양도소득세부과처분취소

쟁점토지는 공부상 지목이 '답'일 뿐만 아니라 양도 당시에 농지로 경작되고 있었다는 것이어서, 지구단위계획구역 결정에 따라 건축등이 제한되었다고 하더라도, 쟁점토지의 본래 용도 즉, 농지로서 사용ㆍ경작하는 것이 금지 또는 제한된 것이 아니므로, '법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'에 해당한다고 볼 수 없다.

판결내용은 붙임과 같습니다

2017구단9153 양도소득세부과처분취소

이AA

BBBB세무서장

2018. 05. 04.

2018. 05. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 12. 23. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 경정거부처분 중

255,461,944원에 해당하는 부분을 취소한다.

1. 기초사실

⑴ 원고는 1976. 1. 13. ○○시 ○○동 121-1 답 700㎡(이하 '쟁점외토지'라 한다),

같은 동 121-2 답 561㎡, 같은 동 121-3 답 528㎡, 같은 동 121-4 답 561㎡(이하 위 3필지를 합하여 '쟁점토지'라 한다)를 아래 표와 같이 양도하고, 쟁점외토지는 장기보유특별공제 등을 적용하고, 쟁점토지는 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 2014년 귀속 양도소득세 959,768,169원을 신고ㆍ납부하였다.

⑵ 원고는 2016. 10. 21. 쟁점토지가 '법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'에

해당하여 비사업용 토지의 범위에서 제외되는 것으로 보아 장기보유특별공제를, 쟁점

토지와 쟁점외토지가 '8년 자경농지'에 해당한다고 보아 양도소득세 감면을 각 적용하

여 2014년 귀속 양도소득세 중 413,374,601원을 환급해달라는 내용으로 경정청구를 하였다.

⑶ 피고는 2016. 12. 23. 원고에 대하여 쟁점토지와 쟁점외토지가 장기보유특별공제

및 자경감면 대상에 해당하지 않는다는 이유로 위 경정청구를 거부하는 '이 사건 처분

을 하였다.

⑷ 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2017. 3. 31. 조세심판원에 심

판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2017. 8. 8. 위 심판청구를 기각하였다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 3, 4, 갑 제4호증의 1,

2, 3, 을 제1, 2호증, 변론 전체의 취지

2. 주장에 관한 판단

⑴ 별지 관계법령에서 보는 바와 같이, 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로

개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항에 의하면 토지에 대한 양도소득금액을 계

산할 때 당해 토지가 같은 법 제104조의3에 따른 비사업용 토지에 해당하면 그 보유

기간이 3년 이상이라 하더라도 장기보유특별공제를 받을 수 없다.

구 소득세법 제104조의3에서는, ① 해당 토지를 소유한 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 일정한 요건을 갖춘 토지를 비사업용 토지로 규정하면서(제1항 본문), 해당 토지를 농지, 임야, 목장용지 및 그 외의 토지 등으로 세분하여 일정한 요건을 각 각 규정하고 있는데(제1항 각 호), 그 중 도시지역에 편입된 농지를 비사업용 토지의 하나로 규정하면서 다만 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지에 대해서는 예외를 규정하는 한편(제1항 제1호 나목), ② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비상업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고(제2항), ③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다.

위와 같은 구 소득세법의 위임근거에 따라 별지 관계법령에서 보는 바와 같이 구 소득세법 시행령(2014. 12. 30. 대통령령 제25945호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6, 제168조의14 등에서는 비사업용 토지의 판정기준 등에 관하여 자세한 규정을 두고 있다.

⑵ 원고는, 자신이 쟁점토지를 취득한 후 농지소재지에 거주하면서 계속 자경하다가

이를 양도하였는바, 쟁점토지가 지구단위계획구역 결정에 따라 도시지역(상업지역)에

편입되었는데 지구단위계획수립지침에 따른 특별계획구역으로 지정되어 쟁점토지만으

로는 건축 등 개발행위가 불가하게 되었으니 구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득

세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정한 '법령에 따른 사용이 금지 또는 제한

된 토지'로서 비사업용 토지에서 제외되어 장기보유특별공제 대상이 되므로, 이 사건

처분 중 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 부분 즉, 2014년 귀속 양도소

득세 경정거부처분 중 255,461,944원에 해당하는 부분은 취소되어야 한다고 주장한다.

⑶ 아래와 같은 점에서 피고가 이 사건 처분을 하면서 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 것은 적법하고, 그 위법성을 지적하는 원고의 주장은 이유 없다.

○ 구 소득세법 제104조의3 제1항, 구 소득세법 시행령 제168조의6에 의하면, 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 '양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간'의 모두에 해당하는 기간 동안, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문의 요건을 구비한 경우에는, 비사업용 토지에 해당하게 된다.

쟁점토지는 2002. 5. 15. 지구단위계획구역 결정에 따라 도시지역(상업지역)에 편입된 후 지금까지 이르고 있음은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제2호증, 을 제3, 4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있고, 쟁점토지는 공부상 지목이 '답'일 뿐만 아니라 양도 당시에도 농지로 사용ㆍ경작되고 있었음은 원고도 자인하고 있다. 결국 쟁점토지는 농지로서 2002. 5. 15. 도시지역에 편입되었는데, 원고가 그 편입일로부터 대통령령으로 정하는 유예기간인 2년이 경과한 뒤인 2014. 12. 5. 쟁점토지를 양도함으로써 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서, 구 소득세법 시행령 제168조의8 제6항의 요건을 구비하지 못하였으니, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문의 적용대상이다.

나아가 원고는 쟁점토지를 1976. 1. 13. 취득하였는데 2002. 5. 15. 지구단위계획구역 결정에 따라 도시지역(상업지역)에 편입되었음에도 2014. 12. 5. 비로소 양도하였는바, 그 소유기간이 5년 이상인 경우로서 '양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간' 모두에 해당하는 기간 동안, 주거지역에 편입되어 있었음이 분명하므로, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목에서 정한 비사업용 토지에 해당하여 장기보유특별공제 배제대상에 해당한다.

○ 구 소득세법 제104조의3 제1항은 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 당해 토지의 사용용도 즉, 농지ㆍ임야ㆍ목장용지ㆍ건축물의 부속토지 등으로 세분하여 그 요건을 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 '제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우'에 관하여 일정한 예외를 규정하고 있다. 즉 구 소득세법 제104조의3 제2항은 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지임을 전제로 그 각 호 소정의 토지에 대하여도 '법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 부득이한 사유가 있어 제1항 각 호에 해당하는 경우'를 예외규정의 적용대상으로 삼고 있는 것이다. 위와 같은 위임근거에 따라 구 소득세법 제168조의14 제1항은 '토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지의 경우에는 그 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다'고 규정하고 있다.

위와 같은 규정의 문언 내용과 취지 등에 비추어 보면, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정한 '법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미하고, 여기에는 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 사용이 금지 또는 제한된 토지뿐만 아니라 행정청이 행정작용의 일환으로 건축허가 등을 일률적으로 통제함에 따라 현실적으로 사용이 금지 또는 제한된 토지도 포함된다고 봄이 타당하며, 이에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2011두14425 판결 참조). 따라서 공부상 등 재현황이 '대'인 토지에 대하여 법령의 규정에 의하여 건축허가 등의 통제가 이루어지는 경우에는 원칙적으로 그 본래 용도에 따른 사용이 제한된다고 볼 수 있어 통상적인제한의 범위를 넘는 특별한 사용제한에 해당된다고 할 것이고, 공부상 등재현황이 '전' 또는 '답'이지만 실제 이용현황은 '대' 또는 '잡종지'인 토지에 대하여 법령의 규정에 의하여 건축허가 등의 통제가 이루어지는 경우에도 그 토지의 이용현황이 불법적인 형질변경 등을 통하여 변경되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 특별한 사용제한에 해당 될 수 있을 것이다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두7886 판결 참조).

이 사건에 관하여 보면, 쟁점토지는 공부상 지목이 '답'일 뿐만 아니라 양도 당시에 농지로 경작되고 있었다는 것이어서, 지구단위계획구역 결정에 따라 건축등이 제한되었다고 하더라도, 쟁점토지의 본래 용도 즉, 농지로서 사용ㆍ경작하는 것이 금지 또는 제한된 것이 아니므로, 구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 규정한 '법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'에 해당한다고 볼 수 없다. 만약 원고의 주장처럼 쟁점토지의 양도에 대하여도 구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 규정한 '법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지'에 해당한다고 해석하면, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 비사업용 토지에서 제외되는 토지의 하나로 '대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 도시지역 편입일로부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지'를 규정함으로써 '자경농지라 하더라도 도시지역 편입일로부터 대통령령으로 정하는 기간이 경과한 농지'는 비사업용 토지에 해당하도록 규정한 것을 무의미하게 만들고 만다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.