서울고등법원 2013. 09. 24. 선고 2012누9859 판결

피고가 2009. 4. 1. 원고에 대하여 한， ① △ 2004년 제1기 부가가치세 OOOO원，△ 2004년 제2기 부가가치세 OOOO원， △ 2005년 제2기 부가가치세 OOOO원，△ 2006년 제1기 부가가치세 OOOO원의 각 부과처분， ② △ 2005년 귀속 근로소득세 OOOO원， △ 2006년 귀속 근로소득세 OOOO원의 각 부과처분， ③ 2006 사업연도(2005. 7. 1.부터 2006. 6. 30까지， 이하 '2006-1 사업연도'라 한다) 법인세 OOOO원의 부과처분(2011. 9. 8 자 청구취지 변경신청서의 '징수처분'은 '부과처분'의 오기로 보인다) 중 OOOO원을 초과하는 부분， ④ △ 소득자를 BBB으로 한 2005 사업연도 소득금액 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분， △ 2006-1 사업 연도 소득금액 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분， △ 2006 사업연도(2006. 7. 1.부터 2006. 12. 31 까지， 이하 '2006-2 사업연도'라 한다) 소득금액 OOOO원의 각 소득금액변동통지，⑤ 소득자를 CCC으로 한 2005 사업연도 소득금액 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분의 소득금액변동통지，⑥ △ 소득자를 DDD로 한 2005 사업연도 소득금액 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분， △ 2006-1 사업연도 소득금액 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분， △ 2006-2 사업연도 OOOO원의 각 소득금액변통통지，⑦ △ 소득자를 EEE로 한 2005 사업연도 소득금액 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분， △ 2006-1 사업연도 소득금액 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분의 각 소득금액변동통지， ⑧ △ 소득자를 FFF로 한 2005 사업연도 소득금액 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분， △ 2006-1 사업연도 소득금액 OOOO원 중 OOOO원을 초과하는 부분， △ 2006-2 사업연도소득금액 OOOO원의 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

이유

1. 부가가치세 등

갑 제1 내지 6， 8， 9호증， 을 제1 내지 16， 18， 19호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래의 사실이 인정된다.

[1]

〇 원고는 1971.3. 10. 설립되어 OO시 OO구 OO동 622-85에서 택시운송업을 영위하고 있는 법인이다.

〇 원고는 소속 운전기사들과의 사이에 운전기사들이 매일 설제 운송수입금액과 관계없이 원고에게 일정 금액(정액사납금)을 납부하고， 정액사납금을 초과하는 수입금(초과사납금)은 운전기사의 수입으로 하며， 정액사납금에 미달하는 금액(미달사납금)은 운전기사가 부담하고， 급여는 월 OOOO원을 지급하며， 원고가 운전기사들에게 1일 25 L 의 가스를 제공하고， 초과하여 사용하는 가스 상당의 비용(초과유류비)은 운전기사들이 부담하기로 약정하였다(이하 위와 같은 운전기사를 '정액제기사'라 한다). 다만 정액제기사 중 노조전임자에 대하여는 정액사납금을 납입받지 않고， 초과유류비를 부담하는 외에는 그 수입금액 전액을 노조전임자의 수업으로 하기로 약정하였다.

〇 원고는 정액제기사 이외의 운전기사들과 사이에 원고로부터 택시를 임차하여 정액사납금만 납부하면 나머지 운행수입금액은 운전기사 본인이 갖고， 유류비는 모두 운전기사 본인이 부담하기로 약정하기도 하였다(이하 위와 같은 운전기사를 '도급제기사'라 한다).

〇 위에서 본 바와 같은 정액제기사 및 도급제기사의 사납금， 유류비， 급여 및 벌과금의 처리방식을 표로 정리하면 아래와 같다.

도급제기사

정액제기사

일반기사

노조전임자

사납금

1일(오전 OOOO원, 오후 OOOO원) 또는 월 OOOO~OOOO원

오전 OOOO원, 오후 OOOO원(초과사납금은 정산지급, 미달사납금은 기사 부담)

없음(모든 운행수입을 본인수입으로 계상)

유류비

회사부담 없음(기사 부담)

회사에서 1일 25L 제공, 초과유류비는 기사 부담

급여

없음

월 OOOO원(기준급여)

벌과금

회사가 대납, 급여에서 공제

[2]

〇 원고는 2004 내지 2006 사업연도에 대하여 운전기사들로부터 받은 정액사납금을 원고의 수입금액으로 산정하고， 초과사납금은 수입금액으로 하지 않았으며， 또한 초과유류비를 수익금에서 누락하는 등 수입을 누락하여 부가가치세 등을 신고하였다.

〇 피고는 2008. 8. 11 부터 2008. 9. 19.까지 원고의 2004 내지 2006 사업연도에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 후 원고가 위 과세기간에 신고한 운송수입금액과 택시운송기록장치(이하 '택시미터기'라 한다) 상의 운송기록에 의한 수입금액과의 차액을 신고 누락한 것으로 보아， 2008. 10. 30. 원고에게 세무조사결과통지를 하였다. 원고는 이에 불복하여 같은 해 12. 1 피고에게 과세전적부심사를 청구하였다.

[3]

〇 피고는 2009. 1. 12.부터 2009. 2. 13.까지 재조사(이하 '1차 재조사'라 한다)를 실시하여，① 도급제기사와 관련하여 △ 원고가 과다계상한 수입금액 OOOO원과 △ 유류비 잡수익계상액 OOOO원을 익금불산입하고, △ 유류비 과다계상액 OOOO원과 △ 급여 과다계상액 OOOO원을 손금불산입하며，② △ 정액제기사와 관련하여, △ 초과사납금 OOOO원을 익금산입하는 동시에 손금산입하고，△ 원고가 운전기사들로부터 회수한 초과유류비 합계 OOOO원과 △ 벌과금 대납액 합계 OOOO원을 익금산입하며， △ 2005. 3 결산시 발생한 미달사납금 OOOO원을 익금불산입하는 동시에 손금불산입하고, △ 시간공제 등 OOOO원을 손금산입하며, △ 노조전임자 급여 OOOO원을 손금산입하고, △ 임원(주주) 가공급여 OOOO원을 손금불산입 하며, △ 유류 보조금 수익 미계상 OOOO원을 익금산입하고， △ 퇴직금 부당환입 OOOO원을 익금불산입하는 등 [별지 2] 기재와 같이

법인세 수입금액 및 소득금액을 재조정하여 2009. 4. 1. [별지 1]의 '과세전적부심사 심의결과에 따른 재조사 후 처분'란 기재와 같이 법인세， 부가가치세， 원천정수 근로소득세의 부과처분 및 [별지 2]의 1소득금액1란 기재와 같이 소득금액변동통지의 각 처분을 하였다.

▶ [별지 2]의 소득금액 재조정내용 중 정액제기사의 초과사납금 OOOO원의 각 사업연도별 금액 및 그에 따른 소득처분 내용은 아래 표 기재와 같다.

(단위 : 원)

2003.7,

~2004.6.

2004.7.

~2005.6.

2005.7.

~2006.6.

2006.7

~2006.12.

합계

초과사납금

△OOOO

OOOO

소득처분

대표자 상여

기사 상여

▶ [별지 2]의 소득금액 재조정내용 중 손금산입한 노조전임자들의 운행수입금액(급여)의 각 사업연도 및 기사별 운행수입금액은 아래 표 기재와 같다.

(단위 : 원)

노조전임자

사업연도

2005.1.~2005.6.

2005.7.~2006.6.

2006.7.~2006.12.

합계

GGG

OOOO

HHH

OOOO

III

OOOO

합계

OOOO

○ 이후 피고는 2009. 8. 3 부당과소신고금액에 대한 원천세 및 가산세로 2004년 OOOO원， 2005년 OOOO원을 경정・고지하였다.

[4]

○ 원고는 2009. 7. 10 피고의 위와 같은 부과처분 등에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고， 조세심판원은 2011. 3. 9 원고가 2004 내지 2007 사업연도에 △ 2005. 3 결산시 발생한 미달사납금 합계 OOOO원, △ 노조전임자 GGG 등 3인에게 급여로 지급하였다는 합계 OOOO， △ 주주 EEE에게 지급하였다는 OOOO원이 익금에 산입된 금액(손금불산입된 금액)인지 여부와 사외유출 여부 및 그 귀속자 등을 재조사하여 「법인세법」 제67조， 같은 법 시행령 제1106조에 따라 익금에 산입한 금액이 있는 경우 사외유출액을 그 귀속자에 따라 소득처분하는 것으로 하여 소득금액 변동통지 대상금액을 경정하라는 내용의 재조사 결정을 하는 한편 나머지 심판청구는 기각하였다.

○ 피고는 조세심판원의 위 재조사 결정에 따라 2011. 3. 21.부터 2011. 4. 1 까지 재조사(이하 '2차 재조사'라 한다)를 실시한 후， 원고의 2005 사업연도 미달사납금 OOOO원이 이미 신고한 정액사납금액에 포함되어 있다고 판단하여 위 금액을 대표자 BBB에게 상여처분한 금액에서 제외하였다(이하 2009. 4. 1.자 처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 '이 사건 각 처분'， 소득금액변동통지 부분을 '이 사건 소득금액변통통지'라 한다)

2. 피고의 본안 전 항변 및 판단

피고는， 원고가 경정청구 기한이 도과한 2005년 및 2006년 귀속분에 대하여 새로운 증액경정에 따라 신고 누락하였다는 부외원가 퇴직금 OOOO원을 인정해 달라고 주장하고 있으나， 사업연도 변경에 따라 2006년 12월말 사업연도에 대한 법인세 과세 표준 및 세액 결정결의서에 의하면 2006-2 사업연도 법인세는 오히려 OOOO원 감액 경정되었으므로 원고가 주장하는 2006-2 사업연도분 퇴직금 OOOO원은 항고소송 대상에 해당되지 않는다고 항변하나， 청구취지에 의하면 원고가 이 사건 소송을 통해서 취소를 구하는 대상은 2006-1 사업연도 법인세 부과처분임이 명백하므로 피고의 위 항변은 나머지 점에 관하여 살필 필요 없이 이유 없다.

3. 원고의 주장

가. 택시미터기 운행기록에 의한 운행수입 산정의 위법

원고는 운전기사들의 운송수입금 중 회사에 납입하는 정액사납금을 공제한 잔액을 운전기사 개인의 수입으로 하는 정액사납금제를 실시하였으므로 원고에게 실질적으로 귀속되는 정액사납금만을 원고의 수입금액으로 보아 부가가치세 및 법인세를 적법하게 신고하였던 것인바， 택시미터기는 기계적 결함이 존재하여 객관적 정확성이 결여되어 있을 뿐만 아니라 운전기사들은 정비， 주유， 식사 등의 유료운송이 아닌 경우에도 승차 거부의 제재 등을 피할 목적으로 택시미터기를 작동하는 경우가 있는 등 신뢰성을 인정할 수 없음에도 피고가 택시미터기의 운행기록으로 원고의 운행수입을 산정하여 이 사건 부가가치세， 근로소득세 부과처분 및 소득자를 CCC， DDD， EEE 및 FFF 로 한 각 소득금액변동통지 등을 한 것은 「국세기본법」 제14조 등이 정한 실질과세원칙에 반하여 위법하다.

나. 초과유류비 중 납입면제된 노조전임자 정액사납금 상당액의 사외유출 여부

원고는 노사합의에 의하여 납입면제된 노조전임자들의 정액사납금이 정상적으로 회 사에 납입된 것처럼 수입으로 계상하여 법인세를 신고하였다. 이와 같이 과대계상된 노조전임자 정액사납금 상당액은 급여지급 과정에서 익금에 산입하지 않았던 25L 초과유류비 회수액 중 위 금액 상당으로 대체충당하였고 사내에 유보하였다. 따라서 익금산입이 누락된 25L 초과유류비 회수액 중 납입 면제된 노조전임자의 정액사납금 상당액인 OOOO원은 사외에 유출된 것이 아니므로 그 금액은 대표자 인정상여처분에서 제외되어야 한다.

다. 퇴직금으로 지급한 OOOO원에 대한 법인세 및 소득금액 변동통지의 위법

원고는 △ 회계연도 35기 (2005. 7. 1. ~ 2006. 6. 30.)에 퇴직금 OOOO원을 지급하 였고，△ 회계연도 36기(2006. 7. 1. ~ 2006. 12. 31.)에 퇴직금 OOOO원을 지급하였으나 이를 회계장부에 기재 누락하였다. 따라서 위와 같이 누락된 퇴직금 합계 OOOO원(= OOOO원 + OOOO원)은 손금에 산입되어야 하고， 그에 상당하는 2006 사업연도 법인세 및 대표자 등 인정상여 처분의 감액이 이루어져야 한다.

3. 택시미터기 운행기록에 의한 운행수입 산정의 적법 여부

(1) 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙서류에 의함이 원칙이라고 하겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의 하여서도 이를 경정할 수 있는 것이고， 이 경우 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한은 없다고 할 것 이다(대법원 2003. 12. 12. 선고 2002두12786 판결 등 참조).

(2) 위와 같은 법리에 기초하여 위 인정사실과 변론 전체의 취지를 종합하여 살펴본 사정은 아래와 같다.

▪ 일반적으로 택시운전기사들이 택시미터기에 표시된 금액을 승객으로부터 운임으로 받는다는 점 등에 비추어 볼 때， 피고가 택시미터기에 나타나는 유상운송기록을 조사 하는 방법으로 원고의 운행수입을 결정한 것은 객관성이 있는 방법으로써 적법한 실지조사방법에 속한다고 할 것이다「

▪ 「여객자동차 운수사업법」 (2008. 3. 21. 법률 제8980호로 전부개정되기 전의 것) 제22조 제1항은 대통령령이 정하는 운송사업자는 여객자동차 운송사업의 운전업무에 종사하고 있는 자가 이용자로부터 수령한 운임 또는 요금의 전액을 당해 운수종사자로 부터 납부 받아야 한다고 규정하고 있는바， 위와 같은 규정은 운전기사가 승객들로부터 수령한 운임 또는 요금 전액이 운송사업자의 수입임을 전제로 한 것이라고 볼 수 있다.

▪ 원고가 운전기사들로부터 정액사납금만을 지급받고， 초과사납금은 운전기사들의 수입으로 한 것은 근로형태의 특수성과 계산의 편의를 위한 것으로， 추가사납금 또한

운전기사들의 임금에 해당된다고 할 것이다 따라서 초과사납금은 원고의 수입금액으로서 원고가 이를 운전기사들에게 임금으로 지급하였다고 할 것이므로 초과수입금을 원고의 운행수입에서 제외할 수 없다.

▪ 「부가가치세법」 제2조 제2호， 같은 법 시행령 제3조 제1항 제3호에 의하면， 운수업은 용역을 공급하는 사업에 해당한다. 그런데 여객운수업자인 원고가 용역을 공급하는 대상은 택시기사가 아닌 일반 승객이다. 그러므로 원고가 일반 승객에게 공급한 용역의 총량， 즉 정액사납금이 아닌 택시미터기 운행수입금 전액을 부가가치세 과세대상으로 보는 것이 타당하다.

▪ 택시미터기의 기록을 과세근거 자료로 사용할 수 없을 정도로 택시미터기에 기계적 결함이 있다고 볼 만한 자료가 없고， 택시미터기의 각종 표시기능(예약， 휴무， 빈차 등)의 존재에 비추어 보면， 원고의 주장과 같이 택시운전기사들이 승객이 탑승하지 않은 상태에서 택시미터기를 사용하는 경우는 적을 것으로 보이며， 설사 이와 같은 경우가 있다 하더라도 반대로 합승이나 사전 협상 하에 택시미터기를 작동시키지 않고 승객을 태우는 경우도 있어서， 택시미터기에 나타나는 유상운송기록은 실제 승객을 승차시키고 얻은 운행수입을 적절하게 반영하는 자료로 보인다.

(3) 위와 같은 사정을 종합해 보면， 피고가 원고회사가 보유한 택시의 미터기를 실 지조사하여 원고의 운행수입금을 결정하고， 그 중 원고가 운전기사들로부터 직접 지급 받지 않은 초과사납금도 원고의 운행수입금으로 보아 과세한 것이 실질과세의 원칙에 반하여 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4.초과유류비 회수액 중 납입면제된 노조전임자 정액사납금 상당액의 사외유출 여부(1) 사외유출 여부에 관한 입증책임

법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하였으면 매출 누락금액뿐만 아니라 그 대응경비까지 밝혀졌다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 매 출원가 등 대응경비가 포함된 매출누락금 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고， 이 경우 매출누락금 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 불특별한 사정은 이를 주장 하는 법인이 입증하여야 하며， 과세관청이 법인세 과세표준 신고시에 경비로 신고되지 않은 금액을 특별히 법인의 경비로 인정하여 법인의 소득금액 계산에서 공제해 주었다 하더라도， 사외유출되어 대표자 등에게 귀속되는 소득금액에서 법인의 부담으로 지출 된 경비를 당연히 공제해야 하는 것은 아니고， 법인의 대표이사가 법인의 수익을 사외유출시켜 자신에게 귀속시킨 금전 중 법인의 사업을 위하여 사용된 것임이 분명하지 아니한 것은 특별한 사정이 없는 한 대표이사 자신에 대한 상여 내지 이와 유사한 임시적 급여로서 근로소득에 해당하게 된다(대법원 1999. 5. 25 선고 97누19151 판결 등 참조).

(2) 납입면제된 노조전임자 정액사납금액의 수입 계상 및 세무신고 여부

(가) 먼저， 원고가 납입면제된 노조전임자 정액사납금을 납입받은 것으로 실제로 수입에 계상하고 법인세 신고시 익금에 포함시켰는지에 관하여 살피건대， 이에 부합하는 듯한 갑 제12호층의 기재는 위 인정사설에 변론 전체의 취지를 종합하여 살펴본 아래와 같은 사정에 비추어 이를 믿기 어렵고， 갑 제10， 11호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하며， 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로 원고가 세무신고 당시 납입면제된 노조전임자들의 정액사납금액을 수입으로 신고하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

▪ 원고는 피고가 세무조사과정에서 노조전임자 급여 OOOO원을 손금산입한 것은 원고가 이를 이미 수입금액으로 신고하였음을 전제로 한 것이라고 주장하나， 위 OOOO원은 피고가 세무조사과정에서 밝혀낸 2004 내지 2006 사업연도에 노조전임자들의 택시미터기에 기록된 운행수입 총액이지， 원고가 노조전임자들로부터 납입받은 것으로 세무신고한 정액사납금액이 아닐 뿐만 아니라 원고가 노조전임자들에게 지 급한 기준급여액도 아니므로 피고가 노조전임자들의 운행수입 총액을 손금산입하였다는 사유만으로 그 전에 원고가 노조전임자들의 정액사납금액을 총수입에 포함시켜 세무신고 하였다고 단정할 수는 없다.

▪ 피고는 2차 재조사(조세심판원 결정에 따른 재조사) 과정에서 노조전임자 정액사납금액의 실제 세무신고 여부를 확인하기 위해 원고에게 관련 부가가치세 신고 수입금 액 산출 근거서류 및 내역을 요구했으나， 원고는 정액사납금액을 기준으로 신고하였다고만 주장하였을 뿐 구체적인 근거자료를 제시하지 못하였다. 만약 원고가 갑 제12호 증과 같이 노조전임자들의 정액사납금액이 포함된 정액제기사분 가동횟수 및 기준사납금액 신고내역자료를 제시하였다면， 피고로부터 노조전임자 정액사납금액의 실제 세무 신고 사실을 인정받을 수 있었을 것이다.

▪ 원고는 이 사건 제1심 변론종결일까지도 노조전임자 정액사납금액의 실제 세무신고 사실을 직접적으로 인정할 수 있는 자료를 제출하지 않다가， 제1섬 변론종결 후에 야 갑 제12호증을 제출하였다. 갑 제12호증의 기재내용은 그것이 사실에 부합할 경우 원고 주장을 뒷받침할 수 있는 증명력을 지닌 매우 중요한 증거로 보이는바， 만약 회계처리 및 세무신고 당시부터 보유하고 있었던 자료라면 원고가 세무조사 또는 1， 2차 재조사 시에 이를 제출하지 않을 이유가 없었을 것이다. 또한 이 사건 법인세 및 부가가치세 과세기간 중 단지 2005년 3월분 정액제기사들의 가동횟수 및 정액사납금에 관한 자료만 작성하여 보유하고 있었다는 것도 경험칙상 쉽사리 납득하기 어렵다. 따라서 원고가 제출한 갑 제12호층은 세무신고는 물론 이 사건 소 제기 시까지도 원고가 보유하지 않았던 자료로서 이 사건 제1심 소송 진행 중에 원고가 임의로 작성한 자료로 보인다.

▪ 원고의 주장과 같이 정액제기사들의 정액사납금을 수입금액으로 신고하면서 노조 전임자들의 정액사납금액도 익금에 포함시켜 세무신고를 한 것이라면， 택시미터기의 전산자료에 따라 계산한 정액사납금액과 원고의 신고금액이 일치해야 할 것이나， 피고 의 세무조사 결과 양자가 일치하지 않는 것으로 밝혀졌으므로 원고 주장의 신빙성이 의심스럽다(이에 대하여 원고는 정액제기사에게만 지급되어야 할 유류 구입에 따른 보조금을 도급제기사에게도 지급하기 위하여 도급제기사를 정액제기사인 것처럼 매출액 과 비용을 과다하게 계상하여 세무신고를 하였기 때문이라고 주장하나， 설사 그러한 사정이 일부 인정된다 하더라도 그로써 정액제기사의 수입금액 신고 시에 노조전임자 들의 정액사납금액이 포함되었다는 점이 바로 입증되지는 않는다).

▪ 원고가 노조전입자들로부터 정액사납금을 전혀 납입받지 않았음에도 회계처리나 세무신고에 있어서 원고에게 불이익한 과세처분을 초래하게 되는 수입 과대계상 방식의 회계처리 및 그에 따른 세무신고를 할 특별한 이유를 찾기 어렵고， 노조전임자들이 원고회사에 근무하고 있는 한 이들이 납부해야 할 정액사납금을 0으로 회계처리 및 세 무신고할 수는 없기 때문에 이와 같이 운송수입을 과대 계상하여 세무신고 했다는 원고의 주장 역시 경험칙상 쉽게 납득하기 어렵다.

▪ 조세심판청구에서 원고의 주장은 '납입받지 않았음에도 납입된 것으로 계상한 노 조전임자 정액사납금 OOOO원 상당액'이 아니라 '노조전임자에게 지급된 급여 OOOO원 상당액이 대표자 상여처분 대상금액에서 차감되어야 한다는 것으로 위 주장은 노조전임자의 정액사납금 과대계상 및 세무신고 여부와 관련 없는 주장으로 보이고 원고의 수입에 과대계상하여 신고한 노조전임자들의 정액사납금 상당액을 익금불산입 해달라는 요구는 하지 않은 것으로 보이는바， 만약 원고가 사실과 다르게 노조전임자들의 정액사납금액을 익금에 포함시켜 세무신고를 한 것이라면， 과세처분에 대한 불복과정에서 그 금액의 익금불산입을 주장했을 것으로 보인다,

▪ 만약 원고가 노조전임자들로부터 정액사납금을 납입받은 것으로 회계처리 및 세무 신고를 한 것이라면， 원고가 이 사건 소를 제기하면서 노조전임자의 택시미터기상 운행수입 총액이 아니라 실제 회계처리 및 세무신고한 노조전임자들의 정액사납금액을 정확히 특정하면서 그 산정근거를 충분히 밝힐 수 있었을 것이나， 원고는 당심 변론종결시까지 실제 신고한 노조전임자들의 정액사납금액을 특정하지 못한 채 단지 미터기상 노조전임자들의 운행수입금액 총액을 그들의 정액사납금액이라고 주장하고 있을 뿐이다.

5. 퇴직금 OOOO원에 대한 법인세 부과 및 대표자 인정상여처분의 위법 여부

(1) 납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고누락한 매출액 등의 수입 이 발견되면, 과세관청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입 할 수 있고，만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 위와 같이 익금에 산입 할 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 그에 대응하는 손금에 산입 할 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같은 비용을 신고누락 하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자가 입증을 하여야 할 것인바， 이는 납세의무자가 그 수입 중 일부의 신고를 누락하여 과소신고 하는 경우에도 비용만큼은 누락 없이 전부 신고하는 것이 통상적이라는 경험칙을 바탕으로 그와 다른 이례적 사정 즉 납세의무자가 손금에 산입할 비용 중 일부를 스스로 누락하여 과소신고 하였다는 특별한 사정에 관하여는 납세의무자인 원고로 하여금 입증케 함이 입증의 난이와 형평 변에서도 타당하다는 입증책임 일반의 원칙에 부합한다(대법원 1992. 3. 27. 선고 91누12912 판결 등 참조)

(2) 갑 제7호즘의 기재에 의하면， 퇴직금명세서에 원고가 2005. 7. 25. 직원 정인에게 퇴직금 407，841원을 지급한 것을 비롯하여 2006. 6. 29 까지 합계 OOOO원의 퇴직금을 지급하였고， 2006. 8. 1 직원 KKK에게 퇴직금 OOOO원을 지급한 것을 비롯하여 2006. 11. 28.까지 합계 OOOO원의 퇴직금을 지급한 것으로 기재되어 있으나， 을 제17， 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 알 수 있는 다음과 같은 사정， 즉 △ 원고가 제출한 36기(2006. 7. 1. ~ 2006. 12. 31.) 손익계산서에는 2006 7. 1부터 2006. 12. 31.까지 지급한 퇴직급여는 없는 것으로 나타나는 등 갑 제7호증의 기재가 손익계산서의 기재와 부합하지 않는 점，△ 퇴직금 지급을 객관적으로 증명할만한 영수증이나 금융거래내역 등의 객관적 자료가 없는 점，△ 갑 제7호증 상 LLL， MMM， NN， PPP， QQQ， RRR， SSS， TTT， III， UUU， VVV，WWW，XXX，YYY，ZZZ，aaa，bbb，ccc，ddd，eee，fff，ggg， hhh， GGG， iii， jjj， kkk， KKK， lll， mmm， nnn， HHH， ppp， qqq， rrr， sss에게 2006년도에 퇴직금을 지급한 것으로 기재되어 있으나， '2005년 귀속 퇴직소득 자료조회'에 의하면， 이들에게 이마 2005 사업연도에 퇴직금을 지급한 것으로 기재되어 있어 일치하지 않는 점, △ 갑 제7호증은 원고가 임의로 작성한 문서인 데다가 그에 첨부된 '2005년 12월 31일 이전 잔여대장'의 경우 지급란에 '완결'이라는 기재와 함께 이를 확인하는 인영이 날인되어 있는 반면, '2005-2006 완전퇴직 지급대장'과 '2005년 12월 31일 기준 중간정산 대장'의 경우에는 '지급완결'이라는 부동문자만 기재되어 있고 인영이 날인되어 있거나 서명이 되어 있지 않아， 퇴직금 지급대장의 형식이 다른 점, △원고가 손금에 산입할 퇴직금의 계상을 스스로 누락하여 과소신고할 특별한 사정을 찾아보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때， 갑 제7호층의 기재는 믿기 어렵고， 달리 원고 주장과 같은 퇴직금 지급 사실을 인정할 증거가 없으므로 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

6. 결론

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인 바， 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로， 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

-서울행정법원 2012.03.09.선고 2011구합15299

서울고등법원 2013.09.24.선고 2012누9859

참조조문

-부가가치세법 시행령 제3조 제1항 제3호

-여객자동차 운수사업법 제22조 제1항