서울행정법원 2019.2.1.선고 2018구합70431 판결

나. 원고와 피고는 아래와 같은 내용의 해양수산 연구개발사업 다년도 협약을 체결하였고(2014. 1. 27. 1차년도 협약을, 2014. 12. 24. 2차년도 협약을, 2015. 12. 24. 3차년도 협약을 각 체결하였다. 이하 통틀어 '이 사건 협약'이라 한다), 피고는 원고에게 이 사건 협약에 따른 연구개발비를 지급하였다.

○ 연구개발 과제명: B

○ 총 연구개발기간: 2013. 12. 24. 2016. 12. 23.

○ 협약기간: 2013. 12, 24. 2014. 12. 23.(1차년도)

2014. 12. 24. 2015. 12. 23.(2차년도)

2015. 12. 24. 2016. 12. 23.(3차년도)

○ 협약연구개발비

1차년도: 266,700,000원

2차년도: 533,400,000원

- 3차년도: 407,000,000원

○ 협약 대상자

전문기관: 해양수산과학기술진흥원2)

주관연구기관: A대학교 산학협력단

협동연구기관: C대학교 산학협력단, D영어조합법인, E연합회

제2조(용어의 정의)

본 협약에서 사용하는 용어는 달리 정의하지 않는 한 「해양수산 연구개발사업 운영규정」

(이하 '운영규정'이라 한다), 「해양수산 연구개발사업 관리지침」(이하 '관리지침'이라 한다)

기타 부속 규정이 정하는 바에 따른다.

제3조(연구개발과제의 수행)

연구개발과제에 참여하는 모든 당사자들은 신의를 가지고 본 협약, 해양수산과학기술법3)),

같은 법 시행령, 운영규정, 관리지침 등이 정하는 바에 따라 제1조의 연구개발을 성실히

수행하여야 한다.

제5조(연구개발비의 사용실적 제출 등)

① 주관연구기관의 장은 연차별 협약기간 종료 후 3개월 이내에 연구개발비 사용실적을

별도로 정하는 서식에 따라 해양수산과학기술진흥원장4) 또는 해양수산과학기술진흥원

장이 지정한 위탁정산기관에게 제출하여야 한다.

주관연구기관의 장은 제1항에 따른 연구개발비의 사용실적을 제출할 때 협동(공동연구

기관 및 위탁연구기관이 있는 경우에는 제1항의 서류를 제출받아 검토하여 확인한 후

그 결과를 함께 해양수산과학기술진흥원장 또는 해양수산과학기술진흥원장이 지정한

위탁정산기관에게 제출하여야 한다.

③ 해양수산과학기술진흥원장 또는 위탁정산기관은 제1항 및 제2항에 의한 연구개발비

사용실적에 대한 검토확인을 위하여 주관연구기관의 장에게 별도 계정 원장 및 증빙

서류 등을 제출하게 하거나 필요시 현장실태조사를 실시할 수 있으며, 해당 연구기관

은 그 요청 및 조사에 성실히 응하여야 한다.

④ 주관연구기관의 장은 운영규정 제42조에 따른 정산액 중 정부출연금 지분에 해당하는

금액을 해양수산과학기술진흥원장이 지정한 관리계좌에 입금하여야 하며, 기업부담금

지분에 해당하는 금액은 참여기업의 대표와 협의하는 바에 따라 사용하여야 한다.

⑤ 그 밖에 연구개발비의 사용실적 검토 및 정산에 관한 세부 사항은 운영규정 및 관리

지침에 정한 바를 따른다.

다. 운영규정5) 및 관리지침의 관련 규정 내용은 아래와 같다.

[운영규정]

제41조(사용실적 보고 및 정산)

① 주관연구기관의 장은 연차별 협약기간 종료 후 3개월 이내에 다음 각 호의 문서 또는

전자문서로 연구개발비의 사용실적을 전문기관의 장에게 보고하여야 한다.

3. 연구개발비 집행관련 증명서류

② 주관연구기관의 장은 제1항에 따른 연구개발비의 사용실적을 제출할 때 협동연구기관이

나 위탁연구기관이 있는 경우에는 제1항 각 호의 서류를 제출받아 검토하여 확인한 후

그 결과를 전문기관의 장에게 제출하여야 한다.

④ 제3항에 따른 연구개발비 청산은 정부출연금, 기업부담금 및 그 밖의 자로부터 제공받은

연구개발비를 합산한 해당연도 협약금액 및 전년도 이월금을 대상으로 한다.

⑦ 전문기관의 장은 연구개발비의 사용실적에 대한 정산업무의 전문성과 효율성을 꾀하기

위하여 외부기관을 정하여 정산업무를 수행하게 할 수 있다.

제42조(연구개발비의 잔액 처리)

① 전문기관의 장은 다음 각 호에 해당하는 금액을 제외한 후 사용잔액 및 해당 연구개발

비에 대한 이자발생액 중 제33조 제4항에 따라 사용하고 남은 금액(이하 "이자잔액"이라

한다)이 있거나, 제41조에 따른 연구개발비 정산 결과 부당하게 집행한 금액(이하 “부당

집행금액"이라 한다)이 있는 경우에는 해당 금액 중 정부 출연금 지분에 해당하는 금액

을 회수하여야 한다.

1. 제33조 제3항 제2호에 따라 전문기관의 장이 다음 연도 직접비에 포함하여 사용하게 하

는 금액

2. 연구개발비 중 간접비의 사용잔액으로서 장관이 다음 연도의 간접비로 사용하게 하는 금

액, 다만, 제30조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 사유로 협약이 해약된

경우는 제외한다.

3. 제34조에 따라 학생인건비 통합관리 기관으로 지정된 연구기관에서 직접비 중 학생인건

비로 사용하고 남은 금액

② 전문기관의 장은 제41조 제1항부터 제3항까지에 따른 연구개발비의 사용실적보고 및 정

산이 완료된 후에도 사용잔액 및 이자잔액이 있거나 연구개발비를 부당하게 집행한 사

실을 알게 된 경우에는 정산 및 현장검증을 할 수 있으며, 해당 금액 중 정부 출연금 지

분에 해당하는 금액을 회수하여야 한다.

전문기관의 장은 제1항 및 제2항에 따라 회수된 연구개발비 사용잔액, 부당집행금액 및

이자잔액(이하 “정산액"이라 한다) 등 정산결과를 사업담당관에게 보고하고 총괄담당관

을 통해 국고에 납부하여야 한다. 다만, 정산액 중 기업부담금 지분에 해당하는 금액은

참여기업의 대표와 주관연구기관의 장이 협의하는 바에 따라 사용한다.

⑤ 제1항 및 제2항에 따른 부당집행금액의 구체적 회수기준 및 범위는 별표5와 같다.

관리지침]

제43조(연구개발비의 사용실적 제출 등)

③ 사용실적보고서는 주관연구기관의 장이 총괄하여 전문기관 또는 위탁정산기관에 제출하

되, 협동(공동) 및 위탁연구기관이 있는 경우 자체정산결과를 반영하여 제출하여야 한다.

제44조(연구개발비 정산기준)

① 연구개발비 정산범위는 운영규정 제41조 제4항에 따른다.

④ 제43조 제3항에 따라 주관연구기관, 협동(공동) 및 위탁연구기관이 자체정산을 실시한

경우라도 최종 정산결과는 전문기관이 통보한 내역으로 확정하며, 이때 불인정 금액이

있는 경우에는 반납하여야 한다.

제48조(정산액 등의 회수)

① 전문기관의 장은 운영규정 제42조 제4항에 따른 정산액 반납통보 후 주관 또는 협동연

구기관의 장이 정당한 사유없이 3개월 이상 반납을 늦추는 경우 채권추심 등 정산액의

회수를 위한 법적 조치를 취할 수 있다.

라. 피고는 원고로부터 3차년도 사업비 사용실적보고서를 제출받아 F회계법인을 통해 정산을 거친 뒤 2018. 4. 24. 원고에게 '세금계산서 발행 및 임상시험비 지급이 연구기간 종료 후에 이루어졌거나 관련 증빙자료를 제출받지 않은 위탁연구기관인 주식회사 G6) 관련 집행금 합계 65,170,937원이 부당집행되었으므로 위 돈 상당액을 정산금으로 반환하라'는 내용의 연구비 정산결과 알림 통보(이하 '이 사건 통보'라 한다)를 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 갑 제9호증의 1, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2, 3, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 본안전 항변에 관한 판단

가. 피고의 주장

이 사건 통보가 행정처분에 해당함을 전제로 그 취소를 구하는 이 사건 소에 대하여 피고는, 이 사건 통보가 이 사건 협약에서 약정한 정산절차를 거쳐 원고에게 부당집행된 금액의 반환을 통보한 것에 불과하므로 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니라고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 행정소송법 제2조 제1항 제1호에서는 항고소송의 대상이 되는 '처분'을 행정청이 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서의 공권력의 행사 또는 그 거부와 그 밖에 이에 준하는 행정작용이라고 규정하고 있다. 행정청의 어떤 행위가 항고소송의 대상이

될 수 있는지의 문제는 추상적·일반적으로 결정할 수 없고, 구체적인 경우 행정처분은 행정청이 공권력의 주체로서 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서 국민의 권리의무에 직접적으로 영향을 미치는 행위라는 점을 염두에 두고, 관련 법령 내용과 취지, 행위 주체·내용·형식·절차, 행위와 상대방 등 이해관계인이 입는 불이익의 실질적 견련성, 그리고 법치행정의 원리와 당해 행위에 관련된 행정청 및 이해관계인의 태도 등을 참작하여 개별적으로 결정하여야 한다(대법원 2011. 6. 10. 선고 2010두7321 판결 참조). 다만 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당하려면 행정청이 우월한 지위에서 일방적으로 행하는 공권력 행사이어야 하므로, 계약관계의 일방 당사자로서 대등한 지위에서 그 계약에 근거하여 행하는 의사표시는 이에 해당하지 아니한다(대법원 2014. 4. 24. 선고 2013두6244 판결, 대법원 2015. 8. 27. 선고 2015두41449 판결 등 참조).

2) 위 법리에 비추어 보건대, 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 통보는 피고가 원고와 대등한 당사자로서 체결한 이 사건 협약에서 정한 정산절차를 거쳐 정산금의 반환을 최고한 것에 불과하고, 피고가 우월적 지위에서 일방적으로 행하는 공권력의 행사나 이에 준하는 행정작용이라고 볼 수 없으므로 이 사건 통보는 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 통보가 행정처분에 해당함을 전제로 그 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하다.

가) 이 사건 협약은 원고와 피고가 대등한 위치에서 체결한 공법상 계약이고, 운영규정 및 관리지침 또한 원고와 피고 사이의 자율적 합의에 따라 이 사건 협약의 내용으로 편입된 것이다(운영규정 및 관리지침이 이 사건 협약의 내용으로 편입된 것이 법령상 요구에 의한 것이라거나 피고의 공권력에 기한 우월적 지위에서 일방적으로 이루어진 것이라고 볼 만한 사정이 없다).

나) 운영규정 제41조, 제42조에서 연구개발비의 정산 및 부당집행 금액의 회수에 관하여, 관리지침 제44조, 제48조에서 연구개발비의 정산에 따른 반납에 관하여 각 규정하고 있으나, 위 각 규정에 구체적인 법령상의 위임근거가 없는 이상 원고에 대하여 직접적인 구속력을 가진다고 할 수 없고, 위 각 규정은 이 사건 협약의 내용에 편입됨으로써 원고에 대하여 규범적 효력을 미치게 될 뿐이다.

다) 피고에게 이 사건 협약에 근거하지 아니하고도 이 사건 통보를 행할 권한을 부여하고 있다고 볼만한 명시적인 법률 규정이 없다. 해양수산과학기술법 제25조 제2 항 및 같은 법 시행령 제21조 제2항은 '해양수산부장관은 피고에게 협약의 체결, 출연금의 지급 및 비용의 지원 등의 업무를 위탁한다'고 규정하고 있을 뿐, 지급한 출연금의 회수나 정산업무에 관하여는 아무런 위임 규정을 두고 있지 않다. 과학기술기본법 또한 제11조의2 제1항에서 '중앙행정기관의 장은 소관 국가연구개발사업에 참여한 기관, 단체, 기업, 연구책임자 · 연구원 또는 소속 임직원에 대하여 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 중단되거나 실패한 연구개발과제로 결정된 경우 등에 해당하면 5년의 범위에서 소관 국가연구개발사업의 참여를 제한할 수 있고, 이미 출연하거나 보조한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있다'는 규정을 두고 있을 뿐, 연구개발 협약을 체결한 상대방이 연구개발비 사용액을 증빙하지 못한 경우 등에 연구개발비의 정산에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 않다. 피고는 이 사건 협약의 내용에 편입된 운영규정 및 관리지침에 근거하여 정산절차를 거친 후 원고에게 정산금의 반환을 구하는 이 사건 통보를 한 것이지 관계 법령에 기초하여 일방적으로 이 사건 통보를 하였다고 볼 수 없다.

라) 원고가 피고에게 정산금을 반환하지 않더라도, 피고가 해당 금액을 체납처분의 예에 따라 징수하거나, 원고에 대하여 공법상 제재를 할 수 있는 법령상 근거가 없다. 관리지침 제48조 제1항은 "전문기관의 장은 운영규정 제42조 제4항에 따른 정산액 반납통보 후 주관 또는 협동연구기관의 장이 정당한 사유 없이 3개월 이상 반납을 듯추는 경우 채권추심 등 정산액의 회수를 위한 법적 조치를 취할 수 있다."고 규정하고 있을 뿐이다.

마) 이 사건 통보가 이 사건 협약에 위반되거나, 원고에게 정산금의 반납에 관한 책임을 물을 수 없는 경우 등이라면 원고로서는 피고를 상대로 정산금 채무의 부존재 확인을 구하는 당사자소송 등을 제기하여 권리구제를 받을 수 있으므로, 이 사건 통보를 행정처분으로 보아 항고소송을 허용해야 할 불가피한 사정이 있다고 볼 수도 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 소는 부적법하여 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.