서울행정법원2007구단9924 (2009.11.27)

투기지역내에서 입주권 및 신축된 주택의 양도차익은 실지거래가액으로 산정함

재개발조합에 토지를 제공하고 받은 입주권을 양도하는 것과 입주권이 아파트로 변환된 뒤 그 아파트를 양도하는 것은 양도시기에 차이가 있을 뿐 양도차익을 산정함에 있어 필요한 취득가액, 추가부담금(청산금). 필요경비 등을 적용함에 있어 기본적으로 동일하므로 투기지역내에서 입주권 및 신축된 주택의 양도차익은 실지거래가액으로 산정함

결정 내용은 붙임과 같습니다.

겸 피항소인 엄○○

반포세무서장

1. 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를

기각한다.

2. 원고의 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2006. 6. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 양도소득세 98,936,870원의 부과 처분을 취소한다라는 판결.

2. 항소취지

원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소하고, 피고가 2006. 6. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 양도소득세 98,936,870원의 부과처분 중 79,401,840원에 해당하는 부분을 취소한다라는 판결.

: 주문 제1항과 같은 판결.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 7, 12 내지 16호증, 갑 제17호증의 1, 2, 갑 제21, 22호증, 갑 제23호증의 1, 2, 을 제1 내지 5호증, 을 제7호 증의 1, 2, 을 제8, 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 재개발조합에 대한 토지 제공과 이에 대한 분양권 취득 및 청산금 지급

(1) 원고는 투기지역 내에 있는 ○○ ○○구 ○○동 산 18-3 임야 399㎡와 같은 동 산 18-45 임야 298㎡(이하 '제1토지'라 한다) 및 같은 동 산 18-46 임야 외 4필지 2,263㎡(이하 '제2토지'라 한다)를 소유하고 있었다.

(2) ○○ 제4구역 주택개량재개발사업이 시행됨에 따라 제1, 2토지가 그 사업구역에 포함되어 1992. 11. 23. 관리처분계획이 인가되자, 원고는 제1, 2토지 및 재개발구역내 국가 소유 토지로서 재개발조합원들이 그들 명의로 균등하게 취득한 임야 15.0116㎡(이하 '제3토지'라 한다)를 평가액 합계 778,087,235원(제1토지 343,418,870원 + 제2토지 427,272,000원 + 제3토지 7,396,365원)에 ○○ 제4구역 주택개량재개발조합 (이하 '재개발조합'이라 한다)에 제공하였다.

(3) 원고는 제1토지를 제공한 대가로 재개발조합으로부터 ○○ ○○구 ○○동 105 지상 △△아파트 109동 1206호(대지 면적 52.98㎡, 건물 면적 119.91㎡, 이하 '이 사건 아파트'라 한다)에 관한 수분양권을 받았고, 제1토지 중 위 수분양권 가액과의 차액 부 분과 제2, 3토지에 대한 청산금으로 671,465,071원을 지급받았다.

나. 재개발조합에 대한 토지 제공에 대한 양도소득세 부과 ・ 납부

(1) 원고는 1993. 2. 6. 제2토지를 재개발조합에게 양도한 것에 대한 양도소득세를 신고 ・ 납부하였는데, 이 때에 제1토지를 재개발조합에 제공한 것에 대해서는 환지에 해당하여 양도소득세의 납부 대상이 아니라고 보아 별도로 양도소득세를 신고 ・ 납부하 지는 않았다.

(2) 피고는 1998. 1. 5. 제1토지를 재개발조합에 제공한 것이 양도소득세의 부과대상이고 제3토지에 대한 양도소득세 납부가 누락되었다는 이유로 원고에게 1993년 귀속 양도소득세 73,755,750원을 부과 ・ 고지하였고, 원고는 이를 전액 납부하였다.

다. 아파트 양도와 이에 대한 양도소득세 부과처분

(1) 이 사건 아파트에 관하여 1993. 12. 21. 사용승인이 내려졌고, 원고는 2004. 9. 10. 이 사건 아파트를 4억 원에 양도하였다.

(2) 원고는 2004. 10. 30. 아래와 같이 양도소득세 예정신고를 하였다.

(가) 이 사건 아파트에 대한 양도소득금액은 - 317 , 329 , 930원이다.

(나) 원고는 그 소유의 ○○ ○○구 ○○동 산 18으1 34 임야 1 ,872㎡(01하 '제 4토지' 라 한다)가 2004. 6. 3. ○○시에 수용된 것에 대하여 2004. 6. 20. 양도 차익을 기준시가로 계산하여 양도소득세 100, 181 , 332원을 신고・납부한 후 제4토지에 대한 양도소득금액을 다시 344,201,642원으로 계산한 후 저14토지에 대한 양도소득세 신고시 납부한 세액 중 97,042,110원을 환급하여 달라는 취지로 예정신고를 하였다.

(3) 원고는 2005. 12. 9. 이 사건 아파트에 대한 취득가액을 토지와 건물로 구분하고 제1토지의 면적을 기준으로 취득가액을 환산하는 등의 방법으로 재계산하여 양도소득금액을 - 460,003,385원으로 계산하였고, 제1토지를 재개발조합에 제공한 것은 양도 소득세의 부과대상이 되지 아니하는 환지에 해당함에도 불구하고 이를 양도로 알고 양 도소득세를 잘못 부과하여 납부하였으니 1998. 1. 5. 피고가 부과하여 납부한 양도소득세 73,755,750원을 기납부세액으로 공제하여야 한다고 주장하면서 양도소득세 184,949,660원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

(4) 피고는 2006. 4. 19. 제1토지의 양도차익에 대하여 구 소득세법 시행령(2005 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것, 이하 별도로 표시하지 아니한 경우는 이와 같다) 제166조 제5항이 적용되지 않는다는 이유를 들어 원고의 경정 청구를 거부하고, 이 사건 아파트의 양도차익을 양도가액 400,000,000원, 취득가액 71,458,090원으로 재계산하여 2006. 6. 1. 원고에게 2004년 귀속 양도소득세 98,936,870원을 부과 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는, 투기지역에 소재한 이 사건 아파트의 양도소득에 대해서는 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 별도로 표시하지 아니한 경 우는 이와 같다) 제96조 제1항 6의2호에 의하여 실지거래가액을 기준으로 양도소득세 가 산정되어야 하는데, 이 사건 아파트 양도 당시에 시행되던 소득세법 및 그 시행령 에는 재개발조합에 토지를 제공하고 분양받은 아파트를 양도하여 양도소득세를 실지거 래가액을 기준으로 산정하여야 할 경우를 규정하고 있지 않으므로, 이 경우 양도차익 은 재개발조합에 토지를 제공하고 분양받은 아파트를 양도하고 기준시가에 의하여 양 도차익을 산정하는 방식을 규정한 구 소득세법 시행령 제166조 제5항의 규정에 따라 산정되어야 함에도 불구하고, 이 사건 아파트의 양도로 발생한 양도소득에 대하여 실 지거래가액을 기준으로 양도소득세를 산정 ・ 부과한 피고의 이 사건 처분은, 거래 내용에 관한 실질주의를 규정한 국세기본법 제14조 제2항, 조세법률주의가 정하는 엄격해석의 원칙 및 소급과세금지의 원칙을 위반한 것으로서 위법하다고 주장한다.

(2) 원고는, 이 사건 아파트의 양도차익은 준공일 전일까지의 토지 양도차익(제1토지의 취득일부터 이 사건 아파트 준공일 전일까지 발생한 제1토지의 양도차익)과 신축 아파트 양도 차익(이 사건 아파트 준공일부터 이 사건 아파트 양도시까지 발생한 이 사건 아파트의 양도차익)으로 나누어 계산하여야 하고, 토지양도차익에 대해서는 관리 처분 당시의 감정평가액이, 신축아파트 양도차익에 대해서는 취득가액의 실가환산이 가능하므로, 토지에 대해서는 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호의 규정을 준용하고, 신축아파트에 대해서는 소득세법 시행령 제164조 제6항의 규정을 준용하여 취득 가액을 환산하여 양도차익을 계산하여야 하는데, 피고는 이와 달리 이 사건 아파트의 양도차익을 잘못 계산하였고, 그 밖에도 이 사건 아파트의 양도차익의 계산에는 양도 대상 부동산의 면적, 평가액 등에 있어 적용을 그르친 위법이 있다고 주장한다.

(3) 원고는, 원고가 제1토지를 재개발조합에 제공한 것은 환지에 해당하므로 양도 소득세 부과대상이 아님에도, 피고는 1998. 1. 5. 원고에게 양도소득세 73,755,750원을 부과하였고 원고는 이를 모두 납부하였는바, 원고가 피고에게 납부한 양도소득세 73,755,750원 중 제1토지에 관한 부분은 원고에게 환급되어야 하고, 위 금원은 원고가 이 사건 아파트 양도차익과 관련하여 미리 납부된 기납부세액으로서 이 사건 아파트의 양도소득세액에서 당연히 공제되어야 한다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지3 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 아파트의 양도와 관련한 양도소득 산정 기준

(가) 이 사건 아파트의 소재지는 투기지역으로서 구 소득세법 제96조 제1항 제6 의 2호에 의하여 실지거래가액을 기준으로 양도소득세가 산정되어야 하는바, 이 사건 아파트 양도 당시 시행되던 구 소득세법 시행령은 제166조 제1항에서 주택재개발사업의 조합원이 기존 건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도한 경우 그 양도차익을 실지거래가액으로 산정하는 방식에 대하여 규정하고, 제166조 제5항에서 주택재개발사업의 조합원이 기존 건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도한 경우 그 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하는 방법만을 규정하고 있을 뿐 이 사건의 경우와 같이 신축된 아파트를 양도하고 실지거래가액으로 양도소득세를 산정하는 방법에 관하여는 규정하고 있지 않고 있다(이후 2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정된 소득세법 시행령 제166조 제2항에 의해 실지거래가액에 의한 산정방법이 신설되었다).

(나) 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이나(대법원 1994. 2. 22. 선고 92누18603 판결 참조), 위와 같이 엄격해석의 원칙을 견지하면서도 조세법률주의가 지향하는 법적안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법의 동기, 취지 및 목적과 사회통념에 따른 목적론적 해석을 할 수 있다.

(다) 이 사건에 관하여 보건대,① 이 사건 아파트 처분 당시에 적용되던 관계 법령에서는 토지를 재개발조합에 제공하고 취득한 입주권을 양도한 경우의 양도차익계산방법에 관하여만 규정하고 신규로 취득한 주택을 양도한 경우의 양도차익계산방법을 규정하고 있지 않았지만, 신규로 취득한 주택은 입주권이 전환된 것으로 그 기본적인 성질에 있어 차이가 없는 점,② 입주권양도차익산정방법을 별도로 규정한 것은 추가 부담금(청산금) 등의 공제문제 등 일반 부동산 양도와 다른 점을 고려한 것으로 이는 신규로 취득한 주택을 양도한 경우에도 동일한 점,③ 이 사건 아파트 양도 당시에 적용되던 입주권을 양도한 경우의 양도차익산정방법에 관한 규정이 이 사건 아파트 처분 후 신설된 주택을 양도한 경우의 양도차익산정방법{구 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정된 것) 제166조 제2항 제2호}의 규정 내용과 동일한 점,④ 재개발조합에 토지를 제공하고 받은 입주권을 양도하는 것과 입주권이 아파트로 변환된 뒤 그 아파트를 양도하는 것은 양도시기에 차이가 있을 뿐 양도차익을 산정함에 있어 필요한 취득가액, 추가부담금(청산금), 필요경비 등을 적용함에 있어 기본적으로 동일한 점,⑤ 입주권의 양도와 신규 취득한 아파트의 양도는 권리의 양도시점에 있어 차이가 있을 뿐 모두 재개발조합에 토지를 제공하고 취득하였다는 점에서 그 성질이나 내용면에서 동일하여 양도소득세 과세에 있어 구별하여야 할 합리적인 이유가 없는 점,⑥ 과세요건이나 비과세요건 등의 경우에는 조세법률주의의 원칙상 관련 조세법규를 엄격하게 해석하여야 할 것이지만, 과세요건 자체는 명확함에도 단지 그 계산방법만이 명확하지 않거나 존재하지 않는 경우에는 목적론적 해석을 하여도 법적안정성 및 예측가능성이나 납세자의 이익을 크게 해친다고 보여지지 않는 점 등을 고려해 보면, 이 사건 아파트의 양도와 관련한 양도차익은 구 소득세법 시행령 제166조 제1항 제2호가 규정한 방법에 따라 산정함이 상당하다고 할 것이다

(라) 아울러 이 사건 처분이 조세법상의 기본 원칙에 위반되는 것인지를 보건대, ① 이 사건 처분은 원고가 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지의 양도와 관련한 양도차익에 대하여 과세한 것이지 입주자로 선정된 지위의 양도와 관련한 양도차익에 대하여 과세한 것이 아니므로, 실질과세의 원칙을 위반하였다고 볼 수 없고,② 피고는 이 사건 아파트의 양도와 관련한 양도차익에 대하여 구 소득세법 제96조 제1항 제6의2호에 근거하여 과세한 것이고(다만, 신규로 취득한 주택을 양도한 경우의 양도차익계산방법에 대해 별도로 명시적으로 규정하지는 않았는데, 이 사건 아파트의 양도와 관련한 양도차익은 구 소득세법 시행령 제166조 제1항 제2호가 정하는 방법으로 계산하여야 함은 앞서 본 바와 같다), 이 사건 아파트의 양도가 구 소득세법 제96조제1항 제2호(제94조 제1항 제2호 가목에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우)에 해당한다고 보고 과세한 것은 아니므로, 이 사건 처분이 조세법률주의를 위반하였다고 할 수도 없으며,③ 제반 사정을 고려할 때 이 사건 아파트의 양도와 관련한 양도차익은 구 소득세법 시행령 제166조 제1항 제2호가 규정한 방법에 따라 계산함이 상당하다고 할 것이고, 이 사건 아파트 처분 후 신설된 개정된 소득세법 시행령 규정을 직접 적용한 것은 아니므로, 이 사건 처분이 소급과세금지 원칙을 위반하였다 고도 할 수 없다고 할 것이다.

(2) 세액 산정

(가) 구 소득세법 시행령 제166조 제1항 제2호가 규정한 산식에 따라 산정한 이 사건 아파트 양도로 인하여 발생한 양도차익은 별지1 양도차익계산 내역 기재와 같은 343,810,135원이고, 이에 따라 산정한 양도소득세는 별지2 세액계산표 기재와 같이 101,818,199원이 된다고 할 것인데, 피고는 이 사건 처분 시 이 사건 아파트의 양도차익을 산정함에 있어 쟁점 토지 취득일부터 관리처분일까지의 토지양도차익, 관리처분 인가일부터 이 사건 아파트 준공일 전일까지의 토지양도차익, 이 사건 아파트 준공일 부터 이 사건 아파트 양도일까지의 신축주택양도차익을 구분하여 합산하고 있어(피고 의 위 계산방법은,① 종전 대지의 소유권이 조합원 입주권으로 변환되는 시점인 관리 처분계획인가일까지 발생한 토지양도차익,② 조합원 입주권이 주택 소유권으로 변환되는 시점인 신축건물 준공일 전일까지 발생한 조합원 입주권으로서의 토지양도차익, ③ 신축주택양도차익을 구분하여 합산하는 3단계 계산법에 따른 것이다) 별지1 양도차익계산 내역과 계산방법을 달리하고 있으나, 피고의 위 계산방법도 원고가 제1토지를 재개발조합에 제공하고 취득한 이 사건 아파트를 양도함으로 인하여 발생한 양도차익 을 실지거래가액을 기준으로 산정함을 원칙으로 한 것으로서, 단지 그 계산방식에 있어서 별지1 양도차익계산 내역과 차이가 있는 것에 불과하다고 할 것이고, 피고의 위 계산방식이 결코 원고에게 불리하지 않다고 할 것이다.

(나) 원고의 주장에 대한 판단

1) 원고는, 피고가 원고에게 부과할 정당세액을 산정함에 있어 이 사건 아파트의 양도차익은 준공일 전일까지의 토지 양도차익과 신축아파트 양도 차익의 2단계로 구분하여 산정되어야 한다는 것을 전제로 하여 '기존건물과 그 부수토지의 취득가액'을 양도당시를 기준으로 한 환산가액으로 산정하기 위해서는, 제1토지의 양도 시점으로 봄이 상당한 건물의 준공일 전일이 속하는 1993년의 공시지가를 적용하여야 함에도 불구하고, 관리처분일이 속한 1992년의 공시지가를 적용하여 산정한 잘못이 있다고 주장하므로 살피건대, 소득세법 시행령 제166조 제5항은 기준시가에 의한 양도차익을 산정하는 규정이므로 제1토지에 대하여 실지거래가액에 의한 양도차익 계산에 곧바로 적용할 수 있다고 단정할 수 없는데다가(시행령 제166조 제5항의 규정에 의하더라도 기준시가에 의한 양도차익 산정시 관리처분일을 기준으로 관리처분일까지 발생한 양도차익을 산정하는 방법에 대하여 규정하고 있다), 제1토지의 양도당시를 기준으로 그 환산가액을 산정함에 있어 해당 토지의 양도 시점에 대한 명시적인 규정이 없는 이상 관리처분일을 양도시점으로 보아 그 양도차익을 산정할 수 있다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다(그 밖에 원고가 주장하는 이 사건 아파트의 양도 차익 산정과 관련하여 토지 양도차익 및 신축아파트 양도 차익의 구분방식이나 적용 법령 및 양도대상 부동산의 면적, 평가액 등에 있어 적용을 그르친 어떠한 위법도 없다고 할 것이므로, 원고의 위 주장도 이유 없다).

2) 원고는 별지1 양도차익계산 내역에 기재된 필요경비 3,198,664원 이외에 이 사건 아파트 양도 당시 지출한 중개수수료 1,600,000원이 더 계산되어야 한다는 취지로 주장하나, 소득세법 제97조 제3항 제2호에 따라 필요경비를 개산 공제할 경우 개산공제된 금액에 중개수수료 등 실제로 든 경비를 필요경비에 추가하여 포함시킬 수 없다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 원고가 납부한 양도소득세 73,755,750원 중 일부 금액의 공제 여부

(가) 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제4조 제4항, 구 소득세법 시행령(1994. 12. 31. 법률 제14467호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항, 구 도시재개발법(1995. 12. 29. 법률 제5116호로 개정되기 전의 것) 제49조 제2항의 규정 취지를 종합하면, 원고가 제1토지를 재개발조합에 제공하고 일부에 대하여 청산금을 받는 대신에 이 사건 아파트 분양권을 받은 것은 환지에 해당하여 양도소득세의 부과 대상이 되는 양도로 볼 수 없다 할 것이므로, 1998. 1. 5. 피고가 부과하여 원고가 납부한 양도소득세 73,755,750원 중 제1토지 관련 금액은 피고가 원고에게 잘못 부과하였다고 할 것이다.

(나) 그러나 원고가 피고에게 납부한 양도소득세 73,755,750원 중 제1토지 관련 금액이 잘못 부과되었다고 하더라도, 위 1998. 1. 5.자 양도소득세 부과처분과 이 사건 처분은 처분일자와 처분대상인 양도소득을 달리하는 별개의 처분으로서, 원고가 납부한 양도소득세 73,755,750원 중 일부 금액이 이 사건 아파트의 양도로 발생한 양도소득에 포함된다고 보아 이를 기납부세액으로 공제하여야 한다고 할 수 없을 뿐 아니라, 과세관청이 위와 같이 잘못 부과하여 납부된 세금에 대하여 관계 규정에 따라 이를 반 환하기로 하는 국세환급금 결정을 하였다고 볼만한 아무런 자료가 없는 이상, 1998. 1. 5.자 1993년 귀속 양도소득세 부과처분 중 잘못 부과 ・ 납부된 세액에 대하여 원고가 환급금반환청구의 소를 제기할 수 있음은 별론으로 하고, 이와 별개로 2006. 6. 1.자 2004년 귀속 양도소득세 부과처분의 당부를 다투는 이 사건 소송에서 산정된 정당세액으로부터 곧바로 위 잘못 부과 ・ 납부된 세액을 기납부세액으로 공제하거나 충당할 수는 없다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

4. 결 론

그렇다면 이 사건 처분이 원고의 이익을 침해한 위법한 처분임을 전제로 한 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당 하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고 위 취소부분 에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.