서울고등법원 2016.12.6.선고 2016누37661 판결

제1심판결을 취소한다. 주위적으로, 피고가 2014. 12, 26. 원고에 대하여 정산부과한 2013년도 해양천연물신약연구단 연구개발비 부당집행액 158,683,941원 및 이에 대한 연구기간 종료 후 발생이자 정산 처분은 이를 취소한다. 예비적으로, 원고의 피고에 대한 2013년도 해양천연물신약연구단 연구개발비 관련 158,683,941원의 정산금 및 이에 대한 연구기간 종료 후 발생이자 반환채무는 존재하지 않음을 확인한다(원고는 당심에서 예비적 청구를 추가하였다).

이유

1. 기초사실

가. 원고는 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률(이하 '산학협력법'이라 한다) 및 서울대학교 학칙에 의하여 설립된 법인으로서, 산학협력법상 산업교육기관인 서울대학교의 산학연협력계약의 체결 및 이행, 관련 회계 관리 등의 업무를 수행하고 있다. 피고는 해양수산과학기술연구개발사업의 기획·평가 등의 업무를 위해 해양수산발 전기본법에 따라 해양수산부 산하에 설립된 공법인으로, 과학기술기본법 제11조 제4항 에 근거하여 해양수산부 장관에 의해 전문기관으로 지정되어 국가연구개발사업 관련 업무를 대행하고 있다.

나. 원고는 2013. 4. 5. 피고와 사이에 당해연도 협약기간 2013. 1. 1. ~ 2013. 12. 31., 협약연구개발비(당해연도) 2,089,000,000원(전액 정부출연금)으로 정하여 국토해양 기술연구개발사업 연구개발협약(이하 '이 사건 협약'이라 한다)을 체결하였는데, 위 협약에는 '원고가 연구개발비 사용액을 증빙하지 못한 경우에는 당해 금액 중 정부출연 금 지분에 해당하는 금액을 피고가 지정한 계좌에 반납하여야 한다'는 내용이 들어 있다(이 사건 협약 제4조 제5항 제1호).다. 피고는 2014.11. 19. 이 사건 협약에 따라 원고에게 연구개발비 정산결과 정산대상 부당집행 연구개발비로 인정된 159,283,941원과 이에 대한 연구기간 종료 후 발생이자를 피고에게 반납하라는 취지의 안내를 하였다.

라. 원고는 2014. 12. 2. 피고에게 위 정산결과에 대하여 이의신청을 하였고, 이에 대해 피고는 2014. 12. 26. 원고에게 위 이의신청 중 인쇄비 600,000원 부분은 지출이 증빙된 것으로 보아 이의신청을 수용하고, 나머지 부분은 이의신청을 받아들이지 아니하여 수정된 정산대상 부당집행 연구개발비가 158,683,941원임을 알리고, 위 금액 및 이에 대한 연구 기간 종료 후 발생이자를 피고에게 반납할 것을 알렸다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7호증, 을가 제1, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주위적 청구의 소의 적법 여부

이 부분 소의 적법 여부에 관하여 본다.

가. 행정청의 어떤 행위가 항고소송의 대상이 될 수 있는지의 문제는 추상적 · 일반적으로 결정할 수 없고, 구체적인 경우 행정처분은 행정청이 공권력의 주체로서 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서 국민의 권리의무에 직접적으로 영향을 미치는 행위라는 점을 염두에 두고, 관련 법령 내용과 취지, 행위 주체 · 내용 · 형식 · 절차, 행위와 상대방 등 이해관계인이 입는 불이익의 실질적 견련성, 그리고 법치행정의 원리와 당해 행위에 관련된 행정청 및 이해관계인의 태도 등을 참작하여 개별적으로 결정하여,야 한다(대법원 2015. 12. 23. 선고 20138806 판결 등 참조).

나. 과학기술기본법은 제11조의2 제1항에서 '중앙행정기관의 장은 소관 국가연구개발사업에 참여한 기관, 단체, 기업, 연구책임자 · 연구원 또는 소속 임직원에 대하여 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 중단되거나 실패한 연구개발과제로 결정된 경우 등에 해당하면 5년의 범위에서 소관 국가연구개발사업의 참여를 제한할 수 있고, 이미 출연하거나 보조한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있다'는 규정을 두고 있는 반면, 피고와 연구개발 협약을 체결한 상대방이 연구개발비 사용액을 증빙하지 못한 경우 해당 연구개발비의 정산에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 않다(이에 대하여 원고는, 과학기술기본법 제11조 제5항의 위임을 받아 제정된 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(이하 '이 사건 대통령령'이라 한다) 제9조, 제19조 및 연구개발사업에 관한 세부사항을 정하기 위하여 제정된 해양수산 연구개발사업 운영규정(이하 '이 사건 훈령'이라 한다) 제42조 등에서 연구개발비의 정산 및 부당집행 금액의 회수에 대하여 규정하고 있으므로, 이 사건 연구개발비 정산에 따른 부당집행금액의 회수는 법률에 근거를 둔 행정처분이라는 취지로 주장한다.

그러나 과학기술기본법 제11조는 제4항에서 중앙행정기관의 장이 소관 법령으로 정하는 기관 또는 단체에 국가연구개발사업의 과제 기획 등에 관한 업무를 대행하게 할 수 있도록 규정하면서, 제5항에서 국가연구개발사업의 원활한 추진을 위하여 제4항에 따른 전문기관의 업무에 관한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있을 뿐, 연구개발비의 정산 및 부당집행액의 회수에 관한 사항은 하위 법령에 위임하고 있지 아니하다. 따라서 이 사건 대통령령 및 이 사건 훈령의 연구개발비 정산금 반환에 관한 규정은 상위 법률에 근거를 둔 것으로 볼 수 없어 원고에 대하여 직접적인 구속력을 가진다고 할 수 없다.

다. 앞서 인정한 사실과 위와 같은 법률의 규정을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 협약은 피고가 원고와 공법상 대등한 당사자의 지위에서 그 의사표시의 합치로 체결한 공법상 계약이라고 할 것이고, 이 사건 협약 당사자인 원고가 연구개발비 사용액을 증빙하지 못한 경우의 효과는 전적으로 이 사건 협약이 정한 바에 따라 정해지는 것일 뿐, 달리 그 효과 또는 이에 수반되는 행정상의 제재 등에 관하여 공법상 아무런 규정이 없으므로, 피고가 한 위 2014. 11. 19.자 및 2014. 12. 26.자 각 알림은 대등한 당사자의 지위에서 이 사건 협약에 따라 계약상대방인 원고에게 계약상 의무인 정산금 반환을 최고한 것에 불과하고, 이를 행정청이 우월한 지위에서 행한 공권력의 행사로서 행정처분에 해당한다고 볼 수는 없다. 따라서 위 2014. 12. 26.자 알림이 행정처분에 해당함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 주위적 청구의 소는 부적법하다.

3. 예비적 청구에 대한 판단

가. 원고의 주장

피고가 연구개발비 부당집행으로 인정한 주식회사 와이엠에스코리아(이하 '와이엠 에스코리아'라 한다)와 원고 사이의 거래(이하 '이 사건 거래'라 한다)가 실제 거래임이 거래명세표와 와이엠에스코리아의 거래내역원장에 의하여 증명되고, 외상거래가 발생하였다는 사정만으로 이 사건 거래가 허위라고 인정하기 부족하므로, 원고의 피고에 대한 연구개발비 관련 정산금 반환채무는 존재하지 아니한다.

나. 인정사실

1) 이 사건 협약에 따르면, 원고는 사용한 회계관리 사항을 증빙할 의무가 있고(제4조 제1항), 협약기간 종료 후 3개월 이내에 연구개발비 사용실적 관련 문서를 피고 또는 위탁정산기관에 제출하여야 하며(제5조 제1항), 원고가 연구개발비 사용액을 증빙하지 못한 경우 당해 금액 중 정부출연금 지분에 해당하는 금액은 피고가 지정한 계좌에 반납하여야 한다(제4조 제5항 제1호). 또한 원고의 연구개발비 관리자는 지급에 관한 결의서 및 영수증서와 기타 필요한 경우 견적서·청구서 또는 계약서 · 검사조서 등 지급의 내용을 증명하는데 필요한 증빙서류를 구비하여야 하고(제4조 제1항 제4호), 통장, 장부, 증빙서류 등을 최소한 당해과제 종료년도 후 5년간 보존하여야 한다(제4조 제1항 제5호), 한편 이 사건 협약서 제18조는 원고가 연구개발과제를 수행함에 있어 제반 관련법령, 운영규정 및 관리지침을 성실히 준수하도록 정하고 있는데, 위 규정에 따라 계약내용에 편입된 국토해양기술 연구개발사업 관리지침 제44조 제4항은 연구개발비 정산 시 불확실한 증거 자료의 집행내역(제2호), 연구개발비 집행내역 확인이 불가능한 경우(제4호) 등에 해당하는 것은 불인정한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제5항 은 직접비 정산에 따른 증빙서류로 영수증(카드 매출전표 또는 계좌이체 확인서, 세금계산서), 관련 문서(품의서, 계약서, 견적서, 보고서, 검수조서) 등을 나열하고 있다.

2) 피고가 연구개발비 부당집행으로 인정한 이 사건 거래는 원고와 와이엠에스코리아 사이의 2013년도 거래 내역 중 ① 2013년 1월부터 6월까지의 재료비 거래 6건 (거래대금 합계 57,294,600원), ② 2013년 7월부터 12월까지의 재료비 거래 6건(거래대 금 합계 55,592,176원), ③ 2013년 3월, 6월, 9월, 12월의 시험분석료 거래 4건(거래대 금 합계 45,797,165원)인바, 원고는 이 사건 협약기간 종료일인 2013. 12. 31. 와이엠에 스코리아에 이에 대한 대금 합계 158,683,941원을 한꺼번에 지급하였다.

3) 이 사건 협약기간인 2013년도 원고와 와이엠에스코리아 사이의 전체 거래 내역 중 부당집행 연구개발비로 인정된 이 사건 거래를 제외한 나머지 거래내역은 다음과 같다.

4) 와이엠에스코리아는 2012. 11. 13.에 설립된 자본금 1억 원의 주식회사이다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 을가 제1, 3, 4, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지다. 판단

앞서 본 이 사건 협약의 내용 등에 비추어 보면, 연구개발비가 정당하게 집행되었다는 점에 대하여는 원고가 이를 증명할 책임이 있는 것으로 보이는바, 앞서 인정한 사실에다가 위에서 본 증거들, 갑 제5, 6, 8, 9, 11 내지 17호증, 을가 제5, 8, 11, 12호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 제1심 증인 A의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 부당집행액으로 인정된 158,683,941원이 연구개발비로 정당하게 집행되었음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고는 이 사건 협약 제4조 제5항 제1호에 따라 피고에 대하여 위 금액에 해당하는 연구개발비 정산금 반환채무를 부담한다. 따라서 원고의 이 사건 예비적 청구는 이유 없다.

1) 앞서 제3의 나, 3)항에서 본 원고와 와이엠에스코리아 사이의 거래 내역에 따르면, 원고는 2013. 5. 2. 대금을 지급한 4건의 거래 및 2013. 10. 17. 대금을 지급한 1건의 거래를 제외하고는 와이엠에스코리아로부터 물품을 구입한 당일에 각 대금을 지급한 것으로 나타나는데(다만 2013. 5. 2. 대금이 지급된 4건의 거래의 경우 2013년 1월 4월에 구입한 재료비 4건에 대하여 피고로부터 이 사건 2013년도 연구개발비가 2013. 4. 12. 지급되자 2013. 5. 2.에 그 거래대금을 일괄 지급한 것으로 보인다), 원고가 동일한 업체인 와이엠에스코리아와 거래하면서 이 사건 거래만 외상거래를 한 후이 사건 협약기간 종료일에 한꺼번에 그 대금을 지급하였다는 것은 매우 이례적으로 보이고, 또한 이 사건 거래 일자와 즉시 대금을 지급한 위 거래내역의 일자 등을 비교하여 볼 때 이 사건 거래의 미지급 대금이 있음에도 이를 정산하지 않고 그대로 남겨둔 채 이 사건 거래 이후의 거래대금을 먼저 지급하였다는 것도 상식적으로 납득하기 어렵다.

2) 원고는 와이엠에스코리아가 법인으로 설립되기 이전에 개인사업자 형태로 동일한 사업을 하던 2006년경부터 8년 이상 와이엠에스코리아와 거래를 해왔고, 그와 같은 지속적 거래로 인한 신뢰를 바탕으로 이 사건 외상거래가 발생하였다고 주장하나, 외 상거래 대금이 와이엠에스코리아 자본금의 1.5배에 이르는 점에 비추어 와이엠에스코 리아가 단지 신뢰관계만을 바탕으로 아무런 변제 독촉도 없이 2013. 12. 31.까지 그 변제기를 연장해 주었다는 것은 쉽게 납득이 가지 않는다.

3) 원고가 2011년, 2012년에도 와이엠에스코리아와 외상거래를 한 적이 있었고, 와이엠에스코리아가 아닌 다른 업체와도 외상거래를 한 적이 있었던 점에 비추어, 원고가 2013. 12. 31. 와이엠에스코리아에 거래대금 158,683,941원을 일괄 지급하였다는 사정만으로 이 사건 거래가 허위라고 단정할 수는 없다고 하더라도, 거래명세표는 그 자체만으로는 그에 부합하는 거래의 존재를 확인하는 고도의 증명력을 가진다고 할 수 없고, 원고가 이 사건 거래가 실재함을 증명하기 위하여 제출한 거래명세표 중 원고 측 인수자의 서명이 없는 거래명세표가 총 6건으로 거래대금 합계 47,315,141원에 이르며, 와이엠에스코리아로부터 제공받아 제출한 거래내역원장은 원고와의 거래 부분만을 발췌· 편집하여 작성한 문서에 불과하므로, 원고가 제출한 위 거래명세표, 거래내역원장 등의 자료만으로는 이 사건 거래의 실재성을 인정하기에 부족해 보인다.

4) '실험실을 이전할 때 이 사건 거래의 거래명세표의 훼손 여부라든지 분실 여부에 대하여 확인하지 않고 짐을 쌌다'는 취지로 증언한 제1심 증인 A의 진술 등을 고려할 때, 원고가 와이엠에스코리아에 2013. 12. 31. 일괄하여 집행한 158,683,941원의 연구개발비는 각 품목별로 미결제된 것이 맞는지, 매월 결제한 것과 중복된 것은 아닌지, 당초 미결제된 품목과 수량 등을 비교 · 확인한 후 결제된 것인지 등에 대한 충분한 검토나 확인 없이 집행되었을 가능성이 높고, 원고는 위 집행 금액의 적정성 등에 대하여 신뢰할 만한 증거를 제출하지 않고 있다.

5) 이 사건 협약에 따르면, 원고는 연구개발비를 투명하게 집행하고 지급에 관한 결의서 및 영수증서와 견적서 · 청구서 · 계약서 · 검사조서 등의 증빙서류로써 그 지급의 내용을 증명할 의무를 부담하며, 위와 같은 증빙서류를 월별 또는 분기별로 구분하여 편칠한 뒤 그 표지에 총 건수·총 매수·총 금액 및 관리자의 직·성명을 기재·날인하여 보관하여야 함에도, 서면에 의하여 물품의 재고나 주문·인수 등을 체계적으로 관리한 사실이 없는 것으로 보이는바, 원고가 연구개발비 지급의 증명에 관한 이 사건 협약상의 의무를 다하였다고 볼 수 없다.

6) 원고는, 이 사건 거래가 실제로 있었으나, 다만 2회에 걸친 연구실의 이전, 연구개발비 담당 직원 및 행정인원의 잦은 교체 등으로 비용처리가 지연된 것뿐이라는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 2013년 5월부터 12월까지 7개월 동안 총 15회에 걸쳐 물품대금 98,651,011원이 정상적으로 와이엠에스코리아에 지급되었고, 특히 연구실의 이전이 있었던 2013년 여름과 겨울에도 정상적으로 지급된 내역이 존재하는 등 연구개발비 결제가 연구실 이전 등을 이유로 일관성 있게 지연되었다고 볼 수 없는 점, 을 제11호증의 1 내지 10(원고의 인건비 지급 내역)의 각 기재에 의하면 2013년 8월을 제외하고는 3개월 이상 행정 업무를 처리한 직원이 최소 1명 이상 근무하고 있었던 사정이 인정되는 점 등을 고려하면, 원고의 이 부분 주장은 믿기 어렵다.

4. 결 론

그렇다면, 이 사건 소 중 주위적 청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 예비적 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 이 사건 소 중 주위적 청구 부분에 대한 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 이에 대한 원고의 항소 및 당심에서 추가된 원고의 예비적 청구는 이유 없어 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.