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직전소송사건번호
대법원2006두1609 (2008.05.29)
전심사건번호
조심2003구1274 (2003.09.22)
제목
취소소송 계속중 종전부과처분을 취소하고 동일한 부과처분을 다시한 경우 전심절차
요지
조세부과처분 취소소송의 계속 중 과세관청인 피고가 종전처분에 내재하는 법적인 하자를 이유로 이를 취소하고 그 하자를 보완하여 실질적으로는 종전처분과 동일한 내용의 처분을 다시 한 경우 처분변경에 해당한다고 할 것이므로, 별도의 전심절차를 거칠 필요는 없음
결정내용
결정 내용은 붙임과 같습니다.
주문
1. 피고의 원고에 대한 2004. 8. 10.자 양도소득세 908,558,086원의 부과처분의 취소를 구하는 부분에 대한 원고의 소를 각하한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송총비용은 이를 2분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
청구취지및항소취지
(피고가 환송 후 당심에 이르러 처분을 변경함에 따라 원고가 청구취지를 교환적으로 변경하였으므로, 원고의 항소취지는 별도로 표시하지 않는다)
1. 피고가 2004. 8. 10. 원고에 대하여 한 양도소득세 908,558,086원의 부과처분을 취소한다.
2. 피고가 2008. 5. 29. 원고에 대하여 한 양도소득세 908,558,080원 및 가산세 776,410,815원의 부과ㆍ징수처분을 각 취소한다.
이유
1. 처분의 경위
다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 제8호증의 1, 2, 제12 내 지 17호증, 을 제1 내지 8호증, 제11호증의 2, 제12호증, 제19 내지 21호증, 제22호증의 1 내지 11, 제26, 27호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이를 인정할 수 있다(처분의 각 변경 내역에 대하여는, 별지 1 '양도소득세 내역표' 참조).
가. 부동산의양도및2002. 4. 16.자부동산양도신고
원고는 2002. 4. 15. 이☆☆에게 대구 ○○구 ★★동 227 등 25필지 토지와 건물 (이하, '이 사건 부동산'이라 한다)을 양도하고, 2002. 4. 16. 피고에게 양도계약서를 첨부하여 부동산양도신고를 하였다.
나. 양도소득과세표준 예정신고에 기초한 2002. 8. 5.자 징수처분(당초 징수처분) 피고는, 양도소득과세표준 예정신고(이하 '예정신고'라고 한다)로 의제되는 위 2002. 4. 16.자 부동산양도신고에 따라, 2002. 4. 26. 기준시가에 의하여 이 사건 부동산의 양도차익을 산정한 다음 양도소득세 834,488,690원을 2002. 6. 30.까지 납부하라는 안내서를 교부하였고, 원고가 위 납부기한까지 위 세액을 납부하지 아니하자, 2002. 8. 5. 원고에게 예정신고납부세액공제를 배제한 2002년 귀속분 양도소득세 981,751,400원을 납부하도록 고지하였다(이하 '당초 징수처분'이라 한다).
다. 행정심판의제기
(1) 이에 대하여 원고는 2002. 11. 8. 대구지방국세청장에게 기준시가가 아닌 실지거래가액으로 양도소득세를 경정하여 줄 것을 구하면서 이의신청을 하였으나, 대구지방국세청장은 2003. 1. 17. 과세표준 확정신고기간 내에 실지거래가액으로 확정신고를 할 수 있다는 등의 이유로 원고의 이의신청을 기각하였다.
(2) 그러자 원고는 2003. 4. 18. 국세심판원에 행정심판을 제기하였는데, 국세심판원은 2003. 9. 22. 원고가 예정신고로 의제되는 부동산양도신고를 한 후 아래에서 보는 바와 같이 2003. 5. 31. 양도소득세 확정신고를 하였으므로 종전의 예정신고는 위 확정신고에 흡수되었고, 위 확정신고에 의하여 이 사건 부동산의 양도에 대한 납세의무가 확정되는 것이므로 위 확정신고에 대한 피고의 경정처분을 받는 경우 이에 대하여 불복청구를 할 수 있을 뿐이라는 이유로, 원고의 행정심판청구를 각하하였다.
라. 2003. 5. 31.자양도소득과세표준확정신고
원고는 2003. 5. 31. 피고에게 이 사건 부동산의 양도가액을 5,264,500,000원, 취득가액을 5,165,402,316원, 기타 필요경비를 124,198,068원으로 계산하여 양도차손을 25,100,384원으로 하는 양도소득과세표준 확정신고(이하 '확정신고'라고 한다)를 하였다.
원고는 위 확정신고시, 부동산 양도계약서만을 첨부하여 양도가액은 양도당시의 실지거래가액으로 신고하였으나, 취득가액은 아무런 증빙서류 없이 취득당시의 기준시가 로 신고하였다.
마. 2004. 8. 10.자 경정처분(2차 경정처분)
(1) 원고의 위 2003. 5. 31.자 확정신고에 대하여, 피고는 2003. 8. 14. 원고에게 이 사건 부동산의 양도 및 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 매매계약서 기타 증빙서류를 보완하고, 증빙자료에 의하여 실지거래가액이 확인되지 아니할 경우 관계법령에 의거 양도소득세 과세표준 및 세액이 기준시가로 결정될 수 있다는 내용으로 서류보완을 요구하였는데, 원고가 이에 대한 별다른 증빙자료를 제출하지 아니하자, 2003. 9. 30. 그 증빙서류가 불비하여 취득가액을 알 수 없다는 이유로 당초 고지된 바와 같이 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 981,751,402원으로 경정하였다 (다만 위 경정결정을 원고에게 통지하지는 않았다. 이하 '1차 경정처분'이라고 한다).
(2) 그러던 중, 피고는 2004. 8. 10. ① 이 사건 부동산 중 소득세법 부칙(1994. 12. 22. 법률 제4803호) 제8조에서 정하는 의제취득일인 1985. 1. 1. 이전에 취득한 부 동산(대구 ◎구 ●●동 297-13 외 3필지 토지 및 건물)에 대하여는, 환산된 취득가액 을 적용하여 실지거래가액에 의한 양도차익을 산정하고, ② 취득시기가 위 1985. 1. 1. 이후로서 환산된 취득가액을 적용할 수 없는 나머지 부동산에 대하여는, 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 아무런 증빙자료가 없다는 이유로 양도가액 및 취득가액을 모두 기준시가에 의하여 계산하여 양도차익을 산정한 다음, 양도소득세를 908,558,086원으로 감액하는 경정결정(이하 '2차 경정처분'이라 한다)을 하였다{그런데 위 2차 경정처분은, 1차 경정처분을 피고가 직권으로 감액경정하여 통지한 것이나(갑 제11호증의 2 참조, 위 문서의 표제는 '2002 귀속 양도소득세 확정신고 경정 결정 통지'로 되어 있다), 앞서 본 바와 같이 1차 경정처분을 원고에게 송달하지 아니하는 바람에 실제로는 원고의 예정신고에 기초한 당초 징수처분에 의한 세액 981,751,402원을 908,558,086원으로 감액경정하는 처분에 해당한다}.
그 후, 피고는 2008. 5. 7. 원고에게 2002년 귀속 양도소득세 확정신고(실거래가) 경정결정통지(보완통지) 라는 제목으로, 위 2차 경정처분과 관련하여 양도소득세 결정 결의서를 첨부하여 추가로 보완통지를 하였다.
바. 양도소득과세표준수정신고및그반려
(1) 한편, 원고는 2004. 11. 6. 피고에게 이 사건 부동산의 양도가액을 5,264,500,000원, 취득가액을 4,197,550,773원, 기타 필요경비를 124,432,033원으로 하여 양도차익을 942,517,194원으로 산정한 다음 산출세액을 224,914,332원으로 하는 양도소득과세표준 수정신고(이하 '수정신고'라고 한다)를 하였다.
위 수정신고는, 확정신고 중에서 건물의 취득가액 1,731,952,793원을 1,027,281,985 원으로 변경한 것인데, 그 구체적인 변경내용은, ① 대구 ○○구 ★★동 261-4 건물 3,198.94㎡에 대하여 실지취득가액(934,723,002원)을 주장하면서 그 증빙자료로 서대구 세무서장의 사실확인서(갑 제9호증)를 제출하였고, ② 같은 동 228-1 건물의 취득가액 (706,486,831원)이 중복되었다는 이유로 이를 공제하였으며, ③ 토지 이용의 편의를 위하여 철거하였다는 건물의 가액(기준시가 합계 37,979,046원)을 취득가액에 가산하였고, ④ 확정신고시 누락되었다고 주장하는 건물의 취득가액(기준시가 합계 24,659,103원)을 가산한 것이다.
(2) 이에 대하여 피고는 2004. 12. 8. 위 수정신고는, ① 이미 양도소득세 과세표준과 세액을 직권으로 결정한(위 1, 2차 경정처분을 말하는 것으로 보인다) 이후에 한 것으로서 국세기본법 제45조 제1항 소정의 요건을 갖추지 못하였고, ② 수정신고서에 첨부된 사실확인서는 당해 양도부동산의 일부 취득에 따른 부가가치세 매입세액 공제에 대한 확인서로 취득가액에 대한 증빙서류로 볼 수 없다는 등의 이유를 들어, 원고에게 위 수정신고서를 반려하였다.
사. 소송의제기및대법원의파기환송판결
이에 원고는 대구지방법원 2003구합8854호로 당초 징수처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였으나, 제1섬 법원으로부터 소각하 판결을 선고받았고, 환송전 당심에 항소를 제기하였으나 항소심에서도 항소기각 판결을 선고받아 대법원에 상고하였는데, 대법원은 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸하므로, 예정신고에 기초한 당초 징수처분 역시 효력을 상실하였는바, 원고와 피고 사이에 위 징수처분의 효력에 관하여 다툼이 있는 점, 피고는 이 사건 소송이 계속 중이던 2004. 8. 10. 위 징수처분이 여전히 유효함을 전제로 양도소득세 감액경정(2차 경정처분이다)을 한 점, 원고가 위 징수처분에 따른 양도소득세를 납부하지 아니하여 피고로서는 독촉 등을 거쳐 체납처분까지 나아갈 것으로도 예상되는 점 등을 종합하면, 원고로서는 당초 징수처분의 무효 확인을 구할 법률상 이익이 있고, 따라서 무효선언을 구하는 의미에서 위 처분의 취소를 구할 수 있다 는 내용의 파기환송판결을 선고하였다.
아. 당심에서의 2008. 5. 29.자 경정처분(3차 경정처분)
(1) 그러자 당심에 이르러 피고는 위 대법원 파기환송판결의 취지에 따라, 2008. 5. 29. ① 예정신고에 기초한 당초 징수처분을 직권으로 취소하고, ② 원고의 확정신고 에 대하여, 2002년 귀속분 양도소득세를 908,558,086원으로 경정하고, 가산세를 919,006,500원(신고불성 실가산세 90,855,809원 + 납부불성실가산세 828,150,695원)으로 산정한 다음 납부기한을 2008. 5. 31.로 정하여 양도소득세를 부과(이하 '3차 경정처분'이라고 한다)하였고, 한편 같은 해 6. 23. 당초 징수처분에 기하여 원고 소유의 재산에 대하여 한 압류를 모두 해제하고 그 해제사실을 원고에게 통지하였다.
(2) 3차 경정처분 중 본세의 부과내역은 2차 경정처분의 그것과 동일하고(1985. 1. 1.이전 취득 부동산에 관하여는 실지거래가액, 나머지 부동산에 관하여는 기준시가를 적용하여 양도차익을 산정함), 가산세의 부과내역은 아래와 같다.
① 신고불성실가산세 : 산출세액 908,558,083원의 10%에 해당하는 90,855,809원
② 납부불성실가산세 : 원고는 위 양도소득세를 전혀 납부하지 않았으므로, 납부하지 않은 금액 전부에 대하여 납부기한의 다음날인 2003. 6. 2.부터 고지일언 2008. 5. 29.까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 5를 적용하여 산정한 828,150,695원
자. 2009. 8. 31.자경정처분(4차경정처분)
그런데 피고는, 앞서 본 바와 같이 원고의 수정신고를 반려함으로써 원고 스스로 신고한 수정신고 산출세액 만큼의 세금을 납부하지 않은 데에 대하여 납세자를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보아, 2009. 8. 31. 위 수정신고 산출세액 224,914,332원에 대한 수정신고 반려일(2004. 12. 8.) 이후의 납부불성실가산세를 면제하기로 하여 3차 경정처분 중 납부불성실가산세를 828,150,695원에서 685,555,006원으로 감액경정하였다(이하 '4차 경정처분'이라 한다).
2. 이 사건 2차 경정처분의 취소청구에 관한 판단
가. 원고의 주장
원고는 이 사건에서, 피고는 2008. 6. 23. 원고에 대하여 종전에 부과한 2002년 귀속 양도소득세를 모두 취소하고 그 취소사실을 통지함으로써, 2차 경정처분의 효력 역시 소멸하였는데, 그럼에도 불구하고 피고는 위 경정처분에 대하여는 별도의 취소 통보를 한 바 없고 위 경정처분의 효력은 그대로 유지되고 있으므로, 그 무효선언의 의미에서 위 경정처분의 취소를 구한다는 취지로 주장한다.
나. 이부분소의적법여부에대한직권판단
앞서 본 바와 같은 처분의 경위에 비추어, 이 사건 1차 경정처분은 원고의 위 확정신고 내용에 탈루가 있다고 보아 과세표준을 2,556,272,463원으로, 결정세액을 908,558,086원으로 증액경정하는 내용의 결정으로 보이지만, 원고가 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세의 과세표준과 세액에 관하여 예정신고를 하였다고 하더라도 그 후 확정신고를 함에 있어 양도차익이 발생하지 아니하여 납부할 세액이 없다고 신고한 이상, 원고의 예정신고는 확정신고에 흡수되어 그 효력이 상실되고, 따라서 당초 징수처분도 무효가 되므로, 피고가 원고의 확정신고에서 탈루된 양도소득세를 징수하기 위해서는 원고의 확정신고에 대한 경정결정을 원고에게 통지하는 방법으로 조세채무를 확정한 다음 납세고지서를 다시 발부하는 방법으로 조세채무의 징수절차에 나아가야 할 것이다.
그런데 앞서 본 바와 같이 피고는 1차 경정처분을 원고에게 통지하지 않았으므로(피고는 원고의 예정신고의 효력이 그대로 유지되고 있고 원고가 예정신고한 과세표준과 산출세액이 피고의 결정내용과 동일하여 별도의 부과처분이 필요하지 않은 것으로 오인한 것으로 추측된다), 1차 경정처분은 무효라고 할 것이고, 따라서 1차 경정처분이유효함을 전제로 종전의 세액을 감액하는 내용의 2차 경정처분도 당연히 무효라고 할 것이며, 한편 2차 경정처분이 1차 경정처분을 기초로 하여 이루어진 것이 아니고 원고의 예정신고나 당초 징수처분을 기초로 하여 이루어진 감액경정처분으로 본다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 확정신고에 따라 예정신고의 효력이 소멸하고 이에 기초한 당초의 징수처분의 효력도 소멸한 이상, 2차 경정처분도 역시 무효가 된다고 할 것이다(다만, 감액된 금액의 범위 내에서 당초 징수처분의 효력이 일부 소멸하였다는 취지를 통지하는 의미를 가질 뿐이다).
대법원 파기환송판결의 내용과 피고의 처분경위에 비추어 보면, 피고는 3차 경정처분에 의하여 원고의 확정신고에 대한 최초의 경정결정을 하였다고 봄이 상당한데, 피고는 앞서 본 바와 같이 파기환송 이후 위 3차 경정처분과 동시에 당초 징수처분을 취소하고 아울러 이에 기한 압류를 모두 해제한 후 그 사실을 원고에게 통지한 점으로 미루어 3차 경정결정 이전에 이루어진 모든 과세처분은 전부 취소되어 그 효력이 상실되었음을 명백하게 선언하였다고 할 것이며, 또한 2차 경정처분에 기한 징수고지가 이루어졌음을 인정할 자료도 없어 무효인 2차 경정처분에 기하여 징수절차에 나아갈 우려도 보이지 아니하므로, 결국 원고가 이 사건에서 3차 경정처분의 취소를 구하는 것과 별도로 이미 그 효력이 소멸한 2차 경정처분의 무효확인이나 취소를 구할 법률상의 이익이 있다고는 볼 수 없다.
따라서원고의이부분소는부적법하다.
3. 이 사건 3차 경정처분 취소청구에 관한 판단
가. 원고의 주장
원고는 다음과 같은 이유를 틀어, 3차 경정처분(그 중 가산세 부분은 4차 경정 처분으로 소멸되고 남은 나머지 부분이다)은 위법하므로, 모두 취소되어야 한다고 주장 한다.
(1) 원고의 2003. 5. 31.자 확정신고에 대하여, 피고는 이미 2004. 8. 10. 양도소득세 908,558,086원을 부과하는 2차 경정처분을 하였음에도 불구하고, 2008. 5. 29. 재차 같은 2002년 귀속분 양도소득에 대하여 양도소득세 908,558,080원, 가산세 919,006,500원을 중복하여 부과(3차 경정처분)하였고 위 2차 경정처분의 효력은 현재 까지 그대로 유지되고 있으므로, 결국 3차 경정처분은 2차 경정처분과 중복되어 위법 하다.
(2) 피고는 2008. 6. 23. 원고에 대하여 종전 부과한 2002년 귀속 양도소득세를 모두 취소하고 그 취소사실을 통지(갑 제14호증)함으로써, 3차 경정처분도 모두 소멸하였다. 그럼에도 불구하고 피고는 2008. 8. 21.경 원고에게 양도소득세 및 가산세 등 1,882,391,410원을 체납하였다는 사유로 체납자료 등의 신용정보기관제공 예고통지를 하는 등 3차 경정처분이 여전히 유효하게 존재함을 전제로 체납절차를 진행하고 있으므로, 그 무효선언을 구하는 의미에서 취소를 구한다.
(3) 이 사건 3차 경정처분이 원고의 확정신고에 대한 최초의 경정결정이라면, 원고는 그 전인 2004. 11. 6. 이미 수정신고를 하였으므로, 그 수정신고에 의하여 양도소득세의 과세표준과 세액이 확정되었고 한편 피고가 위 수정선고를 반려하였다고 하여 수정신고의 법적 효력이 부인되는 것은 아니다.
(4) 이 사건 부동산과 같이 양도당시의 실지거래가액은 확인되는데 취득당시의 실지거래가액이 확인되지 않는 경우, 소득세법 제100조 제l항, 제114조 제5항, 같은 법 시행령 제176조의 2 등의 규정에 따라 그 취득가액만을 취득 당시의 매매사례가액, 감정가액, 환산한 취득가액, 기준시가의 가액을 순차 적용하여 산정하여야 함에도 불구하고, 피고는 의제취득일인 1985. 1. 1. 이후에 취득한 부동산에 관하여 취득당시의 실지 거래가액이 확인되지 않는다는 이유로 양도가액마저 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하였으므로, 이는 위법하다.
(5) 이 사건 가산세 부과처분은, 아무런 법률상 원인이 없을 뿐만 아니라 가산세의 과세표준, 세율 및 산출근거가 전혀 명시되어 있지 아니하여 위법하다.
나. 관련법령
별지2 '관련법령'의기재와같다.
다. 피고의 본안전 항변에 관한 판단
(1) 피고의 주장
원고의 예정신고에 기한 당초 징수처분이 원고의 확정신고에 의하여 그 효력을 상실함에 따라 피고는 2008. 5. 29. 위 확정신고에 대한 새로운 부과처분(3차 경정 처분)을 한 것이므로, 3차 경정처분은 당초 정수처분과는 전혀 다른 새로운 부과처분이라고 할 것이고, 따라서 원고는 위 부과처분에 대하여 새로이 전심절차를 거쳐야 함에도 불구하고, 납세고지서를 송달받은 때로부터 90일 이내의 기간 내에 전심절차를 거치지 않았으므로, 원고의 이 부분 소는 부적법하다.
(2) 판단
(가) 전심절차를 거칠 필요가 있는지 여부
조세부과처분 취소소송의 계속 중 과세관청인 피고가 종전처분에 내재하는 법적인 하자를 이유로 이를 취소하고 그 하자를 보완하여 실질적으로는 종전처분과 동일한 내용의 처분을 다시 한 경우에도 행정소송법 제22조 제1항 소정의 처분변경에 해당한다고 할 것이므로, 후행의 처분의 취소를 구하는 청구취지 변경은 적법하고, 이 경우 종전처분에 대하여 전심절차를 거친 이상 같은 조 제3항에 따라 변경된 청구에 대해서도 전심절차를 거친 것으로 보아 다시 별도의 전심절차를 거칠 필요는 없다고 할 것이다(대법원 1990. 6. 26. 선고 89누6921 판결 참조).
이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고는 당초 징수처분이 위법하다는 이유로 위 처분에 대한 적법한 전심절차를 거쳐 그 취소를 구하는 이 사건 소송을 제 기하였는데, 피고는 2008. 5. 29. 예정신고가 확정신고에 흡수되어 소멸되었다는 대법원 파기환송 판결의 취지에 따라 당초 징수처분을 취소하고 원고의 확정신고에 대하여 종전과 동일한 내용으로 다시 3차 경정처분을 한 사실, 그러자 원고는 2008. 9. 1.자로 위 3차 경정처분의 취소를 구하는 내용의 청구취지변경(추가) 신청을 한 사실을 인정할 수 있는바, 위 법리에 비추어 원고의 위 청구취지 변경은 적법하여 이를 허가함이 상당하고, 따라서 당초 징수처분에 대하여 이미 적법한 전심절차를 거친 이상 3차 경정처분에 대하여 새로이 전심절차를 거철 필요는 없다(한편 가산세 부과처분에 대하여 보면, 가산세와 본세는 모두 당해 연도의 납세의무 및 세액을 확정하는 동일 목적의 처분이고, 가산세는 본세의 세액에 연동하여 본세가 유효하게 확정되는 것을 그 성립 근거로 한다는 점에 비추어, 가산세 부과처분에 대하여 본세의 부과처분과 별도의 전심 절차를 다시 거 칠 필요는 없다).
(나) 제소기간의 문제
그런데 처분의 변경에 따른 소변경의 신청은 처분의 변경이 있음을 안 날로부터 60일 이내에 하여야 하므로(행정소송법 제22조 제2항), 3차 경정처분을 송달받은 2008. 5. 30.경부터 60일이 훨씬 지나 제기된 원고의 위 청구취지변경 신청이 과연 적법한지가 또한 문제된다.
살피건대, ① 원고는 당초 징수처분의 취소를 구하면서, 위 처분은 확정신고에 흡수되어 소멸된 예정신고에 기한 것이라는 절차상의 위법을 주장함과 아울러 이 사건 부동산의 양도가액 및 취득가액을 모두 실지거래가액에 의하여 산정하여야 함에도 기준 시가에 의하여 산정하였다는 실체상의 위법도 함께 주장한 점, ② 피고는 대법원 파기 환송 판결의 취지에 따라 당심에서 원고의 예정신고에 기초한 당초 징수처분을 직권으로 취소하였으나, 동일한 과세대상에 대하여 종전과 동일한 액수의 세금을 다시 부과 하여 그 처분을 변경한 점, ③ 새로이 변경된 3차 경정처분에 대하여서도, 원고는 양도가액과 취득가액 모두 실지거래가액에 의하여 그 양도차익이 산정되어야 한다는 종전의 주장을 반복하고 있어, 종전처분이나 변경된 처분의 실체적 위법사유는 사실상 동일한 것으로 보이는 점, ④ 처분청이 절차상의 하자만을 시정하여 처분을 반복할 경우 그때마다 전심절차를 거치도록 하는 것은 행정청에 시정의 기회를 주고 납세자에게 무용의 부담을 주지 않으려는 심판전치주의의 본지에도 어긋날 뿐만 아니라 행정처분 등으로 말미암아 불이익을 받은 자가 그에 불복할 의사를 나타내어 소까지 제기하였음에도 법의 무지로 말미암아 청구취지 변경 등을 늦게 하였다는 이유로 제소기간이 도과한 부적법한 소라고 보아 그 변경신청을 불허하는 것은 당사자에게 심허 가혹하다는 점 등을 모두 종합하면, 이 사건에 있어서 비록 피고의 처분변경에 따른 원고의 소변경 신청이 법이 정하는 60일의 기간을 도과하여 이루어졌다고 하더라도 당초의 소송이 적법한 전심절차를 거치고 제소기간 내에 제기된 이상 이를 적법한 소의 변경으로 보아 실체적 위법사유에 대하여 다툴 수 있는 기회를 부여함이 타당한 것으로 보인다.
(다) 소결론
이상의 사정을 모두 종합하면, 결국 원고의 이 부분 소는 적법하다고 할 것이고, 따라서 이를 다투는 피고의 본안전 항변은 이유 없어 이를 받아들이지 아니한다.
라. 이 사건 3차 경정처분의 위법 여부에 대한 판단
(1) 2차 경정처분과 3차 경정처분의 중복 여부
원고의 이 부분 주장은, 위 2차 경정처분의 효력이 그대로 유지되고 있음을 전제로 하나, 앞서 본 바와 같이 2차 경정처분은 이미 소멸하여 존재하지 않고 있으므로, 그것이 여전히 유효하게 존재하고 있음을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.
(2) 3차경정처분의소멸여부
원고의 이 부분 주장은, 피고가 2008. 6. 23. 원고에게 보낸 양도소득세 결정 취소 및 재산압류해제 사실 통보(갑 제14호증)에 의하여 3차 경정처분이 취소되었음을 전제로 한다.
그러나 위 갑 제14호증은 3차 경정처분에 의하여, 종전에 결정부과한 양도소득세를 모두 결정취소하고 이에 따라 원고의 재산에 대하여 한 압류를 모두 해제하였다는 사실을 원고에게 사후에 통지해 주는 문서에 불과하고, 달리 피고가 직권으로 3차 경정처분을 취소하였음을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.
(3) 수정신고의효력
원고가 2004. 11. 6. 수정신고를 한 데 대하여 피고가 2004. 12. 8. 위 수정 신고가 국세기본법 제45조의 요건을 갖추지 못하였다는 등의 이유로 이를 반려한 사실은 앞서본 바와 같다.
그러나 앞서 본 바와 같이 3차 경정처분이 원고의 확정신고에 대한 최초의 경정결정이라고 보아야 할 것이므로, 위 3차 경정처분 전에 이루어진 원고의 수정신고는 국세기본법 제45조 소정의 증액수정신고로서의 효력을 가진다고 보아야 한다.
다만, 위 국세기본법 제45조의 규정 및 소득세법 제105조, 제106조, 제110조, 제111조, 제114조 등의 각 규정에 의하면, 과세관청으로서는 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 납세의무자가 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니할 때에 는 직권으로 양도소득과세표준과 세액을 결정하고, 납세의무자의 위 예정신고나 확정 신고의 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정하거 나 위 경정 후에도 그 경정에 대하여 다시 이를 경정할 수 있으며, 한편 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때에는 과세표준 수정신고를 할 수 있는바, 이러한 규정들을 종합하면, 납세의무자가 양도소득과세표준 확정신고를 한 후 국세기본법 제45조 제1항의 규정에 따른 수정신고를 하더라도 과세관청으로서는 당사자가 신고한 확정신고와 수정신고의 내용 및 그 때까지 제출된 자료를 모두 조사 하여 위 신고의 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 직권으로 이를 경정하여 정당한 과세표준과 세액을 확정할 수 있다고 보아야 한다.
따라서 수정신고에 의하여 양도소득세의 과세표준과 세액이 이미 확정되었음을 전제로, 확정신고에 대하여 이를 경정하는 내용의 3차 경정처분이 위법하다는 취지의 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.
따) 양도소득세액산정의위법성여부
피고가 3차 경정처분을 하면서, ① 이 사건 부동산 중 의제취득일인 1985. 1. 1. 이전에 취득한 부동산(대구 ◎구 ●●동 297-13 외 3필지 토지 및 건물)에 대하여는, 양도가액을 실지거래가액으로, 취득가액을 의제취득일 현재의 기준시가에 의해 환산한 취득가액으로 하여 실지거래가액에 의한 양도차익을 산정하고, ② 취득시기가 위 1985. 1. 1. 이후로서 환산된 취득가액을 적용할 수 없는 나머지 부동산에 대하여는, 취득당시의 실지거래가액을 확언할 수 있는 자료가 없다는 이유로 양도가액 및 취득가액을 모두 기준시가에 의하여 계산하여 양도차익을 산정하여 그 세액을 결정한 사실은 앞서 본 바와 같다.
살피건대, 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1 항, 제96조 제1항, 제97조 제1항, 제100조, 제114조 및 소득세법 시행령 제176조의2의 규정 등을 모두 종합하면, ① 의제취득일(1985. 1. 1.) 이전에 취득한 부동산의 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우에는, 취득가액은 의제취득일 현재 위 부동산의 매매사례가액, 감정가액, 환산가액과, 취득 당시 실지거래가액이나 매매사례가액 및 감정가액이 확인되는 경우로서 그 가액에 취득일부터 의제취득일 직전 일까지의 보유기간 동안의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액 중 많은 것으로 정하게 되는데, 이 사건에서 위와 같은 취득당시의 실지거래가액이나 매매사례가액 및 감정가액을 확인할 만한 아무런 자료가 없는 이상 취득가액을 의제취득일 현재의 기준시가에 의해 환산한 가액으로 결정한 것은 적법하다고 할 것이고, ② 또한, 의제취득일 이후에 취득한 나머지 부동산의 양도로 인한 양도소득의 범위에 대하여는, 소득세법 제96조 제1항 각 호에 해당하는 경우를 제외하고는 원칙적으로 양도당시 및 취득당시의 각 기준시가에 의하는 것이 원칙인바, 소득세법 제96조 제1항 각 호중 어느 사유에도 해당하지 아니함이 명백한 이 사건에 있어서(특히 소득세법 제96조 제1항 제6호에 해당하는지에 대하여 보건대, 위 조항에서 규정하고 있는 '양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고 기한까지 신고하는 경우'란 양도가액과 취득가액 모두 각각의 증빙서류와 함께 실지거래가액으로 확정신고기한까지 신고하는 경우를 말한다고 해석해야 하는데, 앞서 본 바와 같이 원고는 확정신고기한의 마지막 날인 2003. 5. 31. 확정신고를 하면서 양도가액은 양도당시의 실지거래가액으로 신고하였으나 취득가액은 아무런 증빙자료 없이 기준시가에 의하여 신고하였으므로, 원고의 경우 위 소득세법 제96조 제1항 제6호에 해당한다고 볼 수 없고, 이는 원고가 위 확정신고기한이 지난 이후 수정신고를 하면서 마치 일부 건물에 대하여는 실지거래가액에 의한 것처럼 변경신고를 하였더라도 마찬가지라고 할 것이며, 더욱이 수정신고 당시 원고가 실지거래가액의 증빙서류라고 주장하면서 제출한 사실확인서는 위 조항에서 말하는 증빙서류에 해당하는 것으로 보이지도 않는다), 피고가 위와 같은 소득세법상의 규정에 따라 양도가액과 취득가액을 모두 기준시가에 의하여 산정한 것이 위법하다고 할 수 없다.
따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.
(5) 이사건가산세부과처분의위법여부
원고가 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고하였을 뿐 아니라 확정신고에 따른 양도소득세액을 전혀 납부하지 아니한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세의 부과처분이 아무런 법률상 원인 없이 이루어졌다고는 볼 수 없다.
또한, ① 가산세의 본질은 어디까지나 조세법이 정한 의무를 위반한 납세자에게 세금의 형식으로 부과하는 일종의 행정상의 제재(대법원 1992. 5. 26. 선고 91누9596 판 결 등 참조)라고 보아야 하는 점, ② 신고 및 납부불성실가산세의 경우, 그 세액이 본세와는 완전히 분리되어 독자적으로 산정되는 것이 아니고 본세의 정당한 과세표준 및 산출세액 등에 의하여 자동적으로 확정되는 미신고 또는 미납부된 세액에다가 세법에 규정된 세율을 곱하여 산정되는 것으로서, 결국 납세의무자에게 특정하여 고지되는 본 세의 과세표준 및 산출세액 등에 의하여 그 세액산출근거의 파악이 용이하다는 점. ③ 가산세 부과시 본세와는 별도로 그 과세표준 및 세율, 산출근거를 명기하여 통지할 것을 요구하는 명시적인 법령의 규정이 없다는 점 등의 제반 사정을 종합하여 보면, 피고가 이 사건 가산세 부과처분을 하면서 본세와는 별도로 가산세의 과세표준 및 세율, 산출근거를 명시하지 아니하였다고 하여 그것이 위법하다고 볼 수 없다.
따라서이와다른전제에선원고의이부분주장역시이유없다.
4. 결론
그렇다면 피고의 원고에 대한 2차 경정처분의 취소를 구하는 부분에 대한 원고의 소는 부적법하므로 이를 각하하고 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 한다.
다만, 이 사건 소송 진행 중 피고가 대법원 파기환송판결의 취지에 따라 종전 처분을 취소하고 새로운 처분을 한 점, 제1심 법원에서부터 대법원을 거쳐 당심에 이르기까지의 소송 진행 경과 등을 참작하여, 소송총비용은 이를 2분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담하는 것으로 정하기로 하여 주문과 같이 판결한다.