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수원지방법원 2017. 06. 07. 선고 2016구단7969 판결
임차인 보증금을 공제한 금액을 대금으로 지급하기로 약정하였다면 잔금청산일은 보증금을 제외한 나머지가 전부 지급된 날임.[국승]
제목

임차인 보증금을 공제한 금액을 대금으로 지급하기로 약정하였다면 잔금청산일은 보증금을 제외한 나머지가 전부 지급된 날임.

요지

임차인의 보증금은 공제하고 대금을 지급하기로 약정하였다면 보증금을 제외한 나머지가 납부된 시점인 잔금청산일임.

관련법령

소득세법 제98조(양도시기)

사건

2016-구단-7969 양도소득세 부과처분 취소

원고

AAA

피고

OO세무서장

변론종결

2017.04.26.

판결선고

2017.06.07.

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 1. 6. 원고에게 한 2008년 귀속 양도소득세 2,528,601,720원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 10. 10. 주식회사 (이하 'SSS'이라고만 한다)에게 아래 표 기재와 같이 용인시 기흥구 신갈동 소재 3필지의 토지 및 건물(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)을 8,650,000,000원에 양도하기로 하는 매매예약(그 표제에도 불구하고 실질적으로는 매매계약으로 보이므로 이하 '이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하고 대금을 수취한 후 2013. 1. 17. 양도소득세 기한 후 신고를 하면서 같은 동 ○○○-○ 전 875.34㎡(이하 '①토지'라 한다) 및 같은 동 ○○○-○ 전 208㎡(이하 '②토지'라 한다)에 대하여 8년 이상 자경한 농지라는 이유로 양도소득세 감면신청을 하였다.

나. 대전지방국세청장은 원고에 대한 부동산투기조사를 실시한 후 ①, ②토지를 비사업용 토지로 보아 원고에 대하여 위 각 토지에 대한 양도소득세 감면신청과 장기보유특별공제를 받아들이지 아니하고 60%의 중과세율을 적용하여 과세할 것을 피고에게 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 2015. 2. 5. 원고에게 2008년 귀속 양도소득세 2,528,601,720원(가산세 포함)을 결정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2015. 8. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2016. 4. 11. 원고가 양도한 토지 중 사권 제한으로 재산세를 감면받은 부분이 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 재조사할 것을 명하고 나머지 심

판청구는 기각하는 내용의 결정을 하였다.

마. 대전지방국세청장은 위 재결에 따른 재조사를 한 후 2016. 5. 17. 원고에게 당초의 처분이 정당하다는 취지의 재조사결정통지를 하였다.

[인정근거] 다툼 없음, 갑 2 내지 6, 을 1, 2(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체

의 취지

가. 원고의 주장

1) 원고는 사전에 과세예고통지나 세무조사결과를 통보받은 사실이 없어 이 사건 처분에는 중대한 절차적 하자가 존재한다.

2) 이 사건 매매계약에 따른 마지막 잔금 55,000,000원이 SSS에 의하여 2009. 9. 4. 법원에 공탁되었는데, 위 공탁일이 대금청산일에 해당하여 이 사건 부동산과 관련한양도소득의 귀속연도는 2009년도로 보아야 한다. 설령 매매대금이 2008년에 청산되었다고 보더라도 이 사건 부동산에 관한 토지거래허가구역 지정이 해제된 2009. 1. 30.까지 이 사건 매매계약은 유동적 무효인 상태에 있었으므로 위 부동산의 양도로 인한 원고의 양도소득 발생일은 2009. 1. 30.로 보아야 한다.

3) 이 사건 부동산은 이전에는 그 주소가 '용인시 기흥면 신갈동'이었다가 2005. 10. 31. 행정구역명칭 변경으로 인하여 '용인시 기흥구 신갈동'으로 변경됨으로써 면지역에 해당되지 않게 되었는바, 피고가 인정하는 양도일(2008. 10. 17.)을 기준으로 보면 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호에 따라 위 부동산이 '시에 있는 농지 중 주거지역'에 해당하게 된 2005. 10. 31.로부터 3년이 지나지 아니하여 자경감면의 제외대상에 해당되지 않고, ①, ②토지는 원고가 실제로 8년 이상 자경한 토지이므로 조세특례제한법 제69조 제1항의 자경감면대상에 해당한다.

4) 이 사건 부동산은 위에서 본 바와 같이 '시에 있는 농지 중 주거지역'에 해당된 때로부터 3년이 지나지 아니하여 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나.목 단서에 의하여 비사업용 토지에서 제외되고, 그렇지 않더라도 적어도 ①토지에 대하여는 그 중 일부가 2005년부터 사권이 제한되어 재산세 감면을 받은 사실이 확인되므로 구 소득세법 제104조의3 제2항 제1호에 의하여 '법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'에 해당하여 비사업용 토지로 보아서는 아니 된다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 첫째 주장에 대하여(절차적 하자 여부)

구 국세기본법(2008. 12. 26. 법률 제9263호로 변경되기 전의 것) 제81조의12는 과세처분 이전 단계에서 납세자 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 사전적 구제제도로서 과세전 적부심사제도를 규정하고 있고, 같은 조 제1항 각호에 의하면 세무조사결과통지나 과세예고통지 중 어느 하나를 수령한 자는 통지를 받은 날로부터 30일 이내에 과세전 적부심사를 청구할 수 있다고 규정하고 있다. 한편 국세기본법 제11조 제1항 제2호에 의하면 서류를 송달받아야 할 자의 주소 또는 영업소가 분명하지 아니한 경우에는 공시송달에 의하여 서류를 송달할 수 있다.

위와 같은 관계 규정에 따라 이 사건에 관하여 본다. 갑 7, 을 9, 10, 15(가지번호 포함)의 각 기재 및 영상과 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 피고의 자경감면과 관련한 소명요청이 시작된 2013년 이후 종전에 약 40년간 거주하고 있었던 용인시 기흥구에서 제주 서귀포시(2013. 3.), 서울 구로구(2013. 7.), 제주 서귀포시(2014. 1.), 용인시 기흥구(2014. 3.), 광주시 오포읍(2014. 4.), 충남 태안군(2014. 8.), 남원시 인월면(2014. 9.), 제주 서귀포시(2014. 11.), 용인시 기흥구(2014. 12.) 등으로 비교적 단기간동안 수차례에 걸쳐 전국적으로 주민등록상 주소를 변경한 사실, 피고의 담당 직원이 원고가 주소지로 신고한 곳 중 일부(남원시 인월면 상우길 ○○○-○, 용인시 기흥구 신갈동 ○○아파트 ○○○동 ○○○호 등)를 직접 방문하여 원고의 거주 여부를 파악한 결과 원고가 전입신고만 하고 실제로는 거주하고 있지 않다는 것을 확인한 사실, 피고 담당 직원은 원고와 수차례 통화를 시도하였으나 원고가 일방적으로 전화를 끊거나 아예 응하지 아니하고 문자메시지를 남겨도 아무런 답변이 없었던 사실, 이에 따라 피고가 원고가 고의로 세무조사를 기피하거나 관련 통지서를 수령하지 않을 목적으로 실제로 거주하지도 않으면서 주민등록상 주소지를 계속적으로 변경하고 있다고 보아 2014. 12. 3.경 공시송달에 의한 방법으로 세무조사결과통지를 한 사실, 원고는 위와 같은 공시송달에 의하여 세무조사결과통지의 송달 효력이 발생한 2014. 12. 18.로부터 30일 이내에 과세전 적부심사를 청구하지 아니한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 과세예고통지나 세무조사결과가 누락되어 이 사건 처분에 중대한 절차적 하자가 있다는 취지의 위 원고 주장은 받아들일 수 없다.

2) 둘째 주장에 대하여(양도시기)

구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조

및 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조에 의하면 자산의 양도시기에 대하여 대금이 청산한 날이 분명하지 아니한경우 등을 제외하고는 해당 자산의 대금이 청산한 날로 한다고 규정하고 있다. 그리고부동산의 매수인이 매매목적물에 관한 채무를 인수하는 한편 그 채무액을 매매대금에서 공제하기로 약정한 경우, 그 인수는 특별한 사정이 없는 한 매도인을 면책시키는 채무인수가 아니라 이행인수로 보아야 하고, 매수인은 매매계약 시 인수한 채무를 현실적으로 변제할 의무를 부담하는 것은 아니며, 특별한 사정이 없는 한 매수인이 매매대금에서 그 채무액을 공제한 나머지를 지급함으로써 잔금지급의 의무를 다하였다 할 것이다(대법원 2007. 9. 21. 선고 2006다69479 판결 등 참조).

한편 국토이용관리법상 토지거래허가지역 내의 토지에 관하여 장차 토지거래허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 청산한 다음 토지거래허가를 받아 소유권이전등기를 한 경우에, 비록 그 매매계약은 토지거래허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 효력이 발생하지 아니하지만 나중에 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 양도소득 산정의 기준이 되는 토지의 양도시기는 그 대금청산일이다(대법원 1998. 2. 27. 선고 97누12754 판결 등 참조).

위와 같은 관련 법령 및 법리들에 비추어 이 사건에 관하여 본다. 앞서 든 증거들에 더하여 갑 10, 12, 을 3 내지 5의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합해 보면, 이 사건 부동산의 잔금은 2008. 10. 17.원고가 임대차보증금 55,000,000원을 제외한 6,000,000,000원을 수령함으로써 청산된것으로 봄이 타당하고, 위 일시를 양도시기로 보는 것이 맞다.

○ 이 사건 매매계약서(갑 1)에 따르면 총 매매대금은 8,650,000,000원인데, 그 중 계약금 865,000,000원은 2006. 10. 31.에, 중도금 1,730,000,000원은 2006. 12. 31.에,잔금 6,055,000,000원은 2007. 3. 31.에 지급하기로 약정하였는데, 원고는 계약금과 중도금은 위 약정일자 무렵에 지급받았으나, 잔금에 대해서는 쌍방 합의하에 2008. 10.17. 이 사건 부동산 중 건물 임차인에 대한 임대차보증금 상당액인 55,000,000원을 공제한 6,000,000,000원을 지급받은 사실은 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 경우 특별한 사정이 없는 한 매수인은 잔금지급의무를 다한 것으로 볼 수 있다(위 2006다67479판결 등 참조).

○ 이 사건 부동산의 매수인 SSS은 용인시 기흥구 신갈동 일대에서 866세대의 아파트 건설사업계획을 가지고 있던 시행사인데, 원고가 SSS으로부터 잔금 60억 원을 지급받을 당시 신탁을 위한 제반 서류를 SSS이 지정한 신탁회사인 주식회사 DD신탁(이하 '신탁회사'라고만 한다)에게 교부하고 당일 신탁등기가 완료된 점, SSS과 신탁회사와의 2008. 10. 17.자 신탁계약상 SSS이 신탁계약의 해지를 요구하면 신탁회사는 이에 응하여야 하고, 신탁계약이 해지될 경우 신탁회사는 신탁부동산의 소유권을 SSS에게 귀속시키기로 하며, 원고는 이에 대하여 일체의 이의를 제기하지 않기로 약정한 점 등에 비추어 보면, 원고는 잔금 60억 원 수령과 함께 신탁등기가 완료된 2008. 10. 17.경 이 사건 부동산의 지배권을 사실상 양수인에게 넘긴 것으로 볼 수 있다.

○ 양도소득 산정의 기준이 되는 토지의 양도시기는 잔금 청산 후 토지거래허가구역 지정이 해제된 경우에도 그 대금청산일로 보아야 하므로(위 2003두2106 판결 참조)이 사건 부동산의 경우에도 2009. 1. 30. 토지거래허가구역 지정이 해제되었다고 하더라도 그 계약은 소급하여 유효하게 되어 위와 같이 잔금이 청산된 시점인 2008. 10. 17.을 양도일로 보아야 한다.

3) 셋째 주장에 대하여(자경감면 여부)

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항은 농지 소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 것, 이하 같다) 제66조 제4항 제1호 본문에서는, 양도일 현재 특별시・광역시 또는 시(도농복합형태의 시의 읍・면지역을 제외한다)에 있는 농지 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역 등의 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 양도소득세 감면 대상인 토지에서 제외하도록 하고 있다. 한편 '직접 경작'이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말하는데, 여기에서 말하는 '1/2 이상의 자기 노동력'의 의미는문리대로 해석하여야 할 것이고(대법원 2012. 12. 27. 선고 2012두19700 판결 등 참조), 이 경우 직접 영농에 종사하는 이상 다른 직업을 겸업하더라도 자경에 해당할 것이지만 다른 직업에 전념하면서 간접적으로 경영하는 것에 불과한 경우에는 이에 해당한다고 볼 수 없으며(대법원 2002. 10. 11. 선고 2002두844 판결 등 참조), 양도소득세 감면대상인 '자경'하였다는 점에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다.

위와 같은 관계 법령 및 법리에 따라 이 사건을 본다. 앞서 든 증거들에 더하여 을 6의 기재와 이 법원의 용인시장에 대한 사실조회회신결과 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 앞서 본 관계 법령의 해석 상 이 사건 부동산이 자경감면 요건에 해당하지 않는다고 본 피고의 판단은 정당하고, 이에 반하는 원고의 주장은 조세감면 요건에 관한 문언의 엄격해석 원칙에 반하는 독자적인

견해로서 받아들이지 아니한다.

○ ①, ② 토지는 이미 1997. 10. 30.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역으로 편입됨으로써 양도일인 2008. 10. 17. 당시 편입된 날로부터 3년 이상 경과함으로써 설령 원고의 자경사실이 인정된다고 하더라도 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 본문에서 정한 양도소득세 감면대상인 토지에서 제외된다.

○ 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항의 입법취지는, 도시 지역 내 농지가 주거지역 등으로 지정되면 단기간 내 토지 사용에 대한 규제 해제를 충분히 기대할 수있어 일대 지가가 단기간에 대폭 상승하는 것이 일반적이므로 이러한 개발이익을 자경감면의 특혜에서 배제함으로써 조세형평을 유지하고 도시지역 내 농지에 대한 투기수요를 억제하기 위한 것이다. 이러한 관점에서 이 사건 부동산의 양도일 당시 ①, ② 토지가 도농복합형태의 시의 읍・면 지역에 소재하지 않음이 명백한 이상 원고의 해석과 같이 종전에 도농복합형태의 시의 면 지역에서 단순한 시 지역의 농지로 바뀐 시점을 기준으로 (이미 주거지역 편입은 오래 전에 있었음에도) 3년 편입 여부를 계산해야 한다는 주장은 납세의무자에게 지나치게 유리한 해석으로서 위와 같은 시행령 규정의 입법취지에 반하여 받아들이기 어렵다.

○ 원고의 자경 여부에 관하여 보더라도, 양도 당시인 2007년에 촬영된 항공사진 상 ①, ②토지는 농지가 아닌 주차장으로 확인되는 점, 원고가 제출한 비료 매입 자료의 경우 2007년과 2008년도에만 해당되는 자료인 점, 그 이외에 원고가 농작물을 경작하는 데 필요한 종자나 영농자재 구입내역, 수확한 작물의 판매 또는 사용처 등에 관한 자료를 제출하고 있지 아니한 점, 원고 스스로 고소득의 부동산임대업을 영위하고 있다는 점과 원고의 모친이 이 사건 부동산 인근에 거주하면서 원고와 함께 위 부동산을 직접 경작하였다는 점을 인정하고 있는 점 등을 종합해 보면, 인근 주민들의 인우보증서 등 갑 8, 11, 13의 각 기재만으로는 원고의 자경사실에 관한 충분한 입증이 있다고 보기도 어렵다.

4) 넷째 주장에 대하여(비사업용 토지 해당 여부)

앞서 든 증거들에 더하여 을 7, 8의 각 기재와 이 법원의 기흥구청장에 대한 사실조회회신결과 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해보면, 이 사건 부동산 중 ①, ②토지를 구 소득세법 제104조의3 제1항의 비사업용 토지로 본 피고의 조치에 어떠한 잘못이 있다고 보기 어렵다.

○ 원고는 ①, ②토지가 도농복합형태의 시의 읍・면지역에 해당하여 비사업용 토지에 속하는 '시 지역 중 도시지역에 있는 농지'의 예외이거나 '시 지역 중 도시지역에 있는 농지'에 해당된 때로부터 3년이 지나지 아니하여 비사업용 토지에서 제외된다는 주장을 하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 ①, ②토지는 양도일 기준으로 도농복합형태의 시의 읍・면 지역에 소재하지 않음이 명백하고「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지에 해당하므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

○ 또한 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나.목에 의하면, 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지로 대통령령이 정하는 기간 동안「지방세법」상 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 아닌 '종합합산과세대상'이 되는 토지는 비사업용 토지에 해당되는데, ①토지의 경우 2006년도부터 2008년도까지 개인소유 농지임에도 불구하고 종합합산으로 과세되었고, ②토지의 경우 2003년도부터 양도 시까지 공지(나대지)로서 종합합산으로 과세되어 ①, ②토지 모두 양도일 직전 5년 중 2년 및 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하고 원고의 토지 소유기간 중 100분의 20을 초과하여 종합합산과세대상이 되는 토지에 해당하므로(①토지의 경우 토지의 재산세 부과기준일인 2006. 6. 1.부터 종합합산과세대상으로 변경된 것으로 봄) 비사업용 토지에 해당한다.

○ 한편 ①토지의 경우 그 일부에 대하여 사권 제한을 이유로 재산세가 감면되었는데 이러한 사정이 비사업용 토지의 예외를 규정하고 있는 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항에 해당되는지를 보면, 위 재산세 일부 감면의 이유는 ①토지 일부가 '공공시설용 토지로서 지형도면이 고시된 토지'에 해당하여 용인시 시세감면조례 제18조에 따라 이루어진 것인바, 지형도면이 고시되면 이후 지역・지구 계획으로 인하여 건축제한 등 토지 이용에 제한이 있을 수 있으나 ①토지는 원래 지목이 '전'에 해당되어 지형도면이 고시되었다고 하더라도 농지의 본래 용도인 경작 자체가 불가능하거나 제한이 있다고 볼 수 없으므로 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항의 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지라고 볼 수 없다.

○ 원고는, 피고가 ①토지의 공유자 소외 JJJ에 대하여는 자경감면과 장기보유특별공제를 인정해 주고 중과세율을 적용하지 아니하였음을 들어 원고에 대하여만 비사업용 토지로 보는 것은 부당하다는 취지의 주장도 하나, 을 12의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면 JJJ는 양도소득세 신고 시 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 세율은 일반세율을 적용하여 납부세액을 계산한 사실이 인정되는바, 이에 따르면 피고가 자경감면과 장기보유특별공제를 인정한 바는 없고 다만 중과세율을 적용하지는 아니한 사실을 알 수 있는데, JJJ는 비거주자에 해당하여 구 소득세법 제156조에 따라 양도차익의 일부가 양수인에 의하여 원천징수된 점, 그 신고내용에 따르면 양도가액 및 납부세액이 원고에 비해 현저히 낮은 점 등에 비추어 설령 공유자 JJJ의 위와 같은 양도소득세 신고에 대하여 피고가 별다른 이의를 제기하지 않았다 하더라도 그러한 사정만으로는 관계 법령에 따라 원고에 대하여 정당하게 행해진 이 사건 처분의 효력에 영향을 미친다고 볼 수 없다.

라. 소결론

따라서 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없고, 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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