양도소득세가 비과세 대상이 되는 1세대1주택에 해당하는지 여부

구주택에 거주한 기간이 5년을 넘고 있어 그 기간을 통산하면 신축건물 중에서 주택부분은 1세대1주택에 해당하는 3년의 거주기간을 초과하고 있으므로 부분의 면적비율은 1세대1주택 비과세에 해당함

결정 내용은 붙임과 같습니다.

작성하지 않았습니다.

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피고가 원고에 대하여 1992. 2. 16.자로 한 양도소득세 금24,493,990원, 방위세 금4,898,830원과 1993. 2. 16자로 한 양도소득세 금10,379,750원 및 방위세 금2,075,950원의 각 부과처분 중에서 양도소득세 합계 금 19,121,480원, 방위세 합계 금 3,824,310원을 넘는 부분을 취소한다. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 소송비용은 이를 5분하여 그 2는 피고의, 그 나머지는 원고의 각 부담으로 한다.

원고가 1983. 4. 6. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대 175제곱미터 및 그 지상의 2층 주택 127.53제곱미터(이하 이 사건 주택이라 한다)를 취득하여 거주하다가 위 주택이 노후되어 1988. 4. 20. 위 주택을 철거하고 1989. 1. 27. 위 지상에 주상복합건물 366.62제곱미터(근린시설 193.25제곱미터, 주택 82.8제곱미터, 보일러실 및 창고 90.57제곱미터)를 신축하여 위 건물 중 주택부분에 거주하여 오던 중, 1990. 5. 1. 위 건물 내의 근린시설 중 82.8제곱미터를 주택으로 용도변경한 후, 같은 해 6. 29. 위 토지 및 건물 전체를 타에 양도한 사실에 대하여, 피고는 위 신축건물에서의 거주기간이 양도소득세의 비과세대상이 되는 3년 미만이 되므로 소득세법 제5조제6호자목, 같은 법 시행령 제15조제1항제2호 소정의 1세대 1주택에 해당되지 아니한다는 이유로 1992. 2. 16.자로 원고에 대하여 위 토지 및 건물의 양도로 인한 양도소득세 금24,493,990원, 방위세 금4,898,830원의 부과처분을 한 후, 위 세액산출에 착오가 있었다고 하여 다시 1993. 2. 16.자로 양도소득세 금10,379,750원 및 방위세 금2,075,950원을 추가로 부과처분함으로써 양도소득세 합계 금34,873,740원 및 방위세 합계 금6,974,780원의 부과처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

이에 원고는, 구주택을 철거하고 신주택을 건축하는 경우에 1세대1주택의 요건에 해당하는 거주기간을 산정함에 있어서는 신, 구주택의 거주기간을 통산하여야 할 것이므로, 원고가 신, 구주택의 거주기간을 통산하면 6년이 넘고 있음에도 불구하고 피고가 위 신축건물에서의 거주기간만을 기준으로 양도소득세의 비과세 대상이 되는 3년 미만이 된다 하여 이 사건 토지 및 건물의 양도에 대하여 위 양도소득세를 부과하였으니 이는 위법하다고 주장한다.

그런데, 소득세법 제5조제6호자목의 규정에 의하면, 대통령령이 정하는 1세대1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 양도소득세의 비과세대상으로 하고(같은 법 시행령 제15조제9항에 의하면, 법 제5조6호자목 소정의 배율은 도시계획구역 안의 토지는 5배이다), 같은 법 시행령 제15조제1항(1988.8.1. 대통령령 제12767호로 개정되고 1990. 12. 31. 령 제13194호로 개정되기 전의 것)에 의하면, 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년 이상 거주하는 것을 원칙으로 하되, 위 시행령 같은 조항제2호는 당해 주택의 보유기간이 5년 이상으로서 거주자가 재무부령이 정하는 바에 의하여 1세대 1주택임을 입증하는 경우 위 거주기간의 제한을 받지 아니하는 것으로 규정하는바, 1세대가 일정한 대지 위에 1개의 주택을 보유하고 상당한 기간 거주한 이상 그 사이에 신주택을 재개축한 경우에는 위 법령 소정의 거주기간을 산정함에 있어서는 신, 구주택의 거주기간을 통산하여야 할 것이고, 신주택만의 거주기간만에 의할 것이 아니라고 볼 것이지만, 이 경우에 원칙적으로 신, 구건물은 동일성을 유지하는 주택이어야 할 것인데, 갑제1 내지 7호증의 각 기재에 변론의 전취지를 보태어 보면, 원고가 이 사건 토지상에 신축하여 1989. 1. 27. 소유권보존등기를 경료한 이 사건 주상복합건물 366.62제곱미터는 1, 2층 근린생활시설 각 82.80제곱미터, 3층 주택 82.8제곱미터, 지층 보일러실 및 창고 90.57제곱미터, 근린시설 27.65제곱미터로 용도지정되어 있다가 1990. 5. 1. 2층 근린생활시설을 주택으로 용도변경이 된 후, 원고가 같은 해 6. 10. 위 토지 및 신축건물을 소외 장덕수에게 매도하고 같은 해 6. 29. 그 앞에 소유권이전등기를 경료한 사실 및 원고는 1983. 3. 24.부터 위 신축 건물을 양도한 1990. 5.까지 위 토지상의 구주택 및 신축건물에 계속 거주하여 온 사실을 인정할 수 있는바, 주상복합건물인 이 사건 신축건물은 원고가 양도할 당시에 총 면적 366.62제곱미터 중에서 2,3층 각 82.8제곱미터만이 주택으로서(주택에 해당하는지 여부는 양도 당시를 기준으로 판단할 것이므로, 신축 후에 주택으로 용도변경된 부분도 포함된다) 그 합계인 165.6제곱미터는 위 신축건물 연면적의 반에 못 미치고 위 신축건물의 주용도는 근린생활시설로 보아야 할 것이므로 일응 신축건물은 구주택과 별개의 건물이라고 볼 것이고, 따라서 신축건물 전체가 양도소득의 비과세대상이 되는 주택이라고 볼 여지는 없다 하겠으나, 다만 전체건물 중에서 주택부분은 그 한도 내에서는 구주택의 연장선상에 있어 동일성을 유지한다고 볼 것이므로, 신축건물 중 주택부분에 거주한 기간(위 용도변경 전후의 기간)과 종전에 거주하여 온 구주택의 거주기간을 통산하여 양도소득세의 비과세대상인 1세대1주택이 되기 위한 3년 이상의 거주기간의 요건에 해당하는지 여부를 판단하여 건물의 전체면적 중에서 주택부분의 비율에 따라 양도소득세를 비과세하는 것이 1세대1주택에 대하여 양도소득세를 비과세하는 소득세법의 입법취지나 형평의 원칙에 부합한다고 볼 것이다.

이 사건에서 원고가 구주택에 거주한 기간이 이미 5년을 넘고 있어 그 기간을 통산하면 위 신축건물 중에서 주택부분은 1세대1주택에 해당하는 3년의 거주기간을 초과하고 있으므로, 피고가 산출한 총 양도소득세 합계 금34,873,740원 및 방위세 합계 금6,974,780원 중에서 위 신축건물 전체에 대한 양도 당시의 주택부분의 면적비율에 따라 산출한 금액을 제외한 나머지 부분에 해당하는 토지 및 건물의 양도에 대한 세액을 산출하면, 양도소득세 금19,121,480원(34,873,740 × 201.02 /366.62; 단 국고금단수계산법에 의하여 10원 미만은 절사함, 이와 같다) 및 방위세 금3,824,310원(6,974,780 × 201.02/366.62)이 되고, 따라서 이에 일부 부합하는 원고의 주장은 위 인정범위 내에서만 이유 있다.

그렇다면, 피고가 원고에 대하여 한 위 양도소득세 등의 부과처분이 위법하다 하여 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서만 정당하므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 부당하므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.