조심-2013-서울청-4278(2014.04.25)

합병에 따른 자산평가시 소급평가액의 평균가액은 인정하기 어려우나 미지급법인세 고려하여 자산평가를 하여야 한다

이 사건 자산평가시 기존평가와 소급평가방법의 평균가액으로 시가를 산정할 수는 없는 것이고 미지급법인세를 반영하지 아니하여 순자산가액을 감소시키지 아니한 것은 부적합한 자산가액 산정이며 자기증여 이익분여 주장은 이유 없다

법인세법 제88조부당행위계산 상속세및증여세법 제38조합병에 따른 증여이익

서울행정법원-2014-구합-63664(2016.11.18)

주시*****외 2명

oo세무서장외 1명

2016.09.23.

2016.11.18.

1. 피고 CJ세무서장이 2013. 7. 1. 원고 주식회사 SK에게 한, 2010 사업연도 법인세 1,293,912,990원 부과처분 중 866,280,602원을 초과하는 부분 및 2010 의제사업연도 법인세 147,828,310원 부과처분 중 50,345,572원을 초과하는 부분, 피고 GD세무서장이 2013. 7. 5. 원고 조SW에게 한 증여세 2,703,910,760원 부과처분 중2,471,005,721원을 초과하는 부분 및 원고 김WD에게 한 증여세 116,149,530원 부과처분 중 98,212,141원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고 주식회사 SK의 피고 CJ세무서장에 대한 나머지 청구 및 원고 조SW, 김WD의 피고 GD세무서장에 대한 나머지 청구를 기각한다.

3. 원고 주식회사 SK과 피고 CJ세무서장 사이에 생긴 소송비용 중 70%는 원고 주식회사 SK이, 나머지 30%는 피고 CJ세무서장이 부담하고, 원고 조SW, 김WD과 피고 GD세무서장 사이에 생긴 소송비용 중 90%는 원고 조SW, 김WD이, 나머지 10%는 피고 GD세무서장이 부담한다.

청 구 취 지

피고 CJ세무서장이 2013. 7. 1. 원고 주식회사 SK에게 한 2010 사업연도 법인세1,293,912,990원 전부, 2011 사업연도 법인세 89,523,280원 중 88,965,686원을 초과하는 부분, 주식회사 에ST의 2010 의제사업연도 법인세 147,828,310원 전부의 각 부과처분 및 피고 GD세무서장이 2013. 7. 5. 원고 조SW에게 한 증여세 2,703,910,760원, 원고 김WD에게 한 증여세 116,149,530원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 이 사건 합병

비상장법인인 원고 주식회사 SK(이하 '원고 SK'이라 한다)은 2010. 4. 27. 비상장법인인 주식회사 에ST(이하 '에ST'이라 한다)을 흡수합병(이하 '이 사건 합병'이라 한다)하였다. 원고 SK과 에ST은 이 사건 합병을 앞두고 SY회계법인에 의뢰하여 원고 SK의 1주당 가액을 196,201원(주당 순자산가치 116,598원과 주당 순손익가치 249,270원을 2:3의 비율로 가중 평균한 금액), 에ST의 1주당 가액을 48,646원(주당순자산가치 81,078원과 주당 순손익가치 0원을 부동산과다보유법인이므로 3:2의 비율로 가중 평균한 금액)으로 평가한 주식가치산정 보고서를 받아, 이 사건 합병의 합병비율을 '원고 SK 주식 1주당 에ST 주식 0.2479주(≒ 48,646 ÷ 196,201)'로 정하였다.

이 때 원고 SK과 에ST은 NR감정평가법인으로부터만 부동산 감정평가를 받아 이를 기초로 순자산가치를 산정하였다.

나. 합병 전후 주주 구성 및 주주들 사이의 관계

이 사건 합병 전후의 원고 SK과 에ST의 주주 구성은 아래 표와 같다.

(표 생략)

원고 조SW은 조JK의 아들이고 원고 김WD은 조JK의 처이다. 원고 SK은 자신과 에ST이 보유하던 합병 전 에ST 주식에 대하여 합병신주 51,050주(= 41,134주 + 9,916주)를 배정받아 자기주식으로 보유하였다.

다. 원고 SK의 2009 사업연도 소득금액 및 법인세 감액경정

원고 SK은 2011. 12. 9. 2009 사업연도 소득금액이 당초 법인세 신고 당시 산정한 금액보다 작다며 경정청구를 하였고, 과세관청은 이를 받아들여 원고 SK의 2009사업연도 소득금액을 당초 12,980,005,043원에서 6,063,129,623원으로 6,916,875,420원 감액하고 법인세를 2,822,125,385원에서 1,300,412,793원으로 1,521,712,592원만큼 감액 경정하였다.

라. OO지방국세청장의 법인세 통합조사

OO지방국세청장은 2013. 4. 4.부터 2013. 5. 18.까지 원고 SK에 대한 법인세 통합조사 및 주식변동조사를 실시하여, ① 위 다.항과 같이 원고 SK의 2009 사업연도 소득금액 및 법인세가 감액 경정된 것을 원고 SK의 순손익가치와 순자산가치 산정에 반영하여야 하고, ② 2 이상의 감정기관으로부터 감정을 받지 아니한 채 이루어진 원고 SK과 에ST의 부동산 평가결과 대신, 구 상속세 및 증여세법(2011. 12. 31.법률 제11130호로 개정되기 전의 것, 이하 '상속세및증여세법'이라 한다) 제61조의 보충적 평가방법에 따라 산정한 부동산 평가액을 이용하여 원고 SK과 에ST의 순자산가치를 계산하여야 한다고 보아, 원고 SK의 1주당 가액을 145,069원, 에ST 주식의 1주당 가액을 52,077원(합병비율 1 : 0.35898)으로 다시 평가하였다.

그리고 OO지방국세청장은 이 사건 합병이 불공정한 비율로 합병한 경우에 해당한다는 이유로, 피고 CJ세무서장에게 '이 사건 합병 전 원고 SK이 보유하던 에ST주식 165,932주와 에ST이 보유하던 자기주식 40,000주에 대하여 구 법인세법(2010.12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법'이라 한다) 제52조, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법 시행령'이라 한다) 제88조 제1항 제8호 가목을 적용하여, 원고 SK의 2010 사업연도 소득에 3,356,502,538원을, 에ST의 2010 사업연도 소득에 809,127,242원을 익금산입'하도록 통보하고, 피고 GD세무서장에게 '상속세및증여세법 제38조 제1항, 상속세및증여세법 시행령 제28조 등을 적용하여 원고 조SW에게 4,027,874,537원을, 원고 김WD에게 819,985,747원을 증여재산가액으로 산정'하도록 통보하였다(구체적인 계산내역은 별지 '과세처분 상세내역' 기재와 같다).

마. 과세처분

1) 피고 CJ세무서장은 2013. 7. 1. 원고 SK에게, 원고 SK의 2010 사업연도법인세 1,293,912,990원, 에ST의 2010 의제사업연도 법인세 147,828,310원(각 가산세 포함)을 부과하였고(이하 '이 사건 법인세 부과처분'이라 한다), 같은 날 원고 SK에게 2011 사업연도 법인세 89,523,280원(가산세 포함)도 부과하였다(이하 '이 사건 2011 사업연도 법인세 부과처분'이라 한다.

2) 피고 GD세무서장은 2013. 7. 5. 원고 조SW에게 증여세 2,703,910,760원을,원고 김WD에게 증여세 116,149,530원(각 가산세 포함)을 부과하였다(이하 '이 사건 증여세 부과처분'이라 하고, 앞서 본 '이 사건 법인세 부과처분' 및 '이 사건 2011 사업연도 법인세 부과처분'과 모두 합하여 '이 사건 각 처분'이라 한다).

바. 전심절차

원고 SK은 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 2011 사업연도 법인세 부과처분에 불복하여 2013. 9. 26. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 2014. 9. 17. 기각결정을 받았다. 원고 조SW, 김WD도 이 사건 증여세 부과처분에 불복하여 2013. 9. 27. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 2014. 4. 25. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1, 2, 4 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 증여세 부과처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) 원고 SK과 에ST 1주당 가액 평가에 관한 주장

가) 원고 SK과 에ST 소유 부동산 평가에 관한 부분

구 상속세 및 증여세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22579호로 개정되기전의 것, 이하 '상속세및증여세법 시행령'이라 한다) 제49조 제1항의 규정은 상속세및증여세법 제60조 제2항 소정의 '시가'를 예시한 것이므로, 반드시 2 이상의 감정평가법인이 평가기준일 전후 3개월 내에 감정한 감정가액만 시가라고 볼 수는 없고, 하나의 감정평가법인이 감정한 가액 또는 평가기준일로부터 3개월이 지나 소급하여 감정한 가액이더라도 시가 로 인정할 수 있다. 따라서 '이 사건 합병을 앞둔 2010. 3. 24.경 이루어진 원고 SK과 에ST 보유 토지와 건물에 대한 NR감정평가법인의 감정평가액(이하 'NR 감정가액 '이라 한다)' 또는 'NR 감정가액과 2013. 7. 9. 이루어진 같은 부동산에 대한 KH감정평가법인의 감정평가액(이하 'KH 감정가액'이라 한다)의 산술평균액'은 이 사건 합병 당시 원고 SK과 에ST의 순자산가치 중 토지와 건물의 시가로 인정되어야 한다.

나) 원고 SK의 미지급법인세 계정 잔액에 관한 부분

원고 SK은 당초 신고・납부한 2009 사업연도 법인세 2,822,125,385원을 사후에 1,300,412,793원으로 감액하는 경정결정을 받았으므로, 원고 SK의 1주당 가액 평가를 위한 순자산가액을 산정할 때에는 위와 같은 법인세 감액경정이 대차대조표상 부채항목인 미지급법인세 계정에 미치는 영향을 반영하여야 한다. 이를 반영할 경우 정당한 미지급법인세 계정잔액은 867,682,126원임에도, 피고들은 미지급법인세 계정잔액을 996,759,537원이라고 판단한 결과, 원고 SK의 순자산가액이 과소평가되었고 또한 1주당 가액도 과소평가되었다(상세한 내용은 아래 판단에서 본다).

2) 이른바 자기증여 또는 자기이익분여에 관한 주장

이 사건 합병 전, 원고 조SW, 김WD은 원고 SK의 지분 100%를 보유하였고 원고 SK은 에ST 지분 42.5%(이하 '이 사건 포합주식'이라 한다)를 보유하였으며, 에ST은 자기주식으로 에ST 지분 10.24%(이하 '이 사건 자기주식'이라 한다)를 보유하였다. 이는 원고 조SW, 김WD이 이 사건 합병 전부터 원고 SK 및 에ST을 통하여실질적으로 에ST 지분 중 47.35%(이 사건 포합주식 지분율 + 이 사건 자기주식 지분율 중 원고 SK의 몫)를 보유하고 있었음을 의미한다.

이 경우 이 사건 포합주식에 대하여 원고 SK의 합병신주가 과소배정됨으로써 합병 전 SK의 주주인 원고 조SW, 김WD이 얻었다는 이익은, 합병 전 원고 조SW,김WD이 원고 SK을 통하여 간접적으로 보유하던 자산으로부터 얻은 것이어서 '증여' 받은 것이 아니다. 또한 이 사건 자기주식에 대하여 원고 SK의 합병신주가 과소배정 됨으로써 원고 조SW, 김WD이 얻었다는 이익 역시 합병 전 원고 조SW, 김WD이 원고 SK 및 에ST을 통하여 간접적으로 보유하던 자산으로 얻은 부분이 포함되어 있으므로 이 부분은 증여재산가액에서 제외되어야 한다(원고들의 이러한 주장을 '자기증여' 주장이라 한다).

위와 같은 결과는 원고 SK이나 에ST의 관점에서 볼 때 원고 SK이나 에ST이 원고 조SW, 김WD에게 이익을 분여하지 않았다는 의미이고, 단지 원고 SK이나 에ST이 보유한 에ST 주식이 합병신주로 그 형태만을 바꾸었을 뿐이며, 이 사건 합병으로 인하여 원고 SK이나 에ST의 조세 부담이 부당하게 감소될 여지도 없으므로, 부당행위계산 부인 규정은 적용되지 않는다(원고들의 이러한 주장을 '자기이익분여'주장이라 한다).

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 원고 SK과 에ST 1주당 가액 평가에 관한 판단

1) 원고 SK과 에ST 소유 부동산 평가에 관한 부분

가) 상속세및증여세법 제60조 제1항 본문은 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일 현재의 시가에 따른다고 규정하고, 같은 법 제60조 제2항은 제1항의 규정에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용・공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다고 규정하고 있다.

상속세및증여세법 시행령 제49조 제1항은, 상속세및증여세법 제60조 제2항에서 "수용・공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이라 함은 평가기준일 전후 6개월 이내의 기간 중 매매・감정・수용・경매 또는 공매가 있는 경우에 다음 각호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다고 규정하면서, 제1호 본문에서 당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액을, 제2호에서 당해 재산에 대하여 2 이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액을, 제3호에서 당해 재산에 대하여 수용・경매 또는 공매 사실이 있는 경우에는 그 보상가액・경매가액 또는 공매가액을 들고 있다. 상속세및증여세법 제60조 제2항의 문언상 시가가 수용가격・공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것에 한정되는 것은 아니라고 할 것이므로 위 규정의 위임에 의한 상속세및증여세법 시행령 제49조 제1항 각 호는 상속재산의 시가로 볼 수 있는 대표적인 경우를 예시한 것에 불과하다. 한편 시가란 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 가액도 포함되는 개념이므로 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두5098 판결 참조).

나) 갑 제7, 8호증, 을 제6 내지 11호증에 의하면 이 사건 합병 당시 원고 SK과 에ST 주식 평가를 한 SY회계법인이 원고 SK과 에ST의 토지, 건물을 순자산 가치에 반영한 내역과 NR 감정가액, KH 감정가액의 내역은 다음과 같다.

(표 생략)

다) 피고들은 2 이상의 감정기관이 감정한 감정가액의 평균액이 아니라는 이유로 SY회계법인이 원고 SK과 에ST의 주식을 평가하는데 사용한 토지, 건물가액을 부인하였고, 달리 NR 감정가액이 객관적・합리적인 방법으로 평가된 것이 아니라고 볼 사정이 없음에도 개별공시지가 등 상속세및증여세법 제61조 소정의 보충적 평가방법을 사용하여 토지, 건물가액을 평가한 후 이를 기초로 원고 SK과 에ST의 주식가치를 재평가하였다. 그런데 NR 감정가액은 이 사건 합병 직전 이루어진 감정평가 결과에 따른 것으로, 비교표준지의 선정, 지역요인・개별요인・개별요인의 보정의 과정을 거쳐 토지가액을 평가하고, 재 조달원가의 산정과 감가수정의 방법 또는 거래사례를 비교하는 등의 방법으로 건물가액을 평가하여, 객관성 및 합리성을 갖추고 있으므로 상속세및증여세법 제60조 제2항에서 말하는 시가로 볼 수 있다. 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다

또한 피고들은 SY회계법인이 작성한 주식가치산정 보고서상 토지, 건물가액 중 일부가 NR 감정가액과 다르다는 이유로 NR 감정가액의 신뢰성을 부정하는 취지의 주장을 한다. 그러나 원고들은 SY회계법인이 2010. 3. 20. 주식가치산정 보고서를 작성하면서 아직 감정평가서 작성을 완료하지 않은 NR감정평가법인으로부터 잠정적인 감정가액을 받아 사용하였기 때문에 일부 차이가 발생하였다고 밝히고 있고, 그러한 잘못은 SY회계법인이 한 주식가치산정의 신뢰성을 부정하는 근거로 삼을 수는 있으나 NR 감정가액의 신뢰성을 부정하는 근거로 삼을 수는 없으므로, 피고들의 주장은 이유 없다.

라) 한편 KH 감정가액은 이 사건 합병비율이 세무조사에서 문제된 후인 2013.7. 9.경 가격시점을 소급하여 평가한 것으로서, NR 감정가액과 달리 세무조사 등 기타 사정을 고려하였을 가능성이 있어 NR 감정가액만큼 신뢰도가 높다고 보기 어려우므로 이 사건에서는 따로 고려하지 않는다. 원고들은 NR 감정가액과 KH 감정가액 의 평균액을 시가로 보아야 한다고도 주장하나, 이는 상속세및증여세법 시행령 제49조 제1항 제2호에 따라 시가로 인정되는 가액을 평가할 때 사용하는 방식이고, 이 사건에서와 같이 NR 감정가액의 객관성 및 합리성을 인정하여 이를 시가로 보는 경우에도 위 방식이 반드시 적용된다고 볼 이유도 없으므로, 받아들이지 않는다.

2) 원고 SK의 미지급법인세 계정 잔액에 관한 부분

가) 을 제6호증에 의하면 원고 SK은 2010. 2. 28.자 대차대조표에 기재된 미지급법인세 계정 잔액 2,595,022,208원을 원고 SK의 순자산가액 평가에 반영하였는데, 이는 앞서 본 2009 사업연도 법인세 감액 경정결정이 반영되지 않은 금액으로, 2009사업연도 법인세 총결정세액 2,822,125,385원과 이에 대한 지방소득세 282,212,538원을더한 금액에서 중간예납세액 및 원천납부세액 511,610,860원을 빼고, 여기에 원고 SK이 부담하던 농어촌특별세 2,295,144원을 더한 금액으로 보인다.

나) 그런데 앞서 본 바와 같이 원고 SK의 2009 사업연도 법인세는 아래 표 기재와 같이 감액 경정되었는바, 이 경우 원고가 이용한 미지급법인세 계정 잔액도 감액된 법인세만큼 감액되어야 한다.

다) 원고 SK의 정당한 미지급법인세 계정 잔액은 원고 SK이 실제 납부할 의무가 있는 법인세 등이어야 하므로, 중간예납세액과 원천납부세액을 제외한 자진납부세액 788,801,933원과 이에 대한 지방소득세 78,880,193원을 합한 867,682,126원만 정당한 미지급법인세 계정 잔액에 해당한다. 따라서 피고들은 129,077,411원(996,759,537원 - 867,682,126원)만큼 원고 SK의 미지급법인세 잔액을 과대평가하였는바, 이 부분 원고들 주장은 이유 있다.

라. 이른바 자기증여 또는 자기이익분여에 관한 주장에 대한 판단

1) 상속세및증여세법 제38조 제1항은 특수관계에 있는 법인의 합병으로 인하여 합병당사법인의 대주주가 이익을 얻은 경우 그 이익에 상당하는 금액을 증여재산가액에 산입하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 위 금액은 합병당사법인의 주주가 소유하는 주식에 대하여 합병 직후와 합병 직전을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액의 차액으로 한다고 규정하고 있으며, 상속세및증여세법 시행령 제28조 제3항 내지 제6항은 상속세및증여세법 제38조 제2항에서 말하는 평가가액의 차액을 산정하는 구체적인 방법에 대하여 규정하고 있다. 한편 법인세법 제52조 제1항은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고, 같은 조 제4항에 근거한 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 가목은 특수관계자인 법인간의 합병에 있어서 불공정한 비율로 합병하여 주주인 법인이 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우를 '조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우' 중 하나로 규정하면서, 법인세법 시행령 제89조 제6항에서 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 상속세및증여세법 제38조, 상속세및증여세법 시행령 제28조 제3항 내지 제6항의 규정을 준용한다고 규정하고 있다.

2) 원고들 주장의 핵심은 원고 조SW, 김WD이 원고 SK과 에ST을 통하여 합병 전부터 이미 에ST 순자산 중 일부를 원고 SK의 주식 형태로 보유하고 있었으므로, 지배구조의 변경이 있더라도 원고 조SW, 김WD이 보유한 원고 SK의 주식가치는 변함이 없다는 데 기초하고 있다. 그러나 다음과 같은 이유로 원고들의 주장은 받아들이기 어렵다.

① 불공정한 합병으로 인한 증여재산가액의 산정 및 부당행위계산 부인을 규정한 상속세및증여세법 제38조, 상속세및증여세법 시행령 제28조 제3항 내지 제6항, 법인세법 제52조 제1항,법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 가목, 제89조 제6항은 합병시 자기주식이 발생하는 경우에 대한 예외규정을 두고 있지 않다. 피고들의 이 사건 법인세 부과처분과 이사건 증여세 부과처분은 위 상속세및증여세법령 및 법인세법령 규정에 따른 것이다.

② 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식에 대하여 원고 SK의 합병신주가 과소 배정된 결과, 합병 후 원고 SK이 보유한 자기주식수는 공정한 합병비율이 적용되었을 경우에 비하여 적어졌으며, 원고 SK의 자기주식 가치 또한 적어졌다. 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식에 대하여 배정된 합병신주는, 피합병법인이 합병 전 보유하던 합병법인의 주식이 합병으로 인하여 합병법인의 자기주식이 된 경우와는 달리, 법인세법상 자산에 해당하고, 이를 처분할 경우 자본거래가 아니라 손익거래에 해당한다(대법원 1992. 9. 8. 선고 91누13670 판결 참조). 따라서 이 사건 합병으로 인하여 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식이 원고 SK의 자기주식으로 바뀌면서 그 가치가 줄어들었다면 그에 상응하는 만큼 원고 조SW, 김WD이 보유한 합병 후인 원고 SK의 주식가치는 증가한 것으로 볼 수 있다.

③ 이 사건 합병시 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식에 대하여 합병신주를 배정하고 이를 상당한 기간 동안 보유한 이상, 이에 대하여 합병신주를 배정하지 않는경우(무증자합병) 또는 합병과 동시에 합병신주를 소각한 경우와 동일하게 취급되어야 한다고 볼 수 없다.

3) 이 사건 합병으로 원고 SK이나 에ST의 조세 부담이 감소된 바 없어 부당행위계산 부인 규정이 적용되지 않는다는 주장에 대하여 본다. 법인세법 시행령 제88조 제1항은 법인세법 제52조 제1항에서 말하는 '조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우'란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다고 규정하고, 제8호 가목에서 불공정한 합병으로 인하여 주주인 법인이 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우를 규정하고 있다. 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아니다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결). 이 사건에서와 같이 불공정한 비율로 합병하여 원고 SK과 에ST이 원고 조SW, 김WD에게 이익을 분여한 경우는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 가목에 해당하고, 이를 같은 조 제1항에 따라 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정된다. 그리고 특수관계인인 원고 SK과 에ST이 불공정한 비율로 합병한 경우까지경제적 합리성이 있는 경우라고 보기도 어렵다. 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

마. 원고 SK과 에ST이 합병 전 보유한 에ST 주식 가치를 할증평가하여 부당행위계산 부인액을 산정한 부분

1) 이 부분은 당초 원고들이 주장하지는 않았으나, 원고들이 주장하였다가 철회한특수관계인 보유주식 할증평가에 관한 주장과 관련이 있으므로, 행정소송법 제26조 후문에 따라 직권으로 판단한다.

2) 상속세및증여세법 제63조 제3항은 '유가증권 등의 평가규정을 적용할 때 '최대주주 등의 주식'에 대하여는 일정한 비율만큼 할증하여 평가하도록 규정하면서 결손금이 있는 법인의 주식 등 대통령령으로 정하는 주식은 제외한다고 규정하고 있고, 상속세및증여세법 시행령 제53조 제5항 제2호는 할증평가에서 제외하는 주식으로 '제28조 내지 제30조의 규정에 의한 이익을 계산하는 경우'를 규정하고 있다. 그리고 법인세법 시행령 제88조제1항 제8호는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 하나로서, '특수관계자인 법인간의 합병에 있어서 주식을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우'를 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제89조 제6항은 '제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자에게 이익을 분여한 경우 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 상속세및증여세법 제38조(합병에 따른 이익의 증여) 등, 상속세및증여세법 시행령 제28조 제3항 내지 제6항(합병에 따른 이익의 계산) 등의 규정을 준용한다.'고 규정하고 있다.

3) 상속세및증여세법 제63조 제3항에서 최대주주 등이 보유한 유가증권을 할증하여 평가하는 취지는, 최대주주 등이 보유한 주식에는 그 재산적 가치를 증가시키는 경영권프리미엄이 포함되어 있다고 보아 이러한 경영권프리미엄이 반영된 상속 및 증여재산 가액을 평가하려는 것이다. 그러나 상속세및증여세법 시행령 제53조 제5항과 같이 할증평가의 전제가 되었던 경영권프리미엄이 그다지 의미가 없을 것으로 보이는 경우에는 할증평가 대상 주식에서 제외하도록 규정하고 있는데, 특히 상속세및증여세법 시행령 제53조 제5항 제2호와 같이 합병, 증자, 감자, 현물출자 등에 따른 이익을 계산하는 경우는 주식 자체가 증여된 것이 아니라 합병 등을 통하여 간접적으로 이익이 이전되는 경우기 때문에 제외하는 것이다. 한편 특수관계인 사이의 합병, 증자, 감자에서 부당행위계산을 규정한 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 및 그로 인한 익금 산입액을 계산하는 방법을 규정한 제89조 제6항은, 불공정한 합병 등으로 인하여 주주인 법인이 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우, 그 이익의 액수는 이익을 분여받은 주주가 상속세및증여세법에 따라 분여받은 것으로 보는 이익의 액수와 같다고 보아, 상속세및증여세법의 여러 규정을 준용하여 분여한 이익을 계산하도록 규정하고 있는 것이다. 그렇다면 법인세법 시행령 제89조 제6항에 따라 부당행위로 부인되는 이익을 계산할 때에도 상속세및증여세법 시행령 제53조 제5항 제2호에 따라 할증평가를 할 수 없다.

4) 그런데 피고 CJ세무서장은 원고 SK 및 에ST에 대한 부당행위계산 부인액을 계산하면서 원고 SK과 에ST이 보유한 에ST 주식을 15% 할증하여 평가하고 위 주식가액과 합병 후 자기주식 가액의 차액만큼을 부당행위로 보아 원고 SK 및 에ST의 2010 사업연도 익금에 산입하였다. 이는 법인세법 시행령 제89조 제6항, 상속세및증여세법 시행령 제53조 제5항 제2호에 위배되어 위법하다.

바. 정당세액 및 소결

앞서 본 바와 같이, 원고 SK과 에ST 주식가치 평가에 NR 감정가액을 사용하고, 미지급법인세 계정 잔액을 867,682,126원으로 하여 별지 정당세액 기재와 같이 원고 SK의 1주당 가액은 151,885원, 에ST의 1주당 가액은 52,597원이다. 이를 이용하여 계산한 정당세액은 별지 정당세액 기재와 같이 원고 SK의 2010 사업연도 법인세는 866,280,602원, 2010 의제사업연도 법인세는 50,345,572원, 원고 조SW의 증여세는 2,471,005,721원, 원고 김WD의 증여세는 98,212,141원이다. 이 사건 법인세 부과처분및 이 사건 증여세 부과처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 이 사건 2011 사업연도 법인세 부과처분의 적법 여부

원고 SK은 이 사건 2011 사업연도 법인세 부과처분 중, 2010 사업연도 건물평가차익 경정에 따른 2011 사업연도 감가상각비 손금불산입 증가분 2,049,751원에 해당하는 법인세 557,594원 부분은 위법하다고 주장한다.

을 제1호증의2, 3에 의하면 원고 SK은 에ST을 합병하면서 에ST 소유 건물을 시가로 승계함에 따라 2010 사업연도에 일시상각충당금으로 337,715,312원을 손금산입(△유보)함과 동시에 같은 금액을 합병평가차익으로 익금산입(기타)하는 세무조정을 하고, 2011 사업연도에 일시상각충당금 환입액 8,442,883원을 익금산입(유보)로 처리하였다. 그런데 피고 CJ세무서장은 일시상각충당금과 합병평가차익 금액을 419,705,369원으로 보아 원고가 한 2010 사업연도의 세무조정을 경정하고, 2011 사업연도에 일시상각충당금 환입액을 10,492,634원으로 경정하였다.

그런데, 에ST의 합병 직전 건물 장부가액은 3,549,863,804원이었고 정당한 건물 평가액은 NR 감정가액에 따른 4,052,003,500원이므로, 정당한 일시상각충당금 및 합병평가차익은 피고 CJ세무서장이 경정한 금액보다 더 큰 502,139,696원(4,052,003,500원 - 3,549,863,804원)이어야 한다. 이 경우 2011 사업연도의 일시상각충당금 환입액도 피고 CJ세무서장이 경정한 것보다 크다. 따라서 피고 CJ세무서장의 2011 사업연도 일시상각충당금 환입액 경정에 따른 법인세 부과처분은 정당한 세액의 범위 내에 있으므로, 원고 SK의 주장은 이유 없다.

4. 결론

원고들의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하며 소송비용은 원고들과 피고들이 승소비율에 따라 분담하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

2016. 11. 21.