주식회사 한익스프레스(소송대리인 변호사 한상호외 1인)

인천세무서장

2005. 4. 27.

인천지방법원 2004. 1. 8. 선고 2003구합1794 판결

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2002. 8. 1. 원고에 대하여 한 법인세 1997 사업연도분 232,621,520원, 1998 사업연도분 303,792,330원, 1999 사업연도분 390,623,620원, 2000 사업연도분 74,912,390원의 부과처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제1호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고(원래 ‘삼희통운 주식회사’이었으나 1997. 9. 1. ‘주식회사 한익스프레스’로 상호가 변경되었다)는 1979. 5. 15. 화물운송업, 수·출입 화물운송 주선업 등을 목적으로 설립되었는데, 1994. 10. 20. 정기련 외 1인에게서 용인시 수지읍 동천리 293 외 9필지 18,864㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하는 계약을 체결하고, 같은 해 12. 20. 그 중 9,900㎡에 대해서 토지형질변경허가 및 건축허가를 받아 1995. 10. 31. 그 위에 차고지 및 사무실을 건축하여 사용하다가, 2000. 1. 7. 이 사건 토지를 한국토지공사에 매각하였다.

나. 피고는, 이 사건 토지 중 위 9,900㎡를 제외한 8,964㎡(이하 ‘쟁점 토지’라 한다)를 비업무용 부동산으로 보고, 원고가 이를 취득한 날이 속하는 사업연도부터 한국토지공사에 소유권을 이전한 날이 속하는 사업연도까지 소득금액 계산상 비업무용 부동산 등 관련 지급이자를 손금 불산입하여 2000. 8. 11. 원고에게 아래 ‘과세처분 내역 표’의 ‘증액경정처분’란 기재 각 법인세를 증액경정처분하고, 2002. 8. 1. 감사원 감사결과에 따라 쟁점 토지의 가액을 장부가액에서 공시지가로 변경하는 등으로 같은 표의 ‘재증액경정처분’란 기재와 같이 각 법인세에 대하여 재증액경정처분을 하였다(다만 2000 사업연도분에 대해서는 증액경정처분; 이하에서는 위와 같이 증액경정 또는 재증액경정되어 최종 추가로 부과ㆍ고지된 청구취지 기재 세액 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

〈과세처분 내역 표〉

(단위 : 원)

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 도시계획시설결정을 받아 차고지, 주유소 및 정비공장 등을 설치할 목적으로 이 사건 토지를 취득하였다. 위 시설들은 구 도시계획법(1995. 12. 29. 법률 제5115호로 개정되기 전의 것) 상 도시계획시설에 포함되어 있었고, 용인군수도 국토이용관리법에 따라 위와 같은 목적의 토지거래계약을 허가한 바 있으므로, 취득 당시 이 사건 토지를 위와 같은 목적으로 사용하는 데에는 아무런 법령상 제한이 없었다. 그런데 그 후 용인군청 담당 공무원이 건설부 등 관계 기관의 기존 견해와 달리 원고가 설치하려는 차고지가 도시계획시설에 해당하지 않는다면서 원고를 도시계획사업 시행자로 지정해 주지 않았다. 이에 원고는 우선 이 사건 토지 중 9,900㎡ 부분에 대한 토지형질변경허가 및 건축허가를 받아 차고지 및 사무실 건축에 착수하는 한편, 위 차고지 등에 대한 도시계획시설결정이나 쟁점 토지에 대한 추가 토지형질변경허가를 받는 작업을 계속 추진하고 있었다. 그러던 중 건설부장관은 이 사건 토지를 포함한 용인시 수지면 동천리 일대를 택지개발예정지구로 지정·고시하였고, 그로 인해 원고는 이 사건 토지를 한국토지공사에 매각할 때까지 쟁점 토지를 사용하거나 처분할 수 없게 되었다. 따라서 쟁점 토지는 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문개정되기 전의 것) 제18조 제5항 제1호 에서 정한 ‘취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산’에 해당하므로, 쟁점 토지를 비업무용부동산으로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 피고의 주장

구 토지의형질변경등행위허가기준등에관한규칙(2000. 7. 4. 건설교통부령 제245호로 폐지되기 전의 것) 제8조 에 의하면, 이 사건 토지 중 10,000㎡ 이상의 토지에 해당하는 쟁점 토지에 대해서는 토지형질변경허가를 받아 업무시설을 건축할 수 없었다. 원고는 그러한 사정을 알면서도 이 사건 토지가 택지로 개발될 것을 예상하고 양도차익을 얻을 의도로 위 토지를 취득하였다. 따라서 쟁점 토지의 사용이 이 사건 토지의 취득 후 건설부장관의 위 택지개발예정지구 지정으로 인하여 뒤늦게 금지 또는 제한되었다고 할 수 없으므로, 쟁점 토지를 비업무용 부동산으로 보고 한 이 사건 처분은 적법하다.

다. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

라. 인정 사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 11호증, 갑 제14호증, 갑 제16 내지 23호증, 갑 제25호증, 을 제2, 3호증(이상 각 가지 번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있고, 이에 일부 반하는 듯한 갑 제28호증의 기재와 당심 증인 김성권의 증언은 믿지 아니하며, 갑 제23호증의 기재와 당심 증인 김현석의 증언은 위 인정에 방해가 되지 아니하고 달리 반증이 없다.

(1) 원고는 2001. 3. 16. 현재의 주소지로 본점을 이전하기 이전에는 부천시 오정구 삼정동 34-6에 본점을, 서울 강서구 등촌동, 부산 중구 중앙동, 대전 대덕구 대화동 등지에 지점을 두고 화물운송업 등의 영업을 하고 있었다.

(2) 그런데 서울 지점이 있는 서울 강서구 등촌동 일대가 아파트 건설지역으로 변해감에 따라 지역 주민들이 위 지점의 차고지 이전을 강하게 요구할 뿐 아니라, 위 지점이 운영하는 화물 차량의 증가로 차고지가 부족해지고 대형 차량의 진입이 제한되는 등 여러 가지 어려움이 발생하자, 원고는 1994. 9. 12.경 위 지점 차고지 10,866㎡를 매각하고 새로운 차고지로 이 사건 토지를 매입한 후 장차 위 지점과 본점을 통합 운영한다는 계획(이하 ‘이 사건 이전계획’이라 한다)을 수립하였다.

원고는 이 사건 이전계획을 수립하기 이전인 1994. 2. 15. 건설부장관에게서 ‘ 구 자동차운수사업법시행규칙(1997. 3. 17. 건설교통부령 제94호로 개정되기 전의 것) 제13조 에서 정한 화물자동차운송사업자가 보유해야 하는 차고지는 구 주차장법(1995. 12. 29. 법률 제5115호로 개정되기 전의 것)에 의한 주차장에 해당하므로 도시계획시설결정을 받아 설치해야 한다.’는 내용의 질의회신(건설부 도시 58407-209)을 받았고, 1994. 8. 30. 용인군수에게서 ‘10,000㎡ 이상의 부지에 도시계획시설인 주차장, 자동차정류장 및 유통업무설비를 설치하기 위해서는 도시계획시설결정을 받아야 한다.’는 질의회신을 받았다.

이 사건 이전계획에는 이 사건 토지 중 3,500평은 도시계획시설결정을 받아 운송사업용 차고지로, 2,206평은 토지형질변경허가를 받아 정비사업 및 주유소 외 부대사업용으로 각 이용한다는 개발계획이 포함되어 있었다.

(3) 원고는 1994. 9.경 위 건설부장관의 질의회신(건설부 도시 58407-209)을 첨부하여 ‘도시계획시설결정을 받아 차고지 및 주유소를 설치하는 것’을 토지의 이용 목적으로 하는 토지거래계약허가를 신청하였고, 용인군수는 같은 해 10. 19. ‘위 토지 위에 설치할 시설이 도시계획법상 도시계획시설로 인정될 경우 경기도지사에게서 도시계획시설결정을 받는 것’을 조건으로 이를 허가하였다.

(4) 원고는 1994. 10. 20. 정기련 외 1인한테서 자연녹지지역에 있는 이 사건 토지를 대금 4,450,914,000원에 매수하는 매매계약을 체결하였다. 위 매매계약에서 원고는 도시계획시설결정 후 3일 이내에 잔금을 지급하고, 매도인은 도시계획시설결정 등 원고가 이 사건 토지를 사용 목적에 따라 사용할 수 있도록 사용승낙서 등 허가상 필요한 일체의 서류를 교부하며, 원고의 구입 목적에 따라 신청한 도시계획시설결정이 관할 관청으로부터 불승인되면 위 계약은 해제되는 것으로 정하였다.

(5) 원고가 그 무렵 용인군청 도시계획 담당 공무원에게 위 건설부장관의 질의회신(건설부 도시 58407-209)을 제시하며 이 사건 토지 위에 설치할 차고지 등의 도시계획시설결정 절차에 관해 문의하였으나, 위 공무원은 위 차고지가 도시계획법상 도시계획시설이 아니어서 도시계획시설결정이 불가능하다고 하였고, 원고가 1994. 10. 21. 건설부장관에게 이에 대한 민원을 제기하였으나, 건설부장관은 같은 해 10. 25. 기존 견해와 달리 자동차운수사업법상 차고지는 도시계획시설에 해당하지 않는다는 내용의 질의회신(건설부 도시 58407-1760)을 하였다.

(6) 이에 원고는 1994. 11. 17. 이 사건 토지 중 9,900㎡ 부분에 대한 토지형질변경허가 및 건축허가를 신청하여 같은 해 12. 20. 용인군수의 허가를 받고 차고지 및 사무실 건축에 착수하는 한편, 쟁점 토지에 대해서는 당시 입법예고 중이던 유통단지개발촉진법의 적용을 받는 방안, 정비업 및 주유소업을 분리하여 신설 법인을 설립하는 방안, 제3자를 통해 토지형질변경허가를 받은 후 인수하는 방안을 강구하였다. 그러나 원고가 1995. 6. 26. 정기련 외 1인에게 이 사건 토지의 잔금을 지급하고, 같은 해 7. 7. 소유권이전등기를 경료할 때까지 위 차고지 등에 대한 도시계획시설결정이나 쟁점 토지에 대한 추가 토지형질변경이 이루어지지 않아 쟁점 토지는 사용되지 못하고 있었다.

(7) 그러던 중 건설부장관은 1995. 9. 2. 이 사건 토지를 포함한 용인시 수지면 동천리 일대를 택지개발예정지구로 지정·고시하였다. 원고는 그 후 1995. 12. 30.경부터 1998. 1. 23.경까지 수회에 걸쳐 용인군수와 한국토지공사를 상대로 이 사건 토지를 택지개발예정지구에서 제외해 줄 것과 이미 완공된 차고지 및 사무실 건물을 존치·사용할 수 있도록 조치해 줄 것을 요구하였으나 모두 받아들여지지 않았다. 한편 서울 지점의 차고지를 1994. 12. 29. 매각함으로써 위 지점 업무용 시설을 이전해야 할 상황에 처한 원고는 이 사건 토지 위에 무허가 건물 4동을 건축하여 사용하다가 1998. 12. 1. 수지읍장의 불법건축물 철거명령을 받고 이를 철거하였다.

(8) 결국 이 사건 토지 위에 건축된 차고지와 사무실은 1999. 11. 16. 대금 974,071,000원에, 이 사건 토지는 2000. 1. 7. 대금 9,550,959,500원에 각 한국토지공사에 수용·매각되었다.

라. 판단

(1) 위 인정 사실에 나타난 이 사건 토지의 매입 동기와 경위, 이용 현황 등을 종합하면, 원고는 위 토지의 매매계약을 체결할 당시 도시계획시설결정을 받아 위 토지 위에 차고지, 주유소 및 정비공장 등을 이전·설치하려 하였음을 알 수 있다.

(2) 그러나 법인의 비업무용부동산으로 보지 아니하는 경우의 하나로서, 구 법인세법시행규칙 제18조 제5항 제1호 는 당해 부동산의 “취득 후” 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산임을 요건으로 하고 있으므로, 토지가 취득 전에 이미 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되어 있었다면 이를 적용할 여지가 없을 것인데, 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것인지 여부는 원칙으로 법인이 토지를 취득할 당시의 구체적인 목적을 그 주된 사업과 대비하여 결정하여야 하고, 그 해당 여부도 위 목적과 사용금지, 제한의 형태에 비추어 개별적으로 보아야 한다( 대법원 1995. 2. 24. 선고 94누4172 판결 등 참조). 그러므로 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 자연녹지지역으로서 면적이 18,864㎡에 이르는 위 토지를 개발하여 그 사업 목적인 차고지, 주유소 및 정비공장을 설치하는 데에 법령상 제한이 없었는지 여부에 관하여 원고의 주장을 차례로 살피기로 한다.

(가) 원고는 차고지 및 주유소 설치를 이 사건 토지의 이용 목적으로 하여 용인군수의 토지거래계약 허가를 받았으므로 위 토지의 취득 당시 위 차고지 등을 설치하는 데에 법령상 제한이 없었다고 주장한다.

그러나 이 사건 토지의 취득 당시 위 토지에 위 차고지 등을 설치할 수 있었는지 여부는 관계 법령과 대비하여 개별적·구체적으로 따져 보아야 할 것으로, 원고가 위 토지거래계약 허가를 받았다고 하여 위 토지의 사용에 아무런 법령상 제한이 없었다고 단정할 수는 없으므로, 위 주장은 이유 없다.

(나) 원고는 차고지, 주유소 및 정비공장 등이 구 도시계획법상 도시계획시설에 포함되므로 도시계획시설결정을 받아 이 사건 토지 위에 위 차고지 등을 설치하는 데에 법령상 제한이 없었다고 주장한다(원고가 설치하려고 한 차고지가 구 주차장법상 주차장에 해당하므로 도시계획시설에 포함되고, 차고지에 대한 도시계획시설결정이 이루어지면 주유소 및 정비공장은 그 부대시설로서 설치가 가능하다는 취지로 보인다).

그러나 구 도시계획법 제2조 제1항 제1호 나목 , 제3호 , 제16조 제2항 , 구 도시계획법시행령(2000. 7. 1. 대통령령 제16891호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제3호 , 구 도시계획시설기준에관한규칙(1996. 12. 26. 건설교통부령 제86호로 개정되기 전의 것) 제17조 , 구 주차장법 제2조 제1호 가목 및 나목 의 각 규정 내용 및 주차장은 원칙으로 일반 공중의 이용에 제공되는 것이 통상인 데 반하여 차고는 특정인의 배타적인 사용을 전제로 한다는 점 등을 고려하여 보면, 원고가 구 자동차운수사업법시행규칙 제13조 에 따라 이 사건 토지에 설치하려 한 차고지는 도시계획시설인 주차장(구 주차장법상 노상주차장 또는 노외주차장)에는 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.

또한 원고가 이 사건 토지의 매매계약을 체결하기에 앞서 건설교통부장관에게서 받은 질의회신(건설부 도시 58407-209)의 내용은 구 자동차운수사업법시행규칙 제13조 에 따라 화물자동차운송사업자가 보유해야 하는 차고지가 구 주차장법에 의한 주차장에 해당하므로 도시계획시설결정을 받아 이를 설치해야 한다는 것일 뿐 구체적으로 원고가 도시계획시설결정을 받아 위 토지에 위 차고지 등을 설치할 수 있다는 것은 아닌 점, 원고는 위 매매계약 체결 이후 용인군청 도시계획 담당 공무원에게서 위 토지에 위 차고지 등에 대한 도시계획시설결정이 불가능하다는 말을 듣고 건설부장관에게 민원을 제기하였는데, 건설부장관은 기존 견해와 달리 자동차운수사업법상 차고지는 도시계획시설에 해당하지 않는다는 내용의 질의회신(건설부 도시 58407-1760)을 해 온 점, 이에 원고는 위 토지 중 9,900㎡ 부분에 대해서 토지형질변경허가를 받고 쟁점 토지의 사용방법을 모색하였으나 결국 위 차고지 등에 대한 도시계획시설결정이나 쟁점 토지에 대한 추가 토지형질변경허가를 받지 못한 점, 그럼에도 원고는 1995. 6. 26. 강기련 외 1인에게 이 사건 토지의 잔금을 지급하고 같은 해 7. 7. 소유권이전등기를 마침으로써 위 토지를 취득한 점 등에 비추어 보면, 원고는 적어도 잔금을 지급하고 이 사건 토지를 취득할 무렵에는 위 차고지 등에 대한 도시계획시설결정이 사실상 불가능하였음을 알고 있었다고 봄이 상당하다. 따라서 위 주장도 이유 없다.

(다) 원고는 이 사건 토지 주변이 이미 다른 회사의 물류센타, 창고 및 아파트 부지 등으로 개발되어 있어 쟁점 토지도 자연녹지지역에서 해제되어 추가로 형질변경허가를 받을 수 있었으므로, 이 사건 토지 중 9,900㎡에 대한 토지형질변경허가와 관계없이 쟁점 토지에 위 시설물을 설치하는 데에 법령상 제한이 없었다고 주장한다.

그러나 구 토지의형질변경등행위허가기준등에관한규칙(2000. 7. 4. 건설교통부령 제245호로 폐지되기 전의 것) 제8조 제1항 제3호 에 의하면 자연녹지지역으로서 건축물의 건축을 위한 경우에는 10,000㎡ 미만의 토지에 대해서만 토지형질변경허가가 가능한데, 원고가 위 9,900㎡에 대해서 토지형질변경허가를 받은 이후 쟁점 토지가 자연녹지지역에서 해제되는 등의 사정으로 쟁점 토지에 대한 추가 토지형질변경허가가 이루어질 수 있었음을 인정할 자료가 없으므로, 위 주장도 이유 없다.

나아가 앞서 본 바와 같이 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것인지의 여부는 당해 법인이 토지를 취득할 당시의 구체적인 목적을 그 주된 사업과 대비하여 결정하여야 할 것인 이상, 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 입법예고 중이었던 유통단지개발촉진법을 적용받아 쟁점 토지 위에 위 차고지 등을 설치할 수 있었다거나 원고가 정비업 및 주유소업을 분리하여 신설 법인을 설립한 후 신설 법인 앞으로 토지형질변경허가를 받을 수 있었다는 등의 원고 주장 역시 더 살필 필요 없이 이유 없다.

(라) 원고는, 최후의 수단으로 유예 기간 내에 쟁점 토지를 처분함으로써 위 토지가 비업무용부동산으로 인정되는 것에서 벗어날 수 있었으나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지를 포함한 용인시 수지면 동천리 일대가 택지개발예정지구로 지정·고시되는 바람에 그 처분이 불가능하게 되었으므로, ① 원고가 쟁점 토지를 업무상 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있고, ② 이와 같이 처분이 불가능하게 된 이후 이 사건 토지가 한국토지공사에 수용·매각되는 사업연도까지 그 소득금액 계산상 비업무용 부동산 등 관련 지급이자를 손금 불산입하여 한 이 사건 처분은 부당하다는 취지로 주장한다.

그러나 쟁점 토지를 유예 기간 내에 처분할 수 있었는지 여부는, 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 그 사업 목적대로 위 토지 위에 위 차고지 등을 설치하는 데에 법령상 제한이 있었는지 여부와 무관하고, 나아가 이 사건 토지를 취득할 당시에 이미 쟁점 토지 위에 차고지 등을 설치하는 것이 법령에 의하여 제한되고 있었다고 보는 이상, 당해 부동산의 “취득 후” 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산임을 요건으로 하는 구 법인세법시행규칙 제18조 제5항 제1호 는 더 이상 적용될 여지가 없는 것이므로, 위 주장 또한 나머지 점에 대해서 더 살필 필요 없이 이유 없다.

(3) 결국 원고가 도시계획시설결정을 받아 위 차고지 등을 설치할 목적으로 이 사건 토지의 매매계약을 체결하였다 하더라도, 위 차고지 등이 구 도시계획법상 도시계획시설에 포함되지 않고 위 토지가 자연녹지지역에 위치한 10,000㎡ 이상의 토지이어서 위 차고지 등에 대한 도시계획시설결정이나 쟁점 토지에 대한 추가 토지형질변경허가가 이루어지지 않은 이상, 이 사건 토지의 취득 당시 쟁점 토지를 개발하여 그 위에 위 차고지 등을 설치하는 것은 이미 법령의 규정에 의하여 제한되고 있었다 할 것이므로, 쟁점 토지의 사용이 이 사건 토지의 취득 후 이 사건 택지개발예정지구의 지정으로 인하여 뒤늦게 금지 또는 제한되었다고 볼 수는 없다. 따라서 쟁점 토지를 비업무용부동산으로 보고 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.