수원지방법원 2015. 06. 17. 선고 2014구합50461 판결

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제목

요지

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고유목적사업준비금의 손금불산입 여부

요지

수익용부동산의 취득은 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 사용한 것이 아니므로 부동산 취득 대금은 익금산입

사건

수원지방법원2014구합50461 (2015.06.17)

원고

학교법인 0000학원

피고

00세무서장

변론종결

2015.05.06.

판결선고

2015.06.17.

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 4. 2. 원고에게 한 2011. 3. 1.부터 2012. 2. 29.까지 사업연도 귀속 법인세 3,132,298,290원의 부과처분을 취소한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 00중학교를 운영하는 학교법인인 원고는 설립 당시 00시 00면 00리

"55-14 구거 2,938㎡ 외 46 필지 토지(이하이 사건 토지'이라 한다)를 출연받은 이래",이를 기본재산으로 보유하다 2010. 1. 5. 이 사건 토지에 관하여 공익사업자인 경기도

시공사 등의 협의매수에 응하여 경기도시공사 등으로부터 보상금 24,083,197,934원을

수령하였는데, 이중 일부 비용을 제외한 23,099,147,294원(이하 '이 사건 토지 매각 대금'이라 한다)을 고유목적사업 준비금으로 손금산입하여 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지 사이의 사업연도에 관한 법인세 신고를 마쳤다.

나. 원고는 위 고유목적사업 준비금 23,099,147,294원을 정기예금으로 예치하여 관리

하여 오다 2011. 6. 30. 관할 교육청의 허가를 받아 그 정기예금 일부를 해지하여

2011. 8. 3. 서울 00구 00동 00 지상 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을

10,200,000,000원에 취득하였다.

다. 00지방국세청은 학교법인에 대한 고유목적사업준비금의 사후관리를 조사한 결

과 원고가 고유목적사업 준비금으로 손금에 산입하였던 23,099,147,294원 중 이 사건

건물의 취득에 사용된 10,200,000,000원은 고유목적사업에 사용되지 아니한 것으로 판단하여 이를 관할 세무서장인 피고에게 통보하였다.

라. 피고는 이 사건 토지 매각 대금 23,099,147,294원은 고정자산의 처분으로 인하여

생긴 수입으로서 법인세법 제3조 제1항 제5호에 해당하여 원칙적으로 법인세부과 대상이었으나 원고가 이를 고유목적사업 준비금으로 손금계상하여 법인세 부과대상에서 제외되었는데, 그 중 이 사건 건물의 취득에 사용된 10,200,000,000원은 고유목적사업에 사용하지 아니한 것이라는 것을 이유로 법인세법 제29조 제4항 제4호를 적용하여 이사건 건물의 취득일에 속하는 사업연도인 2011. 3. 1.부터 2012. 2. 28.까지 사이의 사업연도 익금에 산입하고 2013. 4. 2. 원고에게 가산세 425,777,378원을 포함한 법인세3,132,298,290원을 고지(이하 '이하 이 사건 처분'이라 한다)하였다. 그 가산세의 내역은 다음과 같다.

○ 과소신고(일반) 221,990,291원(= 산출세액 2,219,902,912원 × 10%)

○ 납부불성실 203,787,067원(= 산출세액 2,219,902,912원 × 306일 × 0.03%)

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 6. 19. 조세심판을 청구하였으나, 조세심

판원은 2013. 10. 22. 원고의 심판청구를 기각하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 6, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 토지는 원고가 고유목적사업에 직접 사용하던 자산으로서 법인세법에

의하면 원고와 같은 비영리내국법인이 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분

으로 인하여 생기는 수입을 과세대상 소득에서 제외하고 있어 이 사건 토지 매각 대금

은 처음부터 법인세 과세대상이 아니므로, 그중 일부를 익금에 산입하여 한 피고의 이

사건 처분은 위법하다.

2) 피고는 원고가 이 사건 토지 매각 대금을 고유목적사업 준비금으로 전입하였

다가 그 중 일부인 10,200,000,000원을 이 사건 건물의 매수 자금으로 사용한 것을 두고, 당초의 고유목적사업 준비금 전입이 명목에 불과하다는 것을 이유로 이에 관하여법인세를 부과하였으나, 원고는 위 고유목적사업 준비금의 전입 당시 이 사건 건물을매수할 계획을 가지고 있지 아니하여 단지 명목상으로만 고유목적사업 준비금을 계상한 것은 아니므로, 이와 다른 전제에 있는 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3) 설령 위 매각 대금이 법인세 부과 대상이 된다고 하더라도, 원고는 위 매각대

금에 대하여 결산조정을 거쳐 과세관청에 신고하였고, 다만 법인세 부과 대상이 되는

수입이 아니라는 생각에서 그에 관한 법인세 신고에 누락한 것인바, 원고의 위와 같은

신고의무 불이행에는 정당한 사유가 있어 이에 대하여 가산세를 부과할 수 없으므로,

이 사건 처분 중 가산세에 관한 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 이 사건 토지 매각대금이 법인세 부과 대상인지 여부에 관한 판단

가) 구 법인세법(2009. 5. 21. 법률 제9673호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제

3조 제1항 제1호에 의하면 비영리내국법인인 원고의 각 사업연도 소득은 법인세 부과

대상이 되고, 같은 조 제3항 제5호는, '고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자

산으로서 대통령령으로 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 생기는 수입'을 각 사업연도의 소득의 하나로 규정하고 있으며, 법인세부과대상에서 제외될 고정자산처분 수입에 관하여 위 시행령 제2조 제2항은 "법 제3조 제3항 제5호에서 '대통령령이 정하는 것'이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당고정자산의 유지・관리 등을 위한 관람료・입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도

이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다"라고 규정하고 있는바, 결국 법

인세법은 이 사건 토지와 같은 고정자산의 처분으로 생긴 수입을 원칙적으로 법인세의

부과대상으로 삼으면서, 한편, 학교법인인 원고와 같은 비영리내국법인이 일정 기간 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인한 수입은 다시 법인세부과 대상에서 제외하고 있으므로, 이 사건에서 원고의 주장과 같이 이 사건 토지가 고유목적사업에 직접 사용된 것으로서 그 처분으로 생긴 이 사건 토지 대금이 법인세 부과 대상 수입에서 제외되는지에 관하여 본다.

나) 갑 제10, 11, 16, 17 내지 21호증(가지번호 있는 것은 가지번호 각 포함)의

각 기재, 증인 이00의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 정관 제1조는

'이 법인은 대한민국의 교육이념에 입각하여 중등교육을 실시함을 목적으로 한다'라고

규정하고 있는 사실, 원고는 이 사건 토지를 기본재산으로 출연받은 이래로 이를 수익

용기본재산으로 보유하면서 2000.경까지는 소금을 위탁 생산하고, 폐염된 이후부터 협

의수용 당시까지 이 사건 토지의 일부를 양식장 사업자들에게 임대하여 생긴 수입으로

학교 운영 경비에 충당하여 온 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 원고는

교육사업을 고유목적사업으로 하는 법인으로서, 위와 같이 염전을 운영하거나 이를 임

대한 것을 두고 원고의 고유목적사업인 교육사업에 직접 사용한 것이라 할 수 없고,

위와 같은 염전 운영이나 임대를 통하여 생긴 수입으로 학교 운영비에 충당하였다고

하더라도 이 사건 토지가 고유목적에 직접 사용된 것이라 할 수는 없다

또한 원고는 이 사건 토지에서 한 염전 운영이나 임대사업으로 인한 수입은 법

인세의 과세대상이 되는 사업소득이 아니므로 이 사건 토지가 고유목적사업에 직접 사

용된 것이 아니라고 할 수 없다는 취지로도 주장하나, 구 법인세법 제3조 제3항 제1호

는 사업소득을, 같은 항 제5호는 '고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입'을 각 사업

연도 소득으로서 법인세의 과세대상으로 규정하고 있는바, 이에 의하면 위와 같은 염

전의 운영이나 임대로 인한 수입이 같은 항 제1호가 정한 사업소득으로서 법인세의 과

세대상이 되는지 여부과 관계 없이 이 사건 토지 매각 대금으로 인한 수입은 같은 항

제5호에 따라 원칙적으로 법인세의 과세대상이 된다고 할 것이다.

다) 한편 원고는, 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제4호, 같은 법 시행령 제38

조 제4항에 의하면, 공익법인인 수증자가 출연받은 재산을 매각한 대금으로 수익용 재

산을 취득하기 위하여 지출한 금액은 직접 공익목적에 사용한 금액으로 인정하고 있는

점, 사립학교 관계 법령에서는 원고와 같은 학교법인에게 이 사건 토지와 같은 수익용

기본재산에서 수익을 올려 학교운영비에 충당하는 것을 법령상의 의무로 규정하고 있

고, 교육당국은 원고와 같은 학교법인이 수익용기본재산에 관한 수익구조 개선 대책을

세우고 추진실적을 제출하도록 독려하고 있는 점 등을 들어 이 사건에서 원고는 고유

목적준비금으로 설정・보관하고 있던 이 사건 토지 대금을 토지수용으로 상실한 기존

의 기본재산을 대체하기 위한 수익용기본재산으로서 이 사건 건물을 매수하는 데에 사

용하였으므로, 이는 직접 고유목적사업에 사용된 경우에 해당하여 법인세 과세대상이

되지 않는다는 취지로 주장한다.

살피건대, 구 법인세법 제29조 제1항은 "비영리내국법인(법인으로 보는 단체의

경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적

사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 고유목적사업등 이라 한다)에 지출하기 위하여

고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범

위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다"고 규정하면서 한

편, 같은 조 제4항은 "제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔

액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유

가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다"라고

규정하고, 익금에 산입하여야 할 사유중의 하나로 같은 항 제4호에서 '고유목적사업준

비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등

에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)"를 열거하고 있다.

이러한 규정을 종합하여 보면, 법인세법은 비영리내국법인에 있어서 법인세의

과세대상이 되는 수입이 있다고 하더라도, 당해 법인이 이를 고유목적사업준비금으로

계상하여 5년 이내에 고유목적사업에 사용할 것임을 약속하는 경우 이를 손금에 산입

시킬 수 있도록 하여 그에 관한 법인세를 면제하되, 법인세를 면제받은 고유목적사업

준비금에 관하여 고유목적사업에 사용하겠다는 당초 약속을 지키지 아니하는 경우, 그

에 관한 법인세 면제를 철회하고 다시 그에 관하여 법인세를 부과하도록 규정하고 있

음을 알 수 있고, 이는 법인의 수입이 수익사업을 위한 용도로 사용되거나 고유목적사

업과 직접적으로 관련되지 아니한 자산의 보유를 위하여 사용되기 보다는, 고유목적사

업 그 자체를 위하여 가급적 조속히 사용되도록 하고자 하는 데에 그 입법취지가 있다

고 할 것이다. 이러한 입법취지를 분명하기 위하여 위 법인세법 조항은 법인세 부과

대상에서 제외되는 재산에 관하여 고유목적에 '직접' 사용될 것을 요건으로 하고 있고,

고유목적준비금의 용도에 관하여도 같은 법 시행령 제56조 제5항은 "법 제29조 제1항

에서 '고유목적사업'이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을말한다"고 정의하고 있다.

한편 이에 반하여, 상속세 및 증여세법 제48조 제1항은 '공익법인인 수증자가 출

연받은 재산 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다'는 원칙을 규정하면서, 같은조 제2항은 '출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지아니하는 경우(제1호)', '출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우(제4호)' 등에는 즉시 증여세를 부과하도록 규정하고있다. 이와 같은 상속세 및 증여세법의 규정을 종합하면, 공익법인에 대한 증여에는 원칙적으로 증여세를 부과하지 아니하되, 이러한 증여세의 면제가 증여세의 회피수단으로 이용되는 것을 방지하기 위하여 그 증여재산이 공익목적사업에 이용되어야 한다는제한을 두고 있음을 알 수 있고, 증여재산이 공익목적사업에 이용된다는 것은 공익목적 그 자체를 위하여 사용되는 것은 물론이고 수익용 또는 수익사업용으로 운용하여

생긴 수익을 공익목적사업에 이용하는 것이 포함되는 것은 위 규정의 문언에 비추어

분명하다. 그런데, 이러한 증여세의 면제 및 면제의 제한에 관한 상속세 및 증여세법의규정은, 공익법인에 대한 증여에 대하여 과세하는 것은 증여세 제도의 목적상 적합하지 아니하기 때문에 그 증여세를 면제하되, 공익법인에 대한 증여가 상속세나 증여세를 회피하는 수단으로 이용되는 것을 방지하기 위하여 증여세의 면제가 그대로 유지되기 위하여는 증여재산이 공익목적사업에 이용될 것을 그 요건으로 하면서, 그 증여재산이 공익목적에 직접 사용되지 아니하고 수익용 재산으로 사용되더라도 그 수익이

익목적을 위하여 사용되는 것이라면 그것을 두고 조세회피수단으로 이용되었다고 보기

어렵기 때문에 공익목적에 직접 사용된 경우와 마찬가지로 증여세 면제의 혜택을 그대

로 유지하도록 하는 취지로 보인다.

이와 같이, 상속세 및 증여세법은 법인세법과 그 입법취지가 다르기 때문에 상

속세 및 증여세법의 규정이나 그에 관한 해석이 법인세법에 그대로 적용되어야 한다고

할 수 없고, 비영리내국법인의 수입이 고유목적사업에 가급적 조속히 사용되도록 권장

하면서 그러한 취지를 명확히 하고 있는 법인세법의 해석상으로는 수익용 기본재산에

서 수익을 올려 학교운영비에 충당한다는 사정만으로 그 수익용 기본재산이 고유목적

사업에 직접 사용된 경우에 해당한다고 볼 수는 없으므로 원고의 위 주장 또한 받아들

일 수 없다.

2) 명목상으로만 고유목적사업 준비금을 계상한 것이 아니라는 주장에 관한 판단

피고는, 원고가 원칙적으로 법인세의 과세대상이 되는 이 사건 토지 매각 대금

23,099,147,294원을 이를 고유목적사업준비금으로 설정하여 이를 손금으로 계상함으로써 이에 관한 법인세를 면제받았기 때문에, 이를 5년 이내에 그 고유목적사업을 위한비용으로 사용하여야 하는데, 그 고유목적사업준비금으로 보관하던 23,099,147,294원중 10,200,000,000원을 이 사건 건물의 취득에 사용함으로써 고유목적사업을 위한 용도가 아닌 다른 용도로 사용하였음을 이유로 법인세법 제29조 제4항 제4호를 적용하여 다른 용도로 사용된 10,200,000,000원을 이 사건 건물의 취득일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 이 사건 처분을 하였음은 앞서 본 바와 같다. 결국 이 사건 처분사유는 법인세의 과세대상이 되는 이 사건 토지 매각 대금 23,099,147,294원에 관하여 원고가 이를 5년 이내에 고유목적사업을 위한 용도로 사용하겠다고 약속하면서 고유목적사업준비금으로 계상하여 그에 관한 법인세를 면제받고도, 이를 고유목적사업이 아닌 다른 용도로 사용하여 그 약속을 지키지 아니하였으므로 다시 원칙으로 돌아가 다른 용도로 사용한 위 돈 10,200,000,000원은 법인세의 부과 대상이 된다는 것일 뿐, 원고가 당초 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하여 법인세를 면제받은 것이 단지 명목상으로 이루어진 것에 불과하다는 것은 아니라 할 것이므로 원고의 위 주장은 이유없다(원고의 고유목적사업준비금 설정이 명목상에 불과하다는 것은 이 사건 처분의 사유가 아니라 조세심판원이 원고의 심판청구를 기각하면서 내세운 이유에 불과하다).

3) 법인세 신고 누락에 정당한 사유가 있다는 주장에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여

납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개

별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려

되지 않지만, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어

서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이

무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경

우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 원고는 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지의 사업연도

에 이 사건 토지 매각 대금으로 인한 수입을 얻고 이에 관한 법인세를 면제받기 위하

여 이를 고유목적사업준비금으로 손금에 계상하였던 점, 법인세법 제29조 제3항은 '제

1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법