서울행정법원 2012. 07. 13. 선고 2012구합7011 판결

"가. 원고(종전 상호 • 주식회사 XX)는 수출입업 등을 목적으로 하는 법인으로 서울 강남구 XX동 000에 위치한 XX빌딩을 사옥을 보유하고 있다가 같은 동 000-3에 XX 타워(지하 6층, 지상 27층 규모임, 이하 '쟁점 부동산')를 신축하여 사옥을 이전 하기로 계획하여, 2000. 8. 8. 건축허가를 받았고, 2000. 8. 22. 주식회사 OO건설(이하OO건설')에 위 건축공사를 도급주었다(공사기간 2000. 8. 22부터 2003. 7. 31. 까지).",나. 원고는 쟁점 부동산을 건축한 뒤 2003. 6. 21. 서울특별시장에게 건축물의 사용 승인을 신청하여, 2003. 7. 4. 건축물사용승인을 받은 후 2003. 8. 26. OO건설로부터 시설물 인수 - 인계서를 제출받아 시설물과 설계도면의 일치 여부를 확인하였고(갑 제6호증), 2003. 8. 29.경 쟁점 부동산 시설을 인수하여 건축물 완공에 따른 공사비정산을 실시하였다(갑 제9호증).

다. 한편, 원고는 쟁점 부동산에 관하여 2003. 8. 6. 그 명의로 소유권보존등기를 마쳤고, 2003. 8. 25. 일반건축물대장에 등재하였다

"라. 원고는 2004 내지 2008 사업 연도 결산 당시 재무제표에 쟁점 부동산의 내용연수를 30년으로 보고 법인세법 시행규칙 제15조 제2항 [별표 4]에 의하여 이 사건 건축물의 감가상각비에 관하여 0.034의 상각률을 적용하여 계상하였으나, 위 각 사업연도의 법인세 신고 당시 쟁점 부동산이 조세특례제한법(2003. 12. 30 법률 제7003호로 개정 되고, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법') 제30조 제1항 소정의 감가상각특례자산으로서, 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30 대통령령 제18207호로 개정되고, 2009. 6. 19. 대통령령 제21545호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제3항에 의하여 20년의 특례내용연수를 적용하여 상각률을 0.05로 판단하고, 감가상각비 합계 000원(2004 사업 연도 : 000원, 2008 사업 연도 : 000원)을 신고조정 항목으로 추가로 손금산입하였다.",마. 서울지방국세청장은 2010. 1. 18.부터 2010. 3. 30.까지 원고에 대한 법인제세통 합조사를 실시한 결과, 원고가 2003. 7. 1. 이전에 쟁정 부동산을 취득한 것으로 보고 조세특례제한법 부칙 제11조에 의하여 조세특례제한법 제30조 제1항의 감가상각비 손금산입 특례 규정이 적용되지 않고, 쟁점 부동산의 기준 내용연수를 30년으로 볼 경우 상각률을 0.034가 아니라 1/30로 보아야 한다는 통보를 피고에게 하였다

"바. 피고는 이에 따라 아래 [표 1]과 같이 쟁점 부동산에 대한 감가상각비(이하 '쟁점 손금')를 손금불산입하여 원고에게 2010. 3. 17. 2004 사업연도 법인세 000원을, 2010. 5. 3. 2008 사업 연도 법인세 000원을 각 부과하였다.", "사. 원고는 이에 불복하여 2010. 6. 14. 조세심판원에 심사청구를 제기하였고, 조세심판원은 2011. 11. 25.원고의 주장 중 감가상각특례 관련 주장은 이유 없으나, 상각률에 관한 주장은 이유 있으므로 쟁점 부동산의 상각률을 0.034로 산정하여 과세표준 및 세액을 경정할 것'을 명하는 일부 인용결정을 하였다.",(아래 표 생략)

아. 피고는 이에 따라 2011. 12. 2. 원고의 2004 시업연도 법인세 000원 및 2008 사업연도 법인세 000원을 각 감액하는 경정처분을 하였다(이에 따라 잔존 하는 2004 사업 연도 법인세 000원 및 2008 사업 연도 법인세 000원의 부과처분을 '이 사건 처분이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4 내지 8호증, 을 제2, 3호즘의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적 법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

법인세법 시행령(2007. 2. 28 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제68조 제1항, 법인세법 시행규칙(2005. 2. 28 재정경제부령 제420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제6항, 소득세법 시행령(2005. 2. 19 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제1항 제4호에 의할 때, 조세특례제한법 부칙 제11조 소정의 고정자산 취득 시점은 원고가 사용검사필증을 교부받음 2003. 7. 4.로 보아야 하므로, 조세특례제한법 제30조 제1항, 부칙 제11조에 의하여 쟁점 손금은 인정되어야 한다. 따라서 이와 다른 전체에 선 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

"먼저 원고가 2003. 7. 1. 이전에 투자를 개시하였으므로 그 취득 시점과 관계없이 조세특례제한법 부칙 제11조에 의하여 조세특례제한법 제30조 제11항이 적용된다고 볼 수 없다. 또한, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 단서에 의할 때, 건축물의 사용승인 이전에도 사실상 사용된 경우에는 건축물을 취득한 것으로 볼 수 있는바, 원고가 2003. 6. 21. 서울특별시장에게 쟁점 부동산의 사용승인신청을 한 시점에 건축물이 완공된 것으로 볼 수 있는 점, 준공식에도 2003. 6. 30.이 준공일로 표시된 정, 원고 법인의 사옥 이전 작업이 2003. 6. 30. 이전에 시작된 점, 원고는 쟁점 부동산을 주식회사 YY (이하 'YY')과 주식회사 한국QQ은행(이하 'QQ은행')에 입대하면서 2003. 7. 1. 이전에 임대보증금의 계약긍과 중도금을 각 수령하여 쟁점 부동산에 대한 수익활동을 하였던 점 등에 비추어, 원고는 쟁점 부동산을 2003. 7. 1. 이전에 취득한 것으로 보아야 한다. 따라서 쟁점 손금은 조세특례제한법 제30조 제1항에 의한 감가상각비 특례의 적용 대상이 아니므로, 이 사건 처분은 적법하다.",나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

원고는 쟁점 부동산을 신축한 후, 일부(지상 21층부터 24층)는 사옥으로 직접 사용 하고, 나머지 부분은 임대에 제공하였는바, 원고가 직접 사용한 부분 및 임대에 제공한 부분과 관련된 일련의 과정은 아래와 같다

1) 직접 사용한 부분

O 2000. 8. 8 건축허가 취득

O 2000. 8. 22. OO건설과 공사도급계약 체결

O 2003. 6. 21. 서울특별시에 건축물 사용승인 신청

O 2003. 6. 27. - 29. 쟁점 부동산에 예비 보유 파티션(30석 수준) 사전 설치

O 2003. 6. 27. - 6. 30. 헬스센타 운동장비 및 직원식당 비품 일부 이전

O 2003. 6. 30. 신축 완료, 준공일(준공석상)

O 2003. 7. 3. 구 사옥에서 전산-OA기기, 방송통신 장비 해체 개시 파티션 해체 개시(갑 제10호중)

O 2003. 7. 4 사용승인일(갑 제5호증)

O 2003. 7. 4 신사옥에서 전산-OA기기, 네트워크 해체 / 이전 설치 개시 파티션 해체 / 이전 / 설치 개시(갑 제10호증)

O 2003. 7. 5. 임원실 비품 우선 해제(포장) I 이전 / 설치

일반비품, 문서(박스) 해체 / 이전 / 설치

구 사옥에서 13: 00 업무 마감 (갑 제10호증)

O 2003. 7. 6. 일반비품, 문서 이전 / 설치, 종합점검(갑 제10호증)

O 2003. 7. 7. 신사옥에서 본격적 업무개시(갑 제11호증)

O 2003. 8. 6. 건물 보존 등기 경료(갑 제8호증)

O 2003. 8. 29. 공사대금 최종 정산일(갑 제9호증)

2) 임대 부분

[YY]

O 2003. 3. 11 YY와 임대차계약 체결(6-13층), 임대보증금 계약금 수령(000)

O 2003. 5. 12. YY로부터 임대보증금 중도금(000) 수령

O 2003. 5. 29. 건물 배선 공사와 함께 YY 자체 배선을 위한 인테리어공사 시작

O 2003. 7. 16 당초 약정된 7. 1. 입주지정일 연기되어 위 날짜에 임대 기간 개시 및 임대보증금 잔금 수령(갑 제12, 20호증)

[QQ은행]

O 2003. 3. 27. QQ은행과 임대차계약 체결(지하1층), 계약금 수령(000)

O 2003. 6. 27. 인테리어 공사 시 작, 중도금(000)수령

O 2003. 7. 16. 당초 약정된 7. 1 입주지정일 연기에 따라 이 때부터 임대기간 개시됨(갑 제19, 20호증)

O 2003. 8. 11. 전세권 설정 등기 경료 및 임대보증금 잔금 수령

[나머지 임자인들]

모두 2003. 7. 1 이후 입주 및 잔금을 지급받음(갑 제20호층)

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 13, 16, 18 내지 21호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 정부는 특정 시점에 투자하거나 취득한 유형고정자산의 감가상각기간을 단축함으로써 투자자금 조기회수를 통한 경기 활성화를 지원할 목적으로 2003. 12. 30 조세특례제한법 제30조를 신설하였는데, 위 조항의 시행시기에 관하여 부칙 제11조에서 2003. 7. 1. 이후에 취득하거나 투자를 개시한 고정자산에 대하여도 위 법이 시행되는 2004. 1. 1. 이후 과세표준신고를 할 때 적용할 수 있도록 규정하고 있다 한편 투자시점에 대하여 는 조세특례제한법 시행령 제23조 제8항 제4호에서 자기가 직접 건설하는 경우 건설에 착수하는 시점을 투자시기로 규정하고 있는바, 원고가 쟁점 부동산을 착공한 시점이 2000. 8. 22 이므로 원고의 투자시점이 2003. 7. 1. 이전임은 분명하다. 다만, 조세특례제한법 부칙 제11조는 2003. 7. 1. 이후 고정자산을 취득하거나 투자를 개시할 것을 선택적 요건으로 규정하고 있으므로, 2003. 7. 1. 이전 투자를 개시하였다고 하더라도, 2003. 7. 1 이후 고정자산을 취득한 경우 여전히 조세특례제한법 제30조가 적용될 수 있다고 할 것이다 (따라서, 투자시점이 2003. 7. 1. 이전이므로 조세특례제한법 제30조가 적용될 수 없다는 피고의 주장은 이유 없다).

2) 한편, 고정자산의 취득시기에 관하여 조세특례제한법 혹은 조세특례제한법 시행령은 별다른 규정을 두고 있지 아니하므로, 자산의 양도로 인한 익금 및 손금의 귀속시기를 정한 법인세법 시행령(2007. 2. 28 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제68조 제1항 제3호가 유추적용될 여지는 있으나, 위 규정은 자산의 양도를 전제로 한 것일뿐, 건물을 스스로 신축한 경우에 적용되기는 적절치 아니하다. 오히려, 업무무관부동산의 보유기간을 산정함에 있어 신축건물의 취득시기를 규정한 법인세법 시행규칙(2005. 2. 28. 재정경제부령 제420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 치126조 제6항, 소득세법 시 행령(2005. 2. 19 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제1항 제4호를 유추적용하는 것이 보다 적절할 것으로 보인다. 위 소득세법 시행령 규정에 의하면 자신이 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증 교부일을 원칙으로 하되, 단서 에서 사용검사 전에 사용한 경우에는 사실상의 사용일을 취득일로 보고 있다. 다만 위 단서에 의한 사실상의 사용일을 해석함에 있어서는 사용검사증 교부일이라는 원칙에 대한 예외이므로 이를 엄격하게 해석하여야 하는 점, 건축물의 부분적 사용시점을 취득일로 불 경우 그 취득시점이 매우 불명확하여진다는 점 등을 고려할 때, 해당 건축물에 대한 부분적인 사용이 개시되는 것만으로는 부족하고, 전반적인 이용개시가 이루어지는 시점을 사실상의 사용일로 볼 수 있다고 할 것이다.

3) 이 사건으로 돌아와 살펴보면, 쟁점 부동산의 사용승인이 이루어진 시점은 2003 7. 4.이므로, 위 사용검사필증 교부일은 같은 날이거나 그 이후일 것이 명백하므로, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 본문이 적용될 경우, 원고가 쟁점 부동산을 취득한 시점은 2003. 7. 1. 이후임이 분명하다. 다만, 원고가 2003. 7. 1 이전에 쟁점 부동산을 사실상 사용한 것으로 보아 위 규정 단서가 적용될 수 있을지가 문제된다. 그러나 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합 하여 보면, 원고가 쟁점 부동산을 사실상 사용하게 된 시점은 2003. 7. 1 이후로 보아야 한다.

① 원고가 쟁점 부동산을 신축한 목적은 일부 시설은 사옥으로 사용하고, 나머지 부분은 임대에 제공하여 수익활동을 하기 위한 것이었으므로, 쟁점 부동산의 사용일 또한 원고의 신축 목적에 부합하는 이용행위가 언제 있었는지를 기준으로 판정하여야 한다. 따라서 원고가 사옥으로 사용한 부분은 실제 업무에 착수한 시점을, 임대에 제공한 부분은 임차인들에게 부동산을 사용하게 하면서 원고의 입대 수익활동이 개시된 시점(즉, 임대차기간 개시시점)을 각 사용일로 보는 것이 합리적이다.

② 원고가 직접 사옥으로 이용하게 된 시점은 신사옥으로 사무실 이전이 완료되어 직원들의 본격적인 업무가 개시된 2003. 7. 7.로 봄이 상당하다. 비록 2003. 6. 27 부터 2003. 6. 30 경까지 일부 장비나 비품이 쟁점 부동산으로 옮겨졌다고 하더라도, 이는 건축물을 사용하기 위한 준비행위에 불과하여 위 시기를 사용시점으로 보기는 곤란하다. 또한 쟁점 부동산의 준공식에 표시된 날짜(2003. 6. 30.)은 원고가 내부적으로 쟁점 부동산이 완공된 것을 표시하는 의미에 불과할 뿐, 원고의 실제 사용 여부와는 관계가 없으므로 이를 두고 쟁점 부동산의 사용일이라 볼 수도 없다

③ 쟁점 부동산의 주된 임차인인 YY와 QQ은행 모두 2003. 7. 16 쟁점 부동산에 입주하여 이 때로부터 임대기간이 개시되었으므로, 쟁점 부동산 중 이 부분의 사용일은 2003. 7. 16.로 봄이 상당하다 피고는 원고가 임대차보증금 중 중도금을 수령한 시점 혹은 인테리어 공사가 개시된 시점이 쟁점 부동산의 사용일이라고 주장하나, 임대차보증금은 임차인외 채무불이행 등으로 인한 위험을 담보하기 위하여 교부받는 금전에 불과하므로, 위 시점을 수익활동의 개시 시점우로 볼 수 없고, 쟁점 부동산에 대한 인테리어 공사 또한 임자행위의 준비활동에 불과하고 수익활동이 이루어진 것으로 볼 수 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

4) 이와 같이, 쟁점 부동산의 취득시기가 2003. 7. 1. 이후인 이상, 쟁점 손금은 조세특례제한법 제30조 제1항, 부칙 제11조에 의하여 손금 산입의 대상이 된다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

서울행정법원 2012.07.13.선고 2012구합7011

-서울고등법원 2013.02.01.선고 2012누24377

-대법원 2013.06.28.선고 2013두5548

참조조문