2018누48535 연구개발비 환수처분 취소

학교법인 A대학교

포항시 남구 청암로 77 A대학교

대표자 이사장 권오준

소송대리인 법무법인(유한) 바른

담당변호사 김홍도, 안선영

대한민국

법률상 대표자 법무부장관 박상기

소송수행자 윤상화

소송대리인 법무법인(유한) 지평

담당변호사 이소영

서울행정법원 2018. 5. 4. 선고 2017구합75576 판결

2018. 12. 21.

2019. 1. 18.

1. 제1심판결 중 피고에 대한 부분을 취소한다.

2. 원고의 피고에 대한 1,836,568,560원의 방사광가속기 공동이용 연구지원사업 연구개발비 반환채무는 존재하지 아니함을 확인한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

주문 기재와 같다.1)

1.기초사실이

가. 당사자의 지위

원고는 사립대학교인 A대학교의 학교경영기관이고, A대학교 산하 B연구소(이하 '이 사건 연구소'라 한다)는 1995년경부터 방사광가속기 공동이용 연구지원사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)을 수행해 오고 있다.

나. 이 사건 사업에 관한 연구개발 과제 표준협약 체결A대학교와 과학기술정보통신부장관(당시 미래창조과학부장관, 미래창조과학부는 2017. 7. 26. 과학기술정보통신부로 개편되었는데, 이하 미래창조과학부와 과학기술정보통신부를 통틀어서 '과학기술정보통신부'라 한다)은 2015. 2.경 당해연도 협약 연구기간을 2015. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지로 하는 이 사건 사업의 연구개발 과제 표 준협약(이하 '이 사건 협약'이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.2)

연구개발 과제 표준협약서 연구개발 사업명: 방사광가속기 공동이용 연구지원사업 총 연구개발기간(계속사업): 1995년부터 다년도 협약연구기간(3년): 2013년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 0당해연도협약연구기간:2015년1월1일부터2015년12월31일까지 협약당사자갑: 미래창조과학부장관을 A대학교 총장 주관연구책임자(병): 소속 B연구소(이하 '이 사건 연구소'라 한다) 위 연구개발과제의 수행에 관하여 갑과 을은 다음과 같이 협약을 체결한다. 제3조(연구개발비의 지급)① 갑은 을에게 다음과 같이 정부출연연구개발비를 지급한다.(가) 제1차: 2015년 2월 20,000,000,000원(나) 제2차: 2015년 6월 12,835,000,000원 제4조(연구개발비의 관리 및 사용)① 을은 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(이하 '관리규정'이라 한다), 동 규정 시행규칙과 과학기술정보통신부장관의 연구개발사업 처리규정(이하 '처리규정'이라 한다)이 정하는 바에 따라 정부 또는 정부 외의 자의 출연금, 참여기업의 부담금 등의 연구개발비를 다른 용도의 자금과 분리하여 별도의 계정을 설정하고, 동 계정과 연결된 신용카드를 발급받아 다음 각 호와 같이 관리하여야 한다. 이 경우 연구개발비의 지출은 신용카드를 사용하거나 계좌이체의 형태로 사용하여야 하며, 신용카드의 사용이 불가능한 경우에 한하여 현금을 사용할 수 있다. 다만 을이 2개 이상의 연구개발과제를 동시에 수행할 경우에는 연구개발비를 효율적으로 관리하기 위하여 별도의 통합계좌를 운영할 수 있으며,

각 연구과제별로 지급받고 사용한 회계관리 사항을 구분하여 증빙할 수 있도록 하여야 한다.(각 호 생략)② 을과 병은 제3조에 따라 지급받은 연구개발비를 관리규정 별표2의 연구개발비 비목별 계상기준 및 처리규정 별표3의 비목별 세부계상 및 집행기준에 따라 사용하여야 한다.⑤ 을과 병이 제1항에 따른 연구개발비 사용액 중 증빙하지 못한 금액, 관리규정 별표2의 연구개발비 비목별 계상기준 및 처리규정 별표3의 비목별 세부계상 및 집행기준에 위배하여 사용한 금액, 제3항에 따른 항목별 연구개발비 변경승인사항을 승인 없이 초과변경 사용한 금액은 각각 회수한다. 제6조(연구개발비의 사용실적보고 등)③ 을은 연구개발 종료 후 연구개발비의 잔액이 발생하였을 경우 해당 금액 중 정부출연금 지분 해당액은 연구종료 즉시 갑이 지정한 관리계좌에 입금하여야 한다. 제3항에 따른 연구개발비 잔액과 부당집행분의 회수 및 사용에 관한 구체적인 사항은 관리규정, 동 규정 시행규칙 및 처리규정에 따른다.제13조(지적재산권 및 발생품의 귀속 등)① 본 연구개발 과제의 성과로서 취득하는 연구기자재 연구시설 및 시작품 등 유형적 결과물은 을의 소유로 한다.② 본 연구개발 과제의 성과로서 취득하는 지식재산권 연구보고서의 판권 등 무형적 결과물은 을의 소유로 한다.

다. 과학기술정보통신부장관의 연구개발비 정산 통보 및 납입고지

1) 과학기술정보통신부장관과 그 산하 재단법인 한국연구재단은 2016. 5.경부터 이 사건 협약에 따라 지급한 연구개발비(이하 '이 사건 연구개발비'라 한다)의 사용실적에 관한 정산을 실시하였다.

2) 과학기술정보통신부장관은 2016. 8. 24. 원고에게 '학교경영기관인 원고가 사립학교교직원 연금(이하 '사학연금'이라 한다)의 법인부담금을 부담하여야 함에도 불구하고, 2013년도부터 이 사건 사업과 관련하여 지급받은 연구개발비에서 그 법인부담금을 집행하였다. 위와 같이 부당집행한 법인부담금 등은 관리규정 제19조 등에 따라 회수대상 금액에 해당하므로, 위 금액을 국고에 반납해달라.'라는 취지의 이 사건 사업 정밀정산에 따른 조치를 통보하였다.

3) 위와 같은 통보에도 불구하고 원고가 그 금액을 완납하지 아니하자, 과학기술 정보통신부장관은 2017. 6. 1. 위 정산에 따른 반납비용 1,836,568,560원을 납입하라는 취지의 고지를 하였다(이하 '이 사건 납입고지'라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 3 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장 요지

이 사건 연구소 직원의 사학연금 법인부담금도 이 사건 연구개발비의 집행 대상에 포함되므로, 원고는 이 사건 연구개발비 정산금의 귀속주체인 피고에게 이 사건 연구개발비로부터 집행한 원고의 사학연금 법인부담금에 상당한 금액을 반환할 의무가 없다.

나. 관련 규정

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 납입고지의 의미 및 적정성 판단기준

가) 이 사건 납입고지는 과학기술정보통신부장관이 국가연구개발사업 연구과제를 수행하는 기관인 원고와 체결한 이 사건 협약의 기간이 종료된 후 연구개발비 사용실적을 검토한 결과, 이 사건 사업의 연구개발과제에 직접 참여하는 연구원에게 지급하는 인건비 중 사학연금의 법인부담금을 이 사건 연구개발비로 집행한 것은 이 사건 협약에 위배된다는 이유로 그 금액을 반환할 것을 통보하는 사업비 정산행위에 해당한다. 따라서 원고가 이 사건 연구개발비를 이 사건 사업에 참여하는 연구원의 인건비 중 사학연금의 법인부담금으로 부당하게 집행하였는지 여부를 판단함에 있어서는 이 사건 연구개발비의 관리 및 사용기준에 관해 정하고 있는 이 사건 협약의 규정을 가장 우선적인 기준으로 삼아야 한다.

나) 한편 앞서 본 이 사건 협약 제4조에 의하면, 원고는 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2017. 7. 26. 대통령령 제28210호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 관리규정'이라 한다), 같은 규정 시행규칙과 구 미래창조과학부 소관 연구개발사업 처리규정(2017. 7. 27. 과학기술정보통신부훈령 제1호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 처리규정'이라 한다)이 정하는 바에 따라 이 사건 연구개발비에 관한 별도의 계정을 설정하고, 같은 계정과 연결된 신용카드를 발급받아 관리하되(이 사건 협약 제4조 제1항), 이 사건 연구개발비를 구 관리규정 별표2의 연구개발비 비목별 계상기준 및 구 처리규정 별표3의 비목별 세부계상 및 집행기준에 따라 사용하여야 한다(같은 조 제2항). 그리고 구 관리규정 별표2 및 구 처리규정 별표3에 의하면, 해당 연구개발 과제에 직접 참여하는 내부·외부 연구원에게 지급하는 인건비 중 연구개발비로 집행 · 사용할 수 있는 금액은 소속 기관의 급여기준에 따른 연구기간 동안의 급여총액(4대 보험과 퇴직급여 충당금의 본인 및 기관 부담분 포함)을 해당 연구개발 과제 참여율에 따라 계상한 금 액이다.

2) 구체적 판단

앞서 인정한 사실관계, 갑 제1, 3 내지 10, 12 내지 17호증, 을 제21 내지 24, 27호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 사업의 연구개발과제에 직접 참여하는 연구원이 사학연금 가입자인 경우 구 관리규정 별표2 및 구 처리규정 별표3의 '소속 기관의 급여기준에 따른 급여총액'에는 사학연금의 개인부담금은 물론 법인부담금까지 포함된다고 해석함이 타당하다. 즉, ① 구 관리규정 제12조 제2항과 구 처리규정 제23조 제2항은 중앙행정기관의 장은 원칙적으로 대학 등 비영리법인이 주관연구기관인 경우 해당 연구기관이 연구개발비를 부담하게 하여서는 아니 된다고 규정하고 있다. 이는 국가연구개발사업에 연구기관의 적극적인 참여를 장려하기 위해 해당 연구기관의 연구개발비 부담을 완화하고 지원을 강화하겠다는 취지이다. 이러한 취지를 고려하면 구 관리규정 별표2 및 구처리규정 별표3에 규정된 연구개발비 비목별 계상 및 집행기준을 해석함에 있어서도 이 사건 사업의 연구개발과제에 직접 참여하는 연구원에게 지급되는 인건비 전액은 소속 기관인 원고가 부담할 것이 아니라 이 사건 연구개발비에서 지급되도록 해석함이 타당하다. 따라서 이 사건 사업의 연구개발과제에 직접 참여하는 연구원으로서 사학연 금 가입자의 경우에 소속 기관인 원고의 부담 없이 이 사건 연구개발비에서 인건비가 전액이 지급되어야 한다면 당연히 그 인건비 전액에는 사학연금의 법인부담금까지 포함된다고 보는 것이 타당하다.

② 사학연금과 국민연금은 모두 연금 가입자의 경제적 생활안정과 복리 향상을 목적으로 하는 사회보험 제도로 법적 성격이나 구조가 유사하고, 사학연금 가입자는 국민연금 가입 대상에서 제외되므로(국민연금법 제6조 단서), 급여라는 측면에서 사학연금의 법인부담금이나 국민연금의 법정부담금은 동일한 성격을 지니는 것으로 볼 수 있다. 또한 구 관리규정 별표2 및 구 처리규정 별표3에 규정된 연구개발비 비목별 계상 및 집행기준 중 인건비 산정기준에 의하면, 이 사건 연구소는 '기타기관'으로서 '소속 기관 규정에 따른 실지급액'에 '해당 연구개발과제 참여율'을 곱한 금액을 인건비로 연구개발비에서 집행 · 사용할 수 있는데, 같은 규정의 인건비 산정기준이 적용되는 정부출연연구기관 및 특정연구기관의 경우에는 '연구원들에게 실제로 지급된 인건비 액수'가 아닌 '4대 보험의 법정부담금 등 위 연구원들의 인건비와 관련하여 소속 기관이 실제 지출한 액수'를 연구개발비에서 인건비로 집행 · 사용할 수 있으므로 이 사건 연구소의 연구원에 대한 인건비 산정기준의 해석에서도 '소속 기관 규정에 따른 실지급 액'이란 의미를 '연구원들의 인건비와 관련하여 소속 기관이 실제 지출한 액수'로 파악하는 것이 타당하다. 그리고 각 연구기관마다 급여체계와 이에 대해 사용하는 용어에 차이가 존재한다는 점을 고려하면, 위 규정을 제정할 때 입법자가 연구개발비 계상기 준에서 사학연금의 법인부담금을 배제하려는 적극적인 의도를 가지고 있었다고 단정하기도 어렵다. 한편 이 사건 연구개발비는 2013년부터 실제로 이 사건 연구소에 근무하는 사학연금에 가입한 정규직 연구원의 법인부담금과 국민연금에 가입한 계약직 연구원의 법정부담금에 모두 집행 · 사용되었는데, 위와 같이 급여를 구성하는 돈의 성격에 실질적인 차이가 존재하지 않음에도 사학연금의 법인부담금에 대한 집행·사용 부분만을 부당하다고 하는 것은 쉽게 납득할 수 없다. 또한 구 관리규정 별표2 및 구 처리규정 별표3에 규정된 연구개발비 집행 대상에 사학연금의 법인부담금도 포함된다는 해석이 연구개발비 예산은 특정한 연구개발 과제를 위해 계상기준에 정한 범위 내에서 만산정하여 집행할 수 있다는 기본적인 원칙에 반하는 것으로 보기도 어렵다. 그러므로 구 관리규정 별표2 및 구 처리규정 별표3 등의 규정은 이 사건 사업과 같이 대학출연 연구기관의 연구원이 사학연금 가입자인 경우에도 국민연금의 경우와 마찬가지로 그 사학연금의 법인부담금을 연구개발비의 집행·사용 대상에 포함시키는 취지의 규정으로 보는 것이 합리적이다.

③ 피고는 사학연금의 법인부담금까지 이 사건 연구개발비에서 집행하는 것은 사립학교교직원 연금법(이하 '사학연금법'이라 한다) 제47조에 반하여 부당하다는 취지로 주장한다. 살피건대, 사립학교법 제29조는 학교법인의 회계는 법인의 업무에 속하는 회계와 그 법인이 설치 · 경영하는 학교에 속하는 회계로 구분하여 집행하도록 규정하고 있고, 사학연금법 제47조 제1항과 제2항은 법인부담금은 학교경영기관이 부담하고, 학교경영기관이 그 학교에 필요한 법인부담금의 전부 또는 일부를 부담할 수 없을 때에는 교육부장관의 승인을 받아 그 부족액을 학교에게 부담하게 할 수 있다고 규정하고 있다. 위 규정들의 취지는 교비회계의 부실을 방지하고 재무건전성을 제고하여 사립대학 교육의 충실을 도모하려는데 있다. 위 사립학교법 규정은 당해 학교법인의 내부관계를 규율함에 불과한 단속규정일 뿐이고, 이 사건처럼 대외관계에 있어서 사학연금의 법인부담금 재원을 직접 지원받음으로써 위 규정들의 취지를 잠탈할 염려가 없는 경우에까지 사학연금법 제47조를 근거로 이 사건 연구개발비로부터 사학연금의 법인부담금을 집행 · 사용할 수 없다고 해석할 수는 없다. 더구나 당초 이 사건 사업을 추진함에 있어 방사광가속기는 장기간 막대한 운영비가 필요한 국가적 기초과학연구시설로서의 특수성을 지니고 있다는 점을 고려하여 A대학교가 이를 운영·관리하되 연구비 등 관련 비용은 정부가 지원하기로 하였고, 이 사건 연구소는 A대학교의 부설기관으로 설립되기는 하였으나 별도의 인사규정과 보수규정 등을 두고 독립채 산기관으로 운영되어 왔으며, 이 사건 협약 제4조 제1항 및 구 관리규정 제12조의2에 따라 이 사건 연구개발비는 1995년부터 형식상 학교회계에 속하더라도 일반적인 교비회계와는 구별되는 별도의 가속기회계로 운영되어 왔다는 사정들까지 더하여 보면 더욱 그러하다. 또한 방사광가속기 등 공동이용 연구사업 지원규정(과학기술정보통신부훈령 제11호) 제10조 내지 13조, 제17조 등에 의하면 사업수행기관의 장은 당해연도 사업착수 1개월 전까지 장관에게 인건비, 직접비, 위탁연구개발비 및 간접비로 구성된 사업비의 비목이 포함된 공동이용사업계획을 제출하고, 장관은 그 타당성을 검토하여 승인하고 사업수행기관의 장과 협약을 체결한 다음 사업비를 지급하며, 사업수행기관의장은 매 사업연도 종료 후 3월 이내에 장관에게 공동이용 연구사업 결과를 제출하여야 하고, 장관은 이를 평가하여야 한다. 원고는 이 사건 사업 수행 당시부터 매 사업연도마다 이 사건 연구소 직원의 사학연금 법인부담금이 포함된 인건비를 사업비로부터 집행하겠다는 내용의 사업계획서와 실제 이러한 내용으로 사업비를 집행하였다는 사업결 과보고서를 제출하였고, 과학기술정보통신부 장관 역시 별다른 이의 없이 이를 승인해 왔던 것으로 보인다. 원고가 1995년부터 2012년까지 인건비로 집행한 재원에서 포항제철 주식회사로부터 출연받은 기금이 상당한 비중을 차지하였다고 하더라도, 원고가 인건비에 포함된 사학연금의 법인부담금을 전적으로 위 기금에서만 집행하였다고 보이지도 않는다.

④ 과학기술기본법 제11조의3 제1항 및 제11조의4 제1항, 구 관리규정 제20조 제1항 및 제2항, 같은 법 제22조 제1항, 이 사건 협약 제10조, 제13조 제1항 및 제2항 등에 따라 원고는 일정한 경우에 연구개발성과로 취득한 유·무형적 결과물을 소유하고, 그에 대한 기술료를 징수하는 이익을 얻을 수 있다. 그러나 이 사건 사업의 결과물인 방사광가속기는 국가시설에 준하는 것으로 그동안 기초과학 발전과 진흥을 위한 공공적 연구시설로 활용된 점, 원고는 방사광가속기 이용자들로부터 징수한 기술료 내지 이용료 등을 모두 이 사건 연구소의 운영비에 충당한 것으로 보이고, 오히려 여러 차례 방사광 이용료를 현실화 할 수 있는 방안이 필요하다는 지적이 존재하였던 점, 2014년도 이 사건 사업 평가에서 자체 수익이 부족하므로 보완책을 강구하라는 취지의 의견이 제시된 점, 이 사건 연구소는 1995년부터 이 사건 사업을 수행해 온 점, 원고는 위 방사광가속기를 국가에 기부채납한 점 등을 고려할 때, A대학교 또는 이 사건 연구소가 이 사건 연구개발과제를 수행하는 과정에서 어느 정도 유·무형적 이익을 얻었다고 하더라도 이 사건 연구개발비로부터 사학연금의 법인부담금을 집행· 사용하는 것이 현저히 부당하다고 할 수 없다.

라. 소결

따라서 이 사건 연구소 직원의 사학연금 법인부담금도 이 사건 연구개발비의 집행대상에 포함되므로, 이 사건 연구개발비로부터 집행·사용한 원고의 사학연금 법인부담금 상당액을 피고에게 반환할 의무가 없다는 원고의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하여야 하는데 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 원고의 피고에 대한 이 사건 사업 연구개발비 반환채무는 존재하지 않음을 확인하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

재판장판사한창훈

판사김상우

판사원익선

1) 원고의 제1심 주위적 피고 과학기술정보통신부장관에 대한 소는 2018. 10. 19.자 소취하로

종료되었다.

2) 이 사건 협약의 당사자로 미래창조과학부장관과 A대학교 총장이 표시되어 있으나,

이 사건 협약에 따른 권리·의무의 귀속주체가 원, 피고인 점에 대하여는 당사자 사이에 다

툼이 없는 것으로 보인다.