대전고등법원 2008. 06. 26. 선고 2007누2478 판결

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제목

지방 공기업법에 의해 설립된 법인의 사업장폐기물처리용역이 과세대상인지 여부

요지

국가 또는 지방자치단체와 출자관계에 있는 법인 또는 지방 공기업법에 의해 설립된 법인이 사업장폐기물처리용역을 수행한 것은 과세되는 용역이며, 잘못된 사실관계에 따라 판단한 국세심판원의 결정은 공적인 견해표시에 해당되지 않아 신의성실원칙에 반한다고도 할 수 없음으로 가산세부과처분도 정당함

주문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 2005.07.21. 한 2000년도 1기분 부가가치세 40,560,217원의, 2005.11.04. 한 2000년도 2기분 부가가치세 88,051,844원의, 2001년도 1기분 부가가치세 41,853,680원의, 2001년도 2기분 부가가치세 95,757,838의, 2002년도 1기분 부가가치세 41,901,548원의, 2002년도 2기분 부가가치세 106,252,232원의, 2003년도 1기분 부가가치세 45,915,926원의, 2003년도 2기분 부가가치세 107,967,711원의, 2004년도 1기분 부가가치세 48,744,886원의, 2004년도 2기분 부가가치세 102,408,411원의 각 부과처분을 취소한다(원고는 피고의 감액경정처분에 따라 당심에 이르러 청구취지를 감축하였다).

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1994년경부터 현재까지 소외 ○○시장과 사이에 원고가 ○○시 일원에서 배출되는 폐기불의 반입과 폐기물처리시설의 운영 · 관리업무 등을 대행하기로 하는 내용의 계약(이하 '이 사건 대행계약'이라 한다.)을 체결하고 폐기물처리업무를 수행하여 왔다.

나. 원고는 피고에게 2000년도 1기분부터 2004년도 2기분까지 부가가치세 신고를 함에 있어 이 사건 대행계약에 따라 사업장폐기물의 처리와 관련하여 ○○시로부터 지급받은 대행사업비(이하 '이 사건 대행사업비'라 한다.)를 부가가치세 면제 대상으로 신고하였다.

다. 이에 대하여 피고는 이 사건 대행사업비를 부가가치세 과세대상으로 보아 이를 각 과세기간별로 원고의 부가가치세 과세표준에 산입하고 신고불성실가산세, 납부불성실가산세 및 세금계산서미교부가산세 또는 세금계산서합계표미제출가산세를 가산하여, 2005.07.21. 원고에 대하여 2000년도 1기분 부가가치세 48,965,550원의 부과처분을 하였고, 2005,11.04.원고에 대하여 2000년도 2기분 부가가치세 99,398,310원의, 2001년도 1기분 부가가치세 47,973,200원의, 2001년도 2기분 부가가치세 131,760,540원의, 2002년도 1기분 부가가치세 68,657,970원의, 2002년도 2기분 부가가치세 120,045,850원의, 2003년도 1기분 부가가치세 52,684,550원의, 2003년도 2기분 부가가치세 120,362,370원의, 2004년도 1기분 부가가치세 55,549,420원의, 2004년도 2기분 부가가치세 114,545,940원의 각 부과처분을 하였다.

라. 원고는 ① 2005. 10. 18. ○○지방국세청장에게 2000년도 1기분 부가가치세 부과처분에 대하여 이의신청을 하였는데, ○○지방국세청장은 원고의 이의신청을 일부 받아들여 2006.01.17. 2000년도 1기분 부가가치세액을 40,560,217원으로 감액경정하였고, ② 2006.01.27. ○○지방국세청장에게 2000년도 2기분부터 2004년도 2기분까지의 각 부가가치세 부과처분에 대하여 이의신청을 하였는데, ○○지방국세청장은 원고의 이의신청을 일부 받아들여 2006.04.04. 2000년도 2기분 부가가치세액을 88,051,844원으로, 2001년도 1기분 부가가치세액을 41,853,680원으로, 2001년도 2기분 부가가치세액을 95,757,838원으로, 2002년도 1기분 부가가치세액을 41,901,548원으로, 2002년도 2기분 부가가치세액을 106,252,232원으로, 2003년도 1기분 부가가치세액을 45,915,926원으로, 2003년도 2기분 부가가치세액을 107,967,711원으로, 2004년도 1기분 부가가치세액을 48,744,886원으로, 2004년도 2기분 부가가치세액을 102,408,411원으로 각 감액 경정하였다(이하 피고가 2005.07.21. 부과한 2000년도 1기분 부가가치세와 2005. 11. 04. 부과한 2000년도 2기분부터 2004년도 2기분까지의 부가가치세에 대한 각 과세처분중 위 이의신청에 따른 감액경정에 의하여 취소된 부분을 제외한 나머지 부분을 '이 사건 각 처분'이라 한다.).

〔인정근거〕 다툼없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증, 갑 제7호증 내지 갑 제9호증, 갑 제12호증, 갑 제14호증, 을 제1호증, 을 제3호증(각 가지번호 포함) 의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고가 이 사건 각 처분이 관련 법령에 따른 적법한 처분이라고 주장함에 대하여, 원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 각 처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 면제대상 용역 및 위 · 수탁관계

원고는

○○시가 처리하여야 할 사업장폐기물 처리 용역을 이 사건 대행계약에 따라 ○○시로부터 위탁받아 수행한 것으로서 결국 이 사건 대행계약에 따른 용역은 실질적으로 ○○시가 제공하는 용역이라고 할 것이므로, 이는 부가가치세법이 규정하는 면제대상이어서 수탁자인 원고에 대하여 부가가치세가 부과되어서는 아니된다.

(2) 폐기물처리용역의 제공과 이 사건 대행사업비의 대가관계

이 사건 대행사업비 중 대행수수료를 제외한 나머지 부분은 사업장폐기물처리 용역과 사이에 대가관계가 없으며 대전광역시가 부담하여야 할 비용을 원고가 단순히 대납한 것에 지나지 아니하므로 부가가치세의 과세대상이 아니다.

(3) 신의성실의 원칙 및 금반언의 원칙 위반

국세심판원은 2000전1102 국세심판청구사건에서 원고의 폐기물처리시설의 운영 · 관리 대행사업은 부가가치세 면제대상이라고 결정한 바 있고, 그에 따라 피고는 원고에게 경정결정을 통하여 일부 부가가치세를 환급한 적이 있으며, 그 후부터 원고에 대하여 사업장폐기물처리 용역에 관하여 부가가치세를 부과하지 않고 있다가 5년 이상이 경과한 뒤에 이 사건 각 처분을 한 것은 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙에 반한다.

(4) 가산세 부과

위 (3)항의 경위에 비추어 볼 때, 원고는 피고가 부과한 각 부가가치세를 신고납부하지 못한 것에 대하여 정당한 사유가 있었다고 할 것이고, 특히 2000년 1기분부터 2001년 1기분까지의 각 부가가치세에 대하여는 이미 피고에게 부가가치세를 신고납부하였다가 국세심판원의 결정에 따라 피고로부터 이를 환급받았는바, 사정이 이러하다면 원고가 이 사건 대행사업비에 대한 부가가치세를 신고 · 납부하지 아니한 것에 정당한 이유가 있다 할 것이므로 이에 대해서까지 가산세를 부과한 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 면제대상 용역 또는 위· 수탁관계 여부

살피건대, 제1항에서 인정한 사실에서 알 수 있는 바와 같이 피고가 이 사건 각 처분에서 부가가치세 과세대상으로 삼은 것은 이 사건 대행계약에 따라 원고가 ○○시에게 제공한 용역에 한정되고, 원고가 사업장폐기물 배출 사업자로부터 받은 사업장폐기물의 반입수수료 등은 과세대상으로 삼지 아니한 점에서 비추어 볼 때, 이 사건 각 처분의 과세원인이 되는 용역은 원고가 폐기물 배출 사업자에게 폐기물 반입과 관련하여 제공한 용역이 아니라 원고가 ○○시에게 제공한 사업장폐기물처리 대행용역으로서 이러한 용역은 구 부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제17호가 규정하는 면제대상 또는 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 구 부가가치세법 시행령(2006. 02. 09. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법 시행령'이라 한다) 제38조가 규정하는 면제대상에 해당하지 아니한다.

또한, 부가가치세법 제6조 제5항은 "위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 있어서

는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니한다"고 규정하고 있으나, 위 규정은 원고가 ○○시로부터 위탁받아 처리하는 제3자와 관련되는 업무, 즉 원고와 폐기물 반입과 관련된 폐기물배출사업자 사이 등에서 적용되는 것일 뿐 원고가 ○○시에 제공하는 용역에 대해서는 적용될 수 없다고 할 것이다.

따라서, 원고의 이부분 주장은 이유없다.

(2) 이 사건 대행사업비 중 대행수수료를 제외한 부분이 폐기물처리용역과 대가관계에 있는지 여부

(가) 부가가치세법 제13조, 구 부가가치세법 시행령 제48조 제1항에 의하면, 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금 · 요금 · 수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가 관계 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다고 할 것이다.

(나) 이 사건으로 돌아와 보건대, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 5, 갑 제12호 증, 갑 제14호증 내지 갑 제16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고와 ○○광역시는 이 사건 대행계약을 체결함에 있어 이 사건 대행사업비를 매년 총액으로 정한 사실, ② 그리하여 원고는 이 사건 대행계약과 관련하여 ○○시로부터 매년 사업비(시설비), 인건비(급여, 수당, 퇴직금), 경비(복리후생비, 여비, 소모품비, 공공요금 등), 자본예산(공구비품 등), 대행수수료로 구성된 이 사건 대행사업비를 총액으로 일괄 지급받아온 사실, ③ 원고는 이 사건 대행사업비 전체를 독자적인 수입과 지출로 회계처리하고 있는 사실, ④ 이 사건 대행사업비 중 인건비의 지급대상이 되는 직원은 모두 원고 소속 직원으로 원고의 대표이사가 임명하는 사실, ⑤ 원고는 피고에게 부가가치세 신고를 하면서 이 사건 대행사업비 중 대행수수료 부분에 대해서만 수입금액으로 신고한 것이 아니라 이 사건 대행사업비 전액을 원고의 수입금액으로 신고함과 아울러 이 사건 대행사업비 중 대행수수료를 제외한 부분에 대하여도 원고의 소득금액 계산시 손금에 산입하였던 사실이 인정된다.

위 인정사실에다가 관련 규정의 취지를 종합하면, 이 사건 대행사업비에 포함된 시설비, 인건비, 경비 등은 단순히 원고가 ○○시를 위하여 지출을 대행한 것이 아니라 ○○시에게 제공하는 폐기물처리용역을 처리하기 위하여 그의 계산으로 지출한 것으로서 부가가치세법 제13조 제1항, 구 부가가치세법 시행령 제48조 제1항이 정하는 '거래상대자로부터 받은 대금 · 요금 · 수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것'에 포함된다고 할 것이므로(대법원 2003.04.11. 선고 2001두10707 판결 참조), 그 금원을 포함한 이 사건 대행사업비 전체가 원고의 폐기물처리용역과 서로 대가관계에 있다고 할 것이다.

(다) 한편, 갑 제2호증의 1 내지 5, 갑 제12호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 대행계약상 이 사건 대행사업비와 관련하여 원고가 전년도 8월 말까지 미리 예산을 편성하여 ○○시의 승인을 받아 그 승인 범위 내에서 집행하여야 하고 승인된 집행사항 중 중요한 변경사항이 있는 경우 ○○시의 재승인을 받아야 하며 다음해 3월 초까지 위탁비용집행정산서를 ○○시에게 정산, 보고하여야 하는 것으로 약정되어 있는 사실은 인정되나, 이는 원고가 지출한 시설비, 인건비, 경비 등을 사후 정산하는 것에 목적이 있는 것이 아니라 원고가 ○○시와 출자관계에 있는 법인 또는 지방 공기업법에 의해 설립된 법인이라는 이유로 대행수수료를 포함한 전체 대행사업비의 지출에 대하여 ○○시로부터 통제를 받는 것에 불과할 뿐이라고 할 것이어서, 위와 같은 사정만으로 위 (나)항의 인정과 달리 이 사건 대행사업비에 포함된 시설비, 인건비, 경비 등과 원고의 폐기물처리용역과 사이의 대가관계를 부정할 수는 없다고 할 것이다.

(라) 따라서, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙 위반 여부

(가) 살피건대, 갑 제3호증, 을 제6호증, 을 제13호증, 을 제16호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, ① 국세심판원은 2000. 12. 22. 2000전 1102 국세심판청구사건에서, 원고가 대행하는 폐기물처리용역이 생활폐기물 처리용역임을 전제로 하여 원고의 폐기물처리용역이 부가가치세 면제대상인 것으로 보고서 원고에게 부과된 1994년도 2기분부터 1999년도 1기분까지의 각 부가가치세 과세처분 중 생활폐기물처리용역에 관한 부분의 과세를 취소하여 감액경정하는 결정(이하 이를 '이 사건 국세심판원 결정'이라 한다.)을 한 사실, ② 피고는 2005년 이전까지는 원고의 사업장폐기물 처리 대행사업에 대하여 부가가치세를 부과하지 않고 있다가 이 사건 각 처분을 하기에 이른 사실은 인정되나, 한편, 이 사건 국세심판원 결정이 사업장폐기물처리용역을 포함하여 원고가 수행하는 모든 폐기물처리용역이 부가가치세 면제대상이라고 결정한 것은 아니므로, 과세관청이 원고에게 사업장폐기물처리용역이 부가가치세 면제대상이라는 취지의 공적인 견해를 표명하였다고 볼 수 없어 피고의 이 사건 각 처분이 신의성실의 원칙이나 금반언의 원칙에 반한다고 할 수 없다.

(나) 나아가 원고가 주장하는 바와 같이 피고가 이 사건 국세심판원 결정 이후 5년간 원고의 사업장폐기물처리용역에 대하여 부가가치세를 부과하지 아니하다가 이 사건 각 처분을 하였다는 사정만으로는 그것이 세법상의 신의성실의 원칙이나 금반언의 원칙에 반한다고 할 수 없으므로(대법원 1993. 02. 23. 선고 92누12919 판결 참조), 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

(4) 가산세 부과의 위법 여부

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의 · 과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 · 착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 06. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).

살피건대, 위 제2의 다. (3)항에서 인정한 바와 같이 이 사건 국세심판원 결정에서는 원고의 폐기물처리용역 전체를 부가가치세 면제대상으로 결정한 것이 아니라 그 중 생활페기물처리용역에 대하여만 면제되는 것으로 결정한 것이므로, 원고가 폐기물 처리용역 전체가 면제대상이라고 받아들인 것은 이 사건 국세심판원 결정의 취지를 잘못 이해한 것으로 보이며, 이러한 착오는 이사건 각 처분에서의 가산세 부과가 면제되는 정당한 사유에 해당하지 않는다고 할 것이다.

(나) 한편, 갑 제6호증의 11, 을 제18호증의 2 내지 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 원고가 신고납부한 2000년 1기분부터 2001년 1기분까지의 각 부가가치세에 대하여 원고의 경정청구에 따라 감액경정결정을 하고 감액된 세액을 환급한 사실은 인정된다.

그러나 을 제13호증의 2, 을 제18호증의 2 내지 4의 각 기재에 의하면, ① 원고는 피고에게 2000년도 1기분부터 2001년도 1기분까지의 부가가치세에 대하여 경정청구를 하였으나 그 중 이 사건 국세심판원 결정에 따라 경정청구를 한 것은 2000년도 2기분 부가가치세뿐이었던 사실, ② 피고는 2000년도 1기분 및 2001년도 1기분 부가가치세에 대하여는 매입세액의 증가를 이유로 환급결정을 한 것으로서 경정결정을 함에 있어 매출세액은 오히려 증가되었던 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면 피고가 위와 같이 각 경정결정을 함에 있어 이 사건 각 처분의 과세표준이 된 사업장폐기물처리용역과 관련한 대행사업비를 매출세액에서 공제한 것은 2000년 2기분 부가가치세에 한정된다 할 것이므로, 위 각 경정결정은 이 사건 각 처분 중 2000년도 1기분 및 2001년도 1기분 부가가치세 부과처분과는 관계가 없어 적어도 그에 대하여는 원고에게 가산세 부과를 면할 정당한 사유가 되진 않는다고 할 것이다.

나아가 2000년도 2기분 부가가치세와 관련하여 보건대, 갑 제3호증, 을 제13호증의 2, 을 제16호증, 갑 제17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 피고에게 자진 신고하였던 2000년 2기분 부가가치세 예정신고분에 대하여 사업장폐기물처리용역 부분을 포함한 전체 대행사업비를 과세표준에서 제외시키는 내용의 경정청구를 한 사실, ② 원고가 위 경정청구를 할 당시 이 사건 국세심판원 결정은 생활폐기물처리용역과 관련된 대행사업비만을 부가가치세 과세대상에서 제외하기로 결정하였을 뿐인 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 원고는 위 경정청구를 함에 있어 생활폐기물처리용역에 관한 대행사업비만이 부가가치세 과세대상에서 제외되고 사업장폐기물처리용역에 관한 대행사업비는 면제대상에 해당하지 않는다는 사정을 알 수 있었음에도 착오 등으로 사업장폐기물처리용역에 관한 대행사업비를 포함한 전체 대행사업비를 과세표준에서 제외시키는 내용의 경정청구를 하여 피고로부터 감액경정결정과 환급을 받았다고 할 것이므로 피고의 감액경정결정과 환급은 이러한 원고의 잘못된 경정청구에 기인한 것이고, 비록 과세관청인 피고가 이러한 잘못된 경정청구를 그대로 받아들이면서 시정지시 등을 하지 않았다 하더라도 그러한 사정만으로는 가산세 면책이 되는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원991. 09. 13. 선고 91누773 판결참조).

(다) 따라서, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관 계 법 령

■ 구부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것)

제12조 면제

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액

17. 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역

제21조 결정 및 경정

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

■ 부가가치세법