원고의 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

1. 청구취지

피고가 2014. 7. 1. 원고에 한 제1심 판결 별지1 기재 법인세, 부가가치세 부과처분 및

소득금액변동통지를 취소한다.

2. 항소취지

[원고] 제1심 판결을 청구취지 기재와 같이 변경한다.

[피고] 주문과 같다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 21면부터 25면까지의 "관계법령" 해당 부분에 이 판결의 별지 "관계법령 추가 부분" 기재 내용을 추가하고, 제1심 판결 15면 10행부터 16면 14행까지를 다음 2항과 같이 수정하며, 다음 3항과 같이 판단을 보충하거나 추가하는 것 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 수정 부분

나. ○●◎에 대한 소득처분 관련

1) 당사자의 주장

가) 원고 주장 요지

○●◎이 이 사건 소득금액변동통지의 과세표준에 산입된 소득에 관하여 종합소득세를 신고・납부하였으므로 이에 대한 원고의 원천징수의무는 소멸하였고, 소득금액변경통지서를 받은 법인의 원천징수의무가 성립하려면 그 의무의 성립시기인 위 소득금액변경통지서를 받은 때에 소득금액을 지급한 것으로 보아야 할 거래 상대방이 생존하여야 하는데 소득자 ○●◎이 소득금액변동통지일 전에 사망하였으므로 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.

나) 피고 주장 요지

법인의 소득이 당해 귀속자에게 소득처분되는 경우 원천징수의무자인 법인의 납세의무는 소득금액변동통지서를 송달받은 날에 성립・확정되는 것인 반면에 귀속자의 원천납세의무는 수입시기가 속하는 과세기간이 끝나는 각 연도 12. 31.에 성립하므로 이 사건 기타소득 통지는 이미 성립・확정되어 있던 ○●◎의 사업소득을 원천징수대상인 기타소득으로 분류를 변경하여 원고에게 누락된 원천징수의무를 지우는 것으로서 적법하고, 이 사건 소득금액변동통지는 대표자 인정상여 소득금액변동통지와는 그 본질이 다르며, ○●◎의 상속인들이 납세의무를 승계할 수 있다는 점에서 이 사건 처분은 적법하다.

2) 판단

가) ○●◎의 소득세 납부로 인한 원천징수의무 소멸 주장에 관하여

소득세법 제155조는 '소득세가 원천징수되지 아니한 소득이 종합소득에 합산되어 종합소득에 대한 소득세가 과세된 경우에 그 소득을 지급할 때에는 소득세를 원천징수하지 아니한다'고 하여 원천징수의 배제를 규정하고 있다. 이는 소득이 지급되지 아니한 가운데 원천소득자에게 종합소득세가 부과되었으나 그 후 소득이 지급된 경우 이중의 부과를 방지하기 위하여 원천징수를 배제하려는 취지의 규정이다(대법원 1980. 4. 22. 선고 79누387 판결 참조).

을 제27호증의 1, 2의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 2014. 5. 27.자 세무조사 결과에 따라 이 사건 소득 부분에 관한 종합소득세를 부과하지 아니하는 것으로 감액 경정결정을 한 사실을 인정할 수 있다. 이로써 이 사건 소득 부분에 대한 과세가 존재하지 아니하게 되어 이중과세의 문제가 발생할 여지는 없게 되었으므로 소득세법 제155조가 정한 '소득세가 과세된 경우'에 해당한다고 볼 수 없다(소득세법 제155조의 규정을 소득귀속자가 일단 소득세를 신고ㆍ납부한 경우에는 곧 원천징수 의무가 종국적으로 소멸하여 다시 발생할 여지가 없다는 취지로 해석할 수는 없다).

따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 소득자 사망일 이후의 소득금액변동통지에 관하여

소득처분은 세무조정소득에 관하여 그 귀속자와 소득의 종류를 확정하는 세법상의 절차를 말하는데, 이러한 소득처분의 목적은 법인의 세무상 자본을 정확히 계산하고 사외유출된 경우 해당 금액이 실질적으로 누구에게 귀속되는지를 밝혀 법인에게 원천징수의무를 지우는 것이다. 한편 소득처분 대상이 되는 소득의 귀속자에의 실현 정도를 기준으로 소득처분을 편의상 유형화하여 보면, (1)법인이 귀속자에게 현실적으로 지급하였으나 정상적인 회계처리를 하지 아니함으로써 사외유출된 경우, (2)사외유출되어 임원에게 소득의 현실적 귀속이 분명하게 이루어지긴 하였지만 귀속 당시에 그 소득의 종류가 결정되어 있지는 아니한 경우, (3)사외유출된 것은 분명하지만 귀속이 불분명하여 대표자에게 상여처분한 경우, (4)소득처분의 대상이기는 하지만 부당행위계산 부인의 경우처럼 실제로는 소득귀속이 없음이 분명한 경우 등으로 나누어 볼 수 있다.

과세관청이 사외유출된 익금가산액이 임원 또는 사용인에게 귀속된 것으로 보고 상여로 소득처분을 한 경우 당해 소득금액의 지급자로서 원천징수의무자인 법인에 대하여는 소득금액변동통지서가 당해 법인에 송달된 날에 그 원천징수의무가 성립하는 것(소득세법 제135조 제4항, 같은 법 시행령 제192조 제2항, 국세기본법 제21조 제2항 제1호)과는 달리, 그 소득의 귀속자에 대하여는 법인에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지 여부와 상관없이 소득처분이 있게 되면 소득세법 제20조 제1항 제1호 (다)목 소정의 '법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액'에 해당하여 근로소득세의 과세대상이되고, 당해 소득금액은 부과처분의 대상이 되는 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가 되므로(소득세법 제39조 제1항, 같은 법 시행령 제49조 제1항 제3호) 소득의 귀속자의 종합소득세(근로소득세) 납세의무는 국세기본법 제21조 제1항 제1호가 정하는 바에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립한다(대법원2006. 7. 13. 선고 2004두4604 판결, 대법원 2006. 7. 27. 선고 2004두9944 판결, 대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결 등 참조).

소득세 납세의무의 성립은 그 확정 전에 이루어지는 것이 원칙이고, 일반적으로 조세채무는 과세요건을 충족하면 추상적으로 성립하며, 행정행위의 효과로 생기는 것이 아니므로 과세요건 사실이 충족되었다는 점을 납세의무자가 인식할 필요조차 없고, 조세채무가 성립한 이상 그 효과가 변경되지 아니하므로 앞서 분류한 소득처분 중 사외유출 당시 이미 소득의 실현이 이루어진 것이 분명한 경우(특히 (1)의 경우)에는 그때 곧바로 소득세 납세의무가 성립하였으므로 그 이후의 사정은 소득세 납세의무에 영향을 미치지 아니한다고 보아야 한다. 나아가 일반적으로 원천납세의무자가 사망하더라도 그 납세의무는 그대로 상속인에게 승계되므로 원천징수의무의 존부에 영향을 미치지 못하는바, 소득처분의 경우도 이와 마찬가지로 보아야 한다.

앞서 본 바와 같은 소득처분의 성격, 소득처분에 따른 원천징수의무 및 원천납세의무의 성립시기 등을 종합적으로 고려하면, 이 사건 소득금액변동통지에 따른 ○●◎의 기타소득(이 사건 고문료로서 2011년에서 2013년분)에 대한 소득세 납부의무는 소득세법 제21조 제1항 제20호 및 같은 법 시행령 제50조 제1항 제2호, 국세기본법 제21조 제1항 제1호, 소득세법 제5조 제1항, 제2항에 따라 각각 ○●◎의 생전인 2012.12. 31.과 2013. 12. 31. 및 ○●◎의 사망일(2014. 6. 12.로 추정) 무렵인 2014. 6.에 성립하였다. 따라서 이 사건 소득금액변동통지일로서 원고의 원천징수의무 성립 및 확정 당시인 2014. 7. 1. 이미 원천납세의무자인 ○●◎의 소득세 납부의무가 성립되어 있었으므로 이 사건 소득금액변동통지 중 ○●◎에 대한 부분은 유효하게 성립한 원천납세의무자의 소득세 납부의무를 전제로 하는 것으로서 적법하고, 소득세 납부의무 성립 이후 ○●◎이 사망하였더라도 원고의 원천징수의무가 소멸하는 것은 아니다[대법원 1987. 2. 24. 선고 85누775 판결과 대법원 1992. 7. 14. 선고 92누4048 판결 등은,사외유출 금액의 귀속이 불분명한 경우의 대표자 인정상여에 관한 것으로서 현실적으로 근로소득을 지급한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 인정상여 소득처분 시에 비로소 귀속 불분명 금액이 대표자의 상여로 의제되는 것이므로 이 사건처럼 소득금액변동통지 이전에 이 사건 고문료가 ○●◎에게 현실적으로 지급되어 ○●◎의 소득세 납세의무가 이미 성립한 사안에 관한 것으로서 이미 특정 과세연도에 귀속된 소득을 사후적으로 확인한 절차에 불과한 이 부분 소득처분(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187판결 참조)에 관한 한 원용하기에 적절하지 아니하다]. 원고의 주장은 이유 없다.

3. 판단의 보충 및 추가

가. 이 사건 법인세 부과처분 및 부당과소신고가산세의 적법 여부

1) 원고 주장 요지

이 사건 사용계약, 자문계약 모두 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위가 없어 이 사건 사용료 및 이 사건 자문료에 대한 법인세부과처분의 제척기간은 5년이 적용되므로 이 사건 법인세 부과처분 중 2004년부터 2008년 사업연도에 관한 법인세 부과처분은 이 사건 처분일인 2014. 7. 1. 이전에 부과제척기간이 지나 위법하고, 위와 같이 부정행위가 인정되지 아니하므로 이 사건 각 법인세 부과처분에 대한 부정과소신고가산세 부분도 위법하다.

2) 판단

"구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 원칙적으로 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하고 있으나(제3호), '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받는 경우'에는 그 부과제척기간을 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 연장하고 있다(제1호). 위 조항의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 구 국세기본법 제26조의2제1항 제1호 소정의사기 기타 부정한 행위'라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 아니한다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결 참조).",한편 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제12조의2 제1항의 규정에 의하면, 납세자가 구 조세범 처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제6항 각 호에서 정한 '사기나 그 밖의 부정한 행위'로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 산출세액 등의 100분의 40에 상당하는 금액이 가산세로 부과된다. 구 조세범 처벌법 제3조 제6항은 '사기나 그 밖의 부정한 행위'란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 말한다고 하면서 제1 내지 7호로 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장, 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취, 장부와 기록의 파기, 재산의 은닉, 소득・수익・행위・거래의 조작 또는 은폐, 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작, 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호에 따른 전사적 기업자원관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작, 그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위 등을 규정하고 있다.

그런데 구 조세범 처벌법 제3조 제1항, 제6항에 규정된 조세포탈죄에서도 '사기나 그 밖의 부정한 행위'라 함은, 조세의 포탈을 가능하게 하는 행위로서 사회통념상 부정이라고 인정되는 행위, 즉 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 말하므로 다른 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 아니하지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 아니하는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 인정할 수 있다(대법원2014. 2. 21. 선고 2013도13829 판결 참조).

앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정 즉, ① 원고와 ○●◇ 및 ◇◇◇◇◇홀딩스 사이의 이 사건 사용계약 및 이 사건 자문계약이 모두 가공거래에 해당하므로 원고는 허위 계약서를 작성하여 가공비용을 계상하고 거짓의 세금계산서를 발행한 것인 점, ② 원고는 이 사건 사용료 및 이 사건 자문료를 손금에 산입하고 이에 대한 매입세액을 공제받아 법인세 및 부가가치세를 포탈하거나 공제받은 점 등을 앞서 본 법령 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 원고의 행위는 단순히 허위의 신고에 그치는 것이 아니라 법인세 및 부가가치세 등을 포탈하겠다는 적극적 은닉의도를 가지고 그 수단으로서 조세의 부과징수를 불능 또는 현저하게 곤란하게 하는 '사기나 그 밖의 부정한 행위'를 한 것에 해당한다고 봄이 타당하다. 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

나. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부

1) 원고 주장 요지

가) 국가의 이중징수를 막기 위하여 매출사업자가 납부한 부가가치세액의 환급을 요구할 수 없는 요건이 충족된 경우에는 과세관청 또는 국가가 매입사업자의 매입세액에 관한 불공제 주장을 할 수 없는데, 매출사업자 ○●◇의 상표권 사용에 관한 부가가치세, ◇◇◇◇◇홀딩스의 자문료에 관한 부가가치세, 매출사업자 ○●◎의 고문료에 관한 부가가치세는 환급을 요구할 수 없는 요건이 충족되었으므로(경정청구권 행사 기간 도과) 원고에게 위 해당 매입세액의 불공제 주장을 할 수 없다.

나) ○●◇, ◇◇◇◇◇홀딩스, ○●◎이 관련 매출 부가가치세액을 모두 신고・납부하였으므로 원고에게 조세수입 감소의 인식이 없어 이 사건 각 부가가치세 부과처분의 부과제척기간은 5년에 해당하는데 이 사건 각 부가가치세 부과처분 중 2004년 1기부터 2008년 2기까지에 관한 각 부가가치세 부과처분은 이 사건 처분일인 2014. 7.1. 이전에 부과제척기간이 도과하여 위법하고, 위와 같은 이유로 이 사건 각 부가가치세 부과처분 중 부정과소신고가산세 부분도 위법하다.

2) 판단

가) 매입세액공제 주장에 관하여

부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는데, 이 경우 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조), 명의상의 거래상대방이 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못한 때에는 알지 못하였음에 과실이 없는 경우에 한하여 매입세액을 공제할 수 있는 것이므로 공급받는 자가 그와 같은 사정을 잘 알고 있으면서 사실과 다르게 기재된 세금계산서를 교부받은 경우에는 이를 근거로 공급받는 자의 매출세액에서 그 매입세액을 공제할 수는 없다(대법원 1990. 4. 27. 선고 90누73 판결, 대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두43077 판결 등 참조).

앞서 본 것처럼 원고가 수취한 매입세금계산서는 가공거래를 통하여 수취한 것으로서 매입세액의 불공제대상이 되는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에 따라 매출세액에서 매입세액을 공제할 수 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

나) 부과제척기간 및 부정과소신고가산세에 관하여

구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호에서 정한 '부정행위로 부가가치세 등의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우'에 해당한다고 하기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고・납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결, 대법원 2015. 12. 23. 선고 2015두50122 판결 등 참조).

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정, 즉 (1) 원고는 ○●◇, ◇◇◇◇◇홀딩스, ○●◎으로부터 이 사건 세금계산서상의 매입세액에 상응하는 용역을 공급받았다고 볼 수 없는 점, (2) 원고는 자신이 발급하는 세금계산서 등이 사실과 다르게 기재되어 있다는 사실을 알고 있었음에도 허위의 세금계산서를 발행한 점, (3) 피고가 ○●◇, ○●◎의 당초 신고한 수입금액에서 해당 부분을 차감하여 종합소득세를 경정한 점 등을 종합적으로 고려하면, 원고는 적어도 위와 같은 행위로 국가의 조세수입 감소결과가 발생한다는 사실을 인식하고 있었던 것으로 보인다. 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것이다. 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 이를 주문과 같이 변경한다.