국세기본법 제81조의11에서 세무조사에 규정하고 있는 취지에 따라 파악하여야 함

어떠한 세무조사가 중복세무조사에 해당하고 예외적 허용의 대상이 되지 아니할 경우에는 적법절차에 위배된 것으로서, 달리 특별한 사정이 없는 한 그에 기초한 과세처분은 위법하다고 보아야 하고, 단순히 세무조사 결과로 취득한 구체적인 세무자료의 배제에 그칠 수만은 없다고 할 것임

2015누71053 종합소득세부과처분취소

○○○, △△△

☆☆세무서장 외 1

수원지방법원 2015. 12. 9. 선고 2015구합60748 판결

2016. 8. 17.

2016. 8. 31.

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 당심에서 확장된 청구를 포함하여, 피고 수원세무서장이 2013. 12. 2. 원고 ○○○에게 한 2009년도 귀속 종합소득세 1,272,888,310원(가산세 포함)의 부과처분과, 피고 용인세무서장이 2013. 12. 2. 원고 △△△에게 한 2009년도 귀속 종합소득세 776,185,970(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

3. 소송총비용은 피고들의 부담으로 한다.

: 주문 제2항과 같다(원고들은 당심에서 를 확장하였다).

항소취지 : 제1심 판결을 취소한다. 피고 ☆☆세무서장이 2013. 12. 2. 원고 ○○○에게 한 2009년도 귀속 종합소득세 981,982,210원의 부과처분과, 피고 ▽▽세무서장이 2013. 12. 2. 원고 △△△에게 한 2009년도 귀속 종합소득세 544,420,960원의 부과처분을 각 취소한다.

1. 이 사건 처분

가. 원고들은 2006. 5. 25. 당시 보유하고 있던 주식회사 aaaaa 발행 주식 230,000주(이하 '이 사건 주식'이라고 한다)1)를 주식회사 bbbbb2)에게 양도하는 계약서를 작성하고(갑 제14호증의 1, 2), bbbbb로부터 같은 날 그 양도대금 합계 6,413,780,000원을 송금받아3), 2006. 5. 29. 6,400,000,000원을 aaaaa측에4) 대여금명목으로 송금하였다(을 제4호증의 1, 2, 3). 이어 2006. 7. 원고 ○○○은 290,906,096원, 원고 △△△은 231,765,014원을 각각 양도소득세로 신고・납부하였다(갑 제17호증의1, 2).

나. aaaaa는 2006. 5. 30. 이사회를 열어 이 사건 주식을 bbbbb로부터 매수하되, bbbbb가 원고들로부터 매수한 금액과 같은 금액으로 매수하기로 의결하고(갑 제4호증, 을 제5호증, 갑 제3호증의 2), 같은 날 bbbbb와 그 계약서를 작성한 후, 위와 같이 원고들이 aaaaa측에 대여금 명목으로 송금하여 준 금액 등으로 그 매수대금 6,413,780,000원을 송금하였다(갑 제14호증의 3, 갑 제15호증의 1, 2, 갑제27호증).

다. 그 후 aaaaa는 2009. 3. 2. 임시주주총회를 열어 이 사건 주식의 소각을 결의하고 주식소각을 실행하여 자본이 절반으로 감소하였다(갑 제23호증, 갑 제24호증의2, 을 제6호증).

라. 그 후 피고들은 이 사건 주식에 대하여 주식소각이 실행된 2009. 3. 2. 원고들에게 의제배당소득이 발생하였다고 판단하여, 2013. 12. 2.에 이르러 2009년도 귀속 종합소득세로, 피고 수원세무서장은 원고 ○○○에게 총 결정세액 1,272,888,310원(가산세포함), 피고 용인세무서장은 원고 △△△에게 총 결정세액 776,185,970원(가산세 포함)의 부과처분을 각각 하였다(을 제2호증의 1, 2, 이하 이를 '이 사건 처분'이라고 한다

2. 이 사건 처분에 이르기까지의 조사

위와 같이 원고들이 2006. 5. 25. 이 사건 주식을 양도하고 2006. 7. 양도소득세를 신고・납부한 후, 피고들이 2013. 12. 2. 원고들에게 2009년도 귀속 종합소득세를 부과하기까지 사이에 아래와 같이 4차례에 걸쳐 동수원세무서와 중부지방국세청의 조사가 이루어졌다.

가. 동수원세무서장은 2010. 2. aaaaa에 자기주식취득에 대한 해명자료 제출안내 서면을 보냈다. 그 내용은 자기주식취득관련 계약서, 이사회결의서, 주총회의록 등과 자본감소결의 관련 주총회의록, 기타 감자관련 서류 등을 제출하라는 것이었다(갑 제12호증, 이하 이를 '1차 조사'라고 한다).

나. 이어 동수원세무서장은 2010. 12. 9. aaaaa와 원고들에게 세무조사통지를 보냈다(이하 이 통지에 의한 세무조사를 '2차 조사'라고 한다).

1) 원고들에 대한 통지서는, 조사대상세목과 조사대상기간이, '증여세', '2004. 1. 1.~ 2006. 12. 31.'로 되어 있었으나, 조사사유에는 원고들이 aaaaa의 2008-2009 사업연도 주식변동에 대해 적정성 여부를 검증하기 위하여 조사대상자로 선정되었다고되어 있었다(갑 제13호증, 갑 제19호증의 1, 2, 3).

2) 그 후 동수원세무서장은 2011. 1. 28. 원고들에게 출석요구 및 자료소명 안내서를 보냈는데, 그 내용은 「우리 서에서 현재 실시 중인 ㈜ aaaaa의 주식변동조사와 관련하여, 소득세법 제170조(질문・조사)의 규정에 의거 2004~2006년에 귀하가 소유하였던 ㈜ aaaaa의 주식에 대한 취득・증자・양도와 관련하여 증빙서류를 지참하여출석」하라는 것으로 되어 있었다(갑 제20호증).

3) 위 조사 후 작성된 주식변동조사 종결보고서에는 원고들이 2006. 5. 25. bbbbb로부터 송금받은 이 사건 주식 매매대금 합계 6,413,780,000원 중 6,400,000,000원을 aaaaa측에 대여금 명목으로 송금하였다는 내용이 기재되어 있다(을 제7호증).

다. 동수원세무서장은 2013. 6.경에 이르러 다시 aaaaa에게 수정신고 및 과세자료해명 안내문을 송부하였다. 이는「귀 법인의 2009년도 법인세 신고내용을 확인한 바, 자기주식 취득 및 처분과 관련하여 의제배당 혐의가 있어 소명자료를 요구하니 2013. 7. 3.까지 제출하고, 신고누락된 것을 인정하는 경우 수정신고」하라는 내용으로 되어 있었다(갑 제22호증, 이하 이를 '3차 조사'라고 한다).

라. 그런 후 중부지방국세청장은, 2013. 8. 21. aaaaa와 원고들에게 세무조사 사전통지서를 송부하였다. 이 통지서에서 조사대상세목과 조사대상기간을 각각 '증여세', '2006. 1. 1. ~ 2006. 12. 31., 2009. 1. 1. ~ 2009. 12. 31.'로 표시하였고, 조사사유를 '과세표준과 세액을 결정하기 위한 조사(국세기본법 제81조의6, 3항)'로 표시하였다(갑 제18호증의 1, 2, 이하 이를 '4차 조사'라고 한다). 그 후 원고들에 대한 문답서 작성(을 제3호증의 1, 2) 등의 조사를 거쳐 작성된 조사종결보고서(을 제1호증의 1, 2)에서,「원고들이 aaaaa 주식을 aaaaa에 매도하여 aaaaa가 자사 주식을 소각하였으므로, aaaaa 주식 매도가액과 주식 취득가액의 차액은 소득세법 제17조 제2항 제1호에 규정하는 의제배당소득에 해당하나, 원고들이 bbbbb에 양도한 것으로 양도소득세 신고한 것은 bbbbb를 이용한 우회거래를 통하여 의제배당소득을 회피한 것으로 판단되므로, 그 경제적 실질 내용에 따라 의제배당소득으로 과세함이 타당」하다는 결론을 내렸고, 이에 따라 피고들은 앞서 본 바와 같이 원고들에게 이사건 처분을 하였다.

3. 중복세무조사에 관한 판단

가. 관련법리

1) 헌법상 적법절차의 원칙은 형사소송절차뿐만 아니라 국민에게 부담을 주는 행정작용에서도 준수되어야 하므로 그 기본정신은 과세처분에 대해서도 그대로 관철되어야하고(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결), 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로 시행되는 세무조사에서도 바로 이러한 적법절차 원칙의 준수가 분명히 요구된다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결).

2) 그리하여 구 국세기본법(2014. 1. 1. 법률 제12162호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제81조의4 제2항은 "세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다."라고 규정하여 중복세무조사를 원칙적으로 금지하고 있고, 이는 같은 조 제1항에서 "세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다."는 규정 등과 함께, 세무조사의 공정성과 객관성을 확보하고, 세무조사가 과세목적 이외에 다른 목적으로 이용되거나 자의적인 세무조사권의 발동으로 오・남용되는 것을 방지하려는 규정으로 풀이된다.

3) 이러한 규정들에 비추어 보면, 연혁적으로 국세기본법에서 위와 같은 규정들을두기 이전부터 규정되어 있었던 개별세법상의 질문・조사권 역시도 이제는 원칙적으로 위와 같은 국세기본법 상의 세무조사의 요건과 한계 내에서만 허용되는 것으로 보아야하고(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결), 또 세무조사의 시행범위를 파악함에 있어서도 국세기본법 제81조의11에서 "세무조사는 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고・납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다."고 규정하고 있는 취지에 따라 파악하여야 할 것이다.

4) 그리고 위와 같은 중복세무조사의 금지가 도입된 배경과 취지에 비추어 볼 때, 어떠한 세무조사가 중복세무조사에 해당하고 예외적 허용의 대상이 되지 아니할 경우에는 적법절차에 위배된 것으로서, 달리 특별한 사정이 없는 한 그에 기초한 과세처분은 위법하다고 보아야 하고(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2013두6206 판결 등), 단순히 세무조사 결과로 취득한 구체적인 세무자료의 배제에 그칠 수만은 없다고 할 것이다.

나. 이 사건 처분의 경우

1) 위와 같은 법리를 전제로 하여 이 사건을 보면, 먼저 동수원세무서장이 aaaaa에 대하여 2010. 2. 자기주식취득에 대한 해명자료 제출을 요구하고, 2013. 6.경에 이르러 다시 수정신고 및 과세자료해명 요구를 한 것은, 국세기본법 제81조의4 제2항 제2호의 규정상 거래상대방에 대한 재조사가 허용되는 취지에서 볼 때, 원고들에 대한 이 사건 처분과의 관계에서 그 자체로 금지대상이 되는 중복세무조사에 해당한다고 보기가 어렵다.

2) 그렇지만, 동수원세무서장이 2010. 12. 9. 원고들에게 세무조사통지를 보내 시행한 2차 조사는 그 세목과 과세기간이 '증여세'와 '2004. 1. 1. ~ 2006. 12. 31.까지'로 표시되어 있었지만, 조사사유에 분명히 'aaaaa의 2008-2009 사업연도 주식변동에 대하여 적정성 여부를 검증하기 위하여 조사대상자로 선정'되었다고 밝히고 있었고, 이어 동수원세무서장이 2011. 1. 28. 원고들에게 보낸 출석요구 및 자료소명 안내서에도「우리 서에서 현재 실시 중인 ㈜ aaaaa의 주식변동조사와 관련하여, 소득세법 제170조(질문・조사)의 규정에 의거 2004~2006년에 귀하가 소유하였던 ㈜ aaaaa의 주식에 대한 취득・증자・양도와 관련하여 증빙서류를 지참하여 출석」하라는 것으로 되어 있었으므로, 이 사건 주식의 양도와 관련한 2009년도 aaaaa의 주식변동과 그로 인한 원고들의 소득세 부분이 조사대상이라는 것이 분명히 밝혀져 있었다고 할 것이다.

3) 그런데 중부지방국세청장이 2013. 8. 21. 원고들에게 세무조사 사전통지서를 송부하여 시행한 4차 조사 역시, 조사대상과 조사대상기간을 각각 '증여세', '2006. 1. 1.~ 2006. 12. 31., 2009. 1. 1. ~ 2009. 12. 31.'로 표시한 후, 원고들의 aaaaa에 대한 이 사건 주식 매도와 그 소각과 관련한 원고들의 소득세 부분을 조사하여 의제배당소득으로 판단하였으므로, 전항에서 본 동수원세무서장의 2차 조사와 세목과 과세기간 면에서 동일한 중복세무조사에 해당하고, 달리 양 조사가 중복세무조사임에도 예외적으로 허용되는 재조사라고 볼 아무런 자료가 없다.

4) 피고들은, 동수원세무서장의 2차 조사의 조사사유에서 'aaaaa의 2008-2009사업연도 주식변동'이라고 기재한 것은 '2004-2006 사업연도'의 오기라고 주장하나, 당시 원고들에 대한 출석요구에서 '우리 서에서 현재 실시 중인 ㈜ aaaaa의 주식변동조사'와 관련한 조사라고 하였고, 그에 앞선 1차 조사 당시 aaaaa에 대하여 자본감소결의 관련 주총회의록 등의 제출을 요구한 바 있는데, aaaaa의 자본감소관련 주주총회가 2009년도에 있었던 점에서 보면, 받아들이기 어렵다.

5) 피고들은 또, 중부지방국세청장의 4차 조사 당시 당초 '2006. 1. 1. ~ 2006. 12.31., 2009. 1. 1. ~ 2009. 12. 31.'로 되어 있었던 조사대상기간에서 2006년도 부분을 삭제한 수정사전통지서(을 제10호증의 2, 3)를 2013. 9. 4.자로 원고들에게 다시 직접교부하여 그 영수증(을 제11호증의 2, 3)을 받았으므로, 4차 조사는 조사대상 기간 면에서 2차 조사와 중복세무조사에 해당하지 않는다고 주장하나, 당초 사전통지서를2013. 8. 22.자로 우편송달한 후(을 제15호증), 2013. 9. 4.에 수정사전통지서를 직접교부하고 받았다는 영수증(을 제11호증의 2, 3)에는 단순히 '세무조사 (사전)통지'라고만 되어 있고, 또 그 외에도 '납세자권리헌장', '세무조사에 따른 안내말씀' 부분도 함께 기재되어 있는데다가 확인일조차 기재되어 있지 않아, 이것이 과연 피고들 주장과 같이, 종전에 우편으로 송달받은 당초 사전통지서 외에 수정사전통지서를 별도로 교부받았음을 확인한다는 취지인지가 분명하지 않다. 설사 그렇다고 하더라도 앞서 본 바와 같이 2차 조사에서 '2009 사업연도 주식변동 부분'이 오기라는 피고들 주장을 받아들이기 어려운 이상, 2009 사업연도를 조사대상기간으로 한 4차 조사가 2차 조사와 조사대상 기간 면에서 중복세무조사에 해당하지 않는다고 볼 수가 없다.

6) 결국 동수원세무서장의 2차 조사와 중부지방국세청장의 4차 조사는 원고들과의 관계에서 금지되는 중복세무조사에 해당하고, 그에 기한 이 사건 처분은 앞서 본 법리상 적법절차에 위배되는 점에서 더 나아가 판단할 필요없이 위법하다.

4. 결 론

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고들의 청구는 이유 있으므로, 이와 결론을 달리한 제1심 판결을 취소하고, 원고들이 당심에서 확장한 청구에 따라 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 조해현

판사 왕정옥

판사 송혜정