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주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고의 설립 및 특수관계법인의 현황 1) 원고는 1991. 3. 7. 의약품도매업을 주목적으로 설립된 법인으로, 2010. 2. 10. 본점소재지를 ‘서울 서대문구 B’에서 ‘천안시 동남구 C (1층)’으로 이전하면서 상호를 ‘주식회사 D’에서 현재 상호인 ‘주식회사 A’으로 변경하였다. 2) 원고와 특수관계에 있는 의약품 도소매 법인의 현황은 아래와 같다.
상호 성립연월일 2011. 12. 31. 기준 보유지분 비고 ㈜E 1988. 1. 8. F 91.64% G 8.36% 2004. 1. 3. 서울 금천구 H에서 대전 서구 I로 본점 이전 원고 1991. 3. 7. F 52.98% 배우자, 자 47.02% ㈜J 2005. 7. 22. F 100% 서울 영등포구 K에 본점 소재
나. 주식회사 E의 본사 이전 및 세액 감면 1) 주식회사 E(이하 ‘E’이라 한다
)은 2004. 1. 3. 본점을 ‘서울 금천구 H’에서 ‘대전 서구 I’로 이전하였다. 2) E은 본사 이전 당시 수도권에 소재한 약국 등의 거래처는 서울에 본점을 두고 있던 원고에게 인계하고, 학교법인 을지대학병원(대전 서구 소재), 의료법인 을지병원(서울 노원구 소재), L약국(대전 서구 소재), M약국(서울 노원구 소재), N(대전 대덕구 소재, 이하 위 5개 업체를 ‘쟁점 거래처’라 한다) 등 일부 대형 고정거래처를 유지하면서 2004년부터 2010년까지 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것) 제63조의2에 의거 본사 지방이전에 따른 법인세 132억 원을 감면받았다.
3) E은 2010. 3.경 부산에 위치한 학교법인 인제학원과 인제학원이 운영하는 병원에 약품을 납품하기로 협약을 체결하였으나 위 협약은 파기되었고, 현재 E의 본점 소재지는 ‘대전 서구 O’이다. 다. 원고의 본사 이전, E으로부터 쟁점 거래처 인수 및 세액감면 1) 원고는 2009. 5. 21. 주식회사 P에게 매출의 대부분을 차지하는...