법인의 익금산입 및 손금불산입에 따른 대표자 인정상여 처분시 당부

대표자 인정상여 처분시 법인의 대표이사 재직기간에 따라 안분하여 계산하여야 함

결정 내용은 붙임과 같습니다.

대법원 1994. 11. 18. 선고 93누7211 판결

1. 이 사건 소중 1982년도 귀속 갑종근로소득세 금88,581,1000원 및 방위세 금16,105,630원의 부과처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다. 2. 피고가 1988. 6. 16. 원고에 대하여 한 1987년도 귀속 갑종근로소득세 금427,090,380원과 방위세 금77,652,790원의 부과처분중 갑종근로소득세 금238,076,920원 및 방위세 금43,679,130원을 초과하는 부분을 취소한다. 3. 원고의 나머지 청구(다만, 환송판결에서 확정된 부분 제외)를 기각한다. 4. 소송총비용중 환송판결에서 원고의 부담으로 정한 비용을 제외한 나머지 비용은 이를 원고의 부담으로 한다.

1. 과세처분의 경위

갑제1호증의 1 내지 갑제4호증의 2, 갑제22호증, 을제1호증의 1 내지 을제7호증의 6의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 아래의 사실을 인정할 수 있다.

가. 원고는 주간 ㅇㅇ신문의 발행 등을 목적사업으로 하는 회사로서 1982년부터 1987년까지의 각 사업년도의 영업실적을 결산 확정하여 법인세 과세표준과 세액을 신고하고, 그 각 사업년도의 법인세와 이에 대한 방위세를 납부하였으며, 위 과세기간중 1987. 7. 20.까지는 소외 전ㅇㅇ이, 그 후에는 소외 천ㅇㅇ이 원고 회사의 대표이사이었다.

"나.피고는 원고 회사에 대한 특별세무조사를 한 결과원고 회사가 1982년도부터 1987년도까지 내부용인 실제거래용 장부(이른바 비밀장부)와 외부용인 세무신고용장부(이른바 비밀장부)를 별도로 비치하고, 위 세무신고용 장부에 터잡아 법인세 과세표준 신고를 함으로써 세무신고와 실제거래 사이에 차이가 발생하였다'는 이유로, 위 2종류의 장부의 각 항목을 대조하여 그 기재내용이 일치하지 아니하는 부분을 조사하거나 그 밖에 장부기재를 뒷받침할 증빙의 존부와 신빙성을 검토하는 등의 방법을 사용하여 실지거래라고 인정되는 항목과 세무신고용 장부상의 항목상의 차이를 적출하여 원고 회사의 법인세 신고 소득에 가감하여 과세표준을 재계산하여 법인세 및 이에 대한 방위세를 산정 부과하고, 각 사업년도의 법인세 과세표준에 산입한 금원중 일부를 사외유출금으로 보아 갑종근로소득세와 이에 대한 방위세를 산정부과하였다.", "즉, 피고는 (1) 원고 회사의 1982년부터 1987년까지 6개 사업년도에 대한 각 법인세 신고 과세표준에다가위와 같이 적출한 외상매출금 누락분, 영업외 수익 누락분, 퇴직급여충당금한도초과액, 기밀비한도초과액등을 익금산입항목으로, 실제거래용 장부에 계상되어 있지 아니하나 세무신고용 장부에 계상된 제조원가와 일반관리비등의 가공경비와 제조원가로 계상된 토지구입비 등을 손금불산입항목으로 하고, 실제거래용 장부에 의하여 실지경비로 지출된 것으로 인정되나 위 각 법인세 과세표준등 신고시 손금으로 산입하지 아니한 금원을 손금산입항목으로 하는등 하여' 기 신고한 각 사업년도의 과세표준에 위 익금산입항목과 손금불산입항목을 가산하고 위 손금산입항목을 차감함으로써 위 각 사업년도의 각 법인세 과세표준을 경정하여 법인세 및 방위세를 산출하여 1988. 4. 18. 원고 회사에게 1987년도 귀속 법인세 금252,677,690원 및 이에 대한 방위세 금55,259,810원을 비롯한 위 각 사업년도 귀속 법인세 및 이에 대한 방위세(위와 같이 산출한 세액에서 기납부세액을 차감한 세액임)를 부과 고지하였다가 그 후 1988. 5. 16. 1987년도 법인세 과세표준을 재경정하여 1987년도 귀속 법인세 금27,997,440원 및 방위세 금6,287,200원을 증액 부과 고지함으로써 1987년도 귀속 법인세로 합계 금280,675,130원(252,677,690원+27,997,440원), 이에 대한 방위세로 합계 금61,547,010원(55,259,810원+6,287,200원)을 부과 고지하였으며, (2) 위와 같이 위 각 사업년도의 법인세 과세표준을 경정함에 있어 위 익금산입 및 손금불산입 항목으로 보아 법인세 과세표준에 가산한 금원 가운데 외상매출금 누락분중 각 사업년도에 회수된 금원, 실제거래용 장부에 계상되어 있지 아니하나 세무신고용 장부에 계상된 제조원가와 일반관리비등의 가공경비등 별지 2 기재의 각 금원은 사내에 유보되어 있지 아니하고 사외로 유출되었다고 하여 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조 제5항, 법인세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조의 2 제1항 제1호에 의하여 이를 위 각 사업년도 당시의 원고 회사의 대표이사에게 귀속되었다고 보아 대표이사에 대한 상여로 인정하여(1882년부터 1986년까지의 각 사외유출금은 위 전ㅇㅇ에게, 1987년도의 사외유출금중 1987. 8. 14.까지의 기간에 해당되는 사외유출금은 위 전ㅇㅇ에게, 그 나머지 기간에 해당되는 사외유출금은 그 후임 대표이사인 소외 천ㅇㅇ에게 각 귀속된 것으로 인정하였다), 그 시경 원고 회사에게 소득금액변동통지서를 보냈으나 원고 회사에서 법정기한까지 위 대표이사로부터 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세를 원천징수하여 납부하지 아니하였다 하여 별지 1 기재와 같이 원고 회사에게 1988. 5. 16. 1982년도부터 1987년도까지의 귀속 각 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세를 각 부과 고지하였다가 1988. 6. 16. 그 중 1987년도의 갑종 근로소득세 및 방위세를 증액 부과 고지함으로써(갑제1호증의 7 내지 12, 갑제22호증, 을제7호증의 1 내지 6) 별지 1 기재와 같이 1987년도 귀속 갑종근로소득세로 합계 금427,090,380원(그 중 전ㅇㅇ에 대한 갑종근로소득세 금269,688,470원, 천ㅇㅇ에 대한 갑종근로소득세 금157,401,910원), 이에 대한 방위세로 합계 금77,652,790원(그중 전ㅇㅇ에 대한 방위세 금49,034,250원, 천ㅇㅇ에 대한 방위세 금28,618,520원)을 부과 고지하였다.",다. 원고는 위 각 과세처분에 불복하여 이의신청 및 심사청구를 거쳐 국세심판소에 심판청구를 하였으나 1989. 4. 22. 기각결정을 받고 그 시경 그 결정을 송달받았다.

2. 청구의 변경과 이 법원의 심판범위

가. 청구의 변경

(1) 원고는 이 법원 1989. 6. 15. 접수 소장에서 위 각 과세처분중 1983년도부터 1987년도까지의 귀속 각 법인세 및 이에 대한 방위세 부과처분과 1988. 5. 16. 부과한 1982년도부터 1987년도까지의 귀속 각 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분의 취소를 구하였다가 그 후 1992. 5. 26.자 접수 청구취지변경신청서로 청구취지를 변경하여 1987년도 귀속 법인세 및 이에 대한 방위세 부과처분 전부, 1983년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분중 갑종근로소득세 금90,735,060원 및 방위세 금16,467,070원을 초과하는 부분, 1984년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분중 갑종근로소득세 금293,229,940원 및 방위세 금56,965,980원을 초과하는 부분, 1985년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분중 갑종근로소득세 금17,325,690원 및 방위세 금2,310,120원을 초과하는 부분, 1986년도와 1987년도 귀속 각 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분 전부에 대하여 각 취소를 구하는 것으로 변경하였다.

(2) 이에 대하여, 환송전 당심은 1993. 2. 24. 1987년도 귀속 법인세 및 이에 대한 방위세 부과처분중 법인세 금173,200,800원 및 방위세 금29,772,400원을 초과하는 부분, 1983년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분중 갑종근로소득세 금97,060,700원 및 방위세 금17,647,400원을 초과하는 부분, 1984년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분중 갑종근로소득세 금299,371,240원 및 방위세 금54,431,130원을 초과하는 부분, 1985년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분중 갑종근로소득세 금309,813,560원 및 방위세 금56,820,280원을 초과하는 부분, 1986년도와 1987년도 귀속 각 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분 전부를 각 취소하고, 원고의 나머지 청구를 기각한다는 내용의 원고 일부승소 판결을 선고하였고, 이에 대하여 원고와 피고는 각 패소부분 전부에 관하여 불복 상고하였던 바, 대법원은 1994. 11. 18. 원심 판결중 피고 패소부분을 파기하고 이 부분을 이 법원에 환송하고 원고의 상고를 기각한다는 내용의 판결을 선고하였다.

(3) 그 후 원고는 이 법원 1996. 1. 18.자 접수 청구취지변경 및 청구원인보충서로 청구취지란 기재와 같이 1982년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분의 취소청구를 추가하고, 1983년도, 1984년도 및 1985년도 귀속 갑종근로소득세 및 방위세 부과처분 전부의 취소를 구하는 것으로 청구를 확장하는 등 청구를 변경하였다.

나. 이 법원의 심판범위

환송전 당심 판결에 대하여 원고와 피고 쌍방이 상고하였다가 그 후 위와 같이 원고 패소부분에 관한 원고의 상고가 기각됨으로써 동 부분이 확정되었다고 할 것이므로, 이 법원의 심판범위는 위 확정된 원고 패소부분{1987년도 귀속 법인세 및 이에 대한 방위세 부과처분중 법인세 금173,200,800 및 방위세 금29,772,400원, 1983년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분중 갑종근로소득세 금6,325,640원(97,060,700원-90,735,060원) 및 방위세 금1,180,330원(17,647,400원-16,467,070원), 1984년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분중 갑종근로소득세 금6,141,300원 (299,371,240원-293,229,940원), 1985년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분중 갑종근로소득세 금292,487,870원(309,813,560원-17,325,690원) 및 방위세 금54,510,160원(56,820,280원-2,310,120원) 부분}을 제외한 나머지 부분으로 한정된다고 할 것이다.

3. 본안전 항변에 관한 판단

피고는, 이 사건 소중 1982년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세부과처분의 취소를 구하는 부분, 1983년도부터 1985년도까지의 귀속 각 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분의 취소를 구하는 부분중 위와 같이 환송판결후 청구를 확장한 부분은 각 제소기간을 도과하여 부적법하므로 각하되어야 한다고 본안전 항변을 한다.

그러므로 살피건대, 소득세 등과 같이 일정한 기간을 과세단위로 하는 세목에 있어서 과세기간을 달리하는 과세처분은 각기 독립한 별개의 처분이라고 보아야 하므로, 특별한 사정이 없는 한 국세기본법 제56조에서 규정하고 있는 제소기간의 준수 여부도 각 처분별로 판단하여야 할 것인 바(1996. 2. 23.선고 95누12057 판결), 이 사건 소중 1982년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분의 취소를 구하는 소는 국세심판소의 심판청구기각결정을 받은 날로부터 국세기본법 제56조에서 정하고 있는 제소기간 60일을 훨씬 경과한 후에야 제기되었으므로(원고가 위와 같이 이 사건 소장에서 1982년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세부과처분의 취소를 구한 바 있다하더라도 그 후 1992. 5. 26.자 접수 청구취지변경신청서로 이 부분의 청구를 제외하는 것으로서 청구취지를 변경함으로써 이 부분에 관한 소를 취하하였다할 것이므로, 환송판결후 다시 추가된 1982년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세부과처분의 취소를 구하는 소에 관한 제소기간의 준수여부는 그 추가된 청구취지변경일을 기준으로 하여야 할 것이다) 부적법하다고 할 것이므로, 이 부분에 관한 원고의 본안전 항변을 이유 있다고 할 것이나, 1983년도부터 1985년도까지의 귀속 각 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분의 취소를 구하는 부분중 위와 같이 환송판결후 청구를 확장한 부분은 그 확장전의 위 각 과세기간에 대한 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세부과처분과 독립한 별개의 처분이 아니라 할 것이고, 위 확장전의 위 각 과세기간에 대한 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분의 취소를 구하는 소는 국세심판소의 심판청구기각결정을 받은날로부터 제소기간내에 제기되었으므로, 이 부분에 관한 원고의 본안전 항변은 이유 없다.

4. 이 사건 과세처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 과세처분이 위법하다고 주장한다.

"(1) 1987년도에는 원고회사에 실제거래에 의한 정식장부만을 비치하였고, 또 거래 증빙서류 역시 위 정식장부와 일치하는 데, 피고는원고 회사의 담당직원이 1987년도에 작성하다가 업무 미숙으로 일부 거래사실을 누락하여 폐기한 미완성의 장부'를 원고 회사의 실제거래용 장부로 오인하고 이에 근거하여 별지 2 기재의 1987년도 제조원가 금345,675,806원과 일반관리비 금334,865,573원 등 합계 금680,541,379원을 가공경비라 하여 손금부인하고, 이를 법인세 과세표준 및 갑종근로소득세과세표준에 가산하여 이를 토대로 하여 이 사건 1987년도 귀속 법인세 및 이에 대한 방위세부과처분과 1987년도 귀속 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분을 하였으므로, 동 부과처분은 위법하고, 그렇지 아니하더라도 위 가공경비로 손금부인한 금원중 제조원가 금196,504,320원, 일반관리비 금216,504,320원 합계 금412,699,164원은 실제 지출한 비용이므로 이를 1987년도 귀속 법인세 과세표준과 갑종근로소득세 과세표준에서 공제하여야 한다.",(2) 피고가 매출누락금과 가공경비등을 사외유출되었다고 하여 대표이사에 대한 상여로 인정한 근거법령인 법인세법 제32조 제5항이 헌법재판소에 의하여 위헌으로 결정됨으로써 위 조항과 이를 위임근거로 하여 규정된 법인세법시행령 제94조의 2의 규정이 무효로 되었으므로, 위 조항들을 근거로 한 이 사건 각 갑종근로소득세 및 이에 대한 방위세 부과처분은 위법하다.

(3) 피고가 이 사건 부과처분을 함에 있어 1983년도부터 1986년까지의 각 사업년도의 법인세 과세표준 계산시 비용으로 인정하여 손금산입하여 준 합계 금104,110,954원은 사외로 유출된 것이 아니므로, 이를 각 해당년도의 갑종근로소득세 과세표준 계산에서도 이를 공제하여야 한다.

"(4) 원고 회사는피고가 위와 같이 사외유출되어 대표이사에게 귀속되었다고 인정한 금원으로' ① 1985. 7. 20. 소외 ㅇㅇ토건 주식회사와의 사이에 ㅇㅇ연수원 부지공사(ㅇㅇ동 토지 성토공사)에 관한 건설도급공사계약을 체결하고 같은 해 그 공사대금으로 금147,400,000원을 지출하였고, ② 1985. 4. 8.부터 1987. 9. 3. 까지 28회에 걸쳐 합계 금1,002,283,010원을 소외 재단법인 ㅇㅇ육성재단에게 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ도 일대의 교육연수원 및 청소년훈련센터 건립을 위한 토지매입비, 공유수면매립비, 농장운영비등의 자금으로 대여하였는 바, 위 대여금중 금116,420,843원은 1985. 4. 8. 대여하고, 1985년도에 사내유보되었다가 이월된 금76,283,460원을 1987년도에 대여하였으며,③1986. 7. 28. 소외 사회복지법인 ㅇㅇ원에게 건물신축공사비로 금300,000,000원을 대여하였고, ④ 주식회사 ㅇㅇ기업에게 1987. 3. 16. 금200,000,000원, 같은 달 31. 금280,000,000원을 대여하였다가(그중 금79,182,745원은 1986년도에 사내유보되었다가 이월된 금원으로 대여한 것이다) 그 중 금80,000,000원을 변제받았으므로, 위 각 금원중 위 ㅇㅇ토건주식회사에게 지급한 ㅇㅇ동 토지 성토공사비 금147,400,000원, 위 재단법인 ㅇㅇ육성재단에게 대여한 금원중 1985. 4. 8. 대여한 116,420,843원과 1985년도에 사내유보되었다가 이월된 금원으로 1986년도에 대여한 금474,571,136원에 상당하는 금원은 1985년도 귀속 갑종근로소득세 과세표준에서, 위 재단법인 ㅇㅇ육성재단에게 대여한 금원중 1886년도에 사내유보된 금원으로 1986년도에 대여한 금335,007,571원, 1986년도에 사내유보되었다가 이월된 금원으로 1987년도에 대여한 금76,283,460원, 1986. 7. 28. 위 사회복지법인 ㅇㅇ원에게 대여한 금300,000,000원, 위 주식회사 ㅇㅇ기업에게 대여한 금원중 1986년도에 사내유보된 금원으로 대여한 금79,182,745원에 상당하는 금원은 1986년도 귀속 갑종근로소득세 과세표준에서, 위 주식회사 ㅇㅇ기업에게 대여한 금원중 나머지 금 원320,817,255원(변제받고 남은 금400,000,000원-79,182,745원)에 상당하는 금원은 1987년도 귀속 갑종근로소득세 과세표준에서 각 공제하여야 한다.",나. 관계법령

(1) 법인세법 관련 규정

(가) 법인세법 제9조 제1항은 내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 제2항은 익금이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다고 규정하며, 제3항은 손금이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다고 규정하고 있다.

(나) 그리고, 같은 법 제32조 제1항은 정부는 내국법인이 제26조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다고 규정하고, 제2항은 정부는 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다고 하면서, 제1호로 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때를 규정하고 있다.

그리고 제5항은 법인세법 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입할 금액의 처분은 대통령령이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있다.

(다) 한편, 법인세법 시행령 제94조의 2 제1항은 법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세법 제32조 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입할 금액의 처분은 다음 각 호의 규정에 의한다(관계없는 부분 생략, 이하 같다)고 하면서, 제1호로 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것임이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여・배당・기타소득・기타사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 하고, 나목에서 귀속자가 사용인(임원인 경우를 포함한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 한다고 규정하고 있다.

(2) 소득세법 관련 규정

(가) 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것) 제21조는 근로소득은 당해 년도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다고 하면서, 제1호 갑종근로소득에 관하여 (가)목에서 근로의 제공으로 인하여 받는 봉급・급료・보수・세비・상여・수당과 이와 유사한 성질의 급여를, (나)목에서 법인의 주주총회・사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 의하여 상여로 받는 소득을, (다)목에서 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액 등을 규정하고 있고, 제5항은 근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다.

(나) 그리고, 소득세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문 개정되기 전의 것) 제43조는 법 제21조 제5항에 규정하는 근로소득의 범위에는 다음 각 호의 금액을 포함한다고 하면서, 제1호로 기밀비(판공비를 포함한다)・교제비・직무별봉 기타 이와 유사한 명목으로 지급한 것으로서 사업을 위하여 사용된 것이 분명하지 아니한 급여를 규정하고 있다.

(다) 한편, 소득세법 제 142조 제1항은 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다고 하면서 제4호로 갑종에 속하는 근로소득금액을 규정하고 있고, 제143조는 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 납입하여야 한다고 규정하고 있다.

그리고, 제150조 제4항은 법인세법에 의하여 처분되는 상여는 대통령령이 정하는 날에 지급하는 것으로 본다고 하면서 이를 받은 같은 법 시행령 제198조 제1항은 법 제150조 제4항에 규정하는 상여는 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장이 그 결정 또는 경정일로부터 15일 내에 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다고 하고, 제2항은 제1항의 상여는 당해 법인이 동항의 통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 본다고 규정하고 있다.

다. 사실인정

앞에서 인용한 증거들과 갑제5호증의 1 내지 갑제6호증의 3, 을제8호증의 1 내지 을제10호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 아래의 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 증인 선ㅇㅇ, 이ㅇㅇ, 박ㅇㅇ, 황ㅇㅇ의 각 일부 증언은 위 인용증거들에 비추어 믿지 아니하며, 달리 반증이 없다.

(1) 소외 전ㅇㅇ은 1981. 10. 6.부터 1987. 7. 20.까지 원고 회사의 대표이사로서 실질상 원고 회사의 발행주식 전부를 소유하고 있으나 주주명부상으로는 원고 회사의 발행주식 51퍼센트를 소유한 것으로 등재되어 있는 사실상 원고 회사의 1인 주주이었다.

(2) 위 전ㅇㅇ은 1981년도까지 적자를 내던 원고 회사에서 1982년도부터 상당한 이익을 내자 원고 회사 경리담당직원등과 통모하여 1982년부터 1987년까지 원고 회사에서 발생한 이익금을 원고 회사 내부용인 실제거래용 장부(이른바 비밀장부, 을제9, 10호증은 1987년도의 비밀장부이다)상 가지급금 등의 명목으로 인출하여 이를 타인구좌 혹은 가명으로 예치하는 등하여 위 전ㅇㅇ을 위한 개인자금(이른바 비자금)을 조성하였다가 필요시 마다 이를 인출하여 사용하고, 1982년부터 1987년까지의 각 사업년도의 법인세등 세무신고시 실제거래상 발생한 이익에서 위 가지급금등의 명목으로 인출한 금원을 빼고 남은 금원 상당의 이익만을 발생한 것으로 하여 신고하기 위하여 위 실제거래용장부에 터잡아 외부용인 세무신고용 장부(이른바 신고용장부)를 따로 작성하여 그 장부상에 실제거래용장부에 계상되어 있는 매출액을 누락 시키거나 실제거래용장부에 계상되어 있지 아니한 제조원가와 일반관리비등 각종 비용을 계상하는 등의 방법으로 기재함으로써 이익금을 줄인 다음, 위 세무신고용 장부에 터잡아 재무제표를 작성하고 이를 기초로 하여 익금 및 손금사항을 조정하여 원고 회사의 법인세 과세표준과 세액을 계산하여 신고 납부함으로써, 원고 회사의 세무신고와 실제거래상에 차이가 발생하였다.

(3). 피고는 원고 회사에 대한 특별세무조사를 한 결과 위와 같은 사실을 밝혀내고, 앞에서 본 바와 같이 위 실제거래용장부와 세무신고용장부의 각 항목을 대조하여 그 기재 내용이 일치하지 아니하는 부분을 조사하거나 그 밖에 장부기재를 뒷받침할 증빙의 존부와 신빙성을 검토하는 등의 방법을 사용하여 실지거래라고 인정되는 항목과 세무신고용 장부상의 항목상의 차이를 적출하여 원고 회사의 법인세 신고소득에 가감하여 과세표준을 재계산하여 법인세 및 이에 대한 방위세를 산정 부과하고, 법인세 과세표준에 산입한 금원중 사외유출금으로 보이는 금원을 대표이사에 대한 상여로 보아 이에 대하여 갑종근로소득세와 이에 대한 방위세를 산정부과하였다.

(4) 피고는 1983년도부터 1986년도까지의 각 사업년도에 대한 법인세 부과처분을 함에 있어서 실제거래용 장부에 의하여 실지경비로 지출된 것으로 인정되나 위 각 법인세 과세표준등 신고시 손금으로 산입하지 아니한 1983년도 지출비용 금 4,377,800원, 1984년도 지출비용 금26,412,247원, 1985년도 지출비용 금9,381,380원, 1986년도 지출비용 금63,939,527원(합계 금104,110,954원)을 각 해당 사업년도의 손금산입항목으로 하여 각 사업년도의 법인세 과세표준에서 공제하여 주었으나 위 각 비용을 각 해당년도의 갑종근로소득세 과세표준에서 공제하지는 아니하였고, 별지 2 기재의 1987년도 제조원가 금345,675,806원과 일반관리비 금334,865,573원등 합계 금680,541,379원은 1987년도 원고 회사의 실제거래용장부(을제9,10호증)에는 계상되어 있지 아니하나 세무신고용장부에는 계상되어 있던 금원으로서 위 특별세무조사시 제출된 증빙에 의하여 경비로 인정되지 아니한 것이다.

(5) 피고는 1987년도의 사외유출금중 1987. 8. 14.까지의 기간에 해당되는 사외유출금(1987년도의 사외유출금 중 위 기간까지의 일수에 상응하는 사외유출금)은 위 전ㅇㅇ에게(위와 같이 기간을 1987. 8. 14.까지로 한 이유는 알 수 없다), 그 나머지 기간에 해당되는 사외유출금은 그 후임대표이사인 소외 천ㅇㅇ에게 각 귀속된 것으로 인정하여 이를 각 동인들에 대한 상여로 보아 별지 1 기재와 같이 1987년도 귀속 갑종근로소득세와 이에 대한 방위세를 산정하였는 바, 1987년도의 사외유출금 중 위 전ㅇㅇ의 대표이사 재직기간인 1987. 7. 20.까지의 기간에 해당하는 사외유출금만을 위 전ㅇㅇ에 대한 상여로 보아 이에 대하여 1987년 귀속 갑종근로소득세와 방위세를 산정하면, 갑종근로소득세는 금238,076,920원, 방위세는 금43,679,130원이 된다.

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단

앞에서 본 바와 같이 원고회사에서는 1987년도에도 실제거래용장부(을제9,10호증)와 세무신고용장부를 따로 작성하였고, 별지 2 기재의 1987년도 제조원가 금345,675,806원과 일반관리비 금334,865,573원등 합계 금680,541,379원은 위 실제거래용장부에는 계상되어 있지 아니하나 세무신고용장부에는 계상되어 있던 금원으로서 위 특별세무조사시 제출된 증빙에 의하여 경비로 인정되지 아니한 것이므로 특단의 사정이 없는 한 이는 가공의 경비로서 이를 손금부인하고 법인세등 과세표준에 가산함은 적법하다할 것이고, 한편, 이 법원의 감정인 이ㅇㅇ의 감정결과에는 위 가공경비로 손금부인한 금원중 제조원가 금196,504,320원, 일반관리비 216,504,320원 합계 금412,699,164원은 원고 회사의 비용으로서의 적정성이 인정된다고 하고 있으나 위 감정인의 감정서 및 보충감정서의 기재에 의하면, 위 감정인은 위 감정당시 원고 회사로부터 1987사업년도의 장부와 증빙이라는 것을 제출받고 그 증빙중에서 금액이 추가기입되었거나 영수인의 확인이 없는 것을 제외한 나머지 증빙에 기재된 금액을 비용의 적정성이 인정되는 것으로 판단하여 실지비용이라고 감정한 것으로서, 위와 같이 실지비용이라고 감정된 부분은 모두 원고 회사의 실제거래용장부에는 전혀 그 비용으로 계상되지 아니한 금원일 뿐만 아니라 원고 회사가 이를 실지비용이라고 하면서도 원고 회사의 위 실제거래용장부에 이를 비용으로 기장하지 아니한 납득할 만한 사정을 밝히지도 아니하고 그에 대한 신빙성 있는 지출 증빙을 제출하지도 아니하고 있는 이 사건에 있어서, 위 감정인의 감정결과만으로는 위 비용을 실지비용이라고 인정하기에 부족하고, 달리, 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 첫 번째 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 관한 판단

(가) 법인세법 시행령 제94조의 2의 효력

헌법재판소는 1995. 11. 30. 선고 94헌바14 및 같은 날 선고 93헌바32 결정으로써 위 법인세법 제32조 제5항은 국민의 권리의무에 관한 기본적인 사항에 해당하는 소득처분에 관련된 과세요건을 정함에 있어서 아무런 기준을 제시함이 없이 하위법규인 대통령령에 전적으로 일임함으로써 포괄적으로 위임하여 조세법률주의와 위임입법의 한계에 관한 헌법규정을 위반하였으므로 위헌이라고 선고하였고, 한편 위 법인세법 시행령 제94조의 2 제1항은 과세대상인 소득의 종류와 납세의무자를 의제하는 규정으로서 법률의 구체적・개별적 수권을 필요로 하는 위임명령에 해당하고, 위 법인세법 제32조 제5항 이외에 소득세법 등 다른 법령에서 위 시행령 규정에 대한 위임근거를 찾아 볼 수도 없으므로, 위 위헌결정으로 인하여 위 법인세법 규정의 효력이 상실되었음은 물론이고 그 규정의 위임에 따라 마련된 법인세법 시행령 제94조의 2 규정 또한 그 근거법률의 효력이 상실됨에 따라서 그 효력을 상실하였다고 할 것이며, 위 위헌결정의 효력은 당해 법률의 조항이 재판의 전제가 되어 이 법원에 계속중인 이 사건에도 미친다고 할 것이다(대법원 1997. 12. 26. 선고 97누4456 판결, 1997. 10. 28. 선고 96누9140 판결, 1997. 10. 24. 선고 97누447판결 및 같은날 선고 97누2429 판결 등 참조).

따라서, 위 법인세법 시행령 조항은 이 사건 각 갑종근로소득세 부과처분의 근거 법령이 될 수 없다고 할 것이다.

(나) 처분사유의 변경

그러나, 과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환・변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니라 할 것인바, 위 소득세법 제142조 제1항, 제143조에 의하면, 국내에서 거주자나 비거주자에게 갑종근로소득금액 등을 지급하는 자는 그 자에 대한 소득세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 납부하여야 하므로 위 법인세법 시행령 제94조의 2에 근거하여 위와 같이 소득금액을 지급한 것으로 의제하는 소득처분과는 별도로 과세관청으로서는 소득의 현실적 귀속 및 소득의 종류를 주장・입증하여 소득세법에 따라 그 법인으로부터 원천징수할 수 있고, 과세표준과 세액이 동일한 원천징수 갑종근로소득세의 세목 아래에서 현실 귀속된 소득에 대한 과세근거 규정만을 달리 주장하는 것은 동일한 소송물의 범위 내에서의 처분사유의 변경에 해당하므로 이를 허용하여야 할 것이다(위 대법원 판결등 참조).

그런데, 이 사건에 있어서 피고는, 가사 위 법인세법 시행령 조항이 이 사건 소득세 부과처분의 근거 법령이 되지 않는다 하더라도 실제로 위 각 사업년도의 매출누락액은 사외유출되어 원고회사의 대표이사인 위 전ㅇㅇ등에게 귀속되었고, 이는 소득세법 제21조 제1항 제1호 가목 소정의 근로의 대가로 지급된 임시적 급여인 상여로서 갑존근로소득에 해당하므로 과세관청으로서는 위 법인세법 시행령 조항에 근거하여 소득금액을 지급한 것으로 의제하는 소득처분과는 별도로 소득세법에 따라 원고회사로부터 이 사건 원천징수소득세를 징수할 수 있으니 이 사건 각 갑종근로소득세 부과처분은 결과적으로 적법하다는 취지의 주장을 하므로, 나아가 이 사건 각 갑종근로소득세 부과처분이 소득세법에 근거한 처분으로서 적법한지에 관하여 살핀다.

(다) 소득세법에 근거한 처분으로서의 이 사건 갑종근로소득세 부과처분의 적법 여부

① 일반적으로 조세소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있으나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 못되는 사정을 입증하지 아니하는 한 당해 세금부과처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다할 것이고, 나아가 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기장하지 아니하거나 법인의 수익으로 되는 부외부채의 상대계정인 현금이 법인의 장부에 기장되지 아니한 경우 또는 가공경비의 계상이 밝혀져 과세소득이 증가하는 경우등에는 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액이나 장부에 기장되지 아니한 현금 또는 가공경비등은 사외로 유출되었다고 추정된다고 할 것인 바(위 대법원 1997. 10. 24.선고 97누447 판결 참조), 이 사건에 있어서도 외상매출금 누락분중 각 사업년도에 회수된 금원으로서 세무신고용 장부에 계상되지 아니한 금원, 실제거래용 장부에 계상되어 있지 아니하나 세무신고용 장부에 계상된 제조원가와 일반관리비등의 가공경비등 별지 2 기재의 각 금원은 특별한 사정이 없는 한 사내에 유보되어 있지 아니하고 사외로 유출된 것으로 추정된다고 할 것이다.

② 한편, 앞에서 본 바와 같이, 위 전ㅇㅇ은 1981. 10. 6.부터 1987. 7. 20.까지 원고 회사의 대표이사로서 실질상 원고 회사의 발행주식 전부를 소유하고 있는 사실상 원고 회사의 1인 주주로서, 경리담당직원고 통모하여 1982년부터 1987년까지 원고 회사에서 발생한 이익금을 원고 회사 내부용인 실제거래용 장부상 가지급금 등의 명목으로 인출하여 이를 타인구좌 혹은 가명으로 예치하는 등하여 위 전ㅇㅇ을 위한 개인자금(이른바 비자금)을 조성하였다가 필요시 마다 이를 인출하여 사용하고, 1982년부터 1987년까지의 각 사업년도의 법인세등 세무신고시 실제거래상 발생한 이익에서 위 가지급금등의 명목으로 인출한 금원을 빼고 남은 금원 상당의 이익만을 발생한 것으로 하여 신고하기 위하여 위 실제거래용장부에 터잡아 외부용인 세무신고용 장부를 따로 작성하여 그 장부상에 실제거래용장부에 계상되어 있는 매출액을 누락시키거나 실제거래용장부에 계상되어 있지 아니한 제조원가와 일반관리비등 각종 비용을 계상하는 등의 방법으로 기재함으로써 이익금을 줄인 다음, 위 세무신고용장부에 터잡아 원고 회사의 법인세 관세표준과 세액을 계산하여 신고 납부함으로써, 원고 회사의 세무신고와 실제거래상에 차이가 발생한 점에 비추어 볼 때, 위에서 인정한 사외유출금은 모두 위 전ㅇㅇ에게 귀속되었다고 봄이 상당하다.

③ 그리고, 법인의 수익이 사외유출되어 대표이사의 소득으로 귀속된 경우 그 소득이 세법상 어떤 종류의 소득에 해당하는가의 문제는 원칙적으로 지급자 및 귀속자의 의사, 귀속자와 법인 사이의 기본적인 법률관계, 소득금액, 소득의 귀속경위 등을 종합하여 판단할 문제로서 간접사실에 의한 추인의 여지를 배제하는 것은 아니며, 법인의 대표이사가 그 지위에서 자신에 대한 가공가수금의 변제 등으로 법인의 수익을 사외 유출시켜 대표이사 자신에게 확정적으로 귀속시켰다면, 특별한 사정이 없는 한 이러한 소득은 대표이사에 대한 상여 내지 이와 유사한 임시적 급여로서 근로소득에 해당하는 것으로 추인할 수 있다고 할 것인 바(위 대법원 1997. 12. 26. 선고 97누4456 판결 참조), 이 사건에 있어서, 원고 회사의 대표이사이자 사실상 1인 주주인 위 전ㅇㅇ이 위와 같이 실제거래용장부상 가지급금등의 명목으로 원고 회사의 수익을 사외 유출시켜 이를 자신에게 귀속시켰으므로, 특별한 사정이 없는 한 위 전ㅇㅇ에게 귀속된 사외유출금중 위 전ㅇㅇ의 대표이사 재직기간중의 사외유출금(1982년도부터 1987. 7. 20.까지의 사외유출금)은 별단의 사정이 없는 한 위 전ㅇㅇ에 대한 근로소득에 해당하는 것으로 추인함이 상당하다.

④ 따라서, 이 사건 각 갑종근로소득세 부과처분중 위 전ㅇㅇ의 대표이사 재직기간중의 사외유출금을 위 전ㅇㅇ에 대한 상여로 보고 한 처분은 결과적으로 위 소득세법을 근거 법령으로 한 적법한 처분이고 이에 대한 방위세부과처분도 적법하다고 할 것이므로, 이 부분에 관한 원고의 두 번째 주장은 결국 이유 없다할 것이다.

"그러나, 1987년도 사외유출금중 위 전ㅇㅇ의 대표이사 재직기간인 1987년 7. 20.후인 1987. 7. 21.부터 1987. 8. 14.까지의 기간에 대한 사외유출금은위 기간동안 위 전ㅇㅇ이 원고 회사의 임원 등 근로소득을 얻을 수 있는 지위에 있었다는 피고의 주장과 입증이 없는 이 사건에 있어서' 비록 위 전ㅇㅇ에게 귀속되기는 하였지만 위 전ㅇㅇ에 대한 상여등 근로소득으로 볼 수는 없다 할 것이어서 1987. 1. 1.부터 1987. 8. 14.까지의 기간에 대한 사외유출금을 위 전ㅇㅇ에 대한 상여로 보고 한 갑종근로소득세 금 269,688,470원 및 이에 대한 방위세 금49,034,250원의 부과처분 중 1987. 1. 1.부터 위 전ㅇㅇ의 대표이사 재직기간인 1987. 7. 20.까지의 기간에 대한 사외유출금만을 위 전ㅇㅇ에 대한 상여로 보아 산정한 갑종근로소득세 금238,076,920원 및 이에 대한 방위세 금43,679,130원을 초과하는 부분은 위법하다할 것이고, 한편, 1987년도 사외유출금중 1987. 8. 15. 이후의 기간에 대한 사외유출금을 위 천ㅇㅇ에게 귀속된 것으로 보아 이를 위 천ㅇㅇ에 대한 상여로 보고 한 갑종근로소득세 금157,401,910원 및 이에 대한 방위세 금28,618,520원의 부과처분은 동 사외유출금이 위 천ㅇㅇ에게 귀속되었다는 점에 관한 피고의 아무런 주장과 입증이 없는 이 사건에 있어서 위법한 처분이라고 할 것이다(오히려, 동 사외유출금도 위 전ㅇㅇ에게 귀속된 것으로 볼 것임은 앞에서 본 바와 같다).",(3) 원고의 세 번째 주장에 관한 판단

피고가 1983년도부터 1986년까지의 각 사업년도에 대한 법인세 부과처분을 함에 있어서 실제거래용 장부에 의하여 실지경비로 지출된 것으로 인정되나 위 각 법인세 과세표준등 신고시 손금으로 산입하지 아니한 1983년도 지출비용 금4,377,800원, 1984년도 지출비용 금26,412,247원, 1985년도 지출비용 금9,381,380원, 1986년도 지출비용 금63,939,527원(합계 금104,110,954원)을 각 해당 사업년도의 손금산입항목으로 하여 각 사업년도의 법인세 과세표준에서 공제하여 주었음은 앞에서 본 바와 같으나, 위와 같은 사정만으로 곧 앞에서 본 매출누락금이나 가공경비등의 금원중 위 법인세 과세표준에서 공제하여 준 비용에 상당한 금원이 사외로 유출되지 아니하였다고 볼 수 없어(위 매출누락금이나 가공경비로 계상하고 실제거래용장부상 가지급금등의 명목으로 인출한 금원으로 위 비용을 지출하였다고 볼 수 없다), 위 각 사업년도의 비용상당액은 이를 각 해당년도의 갑종소득세 과세표준에서 당연히 공제할 금원은 아니라고 할 것이므로, 원고의 세 번째 주장 또한 이유 없다.

(4) 원고의 네 번째 주장에 관한 판단

앞에서 인용한 증거들에 비추어, 갑제7호증의 1 내지 갑제21호증, 갑제24호증의 1, 2, 3의 각 기재 내용만으로는 원고 회사가(원고 회사의 대표이사인 위 전ㅇㅇ이 원고 회사를 대표하여) 원고 주장의 위 공사대금 및 대여금등을 이 사건 갑종근로소득세 부과처분의 대상이 된 위 매출누락금이나 가공경비로 계상하고 실제거래용장부상 가지급금등의 명목으로 인출한 금원(사외유출금)으로 지출하였다고 인정하기에 부족하고, 그 외 달리 이 법원이 믿지 아니하기로 한 위 증인들의 일부 증언 외에는 이를 인정할 증거가 없으므로, 이를 전제로 한 원고의 네 번째 주장 또한 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 이 사건 소중 1982년도 귀속 갑종근로소득세 금88,581,000원 및 이에 대한 방위세 금16,105,630원의 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 이를 제외한 원고의 나머지 청구중 피고가 1988. 6. 16. 원고에 대하여 한 1987년도 귀속 갑종근로소득세 금427,090,380원과 이에 대한 방위세 금77,652,790원의 부과처분중 갑종근로소득세 금238,076,920원 및 방위세 금43,679,130원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 그 나머지 청구(다만, 환송판결에서 확정된 부분 제외)는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.