서울행정법원 2013. 06. 14. 선고 2012구합40049 판결

2. 피고가 원고에 대하여， 2011. 7. 1.에 한 2007. 4. 1.~2008. 3. 31. 사업 연도 법인세 1，742，157，090원， 2008. 4. 1.~2009. 3. 31. 사업 연도 법인세 0000원의 부과처분 및 2012. 9. 3.에 한 농어촌특별세 0000원의 부과처분을 모두 취소한다.

3. 소송비용 중 10%는 원고가， 나머지는 피고가 각 부담한다.

주문

제1항에 기재된 취소청구 및 제2항 기재와 같다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 보험업을 영위하는 내국법인으로 2005. 4. 1.~2006. 3. 31.사업연도, 2007. 4. 1.~2008. 3. 31. 사업 연도， 2008. 4. 1.~2009. 3. 31. 사업 연도(이 하 과세 기 간의 종료시점이 포함되어 있는 연도로 사업연도를 특정하기로 한다)에 연구개발 전담부서를 보유한 주식회사 BBBBBB에게， 기존 개별보험 기능별 관리를 고객별 ・ 상품별 관리로 연동하고 다양한 외부 채널을 통하여 이에 접근할 수 있도록 하는 등의 '차세대 정보시스템 구축 및 통합경영 관리시스템의 구축' 등 전산시스템 구축 용역을 위탁 하고，연구개발비로 총 0000원을 지급하였다.

나. 원고는 2009. 2. 18. 2006 사업연도， 2008 사업연도에 지출한 위탁비용에 대하여 기존 법인세 신고시 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 소정의 연구 ・ 인력개발비 세액공제 적용을 누락하였으므로 이를 공제하여 법인세를 환급하여 달라는 경정청구를 하여 2009. 2. 27. 해당금액을 모두 환급받았고, 2009 사업연도 법인세 신고시에는 위 사업연도에 지출한 연구개발비에 대한 세액공제를 적용하여 법인세를 신고 ・ 납부하였다.

다. 이후 피고는 원고가 위와 같이 지출한 돈이 연구개발을 위한 것임을 전제로，다 만 그 중 수탁자인 주식회사 BBBBBB가 제3자에게 재위탁한 비용은 세액공제대상 이 아니라고 보고 원고에 게 2011. 6. 14. 2006 사업 연도 법인세 000원을，2011. 7. 1. 2008 사업 연도 0000원，2009 사업 연도 법인세 000원을 경정 ・고지하였다.

라. 이에 불복한 원고는 20끄. 9. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였고， 조세심판원은 2012. 6. 28. 2006 사업연도 법인세에 대한 청구에 관하여는 청구기간 도과를 이유로 각하하고， 2008 사업연도 및 2009 사업연도 각 법인세에 대한 청구에 관하여는 원고가 위와 같이 지출한 돈이 연구개발을 위한 것임을 전제로 제3자에게 재위탁된 비용 중 전담부서를 보유한 업체에 재위탁된 금액에 대하여는 연구개발비 세액공제를 적용하여야 한다며 이에 해당하는 금액을 재조사하여 세액을 경정하라는 취지의 결정을 하였다.

마. 피고는 2012. 8. 31. 위 결정에 따라 전담부서가 있는 업체에 재위탁된 연구개발 비에 대하여는 세액공제를 인정하고， 아울러 전담부서가 없는 업체에 재위탁된 비용에 대하여는 원고의 신청에 따라 2008 사업연도 법인세를 산정하는 데에 구 조세특례제한법 제24조 제1항에서 정한 생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제를 적용하여， 결과적으로 당초 경정 ・ 고지한 2008 사업연도 및 2009 사업연도 각 법인세 중 0000원(2008 사업 연도 0000원， 2009 사업연도 0000원)을 직권으로 감액하는 한편，2012. 9. 3. 원고에게 생산성향상시설세액공제 적용에 따른 농어촌특별세 0000원을 부과하였다.

바. 한편， 피고는 조세심판결정에 따라 재조사 후 감액경정된 것과는 별도로 이 사건

경정청구로 법인세 환급시 지급한 환급가산금을 일부 재위탁분 배제하고 법인세 경정 ・ 고지시 추징하였으나 2012. 8. 31. 법인세 감액경정시 이를 환급하지 않아 2012. 9. 6. 2006 사업연도분 환급가산금 추정분 16，976，797원과 2008 사업연도분 환급가산 금 추징분 0000원을 환급하였다{당초 2011. 7. 1.자 2008 사업 연도 및 2009 사업연도 각 법인세 중 감액되고 남은 부분 및 농어촌특별세는 청구취지 기재와 같은바 (청구취지 기재 각 세액은 원단위를 절사하여 계산된 것이다)， 이하 이들 세금의 부과 처분을 묶어 '이 사건 처분'이라 한다}.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 7호증， 을 제1 내지 7호증(가지번호 있는 호즘은 이를 포함한다)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단

피고는, 이 사건 소 중 2005. 4. 1.~2006. 3. 31. 사업연도 법인세 000원의 부과처분 취소청구 부분은 이미 조세심판원에서 청구기간을 도과하였다는 이유로 각하를 받았으므로 부적법하다고 주장한다. 국세기본법 제56조 제2항， 제61조 제1항， 제68조 제l항에 의하면， 국세기본법이나 세법에 따른 처분에 대한 행정소송을 제기할 경우에는 국세기본법이 정한 심사청구 또는 심판청구 등의 전심절차를 반드시 거쳐야 하고， 한편 심사청구나 심판청구는 해당 처분이 있음을 안날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일 이내에 제기 하여야 하는바，앞서 든 증거에 의하면，이 부분 법인세 부과처분에 대한 심판청구는 원고가 이에 대한 납세고지서를 수령한 2011. 6. 20.로부터 90일이 지난 이후인 2011. 9. 27. 제기된 사실이 인정되므로， 이 부분 청구 부분은 적법한 전심절차를 거치지 아니한 것이어서 부적법하고(대법원 1991. 6. 25. 선고 90누8091 판결 참조)， 이를 지적하는 피고의 주장은 이유 있다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

연구개발 전담부서를 보유한 기업에 연구개발용역을 위탁하였다면， 재위탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고， 위탁에 따른 비용은 구 조세특례제한법 (2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 소정의 세액공제대상 이므로， 이에 반하여 이루어진 각 법인세 부과처분은 위법하다. 그리고 구 조세특례제한법상 연구개발비 세액공제에 대해서는 농어촌특별세를 부과하지 아니하는 것이므로， 이와 다른 전제에서 이루어진 농어촌특별세 부과처분 역시 위법하다. 설령 그렇지 않다고 하더라도， 원고는 기존 과세관청의 유권해석을 믿고 전담 부서 없는 재수탁업체에 지급된 용역비에 관한 세액공제신청을 하였으므로， 원고에게는 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이어서， 이 사건 처분 중 적어도 가산세 부과처분은 위법하다.

(2) 피고

(가) 우선， 원고가 주장하는 연구개발용역 위탁에 따른 비용이 연구개발활등에 사용된 것인지 밝혀지지 않았다. 나아가 조세특례제한법 제9조 제5항의 해석상 연구개 발에 해당하기 위해서는 특허의 요건인 '신규성', '진보성'이 인정되어야 하는데, 전산시 스템을 구축하는 것이 이러한 요건을 갖추었다고 볼 수도 없다.

(나) 다음으로， 조세특례제한법이 위탁과 재위탁을 구분하고 있는데 이 사건에 적용되는 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항， 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항， [별표6] 제l호 나목에서는 세액공제대상에 '위탁'이라고만 규정하고 있고 '재위탁'이라고는 규정하고 있지 않았으며，이후 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목이 세액공제대상에 비로소 '재위탁'을 포함하는 것으로 개정된 점 등에 비추어 보면1 재위탁된 연구개발비용은 세액공제대상이 아니라고 보아야 한다. 나아가 전담부서 제도를 둔 취지，자체개발의 경우 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 과세특례규정이 적용된다는 서울고등법원 2010누25635 판결 등을 고려해 보면， 적어도 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제대상이 아니다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 연구개발에 해당하는지 여부

조세특례제한법 제9조 제5항은 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동'이라고 규정하고 있는바, 위 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고가 위탁한 용역은 대형 금융보험업의 실현，핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고，정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축하는 것이므로，이를 연구개발이라고 보는 데 어려움이 없다. 한편，위 조항에 '진전'이나 '새로운'이라는 단어가 포함되어 있기는 하지만， 여기서의 연구개발이 특허를 획득하기 위한 것은 아니므로，피고 주장과 같이 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인 '신규성'과 '진보성'까지 갖추어야 한다고 해석할 수는 없다.

(2) 재위탁된 경우 세액공제대상이 아닌지 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 참조)， 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항， 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) [별표6] 제1호 나목 ①은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 '위탁'함에 따른 비용을 세액공제대상으로 규정하고 있을 뿐， 위 법령 어디에도 수탁업체의 재위탁 여부 또는 재수탁업체의 전담부서 보유 유무에 따라 납세의무자인 위탁자의 세액공제 여부가 달라진다는 규정이 없다. 특히 위 문언대로라면，이후 세액공제대상에 재위탁이 명시적으로 포함되는 것으로 개정되고， 또 전담부서에서 직접 수행한 경우에만 세액공제대상이라는 취지로 개정된 법령을 해석하는 때와는 달리， 이 사건 적용법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구개발용역을 위탁한 원고와 같은 수범자가 재위탁 내지 재수탁자의 전담부서 유무에 따라 세액공제 여부가 달라질 수 있음을 예측한다는 것을 기대하기 어렵다. 여기에 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항의 입법취지는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 있고(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 참조)， 대규모 전산개발용역은 융합기술개발로서 단일 기업의 인력 및 기술에 의존하여 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업에 전산개발용역 일부를 위탁하는 것이 불가피하다는 점， 이 사건 법령의 개정 경위가 논리필연적으로 피고 주장의 해석을 뒷받침한다고 볼 수도 없는 점 등까지 더하여 보면， 결국 원고가 이 사건 적용법령의 문언대로 전담부서를 보유한 수탁업체에게 연구개발용역을 위탁한 이상， 설사 재위탁이 이루어졌다고 하더라도，재수탁업체의 전담부서 유무를 불문하고 그에 따른 비용도 여전히 세액공제대상에 해당한다고 봄이 타당하다(한편， 피고가 들고 있는 서울고등법원 2010누25635 판결은 이 사건과 사안을 달리하는 것으로서 앞서의 해석에 영향을 미친다고 볼 수 없다).

(3) 소결

따라서 이러한 해석에 반하여 이루어진 이 사건 법인세 부과처분은 위법하고 아울러 구 농어촌특별세법(2009. 3. 18. 법률 제9484호로 개정되기 전의 것) 제4조 제12호， 구 농어촌특별세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21297호로 개정되기 전의 것) 제4조 제6항 제1호에 의하면， 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정 되기 전의 것) 제10조에 의한 세액공제에 대해서는 농어촌특별세를 비과세하도록 되어 있으므로， 전담부서를 보유하지 않은 제3자에게 재위탁된 비용도 세액공제대상이라고 보는 이상， 이 사건 농어촌특별세 부과처분 역시 위법하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 2005. 4. 1.~2006. 3. 31. 사업 연도 법인세 0000원의 부과처분 취소청구 부분은 부적법하므로 각하하고， 나머지 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여， 주문과 같이 판결한다.

참조조문

-농어촌특별세법 시행령 제4조 제6항 제1호

-조세특례제한법