고

강동세무서장

변론종결

2014. 12. 5.

판결선고

2015. 1. 9.

주문

1. 피고가 2012. 6. 13. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 00,000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1984. 11. 23. 구 공유수면매립법(1986. 12. 31. 법률 제3901호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정전 공유수면매립법'이라 한다)에 근거하여 해운항만청장으로부터 부산 ○○구 ○○동(이하 '○○동'이라 한다) 산00에 관하여 공유수면매립면허를 받은 후, 1987. 1. 1.경부터 1999. 12. 31.경까지 아래 <표> 기재와 같이 총 00,000㎡의 부지를 매립하여 2001. 8. 29. 부산지방해양수산청장으로부터 준공인가를 받고, 매립지 총 00,000㎡ 중 국가 및 지방자치단체에 귀속된 00,000㎡(= 00,000㎡ + 0,000㎡)를 제외한 ○○동 000-0 잡종지 00,000㎡ 및 ○○동 000-0 잡종지 00,000㎡(이하 통틀어 '이 사건 매립지'라 한다)의 소유권을 취득하였다.

<표>

소유자

지번

지목

면적(㎡)

국(해양수산부)

○○동 000-0

대

000

○○동 000-00

도로

0,000

○○동 000-00

잡종지

0,000

소계

00,000

부산광역시

○○동 000-0

도로

0,000

○○동 000-0

도로

0,000

○○동 000-00

도로

0,000

소계

0,000

원고

○○동 000-0

잡종지

00,000

○○동 000-0

잡종지

00,000

소계

00,000

합계

00,000

나. 원고는 2009. 12. 30. ○○통운 주식회사(이하 '○○통운'이라 한다)에 ○○동 000-0 잡종지 00,000㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 00,000,000,000원에 양도한 후 2010. 2. 26. 양도소득세 예정신고를 하면서 이 사건 토지의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 보아 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호 나목에 의한 환산가액 00,000,000,000원을 취득가액으로 하여 양도소득세 0,000,000,000원을 신고・납부하였다.

다. 피고는 2011. 4. 18.부터 2011. 5. 7.까지 이 사건 토지의 양도에 관한 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 매립지의 매립 총공사비를 알 수 없어 이 사건 토지의 실제 취득가액을 확인할 수 없는 것으로 보아 환산가액을 적용하여 한 원고의 양도소득세 신고내용이 적정하다는 취지로 조사를 종결하였다.

라. 이후 국세청장은 기획점검을 실시하여 원고가 위 매립공사의 면허관청인 부산지방해양수산청에 신고・제출한 '매립공사 내역서'(이하 '이 사건 내역서'라 한다)를 확보하고, 위 내역서에 총공사비가 0,000,000,000원(부가가치세 별도)으로 기재되어 있음을 확인하여 이 사건 내역서가 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항 제1호의 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료'에 해당하는 것으로 보아 서울지방국세청장에게 제2차 세무조사를 지시하고 2012. 3. 10. 원고에게 세무조사 사전통지를 하였다.

마. 서울지방국세청장은 2012. 3. 28.부터 2012. 5. 21.까지 이 사건 토지의 양도에 관한 제2차 세무조사를 실시하는 과정에서 원고가 이 사건 매립지 취득과 관련하여 지방세 관할구청에 취득세 및 등록세를 신고하면서 제출한 각종 증빙자료 및 국세청 전산망의 부가가치세 신고내역 조회 등을 통해 이 사건 내역서에 기재된 부지매립 총공사비가 실제 공사비를 모두 반영한 것으로 보아, 이 사건 토지의 실제 취득가액을 이 사건 내역서상의 총공사비 0,000,000,000원에 추가 토지구입비 00,000,000원(원고가 부산광역시의 실시계획인가통보 보완조건을 충족하기 위해 2000. 6. 20. 손자 강○○으로부터 증여받은 토지 등 토지취득 추가비용이다), 추가 보상비용 00,000,000원(1980. 4. 22. 및 1987. 9. 30. 지급된 어민 등에 대한 보상비용이다)을 가산한 합계 0,000,000,000원 중 이 사건 토지의 비율에 해당하는 0,000,000,000원(= 0,000,000,000원 × 00,000㎡/00,000㎡)으로 하여 제2차 세무조사를 종결하고, 그 조사결과를 피고에게 통보하였다. 이에 따라 피고는 2012. 6. 13. 원고에 대하여 2009년 귀속 양도소득세 00,000,000,000원(가산세 포함)을 경정・고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2012. 8. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 3. 19. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제0 내지 0, 00, 00호증, 을 제0호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 첫 번째 주장

공유수면매립법 제14조 제1항은 매립면허를 받은 자가 면허관청에 매립에 소요된 실제 사업비를 증명할 필요 없이 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지를 제외한 나머지 매립지의 소유권을 취득한다고 규정하고 있다가 1986. 12. 31. 법률 제3901호로 개정(이하 '개정후 공유수면매립법'이라 한다)되면서 본인이 원하는 위치의 매립지로서 그 매립에 소요되는 사업비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득한다고 규정하였는바, 개정전 공유수면매립법을 적용받는 원고로서는 면허관청에 매립에 소요된 사업비 전부를 보고하거나 신고할 필요가 없었으므로 준공인가 신청시 그 때까지 증빙이 남아있던 일부 사업비만을 기재한 이 사건 내역서를 면허관청에 제출하고, 그러한 사업비를 기준으로 취・등록세, 부가가치세 등 관련 세금을 납부하였을 뿐이며, 따라서 원고가 이 사건 내역서를 면허관청인 부산지방해양수산청에 제출하였다거나 이 사건 내역서상의 공사비가 원고가 신고・납부한 부가가치세 및 취・등록세의 과세표준과 유사하다는 사정만으로 이 사건 내역서상의 공사비가 매립에 실제 소요된 사업비에 부합한다고 볼 수 없는 점, 이 사건 내역서상의 공사비에는 매립공사를 진행하였던 개인사업자들의 1차 토석채취허가에 따른 토석채취공사비 내역 등이 반영되어 있지 않은 점, 피고도 이 사건 내역서에 기재되어 있지 않은 비용들을 추가하여 이 사건 토지의 실제 취득가액을 산정한 점, 이 사건 내역서를 기준으로 산정한 ㎡당 사업비는 00,000원으로 연접한 ○○○제일호유동화전문회사(이하 '○○○'이라 한다)의 ㎡당 사업비 000,000원, ○○어업개발 주식회사(이하 '○○어업'이라 한다)의 ㎡당 사업비 000,000원의 약 1/5 내지 1/4에 불과한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 내역서상의 사업비는 매립공사에 실제 소요된 사업비라고 볼 수 없다. 결국 이 사건 토지는 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 그 취득가액은 환산가액으로 하여야 할 것인바, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 두 번째 주장

구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 하는바, '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료'에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않으며, 어떤 자료가 종전 세무조사에서 조사되지 않았다고 하더라도 그 자료의 내용이 이미 조사된 다른 자료의 내용과 사실상 동일하거나 과세관청이 법에 의해 부여받은 조사권 행사로 취득할 수 있는 자료인 경우에는 이미 조사된 자료와 마찬가지로 제외된다고 할 것이다. 그런데 이 사건 내역서는 원고의 취득세 신고 내역과 거의 동일한 것인바, 구 소득세법 제97조 제1항, 구 소득세법 시행령(2009. 12. 31. 대통령령 제21934호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제1항, 제89조 제1항에 비추어 보면 양도소득세 조사에 있어 납세자가 납부한 취득세는 조사될 수밖에 없으므로, 결국 이 사건 내역서는 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료'에 해당하지 않는다. 따라서 제2차 세무조사는 위법하다고 할 것이므로 제2차 세무조사에 기한 이 사건 처분 역시 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 1986. 12. 31. 매립공사 착수신고서를 제출한 후 주식회사 ○○(이하 '○○'라 한다)와 1987. 3. 25. 매립공사 및 안벽 축조공사에 관하여 공사금액을 0,000,000,000원(부가가치세 포함)으로 하여 공사도급계약을 체결하였다가 1988. 6. 26. 타절준공금을 000,000,000원으로 하여 공사타절합의를 하였다.

2) 부산일보는 1988. 1. 21. 아래와 같은 내용의 기사를 게재하였다.

부산 ○○항 종합개발을 위해 해안매립공사를 맡은 건설업체가 ○○산 중턱에서 바다 쪽으로 토석과 쓰레기를 붓는 바람에 수려한 해안절경을 회복불능의 상태로 망가뜨려 놓았다.

더욱이 이 업체는 부산지역에서 나온 건축 쓰레기류를 트럭 1대당 3천 ~ 4천원씩 받고 투기하도록 허용해 해안과 산을 쓰레기장으로 만들고 있는데도 관계당국은 공사개시 8개월이 지나도록 조치를 취하지 않고 있다. 이 바람에 최근 ○○산의 ○○ 방면 기슭 세로 150m, 가로 100m 지대는 토석과 쓰레기로 뒤덮여 산사태가 난 것처럼 흉하게 변한데다 이곳에서 흘러내린 오・폐수로 바다가 오염돼 연안 어장까지 황폐화시키고 있다.

○○만 매립면허업체 17곳 중 문제의 구간(○○동 산00 일대)을 맡은 업체는 부산○○산업(대표 강○○). ○○측은 실제 매립공사를 ○○에 맡겼고 ○○는 지난 1987. 6. 1. 공사착공계를 관할 부산 ○○구청에 제출했다. 그러나 ○○는 이 공사를 다시 서울○○산업에 하청, 공사를 벌여온 것으로 드러났다.

○○측은 매립을 용이하게 하기 위해 지난 해 7월 ○○산 일주도로에서 해안까지 길이 2km 너비 4m 가량의 도로를 불법개설해 놓고도 토석을 운반하는 데 번거로움이 따르자 아예 해안도로 돌출지점에 토사반입장을 설치, 경사 70도 가량의 산기슭에 쓰레기와 잔토를 쏟아부어 150여m 떨어진 해안까지 밀려 내려가게 하고 있다.

○○측은 해안에 중장비를 배치, 밀려내려 온 잔토 등은 덤프트럭으로 300여m 옮겨 해안 0,000평을 매립하고 있다.

이 바람에 토사가 흘러내린 산기슭은 수목이 마구 쓰러지고 쓰레기로 뒤덮여 있다. 또 이곳 해안에는 물막이 시설도 없어 쓰레기에서 흘러나온 오・폐수가 그대로 바다로 흘러들고 있다. 특히 이곳 해안은 ○○측 매립구간에서 50~150m 가량 벗어난 곳이어서 공사준공 후 뒤처리 방안도 막연한 실정. (이하 생략)

3) 한편, 원고는 공유수면 매립용 토석을 채취할 목적으로 1987. 8. 24. ○○동 산00의 0,000.0㎡에 관하여 토석채취허가(공사기간 1987. 8. ~ 1988. 7., 공사비 : 000,000,000원)를 받았다.

4) 원고는 1988. 10. 8. ○○종합건설 주식회사(이하 '○○종합건설'이라 한다)와 매립공사에 관하여 공사금액을 0,000,000,000원(부가가치세 포함)으로 하여 공사도급계약을 체결하였고, ○○종합건설은 공유수면 매립용 토석 채취를 목적으로 1988. 12. 6. ○○동 산00의 0,000㎡에 관하여 토석채취허가(공사기간 1988. 12. 7. ~ 1989. 10. 6.,공사비 000,000,000원)을 받았다.

5) 이 사건 내역서에 기재된 사업비 내역은 아래와 같다.

내역

금액(원)

비고

매립공사대

5,266,580,908

오폐수공사대

363,636,363

신호등공사대

30,000,000

어민보상금

86,328,120

보증보험료

144,054,162

상수도공사

93,307,645

설계 및 감리비

69,920,000

가로등공사

29,520,000

기타공과금

55,510,637

합계

6,138,857,835

부가가치세 제외

6) 원고가 취・등록세와 관련하여 부산광역시 ○○구청에 제출한 공사비 내역서(을 제0호증)에 기재된 사업비 내역은 아래와 같다.

순번

거래처

내역

공사금액

공급가액

부가가치세

합계

○○건설

매립공사대

0,000,000,000

000,000,000

0,000,000,000

○○건설

매립공사대

000,000,000

00,000,000

000,000,000

○○건설

오・폐수공사대

000,000,000

00,000,000

000,000,000

○○기술개발

감리비

00,000,000

○○기업

신호등공사대

00,000,000

0,000,000

00,000,000

○○중전기

배후도로가로등공사대

00,000,000

0,000,000

00,000,000

○○안전진단

CCTV 촬영 및 폐수공사대

00,000,000

0,000,000

00,000,000

○○보증보험

보증보험

000,000,000

어민보상금

00,000,000

기타공과금외

00,000,000

000,000

00,000,000

당수도공사대

00,000,000

○○

설계비 및 용역비

0,000,000

합계

0,000,000,000

000,000,000

0,000,000,000

7) 원고가 도급업체로부터 매립공사용역을 제공받고 수취한 세금계산서 내역은 아래와 같다.

일자

거래처

거래내역

공급가액(원)

비고

1987~1988년

○○

○○항 배면도로 조성 및 내부매립공사

000,000,000

4장

1988~2001년

○○종합건설

매립공사대

0,000,000,000

13장

1994~1995년

○○종합건설

하수관로 공사

000,000,000

4장

1994~2000년

○○중전기 외 6개사

설계용역, CCTV 촬영, 신호등・가로등공사대

00,000,000

13장

합계

0,000,000,000

8) 원고는 이 사건 매립지를 임대하였는데, 원고가 국세청에 신고한 부동산임대사업장 신고내역 중 대차대조표에 기재되어 있는 이 사건 매립지의 2001년 장부가액은 0,000,000,000원이다.

9) 원고는 2001. 8. 29. 공유수면 매립공사 준공인가 당시 매립공사용역을 국가에 제공하고 그 대가로 이 사건 매립지의 소유권을 취득함에 따라 부지매립 총공사비를 과세표준(공급가액)으로 하여 국가에 세금계산서를 교부하였는데, 그 내용은 아래와 같다.

(단위 : 1,000원)

구분

매출가액

매입가액

비고

2001년 1기

000,000

항만하역 매출분

2001년 2기

0,000,000

항만하역 매출분 + 부지매입공사 매출분

10) ○○○은 개정후 공유수면매립법에 따라 1991. 11. 12. 이 사건 매립지에 인접한 ○○동 000-0에 관하여 공유수면매립면허를 받아 1993. 1. 29.경부터 1999. 12. 31.경까지 매립공사를 한 후 2001. 5. 31.경 준공인가를 받았는데, 준공인가필증에 기재된 사업비 액수 및 내역, 준공면적은 아래와 같다.

o 총사업비 : 00,000,000,000원

o 정산총사업비 : 0,000,000,000원

o 준공면적 : 전체 00,000㎡

- ○○○ 취득 : 00,000㎡

- 국가 귀속 : 0,000㎡

- 공공용 매립지 : 0,000㎡

o 사업비 내역

항목

사업비(원)

실시계획인가금액

실지급액

정산액

조사비

실지급액

00,000,000

0,000,000

설계비

실지급액

000,000,000

순공사비

0,000,000,000

보상비

실지급액

00,000,000

기타비용

소계

실지급액

0,000,000,000

000,000,000

감리비

실지급액

000,000,000

일반관리비

실지급액

000,000,000

매립면허수수료

실지급액

00,000,000

매립지감정평가비

실지급액

00,000,000

계

0,000,000,000

이윤(10%)

000,000,000

건설이자(7.6%)

0,000,000,000

총계

0,000,000,000

부가가치세(10%)

000,000,000

총공사비

00,000,000,000

0,000,000,000

11) ○○어업은 개정후 공유수면매립법에 따라 1991. 6. 10. 이 사건 매립지에 인접한 ○○동 산000-0에 관하여 공유수면매립면허를 받아 1991. 11. 26.경부터 2001. 3. 31.경까지 매립공사를 한 후 2001. 4. 2.경 준공인가를 받았는데, 준공인가필증에 기재된 사업비 액수 및 내역, 준공면적은 아래와 같다.

o 총사업비 : 00,000,000,000원

o 정산총사업비 : 00,000,000,000원

o 준공면적 : 전체 000,000㎡

- ○○어업 취득 : 000,000㎡

- 국가 귀속 : 00,000㎡

- 공공용 매립지 : 00,000㎡

o 사업비 내역

항목

사업비(원)

실시계획인가금액

실지급액

정산액

조사비

실지급액

00,000,000

설계비

0,000,000,000

000,000,000

순공사비

00,000,000,000

보상비

실지급액

0,000,000,000

기타비용

소계

00,000,000,000

0,000,000,000

감리비

000,000,000

일반관리비

0,000,000,000

환경영향평가비

실지급액

0,000,000

매립면허수수료

실지급액

000,000

매립지감정평가비

실지급액

000,000,000

00,000,000

면허조건이행비

실지급액

0,000,000,000

법령에 의한 부담금

실지급액

0,000,000,000

지급된 부가가치세

실지급액

0,000,000,000

계

00,000,000,000

이윤(10%)

0,000,000,000

건설이자

00,000,000,000

총계

00,000,000,000

부가가치세(10%)

0,000,000,000

총사업비

00,000,000,000

12) 원고가 소유권을 취득한 이 사건 토지와 ○○○이 소유권을 취득한 토지의 2001년 개별공시지가는 000,000원이고, ○○어업이 소유권을 취득한 토지의 2001년 개별공시지가는 000,000원이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제0 내지 00호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제0 내지 0, 00호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 구 소득세법 제94 내지 97조, 제100조 등에 의하면 부동산의 양도차익은 양도가액에서 취득가액 등을 공제하되 양도가액과 취득가액은 실지거래가액으로 함이 원칙이나, 같은 법 제114조 제7항, 구 소득세법 시행령 제176조의2 제1항에 의하면, 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부・매매계약서・영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등의 사유로 당해 자산의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 한편, 과세요건의 입증책임은 과세관청에 있으므로, 이 사건과 같이 양도가액에 대하여는 실지거래가액으로 하면서 취득가액에 대하여는 그 증빙의 미비 등으로 실지거래가액을 확인할 수 없다고 신고한 경우에도 원칙적으로 실지거래가액인 취득가액에 대하여는 과세관청이 이를 입증하여야 하고, 이를 입증하지 못하는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계결정할 수밖에 없다고 할 것이다. 나아가 납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재 자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자가 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수는 없다(대법원 1988. 2. 9. 선고 87누536 판결).

2) 살피건대, 앞서 본 사실관계 및 갑 제00호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 내역서상의 사업비가 매립공사에 실제 소요된 사업비라고 볼 수 없어 이 사건 토지는 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 살필 필요 없이 위법하여 취소되어야 한다.

① 공유수면매립법은 제14조 제1항에서 매립면허를 받은 자가 준공인가를 받은 날에 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지를 제외한 나머지 매립지의 소유권을 취득한다고 규정하다가 1986. 12. 31. 법률 제3901호로 개정되면서 매립면허를 받은 자가 준공인가를 받은 날에 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지를 제외한 매립지 중 준공인가 신청시에 본인이 원하는 위치의 매립지로서 그 매립에 소요되는 사업비(순공사비・조사비・보상비 기타 당해 매립에 관한 공사에 소요된 비용을 포함한다)에 상당하는 매립지의 소유권을 취득한다고 규정하되, 부칙 제3항에서 개정후 공유수면매립법 시행(1986. 12. 31.) 전에 매립면허를 받은 자에 대하여는 종전의 규정에 의한다고 규정하였다.

이에 의하면, 1986. 12. 31. 이전인 1984. 11. 23. 매립면허를 받아 개정전 공유수면매립법 제14조 제1항을 적용받는 원고로서는 매립에 소요된 사업비와 상관없이 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지를 제외한 나머지 매립지의 소유권을 취득하게 되므로 부산지방해양수산청에 이 사건 내역서를 제출하면서 매립에 소요된 모든 사업비를 정확하게 기재할 유인이 없었다. 이에 반해 1986. 12. 31. 이후인 1991. 11. 12.과 1991. 6. 10. 각 매립면허를 받아 개정후 공유수면매립법 제14조 제1항을 적용받는 ○○○과 ○○어업으로서는 매립에 소요되는 사업비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득하게 되므로 매립에 소요된 모든 사업비를 정확하게 기재할 필요성이 컸다{그 결과 원고의 공유수면매립공사 준공인가필증에는 총사업비가 0,000,000,000원(이 사건 내역서상의 금액과 동일하다)으로 기재되어 있을 뿐 정산총사업비나 사업비의 구체적인 내역이 기재되어 있지 않으나, ○○○과 ○○어업의 공유수면매립공사 준공인가필증에는 총사업비 뿐만 아니라 정산총사업비, 사업비의 구체적인 내역까지 자세히 기재되어 있다}.

② 이러한 점에 비추어 보면 ○○○과 ○○어업의 공유수면매립공사 준공인가필증에 기재된 사업비와 그 구체적인 내역이 원고의 공유수면매립공사 준공인가필증, 즉 이 사건 내역서에 기재된 사업비보다 더 신빙성이 있다고 할 것이다. 그런데 이 사건 내역서에는 위 두 업체가 공통적으로 지출한 사업비인 조사비, 일반관리비, 매립면허수수료, 매립지감정평가비, 건설자금이자 등이 포함되어 있지 않은바, 이 사건 내역서에 위와 같은 사업비가 누락되어 있다고 볼 가능성이 높다. 뿐만 아니라 피고는 이 사건 토지의 실제 취득가액을 산정함에 있어 이 사건 내역서상의 총공사비 0,000,000,000원에 추가 토지구입비 00,000,000원, 추가 보상비용 00,000,000원을 가산하였는바, 이에 의하면 피고 역시 이 사건 내역서에 기재되어 있지 않은 사업비가 존재한다는 점을 인정하였다고 할 것이다.

③ 원고는 ○○○이나 ○○어업보다 먼저 이 사건 매립지 인근에서 매립공사를 시작하였으므로 원고가 이 사건 소장에서 주장한 바와 같이 매립토사의 유출을 방지하기 위하여 'ㄷ'자 모양의 둑을 쌓는 등 ○○○이나 ○○어업보다 더 많은 공사비를 지출하였을 가능성을 배제할 수 없다. 그런데 이 사건 내역서를 기준으로 할 경우 원고가 매립한 토지의 ㎡당 사업비는 00,000원(= 0,000,000,000원/00,000㎡, 소수점 이하는 반올림. 이하 같다)인 반면, 오리온의 ㎡당 사업비는 000,000원 {= 0,000,000,000원(이 사건 내역서상의 사업비 0,000,000,000원은 부가가치세를 포함하지 않은 것으로 보이므로, ○○○과 ○○어업의 총사업비도 부가가치세를 포함하지 않은 금액으로 한다)/00,000㎡}, ○○어업의 ㎡당 사업비는 000,000원(= 00,000,000,000원/000,000㎡)으로 원고의 ㎡당 사업비의 3.6 ~ 4.2배에 달하는바, 피고가 주장하는 원고, ○○○, ○○어업의 공사시기의 차이, 물가 상승 등을 고려하더라도 이러한 ㎡당 사업비의 차이는 쉽게 납득하기 어렵다. 뿐만 아니라 원고가 소유권을 취득한 이 사건 토지와 ○○○이 소유권을 취득한 토지의 2001년 개별공시지가가 000,000원으로 동일하고, ○○어업이 소유권을 취득한 토지의 2001년 개별공시지가는 000,000원으로 오히려 이 사건 토지의 개별공시지가보다 낮은 점, ○○○의 경우 공사종료시기가 1999. 12. 31.로 원고와 동일하고 공사기간이 원고보다 짧은 점 등에 비추어 보면 위와 같은 차이는 더욱 납득하기 어렵다.

④ 피고는 원고와 유사한 시기에 매립공사를 한 주식회사 ○○정공, ○○산업 주식회사, ○○냉장 주식회사의 경우 공유수면매립공사 준공인가필증에 기재되어 있는 총사업비를 기준으로 하여 계산한 ㎡당 사업비가 00,000원 내지 000,000원으로 원고의 ㎡당 사업비와 유사하므로 이 사건 내역서상의 공사비가 실제 공사비에 해당한다는 취지로 주장한다. 그러나 매립에 소요되는 비용은 매립 위치, 면적, 수심, 조류 등에 의해 크게 좌우되는바, 위 업체들이 매립한 장소가 원고의 매립지와 어느 정도 유사한지 전혀 알 수 없는 상황에서 단순히 공사시기가 비슷하다는 사정만으로 위 업체들과 원고의 ㎡당 사업비를 비교할 수는 없다고 할 것이다. 뿐만 아니라 위 업체들은 원고와 마찬가지로 개정후 공유수면매립법이 시행되기 전에 매립면허를 받았으므로(주식회사 ○○정공, ○○냉장 주식회사의 경우 각 1981. 4. 28., ○○산업 주식회사의 경우 1985. 7. 24.), 앞서 본 바와 같이 이들의 공유수면매립공사 준공인가필증에 기재되어 있는 총사업비는 신빙성이 높지 않다고 할 것이다(위 업체들의 준공인가필증에는 원고와 마찬가지로 총사업비만 기재되어 있을 뿐 정산총사업비는 기재되어 있지 않다).

⑤ 이 사건 내역서상의 사업비와 원고가 취・등록세 신고 당시 신고한 금액이유사하기는 하다. 그러나 취득세는 원칙적으로 취득 당시의 가액으로서 취득자가 신고한 가액을 과세표준으로 하는바{구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제111조 제1항, 제2항}, 원고로서는 취득세 신고 당시 그 때까지 남아 있던 증빙을 기준으로 취득세를 신고하였을 것으로 보이므로 그 내용이 이 사건 내역서와 유사한 것은 당연한 것으로 판단된다. 또한, 원고가 이 사건 토지의 소유권을 취득할 당시에는 양도소득을 계산함에 양도가액과 취득가액을 기준시가로 하는 것이 원칙이었으므로 {구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1항, 제97조 제1항 제1호}, 원고로서는 이 사건 토지의 실제 취득가액을 정확히 파악하거나 그에 관한 자료를 보관할 특별한 동기가 없었을 것으로 보인다.

⑥ 피고는 서울고등법원 2013누11156 사건, 2014누40038 사건의 판결문을 근거로 제시하면서 이 사건의 경우 이 사건 토지의 실제 취득가액에 관한 입증책임이 원고에게 전환되었다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 내역서의 신빙성이 높지 않은 이상 피고가 이 사건 내역서상의 사업비를 실지거래가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 입증하였다고 볼 수 없으므로, 이 사건 토지의 실제 취득가액에 관한 입증책임은 원고에게 전환되었다고 할 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

서울행정법원 2015.01.09.선고 2014구합60498

-서울고등법원 2016.01.21.선고 2015누33693

-대법원 2016.06.10.선고 2016두34356

참조조문

-공유수면매립법

-공유수면매립법 제14조 제1항

-국세기본법 제81조의4 제2항

-국세기본법 제81조의4 제2항 제1호

-소득세법