조심2012중1425(2013.01.30.)

쟁점거래가 실물거래라는 청구주장은 받아들여 쟁점세금계산서의 매입액은 청구법인의 손금으로 인정

쟁점거래와 관련하여 청구법인이 물품을 납품한 사실에 대하여는 처분청과 이견이 없고 각 거래단계별 거래품목이 서로 일치하며, 납품대금 중 일부의 어음배서경로가 거래흐름과 일치하므로, 쟁점거래는 제3의 거래처에서 실물이 매입되었을 것으로 보여 쟁점세금계산서상의 매입액은 청구법인의 손금으로 인정하여 할 것으로 판단됨

부가가치세법 제17조, 법인세법 제19조, 국세기본법 제26조의2 제1항

2013구합3741 부가가치세부과처분취소

주식회사 AA

평택세무서장

2013. 10. 24.

2013. 11. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 2011. 12. 15.자 2001년 2기분 귀속 부가가치세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. AA전자 주식회사(이하 '구 AA전자'라 한다)는 2001. 11. 1. 국방부 조달본부와 사이에 국방시설통합정보체계 구축 프로젝트(이하 '이 사건 사업'이라 한다)를 위하여 PC, 스캐너, 플로터, 프린터 등 전산장비와 상용 소프트웨어(CAD)를 OOOO원에 공급기로 하는 내용의 공급계약(이하 '이 사건 공급계약'이라 한다)을 체결하고, 그에 따라 2001. 12. 18. 위 소프트웨어 및 전산장비 등의 납품을 완료하였다.

나. 구 AA전자는 2001년 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 BBB시스템즈(2005. 4. 8. '주식회사 CCC'로, 2006. 11. 30. 'DDDCCC 주식회사'로 각 상호가 변경되었다. 이하 'BBB시스템즈'라 한다)로부터 위 PC 등 전산장비와 상용 소프트웨어(CAD)를 구입하는 것으로 하여 공급대가 OOOO원(공급가액 OOOO원 + 부가가치세 OOOO원)인 세금계산서 1매(이하 '이 사건 세금계산서'라 하고, 관련 거래를 '이 사건 거래'라 한다)를 수취하였다.

다. 한편, 구 AA전자는 2002. 4. 2. 법인의 전자사업부문을 분할하면서 존속 법인의 상호를 주식회사 AA이아이(이하 'AA이아이'라 한다)로 하였으며, 원고(당시 상호는 주식회사 AA씨아이였다, 이하 '원고'라 한다)는 2003. 3. 4. AA이아이를 합병하고 주식회사 AA로 그 상호를 변경하였다.

라. 피고는 2011. 11. 21.부터 2011. 12. 31.까지 원고에 대한 조세범칙조사를 실시하여 원고가 이 사건 거래와 관련하여 BBB시스템즈로부터 실제 재화나 용역을 공급받지 아니하고 이 사건 세금계산서를 수취한 것을 확인하고, 위 세금계산서상 공급가액 OOOO원 중 OOOO원 부분을 '사실과 다른 세금계산서'로 보아 그 매입세액을 불공제하여 2011. 12. 15.자로 원고에게 2001년 제2기 부가가치세 OOOO원(가산세 포함, 이하 '이 사건 부가가치세'라 한다)을 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 3. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013. 1. 30. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 원고는 이 사건 공급계약에 따라 국방부 조달본부에 전산장비 등을 공급하기 위해 BBB시스템즈로부터 전산장비 등을 공급받았으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

(2) 가사 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도, 원고가 이 사건 거래 당시 BBB시스템즈의 사업자등록증을 확인한 점, 원고는 BBB시스템즈의 사업자등록증의 기재와 일치하는 내용의 이 사건 세금계산서를 발급받고 BBB시스템즈에 그 대금을 지급한 점 등에 비추어 볼 때, 원고는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없는 선의의 거래당사자에 해당한다.

(3) 이 사건 거래는 소위 가공거래가 아닌 위장거래로 그에 따른 물품대금이 실제 지급되었는바, 이 사건 세금계산서를 교부받음으로써 원고가 추가로 공제받은 세액이 없을 뿐만 아니라 원고에게 조세포탈의 의도가 있었다고 볼 수도 없으므로 이 사건 부가가치세 부과의 제척기간은 5년이고, 따라서 이 사건 처분은 제척기간이 경과된 후 부과된 것이어서 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

(가) 구 부가가치세법(2003. 5. 29. 법률 제6905호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제1호의2는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득・수익・계산・행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조).

그리고 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 과세관청이 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 이에 관하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도의 상당한 증명을 한 경우라면, 이를 다투고 있고 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 세금계산서가 허위가 아니라는 점을 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 참조). 한편 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명・6날인되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수는 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).

(나) 살피건대, 을 제3 내지 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 거래에 따라 원고에게 재화를 실제 공급한 자는 BBB시스템즈가 아닌 주식회사 AA씨엔에스(변경전 상호 주식회사 AA이디에스, 이하 'AA씨엔에스'라 한다) 등이라고 봄이 상당하므로, 이 사건 세금계산서는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2에서 말하는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점이 상당한 정도로 증명되었다 할 것이고, 갑 제7 내지 13호증의 각 기재만으로는 이를 뒤집기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① BBB시스템즈의 대표이사인 조EE은 동안양세무서장의 세무조사 당시, BBB시스템즈가 이 사건 사업과 관련하여 2001년 제2기 부가가치세 과세기간 중 FF에스디에스 주식회사(이하 'FF에스디에스'라 한다)로부터 공급가액 OOOO원, 주식회사 GG정보통신(이하 'GG정보통신'이라 한다)으로부터 공급가액 OOOO원, 주식회사 HH(이하 'HH'라 한다)로부터 공급가액 OOOO원 합계 OOOO원(OOOO원 + OOOO원 + OOOO원)의 가공매입계산서를 수취하여 원고에게 실제로 용역을 제공하거나 물품을 공급한바 없이 이 사건 세금계산서를 발행하여 준 사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성・제출하였는바(을 제3호증의1, 2), 그 확인서가 의사에 반하여 강제로 서명・날인되었다거나 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없다.

② 이 사건 거래와 관련하여, FF에스디에스와 BBB시스템즈는 위 ① 기재 각 거래가 가공거래임을 인정하면서 해당 부가가치세 등을 모두 납부하였다.

③ 원고는 이 사건 거래와 관련한 대금이 상당함에도 분할하거나 계좌이체 등을 하지 않고 BBB시스템즈에 어음 11매로 나누어 일시에 지급하였는바, 위 각 어음상의 액면금액이 하위 업체에서 발행한 세금계산서 금액과 일치하는 점, 위 어음 중 배서내용이 확인된 5매 액면금 합계 OOOO원은 원고의 특수관계법인인 AA씨엔에스에 귀속된 점 등을 고려하면, 원고는 이 사건 거래와 관련하여 중간 단계 업체가 끼어들어 형식적인 계약이 체결된다는 것을 알면서 중간 단계 업체를 거치지 않고 직접 금원이 지급될 수 있도록 사전에 거래와 관련하여 의논하여 대금을 지급한 것으로 보인다.

④ AA씨엔에스의 국방시설통합정보시스템 개발프로젝트 기반체계팀장이었던 조II은, 이 사건 사업에서 AA씨엔에스가 개발한 응용프로그램과 구축자료를 원고가 국방부 조달본부에 공급할 주전산기 등에 설치하고 테스트하여 전국 군부대에 납품할 수 있도록 하였는데, 당시 원고의 평택 공장에서 약 1주일 동안 원고 및 AA씨엔에스 소속 엔지니어들과 공동으로 작업을 수행하였고, 다른 회사 엔지니어는 없었던 것으로 기억한다고 진술하였다(을 제14호증).

(2) 원고가 선의의 거래당사자인지 여부

(가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결).

(나) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 거래와 관련하여 BBB시스템즈에 교부한 어음 11매의 액면금액이 하위 업체에서 발행한 세금계산서 금액과 정확히 일치하는 점, 위 어음 중 배서내용이 확인된 5매 액면금 합계 OOOO원은 원고의 특수관계법인인 AA씨엔에스에 귀속된 점 등을 고려하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 세금계산서에 기재된 공급자와 실제 공급자가 다르다는 사실을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없었음을 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(3) 부과제척기간 도과 여부

(가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 제3호에 의하면 국세는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년의 기간이 만료된 날 이후에는 부과할 수 없으나, 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・6공제받는 경우에는 10년간 국세를 부과할 수 있고, 위 규정상의 '사기 기타 부정한 행위'라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말한다.

또한, 구 부가가치세법 제16조 제1항 제1호는 '공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭'을 기재하여 세금계산서를 작성하도록 규정하고, 동법 제17조 제2항 제1호의2는 이와 같은 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우 매입세액을 공제하지 않도록 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고는 BBB시스템즈의 매출을 부풀리기

위하여 BBB시스템즈 등 하위업체들과 공모하여 실제 거래 없이 허위의 세금계산서를 수취하였는바, 이는 위장가공거래에 의한 허위세금계산서의 제출에 해당하고, 결제증빙서류 및 계약서 등을 조작하여 실제 거래인 것처럼 위장하여 과세관청의 조세부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하였으므로 부정한 적극적인 행위에 해당한다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 세금계산서와 관련한 부가가치세의 부과제척기간은 10년이라 할 것인데, 이 사건 처분은 원고에 대하여 2001년 제2기 부가가치세를 부과할 수 있는 날인 2002. 1. 26.(2001년 제2기분 부가가치세 신고기한인 2002. 1. 25.의 다음날)로부터 10년이 경과하기 전인 2011. 12. 15.경 이루어진 것임이 역수상 명백하므로, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.