서울행정법원-2014-구합-67697(2015.10.23)

세무서장은 국세환급금을 지급할 때에는 국세환급가산금을 지급하여야 함

세무서장은 환급하여야 할 환급세액이 있을 때에는 국세환급금으로 결정하여야 하고, 국세환급금을 지급할 때에는 국세환급가산금을 가산하여야 한다(국세기본법 제51조 제1항, 제52조)

국세기본법제52조 (국세환급가산금)

2015누68040 환급금등지급청구의 소

경정청구에 대한 검토과정에서 관할 세무서장과 납세자 간에 이루어지는 의견교

환 및 상호 검증과정의 일환에 지나지 않는 것으로, 2007년 제1기 부가가치세 중 일부

를 원고의 경정청구에 따라 환급하겠다는 내용을 담고 있다고 하더라도, 이를 2007년

도 제1기 부가가치세 경정결정으로 볼 수는 없고, 관할 세무서장의 확정적인 견해 표

시가 아니므로 행정청의 확약 또는 공적인 견해표명에 해당하지도 않는다.

그 밖에 원고가 행정쟁송의 절차에 따라 피고 삼성세무서장의 2007년도 제1기

부가가치세 경정거부처분을 취소받음으로써 경정청구로 인한 납세의무 등을 확정하였

음을 인정할 증거가 없고, 이러한 경우 원고로서는 피고 대한민국을 상대로 2007년도

제1기 부가가치세 환급세액의 반환을 곧바로 민사소송으로 청구할 수는 없으므로, 이

부분 소는 부적법하다.

다) 따라서 피고 대한민국의 위 본안전 항변은 이유 있다.

나. 피고 삼성세무서장에 대한 2007년 제1기 부가가치세 경정거부처분 취소청구 부

분

1) 원고의 주장

이 사건 통지는 2007년 제1기 부가가치세 중 일부를 원고의 경정청구에 따라

환급하겠다는 내용을 담고 있는 것으로, 행정청의 확약 또는 공적인 견해표명에 해당

한다. 설사 이 사건 통지 당시 행정청 내부에서 아직 최종적인 결제가 이루어지지 않

았다 하더라도, 신뢰보호의 원칙상 피고 삼성세무서장은 이 사건 통지에 부합하는 내

용으로 최종결정을 내릴 의무를 부담한다. 피고 삼성세무서장은 2007년 제1기 부가가

치세 부과제척기간이 경과하였다는 이유로 2007년 제1기 부가가치세 경정거부처분을

하였지만, 이는 이 사건 통지 내용 번복을 정당화하는 이유가 될 수 없고, 달리 이 사

건 통지 내용을 번복할 중대한 공익상의 이유가 있는 것도 아니다. 이 사건 경정청구

당시에는 피고 삼성세무서장이 주장하는 2007년 제1기 부가가치세 부과제척기간이 경

과하지 않은 상태였고, 피고 삼성세무서장은 그 주장의 2007년 제1기 부가가치세 부과

제척기간 만료일이 경과한 후인 2012. 7. 30.에도 원고에게 2007년 제1기 부가가치세

환급세액 반환의사를 통지하였으며, 만약 피고 삼성세무서장이 구 국세기본법 제45조

의2 제3항을 준수하여 이 사건 경정청구일로부터 2개월 이내에 원고에게 2007년 제1

기 부가가치세 경정청구의 결과를 알려주었다면 피고 삼성세무서장 주장의 2007년 제

1기 부가가치세 부과제척기간 만료일을 도과하는 문제가 발생할 수 없었을 것이므로,

설령 2007년 제1기 부가가치세 부과제척기간이 도과하였다고 하더라도 이는 피고 삼

성세무서장의 잘못 때문이어서 이를 사유로 2007년 제1기 부가가치세 경정청구를 거

부할 수 없다. 더구나 국세기본법(법률 제8139호 일부개정 2006. 12. 30.) 제26조의2

제4항, 국세기본법 시행령(대통령령 제19513호 일부개정 2006. 6. 12.) 제12조의3 제1

항 제1호에 의하면, 원고가 수정세금계산서를 발행한 2011. 6. 9.이 속하는 과세표준신

고기한 다음날인 2011. 7. 26.부터 2007년 제1기 부가가치세 부과제척기간이 진행하므

로 피고 삼성세무서장의 2007년도 제1기 부가가치세 경정거부처분 당시에는 2007년

제1기 부가가치세 부과제척기간이 경과하지도 않은 상태였다. 구 부가가치세법(법률

제11129호 일부개정 2011. 12. 31.) 제21조 제1항 제3호는 '사업자가 확정신고를 할 때

제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항의 일부가 사실과 다르게 적혀 있는 경우

관할 세무서장이 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세

액을 조사에 의하여 경정한다'고 정하고 있을 뿐, 관할 세무서장이 임의로 판단하여 일

부 환급세액을 제외시킬 수 있도록 정하고 있지는 않으므로 피고 삼성세무서장의

2007년 제1기 부가가치세 경정거부처분은 재량권을 일탈한 것이기도 하다. 따라서 피

고 삼성세무서장이 2012. 11. 29. 원고에게 한 2007년도 1기분 부가가치세 경정거부처

분은 위법하므로 그 취소를 구한다.

2) 피고 삼성세무서장의 본안전 항변

가) 원고는 조세심판원으로부터 피고 삼성세무서장의 2007년 제1기 부가가치세

경정거부처분 관련 심판청구를 각하하는 결정의 통지를 받은 때로부터 90일이 경과하

였음이 역수상 명백한 때에 이르러서야 피고 삼성세무서장에 대한 2007년 제1기 부가

가치세경정거부처분 취소청구를 병합하면서 피고 삼성세무서장을 예비적 피고로 추가

하였으므로, 이 부분 소는 제소기간을 도과하여 부적법하다.

나) 또한 주위적 피고에 대한 청구와 예비적 피고에 대한 청구가 법률상 양립할

수 없고 같은 종류의 소송절차에 따르는 경우에 한하여 청구의 예비적 병합이 가능한

데, 원고가 주위적 피고인 피고 대한민국에 대하여 2007년 제1기 부가가치세 환급금

등 지급을 구하는 청구와 예비적 피고인 피고 삼성세무서장에 대하여 2007년 제1기

부가가치세 경정거부처분 취소를 구하는 청구는 법률상 양립 가능할 뿐 아니라, 원고

의 주위적 피고인 피고 대한민국에 대한 위 청구는 부당이득의 반환을 구하는 민사소

송에 해당하는 반면 예비적 피고인 피고 삼성세무서장에 대한 위 청구는 항고소송으로

서 행정소송에 해당하여 다른 종류의 소송절차를 따르는 경우이므로 청구의 예비적 병

합이 부적법하다.

3) 피고 삼성세무서장의 본안전 항변 등에 관한 판단

가) 국세기본법 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제

18조 제1항 본문, 제2항 및 제3항에도 불구하고 위 법에 따른 심사청구 또는 심판청구

와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없는 것이고, 위 행정소송은 행정소

송법 제20조에도 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터

90일 이내에 제기해야 한다(국세기본법 제56조 제2항, 제3항 본문).

앞서 본 사실들과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 조세심판원

은 2014. 6. 23. 원고의 2007년 제1기 부가가치세 경정거부처분 관련 심판청구를 각하

하였고, 원고는 그 무렵 위 결정의 통지를 받은 사실, 원고는 2014. 9. 19. 피고 대한민

국을 상대로 이 사건 소를 제기하면서 2007년 제1기 부가가치세 환급금 등 지급청구

를 하였다가, 2015. 8. 18. 피고 삼성세무서장에 대한 2007년 제1기 부가가치세 경정거

부처분 취소청구를 피고 대한민국에 대한 2007년 제1기 부가가치세 환급금 등 지급청

구의 예비적 청구취지로 추가하고, 2015. 8. 19. 이 사건 예비적 피고로 피고 삼성세무

서장을 추가하여 달라고 신청하여 2015. 8. 21. 제1심 법원으로부터 위 예비적 피고 추

가신청에 대한 허가결정을 받은 사실 등이 인정되는바, 그렇다면 원고의 피고 삼성세

무서장에 대한 2007년 제1기 부가가치세 경정거부처분 취소소송은 원고가 위 조세심

판원의 결정의 통지를 받은 날로부터 90일이 경과한 이후에 제기되었음이 역수상 명백

하므로, 이 부분 소는 부적법하다.

이에 대하여 원고는 행정소송법 제8조 제2항에 의해 준용되는 민사소송법 제70

조 제1항 본문, 제68조 제3항에 의하면 청구의 주관적 예비적 병합에 따라 공동소송인

이 추가된 경우에는 처음의 소가 제기된 때에 추가된 당사자와의 사이에도 소가 제기

된 것으로 보므로, 예비적 피고인 피고 삼성세무서장에 대한 2007년 제1기 부가가치세

경정거부처분 취소소송 역시 이 사건 소 제기일인 2014. 9. 19. 제기된 것으로 보아야

하므로 국세기본법 제56조 제3항 본문에서 정하고 있는 제소기간을 준수한 것이라고

주장한다. 그러나 민사소송법 제70조 제1항 본문에서 정한 '법률상 양립할 수 없다'는

것은, 동일한 사실관계에 대한 법률적인 평가를 달리하여 두 청구 중 어느 한 쪽에 대

한 법률효과가 인정되면 다른 쪽에 대한 법률효과가 부정됨으로써 두 청구가 모두 인

용될 수는 없는 관계에 있는 경우나, 당사자들 사이의 사실관계 여하에 의하여 또는

청구원인을 구성하는 택일적 사실인정에 의하여 어느 일방의 법률효과를 긍정하거나

부정하고 이로써 다른 일방의 법률효과를 부정하거나 긍정하는 반대의 결과가 되는 경

우로서, 두 청구들 사이에서 한 쪽 청구에 대한 판단 이유가 다른 쪽 청구에 대한 판

단 이유에 영향을 주어 각 청구에 대한 판단 과정이 필연적으로 상호 결합되어 있는

관계를 의미하며, 실체법적으로 서로 양립할 수 없는 경우뿐 아니라 소송법상으로 서

로 양립할 수 없는 경우를 포함하나(대법원 2007. 6. 26.자 2007마515 결정, 대법원

2011. 9. 29. 선고 2009다7076 판결 등 참조), 원고의 주위적 피고인 피고 대한민국에

대한 2007년 제1기 부가가치세 환급금 등 지급청구와 예비적 피고인 피고 삼성세무서

장에 대한 2007년 제1기 부가가치세 경정거부처분 취소청구는 법률상 양립할 수 없는

것이 아니므로 그 소송은 민사소송법 제70조 제1항 본문에서 정한 본래 의미의 예비적

공동소송이라고 할 수 없고, 따라서 여기에 필수적 공동소송에 관한 민사소송법 제68

조 제3항은 준용되지 않는다고 할 것이어서 원고의 위 주장은 이유 없다.

나) 더구나 2007년 제1기 부가가치세의 법정신고기한은 2007. 7. 25.이므로, 이

에 대한 일반적 경정청구기간은 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 법정신고기한

으로부터 3년이 되는 날인 2010. 7. 25. 종료되고, 후발적 사유에 의한 경정청구기간은

구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 구 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에 따라

이 사건 분양계약 해제일인 2011. 4. 5.로부터 2개월이 되는 날인 2011. 6. 5. 종료되

는 반면, 원고의 2007년 제1기 부가가치세에 대한 경정청구는 위 각 경정청구기간이

모두 경과한 후인 2012. 4. 12. 제기된 것으로서 부적법한 경정청구에 해당하는바, 이

와 같이 경정청구가 부적법한 경우에는 관할 세무서장이 납세자 등의 경정청구에 대하

여 이를 거부하는 회신을 하였다고 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거

부처분이라고 볼 수 없으므로(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두12469 판결 등 참조),

부적법한 원고의 경정청구에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 이 부분 소는 이 점

에서도 부적법하다.

다) 따라서 피고 삼성세무서장의 위 본안전 항변은 이유 있다.

3. 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세 환급가산금 등 부분

가. 원고의 주장

분양계약 해제일인 2011. 4. 5.로부터 2개월이 되는 날인 2011. 6. 5. 종료되는데,

원고의 이 부분 경정청구는 위 각 경정청구기간이 모두 경과한 후인 2012. 4. 12. 이루

어진 것으로서 부적법하다. 따라서 피고 삼성세무서장으로서는 원고의 이 부분 경정청

구를 각하할 수 있었고, 피고 삼성세무서장이 구 국세기본법 제45조의2 제3항이 정하

는 기간 내에 원고에게 아무런 통지를 하지 않은 경우에도 쟁송대상이 되는 거부처분

이 있다고 볼 수도 없었다.

그러나 이러한 경우에도 피고 삼성세무서장으로서는 구 부가가치세법 제21조

제1항에 따라 직권에 의하여 그 과다신고 내용을 시정하고 감액경정을 할 수 있었는

데, 피고 삼성세무서장은 2012. 11. 26. 원고에게 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지

부가가치세 환급세액에 대하여 "경정청구에 의한 경정(분양계약 해지)"을 과세예고 내

용으로 하여 과세예고 통지를 하고, 2012. 11. 28. 2007년 제2기부터 2008년 제2기까

지 부가가치세 경정결의서를 작성하면서 '경정사유' 및 '조사내용 및 산출근거'란에도

"경정청구에 의한 경정(분양계약해지)"으로 기재하였으며, 원고에게 "2007년도 제2기부

터 2008년도 제2기까지 부가가치세에 대하여는 경정청구기간은 도과하였지만 직권 경

정하여 환급금을 지급한다"고 통지하였다.

위와 같은 사실관계에 비추어 보면, 피고 삼성세무서장은 2012. 11. 28. 2007년

제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세에 대하여 구 부가가치세법 제21조 제1항의

직권 감액경정을 하고, 2012. 11. 29. 국세기본법 제51조 제1항에 기하여 초과납부된

금액을 환급금으로 결정한 후 이를 지급하였다고 봄이 타당하다.

이에 대하여 피고 대한민국은 피고 삼성세무서장이 경정청구기간이 도과하여

부적법한 원고의 이 부분 경정청구를 국세기본법 제81조의16에 따른 납세자보호사무

처리규정(2013. 3. 28. 국세청 훈령 제1985호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제3호

의 '고충민원'으로 보아 위 납세자보호사무처리규정 제25조 제2항 제3호가 '세무서장은

고충내용이 과세표준・세액 등이 착오로 계산된 처분에 해당하여 이유 있다고 인정되

는 경우에는 직권으로 시정하여야 한다'고 규정한 바에 따라 '직권 시정' 또는 '국세 감

면'하여 환급금을 지급한 것에 불과하다고 주장한다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 과

세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사

정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추

해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 위 납세자보호사무처리규정 제25조 제2항 제3호

의 '직권으로 시정하여야 한다'는 규정을 피고 삼성세무서장의 2007년 제2기부터 2008

년 제2기까지 부가가치세 직권 감액경정의 동기로 볼 수는 있을지언정, 위 직권 감액

경정의 근거규정 또는 '국세 감면'의 근거규정으로 볼 수는 없다. 따라서 피고 대한민

국의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

나) 국세환급금이라 함은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었

음에도 불구하고 국가가 법률상 원인없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당

하는 것으로서 그 발생원인에 따라 오납액, 초과납부액, 환급세액으로 나누어 볼 수 있

는데, 초과납부액은 경정에 의해 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 의미하는바,

2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세 환급금의 경우 원고가 당초 부가가치

세를 적법하게 신고・납부하였으나 이후 그 신고에 기초가 된 계약이 해제됨으로써 피

고 삼성세무서장의 부가가치세 감액경정을 통해 지급받게 된 점에 비추어 볼 때 국세

기본법 제51조 제1항의 국세환급금 중 초과납부액에 해당한다.

다) 국세기본법 제52조의 환급가산금은 구 국세기본법 제45조의2의 '경정청구에

의한 감액경정'에 의하였는지, 구 부가가치세법 제21조 제1항의 '직권 감액경정'에 의하

였는지와 무관하게 국세기본법 제51조 제1항의 국세환급금이 있으면 자동적으로 발생

한다.

이에 대하여 피고 대한민국은 경정청구기간이 도과한 경우 감액경정을 통상의

감액경정과 동일하게 보아 감액된 세액 상당의 환급금에 더하여 환급가산금까지 지급

해야 한다면 신고납세방식 조세에 관한 납세의무자의 세법상 구제 범위 확대를 위하여

도입한 경정청구제도가 형해화될 수 있고 조세법 체계의 일관성 및 안정성을 저해하는

결과를 초래할 수 있다고 주장하나, 국세기본법상 경정청구기간을 제한하는 것은 국세

행정의 안정성을 확보하기 위한 것인데, 관할 세무서장이 감액경정을 함으로써 납세자

의 권익보호를 우선으로 한 이상 국세행정의 안정성은 고려대상이 될 수 없으므로, 피

고 대한민국의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

라) 피고 삼성세무서장의 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세 경정

결정이 구 부가가치세법 제21조 제1항의 '직권 감액경정'에 해당하는 이상, 2007년 제2

기부터 2008년 제2기까지 부가가치세 환급금은 구 국세기본법 시행령 제43조의3 제1

항 제1호의 '납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함에 따

라 발생한 국세환급금'에 해당하고, 따라서 그 환급가산금 기산일은 위 조항에 정해진

'국세 납부일'이다.

이와 달리 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세 환급금이 구 국세

기본법 시행령 제43조 제1항 제2호의 '적법하게 납부된 국세의 감면으로 발생한 국세

환급금'에 해당함을 전제로, 그 환급가산금 기산일은 위 조항에 정해진 '감면 결정일의

다음 날'이라는 피고 대한민국의 주장은 받아들이지 않는다.

이에 대하여 피고 대한민국은 경정청구기간이 도과하여 부적법한 원고의 이 부

분 경정청구에 대하여 감액경정까지 하여 환급금을 지급해 주었는데, 원고가 그 납부

일부터 기산하는 환급가산금까지 지급하라고 청구하는 것은 민법상 신의성실의 원칙에

도 위배된다고 주장하나, 원고가 이 사건 분양계약 해제로 인하여 수분양자들에게 그

들이 지급한 분양대금(부가가치세 포함)에 그 지급일부터의 법정이자까지 더하여 원상

회복할 의무를 부담한다고 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 위와 같은 환급가산

금 지급청구가 신의성실의 원칙에 위배된다고 보이지 않으므로, 피고 대한민국의 위

주장은 받아들이지 아니한다.

또한 피고 대한민국은 2015. 2. 3. 대통령령 제26066호로 개정된 국세기본법 시

행령 제43조의3 제1항 제5호가 '법 제45조의2에 따른 경정의 청구에 따라 납부한 세액

또는 환급한 세액을 경정함으로 인하여 환급하는 경우: 경정청구일(경정청구일이 국세

납부일보다 빠른 경우에는 국세 납부일)'을 국세환급가산금 기산일로 규정하고 있는 점

을 참고할 때, 원고의 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세 신고・납부일

부터 원고 주장의 경정청구사유 발생일인 2011. 4. 5. 전의 기간에 대해서까지 부당이

득에 대한 이자의 성질을 갖는 환급가산금 반환의무를 부담한다고 볼 수는 없다고 주

장하나, 국세기본법 시행령 부칙 <제26066호, 2015. 2. 3> 제5조가 '제43조의3 제1항의

개정규정은 이 영 시행 이후 경정 청구를 하는 분부터 적용한다'고 규정한 점을 고려

할 때, 피고 대한민국의 위 주장을 받아들일 수 없다.

2) 따라서 피고 대한민국은 국세기본법 제52조, 구 국세기본법 시행령 제43조의3

제1항 제1호에 따라 원고에게 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세 환급금

에 대한 환급가산금 합계 372,223,325원 및 이에 대하여 이 사건 소장 부본 송달 다음

날인 2014. 9. 30.부터 피고 대한민국이 그 지급의무의 존부와 범위에 관하여 항쟁함이

상당한 제1심 판결 선고일인 2015. 10. 23.까지는 민법이 정한 연 5%의, 그 다음 날부

터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 20%의 각 비율에 의한 지

연손해금을 지급할 의무가 있다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 원고의 피고 대한민국에 대한 2007년 제1기 부가가치세 환

급금 등 지급청구 부분과 피고 삼성세무서장에 대한 부분은 부적법하므로 이를 각하하

고, 원고의 피고 대한민국에 대한 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세 환

급가산금 등 지급청구 부분은 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판

결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결 중 원고의 피고 대한민국에

대한 2007년 제1기 부가가치세 환급금 등 지급청구 부분과 피고 삼성세무서장에 대한

부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 소를 모두 각하하고, 피고 대한민국

의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하며8), 제1심 판결 중 주문 제1항의 "피고 대한

민국은"은 "피고 대한민국은 원고에게"의 오기임이 명백하므로 이를 경정하기로 하여

주문과 같이 판결한다.

OO종합건설

대한민국외 1

서울행정법원 2015. 10. 23. 선고 2014구합67697 판결

2016. 8. 25.

2016. 10. 24.

1. 제1심 판결 중 원고의 피고 대한민국에 대한 2007년 제1기 부가가치세 환급금 등 지급청구 부분과 피고 삼성세무서장에 대한 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 소를 모두 각하한다.

2. 피고 대한민국의 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 원고와 피고 대한민국 사이에 생긴 부분의 3/4은 원고가, 나머지는

대한민국이 각 부담하고, 원고와 삼성세무서장 사이에 생긴 부분은 원고

가 부담한다.

4. 제1심 판결 중 주문 제1항의 "피고 대한민국은"을 "피고 대한민국은 원고에게"로 경

정한다.

청구취지, 항소취지 및 이 법원의 심판범위

1. 청구취지

가. 피고 대한민국은 원고에게 0000원 및 그 중 0000원에 대하여

이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율에 의한 금원을

지급하라.

나. 위 가.항 중 피고 대한민국은 원고에게 0000원 및 그 중 0000원에

대하여 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율에 의한

금원을 지급하라는 부분에 예비적으로, 피고 삼성세무서장이 2012. 11. 29. 원고에게

한 2007년도 1기분 부가가치세 경정거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

1) 주위적으로, 제1심 판결 중 피고 대한민국에 대하여 아래에서 추가로 지급을

명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다. 피고 대한민국은 원고에게

0000원 및 그 중 0000원에 대하여 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부

터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율에 의한 금원을 지급하라.

2) 예비적으로, 제1심 판결 중 피고 삼성세무서장에 대한 부분을 취소한다. 피고

삼성세무서장이 2012. 11. 29. 원고에게 한 2007년도 1기분 부가가치세 경정거부처분

을 취소한다.

나. 피고 대한민국 : 제1심 판결 중 피고 대한민국 패소부분을 취소하고, 그 취소부

분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

3. 이 법원의 심판범위

제1심 판결 중 원고의 피고 대한민국에 대한 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지

부가가치세 환급가산금 0000원 및 이에 대한 지연손해금 청구부분 중 원고 패

소부분(0000원에 대한 이 사건 소장 부본 송달 다음날인 2014. 9. 30.부터 제1

심 판결 선고일인 2015. 10. 23.까지 연 5%의 비율을 초과하는 지연손해금 청구부분)

삼성세무서장이 원고의 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세

경정청구를 받아들여 경정결정을 하고 환급금을 지급한 이상, 피고 대한민국은 국세기

본법 제52조, 구 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호에 따라 원고에게 2007년

제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세 환급금에 대한 환급가산금 합계 372,223,325

원및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

나. 피고 대한민국의 본안전 항변 및 이에 대한 판단

1) 피고 대한민국의 본안전 항변

국세기본법 제52조의 환급가산금은 부당이득인 환급금에 대한 법정이자의 성질

을 가지므로 원고가 피고 대한민국을 상대로 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 부

가가치세 환급가산금의 지급을 청구하는 것은 민사상 부당이득반환청구에 불과하여 민

사소송의 대상임에도 불구하고 이를 당사자소송으로 청구한 것은 부적법하다.

2) 판단

가) 국세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도

불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고,

환급가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성질을 가진다. 이때 환급가산금의

내용에 대한 세법상의 규정은 부당이득의 반환범위에 관한 민법 제748조에 대하여 그

특칙으로서의 성질을 가진다고 할 것이므로, 환급가산금은 수익자인 국가의 선의・악

의를 불문하고 그 가산금에 관한 각 규정에서 정한 기산일과 비율에 의하여 확정된다

(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 참조). 따라서 이 부분 소는 부당이득에

대한 법정이자의 반환을 구하는 소로서 민사소송에 해당한다.

나) 그러나 민사소송인 이 부분 소가 서울행정법원에 제기되었는데도 피고 대한

민국은 제1심 법원 제1차 변론기일에서 관할위반이라고 항변하지 아니하고 본안에 대

하여 변론을 한 사실을 알 수 있는바, 공법상의 당사자소송 사건인지 민사사건인지 여

부는 이를 구별하기가 어려운 경우가 많고 행정사건의 심리절차에 있어서는 행정소송

의 특수성을 감안하여 행정소송법이 정하고 있는 특칙이 적용될 수 있는 점을 제외하

면 심리절차면에서 민사소송절차와 큰 차이가 없는 점 등에 비추어 보면, 행정소송법

제8조 제2항, 민사소송법 제30조에 의하여 제1심 법원에 변론관할이 생겼다고 봄이 상

당할 뿐 아니라(대법원 2013. 2. 28. 선고 2010두22368 판결 참조), 행정소송법 제8조

제2항, 민사소송법 제411조에 의하여 전속관할 위반이 아닌 한 항소심인 이 법원에서

는 제1심 법원의 관할위반을 주장하지 못한다.

다) 따라서 피고 대한민국의 위 본안전 항변은 결국 이유 없다.

다. 본안에 관한 판단

1) 앞서 본 사실들과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는

다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 피고 삼성세무서장은 2012. 11. 28. 2007년 제2기

부터 2008년 제2기까지 부가가치세에 대하여 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제

11608호로 일부개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법'이라 한다) 제21조 제1항의

직권 감액경정을 하고, 2012. 11. 29. 국세기본법 제51조 제1항에 기하여 초과납부된

금액을 환급금으로 결정한 후 이를 지급하였다고 봄이 타당하며, 피고 대한민국은 국

세기본법 제52조, 구 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호에 따라 원고에게

2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세 환급금에 대하여 각 그 부가가가치세

납부일부터 환급가산금을 지급할 의무가 있다.

가) 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세의 법정신고기한은 각각

2008. 1. 25., 2008. 7. 25., 2009. 1. 25.이고, 이에 대한 일반적 경정청구기간은 구 국

세기본법 제45조의2 제1항에 따라 각 그 법정신고기한으로부터 3년이 되는 날인 2011.

1. 25., 2011. 7. 25., 2012. 1. 25. 종료되고, 후발적 사유에 의한 경정청구기간은 구

국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 구 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에 따라 이

1. 기초사실

가. 원고는 2006년부터 울산 중구 옥교동 인근에서 506세대의 주상복합아파트를 신축・분양하는 사업을 수행하면서 2007년도 제1기부터 2011년도 제1기까지 부가가치세를 신고・납부하였는데, 2011. 4. 5. 기분양된 아파트 중 142세대에 대한 분양계약이 해제됨에 따라 2011. 6. 9. 수정세금계산서를 발행한 후, 2011. 8. 3. 피고 삼성세무서장에게 2007년도 제1기부터 2011년도 제1기까지 부가가치세 경정청구를 하였으나 2011. 9. 16. 이를 취하하였고, 이후 재접수와 취하를 반복하였다.

나. 원고는 최종적으로 2012. 4. 19. 피고 삼성세무서장에게 2007년도 제1기부터 2011년도 제1기까지 부가가치세 경정청구를 하였다(이하 '이 사건 경정청구'라 한다).다. 피고 삼성세무서장은 2012. 7. 19. 원고에게 "부가가치세 경정청구 현장확인과 관련하여 붙임과 같이 수입금액 및 환급세액이 결정될 예정입니다. 검토 후 사실과 다른 부분이 있는 경우 소명하시기 바랍니다. ※ 환급예상세액(고지세액 차감 후) : 000백만원, 동 금액은 매입세액 안분계산 등 현재 검토가 진행 중인 부분의 결과에 따라

달라질 수 있습니다."는 등 내용의 경정청구 검토결과(수입금액) 통지(갑 제1호증의 1쪽)와 "환급세액 000원)"으로 기재된 경정청구 검토결과(갑 제1호증의 3쪽)를 팩스로 보내고, 2012. 7. 30. 원고에게 다시 "환급세액 000"으로 기재된 경정청구 검토결과(갑 제1호증의 2쪽)를 팩스로 보냈다(이하 위 각 팩스문서를어 '이 사건 통지'라 한다).

라. 피고 삼성세무서장은 2012. 11. 26. 원고에게 "과세예고 내용 : 경정청구에 의한 경정(분양계약 해지), 예상 총 고지세액 : 2007년 제2기부터 2011년 제1기까지 총 000원" 등 내용의 과세예고 통지(갑 제2호증)를 보냈다.

마. 피고 삼성세무서장은 2012. 11. 28. 2007년 제2기부터 2011년 제1기까지 부가가치세 경정결의서를 작성하였는데, 위 각 경정결의서 '경정사유' 및 '조사내용 및 산출근거'란에는 각 "경정청구에 의한 경정(분양계약해지)"으로 기재되어 있다.

바. 피고 삼성세무서장은 2012. 11. 29. 원고에게 2007년 제2기 부가가치세 환급금 0000원, 2008년 제1기 부가가치세 환급금 0000원, 2008년 제2기 부가가치세 환급금 000원과 2009년 제1기부터 2011년 제1기까지 부가가치세 환급 금 및 환급가산금을 지급하였으나, ① 2007년 제1기 부가가치세에 대하여는 경정청구 기간 및 부과제척기간(2012. 7. 25. 만료)의 도과를 이유로 환급금을 지급하지 않기로 결정하고(이하 '2007년도 제1기 부가가치세 경정거부처분'이라 한다), ② 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세에 대하여는 경정청구기간은 도과하였지만 고충민원 해결 차원에서 직권 경정하여 환급금을 지급하나, 국세청 예규 등에 따라 환급가산금은 지급하지 않기로 결정하여 이를 통지하였다.

사. 원고는 이에 불복하여 2013. 1. 31. 피고 삼성세무서장을 상대로 이의신청을 하였으나 2013. 3. 15. 기각되었고, 2013. 4. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2014. 6. 23. 2007년 제1기 부가가치세 경정거부처분 관련 심판청구는 각하되고, 나머지 심판청구는 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 2007년 제1기 부가가치세 환급금 및 환급가산금 등 부분

가. 피고 대한민국에 대한 2007년 제1기 부가가치세 환급금 및 환급가산금 등 지급청구 부분

1) 원고의 주장

이 사건 통지는 2007년도 제1기 부가가치세 경정결정이다. 설령 이 사건 통지를 2007년도 제1기 부가가치세 경정결정으로 볼 수 없다 하더라도, 이 사건 통지는 2007년 제1기 부가가치세 중 일부를 원고의 경정청구에 따라 환급하겠다는 내용을 담고 있는 것으로, 행정청의 확약 또는 공적인 견해표명에 해당한다. 설사 이 사건 통지 당시 행정청 내부에서 아직 최종적인 결제가 이루어지지 않았다 하더라도, 신뢰보호의 원칙상 피고 삼성세무서장은 이 사건 통지에 부합하는 내용으로 최종결정을 내릴 의무를 부담하므로 피고 대한민국의 2007년 제1기 부가가치세 환급금 등 지급의무 발생을 저지할 수 없다. 따라서 피고 대한민국은 원고에게 2007년 제1기 부가가치세 환급금 0000원과 국세기본법 제52조, 구 국세기본법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법 시행령'이라 한다) 제43조의3 제1항 제1호에 따른 환급가산금 0000원합계 0000원 및 그 중 위 환급금 0000원에 대한 지연손해금을 지급할 의무를 부담한다.

2) 피고 대한민국의 본안전 항변

가) 이 사건 통지는 이 사건 경정청구에 대한 검토과정에서 관할 세무서장과 납세자 간에 이루어지는 의견교환 및 상호 검증과정의 일환에 지나지 않는 것으로, 2007년도 제1기 부가가치세 경정결정이 아니고, 관할 세무서장의 확정적인 견해 표시가 아니므로 행정청의 확약 또는 공적인 견해표명에 해당하지도 않는다.

나) 원고는 신고・납부한 부가가치세가 과다한 경우 국세기본법에 따라 관할 세무서장에게 경정청구를 하고 관할 세무서장이 이를 거부하면 그에 대한 심사청구 또는 심판청구를 거쳐 경정거부처분 취소소송을 제기하여야 하는 것이지, 바로 민사소송으로 그 지급을 청구할 수는 없으므로 이 부분 소는 부적법하다.

3) 피고 대한민국의 본안전 항변에 관한 판단

가) 국세기본법 제51조 제1항 본문은 '세무서장은 납세의무자가 국세・가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다'고 규정하고 있다.

국세환급금에 관한 국세기본법 제51조 제1항은 이미 부당이득으로서 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액이 있는 때에는 국가가 납세자의 환급신청을 기다리지 않고 이를 즉시 반환하는 것이 정의와 공평에 합당하다는 법리를 선언하고 있는 것이므로, 이미 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액은 납세자가 부당이득의 반환을 구하는 민사소송으로 그 환급을 청구할 수 있다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2008다29918 판결, 대법원 2015. 8. 27. 선고 2013다212639 판결 등 참조). 원고는 이 부분 사건과 같이 경정에 의한 부가가치세 환급금 등 지급청구소송은 대법원 2013. 3. 21. 선고 2011다95564 전원합의체 판결의 취지에 따라 당사자소송으로 제기하여야 한다고 주장하나, 위 판결은 이 부분 사건과 사안이 달라 이 부분 사건에 원용할 수 없다.

한편, 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제45조의2는 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자에게 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구할 권리를 인정하는 이른바 경정청구제도를 두고 있으나, 위와 같은 경정청구만으로 당초의 신고로 인한 납세의무 또는 환급청구권에 변동을 가져오는 것이 아니라 과세관청이 경정청구의 내용을 받아들여 과세표준 등을 감액경정하여야만 그로 인한 납세의무 등에 관한 확정의 효력이 생기게 되는 것이며, 이 경우 관할 세무서장이 경정청구에 따른 경정을 거부하는 때에는 납세의무자로서는 행정쟁송의 절차에 따라 거부처분을 취소받음으로써 비로소 경정청구로 인한 납세의무 등을 확정할 수 있는 것이므로, 위와 같은 절차를 거쳐 환급청구권 등이 확정되기 전에는 국가에 대하여 환급세액의 반환을 곧바로 민사소송으로 청구할 수 없다(대법원 1997. 3. 28. 선고 96다42222 판결 등 참조). 나) 앞서 본 이 사건 통지에 관한 사실관계에 비추어 보면, 이 사건 통지는 이