조의 8의 자경농지로써 면세대상 여부

비과세 또는 면세요건은 일반적으로 과세대상이 되는 과세물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서 과세대상에서 제외시키는 것으로 납세자측이 예외적이고 특수한 사실에 관한 것이므로 소송에서 이를 주장하는 원고에게 그 입증책임이 있다 할 것인 바 양도소득세를 면제받기 위한 법정요건을 갖추지 못하였다면 이를 기준으로 과세의 위법여부를 판단할 수 없다 할 것임

결정 내용은 붙임과 같습니다.

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

1. 이 사건 처분의 경위

원고가 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ의 9 전 40㎡, 같은 동 ㅇㅇ의 10 전 88㎡, 같은 동 **의 4 답 389㎡, 같은 동 **의 5 답 2,616㎡, 같은 동 **의 12 답 1,769㎡, 같은 동 **의 13 답 2,469㎡, 같은 동 **의 14 답 1,323㎡(이하 이 사건 토지라 한다)를 1985. 1. 1. 이전부터 소유하고 있던 중, 이 사건 토지가 1993. 9. 21. ㅇㅇ 고시 제1993-258호로 도시계획법에 의한 도시계획사업의 실시구역(ㅇㅇ지구 농산물유통센터 예정부지)으로 편입되었으며, 그후 원고는 1994. 12. 10. 소외 ㅇㅇ시에 공공용지의취득및손실에관한특례법에 따라 이 사건 토지를 협의양도하고 1995. 5. 30. 피고에게 구 조세감면규제법(1994. 12. 22 법률 제4806로 개정되기 이전의 것) 부칙 제16조 제3항 제2호, 구 같은 법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 이전의 것) 제57조 제1항 단서에 의하여 1993. 12. 31. 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지를 양도한 경우로서 양도소득세액의 70%가 감면되는 것으로 하여 이 사건 토지에 관한 양도소득세 과세표준확정신고를 하면서 그 30%에 해당하는 금 46,732,830원을 자진납부한 사실, 이에 피고는 위 도시계획사업에 대한 건설부장관의 실시계획인가가 1991. 4. 6.경 고시되었으므로 이 사건 토지는 구 조세감면규제법(1994. 12. 22. 법률 제4806호로 개정되기 이전의 것) 부칙 제16조 제3항 제1호가 정한 1992. 12. 31. 이전에 사업인정고시된 사업지구안에 있는 토지에 해당된다고 판단하여 1995. 10. 12. 원고에게 위 납부액을 환급해 주었다가 1996. 3. 5.에 이르러 다시 이 사건 토지는 위 사업인정고시후인 1993. 9. 21.에 비로소 위 도시계획사업의 실시구역으로 편입되었으므로 1993. 12. 31. 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지를 양도한 경우로 보아 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문개정되기 전의 것) 제60조, 구 같은법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문개정되기 전의 것) 부칙 제3조의 각 규정에 의하여 이 사건 토지의 양도당시의 기준시가를 산정하고 이를 기준으로 양도소득세액을 산출한 후 구 조세감면규제법(1994. 12. 22. 법률 제4806호로 개정되기 이전의 것) 부칙 제16조 제3항 제2호, 구 같은 법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 이전의 것) 제57조 제1항 단서에 따라 그 세액의 70%를 감면하고 나머지 금 46,732,830원을 결정, 고지(이하 이 사건 처분이라 한다)한 사실은 갑제1,4호증, 갑제5호증의 1 내지 7, 을제1,2호증의 각 1,2,3, 갑제3,4호증의 각 기재에 변론의 전취지를 더해보면 이를 인정할 수 있다.

2. 처분의 적법성 여부

가. 이 사건 토지의 양도가 8년 이상의 자경농지로서 면세대상인지

(1) 당사자의 주장

"원고는 이 사건 토지는 원고가 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 토지이고 이 사건 처분 당시 시행되던 구 조세감면규제법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행되다가 1996. 6. 29. 대통령령 제15090호로 개정되기 이전의 것) 제54조 제1항 제1호에 의하여 양도소득세 면제대상에서 제외되는양도일 현재 시(市)에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역・상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 토지'에 해당하지 아니한데, 위 조세감면규제법시행령은 그 부칙 제3조에서이 영 중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만 위 제54조 제1항의 규정은 이 영 시행후 최초로 결정하는 분부터 적용한다'고 규정하고 있으며, 피고의 위 세액환급에 있어서는 그에 관한 내부적 결정은 있었다 하더라도 그 환급은 과오납된 세금을 반환하는 사실행위에 불과할 뿐 소득세법 제128조 및 같은 법 시행령 제 183조가 정한 결정의 통지로 볼 수 없어 피고가 이 사건 처분을 하기까지는 이 사건 토지에 관한 양도소득세의 결정이 있었다고 할 수 없으므로 원고의 이 사건 토지의 양도에 대하여도 위 조세감면규제법시행령 부칙 제3조에 따라 위 제54조 제1항의 규정을 적용하여 8년 이상 자경한 농지로서 양도소득세가 면세되어야 함에도 위와 같이 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 원고의 위 과세표준확정신고에 대하여 소득세법에 정하여진 절차에 따라 이 사건 토지에 관한 양도소득세를 면제하고 위 자진납부한 세액을 환급하기로 하여 과세표준확정결정을 하고 국세환급금송금통지를 하여 1995. 10. 12. 환급한 후 착오결정된 사실을 발견하고 이를 경정결정하는 내용의 이 사건 처분을 하였는 바, 그렇다면 위 조세감면규제법시행령이 시행되기 이전에 이미 위 환급결정 및 환급을 함으로써 이 사건 토지의 양도소득세에 관한 결정이 이루어졌으므로위 조세감면규제법시행령이 아니라 이 사건 토지 양도시의 같은 시행령(1994. 12. 23. 대통령령 제14447호로 개정되기 전의 것) 제54조 제1항을 적용하여야 하고, 그에 따르면 양도일 현재 시에 있는 농지중 도시계획법에 의한 주거지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 1년이 지난 농지에 대하여는 8년 이상 자경한 농지라도 양도소득세가 면제되지 아니하게 되어 원고의 위 주장은 이유없다고 다툰다.",(2) 법령의 규정

"구 조세감면규제법(1994. 12. 22. 법률 제4806호로 개정되기 이전의 것) 제55조 제1항은 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세・감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다고, 같은 조 제2항은 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다고 각 규정하고 있고, 구 조세감면규제법시행령(1994. 12. 23. 대통령령 제14447호로 개정되기 전의 것) 제54조 제1항에서는 위대통령령이 정하는 토지'라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 양도일 현재 특별시・직할시 또는 시에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역・상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 1년이 지난 농지 등을 제외한 것을 말한다고 정하고, 같은 조 제2항은대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자'라 함은 8년 이상 다음 각 호의 1에 해당하는 지역에 거주하면서 경작한 거주자를 말한다고 하면서 제1호에서 농지가 소재하는 시・구(특별시와 직할시의 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)・읍・면안의 지역을, 제2호에서 제1호의 지역과 인접한 시・구・읍・면・안의 지역을, 제3호에서 농지로부터 농지임대차관리법시행령 제23조 제2항 제2호에 규정된 거리 이내에 있는 지역을 각 규정하고 있으며, 같은 조 제4항에서는 법 제55조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제받고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한내에 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다고 정하고 있는 한편, 그후 개정된 위 조세감면규제법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행되다가 1996. 6. 29. 대통령령 제15090호로 개정되기 이전의 것) 제54조 제1항은대통령령이 정하는 토지'라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 양도일 현재 특별시・직할시 또는 시에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역・상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지 등을 제외한 것을 말한다고 규정함으로써 양도소득세 면제대상의 폭을 넓히면서 그 부칙 제3조에서이 영 중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만 위 제54조 제1항의 규정은 이 영 시행후 최초로 결정하는 분부터 적용한다'고 규정하고 있다.",또한 구 소득세법(1995. 12. 29. 법률 제5031호로 개정되기 전의 것) 제128조에서 정부는 제117조 내지 제120조의 규정에 의하여 결정한 과세표준과 세액 기타 필요한 사항을 매년 8월 1일부터 8월 16일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 거주자에게 서면으로 통지하여야 한다고 규정하고, 구 소득세법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14860호로 개정되기 전의 것) 제183조 제1항에서는 법 제128조에 규정하는 통지에 있어서는 과세표준과 세율・세액 기타 필요한 사항을 납세고지서에 기재하여 서면으로 통지하여야 한다고, 제2항에서는 제1항의 규정은 납부할 세액이 없는 경우에도 적용한다고 각 규정하고 있다.

(3) 판단

먼저 이 사건 처분의 적부를 판단함에 있어 구 조세감면규제법시행령(1994. 12. 23. 대통령령 제14447호로 개정되기 전의 것) 제54조 제1항이 적용되어야 하는지 아니면 그후 개정된 위 조세감면규제법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행되다가 1996. 6. 29. 대통령령 제15090호로 개정되기 이전의 것) 부칙 제3조에 의하여 같은 령 제54조 제1항이 적용될 수 있는지의 점에 관하여 살피건대, 앞서 든 증거들에 의하면 피고가 원고의 위 과세표준확정신고에 대하여 이 사건 토지에 관한 양도소득세를 면제하고 위 자진납부한 세액을 환급하기로 하는 과세표준확정결정을 하고 국세환급금송금통지를 하여 1995. 10. 12. 이를 환급한 사실을 인정할 수 있으며, 위 통지가 위 소득세법 및 같은법시행령이 정한 납세고지서의 형식에 합당하지는 아니하나 납세고지란 조세부과에 관한 과세관청 내부의 결의의 표시행위 또는 과세처분사실에 대한 관념의 통지이고 위와 같이 납부할 세액이 없는 경우에도 이를 통지하도록 한 취지는 조세행정의 공정을 꾀함과 동시에 납세자에게 그 처분의 내용을 자세히 알리고 그에 따른 환급신청 등에 편의를 주고자 하려는 데 있음을 고려할 때 위 통지로써 원고에 대하여 이 사건 토지에 관한 양도소득세를 면제하는 결정이 있음을 고지한 것으로, 당시 이 사건 토지의 양도에 관한 양도소득세의 당초처분인 결정이 이루어졌고 이 사건 처분은 이에 대한 경정처분이라 할 것이나, 한편 위 개정된 조세감면규제법시행령 제3조의 취지는 그 영 시행후 특별부가세 또는 양도소득세에 관한 규정은 일반적으로 그 시행 이전에 양도된 분에 대하여는 적용하지 아니하되, 다만 위 제54조 제1항이 정한 사항에 대하여는 더 이상 개정전 조항이 적용되지 아니하고 과세청은 그에 관한 결정에 있어서 그 결정이 납세자의 신고에 대한 당초의 결정이든, 그후 그 결정이 잘못되었음을 이유로 하는 경정결정이든 가리지 않고 새로이 개정된 조항을 적용한다는 것으로 봄이 상당하다 할 것이므로, 위 개정전 시행령이 시행되고 있을 당시 법령을 잘못 적용하여 양도소득세를 면제하는 처분을 하였다 하더라도 위 개정된 시행령의 시행후에는 경정결정을 함에 있어서도 개정전 조항은 그 적용이 배제된다 하겠다.

그런데, 과세대상 토지가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 농지임을 이유로 그 양도에 따른 소득에 대하여 양도소득세의 면제를 받기 위하여는 이 사건 토지가 위 조세감면규제법시행령 제54조 제1항에서 정한 토지에 해당하여야 할 뿐 아니라 이 사건 토지에 관한 양도소득세 과세표준확정신고기한 내에 조세감면규제법시행규칙이 정한 양도소득세면세신청서를 과세청에 제출하여야 함을 그 요건으로 하고 있는 위 각 규정의 취지를 종합하면 과세대상 토지가 위와 같은 자경농지에 해당한다 하더라도 과세청으로서는 그 토지의 양도에 관한 양도소득세의 면세신청이 있어야만 면세조치를 할 수 있는 것이고 면세신청이 없는 경우에도 그와 같은 조치를 하여야 하는 것은 아니며, 또한 면세신청서 제출에 관한 위 규정은 단순한 훈시규정이 아니라 강행규정이라 할 것이고(대법원 1995. 9. 15. 선고 95누6748 판결, 1989. 9. 26. 선고 88누12165 판결, 1970. 4. 28. 선고 70누23 판결 각 참조), 조세소송의 소송물은 부과처분된 세액이라기보다는 과세관청이 결정한 소득금액의 존부이며(대법원 1993. 9. 24. 선고 93누517 판결, 1989. 12. 12. 선고 88누7255 판결 각 참조) 항고소송에 있어서는 행정처분이 있을 때의 법령과 사실상태를 기준으로 하여 위법 여부를 판단하여야 하는 점 등에 비추어 보면, 나중에 위와 같이 법령이 개정되고 그 효력이 소급하여 미치게 됨에 따라 종전에는 면세대상으로 되지 아니였는데 새로이 면세대상으로 되었고 따라서 관계법령이 정한 기한내에 그 면제신청을 하는 것이 불가능하였던 경우라도 과세대상이 된 토지가 비과세 혹은 면세대상이라는 점을 주장하여 개정된 법령의 적용을 받고자 하는 납세자로서는 최소한 과세청의 결정 이전에 자료를 제출하면서 면세하여 줄 것을 신청하여야만 과세청이 그에 따른 면세결정을 할 수 있다고 보아야 하고, 이러한 비과세 또는 면세요건은 일반적으로 과세대상이 되는 과세물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서 과세대상에서 제외시키는 것으로 납세자측의 예외적이고 특수한 사실에 관한 것이므로 소송에서 이를 주장하는 원고에게 그 입증책임이 있다 할 것인 바(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결 참조), 원고가 피고에게 이 사건 처분 이전에 그러한 양도소득세면제신청을 하지는 아니한 사실에 관하여 당사자 사이에 다툼이 없는 이 사건에 있어서는 원고 주장과 같이 이 사건 토지에 관하여 위 개정된 조세감면규제법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행되다가 1996. 6. 29. 대통령령 제15090호로 개정되기 이전의 것) 제54조 제1항이 적용되어 그 양도에 따른 양도소득세가 면제될 수 있다 하더라도 양도소득세를 면제받기 위한 법정요건을 갖추지 못하였다 할 것이고, 그후 이 사건 처분에 대한 심사청구 등의 절차에서 그 면제신청을 하였다 하더라도 그 면제신청은 이 사건 처분이 있을 때 존재하였던 객관적 사실로 될 수 없음이 명백하여 이를 기준으로 이 사건 처분의 위법여부를 판단할 수도 없다 할 것이므로 원고의 위 주장은 이유없다.

나. 이 사건 토지의 기준시가 결정에 관한 법령의 적용이 잘못되었는지 여부

나아가 원고는 피고가 이 사건 토지의 기준시가를 산정함에 있어 적용한 구 소득세법 제60조에 관하여 헌법재판소의 헌법불합치결정이 있었고 그후 위 조항이 그 결정취지에 맞추어 개정되었으므로 개정된 법령에 의하여야 함에도 위 개정전 법령에 의하여 기준시가를 산출하고 그에 따라 세액을 결정한 이 사건 처분은 위법하다는 취지의 주장을 하나, 헌법재판소가 1995. 11. 30. 91헌바1 등 병합사건의 결정에서 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문개정되기 전의 것) 제60조에 대하여 그 조항이 위헌임에도 굳이 헌법불합치결정을 한 것은 단순위헌결정을 할 경우 그 결정의 효력이 당해 사건 등에 광범위하게 미치는 결과 구 법령에 근거한 양도소득세부과처분이 모두 취소되어 법적 공백의 발생, 조세수입의 감소로 인한 국가재정의 차질, 기납세자와의 형평 위배 등의 불합리가 발생하므로 이러한 부작용을 회피하기 위하여 개정법령의 시행일 전에 종전의 법령을 적용하여 한 부과처분을 그대로 유지시키고 또 그 시행일 전에 과세할 소득세에 대하여도 종전의 법령을 적용함이 옳다는 판단에서 나온 것임이 분명하고, 따라서 위 헌법불합치결정은 그 위헌성이 제거된 개정법률이 시행되기 이전까지는 종전 구 소득세법 제60조를 그대로 잠정 적용하는 것을 허용하는 취지의 결정이라고 이해함이 상당하고, 이 사건 부과처분 당시 구 소득세법 제60조를 적용하여 양도소득세를 산정하였다고 하여 이를 위법하다고 할 수 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유없으므로 이를 기각하고, 소송비용은 패소한 원고의 부담으로 하기로 하여 주문과 같이 판결한다.