사립학교법에 의한 학교법인 등이 대도시 외에서 대도시 내로 주사무소를 전입함에 따른 등기가 구 지방세법 제138조 제1항 제2호 에 의한 등록세 중과세대상에 해당하는지 여부(적극)

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제127조 제1항 제3호 가 사립학교법에 의한 학교법인 등의 ‘설립과 합병의 등기’에 대하여만 등록세 비과세의 혜택을 부여하도록 규정한 것은 다른 등기에 관하여는 그러한 혜택을 부여할 필요가 없다는 정책적 판단을 반영한 것으로 보이는 점, 구 지방세법 제138조 제1항 제2호 후문은 등록세 중과세대상인 법인등기에 대하여 중과세제도의 취지에 부합하도록 그 세율의 적용에 관해서만 본점 또는 주사무소의 전입을 법인의 설립으로 보도록 하는 규정일 뿐 등록세 비과세대상을 정하는 규정이 아닌 점 등에 비추어 보면, 사립학교법에 의한 학교법인 등이 대도시 외에서 대도시 내로 주사무소를 전입함에 따른 등기는 구 지방세법 제138조 제1항 제2호 에 의한 등록세 중과세대상에 해당한다.

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제127조 제1항 제3호 (현행 조세특례제한법 제41조 제5항 참조), 제138조 제1항 제2호 (현행 제28조 제2항 제2호 )

학교법인 서울디지털대학교 (소송대리인 법무법인 유진 담당변호사 김용찬 외 2인)

서울특별시 마포구청장

서울고법 2012. 12. 5. 선고 2012누9132 판결

상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유[상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 ‘상고이유보충서(ⅱ)’의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서]를 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제137조 제1항 은 “법인이 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.”고 규정하면서, 제2호 ⑴목 에서 비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 등기의 경우 ‘불입한 출자총액 또는 재산가액의 1,000분의 2’를, 제4호 에서는 본점 또는 주사무소의 이전으로 인한 등기의 경우 ‘매 1건당 75,000원’을 각각 규정하고 있다. 그리고 구 지방세법 제138조 제1항 본문은 “다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조 에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다.”고 규정하면서, 제2호 에서 “대도시 외의 법인이 대도시 내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.”고 규정하고 있다. 한편 구 지방세법 제127조 제1항 제3호 는 ‘사립학교법에 의한 학교법인 또는 사회복지사업법에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기’를 등록세 비과세대상으로 규정하고 있다.

구 지방세법 제127조 제1항 제3호 가 사립학교법에 의한 학교법인 등의 ‘설립과 합병의 등기’에 대하여만 등록세 비과세의 혜택을 부여하도록 규정한 것은 다른 등기에 관하여는 그러한 혜택을 부여할 필요가 없다는 정책적 판단을 반영한 것으로 보이는 점, 구 지방세법 제138조 제1항 제2호 후문은 등록세 중과세대상인 법인등기에 대하여 중과세제도의 취지에 부합하도록 그 세율의 적용에 관하여만 본점 또는 주사무소의 전입을 법인의 설립으로 보도록 하는 규정일 뿐 등록세 비과세대상을 정하는 규정이 아닌 점 등에 비추어 보면, 사립학교법에 의한 학교법인 등이 대도시 외에서 대도시 내로 주사무소를 전입함에 따른 등기는 구 지방세법 제138조 제1항 제2호 에 의한 등록세 중과세대상에 해당한다고 할 것이다.

같은 취지의 원심판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 구 지방세법 제138조 제1항 제2호 소정의 등록세 중과세대상에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

2. 상고이유 제2, 3, 4점에 대하여

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다( 대법원 2006. 4. 27. 선고 2003두7620 판결 등 참조).

원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 피고가 법령해석 등을 잘못하여 원고에게 지방세 비과세결정 통지서 또는 등록세 비과세·감면 확인서 등을 교부하여 주었다고 하더라도 그것은 공적 견해표명에 해당한다고 볼 수 없고, 나아가 원고가 이 사건 이전등기 신청 전에 이미 이 사건 주사무소를 이전하였으며 그 과정에서 이 사건 이전등기가 비과세대상인지 여부가 고려되었다고 볼 만한 사정이 보이지 않는 점 등에 비추어 원고가 위와 같은 과세관청의 언동을 신뢰하여 이 사건 주사무소를 이전하였다거나 이 사건 이전등기를 마친 것으로 볼 수 없다는 이유로, 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반하는 것으로 볼 수 없다고 판단하였다.

관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 채증법칙 위반, 신뢰보호의 원칙에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.