조심2013부3930(2014.04.08)

예외적인 사유에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사는 위법함

해상교통안전법에 따른 해상교통안전진단 용역을 제공하는 것은 부가가치세법상 면세대상에 해당하지 않으며, 현장확인도 확인내용에 따라 세무조사로 볼 수 있으므로, 예외적인 사유에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

(구) 부가가치세법 제12조면세

국세기본법 제81조의4세무조사권 남용 금지

2014구합21524 부가가치세부과처분취소

OOOOOOO

OO세무서장

2015. 6. 4.

2015. 7. 9.

1. 피고가 2013. 6. 5. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 0000원, 2008년 제2기 부가가치세 0000원, 2009년 제1기 부가가치세 0000원, 2009년 제2기 부가가치세 0000원, 2010년 제1기 부가가치세 0000원, 2010년 제2기 부가가치세 0000원, 2011년 제1기 부가가치세 0000원, 2011년 제2기 부가가치세 0000원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항 및 피고가 2013. 6. 5. 원고에 대하여 한 2012년 제1기 부가가치세 0000원, 2012년 제2기 부가가치세 0000원의 각 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 3. 16. OOO에 관한 법률(이하 'OOOO법'이라 한다)에 의하여 산업인력 양성 등을 목적으로 설립된 비영리 사단법인이다.

나. 원고는 2008년 제1기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 OO건설・OO건설 등 건설업체 및 관련 업체, 국토해양부, OO공사 등으로부터 별지1 용역 현황 기재와 같이 선박조종시뮬레이션용역 등을 포함한 해상교통안전진단용역(그용역 항목은 별지1 용역 현황의 1. 용역 항목 기재와 같이 총 63건이지만, 별지1 용역현황의 2. 용역 명세 기재와 같이 발주처・시기 별로 용역을 구분하여 보면 총 150건이다. 이하 위 용역들을 모두 '이 사건 용역'이라 한다)을 의뢰받아 용역을 수행하였는데, 이 사건 용역을 부가가치세 면세대상으로 보고 그 대가로 지급받은 공급가액 합계 0000원에 대하여 부가가치세 신고를 하지 않았다.

다. 피고는 2012. 2. 10. 확인목적 '해상교통안전 진단대행업에 대한 수익사업 여부', 확인범위 '2007. 1. 1. ~ 2011. 12. 31.'로 하여 원고를 방문하여 현장확인을 하였고, 2012. 3. 5. 조사대상세목 '법인세', 조사대상기간 '2007. 1. 1. ~ 2011. 12. 31. 연구용역 등 수행실적에 대한 신고의 적정여부', 조사사유 '귀 법인은 2007. 1. 1. ~ 2011. 12. 31. 기간에 해상교통안전진단대행업 외에 대한 수익사업이 발생되어 이 부분에 대한 신고의 적정성을 검증하기 위하여 조사대상자로 선정'이라는 내용으로 세무조사(이하 '이 사건 1차 조사'라 한다)를 한 후, 2012. 3. 27. 원고에게 "연구용역 수익과 관련하여 검토한바 부가가치세 면세대상에 해당되어 과세사유 없으므로 본 조사 종결하고자 합니다."는 내용으로 고지세액을 0원으로 한 세무조사 결과를 통지하였다.

라. 한편 국세청은 2012. 3. 13. OO세무서장에게 "OOOO법에 따라 설립된 OOOOO이 해상교통안전법에 따른 해상교통안전진단 용역을 제공하는 것은 부가가치세법상 면세대상에 해당하지 않는다."는 내용의 회신을 하였다.

마. 피고는 2013. 1. 10.부터 2013. 3. 18.까지 확인목적 '기타의 현장확인(해상교통안전진단용역 등의 신고 적정여부 확인', 확인범위 '2005. 7. 1.\u3000 ~ 2012. 12. 31.' 또는 확인목적 '2007 ~ 2012년 해상교통진단용역 제공내역 및 부가가치세 과・면세 대상 여부 확인'으로 하여 원고를 여러 차례 방문(이하 '이 사건 2차 조사'라 한다)하였고, 2013. 6. 5. 이 사건 용역이 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법'이라 한다) 제12조 제1항 제17호에서 정한 면세용역에 해당하지 않는 것으로 보아 원고에 대하여 아래 표와 같이 부가가치세 및 가산세를 부과・고지하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라 하되, 가산세 부분은 제외한다)을 하였다.

표 생략

바. 이에 원고는 2013. 8. 30. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원이 2014. 4. 8. 가산세 0000원(2008년 제1기부터 2012년 제2기까지) 부분을 취소하고 나머지 청구를 기각하는 결정을 하자, 피고는 위 결정에 따라 위 가산세 0000원을 취소하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 9 내지 12, 22호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 사유로 위법・부당하므로 취소되어야 한다.

1) 이 사건 용역 수행을 위해서는 기존의 정형화된 실험방법과 측정방법을 넘어 항상 새로운 기법과 기술 개발이 필요하고, 실제 전문연구자들의 연구와 논의를 거친 새로운 방법이 이 사건 용역에서 이루어진 점, 이 사건 용역이 학회에서 발표, 공유되고 연구실적물로도 인정되는 점 등을 감안할 때, 이 사건 용역은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론・방법・공법 등에 관한 연구용역이므로 부가가치세 면세대상이다(이하 '제1주장'이라 한다).

2) 피고는 이 사건 2차 조사에서 여러 차례 반복적으로 원고의 사업장에 방문하여 조사하였고, 그 과정에서 이 사건 용역에 관한 질문이나 원고의 장부・서류・물건 등에 대한 검사는 물론 6개 거래에 관한 최종보고서, 과업지시서, 용역계약서, 계산서 등의 자료 제출까지 요청하여 자료를 수집하기까지 하였는바, 이 사건 2차 조사는 현장확인이라는 명칭에도 불구하고 실질적으로 중복세무조사에 해당하고, 재조사가 가능한 예외사유에도 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 1차 조사의 세목 및 과세기간과 중복되는 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지의 각 부가가치세 부분은 중복조사금지 원칙에 반하는 위법한 세무조사를 통하여 이루어진 것이어서 위법하다(이하 '제2주장'이라 한다).

3) 재정경제부가 그 동안 OOOOO이 제공하는 모든 연구용역에 대하여 일관되게 부가가치세 면세 대상에 해당한다고 해석하였고(2006. 11. 29.자 재정경제부 부가가치세제과-265), 이와 같은 세법해석은 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다 할 것인데, 국세청이 갑자기 2012. 3. 12.자로 그 입장을 바꾸어 면세 대상이 아니라고 해석하고 그에 따라 이루어진 이 사건 처분 중 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지의 각 부가가치세 부분은 국세기본법 제18조 제3항에서 정한 소급과세금지 원칙에 위반된다(이하 '제3주장'이라 한다).

4) 피고는 이 사건 1차 조사를 거친 후 원고에게 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지의 각 부가가치세 부분에 대한 이 사건 용역이 부가가치세 면세 대상에 해당한다고 통지하였고, 이러한 통지는 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명이라 할 것이며, 원고는 이와 같은 피고의 통지를 신뢰하고 2012년 제1기 및 제2기 부분에 해당하는 부가가치세에 대하여 거래징수나 신고・납부를 하지 아니하였는바, 만약에 피고가 이러한 공적견해를 표명하지 않았다면 원고로서는 2012년 제1기 및 제2기 부분에 해당하는 부가가치세를 거래징수하였을 것이다. 따라서 이러한 신뢰에 반하여 이루어진 이 사건 처분 중 2012년 제1기 및 제2기의 각 부가가치세 부분은 신뢰보호 원칙에 위반된다(이하 '제4주장'이라 한다).

나. 관련 법령

별지2 관련 법령 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 이 사건 용역 관련 사실

가) 이 사건 용역 대상인 해상교통안전진단은 수역의 설정 또는 변경, 항만 또는 부두의 개발・재개발 등 해상교통안전에 영향을 미치는 사업으로 발생할 수 있는 항행안전 위험 요인을 전문적으로 조사・측정 및 평가하는 것[구 해상교통법(2009. 12. 29. 법률 제9873호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 해상교통법'이라 한다) 제2조 제38호, 제6조의2 등 참조]인데, 진단대상사업을 추진하고자 하는 사업자는 사업계획의 승인・허가결정 이전에 기술과 인력을 갖춘 진단대행업자에게 진단대상사업으로 인한 항행안전위험요인을 전문적으로 조사・측정・평가해 줄 것을 의뢰하고, 진단대행업자는 진단대상사업이 향후 선박통항에 어떠한 영향을 미치게 될지를 사전에 예측하여 평가하는데 세부적으로 해상교통현황조사, 해상교통 현황측정, 해상교통시스템 적정성평가, 해상교통안전대책 등을 평가하며, 그 구체적인 내용은 아래 표와 같다.

표 생략

나) 원고는 구 해상교통법 제6조의5 제2항 등에서 정한 등록요건인 항해사 자격증 또는 해사안전관련분야 학위 소지자로 일정 경력을 갖춘 전문기술인력과 선박조종시뮬레이터(Real Time Full-Mission Shiphandling Simulator) 등을 갖추고 2008년부터 2012년까지 OO건설・OO건설 등 건설업체 및 관련 업체, 국토해양부, OO공사 등에 OO항 남방파제 설치에 따른 항로변경에 대한 선박 통항 안전성 검토, OO항접근항로 항로표지 배치계획 수립용역 등 별지1 용역 현황 기재와 같은 내용의 해상교통안전진단용역을 제공하여 왔는바, 연구용역의 주요 내용은 사업자가 시행하고자 하는 장소의 자연환경(바람, 조류, 파랑 등) 및 해상교통 현황을 분석한 후 선박조종 시뮬레이션을 이용하여 해상교통량, 혼잡도 등을 도출해내어 해당사업으로 인한 해상교통시스템의 적정성 평가나 이를 토대로 한 해상교통안전 대책을 대안으로 제시하는 것이었다.

다) 한편 위 선박조종 시뮬레이션은 실제 선박과 항만 등을 프로그램에 입력하여 실제 환경과 거의 일치하는 상황을 연출함으로써 시뮬레이션을 통해 사전에 위험성을 평가하고, 그 대책을 마련하는 것을 목적으로 하는 것으로, 미리 준비된 프로그램에 선박, 항만 및 자연환경 등을 입력하면 자동적으로 조건이 설정되어 실행되는 등 정형화된 기준에 의한 결과치를 도출하는 방식으로 이루어졌다.

2) 이 사건 1, 2차 조사 관련 사실

가) 피고는 이 사건 1차 조사 당시 원고로부터 법인세조사기간인 2007년부터 2011년까지의 매출처별계산서합계표 자료(그 중 을 제17호증의 1 내지 16은 2008년부터 2011년까지의 자료에 해당함) 및 위 기간 동안 원고가 수행한 모든 연구용역과 사업비 현황이 담긴 자료(갑 제18호증, 발생연도・발주처・과제명・연구책임자명・거래기간・거래금액 등으로 구분되어 있음)를 제출받았다.

나) 피고는 이 사건 2차 조사 당시 원고에게 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서(갑 제11호증의 2)를 교부하였고, 아래와 같은 내용으로 자료를 요청하여 이 사건 용역과 관련한 최종보고서, 과업지시서, 용역계약서, 관련 학술지 논문실적 등은 물론 2008년부터 2012년까지 해상교통안전진단용역으로 판단되는 거래목록(갑 제22호증, 발생연도・발주처・과제명・연구책임자명・거래기간・거래금액 등으로 구분되어 있고, 이 사건 처분에서 인정된 해상교통안전진단용역의 내용과 그 범위가 동일하다)을 제출받았으며, 이 사건 용역의 면세 여부 적정성에 관한 질문을 하였다.

다) 한편 원고의 사업수익은 보조금수익, 전입 및 기부금, 교육운영수익등, 연구용역수익으로 구분되는데, 이 사건 용역은 연구용역수익에 포함되어 있고, 아래 표 기재와 같이 이 사건 처분의 과세기간인 2008년 제1기부터 2012년 제2기까지의 연구용역수익에 해당하는 원고의 매출액은 그 합계가 0000원(을 제17호증의 1 내지 16의 각 매출처별계산서합계표 기재에 따름)인 반면, 위 과세기간 별 이 사건 용역의 공급가액은 그 합계가 0000원이다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7 내지 12, 18 내지 22호증, 을 제4 내지 17호증의 각 기재, 이 법원의 현장검증결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 제1주장에 관한 판단

가) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제16호는 부가가치세 면세 대상의 하나로 '종교・자선・학술・구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것'을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것) 제37조는 "법 제12조 제1항 제16호에서 '대통령령으로 정하는 것'이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다."고 규정하면서 그 제1호 후단에서 '학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역'을 들고 있다. 이들 규정의 문언 내용과 취지, 그리고 관련 규정의 체계, 특히 법 제12조 제1항 제13호, 시행령 제35조 제2호 (라)목, 구 부가가치세법 시행규칙(2008. 4. 22. 기획재정부령 제12호로 개정되기 전의 것) 제11조의3 제3항이 부가가치세 면세 대상의 하나로 '개인・법인 또는 법인격 없는 사단・재단 기타 단체가 독립된 자격으로 공급하는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론・방법・공법 또는 공식 등에 관한 연구용역'을 별도로 규정하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 위 부가가치세법 제12조 제1항 제16호, 위 시행령 제37조 제1호 후단의 규정에 의하여 부가가치세가 면세되는 '학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역'의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론・방법・공법 또는 공식 등의 연구용역뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정・보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두3913 판결 등 참조).

나) 이 사건으로 돌아와 살피건대, 앞서 인정한 바 있거나 앞서 든 각 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고는 해상교통안전진단에 관한 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론・방법・공법 또는 공식 등의 연구용역이나 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정・보완하기 위하여 발주처와 용역계약을 체결하고 이 사건 용역을 제공한 것이라기보다는, 선박조종 시뮬레이션 등 기존에 개발된 검사기법 등을 응용 또는 이용하여 발주처가 필요로 하는 용역을 제공하고 그 제공에 대한 대가를 지급받기 위하여 이 사건 용역을 제공한 것으로 보이고, 따라서 이 사건 용역은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론・방법・공법 또는 공식 등의 연구용역이나 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정・보완하기 위한 연구용역으로 볼 수 없으므로, 원고의 제1주장은 이유 없다.

① 원고가 수행한 이 사건 용역은 사업자가 진단대상사업을 추진하는데 필요한 해상교통안전진단용역을 수행한 것으로, 사업자가 시행하고자 하는 장소의 자연환경(바람, 조류, 파랑 등) 및 해상교통 현황을 분석한 후 선박조종 시뮬레이션을 이용하여 해상교통량, 혼잡도 등을 도출해 내는 방법으로 해상교통현황조사, 해상교통 현황측정, 해상교통시스템 적정성평가, 해상교통안전대책 등을 제공하는 것을 그 주된 내용으로 하고 있다.

② 원고는 이 사건 용역의 결과를 도출하기 위해 미리 준비된 프로그램에 선박, 항만 및 자연환경 등을 입력하면 자동적으로 조건이 설정되어 실행되는 선박조종 시뮬레이션을 사용하였고, 특별히 기존의 정형화된 실험방법과 측정방법을 넘은 새로운 기법과 기술 개발을 사용하지는 않았던 것으로 보인다.

③ 원고는 2008년부터 2012년까지 OO건설・OO건설 등 건설업체 및 관련 업체, 국토해양부, OO공사 등 발주처를 기준으로 매년 적게는 12개, 많게는 37개의 위와 유사한 형태의 용역을 동일・유사한 기법과 기술을 이용하여 계속적・반복적으로 제공하고 그 대가로 적지 않은 금액을 받았다.

④ 원고가 이 사건 용역을 자료로 새로운 이론이나 연구결과를 발표한 것이 없다(원고는 별지1 용역 현황의 1. 용역 항목 기재 순번 18, 20, 22, 27, 28의 경우 그 용역결과를 학술지에 논문으로 발표하였다고 주장하나, 위 용역결과들 모두 기존의 학술연구, 기술연구 결과, 해상교통안전진단 기법 등을 응용 또는 이용하여 용역의뢰업체가 필요로 하는 용역을 제공하거나 선박조종시뮬레이션을 통하여 제시된 방안들에 관해 선박운항의 안전성을 평가한 것이고, 학술지 논문 또한 위 용역결과를 소개한 것에 불과한 것으로 보인다).

2) 제2주장에 관한 판단

가) 이 사건 2차 조사가 중복세무조사에 해당하는지 여부

⑴ 구 국세기본법(2014. 1. 1. 법률 제12162호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제81조의4 제1항은 "세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다."고 규정하면서, 같은 조 제2항에서 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등 각 호에서 정한 사유에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있다.

한편 구 조사사무처리규정(2012. 6. 29. 국세청훈령 제1945호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조사사무처리규정'이라 한다) 제3조에 의하면, '현장확인'이라 함은 자료상혐의자료, 위장가공자료, 범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무, 민원처리 등을 위한 현장출장・확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무, 사업자에 대한 사업장현황 확인이나 기장확인 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 등을 상대로 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말하고, '세무조사'라 함은 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권 및 조세범처벌법, 조세범처벌절차법에 의하여 조사공무원이 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고 장부・서류・물건 등을 검사・조사하거나 그 제출을 명하는 행위로서 조사계획에 의해 실시하는 것을 말하며 일반세무조사와 조세범칙조사로 구분된다.

⑵ 앞서 인정한 바 있거나 앞서 든 각 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 2차 조사는 현장확인에 불과한 것이 아니라 세무조사에 해당한다고 봄이 타당하다.

① 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결 등 참조).

② 피고는 이 사건 1차 조사 당시 원고로부터 수령한 2007년부터 2011년까지의 각 매출처계산서합계표 자료와 연구용역과 사업비 현황이 담긴 자료를 받은 후 다시 이 사건 2차 조사를 실시하였고, 그 과정에서 원고에게 자료 제출을 요청하여 최종보고서, 과업지시서, 용역계약서, 관련 학술지 논문실적 등은 물론 2008년부터 2012년까지 해상교통안전진단용역으로 판단되는 거래목록(갑 제22호증)을 제출받았으며, 이 사건 용역의 면세 여부 적정성에 관한 질문까지 하였는바, 2008년 제1기부터 2012년 제2기까지의 연구용역수익에 해당하는 원고의 매출액 합계가 0000원인데 그 중 이 사건 용역의 공급가액 합계는 0000원으로 전체 연구용역수익 중 그 비율이 00.0%(= 0000원/0000원 × 100, 소수점 둘째 자리 미만 버림)에 불과한 점 등을 감안할 때, 피고는 앞서 이 사건 1차 조사 당시 취득한 연구용역자료들 중에서 부가가치세법상의 면세 대상에 해당하는 용역을 가려내어 과세 대상을 결정하기 위해 이 사건 2차 조사를 실시한 것으로 보인다.

③ 구 조사사무처리규정 제3조 제2호에서 규정한 '현장확인'은 납세자나 또는 거래 상대방에 대한 거래사실 등 사실관계 여부를 확인하는 행위만을 뜻하는 것으로 보이고, 거기에는 이 사건과 같이 별도로 납세자로부터 자료를 취득하는 행위는 포함되어 있지 않은 것으로 보인다.

⑶ 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 의하면, 중복세무조사에 해당하는지는 기본적으로 세목과 과세기간의 동일성을 기준으로 판단하게 되는바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 1차 조사는 명목상의 세목이 '법인세'일 뿐 확인목적이나 그 조사의 구체적인 내용은 '해상교통안전진단용역 수입에 대한 법인세, 부가가치세 신고의 적정 여부'였는데, 이 사건 2차 조사는 이 사건 1차 조사에서 이미 검토한 바 있는 '해상교통안전진단용역 수입의 부가가치세 과세 대상 여부'를 목적으로 하는 것이었고, 그 기간 또한 2012년 제1, 2기분을 제외하고 모두 동일한 사실이 인정되므로, 이 사건 2차 조사 중 위와 같이 세목과 과세기간의 동일성이 인정되는 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세 부분은 중복세무조사에 해당한다고 볼 것이다.

나) 이 사건 2차 조사 중 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지의 각 부가가치세 부분이 중복세무조사금지 원칙의 예외 사유에 해당하는지 여부

⑴ 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당하는지 여부

구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제81조의3 제1항은 "세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니 된다."고 규정하고, 제2항은 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등과 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있다. 이러한 규정 등과 그 취지에 비추어 볼 때, 위 국세기본법 제81조의4 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라 함은 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하고(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결 등 참조), 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결 참조).

이 사건으로 돌아와 살피건대, 이 사건 2차 조사는 이 사건 용역이 부가가치세법상의 면세 대상인지에 관한 피고의 견해의 변경에 따라 이루어진 것으로 보일 뿐 달리 재조사가 예외적으로 허용되는 경우인 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 새로 밝혀졌다는 등의 사정은 보이지 않는다.

⑵ 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제5호 및 구 국세기본법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법 시행령'이라 한다)제63조의2 제2호 '각종 과세자료의 처리를 위한 재조사'에 해당하는지 여부 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항은 "세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다."고 규정하면서, 그 각 호에서 재조사가 허용되는 경우로 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'(제1호), '거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우'(제2호), '2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우'(제3호), 이의신청이나 심사청구 또는 심판청구가 이유 있다고 인정되어 필요한 처분의 결정을 하여 그 결정에 따라 조사를 하는 경우(제4호), '그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우'(제5호)를 들고 있고, 그 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2014. 2. 21. 법률 제25201호로 개정되기 전의 것) 제63조의2 제2호 전단은 예외적으로 허용되는 재조사의 하나로 '각종 과세자료의 처리를 위한 재조사'를 규정하고 있다.

이러한 규정들의 문언과 체계를 바탕으로, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있는 점, 위 국세기본법 시행령 제63조의2의 규정에 따라 재조사가 허용되는 경우는 위 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 내지 제4호에서 규정한 재조사가 예외적으로 허용되는 경우와 유사한 경우로 한정되므로 그 허용 사유 및 범위를 엄격하게 해석함이 타당한 점 등을 종합하여 보면, 위 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호 전단에 정한 '각종 과세자료의 처리를 위한 재조사'에서의 '각종 과세자료'란 세무조사권을 남용하거나 자의적으로 행사할 우려가 없는 과세관청 외의 기관이 그 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료로서 국세의 부과・징수와 납세의 관리에 필요한 자료를 의미하고, 이러한 자료에는 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 과세자료는 포함되지 아니한다고 해석함이 타당하다(대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두43257 판결 참조).

이 사건으로 돌아와 살피건대, 피고가 이 사건 1차 조사를 통해 취득한 과세자료들은 피고 스스로가 세무조사를 통해 취득한 자료들로서 과세관청 외의 기관이 그 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료에 해당하지 아니하므로, 위와 같은 과세자료들에 기초하여 실시한 이 사건 2차 조사는 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호 전단에서 정한 '각종 과세자료의 처리를 위한 재조사'에 해당하지 않는다.

⑶ 한편, 피고가 원용하고 있는 대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결 중 이 사건과 관련이 있는 일부 설시는 2차 세무조사 당시 새롭게 취득한 자료를 바탕으로 부가가치세를 경정・부과한 것이 아니라 1차 세무조사에서 취득한 자료만을 근거로 하여도 부가가치세의 경정・부과가 가능하였던 사안에 대한 것으로서 이 사건과는 그 사안을 달리하므로 원용하기에 부적절하다.

3) 제3, 4주장에 관한 판단

조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 된다고 할 것이고, 또 소급과세금지의 원칙을 규정하고 있는 국세기본법 제18조 제3항 소정의 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것이라고 함은 특정한 납세자가 아닌 불특정의 일반납세자에게 그와 같은 해석 또는 관행이 이의 없이 받아들여지고, 납세자가 그 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다고 할 것이며(대법원 1992. 3. 31. 선고 91누9824 판결 등 참조), 또한 국세기본법 제18조 제3항에서 말하는 비과세 관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하고, 이 경우 특히 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 위 원칙의 적용을 부정하여야 할 것이다(대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두5203 판결 등 참조).

이 사건으로 돌아와 살피건대, 원고가 들고 있는 해석 또는 관행의 예인 2006. 11. 29.자 재정경제부 부가가치세제과-265는 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1의2호와 관련하여 OOOOO이 공급하는 연구용역 범위의 일반적인 의미에 관한 해석이지 부가가치세 면세 대상 여부의 판단에 관한 해석이라고 볼 수 없다.

그리고 앞서 본 바와 같이 피고가 이 사건 1차 조사를 거친 후 원고에게 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지의 각 부가가치세 부분에 대한 이 사건 용역이 부가가치세 면세 대상에 해당한다고 통지를 한 사실, 이에 원고가 2012년 제1, 2기 부분에 해당하는 부가가치세에 대하여 거래징수나 신고・납부를 하지 아니한 사실, 이후 피고가 뒤늦게 오류가 있음을 발견하고 이 사건 처분에 이른 사실은 인정되나, 한편 국세청은 '학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 용역에 대하여 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1의2호의 규정에서 말하는 용역에 관하여 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위한 새로운 이론・방법・공법 또는 공식 등을 연구하는 것을 말하는 것이고, 이미 개발된 학술 또는 기술의 연구결과를 단순히 이용한 분석 또는 활용자료의 제공용역은 이에 해당하지 않는다'고 지속적으로 해석한 사실[질의회신 부가46015-1411(1996. 7. 12.), 부가46015-820(2001. 5. 31.), 부가-849(2011. 7. 27.)], 판례 또한 '부가가치세 면세대상이 되는 학술연구용역 또는 기술연구용역이라 함은 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위하여 새로운 이론・방법・공법 또는 공식 등을 연구하는 것이므로 신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질・용도 등을 개선시키는 등의 연구용역을 의미하고, 학술・기술의 연구결과를 단순히 응용 또는 이용하여 공급하는 용역은 이에 해당하지 않는다고 할 것이다'라고 해석해 온 사실(대법원 2000. 2. 11. 선고 98두2119 판결 등 참조) 등이 인정되는바, 앞서 인정한 사실만으로는 피고의 위와 같은 통지가 비과세관행으로서 성립되었다고 볼 수 없고, 위 통지에 기초한 원고의 신뢰가 정당한 것이라고도 보기 어렵다.

그러므로 원고의 제3, 4주장 또한 모두 이유 없다.

마. 소결론

따라서 이 사건 2차 조사는 실질적으로 중복세무조사에 해당하고, 재조사가 가능한 예외사유에도 해당하지 않는바, 이 사건 처분 중 이 사건 1차 조사의 세목 및 과세기간과 중복되는 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지의 각 부가가치세 부분은 중복조사금지 원칙에 반하는 위법한 세무조사를 통해 이루어진 것이어서 위법한 처분이므로, 원고의 이 부분에 관한 주장은 이유 있고, 나머지 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지의 각 부가가치세 부과처분에 관한 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.