1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1973. 10. 16. 설립되어 여객자동차 운수사업법에 따라 택시운수업을 영위하는 법인사업자로, 2009년 제1기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세를 신고하면서 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되어 2012. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제106조의7 제1항 등에 따라 부가가치세 합계 629,468,932원을 경감하여 신고하였다.

나. 인천광역시장은 2012. 6. 15. 원고에 대하여 2010년 7월부터 2011년 12월까지 사이의 택시부가가치세 경감세액 지급실태에 대한 점검을 실시한 결과, 원고가 부가가치세 경감세액을 여객자동차 운수사업법에 따른 일반택시 운수종사자(이하 ‘운수종사자’라 한다)에게 근로장려금수당 명목으로 지급할 때 조세특례제한법 제106조의7 제2항에 따라 위 수당이 부가가치세 경감세액임을 알리지 아니하였으므로 부정적 집행금액이라고 판단하였고, 위 점검결과를 2012. 8. 2. 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 2012. 9. 3.부터 2012. 9. 21.까지 원고에 대한 세무조사(조사대상기간: 2009. 1. 1.부터 2011. 12. 31.까지, 조사대상세목: 법인세 및 부가가치세, 이하 ‘1차 조사’라 한다)를 실시하였다.

피고는 구 국세기본법 2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 '국세기본법'이라 한다

제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지절차를 거치지 않았고, 2012. 8. 27. 원고에게 세무조사 통지서를 발송하였다. 라.

피고는 2009년 제1기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세 과세기간에 조세특례제한법 제106조의7 등에 따라 경감받은 부가가치세 중 근로자의 복지향상에 사용하지 아니하였거나 운수종사자에게 직접 지급하지 아니한 금액 2010. 5. 14. 법률 제10285호로 개정되기...