가공거래로 본 처분에 대하여 실제 금지금을 매입하였다는 주장의 당부

명목상의 거래에 불과하여 실제 소유권이 이전되었다고 볼 수 없으므로 쟁점 세금계산서는 실제 거래 없이 가공으로 작성된 것이거나 적어도 공급하는 자가 실제와 다르게 작성된 것으로서 '사실과 다른 세금계산서'에 해당됨

부가가치세법 제17조납부세액

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 이 사건 소 중 각 가산금 및 중가산금 부과처분의 취소청구 부분을 각하한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2005.10.10. 원고에 대하여 한 2004년 제1기분 부가가치세 1,381,825,270원(가산금 39,783,830원, 중가산금 15,913,530원 포함), 2004년 제2기분 부가가치세 146,647,790원(가산금 4,222,100원, 중가산금 1,688,840원 포함), 2004 사업연도 법인세 329,346,440원(가산금 9,482,140원, 중가산금 3,792,850원 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004.1.19.부터 ○○ ○○구 ○○동 ○○○ ○○빌딩 ○○○호에서 금지금(金地金, 이 사건에서는 '금괴·골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1000분의 995 이상인 금'을 일컫는다) 도매업 등을 영위하여 온 법인사업자이다.

나. 원고는 설립 당시부터 2004.12.31.까지 사이에 ○○금은 주식회사(이하 '○○금은'이라 한다) 외 7개 금지금 도매업체로부터 공급가액 합계 14,428,028,000원(974kg)상당의 금지금 매입에 관한 세금계산서들(이하 '이 사건 제1 매입세금계산서'라 한다)을 교부받았고, 2004.2.11.부터 2004.4.16.까지 사이에 9회에 걸쳐 홍콩 소재 외국회사인 Wing Fung Gold and Jewellery Wholesale Ltd.에 수출가액 합계 6,684,804,591원 상당의 금지금을 수출하였으며, 2004.4.27.부터 2004.9.17.까지 사이에 8회에 걸쳐 홍콩 소재 외국회사인 Sun Yip Hong Gold Dealers Ltd.에 수출가액 합계 7,875,357,027원 상당의 금지금을 수출하였다.

다. 또한 원고는 2004년도에 ○○금은 외 2개 금지금 도매업체로부터 공급가액 합계 2,475,185,000원(165kg) 상당의 금지금 매입에 관한 세금계산서들(이하 '이 사건 제2 매입세금계산서'라 한다)을 교부받았고, ○○금은 주식회사(이하 '○○금은'이라 한다)의 3개 업체에 공급가액 합계 2,487,046,000원 상당의 금지금 매출에 관한 세금계산서들(이하 '이 사건 매출세금계산서'라 하고, 이 사건 제2 매입세금계산서와 합하여 '이 사건 제2 세금계산서'라 한다)을 발행하였다.

라. 원고는 이 사건 제1 매입세금계산서와 이 사건 제2 세금계산서 및 위와 같은 수출사실을 근거로 하여 피고에게 2004년 제1기분, 2004년 제2기분 각 부가가치세와 2004 사업연도 귀속 법인세의 각 과세표준·세액을 신고하였다.

마. 그런데 ○○지방국세청장은 2004.10.8.부터 2005.8.23.까지 원고에 대하여 범칙조사(이하 '이 사건 조사'라 한다)를 실시한 후, 이 사건 제1 매입세금계산서는 '위장세금계산서'(실제 금지금을 매출한 자와 세금계산서를 교부한 자의 불일치)에 해당하고, 이 사건 제2 세금계산서는 '가공세금계산서'(실물거래 없이 세금계산서만 수수)에 해당한다고 인정하여 피고에게 이를 통보하였으며, 이에 피고는 2005.10.10. 원고에 대하여 2004년 제1기분 부가가치세 1,326,127,910원, 2004년 제2기분 부가가치세 140,736,850원, 2004 사업연도 귀속 법인세(증빙미수취 가산세) 316,071,450원을 각 경정고지(이하 세목별로 '이 사건 각 부가가치세 부과처분' 또는 '이 사건 증빙미수취 가산세 부과처분'이라 하고, 이들을 합하여 '이 사건 각 부과처분'이라 한다)함과 아울러 각 세액을 납기일까지 납부하지 아니하면 청구취지 기재 각 가산금 및 중가산금을 징수하게 된다는 취지를 고지하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호증, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 각 가산금 및 중가산금 부과처분 취소청구 부분 소의 적법 여부

직권으로 살피건대, 가산금과 중가산금은 국세가 납부기한까지 납부되지 않는 경우 미납분에 관한 지연이자의 의미로 부과되는 부대세의 일종으로서, 과세권자의 확정절차 없이 국세를 납부기한까지 납부하지 아니하면 당연히 발생하고 그 액수도 확정되는 것이며, 그에 관한 징수절차를 개시하려면 독촉장에 의하여 그 납부를 독촉함으로써 가능한 것이므로, 그 납부독촉이 위법한 경우에는 그 징수처분에 대하여 취소소송에 의한 불복이 가능할 것이나, 과세관청이 가산금이나 중가산금을 확정하는 어떤 행위를 한 바 없고, 다만 국세의 납세고지를 하면서 납기일까지 납부하지 아니하면 납기 후 가산금 및 중가산금으로 얼마를 징수하게 된다는 취지를 고지하였을 뿐이며, 납부기한 경과 후에 그 납부를 독촉한 사실이 없다면, 가산금이나 중가산금의 부과처분은 존재하지 않는다고 할 것이므로, 그러한 가산금이나 중가산금 부과처분의 취소를 구하는 소는 부적법하다고 보아야 하는바, 이 사건의 경우에도 앞서 본 바와 같이 피고가 이 사건 각 부과처분을 하면서 각 세액을 납기일까지 납부하지 아니하면 청구취지 기재 각 가산금 및 중가산금을 징수하게 된다는 취지를 고지하였을 뿐이고, 피고가 그 각 가산금 및 중가산금의 납부를 독촉함으로써 징수절차를 개시하였다거나 이를 확정하는 어떤 처분을 하였다는 점을 인정할 자료가 없으므로, 이 사건 소 중 각 가산금 및 중가산금 부과처분의 존재를 전제로 하여 그 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

3. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 이 사건 제1 매입세금계산서와 이 사건 제2 세금계산서 기재와 같은 내용의 거래를 실제로 하였고, 부가가치세의 부당환급을 위해 공모한 사실이 없다. 원고가 부가가치세를 부정하게 환급받기 위하여 이른바 '폭탄업체'등과 공모하였다는 것은 아무런 증거가 없는 피고의 추측에 불과하고, 원고로서는 다른 금지금 업체들과 공동으로 조세를 포탈하려는 의사가 없었을 뿐만 아니라 다른 업체들의 행위에 대하여는 알 수도 없었으므로, 결국 이 사건 제1 매입세금계산서와 이 사건 제2 세금계산서가 허위의 세금계산서라거나, 원고가 이를 알았거나 알 수 있었음을 전제로 하여 한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장에 의하면 원고의 이 사건 금지금 거래는 전부 가공의 거래(실제 재화 등의 거래가 없는 경우)에 해당하므로, 부가가치세의 부과대상인 재화 또는 용역의 공급이 없어 부가가치세를 부과할 수 없다.

(3) 이 사건은 법인세법 제76조 제5항에 정한 '재화 또는 용역을 공급받고 증비서류를 수취하지 아니한 경우'에 해당하지 아니하므로, 위 규정을 적용하여 한 증빙미수취 가산세 부과처분도 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 각 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 을 제2 내지 11, 14 내지 18호증, 을 제19호증의 1 내지 7, 을 제20호증의 1 내지 16, 을 제21호증의 1 내지 13, 을 제22, 23호증의 각 가재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

(1) 조세포탈을 목적으로 하는 변칙적인 금지금 거래의 일반적 형태 등

(가) 부가가치세법 제11조 제1항 제1호에 의하면, 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영세율이 적용된다. 그리고 구 부가가치세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되어 2003.7.1.부터 시행되기 전의 것) 제24조 제2항 제1호에 의하면, 사업자가 구매확인서에 의하여 공급하는 재화도 '수출하는 재화'에 포함되고, 금지금도 그 예외가 아니었기 때문에, 금세공업자 등이 수출관련서류를 근거로 외국환은행장으로부터 구매확인서를 발급받아 금지금 도매업자로부터 금지금을 공급받는 경우에도 부가가치세 영세율의 적용을 받을 수 있었으며, 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되어 2003.7.1.부터 시행된 것) 제106조의 3과 같은 법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되어 2003.7.1.부터 시행된 것) 제106조의 3에 의하면, 금지금 도매업자 및 금지금 제련업자가 면세금지금 거래추천자의 면세 추천을 받은 금세공업자 등에게 공급하는 금지금과 금세공업자 등이 면세금지금 수입추천자로부터 면세수입추천을 받아 수입하는 금지금에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것으로 규정되어 있다.

(나) 위와 같은 부가가치세 영세율 또는 면세 제도를 악용하여, 금지금을 수입한 후 이를 여러 단계의 도매상을 거쳐 영세율 또는 면세로 유통시키다가 이른바 '폭탄업체'(경제적 능력이 없고 단지 탈세를 목적으로 하는 업체로서, 조세부담을 안고 폐업한다고 하여 '폭탄업체'라고 불린다)에 이르러 과세금으로 전환시키고, 다시 여러 단계의 도매상을 거쳐 과세로 유통시키다가 수출하면서, '폭탄업체'는 거래징수한 부가가치세를 포탈하고, 수출업체는 납부되지도 않은 부가가치세를 환급받는 형태의 이른바 '폭탄영업'이 2002.경부터 특히 ○○ ○○구 소재 귀금속업체들 사이에서 만연하였는바, 부가가치세 면세제도 하에서 이루어진 '폭탄영업'의 형태에 대하여 좀 더 자세히 보면 다음과 같다.

1) 외관상으로는 금지금이 '외국업체 → 수입업체 → 면세 도매업체 → … → 면세 도매업체 → 폭탄업체 → 과세 도매업체 → … → 과세 도매업체 → 수출업체 → 외국업체'의 단계를 거쳐 유통되고, 그 거래대금은 수출업체에서부터 수입업체에 이르기까지 역방향으로 순차 지급되나, 특히 과세 도매업체들은 특정인 또는 특정업체의 지시에 따라 세금계산서를 발행하기만 할 뿐, 실제로 금지금의 거래나 운송을 하지 않는 경우가 많다.

2) '폭탄업체'는 금지금을 면세금으로 매입하여 과세금으로 판매한 다음, 단기간내에 이익금을 전액 인출·은닉하고 폐업하는 방법으로 부가가치세를 포탈한다. '폭탄업체'는 매입가액보다 낮은 공급가액으로 금지금을 판매하지만, 공급가액에 부가가치세액을 더한 공급대가는 매입가액보다 높고, 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않기 때문에, 공급대가와 매입가액과의 차액에 상당한 이익을 얻게 된다. 한편, '폭탄업체'가 거래징수한 부가가치세는 그 이후 각 단계의 업체가 직전 단계 업체로부터 교부받은 세금계산서를 이용하여 매입세액을 공제받는 방법으로 순차적으로 전가되다가, 결국 수출업체가 금지금을 수출한 후 영세율의 적용에 따라 국가로부터 환급받는바, 그 환급액 중 '폭탄업체'가 납부하지 않는 부가가치세액에 상당한 부분이 '폭탄영업'에 의한 이익의 궁극적인 원천이 된다. 그 이익은 '폭탄영업'에 관여한 국내업체들에게는 각 거래단계에서의 마진(margin)의 형태로 분배되거나 '폭탄업체'의 이익금 중 일정비율로 계산한 금액을 관여업체에게 별도로 지급하는 이른바 백 마진(back margin)의 형태로 분배되고, '폭탄영업'에 관여한 외국업체에게도 수입가격과 수출가격의 차액(국내업체를 기준으로 하면 수출가격이 수입가격보다 낮게 된다) 형태로 분배된다.

3) '폭탄영업'에 있어서는 이익을 극대화하기 위하여 통상 단기간 내에 최대한 많은 물량의 금지금을 유통시키는바, 그에 따라 발생할 수 있는 관여업체들 사이의 분쟁이나 대금유실 등의 사고를 예방하기 위하여 ① 대부분 동일한 전주(錢主 : 폭탄영업망의 외부에서 최초에 금지금의 수입자금을 준비하는 자를 일컫는다)가 수출업체와 수입업체를 동시에 운영하고, ② 전주가 자신이 실질적으로 지배하거나 신뢰하는 업체를 '폭탄업체'와 직접 거래하도록 배치하며, ③ 전주가 각 거래단계마다 거래물량, 단가 및 마진 등을 실질적으로 결정하고, ④ 수입업체부터 수출업체까지의 일련의 거래가 대부분 하루 또는 수일 이내의 매우 짧은 시간에 이루어지며, ⑤ 금지금 실물이 거래단계를 건너뛰어 수출업체로 곧바로 운송되는 경우가 대부분이다(설령 각 거래단계마다 운송되더라도 이는 정상적인 거래로 위장하기 위한 형식적인 운송에 불과하다).

(다) 위와 같은 방법에 의한 조세포탈을 방지하기 위하여 2004.12.31. 법률 제7322호로 조세특례제한법이 개정되면서 관할 세무서장이 부가가치세 보전상 필요하다고 인정하는 경우에는 금지금 도매업자 등 및 금세공업자 등에 대하여 담보의 제공을 요구할 수 있도록 한 납세담보제도가 신설되어(제106조의3 제11항) 2005.4.1.부터 시행되었는데, 2004년도에는 금지금 수입량 268톤, 수출량 233톤이었던 것이, 위 납세담보제도가 시행된 2005년도에는 수입량 56톤, 수출량 19톤으로 급감하였다.

(2) 원고의 설립경위 등

(가) 원고의 대표이사인 이○○은 1970년생으로서, 미술대학을 졸업한 후 1995.12.경부터 1996.5.경까지 천안시에서 벽지 및 장판 도·소매업을 영위하다가 사업실적 이 저조하여 폐업하고, 1997.8.경부터 2004.1.경까지 서울 남대문시장에서 배우자 명의로 아동복 도매업을 영위하다가 사업실적이 저조하여 폐업하였으며, 그 무렵인 2004.1.17. 원고 회사를 설립하였다. 이○○은 이 사건 조사 당시, 아동복 도매업에서 계속 적자가 나고 있던 차에 고향 친구인 ○○금은의 대표이사 이○○과 ○○금은의 대표이사 양○○으로부터 금지금 도·소매로 돈을 벌었다는 이야기를 듣고 원고 회사를 설립하게 되었다고 진술하였다.

(나) 원고 회사의 납입자본금 1억 원의 출처와 관련하여 이○○은 이 사건 조사당시, 자신이 4,500만 원, 이사 조○○이 3,500만 원, 감사 허○○이 2,000만 원을 각 납입하였다고 진술하였으나, 위 4,500만 원의 출처와 관련하여서는, 아동복 도매업의 외상매출금 1억 원 정도를 현금으로 수금하여 그 중 일부로 이를 납입하였는데, 이 외상매출금을 누구로부터 수금하였는지는 밝힐 수 없다고 진술하였다. 그리고 조○○과 허○○은 이○○의 고향 친구들로서, 조○○은 포장재 생산업체에서 근무하며 전세금 1,500만 원의 옥탑방에서 거주하고 있고, 허○○은 화장지 판매업체에서 근무하고 있는 바, 이들은 이 사건 조사 당시, 원고 회사에서 이익배당을 받지 못하였을 뿐만 아니라, 이익분배에 관한 구체적인 약정도 없었고, 원금도 회수하지 못하고 있으며, 원고의 사업내용에 관하여 전혀 알지 못한다고 각 진술하였다. 또한 원고 회사에 출자하게 된 경위와 관련하여 조○○은 2002.부터 보험 해약금과 월급(월 195만 원) 모은 돈을 현금으로 집에 보관하고 있던 중 이○○으로부터 투자 제의를 받고 허○○과 함께 고척동 ○○은행에 가서 송금을 하였다고 진술하였고, 허○○은 2003.8. 부친이 사망하여 받은 부의금으로 집을 구입하려다가 구입하지 못하고 이를 현금으로 집에 보관하고 있던 중 이○○으로부터 투자 제의를 받고 ○○은행 개봉동지점에서 조○○과 함께 송금을 하였다고 진술하였다.

(다) 원고는 그 사무실을 보증금 1,000만 원, 차임 월 120만 원에 임차하였는데, 그 임차보증금의 출처와 관련하여서도 이○○은 이 사건 조사 당시, 가지고 있던 현금으로 이를 지급하였다고 진술하였을 뿐, 더 이상 그 출처를 밝히지 못하였다.

(라) 2004.3.29. 원고 명의의 ○○은행 장사동지점 계좌에 1억 2,000만 원이 현금으로 입금되었는데, 그 출처와 관련하여서도 이○○은 이 사건 조사 당시, 절친한 형으로부터 이를 차용하였으나, 그 형의 인적사항은 밝힐 수 없다고 진술하였다. 또한 2004.6.29. 위 계좌에서 1억 원, 원고 명의의 ○○은행 종로지점 계좌에서 5,500만원이 각 현금으로 인출된 후, 2004.7.23. 위 ○○은행 계좌에 1억 500만 원, 2004.9.1. 같은 계좌에 4,300만 원, 2004.9.15. 원고 명의의 ○○은행 동대문지점 계좌에 2,000만 원이 각 현금으로 입금되었는데, 그 경위와 관련하여 이○○은 이 사건 조사당시, 그동안 사업을 하기 위해 차용하였던 돈을 변제하려고 2004.6.29.에 돈을 찾아 두었다가 차용금을 변제하지 않고 이를 2004.7.23.부터 2004.9.15.까지 사이에 걸쳐 다시 입금하였다고 진술하였다.

(마) 이○○은 ○○금은의 주주명부에 주주로 등재되어 있고, 그 법인등기부에는 이사로 등재되어 있는바, 그 경위와 관련하여 이○○은 이 사건 조사 당시 처음에는 2003.11.경 ○○금은에 2,000만 원을 투자하였다고 진술하였다가, 나중에는 2003.4.30.경 ○○금은에 3,000만 원을 투자하였다고 진술을 번복하였다.

(3) 이 사건 금지금 거래의 특이사항

(가) 세금계산서의 흐름과 송금내역에 의하면, 이 사건 제1 매입세금계산서상의 금지금은 모두 수입업체에 의하여 수입된 후 2~3 단계의 면세 도매를 거쳐 '폭탄업체'에 매입되었다가 과세금으로 전환되어 1~8 단계의 과세 도매를 거쳐 원고에게 매입된 후 수출되었는데, 대부분 수입에서부터 수출에 이르기까지의 모든 거래가 하루 안에 이루어졌고, 원고가 그 매입처에 대금을 송금하면, 그 인접 시간대에 역방향으로 '폭탄업체'를 경유하여 수입업체에 이르기까지 대금이 송금되었다.

(나) '폭탄업체'들은 모두 자신이 매입한 금지금을 매입가액보다 낮은 공급가액(다만 여기에 부가가치세를 납부하지 아니하였는데(총 14개 업체, 부가가치세 미납액 총 1,143억 6,000만 원), 그 대표자들은 모두 귀금속 분야의 사업경력이 없었고, 대부분 가족이나 소유재산이 없으며, 일부는 정신질환자이다.

(다) 원고가 최초로 금지금을 매입한 매입자금 4억 500만 원의 출처와 관련하여 이○○은 이 사건 조사 당시, 아동복 도매업의 외상매출금을 수금한 약 1억 원 중 일부와 자신의 누나인 이○○로부터 차용한 1억 3,000만 원 등으로 이를 지급하였다고 진술하였다가, 이○○가 위 1억3,000만 원은 자신의 자금이 아니고 오히려 이○○이 현금으로 가지고 와서 송금을 부탁한 것이라고 진술하여 위 진술이 거짓임이 드러나자, 위 1억 3,000만 원은 다른 지인으로부터 차용한 것이지만, 누구로부터 차용한 것인지는 말할 수 없다고 진술을 번복하였고, 위 수금한 외상매출금을 누구로부터 수금하였는지에 관하여는 앞서 본 바와 같이 이를 밝히기를 거부하였다.

(라) 원고가 금지금을 수출할 때에는 대개 귀금속 운송 전문업체에 운송을 위탁하였으나, 금지금을 매입한 때에는 귀금속 운송 전문업체를 이용한 적이 없고, 이○○은 이 사건 조사 당시, 거래처의 대표자나 직원이 직접 원고 회사를 방문하여 금지금을 인도한다고 진술하였다.

(마) 원고가 금지금을 수출한 가격은 수입가격과 같거나 오히려 그보다 낮고, 국내시세보다도 낮다. 또한 원고가 수출한 금지금은 대부분 당일 수입된 것으로서, 그 수출은 '원상태 수출'에 해당하므로, 그 수출시 분할증명서를 첨부하여 관세환급신청을 하면 수입시 납부한 관세(수입과세표준의 3%)를 환급받을 수 있는데, 원고는 총 17회의 수출 중 2004.9.7.자 수출을 제외한 나머지 16회의 수출과 관련하여 과세환급신청을 하지 아니함으로써 합계 3억9,200만 원 상당의 관세환급금을 포기하였다.

(바) 원고는 이 사건 조사가 개시되자 금지금의 수출을 중단한 후 더 이상 금지금을 수출하지 않고 있다.

(사) 원고가 이 사건 제2 매입세금계산서 기재와 같이 매입하여 이 사건 매출세금계산서 기재와 같이 국내에 매출하였다는 금지금 165kg에 대하여 조사한 결과에 의하면 ① 2004.8.10.자 매출세금계산서(금지금 5kg)와 관련하여서는 '폭탄업체인 ○○금은 주식회사 → 주식회사 ○○골드 → 주식회사 ○○금은 → 주식회사 ○○골드 → 원고 → ○○금은 주식회사 → 주식회사 ○○○쥬얼리 → ○○귀금속 주식회사'의 순서로, ② 2004.9.1.자 및 같은 달 3.자 각 매출세금계산서(각 금지금 20kg)와 관련하여서는 '폭탄업체인 주식회사 ○○골드 → 주식회사 ○○골드 → 주식회사 ○○골드 →주식회사 ○○골드 → 원고 →○○금은, 주식회사 ○○골드 → 주식회사 ○○○쥬얼리 → 주식회사 ○○○상사 →○○○ 주식회사'의 순서로, ③ 2004.10.7.자, 같은 달 8.자, 같은 달 11.자 각 매출세금계산서(각 금지금 20kg)와 관련하여서는 '폭탄업체인 주식회사 ○○골드 → 주식회사 ○○○골드 → 주식회사 ○○○골드 → 원고 → ○○금은, 주식회사 ○○골드, ○○금은 주식회사, ○○○'의 순서로 각 세금계산서가 수수되었고, ④ 2004.9.2.자 매출세금계산서(금지금 20kg) 및 같은 달 14.자 매출세금계산서(금지금 40kg)와 관련하여서는 '원고 → ○○금은 → 주식회사 ○○○쥬얼리 → 주식회사 ○○○쥬얼리'의 순서로 세금계산서가 수수되었는데, 주식회사 ○○○쥬얼리는 부가가치세 부정환급 혐의로 고발되었다.

(아) 원고가 금지금을 국내에서 매출할 때에도 귀금속 운송 전문업체를 이용한 적이 없고, 이○○은 이 사건 조사 당시, 자신이 직접 매출처에 금지금을 가지고 가서 인도하였다고 진술하였다.

라. 판단

(1) 이 사건 각 부가가치세 부과처분의 적법 여부

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있으나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건 사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 보아야 하고, 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2006.9.22. 선고 2006두6383 판결 참조). 그리고 부가가치세법 제6조 제1항 제7조 제1항 및 제16조 제1항에 있어서 '계약상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하거나 역무를 제공하는 자 등 재화 또는 용역을 공급하거나 또는 공급받는 자'에 해당하여 그 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고, 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며, 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는, 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라, 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나, 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2003.1.10. 선고 2002도4520 판결 참조). 또한 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 나타난 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고회사 설립 당시 이미 '폭탄영업'이 금지금 도매업계에 만연해 있었고, 원고의 대표이사인 이○○도 그 친구인 ○○금은 및 ○○금은의 각 대표이사를 통하여 이를 알 수 있었을 것으로 보이는 점, ② 이 사건 금지금의 유통과정에 '폭탄업체'가 개입되어 있으며, 그 금지금의 수출가격이 그 수입가격이나 국내시세보다 낮은 비정상적인 모습을 보이는 점, ③ 대부분 하루 안에 여러 단계의 거래가 모두 이루어진 것으로 되어 있고, 원고가 그 매입처라는 업체에 송금을 하면, 그 인접 시간대에 역방향으로 '폭탄업체'를 경유하여 수입업체에 이르기까지 송금이 이루어지고 있는바, 상호 긴밀한 협력관계가 없다면 위와 같은 현상이 나타나기 어려울 것으로 보일 뿐만 아니라, 위와 같은 사정에 비추어 원고가 송금하는 돈이 '폭탄영업'의 계속을 가능하게 하는 자금원이었던 것으로 보이기도 하는 점, ④ 위와 같이 짧은 시간 안에 여러 업체를 거쳐 금지금이 현실로 운반되었을 것으로는 보기 어려우며, 금지금을 수출할 때에는 대부분 귀금속 운송 전문업체에 운송을 위탁한 원고가 금지금을 매입하거나 국내에서 매출할 때에는 그 매입처 또는 매출처의 대표자나 직원과 사이에 직접 금지금을 수수하는 방법만을 이용하였다는 것도 납득하기 어려운 점, ⑤ 원고 회사의 납입자본금, 사무실 임차보증금, 금지금 매입자금 등의 출처와 그 계좌의 입출금내역, 이○○이 ○○금은의 주주가 된 경위 등에 관하여 이○○과 원고의 이사인 조○○, 감사인 허○○이 이를 밝히기를 거부하고 있거나, 일관성이 없거나 상호 저촉되는 진술 또는 사회통념상 납득하기 어려운 진술을 하고 있는 점, ⑥ 원고는 금지금 수출시 관세환급신청을 하지 아니하여 3억9,200만 원의 관세환급금을 포기하였는바, 이는 관세환급신청시 제출하여야 하는 분할증명서로 인하여 금지금의 유통경로가 드러나게 되는 것을 피하기 위한 것이 아닌가 하는 의심이 드는 점(원고는 금지금이 관세액을 포함하지 않은 가격으로 유통되기 때문에 분할증명서를 교부받으려면 별도의 대가를 지급하여야 한다고 주장하나, 수입업체나 도매업체들이 관세액 상당의 손실을 감수하면서 관세액이 포함되지 않은 가격으로 금지금을 유통시키고 있다는 것은 납득하기 어렵다), ⑦ 원고는 이 사건 조사가 개시된 것을 알고 곧바로 금지금 수출을 중단하였는데, 만약 원고가 정상적으로 금지금 수출업을 영위하여 왔다면 그와 같이 할 합리적인 이유가 없는 점 등을 종합하여 보면, 실제로는 '폭탄업체' 또는 그와 보다 가까운 거래단계에 있는 업체로부터 직접 수출업체로 금지금이 공급되는 것임에도, 양자 간의 직접적인 거래관계를 단절시킴으로써 '폭탄업체'의 부가가치세 포탈이 밝혀지더라도 수출업체에 대하여는 과세관청이나 수사기관의 조사가 어렵게 하기 위하여, 마치 여러 단계를 거쳐 금지금이 공급되는 것처럼 위장한 사실을 인정할 수 있으므로, 원고가 수출업체로서 수수한 이 사건 제1 매입세금계산서는 실물거래는 있으나 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 '위장세금계산서'에 해당하고, 원고가 위와 같은 명의위장 사실을 알았거나 알 수 있었다고 보이며, 원고가 중간 도매업체로서 수수한 이 사건 제2 세금계산서는 아예 실물거래 없이 수수된 '가공세금계산서'에 해당한다.

따라서, 이 사건 제1 매입세금계산서가 '위장세금계산서'에, 이 사건 제2 세금계산서가 '가공세금계산서'에 각 해당함을 전제로 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하다.

(2) 이 사건 증빙미수취 가산세 부과처분의 적법 여부

피고는 이 사건 제1 매입세금계산서 관련 거래에 대하여 법인세법 제76조 제5항을 적용하여 증빙미수취 가산세를 부과하고 있는바, 이 경우에는 원고가 실제로 금지금을 공급받았고, 비록 다른 사업자로부터 '위장세금계산서'를 수취하기는 하였으나, 실제로 그 금지금을 공급한 사업자로부터는 세금계산서를 수취하지 아니하였으므로, 문리해석에 의하더라도 위 규정에서 증빙미수취 가산세의 부과대상으로 정한 '대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우'에 해당함이 명백하다.

뿐만 아니라, 위 제76조 제5항이 재화나 용역을 공급받은 법인으로 하여금 정규지출증빙서류를 수취하지 않은 경우 가산세를 부담하도록 하는 것은 법인의 경비지출내용의 투명성을 제고함과 아울러 거래상대방 사업자의 과세표준 양성화를 유도하기 위한 것으로서, 과세표준 양성화 대상이 되는 거래상대방 사업자에게 성실신고의무를 부과하는 것만으로는 이러한 입법목적 달성에 어려움이 있으므로, 재화나 용역을 공급받는 법인에게 정규지출증빙서류를 수취하도록 하고 그 의무위반에 대하여 그 수취하지 아니한 금액의 일정 비율에 상당한 금액을 추가하여 납부하도록 제재하는 것인바(헌법재판소 2005.11.24.자 2004헌가7 결정, 2007.5.31.자 2006헌바88 결정 참조), 이러한 입법취지에 비추어 보더라도, 위와 같이 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서를 수취함으로써 실제 공급자의 과세표준을 숨기도록 하여 준 경우는 증빙미수취 가산세의 부과대상에 해당한다고 보아야 한다.

따라서 이 사건 증빙미수취 가산세 부과처분도 적법하다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 각 가산금 및 중가산금 부과처분의 취소청구 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

○ 부가가치세법 제6조재화의 공급

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제7조용역의 공급

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제11조영세율적용

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

1. 수출하는 재화

○ 부가가치세법 제16조 세금계산서

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성년월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조납부세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것)

○ 부가가치세법 시행령 제24조수출의 범위

② 법 제11조 제1항 제1호에 규정된 수출하는 재화에는 다음 각 호의 재화가 포함되는 것으로 한다.

1. 사업자가 재정경제부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화(2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것)

1. 사업자가 재정경제부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화. 다만, 구매확인서에 의하여 공급하는 금지금을 제외한다.(2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정된 것)

○ 구 부가가치세법 시행규칙 제9조의 2 내국신용장등의 범위(2005.3.11. 재정경제부령 제422호로 개정되기 전의 것)

① 영 제24조 제2항 제1호 및 영 제26조 제1항 제2호의2에서 규정하는 구매확인서라 함은 대외무역법시행령 제38조의2 및 제116조 제14항의 규정에 의하여 외국환은행의장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 발급하는 확인서로서 수출용 재화 또는 용역에 관한 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호, 유효기일, 선적기일 등이 기재된 것을 말한다.

○ 법인세법 제76조가산세

⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

○ 법인세법 제116조지출증빙서류의 수취 및 보관

① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것)

2. 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서

○ 조세특례제한법 제106조의3 금지금에 대한 부가가치세 과세특례

① 대통령령이 정하는 형태·순도등을 갖춘 지금(이하 이 조에서 "금지금"이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 금지금(이하 이 조에서 "면세금지금"이라 한다)의 공급에 대하여는 2005년 6월 30일까지 제3항의 구분에 따라 부가가치세를 면제한다.

1. 대통령령이 정하는 금지금도매업자 및 금지금제련업자(이하 이 조에서 "금지금도매업자등"이라 한다)가 대통령령이 정하는 자(이하 이 조에서 "면세금지금 거래추천자"라 한다)의 면세추천을 받은 대통령령이 정하는 금세공업자 등(이하 이 조에서 "금세공업자등"이라 한다)에게 공급하는 금지금

② 금세공업자등 및 금융기관이 대통령령이 정하는 자(이하 이 조에서 "면세금지금수입추천자'라 한다)로부터 면세수입추천을 받아 수입하는 금지금에 대하여는 2005년 6월 30일까지 부가가치세를 면제한다.

③ 제1항의 규정에 의한 면세금지금에 대하여는 다음 각호의 1의 규정에 따라 부가가치세법상의 특례를 적용한다.

2. 금융기관외의 사업자가 면세금지금을 공급하는 경우 당해 사업자는 부가가치세과세사업자로 간주하여 부가가치세법을 적용한다. 이 경우 당해 사업자가 면세금지금의 공급과 관련하여 당해 금지금을 구입하는 때에 부담한 부가가치세 매입세액에 대하여는 부가가치세법 제17조의 규정에 의하여 공제받을 수 있는 매입세액으로 보지 아니하되, 금지금도매업자등 중 금지금제련업자가 제련하여 공급하는 면세금지금 및 당해 사업자가 제1항 제2호의 규정에 의하여 금융기관에게 금지금 소비대차에 의하여 상환하는 면세금지금의 구입과 관련하여 부담한 부가가치세 매입세액은 공제 받을 수 있다.

⑪ 관할세무서장은 부가가치세 보전상 필요하다고 인정하는 경우에는 대통령령이 정하는 금지금도매업자등 및 금세공업자등에 대하여 담보의 제공을 요구할 수 있다.(2004.12.31. 법률7322호로 개정된 것)

(2002.12.11. 법률 제6762호로 본조 신설)

○ 구 조세특례제한법 시행령 제106조의3 금지금거래에 대한 부가가치세 과세특례(2002.12.30. 대통령령 제17829호)

① 법 제106조의3 제1항 각호외에 부분에서 "대통령령이 정하는 형태·순도 등을 갖춘 지금"이라 함은 금괴(덩어리)·골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1000분의 995 이상인 금을 말한다. 끝.