실제 거래여부 및 선의의 당사자인지 여부

공급받는 자와 명의위장사업자와의 거래 양상에 비추어 공급받는 자가 거래상대방이 명의위장사업자가 아닌지에 관하여 의심을 가질 만한 충분한 사정이 있었다면 그 사실을 알지 못한 데에 과실이 없었다고 볼 수 없음.

부가가치세법 제16조 세금계산서

2013구합54977부가가치세부과처분취소

AAAA

AA세무서장

2014. 1. 17

1. 피고가 2012. 9. 4. 원고에 대하여 한 2006년 1기분 부가가치세 33,374,910원(가산세 포함), 2006년 2기분 부가가치세 41,317,510원(가산세 포함), 2007년 1기분 부가가치세 35,726,250원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

주문 제1항 및 피고가 2012. 9. 4. 원고에 대하여 한 2007년 2기분 부가가치세43,195,570원(가산세 포함), 2008년 1기분 부가가치세 41,346,340원(가산세 포함), 2008년 2기분 부가가치세 55,838,850원(가산세 포함), 2009년 1기분 부가가치세 43,644,710원(가산세 포함), 2009년 2기분 부가가치세 49,739,860원(가산세 포함), 2010년 1기분 부가가치세 47,234,300원(가산세 포함), 2010년 2기분 부가가치세 49,660,690원(가산세포함), 2011년 1기분 부가가치세 26,819,240원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다(원고는 소장에 처분일자를 '2012. 9. 10.'로 기재하였으나, 이는 '2012. 9. 4.'의 오기로 보인다).

1. 처분의 경위

가. 원고는 1981. 7. 3.경부터 'AA상사'라는 상호로 전기자재 및 기계공구 도소매업을 영위해 오고 있다.

나. 원고는 2006년 1기 내지 2011년 1기의 부가가치세 과세기간 중 주식회사 BB전기(이하 'BB전기'라 한다)로부터 공급가액 합계 2,458,722,500원의 매입세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 발행받고, 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고・납부하였다.

다. ****국세청장은 2011. 5. 12.경부터 2011. 9. 13.경까지 BB전기에 대한 세무조사를 실시한 결과, BB전기가 2006. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지 원고 외 59개 업체에 실물거래 없이 약 96억 원의 가공세금계산서를 발행・교부하고, CCC 외 10개업체에 세금계산서를 교부하지 않고 무자료로 매출한 것으로 판단한 후 피고에게 원고에 대한 과세자료를 통보하였다.

라. 이에 피고는 원고에 대한 부가가치세 부분조사를 실시한 결과, 원고에게 실제로 물품을 공급한 업체는 BB전기가 아니라 'DDDD상사'를 운영하는 EEE이라고 보아 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 판단한 후 이 사건 세금계산서의 매입세액을 불공제하고, 원고가 부당한 방법으로 부가가치세 과세표준을 과소신고하였다는 이유로 부당과소신고가산세액을 가산하여 2012. 9. 4. 원고에게 2006년 1기분 부가가치세 33,374,910원, 2006년 2기분 부가가치세 41,317,510원, 2007년 1기분부가가치세 35,726,250원, 2007년 2기분 부가가치세 43,195,570원, 2008년 1기분 부가가치세 41,346,340원, 2008년 2기분 부가가치세 55,838,850원, 2009년 1기분 부가가치세 43,644,710원, 2009년 2기분 부가가치세 49,739,860원, 2010년 1기분 부가가치세 47,234,300원, 2010년 2기분 부가가치세 49,660,690원, 2011년 1기분 부가가치세 26,819,240원을 각 경정・고지(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다)하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2012. 11. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 3. 20. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 10호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다는 주장

원고는 2000년부터 2002. 4.경까지 EEE과 거래하다가 EEE으로부터 BB전기를 소개받았는데, BB전기가 대리점을 다수 보유하고 있는 등 규모가 큰 업체였을뿐만 아니라 가격경쟁력도 있어 BB전기와 거래하기로 결정한 후 2002. 5.경부터 BB전기와 거래를 하면서 전기자재를 구입하여 왔다. 따라서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

2) 선의・무과실 주장

설령 원고에게 전기자재를 공급한 업체가 이 사건 세금계산서상 공급자로 기재되어 있는 BB전기가 아니라 EEE이어서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 원고는 EEE으로부터 BB전기를 소개받아 BB전기의 사업자등록증, 통장사본 등을 확인하여 BB전기가 믿을 수 있는 업체라고 결론을 내린 후 거래를 시작한 점, 원고는 거래를 할 때마다 BB전기로부터 견적서, 거래명세서를 교부받았고, 물품대금을 BB전기의 계좌로 입금한 점, 원고는 EEE으로부터 BB전기의 영업을 도와주면서 판매실적에 따라 수수료를 지급받는다고 들었기 때문에 원고에게 전기자재를 공급하는 업체가 BB전기가 아니라고 생각할 수 없었던 점 등을 종합하면, 원고는 BB전기가 실제 공급자라고 믿었고, 그와 같이 믿은 데에 과실이 없는 선의의 거래당사자에 해당한다.

3) 부과제척기간 도과 주장

원고는 조세포탈의 의도를 가지고 조세의 부과・징수를 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 한 경우에 해당하지 않으므로 5년의 부과제척기간이 적용된다고 할 것인바, 이 사건 각 처분 중 2006년 1기분 및 2기분, 2007년 1기분 각 부가가치세 부과처분은 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어졌으므로 위법하다.

4) 부당과소신고가산세 관련 주장

원고는 실제로 BB전기와 거래를 하였고, 설령 그렇지 않다고 하더라도 BB전기가 실제 공급자라고 믿었으며, 그와 같이 믿은 데에 과실이 없는 선의의 거래당사자에 해당하는 점, 거래내용상 원고는 누구로부터 세금계산서를 받아야 하는지 명확히 판단하기 힘든 상황이었던 점, 피고는 원고와 BB전기의 거래가 위장거래라고 주장하고 있는바, 위장거래는 가공거래와 달리 실물거래가 있으므로 원고가 부가가치세 납부세액을 부당하게 감소시켰다고 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 원고에게는 일반과소신고가산세율이 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) BB전기가 2006년부터 2010년까지 신고한 품목별 매출・매입 내역은 아래와 같다.

2) BB전기의 대표이사인 FFF은 2011. 9. 9. ****국세청에서 조사를 받으면서 아래와 같은 취지로 진술하였다.

○ BB전기가 전기용품 매출로 세금계산서를 발행한 22,578,000,000원 중 매입가액 2,026,000,000원을 초과하여 발행된 금액은 실제 재화의 공급 없이 세금계산서만 발행한 자료이거나, 실질적으로는 부탄가스를 매출하였으나 거래품목을 사실과 다르게 전기용품으로 기재하여 준 것이다.

○ 부탄가스 매출 거래처의 대부분이 시장에서 소매상 및 개인에게 가정용이나 식당용으로 현금거래 하는 잡화도매상이었는데, 이들은 세금계산서 수취를 원하지 않는다. (중략) BB전기에서 판매하는 부탄가스 매출의 대부분은 매출세금계산서를 발행하지 않고 무자료로 거래되었다. 따라서 잡화도매상으로부터 받지 못한 부가가치세를 내기 위해서 무자료로 판매한 부탄가스 거래가액만큼 판매품목을 전기용품으로 허위기재하여 실물거래 없이 매출세금계산서만 교부하였다.

○ AA상사는 인근에서 전기용품 도매를 운영하는 DDDD상사 EEE의 거래처로서 DDDD상사에서 세금계산서를 발행할 수 없는 관계로 BB전기 명의로 세금계산서를 발행한 사실이 있으며, AA상사에서 입금하는 즉시 부가가치세를 제외한 금액을 출금하여 EEE에게 지급하였다.

품목관련 매출관련 매입

전기자재 등21,711,000,000원(96%)2,026,000,000원(2%)

부탄가스 등991,000,000원(4%)19,578,000,000원(95%)

기타-309,000,000원(3%)

합계22,702,000,000원(100%)21,913,000,000원(100%)

3) FFF은 2012. 8. 16. 아래와 같은 범죄사실로 인한 조세범처벌법위반죄로 징역 1년에 집행유예 3년을 선고받는데(서울중앙지방법원 2012고단****호, 이에 대해 FFF과 검사가 불복하여 항소하지 않아 위 판결은 그 무렵 그대로 확정되었다), 위 범죄사실에는 이 사건 세금계산서 중 일부로서 작성연월일이 2007. 4. 30.부터 2010. 12. 31.까지인 세금계산서가 포함되어 있다.

FFF은 법인등기부상 전기용품 판매 등을 사업 목적으로 하는 BB전기의 대표이사로서 전기용품 판매보다는 주식회사 GG산업 등으로부터 부탄가스를 매수하여 이를 도매상들에게 판매하거나 직접 일반 소비자에게 판매하는 영업을 위주로 BB전기를 운영하였다. FFF은 주식회사 GG산업 등으로부터 부탄가스를 매수할 때에는 정상적으로 매입・매출 세금계산서를 주고받았으나, FFF으로부터 부탄가스를 구입하는 도매상들이나 소매상들이 세금계산서 작성을 꺼리자 세금계산서를 작성하지 않고 무자료로 부탄가스를 공급해 주는 대신 부가가치세 신고시 필요한 매출자료를 만들기 위하여 전기용품 거래처 등에 대해 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 허위로 매출세금계산서를 발급한 후 세무서에도 허위내용이 기재된 매출처별 세금계산서합계표를 제출하기로 마음먹었다.

FFF은 2007. 7. 25.경 BB전기 사무실에서, 2007년 제1기 부가가치세 확정신고를 하면서 사실은 2007. 4. 1.경부터 2007. 6. 30.경까지 사이에 주식회사 HHH, 주식회사 JJ건설 등의 거래처에 전기자재를 공급한 사실이 없음에도 마치 주식회사 HHH 등의 거래처에 합계 531,266,050원 상당의 전기자재를 공급한 것처럼 매출처별 세금계산서합계표를 작성하여 제출한 것을 비롯하여 그때부터 2011. 1. 25.경까지 총 15회에 걸쳐 합계 7,018,587,218원 상당의 매출처별세금계산서합계표를 허위로 작성하여 관할 세무서에 제출하였다.

이로써 FFF은 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고, 매출처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 정부에 제출하였다.

4) BB전기 명의의 국민은행 계좌(계좌번호 : 0**-01-****-4**)의 거래내역에 의하면, 원고를 포함하여 위 서울중앙지방법원 2012고단****호 사건에서 FFF이 전기자재를 공급한 사실이 없음에도 공급한 것처럼 세금계산서를 작성하였다고 인정된 업체들 대부분이 위 계좌로 대금을 입금하였고, 대금이 입금된 후 많게는 수천만 원, 적게는 수십만 원이 출금되었다.

5) EEE은 2011. 9. 20. 조사공무원에게 아래와 같은 내용의 '거래사실 확인서'(을 제5호증)를 교부하였다.

○ 본인은 청계천에서 전기자재를 판매하는 DDDD상사의 대표입니다. 또한, 본인은 전기자재를 도소매하는 BB전기의 영업을 도와주면서 물품 판매실적에 따라 커미션을 수수하는 상황입니다.

○ 그러던 중 물품구매를 위해 DDDD상사를 방문한 AA상사의 직원을 알게 되어 전기자재 판매를 시작하게 되었습니다.

○ 처음에는 AA상사에 제시한 견적이 경쟁력이 있어 물품을 납품하였으며, 그 후에는 AA상사로부터 팩스 또는 유선으로 주문을 받으면 본인이 전기자재를 납품하면서 거래명세서를 첨부하여 AA상사에 배송하거나 청계천 주차장에서 AA상사 직원에게 직접 전달하는 경우도 있었습니다.

○ 세금계산서는 AA상사 경리직원과 거래금액을 확인한 후 월간 합계 금액으로 BB전기 명의로 세금계산서를 발행하여 물품을 배송하는 인편에 전달하였으며, 물품대금은 BB전기의 은행 계좌로 입금받았습니다.

EEE은 2012. 5. 24., 2012. 5. 30., 2012. 6. 5. KK세무서에서 조사를 받으면서 아래와 같이 진술하였다.

<2012. 5. 24.자 진술>

○ 일단 (BB전기에서 AA상사로) 물품이 간 것은 사실입니다. 다만 AA상사 입장에서는 본인을 BB전기 직원으로 알고 있었고 나도 BB전기 명의로 된 세금계산서를 발행하는 것이 맞는지 여부도 몰랐으며 그냥 거래된 전기자재에 대해 끊어주면 되는 줄 알고 한 것이다.

○ AA상사에 공급한 물품 중 2/3 정도는 BB전기 물건이고 1/3 정도는 DDDD상사 물건이었는데 합쳐서 AA상사에 납품하고 AA상사가 대금을 BB전기에 지급하면 매입금액을 제외한 금액을 되돌려 받았다.

○ 주로 내가 가지고 있지 않은 품목이 많아서 BB전기로부터 매입하였고, 때로는 보유하고 있는 물량이 적어서 매입하였다.

<2012. 5. 30.자 진술>

○ AA상사에 납품하는 물품의 상당 부분을 내가 가지고 있지 않거나 물량이 부족하였기 때문에 BB전기 물품으로 같이 납품을 하였다. 그런데 내가 BB전기로부터 매입하는 방식으로 물품을 가지고 와서 AA상사에 납품한 것이 아니라 그냥 BB전기가 그 물량을 직접 AA상사에 납품한 것으로 보는 것이 맞다.

○ BB전기도 실제로 AA상사에 전기자재 등을 납품하였다.

<2012. 6. 5.자 진술>

○ BB전기에서 나에게 거래명세서를 작성하면서 알려준 단가에서 3%~5%의 마진을 붙여 단가가 결정되었다. AA상사에서 가격이 비싸다고 하는 경우 마진 없이 단가가 결정되는 경우도 있다.

○ 내가 AA상사에 전기자재 등을 납품할 때 BB전기 물품을 같이 납품하였는데 BB전기가 나에게 알려준 금액에 3%~5%의 마진을 붙였다. 이 마진이 일종의 소개비 커미션이다.

한편, EEE은 원고가 보관하고 있는 BB전기 명의의 거래명세서(갑 제3호증)를 직접 작성하였다.

6) 원고의 직원인 LLL은 2011. 9.경 조사공무원에게 아래와 같은 내용의 '거래내용 확인서'(을 제6호증)을 교부하였다.

○ 전기자재 구매를 위해 청계천 상가를 방문하던 중 DDDD상사의 EEE을 만났다. 다수의 사업자로부터 견적을 받은 결과 DDDD상사의 가격이 경쟁력이 있어 거래를 하던 중 EEE이 BB전기의 영업을 도와주고 수수료를 받는다며 전기자재 물품을 납품하면서 동일한 회사라며 BB전기의 세금계산서를 발행하여 대금을 청구하였다.

○ 처음에는 소량의 거래로 팩스 또는 유선으로 주문하여 EEE이 BB전기 명의로 물품과 거래명세서를 지참하여 배달하였으며, 일부는 직원이 주변에 납품 후 회사로 돌아오는 중에 청계천의 공영주차장에서 물품과 거래명세서를 받아오는 경우도 있었다.

7) FFF은 EEE의 계좌로 2006년에 합계 109,016,000원(= 5,000,000원 + 6,162,000원 + 10,000,000원 + 30,000,000원 + 36,000,000원 + 21,854,000원), 2008년에 9,400,000원(= 4,400,000원 + 5,000,000원)을 각 입금하였다.

한편, ****국세청장은 BB전기 명의의 계좌에서 발행된 자기앞수표가 주식회사 MM케이블, 주식회사 **케이블, ****산업 주식회사, NN전기의 계좌에 입금된 사실이 있어 위 각 업체에 BB전기와 거래한 사실이 있는지 문의하였는데, 이들은 BB전기와 거래한 사실이 없고, DDDD상사와 거래한 사실이 있을 뿐이라고 회신하였다.

8) EEE은 2007년부터 2010년까지 **상사, **상사를 운영하는 OO로부터 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 매입세금계산서를 교부받았다(OO는'2007. 7.경부터 2011. 1.경까지 부가가치세 확정신고를 하면서 실제로 재화 또는 용역을 공급한 사실이 없음에도 공급한 것처럼 허위 매출처별세금계산서합계표를 작성하여 제출하였다'라는 등의 범죄사실로 형사처벌을 받았다(서울동부지방법원 2011고합***호, 서울고등법원 2012노***호). 또한, 주식회사 PP케이블은 2007년, 2008년에 EEE에게 전선자재 및 부자재를 공급하면서 세금계산서는 QQ상사로 발행하였고, '**케이블'을 운영하는 RRR은 2008년, 2009년에 EEE에게 전선자재 및 부자재를 공급하면서 세금계산서는 QQ상사 또는 **상사로 발행하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 6, 10호증, 을 제2 내지 12호증의 각 기재,이 법원의 **은행에 대한 금융거래정보 제출명령결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다는 주장에 관하여

살피건대, 앞서 본 사실관계 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고에게 전기자재를 실제로 공급한 자는 BB전기가 아니라 EEE이라고 봄이 상당하므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① BB전기의 대표이사인 FFF은 ****국세청에서 조사를 받으면서 '원고는 DDDD상사를 운영하는 EEE의 거래처이고, BB전기가 원고에게 전기자재를 공급한 사실이 없음에도 세금계산서를 발행한 사실이 있으며, 원고로부터 대금을 입금받으면 부가가치세를 제외한 금액을 출금하여 EEE에게 지급하였다'라는 취지로 진술하였고, 이러한 행위 등을 이유로 서울중앙지방법원 2012고단****호 사건에서 조세범처벌법위반죄로 처벌을 받기도 하였다(원고는, 이 사건 세금계산서가 가공세금계산서로 인정될 경우 FFF으로서는 기납부했던 부가가치세를 환급받게 되어 이익이 되고, 원고에게 공급한 전기자재를 매입할 때 무자료로 매입하였기 때문에 세무조사 당시 매입자료를 제시할 수 없는 상황이었으며, 과세관청으로부터 압박과 회유를 받고 있었기 때문에 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 허위 진술을 한 것이라고 주장한다. 그러나 FFF은 세무조사를 받으면서 원고와의 거래 뿐만 아니라 다른 여러 거래에 관하여도 가공거래라고 인정하였던 점, FFF으로서는 이 사건 세금계산서가 허위로 인정될 경우 조세범처벌법위반으로 형사처벌을 받게 가능성이 있었는바, 원고가 주장하는 사정만으로는 FFF이 형사처벌의 위험을 무릅쓰고 이 사건 세금계산서가 진실된 것임에도 가공세금계산서라고 허위 진술을 하였다는 것은 쉽게 납득하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 이유 없다).

② 원고가 BB전기 명의의 **은행 계좌로 전기자재 대금을 입금하면 그 이후 많게는 수천만 원, 적게는 수십만 원이 출금되었다. 또한, BB전기 명의의 계좌에서 발행된 자기앞수표가 입금된 업체들은 ****국세청에 BB전기와 거래한 사실이 없고, EEE과 거래한 사실이 있을 뿐이라고 회신하였으며, FFF은 EEE의 계좌로 2006년에 109,016,000원, 2008년에 9,400,000원을 각 입금하였다(FFF이 EEE에게 지급한 금원은 EEE이 FFF으로부터 지급받았다고 주장하는 수수료에 비해 고액이다).

③ EEE은 'DDDD상사'라는 상호로 전기자재 등을 납품하는 일을 하고 있다.

④ BB전기는 2006년부터 2010년까지의 매입 중 95%가 부탄가스와 관련되어 있고, 전기자재와 관련된 부분은 2%로서 그 가액이 약 2,026,000,000원에 불과하는 등 주로 부탄가스를 취급하는 업체이며, 다만 부탄가스를 구입하는 업체가 세금계산서 작성을 꺼리자 세금계산서를 작성하지 않고 무자료로 부탄가스를 공급해 주되, 부가가치세 신고시 필요한 매출자료를 만들기 위해 전기자재를 공급한 사실이 없음에도 공급한 것처럼 세금계산서를 작성하여 왔다. 따라서 BB전기가 2006년 1기부터 2011년 1기까지 원고에게 공급가액 합계 2,458,722,500원의 전기자재를 공급하였다는 것은 쉽게 납득하기 어렵다.

⑤ EEE은 2007년부터 2010년까지 QQ상사, **상사를 운영하는 OO로부터 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 매입세금계산서를 교부받았고, 주식회사 PP케이블이나 RRR로부터 전기자재 등을 공급받으면서 세금계산서상의 공급받는 자는 QQ상사, **상사로 기재된 세금계산서를 교부받는 등 가공거래, 위장거래를 해왔다.

2) 선의・무과실 주장에 관하여

가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 하는데(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 참조), 공급받는 자와 명의위장사업자와의 거래 양상에 비추어 공급받는 자가 거래상대방이 명의위장사업자가 아닌지에 관하여 의심을 가질 만한 충분한 사정이 있었다면 그사실을 알지 못한 데에 과실이 없었다고 보기 어렵다.

나) 살피건대, 위 1)항에서 본 사정 및 앞서 본 사실관계에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고의 주장과 EEE의 ****국세청에서의 진술에 의하면, 원고는 2000년부터 2002. 4.경까지 EEE과 거래하다가 EEE으로부터 BB전기를 소개받고 2002. 5.경부터 거래처를 바꾸어 BB전기와 거래하게 되었음에도 계속하여 EEE으로부터 전기자재와 BB전기 명의의 거래명세서, 이 사건 세금계산서를 교부받았다는 것인바, 1981년부터 전기자재 및 기계공구 도소매업을 영위해 왔을 뿐만 아니라 2년 넘게 EEE과 거래해 온 원고로서는 EEE이 BB전기와 어떤 관계에 있는지, EEE이 교부하는 전기자재가 BB전기의 것인지 아니면 EEE의 것인지 여부 등에 관하여 충분히 의심을 가질 수 있었을 것으로 보이는 점, ② 원고는 2002. 5.경부터 BB전기와 거래하였다고 주장하고 있으나, 그 기간 동안 BB전기의 직원을 만나거나 BB전기의 사무실로 연락하거나 찾아간 적이 없었던 것으로 보이는 점에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 세금계산서에 기재된 공급자가 실제 공급자와 다르다는 사실을 알지 못하였다거나 이와 같이 알지 못한 데에 과실이 없었다는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 부과제척기간 도과 주장

가) 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항, 제4항, 구 국세기본법 시행령(2006년 1기분 및 2기분 각 부가가치세의 경우 2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것, 2007년 1기분 부가가치세의 경우 2009. 2. 6. 대통령령 제21316호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호, 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항에 의하면, 부가가치세의 부과제척기간은 원칙적으로 5년이고, 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 이를 포탈하거나 환급・공제받은 경우에는 10년이 되는데, 이때 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하는 등의 행위를 함으로써 제척기간이 10년이 된다는 점은 납세자의 부과제척기간 완성의 항변에 대한 재항변에 해당하므로, 그 증명책임은 과세관청이 부담한다고 할 것이다. 한편, 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호에서 말하는 '사기 기타 부정한 행위'는 조세범처벌법 제9조의 '사기 기타 부정한 행위'와 동일한 의미로서 조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 말한다(대법원 2000. 2. 8. 선고 99도5191판결 참조). 따라서 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 한 것으로 인정되려면 조세포탈의 의도를 가지고 위계 기타 부정한 적극적 행위를 함으로써 과세관청의 과세요건 사실의 발견을 불가능하게 하거나 과세관청으로 하여금 착오 등을 유발하게 하는 것이어야 하고, 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 사실과 다른 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 아니한다.

나) 살피건대, 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 위장거래에 따라 교부된 이 사건 세금계산서가 과세관청에 제출되었다는 사정만으로 원고가 조세포탈의 의도를 가지고 위계 기타 부정한 적극적 행위를 함으로써 과세관청의 과세요건사실의 발견을 불가능하게 하거나 과세관청으로 하여금 착오 등을 유발하게 하였다고 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 2006년 1기분 및 2기분, 2007년 1기분 각 부가가치세의 부과제척기간은 5년이다.

① 위장거래에 있어서는 가공거래와는 달리 실질적인 재화의 공급이 있어 가공경비를 계상하는 등의 방법으로 포탈・공제될 수 있는 부가가치세가 존재하지 않는다.

② 이 사건 세금계산서가 과세관청에 제출됨으로써 과세관청에 의한 부과・징수가 불가능하게 되거나 현저하게 곤란하게 된 조세가 있다고 볼 수 없다.

③ 대법원은 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것)제26조의2 제1항 제1호의 규정형식, 입법 취지 및 엄격해석의 원칙상 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 한 경우에도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급・공제받지 아니하는 경우에는 원칙으로 돌아가 그 부과제척기간은 5년이 되고, 이는 당해 납세자가 다른 납세자의 조세포탈 등에 가담하였더라도 자신의 포탈세액 등이 없는 이상 달리 볼 것은 아니라고 판단하였다(대법원2009. 12. 24. 선고 2007두16974 판결 참조).

다) 따라서 2006년 1기분 및 2기분, 2007년 1기분 각 부가가치세에 대하여는 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호에서 정한 5년의 부과제척기간이 적용되는데, 2006년 1기분 및 2기분, 2007년 1기분 각 부가가치세 부과처분은 원고에 대하여 부가가치세를 부과할 수 있는 날인 2006. 7. 26.(2006년 1기분 부가가치세 신고기한인 2006. 7. 25.의 다음날), 2007. 1. 26.(2006년 2기분 부가가치세 신고기한인 2007. 1. 25.의 다음날), 2007. 7. 26.(2007년 1기분 부가가치세 신고기한인 2007. 7. 25.의 다음날)로부터 각 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2012. 9. 4. 이루어진 것이어서 무효이므로, 2006년 1기분 및 2기분, 2007년 1기분 각 부가가치세 부과처분의 무효를 선언하는 의미로 그 취소를 구하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

4) 부당과소신고가산세 관련 주장에 관하여

가) 구 국세기본법(2007년 2기분 부가가치세의 경우 2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 2008년 1기분 및 2기분 각 부가가치세의 경우 2008. 12. 26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것, 2009년 1기분 및 2기분 각 부가가치세의 경우 2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 2010년 1기분 및 2기분, 2011년 1기분 각 부가가치세의 경우 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 제2항, 제47조의3 제2항 제1호, 구 국세기본법 시행령(2007년 2기분 내지 2009년 2기분 각 부가가치세의 경우 2010. 2. 18. 대통령령 제22038호로 개정되기 전의 것, 2010년 1기분 내지 2011년 1기분 각 부가가치세의 경우 2012. 2. 2. 대통령령 제23592호로 개정되기 전의 것) 제27조 제2항에 의하면, 부당한 방법으로 부가가치세의과세표준을 과소신고한 경우에는 과소신고분 납부세액의 40/100에 상당하는 금액을 부당과소신고가산세로 부과하는데, 여기에서 '부당한 방법'이란 납세자가 부가가치세의과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반하는 것으로서, 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기록(허위기장), 거짓 증명 또는 거짓 문서(허위증빙 또는 허위문서)의 작성 및 수취, 장부와 기록의 파기, 재산의 은닉이나 소득・수익・행위・거래의 조작 또는 은폐, 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급・공제받기 위한 사기, 그 밖의 부정한 행위를 의미한다.

나) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이고, 원고는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 것을 알았거나 과실로 알지 못하였다고 할 것이므로, 원고가 이 사건 세금계산서상 매입세액공제를 신청하는 것은 부정한 방법 중 하나인 거짓 증명 또는 거짓 문서(허위증빙 또는 허위문서)의 수취로 납부세액을 과소신고한 경우에 해당한다. 따라서 피고가 원고에 대하여 부당과소신고가산세율을 적용한 것은 적법하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5) 소결론

따라서 이 사건 각 처분 중 2006년 1기분 및 2기분, 2007년 1기분 각 부가가치세 부과처분은 위법하므로 취소되어야 하고, 2007년 2기분 내지 2011년 1기분 각 부가가치세 부과처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.