2017구합75576 연구개발비 환수처분 취소

학교법인 A대학교

소송대리인 법무법인(유한) 바른

담당변호사 김홍도, 안선영

1. 과학기술정보통신부장관

소송대리인 법무법인(유한) 지평

담당변호사 이소영

2. 대한민국

법률상 대표자 법무부장관 박상기

소송수행자 박준형

2018. 3. 14.

2018. 5. 4.

1. 이 사건 소 중 주위적 청구인 피고 과학기술정보통신부장관에 대한 소를 각하한다.

2. 원고의 예비적 청구인 피고 대한민국에 대한 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

주위적으로, 피고 과학기술정보통신부장관이 2017. 6. 1. 원고에게 한 1,836,568,560원의 연구개발비 환수처분을 취소하고, 예비적으로, 원고의 피고 대한민국에 대한 1,836,568,560원의 방사광가속기 공동이용 연구지원사업 연구개발비 반환채무는 존재하지 아니함을 확인한다.

1. 기초사실

가. 원고는 사립대학교인 A대학교의 학교경영기관이고, A대학교 산하 B연구소는 1995.경부터 방사광가속기 공동이용 연구지원사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)을 수행해 오고 있다.

나. A대학교와 피고 과학기술정보통신부장관(당시 미래창조과학부장관. 미래창조과학부는 2017. 7. 26. 과학기술정보통신부로 개편되었는데, 이하 미래창조과학부와 과학기술정보통신부를 통틀어서 '과학기술정보통신부'라 한다)은 2015. 2.경 당해연도 협약 연구기간을 2015. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지로 하는 이 사건 사업의 연구개발 과제 표준협약(이하 '이 사건 협약'이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.

연구개발과제표준협약서 연구개발 사업명: 방사광가속기 공동이용 연구지원사업 총 연구개발기간(계속사업): 1995년부터○ 다년도 협약연구기간(3년): 2013년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 당해연도 협약연구기간: 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 협약당사자갑: 피고 과학기술정보통신부장관 을: A대학교 총장○ 주관연구책임자(병): 소속 B연구소(이하 '이 사건 연구소'라 한다) 위 연구개발과제의 수행에 관하여 갑과 을은 다음과 같이 협약을 체결한다. 제3조(연구개발비의 지급)① 갑은 을에게 다음과 같이 정부출연연구개발비를 지급한다.(가) 제1차: 2015년 2월 20,000,000,000원(나) 제2차: 2015년 6월 12,835,000,000원 제4조(연구개발비의 관리 및 사용)① 을은 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(이하 '관리규정'이라 한다), 동 규정 시행규칙과 피고 과학기술정보통신부장관의 연구개발사업 처리규정(이하 ‘처리규정'이라 한다)이 정하는 바에 따라 정부 또는 정부 외의 자의 출연금, 참여기업의 부담금 등의 연구개발비를 다른 용도의 자금과 분리하여 별도의 계정을 설정하고, 동 계정과 연결된 신용카드를 발급받아 다음 각 호와 같이 관리하여야 한다.② 을과 병은 제3조에 따라 지급받은 연구개발비를 관리규정 별표2의 연구개발비 비목별 계상 기준 및 처리규정 별표3의 비목별 세부계상 및 집행기준에 따라 사용하여야 한다.⑤ 을과 병이 제1항에 따른 연구개발비 사용액 중 증빙하지 못한 금액, 관리규정 별표2의 연구개발비 비목별 계상기준 및 처리규정 별표3의 비목별 세부계상 및 집행기준에 위배하여 사용한 금액, 제3항에 따른 항목별 연구개발비 변경승인사항을 승인 없이 초과변경 사용한 금액은 각각 회수한다. 제6조(연구개발비의 사용실적보고 등)③ 을은 연구개발 종료 후 연구개발비의 잔액이 발생하였을 경우 해당 금액 중 정부출연금 지분 해당액은 연구종료 즉시 갑이 지정한 관리계좌에 입금하여야 한다.④ 제3항에 따른 연구개발비 잔액과 부당집행분의 회수 및 사용에 관한 구체적인 사항은 관리 규정, 동 규정 시행규칙 및 처리규정에 따른다.제13조(지적재산권 및 발생품의 귀속 등)① 본 연구개발 과제의 성과로서 취득하는 연구기자재 연구시설 및 시작품 등 유형적 결과물은 을의 소유로 한다.② 본 연구개발 과제의 성과로서 취득하는 지식재산권 연구보고서의 판권 등 무형적 결과물은 을의 소유로 한다.

다. 피고 과학기술정보통신부장관과 그 산하 재단법인 한국연구재단은 2016. 5.경부터 이 사건 협약에 따라 지급한 연구개발비(이하 '이 사건 연구개발비'라 한다)의 사용실적에 관한 정산을 실시하였다. 피고 과학기술정보통신부장관은 2016. 8. 24. 원고에게 "학교경영기관인 원고가 사립학교교직원 연금(이하 '사학연금'이라 한다)의 법인부담금을 부담하여야 함에도 불구하고, 2013년도부터 이 사건 사업과 관련하여 지급받은 연구개발비에서 그 법인부담금을 집행하였다. 위와 같이 부당집행한 법인부담금 등은 관리규정 제19조 등에 따라 회수대상 금액에 해당하므로, 위 금액을 국고에 반납해달 라."는 취지의 '이 사건 사업 정밀정산에 따른 조치' 통보(이하 '이 사건 정산 통보'라 한다)를 하였다.

라. 피고 과학기술정보통신부장관의 위와 같은 통보에도 불구하고, 원고가 그 금액을 완납하지 아니하자, 피고 과학기술정보통신부장관은 2017. 6. 1. 위 정산에 따른 반납비용 1,836,568,560원을 납입하라는 취지의 고지를 하였다(이하 '이 사건 납입고지'라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 3 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 판단

가. 관련 규정

별지 기재와 같다.

나. 주위적 청구에 관한 판단

1) 피고 과학기술정보통신부장관의 본안 전 항변

원고의 피고 과학기술정보통신부장관에 대한 주위적 청구인 이 사건 납입고지 취소 청구에 대하여 피고 과학기술정보통신부장관은 다음과 같이 항변한다.이 사건 납입고지는 구 과학기술기본법(2015. 6. 22. 법률 제13339호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)1) 제11조의2에 근거한 정부출연금 환수처분 통지가 아니라 공법상 계약인 이 사건 협약 제4조 제5항 및 구 관리규정(2017. 7. 26. 대통령령 제28210호로 개정되기 전의 것) 제19조 제4항 등에 따른 정산금 회수·납입 고지에 불과하다. 즉, 이 사건 납입고지는 연구개발 종료 후 정산한 결과 부당하게 집행한 금액을 회수하는 사업비 정산 결과의 고지에 불과할 뿐 공권력의 행사작용으로서 항고소송의 대상인 행정처분이 아니므로 이에 대한 취소청구는 부적법하다.

2) 판단

가) 행정청이 자신과 상대방 사이의 법률관계를 일방적인 의사표시로 종료시켰다고 하더라도 곧바로 그 의사표시가 행정청으로서 공권력을 행사하여 행하는 행정처분이라고 단정할 수는 없고, 관계 법령이 상대방의 법률관계에 관하여 구체적으로 어떻게 규정하고 있는지에 따라 그 의사표시가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것인지 아니면 공법상 계약관계의 일방 당사자로서 대등한 지위에서 행하는 의사표시인지 여부를 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1996. 5. 31. 선고 95누10617 판결, 대법원 2014. 4. 24. 선고 2013두6244 판결 등 참조).

나) 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항은 '국가연구개발사업에 참여한 기관과 개인 등의 연구개발 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 중단되거나 실패한 연구개발과제로 결정된 경우, 연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용한 경우 등의 일정한 의무위반행위를 한 경우 해당자의 국가연구개발사업 참여를 제한할 수 있으며, 이미 출연한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있다.'고 규정하고 있다.

위와 같은 구 과학기술기본법 제11조의2에 의한 사업비 환수의 세부기준은 구 관리규정(2015. 12. 22. 대통령령 제26729호로 개정되기 전의 것) [별표5]에서 규정하고 있는데, 위 별표 내용에 의하면 '연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 중단되거나 실패한 과제로 결정된 경우'와 '연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용한 경우'의 환수기준은 '해당 연도 출연금 전액 이내'로, '정당한 절차 없이 연구개발 내용을 국내외에 누설하거나 유출한 경우'의 환수기준은 '총 수행기간 동안 지급된 출연금 전액 이내'로 규정하고 있는 등 환수금액을 위반행위와 직접 관련된 사업비 금액 이내로 한정하지 않고 해당과제 출연금 전액 또는 해당 연도 출연금 전액 이내에서 결정하고 있다.

다) 그런데 이 사건 납입고지의 기초가 된 이 사건 정산 통보에 따르면, "학교경영 기관인 원고가 사학연금의 법인부담금을 부담하여야 함에도 불구하고, 2013년도부터 이 사건 사업과 관련하여 지급받은 연구개발비에서 그 법인부담금을 집행하였으므로, 관리규정 제19조 등에 따라 위와 같이 부당 집행한 법인부담금 등을 국고에 회수·반납 해달라."고 하면서 그 근거규정으로 구 관리규정(2017. 7. 26. 대통령령 제28210호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 등을 들고 있는 점, 이 사건 협약 제6조 제4항에서 연구개발비 부당집행분의 회수에 관한 구체적인 사항은 관리규정 등에 따른다고 정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 납입고지는 구 관리규정 제19조를 근거로 한 조치라고 할 것이다.

구 관리규정 제19조는 제4항에서 "중앙행정기관의 장은 연구개발과제의 수행이 종료된 후에 연구개발비에서 다음 각 호에 해당하는 금액을 제외한 후 사용잔액이 있거나, 제1항에 따른 연구개발비 사용실적의 보고내용에 대한 검토 및 제2항에 따른 연구개발비 정산 결과 부당하게 집행한 금액이 있는 경우에는 해당 금액 중 정부출연금 지분에 해당하는 금액을 회수하여야 한다."고 규정하고, 구 처리규정(2017. 7. 27. 과학 기술정보통신부훈령 제1호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제30조 제1항은 "장관 또는 전문기관의 장은 연구개발과제의 수행이 종료된 후에 연구개발비에서 다음 각 호에 해당하는 금액을 제외한 후 사용잔액이 있거나, 제29조 제2항에 따른 연구개발비 사용실적의 보고내용에 대한 검토 및 제29조 제3항에 따른 연구개발비 정산 결과 부당하게 집행한 금액이 있는 경우에는 해당 금액 중 정부출연금 지분에 해당하는 금액을 회수하여야 한다."고 규정하며, 같은 조 제6항은 "전문기관의 장은 집행잔액 반납통보 후 주관연구기관이 정당한 사유 없이 3개월 이상 반납을 지연하는 경우 채권추심 등 집행잔액 회수를 위한 법적조치를 취할 수 있다."고 규정하고 있다.

라) 그렇다면 이 사건 납입고지는 협약기간이 종료된 후 피고 과학기술정보통신부장관이 수행기관이 제출한 연구개발비 사용실적을 검토하여 협약에 따른 사용실적으로 인정할 수 없는 부당하게 지출된 금액을 반환하도록 한 것으로서, 이는 구 관리규정과 구 처리규정에서 예정하고 있는 협약에 따른 정산절차의 일부일 뿐 구체적 사실에 관한 법집행으로서 공권력의 일방적인 행사작용인 행정처분이라고 할 수 없다. 즉, 연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용한 경우 구 과학기술기본법 제11조의2에 근거하여 제재조치로 국가연구개발사업의 참여를 제한하면서 이미 출연하거나 보조한 사업비 전액을 환수하는 환수처분과 달리, 위와 같은 사업비 반납요청은 국가연구개발사업 연구과제를 수행하는 기관과 피고 과학기술정보통신부장관 사이에 체결되는 협약에 따라

지급한 연구개발비 중 협약에 위반하여 지출된 금액이 있는 경우 그와 같이 부당집행된 금액을 한도로 부당이득으로 반환할 것을 통보하는 내용의 사업비 정산 행위에 불과하다.

마) 또한 이 사건 납입고지에도 불구하고 원고가 그 비용을 반납하지 아니하는 경우 행정상의 제재 등 처분을 할 수 있는 공법상 근거규정이 없고, 구 처리규정 제30조 제6항에 따라 3개월 이상 반납을 지연하는 경우 채권추심 등의 조치만을 할 수 있는 점 등에 비추어 보더라도 피고 과학기술정보통신부장관이 한 이 사건 납입고지는 협약 상대방인 원고에게 계약상 의무인 정산금 반환을 최고한 것에 불과하다.

3) 소결론

따라서 이 사건 소 중 주위적 청구 부분은 부적법하므로 이에 대한 피고 과학기술정보통신부장관의 본안 전 항변은 이유 있다.

다. 예비적 청구에 관한 판단

1) 원고의 주장

구 관리규정 별표2 및 구 처리규정 별표3 등에서 해당 연구개발과제에 직접 참여하는 내부·외부 연구원에게 지급하는 인건비 중 연구개발비로부터 집행·사용할 수 있는 금액의 계산 방법을 규정해놓고 있는데, 위와 같이 집행·사용할 수 있는 금액은 그 소속기관의 급여기준에 따른 연구기간 동안의 급여총액(4대 보험과 퇴직급여충당금의 본인 및 기관 부담분 포함)을 해당 연구개발과제 참여율에 따라 계상한 금액이다. 또한 구 관리규정 제12조 제2항과 구 처리규정 제23조 제2항 등에서 '중앙행정기관의장은 대학출연연구기관이 주관연구기관인 경우 해당 연구기관이 연구개발비를 부담하게 하여서는 아니 된다.'고 규정하고 있다.

더구나 사립학교교직원 연금법(이하 '사학연금법'이라 한다) 제47조 제1항은 사학연금의 법인부담금 부담주체가 학교가 아닌 학교경영기관임을 선언하는 일반적인 규정에 불과하고 학교에서 제3자로부터 지원을 받아 그 비용을 지급하는 것까지 금지하는 것은 아니다.

이러한 규정의 내용 및 그 취지를 종합하여 보면, 국민연금와 동일한 성격인 사학연금의 법인부담분도 이 사건 연구개발비의 집행 대상에 해당하므로, 원고는 이 사건 연구개발비 정산금의 귀속주체인 피고 대한민국에게 이 사건 연구개발비 등으로부터 집행한 원고의 사학연금 법인부담금에 상당한 금액을 반환할 의무가 없다.

2) 판단

가) 사학연금 가입자는 국민연금 가입 대상에서 제외되므로(국민연금법 제6조 단서), 구 관리규정 별표2 및 구 처리규정 별표3 등의 규정은 대학출연연구기관의 연구원이 사학연금 가입자인 경우에도 국민연금의 경우와 마찬가지로 그 사학연금의 부담금을 연구개발비의 집행 대상에 포함시키는 취지의 규정으로 보는 것이 합리적이다.

나) 그러나 앞서 인정한 사실, 을 제13호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 고려하여 보면, 사학연금의 개인부담금을 넘어 법인부담금까지 이 사건 연구개발비의 집행 대상에 포함된다고 보기 어렵다.

(1) 학교법인은 그 회계를 학교회계와 법인회계로 구분하여 경리하여야 하고, 학교회계를 교비회계와 부속병원회계로, 법인회계를 일반업무회계와 수익사업회계로 구분할 수 있다(사립학교법 제29조 제1항, 제2항, 제3항). 학교법인은 수업료 기타 납부금을 교비회계 수입으로 하여 관리하여야 하고, 원칙적으로 교비회계 수입을 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없다(사립학교법 제29조 제2항, 제6항). 법인부담금은 사학연금의 퇴직급여 및 유족급여 비용의 재원이 되는 것으로 학교법인에 의하여 부담된다. 학교법인은 법인부담금을 법인회계 수입으로 충당하여야 하되, 법인회계 수입으로 법인부담금의 전부 또는 일부를 부담할 수 없을 때에는 그 부족액을 학교회계 수입으로 충당하게 할 수 있다(사학연금법 제47조 제1항, 제5항). 다만 학교법인 중 사립대학 학교법인은 법인부담금 부족액을 학교회계 수입으로 충당하려는 경우에 교육부장관의 승인을 받아야 한다(사학연금법 제47조 제2항 전문), 위와 같은 규정들의 취지는 법인회계 수입으로 충당되어야 하는 법인부담금이 사립대학 학교법인의 임의적인 판단에 따라 학교회계 수입으로 충당되는 경우를 제한함으로써 사립대학 학교회계의 부실을 방지하고 재정건전성을 제고하여 사립대학에서의 교육의 충실을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 관련 규정들에 어긋나는 회계 처리 등에 관해서는 엄격하게 금지시킬 필요가 있다(비록 당해 사안에 그대로 적용될 수는 없지만, 교비회계에 속하는 수입이나 재산을 다른 회계에 전출하거나 대여하여 사립대학 학교회계의 부실을 초래하는 행위는 사립학교법 제29조 제6항, 제73조의2에 따라

형사처벌 대상이 된다는 점에서 더욱 그러하다). 당해 사건으로 돌아와 살펴보면, 이 사건 연구개발비는 구 관리규정 제12조의2 제1항 등에 따라 학교회계 내에서도 일반 교비회계와 분리되어 별도의 회계로 운영되고 있었는데, 원고는 이 사건 연구개발비로부터 사학연금의 법인부담금을 집행·사용함으로써 사학연금법 제47조 제1항에 위반하여 원고가 아닌 A대학교로 하여금 사학연금의 법인부담금을 부담하게 하였다. 또한 이러한 과정에서 원고는 사학연금법 제47조 제2항에서 요구하는 교육부장관의 승인조차 얻지 아니하였다.

(2) 구 관리규정 제12조 제1항, 제2항, 별표2 등 연구개발비에 대한 관련규정의 취지는 국가연구개발사업에 참여한 연구기관이 그 연구 과정에서 부담하는 비용을 국가가 지원하겠다는 취지인데, 사학연금의 법인부담금은 학교법인이 부담하는 비용일 뿐 연구기관인 이 사건 연구소 내지 A대학교가 부담하는 비용이 아니다.

또한 구 처리규정 별표3 등에 의하면, 이 사건 연구소는 '기타기관'으로서 '실지급한 인건비 액수'에 '해당 연구개발과제 참여율'을 곱한 금액을 연구개발비로부터 집행· 사용할 수 있는데, 원고의 주장대로 위 '실지급한 인건비 액수'를 '이 사건 연구소의 연구원들에게 실제로 지급한 인건비 액수'가 아닌 '4대보험의 법정부담금 등 위 연구원들의 인건비와 관련하여 실제 지출한 액수'로 해석한다 하더라도, 사학연금의 법인부담금은 학교법인이 부담해야 하는 비용이므로, 이를 이 사건 연구소가 '인건비와 관련하여 실제 지출한 액수'라고 보기도 어렵다.

(3) 구 관리규정 제12조 제2항과 구 처리규정 제23조 제2항에서 '중앙행정기관의장은 대학출연연구기관이 주관연구기관인 경우 해당 연구기관이 연구개발비를 부담하게 하여서는 아니 된다.'고 규정하고 있으나, 위 규정들은 구 관리규정 제12조 제1항 의 "중앙행정기관의 장은 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연할 수 있다."는 규정과 관련하여 대학출연연구기관이 주관연구기관인 경우에는 연구개발비를 전부 부담하라는 취지의 규정으로 봄이 상당하다.

그런데 이 사건의 주요 쟁점은 사학연금의 법인부담금을 이 사건 연구개발비의 계상항목으로 포함할 수 있는지 여부, 즉 연구개발비의 인정범위이므로, 구 관리규정 제12조 제2항과 구 처리규정 제23조 제2항을 이 사건 연구소 연구원의 사학연금 법인부담금을 국가가 부담하도록 하는 근거규정이라고 보기도 어렵다.

(4) 원고는, 이 사건 연구소에서 근무하는 연구원들이 원고를 위하여 업무를 수행하는 것이 아님에도 불구하고 원고가 위 연구원들의 사학연금 법인부담금까지 모두 부담하도록 하는 것은 원고에게 아무런 이익도 없이 재정적인 부담만을 받게 하는 결과가 되어 부당하며, 특히 원고가 이 사건 사업의 결과물인 방사광가속기를 국가에 기부채납하였음에도 연구개발비로부터 집행한 사학연금의 법인부담금 상당액을 반환하라는 것은 지나치게 가혹하다고 주장한다.

그러나 과학기술기본법 제11조의3 제1항, 구 관리규정 제20조 제1항, 제2항, 이 사건 협약 제13조 제1항, 제2항 등에 근거하여 A대학교 또는 이 사건 연구소는 원칙적으로 이 사건 사업에 따라 얻어지는 연구기자재, 연구장비 및 지식재산권 등 유무형적 성과의 소유자가 되고, 과학기술기본법 제11조의4 제1항, 구 관리규정 제22조 제1항 등에 근거하여 그 연구개발성과를 사용 대여 등을 하려는 자로부터 기술료를 징수할 수도 있으므로, 원고의 주장대로 이 사건 사업 및 이 사건 협약으로 인해 원고에게 재정적 손해만이 발생한다고 단정 지을 수도 없다.

3) 소결론

그렇다면 사학연금의 개인부담금을 넘어 법인부담금까지 이 사건 연구개발비의 집행 대상에 포함된다고 보기 어려우므로, 이와 반대의 전제에 서서 이 사건 연구개발 비로부터 집행·사용한 사학연금 법인부담금 상당액을 피고 대한민국에게 반환할 의무가 없다는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 피고 과학기술정보통신부장관에 대한 주위적 청구는 부적법하므로 이를 각하하고, 피고 대한민국에 대한 예비적 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

재판장판사박성규

판사이슬기

판사강지성

1) 원고는 '이 사건 납입고지는 과학기술기본법에서 정한 정부출연금 환수처분에 해당한다.'고 주장하고 있고, 제재적 행정처분인

정부출연금 환수처분은 그 위반행위 당시에 시행되던 법령에 의하여야 한다(대법원 1987. 1. 20. 선고 86누63 등 참조). 원고

내지 이 사건 연구소는 2013년도부터 2015년도까지의 연구개발비를 원고의 사학연금 법인부담금으로 집행·사용한 것으로 보

이고, 2015. 6. 22. 법률 제13339호로 개정된 과학기술기본법은 2015. 12. 23. 시행되었으므로, 위와 같이 개정되기 전의 과

학기술기본법을 원고가 주장하는 정부출연금 환수처분의 근거 규정으로 보기로 한다.