고유목적사업준비금을 수익사업에 사용한 경우, 해당 사유가 발생한 사업연도의 익금에 산입함

고유목적사업준비금은 실제 고유목적사업에 사용하도록 강제하는데 그 취지가 있는 것으로 고유목적사업준비금을 고유목적이 아닌 수익사업에 전용하여 더 이상 고유목적사업에 사용할 수 없음이 분명해진 이상, 수익사업에 전용한 사업연도의 익금에 산입한 것은 정당함

법인세법 제29조

수원지방법원2015구합69509 법인세등부과처분취소

학교법인 AA학교

BB세무서장

2016. 6. 28.

2016. 7. 20.

1. 피고가 2015. 2. 2. 원고에게 한 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지의 사업연도 법인세 272,717,090원의 부과처분 중 252,552,726원을 초과하는 부분, 가산세 167,011,945원의 부과처분 중 154,663,288원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 2. 2. 원고에게 한 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지의 사업연도 법인세272,717,090원 및 가산세 167,011,945원의 부과처분을 모두 취소한다(소장 청구취지 기재 '2015. 2. 13.'은 '2015. 2. 2.'의 오기로 보인다).

1. 처분의 경위

가. 원고는 1965. 5. 23. 중등교육과 실업에 관한 전문교육을 실시함을 목적으로 설립된 법인이다. 원고는 설립 당시 CC시 CC면 CC리 산4, 같은 리 산4-1, 같은 리 산4-2, 같은 리 산4-3, 같은 리 산4-4 토지(이하 이를 통틀어 '이 사건 토지'라 한다)를 출연받은 이래 이를 기본재산으로 보유하다가 2007. 7. 13. 주식회사 DDDDD에게 매매대금 1,742,000,000원에 매도하였다.

나. 원고는 이 사건 토지의 매각처분이익 1,264,853,300원을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 2007. 3. 1.부터 2008. 2. 28.까지의 사업연도(이하 '2007 사업연도'라 한다)에 관한 법인세 신고를 하였다.

다. 원고는 이 사건 토지의 매각처분이익을 정기예금으로 예치하여 관리하여 오다가 2010. 1. 21. 경기도 교육감의 허가를 받아 2010. 2. 2. EE시 EE구 EE동 EEEEE 502호, 602호, 1102호와 EEEEE 비2917호, 비3507호를 합계 1,353,325,400원에 취득하였고, 2011. 3. 2. 경기도 교육감의 허가를 받아 2011. 3. 8. FF시 FF구 FF동 870-13 FFFFF 오피스텔 1409호, 1509호(이하 원고가 취득한 위 각 부동산들을 통틀어 '이 사건 부동산'이라 한다)를 합계 671,815,250원에 취득하였다.

라. BB지방국세청장은, 학교법인의 고유목적사업준비금에 관한 사후관리실태를 조사한 결과, 원고가 고유목적사업준비금을 고유목적사업이 아닌 수익용 부동산 취득에 사용하였다고 보고, 이 사건 토지 매각처분이익을 1990년 개별공시지가를 기준으로 다시 산정한 다음 위 산정결과인 1,356,509,500원을 익금에 산입하는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

마. 피고는 2015. 2. 2. 원고에게 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지의 사업연도(이하'2009 사업연도'라 한다) 법인세 272,717,090원, 가산세 167,011,945원을 경정・고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2015. 5. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 7. 16. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4 내지 7호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유에서 위법하다.

1) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제2항은 "비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 '고유목적사업등'에 지출하는 경우 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다"라고 규정하고 있는바, '고유목적사업 등'에는 '고유목적사업'뿐 아니라 '고유목적사업과 유사하게 볼 수 있는 사업'에 지출한 경우도 포함된다. 따라서 수익용 기본재산을 취득한 이후 그로 인한 수익의 대부분을 고유목적으로 사용하였다면 이는 '고유목적사업 등'에 지출한 것이다.

또한 구 상속세 및 증여세법(2010. 12. 27. 법률 제10411호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상속세및증여세법'이라 한다) 제48조 제2항 제3호는 '출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우에만 증여세를 부과하고, 그 운용소득을 공익목적사업에 사용한 경우에는 증여세를 부과하지 아니한다'고 규정하고 있는바, 법인세의 경우에도 이와 같이 해석하는 것이 필요한 점, 원고는 수익용 기본재산에서 발생하는 수익의 대부분을 학교법인의 운영을 위한 고유목적사업으로 지출하고 있고, 학교법인의 재정건전화를 위하여 일정 수준 이상의 이익이 창출되는 수익용 기본재산의 확보가 필요한 점에 비추어 보면, 수익용 기본재산에서 발생하는 과실을 고유목적사업에 사용하는 경우 수익용 기본재산을 취득한 비용은 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제6항 제1호에서 정한 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 원고가 이 사건 부동산을 취득한 것은 구 법인세법 시행령 제56조 제6항 제1호의 고유목적사업을 위한 지출에 해당한다.

2) 구 법인세법 제29조 제3항 제4호는, 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일로부터 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 잔액에 한하여 익금에 산입한다고 규정하고 있으므로, 위 5년 경과 이전에 과세관청이 자의적으로 법인이 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용할 의사가 없다고 판단하여 이를 익금에 산입할 수는 없다. 그럼에도 피고는 원고가 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일로부터 5년이 경과하기 전인 2009 사업연도에 이를 익금으로 산입하였다.

3) 원고가 2007 사업연도에 이 사건 토지의 매각처분이익을 비영리사업회계로 전입함에 따라 이 사건 토지의 매각처분이익은 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문에 의하여 이미 고유목적사업에 사용한 것으로 의제되었으므로, 그 후에 이 사건 토지의 매각처분이익을 고유목적사업에 사용하지 아니하였다는 이유로 이를 익금에 산입할 수는없다.

4) 상속세및증여세법 시행령 제50조 제6항은 '개별공시지가는 평가기준일 현재 고시되어 있는 것을 적용한다'고 규정하고 있고, 위 '평가기준일'은 상속개시일 또는 증여일을 의미하는바, 이 사건은 상속 또는 증여에 관한 것이 아니어서 '평가기준일'이 존재하지 아니하므로, '평가기준일'을 기준으로 하는 상속세및증여세법 시행령 제50조 제6항은 적용될 수 없다. 또한 기존자산의 취득가액은 법인세법 부칙(법률 제5581호, 1998. 12. 28., 이하같다) 제8조 제2항에 따라 1991. 1. 1. 기준 개별공시지가에 기초하여 판단하여야 하는데, 이 사건 처분 당시 1991. 1. 1. 기준 개별공시지가가 이미 고시되어 있었으므로, 법적안정성 내지 예측가능성을 위하여 상속세및증여세법 제50조 제6항을 유추적용할 필요가 없고, 1990년 개별공시지가보다 1991년 개별공시지가가 1991. 1. 1. 기준시가를 더 적정하게 반영하고 있다고 할 것이니, 기준자산의 취득가액은 1991년 개별공시지가를 기준으로 평가하여야 한다. 그럼에도 피고는 1990년 개별공시지가를 기준으로 이 사건 토지의 취득가액을 평가한 다음 이에 터잡아 이 사건 처분을 하였다.

5) 과세관청은 이 사건과 유사한 사안에서 사립학교법인이 손금계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계로 전출하는 경우 전출시점에 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 본다고 유권해석을 한 바 있고, 원고는 이를 신뢰하여 고유목적사업준비금을 비영리사업회계로 전출하였다. 그럼에도 피고는 원고가 비영리사업회계로 전출한 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니하였음을 이유로 이를 익금에 산입하였는바, 이는 신뢰보호의 원칙에 위배된다.

6) 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문은 비영리법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입하는 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 간주하고있는바, 이에 대한 예외를 상정하기 어려워 해석상 의의(疑意)가 존재하였고, 원고는 세무전문가들의 자문을 받아 법인세 신고를 하였으며, 과세관청은 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문이 1995. 5. 24. 신설된 이후 약 15년 동안 이와 같은 경우에 대하여 법인세를 부과하지 아니하였는바, 이러한 사정에 비추어 보면, 원고가 법인세 신고・납부의무를 불이행한 것에 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다(가산세 부분).

나. 관계 법령

별지 1. 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 위 가. 1) 주장에 관한 판단

구 법인세법 제29조 제1항은 "비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 '고유목적사업등'이라고 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다."라고 규정하는 한편, 같은 조 제3항은 "제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다."라고 규정하고, 익금에 산입하여야 할 사유 중의 하나로 같은 조 제3항 제4호에서 "고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)"를 들고 있다.

이러한 규정을 종합하여 보면, 구 법인세법은 비영리내국법인에게 법인세의 과세대

상이 되는 수입이 있다 하더라도, 당해 법인이 이를 고유목적사업준비금으로 계상하여 5년 이내에 고유목적사업에 사용하려고 하는 경우 이를 손금에 산입할 수 있도록 하여 그에 관한 법인세를 면제하되, 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니하는 경우 그에 관한 법인세 면제를 철회하고 다시 그에 관하여 법인세를 부과하도록 규정하고 있음을 알 수 있고, 이는 법인의 수입이 수익사업을 위한 용도로 사용되거나 고유목적사업과 직접적으로 관련되지 아니한 자산의 보유를 위하여 사용되기보다는, 고유목적사업 그 자체를 위하여 가급적 조속히 사용되도록 하고자 하는 데에 그 입법취지가 있다고 할 것이다. 이러한 입법취지를 분명하게 하기 위하여 구 법인세법 제3조 제3항 제5호는 법인세 부과 대상에서 제외되는 재산에 관하여 고유목적사업에 '직접' 사용될 것을 요건으로 하고 있고, 구 법인세법 시행령 제56조 제5항은 고유목적사업준비금의 용도에 관하여 "법 제29조 제1항에서 '고유목적사업'이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다."라고 정의하고 있다.

이에 반하여 구 상속세및증여세법 제48조 제1항 본문은 '공익법인인 수증자가 출연받은 재산 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다.'라는 원칙을 규정하면서, 같은 조 제2항에서 '출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우(제1호 본문)', '출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우(제3호)', 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우(제4호)' 등에는 즉시 증여세를 부과하도록 규정하고 있다. 이와 같은 구 상속세및증여세법의 규정을 종합하면, 공익법인에 대한 증여에는 원칙적으로 증여세를 부과하지 아니하되, 이러한 증여세의 면제가 증여세의 회피수단으로 이용되는 것을 방지하기 위하여 그 증여재산이 공익목적사업에 이용되어야 한다는 제한을 두고 있음을 알 수 있고, 위 규정의 문언에 비추어 증여재산이 공익목적사업에 이용된다는 의미는 공익목적 그 자체를 위하여 사용되는 것은 물론이고 수익용 또는 수익사업용으로 운용하여 생긴 수익을 공익목적사업에 이용하는 것까지 포함하는 것으로 보인다. 그런데 이러한 증여세의 면제 및 면제의 제한에 관한 구 상속세및증여세법의 규정은 공익법인에 대한 증여에 대하여 과세하는 것은 제도의 목적상 적절하지 아니하므로 그 증여세를 면제하되, 공익법인에 대한 증여가 상속세나 증여세를 회피하는 수단으로 이용되는 것을 방지하기 위하여 증여재산이 공익목적사업에 이용될 것을 증여세 면제의 요건으로 하면서, 증여재산이 공익목적에 직접 사용되지 아니하고 수익용 재산으로 사용되더라도 그 매각대금 등이 공익목적을 위하여 사용되는 것이라면 이를 두고 조세회피수단으로 이용된 것으로 평가하기는 어렵기 때문에 공익목적에 직접 사용된 경우와 마찬가지로 증여세 면제의 혜택을 그대로 유지하도록 하는 취지로 보인다.

이처럼 구 상속세및증여세법의 입법취지는 구 법인세법과 다르므로 구 상속세및증여세법의 규정이나 그에 관한 해석이 구 법인세법의 해석 및 적용에 그대로 반영되어야 한다고 할 수 없고, 비영리내국법인의 수입이 고유목적사업에 가급적 조속히 사용되도록 권장하면서 그러한 취지를 명확히 하고 있는 구 법인세법의 해석상으로는 수익용 기본재산에서 수익을 올려 학교 운영비에 충당한다는 사정만으로 그 수익용 기본재산이 고유목적사업에 '직접' 사용된 경우에 해당한다고 볼 수는 없다.

또한 구 법인세법 제29조 제1항에서 "고유목적사업등"이라고 한 것은 '비영리내국법인의 고유목적사업이나 지정기부금'을 약칭한 것으로 그 문언상 고유목적사업등에 고유목적사업과 유사하게 볼 수 있는 사업이 포함되어 있다고 볼 수는 없다.

그러므로 교육사업을 고유목적사업으로 하는 원고가 수익용 기본재산인 이 사건 부동산을 취득하여 임대한 것을 두고 원고의 고유목적사업인 교육사업에 이 사건 부동산을 직접 사용한 것으로 볼 수는 없고, 위와 같은 임대사업을 통하여 생긴 수입을 고유목적으로 사용하였다 하더라도 달리 볼 것은 아니다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 위 가. 2) 주장에 관한 판단

구 법인세법 제29조 제3항 제4호는, 5년이라는 기한을 정하여 기설정된 고유목적사업준비금을 실제로 고유목적사업에 사용하도록 강제하는데 그 취지가 있는 것으로서, 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입한 비영리내국법인이 5년 내에 고유목적사업준비금을 고유목적사업이 아닌 다른 용도에 사용함으로써 더 이상 이를 고유목적사업에 사용할 수 없는 것이 분명해진 경우에는 5년의 기한을 기다릴 필요 없이 곧바로 해당 사유가 발생한 사업연도의 익금에 산입할 수 있다고 보아야 한다.

이 사건에 관하여 보건대, 원고가 경기도 교육감으로부터 허가를 받아 이 사건 토지의 매각처분이익을 이 사건 부동산의 취득에 사용하였음은 앞의 1.의 다.에서 인정한 바와 같은바, 이와 같이 고유목적사업준비금을 고유목적이 아닌 임대사업에 전용함으로써 원고는 더 이상 이 사건 토지의 매각처분이익을 고유목적사업에 사용할 수 없음이 분명해졌다. 이 사건 토지의 매각처분이익을 2009 사업연도 익금에 산입한 이 사건 처분에 위법이 있다고 볼 수 없다(원고가 인용한 '대법원 2011. 5. 13. 선고 2011두1504 판결'은 이 사건과 사안을 달리하는 것으로 이 사건에서 원용할 수 있는 것이 아니다). 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

3) 위 가. 3) 주장에 관한 판단

법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문은 '조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.'고 규정하고 있고, '사립학교법에 따른 학교법인'이 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 적용을 받는 법인이기는 하다.

그러나 구 법인세 제113조 제1항은 '비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산・부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.'고 규정하고 있고, 같은 조 제6항은 '제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 영위하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.'고 규정하고 있는바, 법인세법 시행규칙 제76조는 구 법인세법 제113조에 따라 구분경리의 방법에 관한 사항을 구체적으로 정한 것으로서, 제76조 제4항 후문은 '법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 경리한다'는 경리 원칙 내지 방법을 정한 것에 불과하고, 위 규정에 의하여 '법인세를 면제받은 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니하는 경우 그에 관한 법인세 면제를 철회하고 다시 그에 관하여 법인세를 부과하도록 규정한' 구 법인세법 제29조의 적용을 배제하고, 실제 사용 여부와 무관하게 해당자산을 고유목적사업에 사용한 것으로 의제하여 영구적으로 법인세 부담을 면제하는 취지로 해석할 수는 없다. 원고의 위 주장도 이유 없다.

4) 위 가. 4) 주장에 관한 판단

가) 구 법인세법 부칙 제8조 제2항은, 비영리법인이 오래 전부터 보유하던 부동산의 장부가액을 취득가액으로 보아 양도소득을 산출할 경우 지나치게 세부담이 과중해짐을 고려하여, 수익사업소득을 계산함에 있어 장부가액과 1991. 1. 1. 기준 평가금액 중 큰 금액을 취득가액으로 하여 세부담을 경감할 수 있도록 하기 위하여 신설된 조항이다.

그리고 상속세및증여세법 시행령 제50조 제6항은 새로운 개별공시지가가 공시되지 아니한상태에서 상속 또는 증여가 이루어지는 경우에 이미 공시되어 있는 개별공시지가 중 시가에 근접하다고 볼 수 있는 전년도의 개별공시지가를 적용하여 토지를 평가하도록 함으로써 당해 연도의 개별공시지가가 공시되기 전이라도 상속세 또는 증여세의 납세의무자나 과세관청으로 하여금 상속세 또는 증여세의 법률관계를 미리 예상하거나 조기에 확정할 수 있도록 하여 법적 안정성과 예측가능성을 도모하는 취지라 할 것이므로(대법원 2003. 9. 2. 선고 2001두10677 판결 등 참조), 당해 토지에 대한 상속개시 당시에는 당해 연도의 개별공시지가가 고시되지 아니하였다가 상속개시 후에 비로소 고시기준일을 같은 해 1월 1일로 한 개별공시지가가 고시되었다고 하더라도 상속개시 당시의 토지 현황을 더 적정하게 반영하여 시가에 근접한 것으로 볼 수 있는 상속개시 후 고시된 당해 연도의 개별공시지가를 기준으로 하여 토지의 가액을 평가하여야 한다(대법원 2010. 6. 24. 선고 2007두16493 판결 참조).

나) 위와 같은 구 법인세법 부칙 제8조 제2항의 입법취지와 법리에 구 법인세법 부칙 제8조 제2항이 1998. 12. 28.에 신설된 점을 더하여 보면, 위 규정이 정한 '1991. 1. 1. 현재 상속세및증여세법 제61조 제1항 제1호의 토지에 관한 개별공시지가'는 1991. 1. 1.을 기준일로 하는 1991년 개별공시지가를 의미한다고 보아야 하므로 이 사건 토지의 취득가액은 1991년 개별공시지가를 기준으로 산정하여야 한다. 따라서 1990년 개별공시지가를 기준으로 하여 이 사건 토지의 취득가액을 산정하고 이에 기초하여 한 이 사건 처분은 위 범위 내에서 위법하다. 원고의 위 주장은 이유 있다.

5) 위 가. 5) 주장에 관한 판단

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책 사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두28940 판결 참조).

이 사건에서 보건대, 과세관청이 이 사건과 유사한 사안에서 '사립학교법인이 손금 계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계에 전출하는 경우 전출시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 본다'는 내용의 유권해석을 하였다고 인정할 만한 증거가 없고, 설령 과세관청이 이 사건과 유사한 사안에서 위와 같은 유권해석을 하였다고 하더라도 이를 원고에 대한 공적인 견해표명에 해당한다고 볼 수는 없다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

6) 위 가. 6) 주장에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세

자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않지만, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조).

이 사건에서 보건대, 앞의 1.의 나.에서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 사정들 즉, ① 원고는 2007 사업연도에 이 사건 토지 매각으로 인한 수입을 얻고 이에 관한 법인세를 면제받기 위하여 이를 고유목적사업준비금으로 손금에 계상하였는데, 구 법인세법 제29조 제3항은 고유목적사업준비금을 그 고유목적을 위한 용도로 사용하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 때에 해당하는 사업연도에 익금에 산입하여야 한다는 것을 명확히 하고 있는 점, ② 구 법인세법 시행령 제56조 제5항은 "법 제29조 제1항에서 '고유목적사업'이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다."라고 규정함으로써 고유목적사업의 의미를 분명하게 정의하고 있어 이 사건 부동산의 임대사업을 원고의 고유목적사업으로 볼만한 아무런 법률상의 근거가 없는 점 등을 종합하면, 원고가 2007 사업연도의 법인세 신고 시 이 사건 토지의 매각처분이익 상당액을 익금에 산입하지 아니한 것에 대하여 원고가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있다거나 그 의무의 이행을 원고에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 경우에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

7) 정당세액

과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과・고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 참조).

이 사건에서 보건대, 위 4)에서 본 바와 같이 기존 자산인 이 사건 토지의 취득가액은 1990년 개별공시지가가 아니라 1991년 개별공시지가를 기준으로 산정하여야 할 것인바, 이에 따라 원고에 대한 정당세액을 산출하면 별지 2. 계산식 기재와 같이 2009 사업연도 법인세는 252,552,726원, 가산세는 154,663,288원이 된다. 따라서 피고가 2015. 2. 2. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 272,717,090원의 부과처분 중 252,552,726원을 초과하는 부분과 가산세 167,011,945원의 부과처분 중 154,663,288원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.