조심2009중2111 (2010.12.21)

의약품 리베이트 지출비용을 손금 불산입하여 과세한 처분은 적법함

의약품 리베이트 관행은 사회적으로 용인되는 통상적인 것이 아니고, 업계의 잘못된 관행으로, 사회질서에 심히 반한다고 할 것이므로 그 경비 지출이 법인의 순자산의 감소를 가져오는 것이라고 하더라도 손비로서 인정될 수 없음

2009구합9476 법인세등부과처분취소

○○주식회사

○○세무서장

2010.10.14.

2010.11.4.

1. 피고가 2009. 1. 2. 원고에 대하여 한 별지 처분목록 기재 소득금액변동통지처분 중 2004년 822,822,000원에서 303,499,918원을 초과하는 부분, 2000년 82,678,500원, 2001년 167,291,000원, 2002년 123,389,200원 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2009. 1. 2. 원고에 대하여 한 별지 처분목록 기재 법인세 및 부가가치세 부과 처분과 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

1. 처분 경위

가. 서울지방국세청장의 세무조사와 피고 처분

서울지방국세청장은 2008. 8.경 원고(2008. 9. 8. AA공업 주식회사에서 ○○생명과학 주식회사로, 다시 2009. 12. 1. 원고로 각 상호 변경됨)에 대한 법인세 등 세무조사 과정에서 아래 나.항 기재와 같이 조사하고, 2008. 11.경 원고 및 대표이사 김AA 등을 검찰에 고발하였다.

이에 피고는 2009. 1. 2. 원고에 대하여 별지 처분목록 기재 법인세 및 부가가치세 부과처분과 소득금액변동통지(상여, 소득자 대표이사 김AA)를 하였고, 각 처분 내용은 아래 나.항 기재와 같다.

나. 쟁점별 세무조사 내용과 처분 내용

1) 복리후생비 등 허위계상(이하 '쟁점①'이라 한다)

가) 세무조사 내용 : 원고는 2003-2007 각 사업연도 법인세 신고 시 복리후생비, 여비교통비로 60억 원 상당을 허위계상 하여 법인세를 신고하였고, 2006. 5. 30. 원고에 흡수합병 된 (주)△△아[이하 '(주)△△C'라 한다]는 2000-2005 각 사업연도 법인세 신고 시 외상매입금, 인건비 등으로 10억 원 상당을 허위계상 하여 법인세를 신고하였다.

나) 처분 내용 : 복리후생비 등으로 허위계상 한 금액 중 영업사원에게 인센티브로 지급한 부분을 인건비로 추인하고, 나머지 금액(이하 '쟁점 경비'라 한다)을 손금불산입 하고, 대표자 상여(소득자 김AA)로 소득처분 하였다.

2) 자문수수료 손금산입 잘못(이하 '쟁점 ②'라 한다)

가) 세무조사 내용 : 원고는 2004. 3. 16. ◇◇그룹(주)(이하 '◇◇I'라 한다)과 금융자문용역 위임계약을 체결하고, 2004. 4. 16. ◇◇I에게 6억 7,200만 원(부가가치세 제외, 이하 '쟁점 자문수수료'라 한다)을 지급하였으나, 쟁점 자문수수료는 원고의 대주주인 □□크(이하 '□□B'라 한다) 또는 ○○병원에서 부담하여야 할 비용이다.

나) 처분 내용 : 쟁점 자문수수료 6억 7,200만 원을 2003-2004 사업연도에 손금불산입 하고, 2004년 제1기 부가가치세 매입세액에서 불공제 하였다.

3) 특수관계자에 대한 대여금채권 등 손금산입 잘못(이하 '쟁점 ③'이라 한다)

가) 세무조사 내용 : ① 2003. 10. 15. 특수관계법인 ☆☆제약(주)(이하 '☆☆S'라 한다)에게 7억 7,000만 원 등 합계 10억 7,000만 원을 대여하였다가 ☆☆S의 부도로 4억 7,000만 원을 회수하지 못하자, 2004. 4. 22. 미회수된 4억 7,000만 원을 대손상각비로 계상하였다가 2007년 결산 시 기한도래채권으로 보아 손금 산입 세무조정 하였다. ② 2003. 9. 25. ☆☆S와 기술 및 판권 이전계약을 체결하면서 기술 및 판권 사용 대가로 15억 원(부가가치세 제외)을 지급하기로 하고 2003. 9. 26. 약속어음 16억 5,000만 원을 교부하였다가 2004. 4. 21. 교부한 약속어음 중 4억 원을 회수하였음에도, 2004. 5. 6. 15억 원 전체를 대손상각비로 계상하였다가 2007년 결산 시 기한도래채권으로 보아 손금산입 세무조정 하였다.

나) 처분 내용 : 대여금채권 중 미회수된 4억 7,000만 원 및 반환된 약속어음 4억 원을 특수관계자에 대한 대여금 대손상각비로 보아 2007 사업연도에 손금불산입 하였다.

4) 지분법투자손실 손금산업 잘못(이하 '쟁점④-1'이라 한다)

가) 세무조사 내용 ; 2004. 4. 13. 의료용구 등 제조・판매업을 하던 합병 전 (주)△△C 주식 62,000주 전부를 224억 900만 원에 취득하여 위 주식을 기업회계에 따라 지분법으로 평가하면서, 그 후부터 2006. 5. 29. (주)△△C를 합병하기 전까지 발생한 지분법손실계상누계액 74억 9,400만 원(이하 '쟁점 지분법투자주식평가손실액'이라 한다)은 위 합병 시 손금산입한 후 손금불산입 세무조정을 하여야 함에도 손금산입 세무조정만 하였다.

나) 처분 내용 : 쟁점 지분법투자주식평가 손실액은 2006 사업연도에 손금불산입 하였다.

5) 영업권 상각 잘못(이하 '쟁점④-2'라 한다)

1) 세무조사 내용 : (주)△△C 투자주식 장부가액 중 순자산가액을 초과하는 111억 1,400만 원을 (주)△△C 영업권으로 계상하고(이하 '쟁점 영업권'이라 한다), 2006 및 2007 각 사업 연도에 각 13억 600만 원, 22억 4,000만 원, 합계 35억 4,600만 원을 상각하였으나, 위 영업권은 세법상 상각대상이 아니다.

나) 처분 내용 : 쟁점 영업권 상각액 35억 4,600만 원은 2006 및 2007 각 사업연도에 각 손금불산입 하였다.

다. 전심절차 및 관련사건

1) 원고는 2009. 3. 31. 피고의 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 현재까지 위 심판청구 계속 중이다.

2) 원고 및 대표이사 김AA 등에 대한 법인세 포탈 등 조세범처벌법위반죄 등에 대해서는 유죄의 형사판결이 확정되었다(서울고등법원 2010. 4. 29. 선고 2009노3202 판결).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 7, 8호증, 갑 제29호증, 을 제1호증의 각 기재

(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 각 처분의 적법 여부

가. 쟁점 ①에 관한 판단

1) 원고 주장

쟁점 경비는 2000. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지 [원고 2003. 10. 1.부터 2007. 12. 31.까지, (주)△△C 2000. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지, 이하 위 쟁점과 관련된 (주)△△C 부분을 원고에 포함하여 봄] 의약품, 의료용구 판매촉진을 위하여 절대적 제품선택권자인 의사에게 이른바 '리베이트'로 지급되었으므로, 판매부대비용 내지 접대 비, 그 밖의 손비로 손금산입 되어야 한다.

또한, 쟁점 경비는 '의사'에게 리베이트로 지급되어 귀속불분명한 경우가 아니어서 대표자에 대한 소득금액변동통지는 위법하고, 김AA의 대표이사 취임 시점은 2004. 5. 19.이므로, 소득금액변동통지 중 2004년도 822,822,000원에서 취임일 이전 시점에 대한 부분은 위법하다.

2) 판단

가) 쟁점 경비에 대한 손금산입 여부

(1) 판단 순서

법인세법 제19조 제2항은 원칙적으로 "손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다 고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 '일반적으로 용인되는 통상적'인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하는데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서를 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조).

원고는 구체적으로 "그동안 의약품 리베이트에 대해 독점규제 및 공정 거래에 관한 불공정거래행위 차원의 법적 규제만 있었고(갑 제5호증), 형사처벌이나 세법 문제가 직접 제기된 적은 없다. 제약산업은 유통경로・거래가격이 엄격 규제되는 분야로 전문의약품은 소비자에게 제품선택권이 없고 의사에게 절대적 제품선택권이 있으므로, 리베이트 제공이 제약업계, 의료용구 업계의 확립된 관행이 되었다. 사업을 계속 영위하기 위해 불가피하게 의사 등 의료기관에 리베이트를 지급할 수밖에 없고 리베이트를 지급하지 않음은 영업 포기를 의미한다. 원고의 리베이트 제공방식은 병・의원과 처방금액을 약정하면서 처방금액의 일정비율(약 20%)을 현금으로 미리 지급하는 선지원방식과 일정기간 동안의 처방 실적에 따라 처방금액의 일정비율(약 20%)을 추후 현금 지급하기로 약정한 후 처방 실적에 따라 현금 지급하는 후지원방식이 있다 고 하면서, 리베이트는 사회질서에 반하지 아니하고, 판매부대비용, 접대비, 그 밖의 손비로 인정되어야 한다고 주장한다.

따라서 손금으로 인정되기 위한 전제로 리베이트가 사회질서에 심히 반하는지 여부에 관하여 먼저 판단한 다음, 판매비용, 접대비, 그 밖의 손비 해당 여부에 관하여 판단한다.

(2) 리베이트 제공이 사회질서에 심히 반하는지 여부

앞서 본 원고의 구체적 주장과 같이 리베이트 제공이 제약업계 등의 관행으로 굳혀져 왔다고 하더라도, 아래와 같은 점을 종합하면 리베이트 관행은 사회적으로 용인되는 통상적인 것이 아니고, 업계의 잘못된 관행으로, 사회질서에 심히 반한다고 할 것이다. 따라서 그 경비 지출이 법인의 순자산의 감소를 가져오는 것이라고 하더라도 손비로서 인정될 수는 없다.

(가) 공정거래위원회는 제약회사의 부당고객유인행위에 대해 시정명령 및 과징금 부과하여 리베이트 관행에 대해 법적인 제재를 과하고 있고, 형사처벌 내지 세금 부과 선례가 실제 보이지 아니한다는 사정만으로 리베이트 제공 관행에 위법성이 없고 통상적이거나 정당한 관행으로 인정받아야 한다고 보기 곤란하다.

(나) 공정거래위원회가 파악한 리베이트 제공은 주로 '제품설명회 등 명목으로 고급음식점에서 식사접대하거나 의국・과 회식비 지원, 신용카드 대여 등으로 이루어진다'는 것인데, 원고 주장의 선지원, 후지원 방식은 위와 같은 제공 방식보다 더욱 직접적, 적극적, 노골적 방식이어서 위법성의 정도가 더욱 강하다고 보인다.

(다) 제약회사의 리베이트 제공은 사회적 낭비를 초래하고, 궁극적으로 소비자인 국민에게 피해를 야기한다. 대형 제약회사는 리베이트 제공을 통해 독과점적 지위를 유지하게 되고, 그를 통해 획득한 이윤을 다시 리베이트로 제공할 경우 연구개발 투자액 감소 등으로 신약개발 기회가 상실되며, 나아가 의약품 가격상승의 원인이 되어 의약품 선택권이 없는 소비자에게 리베이트 비용을 전가하게 된다.

(라) 우리나라에서 보편적으로 적용되는 국민건강보험 체계 하에서 리베이트가 의료기관이나 제약회사에 부득이 요구된다고 볼 수 있는 아무런 증거가 없다.

(마) 리베이트 자금은 분식회계 등을 통해 조성된 비자금으로 집행될 수밖에 없고, 비자금은 횡령, 분식회계, 조세포탈, 불공정거래행위 등을 전제로 하고 있으며, 조세법이 그러한 비용을 손금으로 산입하여 과세소득에서 공제한다면 위법한 상태를 무한정 용인하는 것이 된다.

(바) 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대하여도 그 손금산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다는 대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두 7779 판결의 판시는, 외환위기 상황에서 신탁겸영은행이 수탁고 격감, 기존 신탁계약 등의 대규모 해지・인출사태 등을 방지하기 위하여 다른 시중은행들과 협의를 거쳐 한 보전금의 지출이, 접대비는 아니지만 사업상 필요할 뿐만 아니라 통상적인 것이었으므로 법인세법 상 손금으로 산입하여야 한다고 한 사례에 대한 것이므로, 사회통념에 비추어 위법성의 정도가 이 사건보다 경미한 사례에 대한 것으로 보인다.

(사) 신뢰보호 대상이 될 정도의 과세 관행이 정립되었다는 증거가 없다. 장래 유사 사안에서 손금 산입을 인정하여야 한다는 공감대가 있다는 증거도 없다.

(3) 판매부대비용, 접대비, 그 밖의 손비 해당 여부

(가) 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것이라면 그 비용은 법인세법 제25조 제5항에서 말하는 접대비라고 할 것이나, 그 지출경위나 성질, 액수 등을 건전한 사회통념이나 상 관행에 비추어 볼 때 상품 또는 제품의 판매에 직접 관련하여 정상적으로 소요되는 비용으로 인정되는 것이라면 이는 법인세법 제19조 제1항, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1호에서 손비로 인정하는 판매부대비용에 해당한다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조).

그런데 앞서 본 리베이트 제공 관행의 위법성에 비추어 쟁점 경비 지출이 건전한 사회통념에 비추어 정상적으로 소요되는 판매부대비용이라고 볼 수 없고, 원고 주장 리베이트 제공 방식의 일률성과 제공목적 등에 비추어 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데에 지출한 금액인 접대비에 해당한다고 볼 수 없다.

(나) 한편, 법인세법은 익금과 손금의 범위를 완결적으로 규정한 것이 아니라 그 범위를 예시하면서 포괄적으로 규정하고, 그 특례규정으로서 손금불산입과 손금산입의 각 사항을 열거하여 규정하고 있으므로, 원칙적으로 자산총액을 감소시킨 것은 손금불산입 등으로 열거되어 있지 않은 한 손금이 된다고 보아야 한다. 또한 위 각 규정에 따르면 일반적으로 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용의 손금산입을 부인하는 내용의 규정이 없을 뿐만 아니라, 법인세는 원칙적으로 다른 법률에 의한 금지의 유무에 관계없이 담세력에 따라 과세되어야 하고 순소득이 과세대상으로 되어야 하는 점 등을 종합하여 보면, 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대하여도 그 손금산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다(대법원 1998. 5. 8. 선고 96누6158 판결, 대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두 7779 판결 등 참조).

그러나 앞서 본 바와 같이 리베이트 제공은 위법한 비용의 지출로서 업계의 잘못된 관행이고, 쟁점 경비에 대한 손금산입 인정은 사회질서에 심히 반한다는 특별한 사정이 있다.

(4) 쟁점 경비의 리베이트 비용 지출 여부

나아가 원고는 복리후생비, 여비교통비 등에 허위 금액이 존재한다는 점을 인정하고 업계관행상 영업비 등에 상당한 비용의 지출이 실제 있었다고 주장하면서도, 구체적인 지급 상대방, 지급일시 등의 지출사실을 확인할 수 있는 증빙자료를 제시하지 아니하고 있거나, 극히 일부만 제시하고 있으므로, 쟁점 경비 전부를 실제 '리베이트'로 제공된 비용이라고 단정하기도 어렵다.

나) 소득금액변동통지의 위법 여부

아래에서 보는 이유로, (1) 귀속불분명에 해당하여 대표자 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지 한 것 자체는 적법하다. 그러나 (2) 대표자 김AA의 취임 전 소득금액변동통지 부분과 (3) (주)△△C에 대하여 부과제척기간이 도과한 부분은 위법하다. 이하 차례대로 판단한다.

(1) 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 "법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다"는 취지로 규정하고 있는바, 이와 같은 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 등 참조). 이 사건에서 원고는 쟁점 경비가 리베이트 비용으로 소요되었다고 주장하면서도 구체적 귀속자가 누구인지 밝히지 않고 있고, 증인 박BB의 증언, 갑 제29 내지 38호증의 각 기재(각 가지번호 포함)에 의하더라도 귀속자를 확정할 수 없다고 보인다.

따라서 피고가 쟁점 경비를 귀속이 불분명한 금액으로 보아 대표자 상여로 소득처분 하여 소득금액변동통지 한 것 자체는 적법하다.

(2) 별지 처분목록 기재 소득금액변동통지 중 2004년 856,805,000원은 원고의 2003년 사업연도 822,822,000원이 포함된 금액이고, 원고의 2003 사업연도는 2003. 10. 1.부터 2004. 9. 30.까지이며, 피고는 2003 사업연도 전체 기간에 대해 소득자를 김AA으로 하여 소득금액변동통지 하였다. 그런데 김AA은 2004. 5. 19. 원고의 대표이사로 취임하였다.

법인세법 시행규칙 제54조(대표자 상여처분방법)는 "법인세법 시행령 제 106조 제1항 제1호 단서의 규정을 적용함에 있어서 사업연도 중에 대표자가 변경된 경우 대표자 각인에게 귀속된 것이 분명한 금액은 이를 대표자 각인에게 구분하여 처분하고, 귀속이 분명하지 아니한 경우에는 재직기간의 일수에 따라 구분계산 하여 이를 대표자 각인에게 상여로 처분 한다"고 규정하고 있다.

이 사건에서 2003 사업연도 2003. 10. 1.부터 김AA의 취임 전인 2004. 5. 18.까지 대표자가 아니었던 김AA에게 그 금액이 귀속된 것이 분명하지 아니하므로(이에 관하여 피고는 위 기간에 대한 처분 근거를 밝히지 않고 있다), 재직기간 일수에 따라 구분계산 하여야 할 것이고, 이에 따라 계산하면 김AA에 대한 이 부분 소득 금액변동통지 금액은 303,499,918원[계산근거 822,822,000원 × 재직기간 135일(2004. 5. 19. - 2004. 9. 30)/366일 원 미만 버림]이 되어야 한다. 따라서 이를 초과하는 금액 (519,322,082원 = 822,822,000원 - 303,499,918원) 대해 소득자를 김AA으로 한 소득금액변동통지는 위법하다.

이에 대해 피고는, 소득금액변동통지는 법인인 원고를 상대로 하는 것이므로 소득자 기재는 그 위법 여부에 아무런 영향을 미치지 아니한다고 주장하나, 소득금액변동통지에 따른 법인의 원천징수의무는 그 원천납세의무자의 소득세 납세의무를 전제로 하는 점에서(대법원 1992. 7. 14. 선고 92누4048 판결, 대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결 등 참조), 원천납세의무자인 소득자 기재 잘못은 소득금액변동통지 처분의 위법사유에 해당한다고 보아야 할 것이고, 피고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 소멸한 경우 그 후에 이루어진 소득금액변동통지는 위법하고, 한편, 법인의 대표자가 허위의 세금계산서를 수취하여 장부상 매입액을 과다계상 하여 소득을 은닉한 사안에서, 그 대표자가 장차 은닉된 소득이 사외유출 되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 그 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 이러한 행위를 한 것으로 보기는 어려우므로, 해당연도 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년이 된다(대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 등 참조).

이 사건에서 피고는 (주)△△C에 대하여 별지 처분목록 기재와 같이 2000-2005 사업연도에 소득금액변동통지를 하였는데, (주)△△C가 이른바 리베이트로 지출하였다는 비용을 외상매입금, 인건비 등으로 10억 원 상당을 허위계상 한 것에 대해, 그 대표자인 김AA이 장차 사외유출 된 세무조정금액의 귀속자가 불분명하게 되어 자신이 그 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 이러한 행위를 한 것으로 보기는 어려우므로, 소득세 부과제척기간은 그 기간을 10년으로 보는 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호의 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우'에 해당하지 않고, 같은 항 제3호에 의하여 5년이 된다고 보아야 할 것이다.

따라서 (주)△△C에 대한 소득금액변동통지 중 2000, 2001, 2002년 부분은 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간 도과(소득세법 제70조 제1항에 의하여 2001. 6. 1., 2002. 6. 1., 2003. 6. 1.이고, 2009. 1. 2. 이 사건 소득금액변동통지 있었음)로 이미 소멸된 이후에 이루어진 것이므로 위법하다.

다)소결

따라서 쟁점①에 관하여 쟁점 경비를 손금불산입 한 것은 적법하나, 별지 처분목록 기재 소득금액변동통지처분 중 2004년도 822,822,000원에서 대표자 김AA의 재직기간에 해당하는 금액 303,499,918원을 초과하는 나머지 519,322,082원 부분과 부과제척 기간이 도과한 후에 한 2000년 82,678,500원, 2001년 167,291,000원, 2002년 123,389,200원 부분은 위법하여 각 취소되어야 한다.

나. 쟁점 ②에 관한 판단

1) 원고 주장

원고는 경영상 위기를 타개하기 위해 2004. 3. 15. 기업 인수・합병 등에 관한 컨설팅 업체인 ◇◇I와 자문계약을 체결하고, (주)△△C의 지분을 인수하고 유상증자를 통해 자본을 확충하는 내용의 자문용역을 직접 제공받고 그 보수로 쟁점 자문수수료를 지급한 것이므로, 원고 업무 관련 비용이다.

2) 판단

갑 제15호증의 기재에 의하면, 원고가 2004. 3. 15. ◇◇I와 금융자문용역 위임계약을 체결한다는 내용의 계약서가 작성된 사실을 인정할 수 있으나, 한편, 갑 제27호증, 을 제2호증의 각 기재에 의하면 (주)△△C의 주식가치평가 보고일자는 그보다 앞선 2004. 3. 6.인 사실, 원고의 (주)△△C 주식 인수는 2004. 1.경 ○○병원 측이 원고 경영권을 사실상 지배하고 있던 □□B로부터 그 경영권을 양수하는 과정에서 이루어지게 되었고, □□B 내지 ○○병원 측에서 2003. 12.경 ◇◇I에게 그에 관한 자문용역을 요청하고, 용역대가도 결정한 사실을 인정할 수 있다.

이에 의하면, 쟁점 자문수수료는 □□B 내지 ○○병원 측에 제공된 자문용역 대가이고, 원고의 업무와 직접 관련된 비용으로 보기 어려우므로, 피고가 손금불산입 한 것은 적법하다(법인세법 제27조).

따라서 원고의 쟁점 ②에 관한 주장은 이유 없다.

다. 쟁점 ③에 관한 판단

1) 원고 주장

원고가 2003. 10. 17. 특수관계자 ☆☆S에 7억 7,000만 원을 대여하고 2003. 10. 23. 2억 원을 회수하였고, 2004. 1. 2. 상품 계약금 명목으로 3억 원을 지급하게 되었는바, 이후 ☆☆S가 부도처리 되어 채권회수가 불가능하게 되었고, 원고가 대손처리 할 당시 ☆☆S와의 특수관계자 사이는 소멸되었으므로 위 잔액 8억 7,000만 원의 대손충당금 산입이 가능하다(원고는 피고의 처분 내용과 달리 대여금 중 회수하지 못한 채권은 세무조사에서 미회수 되었다고 본 4억 7,000만 원이 아니라 위와 같은 8억 7000만 원인데, 원고가 반환된 약속어음 4억 원을 대여금에 대한 회수로 잘못 회계처리 하였던 것이라고 주장한다).

2) 관계 법령

별지 기재와 같다.

3) 판단

특수관계자 사이의 거래인지 여부는 그 행위 당시를 기준으로 판단하여야 하고, 거래 당시 ☆☆S가 특수관계자였던 이상 위 8억 7,000만 원은 앞서 본 관계 법령의 특수관계자 사이의 업무무관 가지급금에 해당하고, 이후 특수관계가 소멸되었다고 하더라도 대손충당금 산입이 가능하게 된다고 볼 수 없다.

따라서 원고의 쟁점③에 관한 주장은 이유 없다.

라. 쟁점 ④-1에 관한 판단

1) 원고 주장

원고는 2006. 5. 29. (주)△△C를 흡수합병하면서 그 자산과 부채를 승계하였고, 그 당시 보유하고 있던 (주)△△C의 주식(2004. 4. 13. 주식 6,200주 전부를 취득하여 지분법으로 평가함)을 모두 소각하였으므로 그 결과 합병으로 승계한 (주)△△C의 순자산가액 14,915,814,160원이 소멸된 주식가액 22,409,326,540원에 미달함으로써 쟁점 지분법투자주식평가손실액 74억 93,512,380원의 순자산이 감소하였고, 이는 손금으로 인정되어야 한다.

2) 판단

원고가 2004. 4. 13. 피합병법인인 (주)△△C의 주식 전부를 인수할 당시 그 인수 가격은 224억 900만 원이었고, 원고는 주식 인수 후 111억 1,400만 원을 (주)△△C 영업권으로 계상한 다음 2006 및 2007 각 사업연도에 각 13억 600만원, 22억 4,000만 원, 합계 35억 4,600만 원을 상각하고, 이와는 별도로 2006. 5. 29. (주)△△C를 합병할 당시 지분법투자주식평가손실을 74억 9,400만 원으로 하여 2006 사업연도 법인세 신고 시 이를 손금산입 하였다.

원고 주장과 같은 손금산입이 인정되기 위해서는 피합병법인인 (주)△△C의 주식 모두를 인수할 당시 그 주식을 평가하고 그 평가가 정당하여야 하며, 이를 전제로 (주)△△C를 합병할 당시 적법한 지분법투자주식평가손실이 인정되어야 할 것이다.

그리고 합병 시 자산・부채 승계와 관련하여 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식에 대해 합병 시 신주를 교부하지 아니하는 경우, 합병전 당해 주식의 평가와 관련하여 손금불산입한 금액은 합병법인의 각 사업연도 소득금액 계산상 손금산입 후 손금불산입하는 세무조정을 추가로 실시해야 한다. 위와 같이 손금불산입 유보금을 추인해주는 경우는 기업외부 매각이거나 소각 경우에 한하고, 그 외의 경우에도 추인이 허용되면 '자산의 임의평가'를 세법이 인정하는 결과를 초래하게 되므로, 이를 방지하기 위해 손금불산입 유보액을 손금산입 하여 기존 유보잔액을 정리하는 동시에 같은 금액을 익금산입 하여 소득금액에 영향이 없도록 하는 것이다.

따라서 원고가 (주)△△C의 주식 모두를 인수할 당시 정당한 평가가 있었다고 볼 수 있는 증거가 없고, 쟁점 지분법투자주식평가손실액에 대해 손금산입 후 다시 손금불산입하는 세무조정이 추가로 실시되어야 하므로, 피고가 쟁점 지분법투자주식평가손실액을 2006 사업연도에 손금불산입한 것은 적법하고, 원고의 쟁점 ④-1에 관한 주장은 이유 없다.

마. 쟁점 ④-2에 관한 판단

가) 원고 주장

원고는 (주)△△C를 흡수합병 하면서 그 주식을 장부가액에 해당하는 약 148억 원으로, 그 순자산가액을 약 37억 원으로, 투자제거차액 미상각액을 영업권으로 평가하였으므로 감가상각대상에 해당한다.

나)판단

법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제24조 제4항은 "합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호・거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다"고 규정하고 있는바, 영업권을 계상할 수 있는 합병회계 처리방법은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우에 한하고, 그 자산을 장부가액으로 승계하는 경우에는 영업권을 계상할 수 없다고 할 것이고, 달리 원고가 피합병법인 (주)△△C의 자산을 평가하여 승계하였다고 볼 만한 증거도 없다.

따라서 원고의 쟁점 ④-2에 관한 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 피고가 2009. 1. 2. 원고에 대하여 한 별지 처분목록 기재 소득금액변동 통지처분 중 2003년도 822,822,000원에서 303,499,918원을 초과하는 부분, 2000년 82,678,500원, 2001년 167,291,000원, 2002년 123,389,200원 부분은 각 취소되어야 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다.